南北朝时期，为管理本国边疆的少数民族，南、北方的各王朝都设置了相应的机构，基本上沿袭了汉朝以来的体制，又有所发展。北魏时期，列曹尚书中设有祠部尚书，与大鸿胪卿、典客监、典仪监等其他机构一起负责管理边疆民族事务。在北魏的京城洛阳，还设置了专门接待、安置边疆民族的四馆、四里，按照区域的不同接待前来归附的边疆民族：北方来的安排在燕然馆，三年后在归德里赐给宅第；南方来的安排在金陵馆，三年后在归正里赐给宅第；东方来的安排在扶桑馆，三年后在慕化里赐给宅第；西方来的安排在崦嵫馆，三年后在慕义里赐给宅第。从名称上看，这些馆、里显然是以北魏为“中国”（“天下之中”），希望四方“慕义”、“慕化”前来归附，达到一统宇内、四海同风的目的。在边疆地区，北魏既设置管理民事的州郡，又设了具有军事性质的镇，还设有护匈奴、羌、夷中郎将和护羌、蛮、越、戎校尉等。在东北边疆调整州郡设置，设营州、平州、安州、幽州、燕州，并加封高句丽为骠骑大将军、领东夷校尉、辽东郡公、高丽王等职衔，还与奚、契丹等保持朝贡关系；在北部边疆，设司马、参军和护高车中郎将管理各民族事务；在西北边疆先设了凉州、河州、秦州，又设了统万、高平、薄骨律、仇池和敦煌五镇，后改为夏州、原州、灵州、渠州和瓜州，还在西域设了征西将军和鄯善、焉耆等镇。

    北魏分裂为东魏、西魏，而后又分别为北齐、北周取代，它们在边疆民族管理机构上继承了北魏时期的体制。在中央，尚书省中设有祠部，所设五曹中的主客曹即主管边疆少数民族事务；大鸿胪仍是管理边疆民族事务的机构之一，北齐时曾改为鸿胪寺。在东北边疆，东魏、北齐沿袭北魏时制度，仍设营、平、安、幽、燕五州，仍旧册封高句丽王。西魏在西北边疆的陇右、河西等地基本沿袭了北魏时的州郡，西魏、北周在吐谷浑地区设置了洮州、邓州、芳州、岩州等。

    南朝的边疆地区是当时中国的西南、南部边疆，主要指广州、越州、交州和宁州，生活着僚、俚、蛮等少数民族。为管理边疆民族事务，南朝各政权都在中央设置了相关机构、官职。宋、齐和梁初设置了大鸿胪，下设客馆令、乘黄令等，掌管四方的“宾客”，其中就包括来自边疆的少数民族首领或使者。508年（梁天监七年），梁武帝改大鸿胪为鸿胪卿，下设丞、功曹、主簿等属官，陈朝时期继承了这一体制。这一时期，大鸿胪的作用已有所下降，成为了清闲之职，往往是在有事时就暂时设置，事情结束就撤销。在边疆地区，宋时在广州设平越中郎将，管理岭南越人；还设置了南蛮校尉、西戎校尉、宁蛮校尉、南夷（镇蛮）校尉，各下设长史、司马、参军，管理边疆各族事务。齐时仍设平蛮校尉、镇蛮校尉、平越中郎将等，梁时分别在广州、宁州设平越中郎将、镇蛮中郎将，陈朝继续设蛮、戎、越校尉和中郎将等机构。南朝还设有护军、督护，主要是平定边疆那些不肯归附的民族，具有军事性质。南朝还在边疆地区调整了州、郡设置，如宋时分交州、广州之地增设越州，齐时在交州增义昌郡，梁、陈时除了广州、越州、交州外又增设崖州、合州、黄州、兴州、爱州、安州、罗州、明州、利州、德州、高州、新州、石州、建州、成州等，这些州郡的增设反映了南朝对边疆民族地区管理的强化。

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