世界自然基金会标志
1960年，赫胥黎前往东非，担任联合国教科文组织在该地区野生动物保护活动的顾问。回到伦敦后，赫胥黎在《观察家》报上发表了三篇文章以警告英国公众。他在文章中指出，如果人类以如此的速度去破坏动物栖息地、捕杀野生动物，那么该地区的野生物种在20年内就会毁灭殆尽。文章发表后立即引起了轰动，公众们开始认识到自然保护是一个严峻的问题。赫胥黎收到许多公众的来信，其中包括一位名为维克多·斯托兰的商人。他在信中指出可以创立一个国际组织来筹集保护自然的资金，但斯托兰称自己的身份不适合亲自创办这样的组织。赫胥黎于是和英国自然保护组织总干事、鸟类学家马克斯·尼科尔森取得联系。1961年，尼科尔森召集了一批科学家和公共关系专家，他们都赞同成立斯托兰所建议的基金会。
新成立的基金会计划与世界自然保护联盟携手合作，而此前世界自然保护联盟已将其总部迁到瑞士日内瓦湖北岸莫尔日的一个小镇，于是他们决定将基金会的总部也设立于此。世界自然保护联盟对其十分欢迎，在双方合作协议书上这样写道：“我们将共同努力，去唤起公众的意识，让世界认识到保护大自然的重要。”
1961年9月11日，世界自然基金会正式作为慈善团体登记注册。1970年，荷兰伯恩哈特王子（后来担任世界自然基金会国际总部的主席）为该组织建立了一个牢固而独立的经济基础。世界自然基金会设立了1000万美元的基金，被称为“1001：自然信用基金”。为此1001个人每人捐款1万美元。从此，世界自然基金会国际总部便可以用这个款项的利息作为机构管理的开支。
到20世纪70年代末，世界自然基金会从一个关心濒危动物和保护动物栖息地的生态团体发展成为一个关注所有自然保护问题的世界性组织。1981年，当爱丁堡公爵代替约翰·劳通担任世界自然基金会主席时，该组织已在世界各地拥有100万长期支持者。1983年，随着自然保护邮票收集活动的展开，捐款数额迅速增加。
1986年，世界自然基金会认识到它原有的名称“世界野生生物基金会”已无法再反映该组织的活动范围，于是将名称改为“世界自然基金会”，以表示其活动范围的扩大。组织使命也转变为制止并最终扭转地球自然环境的加速恶化，并帮助创立一个人与自然和谐共处的美好未来。
从20世纪90年代开始，世界自然基金会重新制定了其战略计划。扩大之后的战略重申了世界自然基金会自然保护的主题，并将组织的工作归划为三个独立的部分：保护地球的生物资源，保护世界生物多样性；确保可再生自然资源的可持续利用；推动减少污染和浪费性消费的行动。20世纪90年代的战略还减少了世界自然基金会的主导化，以增加与当地居民的合作。
世界自然基金会是世界最大的、经验最丰富的独立性非政府环境保护机构之一。它在6大洲的153个国家发起或完成了约12000个环保项目。它通过一个由27个国家级会员、21个项目办公室及5个附属会员组织组成的全球性的网络，在北美洲、欧洲、亚太地区及非洲开展工作。
世界自然基金会第一个国家计划于1961年11月23日在英国建立，爱丁堡公爵担任主席。同年12月1日，美国也继而成立了世界自然基金会国家机构，接着是瑞士。
1962年，世界自然基金会为印度阿萨姆邦上西隆高原地区的佩济先生资助131美元，以保证其能够前往卡奇沼泽地区调查印度野驴的现有数目。佩济找到了870只。到1975年，这种野驴的数目降到了400只，并面临着灭绝的危险。于是世界自然基金会在该地区设立了野驴保护区，到80年代中期，野驴的数目已超过2000只。1969年，世界自然基金会与西班牙政府联手购买了瓜达尔基维尔河三角洲的沼泽地带，并建立了科托多纳纳国家公园。
1973年，世界自然基金会帮助印度政府开展拯救老虎计划时，公众得到保证，他们的捐款将直接被用来拯救这种被看做神圣但却面临灭绝的老虎。印度前总理甘地夫人为此建立了实施六年老虎保护计划的专门机构，并设立了九个老虎保护区。随后印度又增加了六个保护区，尼泊尔增加了三个，孟加拉国增加了一个。
两年后，世界自然基金会开始了保护热带雨林的活动。该组织筹集资金并帮助中非、西非、东南亚和拉丁美洲几十个热带雨林建立起国家公园或自然保护区。1976年，另一项“海洋必须活着”的保护海洋计划展开了。世界自然基金会为鲸、海豚、海豹这些海洋动物设立了海洋保护区，并看护海龟的繁殖地。20世纪70年代末，世界自然基金会又开展了“拯救犀牛”的运动，并很快筹集了100多万美元的款项来对付偷猎犀牛活动。
20世纪80年代初，世界自然基金会与世界自然保护联盟、联合国环境规划署共同发表了《世界自然保护战略》。这项由联合国秘书长签署的战略在世界34个国家的首都同时展开。它意味着人类走向自然保护的新步骤，并显示了持续利用自然资源的重要性。自从这一战略开始，50多个国家已经制定出各自的国家战略。一个通俗的版本《如何拯救我们的世界》也已用多种语言发表出来。
1985年，该组织促使国际社会延缓捕鲸行动，并争取在南极洲为鲸鱼建立一个海洋保护区域。1990年，世界自然基金会成功地开展了限制象牙交易的国际活动。1992年，它与其他组织共同促使各国政府在巴西里约热内卢召开的联合国环境与发展大会上签署了生物多样化和气候公约。世界自然基金会同时还与其他民间环保团体保持着联系。它尤其重视与当地居民合作，解决各地迫切的自然保护问题。
在赞比亚卡富埃平原地区，世界自然基金会帮助当地政府成功地处理了发展和保护之间的关系。当地居民接受训练，成为保护野生沼泽羚羊的一支力量，他们看护并报告不断锐减的羚羊的数量。由于当地居民保护措施得力，羚羊的数目如今不断增多，并可以通过捕猎淘汰一些弱者。通过向打猎爱好者收取费用又重新用于社区发展和野生动物保护方面上。
世界自然基金会在中国的工作始于1980年的大熊猫及其栖息地的保护，它是第一个受中国政府邀请来华开展保护工作的国际非政府组织。1996年，世界自然基金会正式成立北京办事处，此后陆续在全国八个城市建立了办公室，共拥有80多名员工，项目领域也由大熊猫保护扩大到物种保护、淡水和海洋生态系统保护与可持续利用、森林保护与可持续经营、可持续发展教育、气候变化与能源、野生物贸易、科学发展与国际政策等领域。
世界自然基金会在中国的主要任务就是为实现减少中国对全球的生态影响和改善人民生计的双重目标提供解决方案。截至2009年，世界自然基金会共资助中国开展了100多个重大项目，投入总额超过3亿元人民币。
大熊猫保护
大熊猫不仅是中国，而且是世界自然保护的象征。世界自然保护联盟濒危物种红色目录将大熊猫列为“濒危动物”，它所面临的主要问题是栖息地减少、退化和破碎化；人与大熊猫的冲突。为了缓解大熊猫生存的压力，保护大熊猫这一珍贵的物种，世界自然基金会和中国有关部门密切合作，在对大熊猫进行调查研究工作的基础上，开展了岷山景观大熊猫栖息地保护项目和秦岭生态保护和社会经济可持续发展项目。
岷山山脉位于甘肃省南部和四川省西北部，是大熊猫栖息地面积最大、数量最多的山系，因此也是大熊猫生存繁衍至关重要的区域。大熊猫主要分布在岷山的15个县和19个自然保护区，其中包括位于甘肃省文县境内面积最大的大熊猫保护区——白水江国家级保护区和位于四川省北部大熊猫数量最多的县——平武县。1997年，世界自然基金会在四川省平武县启动了“综合保护与发展项目”。2002年7月，在四川省平武县“综合保护与发展项目”的基础上，世界自然基金会启动了岷山景观大熊猫栖息地保护项目。这是超越行政地域界限、以完整的生物多样性区域保护为目标的保护项目，最终目的是增加大熊猫的数量和扩大大熊猫受保护的栖息地面积，并促进岷山大熊猫保护的网络化。针对大熊猫生存面临的主要问题，世界自然基金会开展三项核心工作：新建保护区和走廊带；建立岷山北部大熊猫保护行动和信息网络，即保护区联合进行生物多样性监测和反偷猎活动的行动，同时建立县级野生动物保护站信息交流网络；推动社区保护项目的经验在区域内的推广和利用。
陕西秦岭是大熊猫分布最北的山系，秦岭的大熊猫作为一个独立的种群，本身数量较少，而且由于人类活动范围的扩大和道路的建设，又被分隔成几个小种群。因此即使这里被誉为“大熊猫的天然庇护所”，但如果栖息地退化和破碎化的程度继续加深，秦岭大熊猫的命运也是岌岌可危。由于认识到了陕西秦岭在大熊猫和生物多样性保护上的重要地位和保护的紧迫性，经过一年的考察论证，世界自然基金会于2001年底确定在秦岭开始实施秦岭生态保护与社会经济可持续发展项目。该项目的目标是调动和发挥各界力量，尤其是非传统的保护力量，使自然保护和可持续利用的思路和方法在政策、决策、管理、投资和消费各个过程中得以应用，使秦岭成为以大熊猫为代表的野生动物的完整家园，创造人与自然和谐相处的美好未来。基于这样的目标，该项目分为秦岭大熊猫栖息地保护和基于保护的当地经济发展两大部分。前者致力于秦岭大熊猫巡护监测网络化建设；新建大熊猫保护区；森林资源可持续管理；已建保护区的能力建设；108国道秦岭隧道区域生物走廊及大熊猫栖息地恢复。后者致力于南太白山旅游生态化和社区可替代生计。秦岭大熊猫栖息地保护和可持续经济发展项目覆盖了整个秦岭地区。
世界自然基金会不仅致力于大熊猫物种的保护，也十分关注大型猫科动物的保护工作。目前世界自然基金会在大型猫科动物方面的保护工作集中在黑龙江流域东北虎保护和制止西藏的野生动物皮毛制品的非法贸易。
黑龙江、吉林和内蒙古东北部与隔黑龙江相望的俄罗斯远东地区共同被世界自然基金会认定为全球重点生态区之一，合称为黑龙江流域生态区。这里也是很多珍稀动物的栖息地，如东北虎、远东豹、黑熊、丹顶鹤、白枕鹤等。世界自然基金会从2002年开始在这一地区开展针对森林自然保护区的保护项目，帮助当地政府新建或升级了五个保护区，面积达到90万公顷；同时，还运用自然保护区管理有效性的理念，对这一区域内主要保护区进行了已建保护区的管理有效性评估，针对保护区存在的问题和威胁，提出解决问题的策略。
此外，为了拯救孟加拉国虎、金钱豹、雪豹等亚洲大型猫科动物，世界自然基金会与野生物贸易研究组织在拉萨和那曲地区开展了动物毛皮的市场和消费调查，并于2005年8月共同在拉萨举办了关于制止亚洲大型猫科动物非法贸易的研讨和项目规划。该项目于2006年1月正式启动，其重点是通过与政府部门，研究、教育机构，宗教界等合作，开展市场和消费调查、宣传教育、政策研究、提高执法能力等项目，来制止藏区非法贸易和消费。
淡水项目
世界自然基金会在全球50多个流域开展湿地与淡水保护及流域综合管理示范工作。1998年中国发生洪灾之后，湿地和淡水生态系统的保护也成为世界自然基金会在中国的主要工作领域之一，并通过与国家林业局等相关部门的合作，先后在湿地恢复、湿地替代生计、湿地保护区网络建设、重建江湖季节性生态与水文联系、提名国际重要湿地、湿地宣传教育、流域综合管理政策倡导等方面开展了大量工作。世界自然基金会在中国的淡水项目主要有“携手保护生命之河”长江项目；世界自然基金会——汇丰银行“气候与伙伴同行”中国项目。
生命之河长江项目启动于1999年。该项目致力于协助建立西洞庭湖省级保护区，在西洞庭湖、青山垸（湖）、西畔山洲等开展湿地恢复、保护与可持续利用等工作，通过发展湿地替代生计生态旅游、生态渔业等，促进社区共管、协助建立保护区并不断提高其能力、宣传教育等途径，推动洞庭湖地区湿地的保护和可持续利用。在增加湿地保护区面积的同时，也增加了当地人民的收入。在此项目的影响下，2002年，汇丰银行通过其“投资大自然”项目支持世界自然基金会在湖北启动了以“重建江湖联系，恢复长江中游生命网络”为目标的“恢复长江生命之网——WWF-HSBC长江项目”。到2007年，长江中下游成功推动了1000平方公里湿地的恢复，促进中国流域综合管理政策的实施。
“气候与伙伴同行”中国项目的目标：制定中国“2050能源展望”，发展“低碳城市”；推动应对气候变化的流域综合管理政策。该项目有以下主要实际行动。2007年10月，世界自然基金会联合中国地质大学（武汉）、湖北省畜牧兽医局等相关单位成立了“清洁生产与清洁发展机制研究中心”，并和湖北原种猪场及相关公司合作启动了“低碳养猪”示范项目。2008年，中国水利部黄河水利委员会和世界自然基金会联合主办河流环境流量研讨会，交流环境流量领域的理论研究成果和实践探索经验。2008年，长江中下游五省（湖北、湖南、江西、安徽、江苏）布“网”监测淡水豚类，长江流域豚类保护网络正式成立。该网络致力于建立统一的长江豚类动态信息平台，并制定全流域范围内的长江豚类保护政策，编写豚类保护监测和救护手册，并定期对保护区人员提供标准和统一化豚类监测和救护培训。
森林项目
世界自然基金会北京办事处林业项目结合国家重点林业工程，在长江上游岷山地区以及东北和内蒙古地区开展了大熊猫和东北虎栖息地森林保护和恢复项目，向国内介绍并引进了最新的景观保护理念和方法。通过建立保护区、提高保护区管理有效性，及探索社区和企业参与的共管机制，使呈现破碎化的栖息地得到连接和恢复。同时，为了提高我国森林资源的质量和可持续利用，把森林认证和产销监管链认证引入中国，协助政府有关部门制定相关的国内标准，帮助森林经营单位提高管理水平和对森林资源的可持续利用。为了减少中国进口木材需求增长对南美、东南亚等天然林丰富地区可能产生的不利影响，世界自然基金会北京办事处成立了中国森林贸易网络，鼓励在中国（包括香港和台湾）的从事木材贸易和生产的厂商，通过加盟全球森林贸易网络组织，促进合法采伐和贸易，推动可持续森林经营和可信赖的森林认证。与此相关的大豆和棕榈油圆桌会议也是林业项目的工作重点，旨在鼓励有影响力的厂商通过参加圆桌会议承诺促进有利于森林土地可持续发展的经营。
教育与能力建设项目
为推动可持续发展教育在中国的开展，以实现世界自然基金会的最终使命，1996年，世界自然基金会在北京正式设立办事处之时，就创建了教育与能力建设项目（原环境教育项目）。
经过近十年的建设与发展，该项目始终贯彻“能力建设、资源开发、政策影响和网络构建”的工作策略，并通过与中国教育部、国家环保总局、国家林业局等政府部门和高校学术科研机构、社区、宗教团体以及地方相关NGO合作，开展了“中国中小学绿色教育行动”、“香格里拉可持续社区”、“青少年爱水行动”、“香格里拉河流与湖泊”、“巴珠可持续社区”、“滇西北社区能力建设”、“藏东社区保护与发展”、“地球的孩子”等项目，成功地将可持续发展教育的理念、内容和方式方法引入中国的正规教育和社区可持续发展教育领域。
能源与气候变化项目
世界自然基金会中国气候变化与能源项目致力于提高公众及决策制定者对气候变化的认识，帮助易受影响的自然生态系统及社区增强适应气候变化的能力，倡导公众采取可持续的消费和生活方式，推动政府制定更有效的政策以提高能源效率、减少温室气体排放；与富有战略眼光的企业建立新型伙伴关系，鼓励企业投资并从事低碳技术的开发和利用，采取有利于减缓气候变化的生产和运营方式。世界自然基金会气候变化与能源项目在中国开展的项目主要有低碳城市发展项目、后京都气候变化谈判、节能“20行动”和气候变化见证人等。
野生物贸易项目
野生物贸易研究委员会创建于1976年，是由世界自然基金会与世界自然保护联盟合作支持成立的野生物贸易研究项目，其目标是确保野生物贸易不会对自然环境构成威胁。1996年，东亚野生物贸易研究委员会开始在中国开展工作，并于2001年在世界自然基金会办公室设立中国项目，即东亚野生物贸易研究委员会中国项目。东亚野生物贸易研究委员会在中国的项目力求以药用动植物资源保护为切入点，通过与政府相关部门、医学界、高等院校以及企业的交流与合作，使药用动植物的使用逐渐找到可持续利用的有效途径，既合理利用自然资源，又有效地遏制非法的野生药用资源贸易。通过在中国开展的各项工作，东亚野生物贸易研究委员会中国项目希望能够为制止非法野生物贸易、保证资源的可持续利用和生物多样性提供可借鉴的经验与教训，与国内外各个不同的组织一同为中国乃至东亚地区的生物多样性保护作出更多的贡献。其在中国的项目主要有：药用野生动植物资源保护；野生动植物贸易调查与监测；能力建设：加强濒危野生动植物种国际贸易公约的履约。
科学发展与国际政策项目
作为一个全球性的独立的环保组织，世界自然基金会在淡水保护、森林保护、气候变化、野生动植物贸易等方面已经具有相应的领导力和影响力。近年来世界自然基金会也开始拓展其传统的业务领域，其中的一个发展方向就是与上述保护项目密切相关的跨项目的政策领域工作。科学发展与国际政策项目（简称为政策项目）致力于推动中国的“科学发展”即可持续发展，也承担世界自然基金会全球网络之间与中国相关的政策工作的沟通、协调和实施。
按照世界自然基金会中国项目办公室“五年保护发展计划（2005~2010年）”，为应对环境保护与可持续发展的挑战，政策项目着力于以下三个主要方向：即贫困与环境（包括补偿机制和生态补偿）、消费或可持续生活方式（生态足迹）和贸易、投资与金融（是对消费与可持续生活方式方面的有力补充，目的在于“绿化”供应链环节）。此外，政策项目也承担与“中国环境与发展国际合作委员会”（简称“国合会”）的联系和合作事宜。
2007年4月，世界自然基金会发布了《重新思考中国境外投资》报告。由于中国对外投资飞速发展，整个世界都需要重新考虑现有的全球经济发展模式。报告建议在自然资源供应方、产品和服务生产制造方以及消费方之间建立对话机制，促进全球循环经济。
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