汉末天下大乱时，名僧大月氏人支谦为了躲避战祸到了东吴。吴主孙权听说支谦博学多才，立即召见，向他请教有关佛教的义理。支谦旁征博引，十分透彻地解释了佛教教义，使孙权深受启发。于是，孙权拜支谦为博士，并让他辅导太子孙登研习佛法。
后来，司马懿的孙子司马炎取代曹魏，建立了晋朝，史称西晋。西晋时期，北方佛教活动以洛阳和长安为中心。洛阳城内大建佛寺，共建了四十二所。
西晋士族从佛教中寻求精神寄托，皇室中有些人也开始信佛，佛教因此得以进一步流传和发展。
西晋灭亡后，晋元帝在江南建立了东晋。晋元帝擅长书画，尤其善于画佛像。他每日作画不辍，所画佛像或立在宫中供奉，或赐给大臣供奉。
晋元帝死后，东晋诸帝中有些帝王开始信佛了。
晋成帝咸康六年（340年），中书监庾冰认为佛教沙门晋见皇帝时只唱诺不跪拜不符合儒家礼教，于是上书晋成帝，力主沙门应向皇帝跪拜，而尚书令何充等人则上书说沙门不应向皇帝跪拜。为此，晋成帝命礼官主持会议，让群臣详议此事。在辩论过程中，庾冰等人认为忠君乃国家纲常，无论何人都要向皇帝跪拜，如果沙门不向皇帝跪拜，于维护三纲五常十分不利，会影响国家的稳定；何充等持反对意见者都是虔诚的佛教徒，他们说佛教传入中国后，历经各代，沙门均未曾向皇帝跪拜。皇帝要尊重佛教礼仪，不能令沙门屈膝跪拜。在反复权衡双方意见后，晋成帝觉得沙门应该向皇帝跪拜，于是让庾冰代为拟诏，以皇帝的权威强令沙门向皇帝跪拜。他在诏书中说无论佛教沙门，或一般民众，皆为晋朝之民，都要谨遵礼法，向皇帝跪拜。
诏书颁布后，何充等人继续抗争，接连两次上书晋成帝，申述沙门不应向皇帝跪拜之理。何充等人说佛教有利于帝业，有利于巩固封建统治秩序。他们说佛教主张五戒：不杀生，不偷盗，不邪淫，不饮酒，不妄语，这使人心灵净化，德行端良，有助于王化，应该加以肯定。何充等人赞扬佛教沙门从事法事活动，每日烧香礼赞，祈祷佛法福佑帝王，其虔诚之情极为感人。佛教沙门大慈大悲，救苦救难，有求必应，普度众生，是不同于一般臣民的。
晋成帝见何充等人接连上书，似乎言之有理，便不知所措，此事最终没有得到解决，只得不了了之。
晋成帝之后，晋哀帝崇尚佛法，多次请高僧入宫讲经。
晋简文帝也尊崇佛教，多次亲临瓦官寺聆听高僧讲经。
晋孝武帝于殿内设立精舍，即佛寺，请沙门居住，常与沙门秉烛夜谈。东晋最后一个皇帝恭帝极信佛教，曾用数千万铜钱铸造了一个一丈六尺高的佛像。
这样，封建帝王与佛教的联系进一步加深，佛教逐渐成为社会中的普遍信仰了。
从东汉开始，西北边陲地区的许多少数民族逐渐内迁，在黄河流域的北方广大地区同汉族杂居。在这些民族中，比较大的有匈奴、鲜卑、羯、氐、羌五族，史称“五胡”。
西晋末年，统治集团内部争权夺利，斗争愈演愈烈，爆发了八王之乱，西晋已是名存实亡了。晋惠帝永兴元年（304年），匈奴贵族刘渊起兵自称汉王，后又称帝，建立了后汉政权，开始了灭晋战争。其子刘聪即位后，攻陷了洛阳和长安，终于灭了西晋。
晋室贵族南渡长江，在江南重建晋王朝，史称东晋。
从此，五胡在长江以北的广大地区相继建立了许多割据政权，史称五胡十六国。
五胡十六国的统治者大多尊崇佛教。其中，羯人建立的后赵、氐人建立的前秦、匈奴人建立的北凉和羌人建立的后秦崇佛比较突出，从而使佛教在中国北方的广大地区迅速传播开来。
后赵皇帝石勒在攻掠诸郡时，以滥杀树威，佛教沙门也深受其害，被杀者甚多。这时，有一个名叫佛图澄的西域和尚取得了石勒的崇信，被尊为大和尚。他劝谏石勒说：“国君若实行仁德之政，亲爱其民，则日月星辰就呈瑞象，否则上天就出现凶象。天与人之间是有感应的，身为国君，应该行善积德，慈悲为怀，不可滥杀无辜。”石勒听后，有所节制，不再滥杀无辜了。
石勒死后，其养子石虎废石勒之子石弘，自立为帝，迁都于邺（今河南临漳）。
石虎也以暴虐滥杀著称，甚至比石勒更甚，佛图澄总是想方设法进行劝谏。石虎当政后，经常向佛图澄问什么是佛法，佛图澄回答说：“佛法即是不杀。”石虎担心地问：“我为天下之主，不杀就不能肃清域内，这样还能成佛吗？”佛图澄回答说：“帝王敬奉佛教，不害无辜。至于那些凶顽无赖，无法教化者，有罪不得不杀，有恶不得不用刑。所以，杀人要杀那些该杀的人，刑罚也要用在那些该用的人身上。如果恣意暴虐，杀罚那些无罪的人，虽然信奉佛教，也不能成佛。希望陛下慈悲为怀，放下屠刀，立地成佛。”石虎在佛图澄的劝谏下，总算放下了屠刀。石虎下诏，凡后赵一切民众皆可信奉佛教，皆可自愿出家为僧。石虎的这道诏书，开了朝廷明令民众出家为僧之始。
在佛图澄的努力下，佛教传入中国后第一次被纳入封建帝王的保护之下。在后赵政权统治下的广大地区，寺院遍布，为佛教在中国北方的继续发展打下了良好的基础。348年，佛图澄死于邺宫寺，享年一百一十七岁。
这时，氐人在关中建立的前秦政权日益强大。357年，苻坚即位，重用汉族人士改革政治，基本统一了北方。苻坚崇信佛教，与当时著名僧人道安交往甚密，并以道安为高级军政顾问。
道安俗家姓卫，常山（今河北正定）人，七岁开始读经，通晓儒家《五经》之义。年十二出家为僧，游学于邺，遇佛图澄，深得赏识，遂拜佛图澄为师。
佛图澄死后二年，前赵灭亡，道安定居襄阳（今湖北襄樊），长达十五年。他广泛接触社会各界人士，弘扬佛法。他还招收了众多弟子，并与弟子一道翻译了大量佛经。他根据印度佛教典籍的有关内容制定了《僧尼规范》，为中国历史上寺规之始。
道安的宗教活动扩大了他在北方佛教界和社会上的影响。苻坚久闻道安大名，经常对大臣说：“襄阳道安是有德高僧，如果有机会的话，一定要请他来辅政。379年二月，苻坚之子苻丕攻陷襄阳，俘获东晋守将朱序，并把道安礼送到前秦首都长安（今陕西西安）。道安到达长安后，苻坚大喜，赏他很多东西。
道安住进长安五重寺，该寺为长安城中最大的寺院，有僧众数千人，道安成了前秦最高佛教领袖。
从魏晋以来，佛教沙门或依国为姓，或依师为姓。道安认为沙门之师莫尊于释迦牟尼，因此主张凡沙门均应以“释”为姓。他的这一主张得到了一致的认可，此后和尚出家皆以“释”为姓了。这对增强佛教僧侣的宗教意识、巩固佛教的内部团结方面起了积极的作用。
道安利用苻坚的支持，在长安设译场，翻译了大量的佛经。道安亲自翻译的佛经共有二十部二十八卷，他还撰写了十五篇经序。道安在组织和主持译经的过程中，提出了“五失本，三不易”。所谓“五失本”，指佛经翻译过程中，必须注意的五种失去或改变原经内容的情况。“三不易”指佛经翻译中要使译文适合时代、适合信徒的接受能力、符合佛经原意这三种目的是极不容易的。“五失本、三不易”为佛经翻译工作提出了指导性的原则，并为后世的佛经翻译提供了正确的方法。
淝水之战后，北方各族纷纷起兵进攻前秦。苻坚建元二十年（384年），鲜卑人慕容冲聚众攻打阿房宫，逼近长安。情势危急，苻坚凡事都要向道安求教。次年二月，道安圆寂。五月，前秦灭亡了。早在前秦建元十七年（381年），鄯善（今新疆蜡羌）国王、车师前部（今新疆济木萨尔）王及于阗国（今新疆和田）王等西域六十二国的国王到长安，向苻坚朝贡，请苻坚西征龟兹（今新疆库车），表示愿作向导。于是，苻坚派大将吕光率军七万西征。吕光临行前，苻坚特别嘱咐说：“听说龟兹高僧鸠摩罗什佛法高深，将军若克龟兹，一定要将他送到长安来。吕光奉命出师后，于建元二十年（384年）打败龟兹，龟兹王被杀，吕光立其弟为新王。
这时正是淝水之战后的第二年，前秦土崩瓦解，因此吕光没有班师，而是留在西域静观事态发展；也没有将鸠摩罗什送往长安，而是将他留在自己身边。
鸠摩罗什祖籍天竺，祖上世代出任国相。其父鸠摩炎在将袭任相位时辞官出家，东渡葱岭，被龟兹国王迎为国师，后又被国王选为妹婿。龟兹佛教盛行，王妹生下鸠摩罗什之后不久便出家为尼，鸠摩罗什本人也于七岁开始学习佛经。鸠摩罗什天资过人，竟能日诵千偈。九岁时，鸠摩罗什随母亲离开龟兹，辗转到了罽宾（今克什米尔），接触了大量小乘佛经，佛学造诣日益提高。十岁时，罽宾王请他入宫与外道辩论。他雄辩滔滔，取得胜利，受到了罽宾王的特别赞赏。十二岁时，鸠摩罗什又随母亲返回龟兹，途径月支（今巴基斯坦白沙瓦一带）山北，入沙勒国（今新疆喀什）住了一年，又接触了大乘佛经，水平又有极大的提高。此后，鸠摩罗什随母亲到龟兹西邻的温宿国（今新疆温宿），在与外道的辩论中又获大胜，从此声名远播。于是，龟兹国王将他母子二人迎回国内。
鸠摩罗什回龟兹后，经常讲经说法，宣传大乘佛教教义，使龟兹原来流行的小乘佛教被大乘佛教所取代。二十岁时，鸠摩罗什正式受戒出家。不久，母亲回了天竺，临行前叮嘱他要继续弘扬佛法，尤其要向东方传教。由于他在龟兹佛教界的声誉和高深的佛学造诣，龟兹王特地为他造了金狮子座，上铺大秦锦褥，请他升座说法。一时西域诸僧均来龟兹，为的是聆听鸠摩罗什宣讲佛法。从此，鸠摩罗什的大名不胫而走，传遍西域，也传到了中原。
鸠摩罗什牢记母亲临别的叮嘱，一直等待机会向东方传播佛教。
吕光攻克龟兹后，鸠摩罗什取得了吕光的信任，成为吕光的军政顾问。当时，吕光想留在西域称王，鸠摩罗什劝他说：“龟兹乃凶地，不宜久留。河西中路有福地，将军何不东归避凶趋福呢？”于是，吕光带着鸠摩罗什率军东归。385年，吕光于东归途中打败了前秦凉州刺史梁熙，进入姑臧（今甘肃武威），自领凉州牧。次年，吕光听说苻坚已死，便自称大将军、凉州牧、酒泉公，并建年号太安；后又改称三河王，不久便建立后凉国，自称为大凉天王。
后凉吕光及其后继者并不信佛，也不鼓励鸠摩罗什译经，只是把他作为能占卜吉凶和预言祸福的方士。
淝水之战的第二年（384年），原前秦将领姚苌拥兵自立，于渭水之北建立了后秦政权，曾使人到后凉邀请鸠摩罗什，但后凉吕氏认为鸠摩罗什足智多谋，恐其为姚苌出谋策划，因此拒绝了后秦的邀请。姚苌死后，其子姚兴继位，又使人前去邀请鸠摩罗什，吕氏仍不肯放行。姚兴大怒，立即派遣陇西公姚硕德率军攻打后凉，用武力迎请鸠摩罗什。结果后凉大败，只得上表请降，五十八岁的鸠摩罗什这才被迎请到长安。
后秦主姚兴自幼崇拜佛教，派人将鸠摩罗什迎入长安后，待以国师之礼，请他在逍遥园译经说法。姚兴常去听鸠摩罗什宣讲佛经，甚至亲自参与译经。姚兴认为佛教义理深邃，行善是脱离苦海的轻舟，是治世的要道。他在支持鸠摩罗什译经说法的同时，还亲自接受鸠摩罗什的指导，参与读经、修禅和著述活动。在鸠摩罗什的指导下，姚兴曾著《通三世论》《通不住法住般若》《通圣人放大光明普照十方》《通一切诸法空》等书，对佛教的一些基本教义进行了阐述。他在《通三世论》中论述了过去世（前生）、现在世（今生）、未来世（来生）三世的真实存在，以阐明佛教的因果报应和三世轮回的基本教义。他的这一理论是针对刚刚兴起的大乘佛教主张一切事物或现象都虚幻不实，即所谓诸法皆空而提出来的。按大乘佛教的说法，诸法皆空，三世也就不存在了。姚兴说如果否定了三世实有，就等于否定了三世轮回的教义。因此，他主张三世是真实存在的，其中过去、未来两世虽然眼睛看不见，但在道理上是有的，正如木头中看不见火，而一且条件具备，它就会着火一样。鸠摩罗什没有反驳姚兴的观点，只是说从佛教的第一义谛（也称真谛，指最高真理）来说，诸法皆空；但从佛教所谓的俗谛来看，一切皆有。不能将二者绝对地对立起来，而是要将二者结合起来进行思考，此即佛教所谓的中观或中道，这样才符合佛教义理。
受姚兴影响，后秦各级官吏都信佛了，并撰写了一些有关佛教的文章请鸠摩罗什改正。这就使佛教在中国北方得以进一步地流传与发展，以致长安城内僧尼增至万余人。为了实行朝廷对佛教的管理，在鸠摩罗什的建议下，姚兴设立了管理全国僧尼的行政机构，任命鸠摩罗什的弟子僧磬为管理僧尼的最高僧官，即僧正。这一管理机构作为国家行政部门，是中国佛教史上首次由朝廷设立的僧官管理机构。
鸠摩罗什在后秦生活了十一年，共译佛经三十五部，计二百九十卷，并培养了许多弟子，著名的有道生、僧肇等。这些弟子在佛教的发展中都曾发挥过一定的作用。
鸠摩罗什在后秦组成了以他为中心的庞大的僧侣集团，尽管这一僧侣集团在当时的主要任务是译经、说法和传教，但它在一定意义上影响了世俗的政治统治。
淝水之战后，前秦统治下的各民族乘机自立，其中鲜卑族首领拓跋珪于386年在牛川（今内蒙呼和浩特附近）大会鲜卑诸部，自称代王，复兴代国。不久，拓跋珪迁都盛乐（今内蒙和林格尔），改国号为“魏”，史称北魏。398年，拓跋珪称帝，史称道武帝，把都城从盛乐迁到平城（今山西省大同市），模仿长安、洛阳、邺郡把平城建得富丽堂皇。这时，北魏已经进入封建社会，成为黄河流域最强大的国家了。
在拓跋珪的统治下，北魏的政治、经济、文化都得到了迅速的发展。到他的孙子太武帝拓跋焘即位时，北魏终于灭了十六国中仅存的夏、北燕、北凉三国，统一了北方。北魏建于386年，亡于557年，历经十六帝，统治中国北部长达一百七十二年。历史上南北朝中的北朝，主要指的就是北魏，还包括北魏之后的东魏、西魏、北齐、北周。
道武帝好读佛经，特别注意礼敬僧人。僧人法果为了弘扬佛法，大谈道武帝乃当世如来，要沙门向道武帝行大礼。道武帝大喜，让法果担任沙门统，掌管天下僧人。过去，沙门不向皇帝行大礼，法果说，道武皇帝乃当今如来，沙门礼敬他，乃是礼敬如来。这是一种既坚持原则又具有灵活性的让步，为佛教继续发展开辟了道路。
北魏道武帝下诏在京城建寺修塔，使佛教信徒和出家僧人有了活动和居住的场所。
北魏道武帝死后，其子拓跋嗣继位，为北魏明元帝。明元帝继承父亲遗志，崇黄老，敬佛法，不仅广建佛寺和佛塔，还要求沙门帮助他引导民俗，以佛教作为统治工具。对于高僧法果，明元帝更是优礼有加，多次下诏授法果为辅国宜城子、忠信侯、安成公等爵号。这是中国历史上由封建皇帝加封僧人爵号之始。
北魏道武、明元二帝对佛教的尊崇，使北方佛教势力大增。
424年，北魏太武帝拓跋焘继位后，经常与高僧谈佛论法，并于四月八日佛诞日用车载佛像游行，自己则亲登门楼散花致敬。
北魏占领了广大地区，为了巩固统治，必须要有足够的人服兵役、徭役和缴纳租税。而沙门免兵役、徭役和租税，严重影响了国家的兵源和财力。因此，北魏太武帝于太延四年（438年）让沙门五十岁以下者还俗。
太武帝注重儒学，崇信道教，想用中原地区先进的文化传统和政治制度巩固政权，争取汉人的支持。道士寇谦之通过太武帝宠臣崔浩将有关道书上献朝廷，说太武帝是太平真君转世，应登坛受符，使天下进入太平盛世。太武帝大喜，改年号为“太平真君”，并亲登道坛受符。在寇谦之等人的煽动下，太武帝开始排斥佛教了。
太平真君六年（445年），卢水胡人盖吴在陕西率众起义，陕、甘地区的汉、胡人民纷纷响应。次年，北魏太武帝御驾亲征，进驻长安。一天，太武帝发现长安一座佛寺里藏有兵器，又在该寺中发现了大量的酿酒器具及富人寄存的许多财物，该寺地下还藏匿许多美女。太武帝大怒，在崔浩的建议下，下令诛杀沙门，焚毁佛像。佛教沙门无论少长，全部坑杀，绝不留情。这样，北魏境内再也见不到沙门的影子了。
北魏太武帝此次灭佛，是佛教传入中国后所遭受的首次灭顶之灾。
北魏正平二年（452年）太武帝被太监所杀，其子即位后又被太监所杀。其孙文成帝拓跋浚即位后，下诏恢复佛教。他在复兴佛法诏书中赞扬佛教助王政、益仁智、斥邪僻、开正觉，并把太武帝灭佛之举说成是各级官吏错误理解皇帝圣旨所致。
文成帝命令各州郡县广建佛寺，允许百姓出家，出家人数规定大州五十人，小州四十人。
文成帝在恢复佛法的同时，还为佛教的发展提供了经济来源。他于和平初年（460年—465年）任命高僧昙曜为沙门统，主管全国佛教事务。昙曜奏请文成帝，允许那些被掳来从事耕地的民户每年向朝廷管辖僧寺的机构上缴六十斛粟，供作僧曹费用，文成帝准奏。
昙曜在任沙门统期间，在平城主持开凿了五所石窟，每个石窟中雕造一座佛像，高的七十尺，低的六十尺。这是大同云岗石窟营造之始。
北魏文成帝死后，献文帝、孝文帝、宣武帝、孝明帝等人都信佛。他们大建佛寺，举行法会，营造石窟。北魏末年，境内计有僧尼二百万人，佛寺三万余所。北魏佛教虽遭到太武帝的禁毁，但恢复速度之快出乎人们的意料，说明佛教已经具备了扎实的社会基础。
北周武帝时，北周境内有佛寺一万多所，和尚、尼姑二百多万人。这些人不劳而食，还享受不纳税、不服徭役的特权，成了社会的寄生虫。掌管寺院的和尚成了大地主，许多农民受不了苛捐杂税的盘剥，往往带着土地投靠佛寺，受着寺院的残酷剥削。
北周武帝的父亲宇文泰和两个哥哥都是佛教信徒，他本人因受家庭影响，小时候也信佛。
北周武帝即位后，关中大旱，出家后还俗的卫元嵩上书周武帝，提出灭佛的主张。他说：“唐尧虞舜时，没有佛教和寺庙，国家很太平，被称为太平盛世；而南朝的齐、梁两朝寺庙很多，却很快就亡了国，这是值得引以为戒的。陛下要想使国家强盛起来，对那些拥有巨额财富的和尚不能和穷人一样看待。穷人交纳赋税，可以不服兵役；那些有钱的和尚必须向国家交纳赋税，服兵役，不服兵役就要增交免役费。这符合佛教的平等思想。周武帝看了卫元嵩的信，高兴地说：“卫元嵩说得好，正合朕意。”于是，他采纳了卫元嵩的建议，叫各地寺院除了留足自己吃的粮食以外，多余的都要拿出来赈灾。
不料，有钱有势的僧侣地主不肯把粮食拿出来救灾，反倒乘机放高利贷，兼并土地，大发横财。
周武帝见和尚横行不法，便下令禁佛，没收关、陇、梁、益、荆、襄等州僧侣地主的土地和寺院财产，充作军费；销毁铜佛像和铜钟、铜磬等，用以铸造铜钱和武器。将近百万的僧侣和受寺院剥削的农户编为均田户，去开荒种地。将那些适龄的征去当兵，扩充军队。
周武帝宣布灭佛，有的和尚威胁他说：“禁佛是要下地狱的。”周武帝坚定地说：“只要百姓得到快乐，我愿受地狱之苦。”周武帝灭佛，打击了僧侣地主，使国家增加了物质财富，发展了生产，相对地减轻了人民的负担，为消灭北齐、统一中原创造了条件。
周武帝灭佛，一些虔诚的僧人或混迹民间，或逃往山林，或渡江南逃。北僧南逃在客观上促进了南北朝佛教的交流。
晋室南渡后，魏晋玄学的余波波及江南，人们皆喜谈玄论道。在这种文化背景下，佛教在南朝的发展显示出注重理的特征。南朝佛教注重理论的发挥，因而和中国传统思想文化发生了冲突。围绕华夷、因果、形神等问题，佛教与中国传统思想文化展开了争论。东晋恭帝元熙二年（420年），晋王朝被其大将刘裕所取代。刘裕称帝，国号为宋，史称刘宋。在不足二百年的时间内，宋、齐、梁、陈四朝迭相更替，与北魏南北对立，史称南北朝。南朝社会很不稳定，佛教却在南朝得到了较大的发展。
刘裕代晋前，常与僧人交游。有个名叫法称的和尚曾到处散布说：“嵩神告诉我说刘将军乃汉家苗裔，当受天命而君临天下。”这是刘裕借和尚之口为自己篡位制造舆论。刘裕称帝后，特别礼遇僧人，特别尊崇佛教。
刘裕死后，其子刘义隆继位，史称文帝。文帝极重文教，设立四学，一为儒学，命雷次宗主持；一为玄学，命何尚之主持；一为史学，命何承天主持；一为文学，命谢元主持。这四学中虽无佛学，却内含佛学。刘义隆将佛教义学附于玄学，佛教所论的因果、形神、顿悟、渐悟等问题均为玄学的理论主题。这就在客观上给佛教以一定的地位，使佛学的理论得到了发展和普及。
刘宋文帝对大臣说：“我不敢反佛，这是因为一些贤达之士都信佛，他们关于佛学的一些议论和文章充分说明佛教极有利于王化。如果普天之下的人都信佛，那朕就可以坐享太平了。在刘宋文帝的倡导下，晋宋之际名士谢灵运作《佛影铭》《佛赞》《辨宗论》等，称颂佛法高深。他在《辨宗论》中，大力宣扬了佛教的顿悟学说。
原来，佛教传入中国后，基本上主张人们必须经过长期的修习才能悟道。南北朝时，僧人竺道生提出无须长期修习，一旦把握了佛教的真谛，即可突然觉悟。这种觉悟被称为顿悟，而以前那种悟道被称为渐悟。刘宋文帝时，道生的顿悟说刚提出不久佛学界许多人持反对意见。谢灵运乘文帝广开言路之机，大力宣传顿悟说，实际上是要求佛教建立更为世俗化的方便快捷的修行法门。如按渐悟说，须经长期修习才能觉悟，是士人所不容易接受的；若不须经长期修习即可把握真谛，即可觉悟，这是士人所企盼的。谢灵运宣传顿悟是适合中国传统思想文化背景而提出的佛教进一步中国化的妙招。
何承天为四学之一史学的主持人，曾著《达性论》反对佛教的众生论和轮回说。
何承天认为佛说一切有情，包括动物、植物在内称为众生是荒谬的，天地之间以人为贵，不能和动物、植物相提并论。
佛教主张因果业报，大讲六道轮回，人之善恶决定了人要在天、人、阿修罗（魔鬼）、地狱、饿鬼、畜牲六道中轮回。何承天认为这种说教是荒谬绝伦的，凡人有生必有死，人死则神散，和自然界的春荣秋枯一样，哪会有什么六道轮回呢？
何承天的观点在当时颇为新颖，曾引起震动。针对何承天的观点，颜延之著《释达性论》进行反驳。他说佛教所谓众生是庶类的总号，因此人类之外当有众生。另外，人在气数之内无不感应，因果施报之道无有不应，因此此生之外当有来生，应再受形，此为轮回。
何、颜二人的争论最后由刘宋文帝裁定。刘宋文帝认为《达性论》阐明了儒家之教，不失为得力之作；而《释达性论》阐明佛法，尤为至理。宋文帝虽对二者采取了模棱两可的态度，但作为封建帝王，能够广开言路，使思想界十分活跃，确属难能可贵。
沙门慧琳著有《白黑论》，认为儒、释二教殊途同归。佛教界认为慧琳贬黜释氏，要将他逐出僧团。刘宋文帝读过《白黑论》后，十分欣赏，并请慧琳参政，成了宋文帝的黑衣宰相。
慧琳的《白黑论》虚构了白学先生和黑学道士问答，白学先生指儒者，黑学道士指僧人，因为当时僧人一般都穿青色衣服。慧琳认为儒、释各有长处，可以并行齐立，体现了佛教在中国流行的客观要求，此观点不失为真知灼见。但慧琳身为沙门，竟在《白黑论》中称佛教所说的因果报应、生死轮回等观点纯属虚妄，不符合事实。结果，引起了佛教界的不满，被斥为异端，由于刘宋文帝的袒护，慧琳在佛教界并未受到伤害。
当时著名的佛教居士宗炳根据自己的见解，著《明佛论》一文，对《白黑论》作了详细的批驳。他认为儒、释、道三教之中，佛教最高深最精细，佛经包括了儒家的五典之德，包括了老庄的自然之道，因此说佛教是圣人之教，它包容了儒、道的中心内容，又超越了儒、道二教。儒家讲治国安邦之道，道家讲寡欲无为之教，都没有超越人生，而佛教讲的是精神不灭，人可成佛，是儒、道二教无法比拟的。儒、释、道三教对维护封建统治都有利，如果皇帝以儒学治国，以佛教养神，就可以成为明君，死后还可以灵魂超升，经过轮回，世代为王。宗炳系统地驳斥《白黑论》，大肆宣扬精神不灭，鼓舞了人心，给各层次的人都带来了希望。
刘宋文帝在位三十年，允许佛教存在。只要佛教不影响他的统治，他是较为宽容的。元嘉十五年（438年），丹阳尹萧摹之上书说：“佛教传入中国，已历四代，佛像寺塔所在千数，俗人不以精诚为志，而以奢侈为重，所费竹木铜彩无数，有累于人事。因此，今后凡欲铸铜像及造寺塔者，皆应列报官府，不得私自而为。”刘宋文帝见书后，深以为然，因此下诏整饬僧门，使全国范围内超额的僧尼还俗。
当时，江南共有佛寺一千九百余所，僧尼约三万六千余人。刘宋文帝此次整饬僧门，意在佛教的存在与发展不能影响他的政治统治。
宋末齐初，顾欢作《夷夏论》，认为佛道同本共源，说老子出关后，至天竺降生为佛。佛道二教虽然同本共源，也有差异与优劣，道教最适合华夏民族，而佛教则是夷狄之教，因此要辨华夷而施教，在中国推广道教比扶植佛教对维护封建纲常更为有力。同时，因二教同本共源，所以不主张彻底否定和排斥佛教。《夷夏论》在宋末齐初曾引起了巨大的反响，遭到佛教徒的强烈反对。
南朝齐末，有道士著《三破论》批评佛教，认为佛教入国而破国，入家而破家，入身而破身。他说佛教一派胡言，耗财害民，使国空民穷，于国于民，无益有害，此谓入国而破国；佛教要求人离家为僧，抛弃父母，不孝不悌，于纲常人伦无益有害，此谓入家破家；佛教让人出家为僧，有剃发之苦，有断子绝孙之罪，此谓入身而破身。《三破论》在当时引起了较大的反响。我国古代著名文学理论家刘勰曾著《文心雕龙》五篇而闻名于世，晚年却出家为僧，法名慧地，还针对《三破论》写了一篇《灭惑论》，对《三破论》的主要观点进行了批驳。
整个南朝，围绕佛教的一些争论从未停止过。齐、梁间范缜著有《神灭论》，批判佛教精神不灭、因果报应、生死轮回等理论，深入人心，发人深省。这是佛教传入中国后，与中国传统思想文化冲突的必然表现。
梁武帝萧衍大力提倡佛教，规定佛教为国教。佛教宣扬说：只要规规矩矩，虔诚地吃斋念佛，死后就可以进极乐世界；如果不遵守国家法律，犯上作乱，死后就要下地狱，遭受无穷之苦。
梁武帝认为佛教有利于他的统治，因而让国人都信佛，他自己对佛也十分虔诚。他经常手里捻着念珠，嘴里诵经念佛。
梁武帝在建康建了一所同泰寺，每天早晚到寺里去拜佛念经。为了方便往来，他特地在宫城开了一座城门，可以直通寺门。
在梁武帝的提倡下，国内大建佛寺，大批的人出家当了和尚、尼姑。仅建康一地就有七百所佛寺，十多万和尚、尼姑。
梁武帝曾几次表示不愿意做皇帝，要出家去当和尚，把帝位传给儿子。他先后四次斋戒沐浴，到同泰寺去舍身，即把身体施舍给佛。他每次舍身之后，大臣都要拿一大笔钱把他赎回来。他舍身四次，大臣们把他赎回四次，总共耗资四万万钱。
在梁武帝最后赎身回宫的那天晚上，同泰寺突然发生火灾，佛塔被烧毁了。梁武帝说：“这是魔鬼干的坏事，应该做法事来镇压魔鬼。”于是，他下诏说：“道越高，魔也越盛，行善事一定会遇到障碍。应该重建佛塔，把新塔修得比旧塔高一倍，才能镇住魔鬼。”他召来大批和尚、尼姑做法事，给他们吃上等的素斋，消耗了上万斤香烛，念了好几天经，又叫大臣跟他一起烧香磕头。然后，他派出大批工匠，上山采石伐木，花了无数钱财，用了好几年时间，建起了一座十二层的佛塔。
尽管梁武帝把佛塔修得高而又高，礼佛也极其虔诚，但他并没有好下场。不久，发生了侯景之乱。侯景率军攻入建康，把梁武帝软禁起来，将他活活饿死了。
梁武帝在位四十八年，不仅能按照在家佛教信徒的戒律修行，如吃斋，不饮酒，不听音乐，断房事等，还从事佛学著述。他的佛学著作主要是一些经注和忏文，共计有十六种之多。
佛教徒吃素，是从梁武帝开始的。佛教传入中国后，出家僧人可以吃荤，只不过吃的是三净肉。三净肉有两种说法：一，不是自己杀的、不是别人为自己杀的、不杀自死的牲畜肉；二，没看见杀、没听到杀、不是别人为自己杀的牲畜肉。梁武帝皈依佛教后，以皇帝命令的形式强令佛教徒吃素，如果偷偷吃荤，是要问罪的。而东南亚各国、日本和西藏的佛教徒仍然是吃荤的。
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