1966年5月，“文化大革命”在全市各级各类学校相继展开。兰州教育界先是“停课闹革命”，使学校教育秩序陷于混乱，接着开展“夺权斗争”，批“反动学术权威”，揪“走资派”，学校领导及教师遭到批判，使教育机关陷于瘫痪。几经“斗批改”、“反回潮”、“学朝农”等所谓“教育革命”的折腾，使许多教师、干部蒙冤受辱，正常的教学活动趋于停滞。在“阶级斗争为纲”和被扭曲的教育思想支配下，各级各类学校的教育教学改革、高等学校教学、科研、生产三结合的教育体制，遭到严重破坏，整个教育事业备受摧残。
1966至1970年，全市高等学校和中等专业学校一律停止招生，废弛招生、考试制度，否定了学校教育的职能，延缓了教育事业发展的历程，使各种建设上的人才结构严重失调，形成巨大的断裂层。1971年开始从工农兵中选拔学员。由于“群众推荐，领导批准，学校复审”的标准难以把握，并流于形式，不仅使培养的大学生质差量少，而且带来了“走后门”的不良社会风气。文化大革命造成国家建设人才缺乏，科研和教师梯队断层现象，是从1977年以后的新时期才开始逐渐显露的。后来虽然对部分工农兵大学生采取“回炉”、补课的补救措施，但一部分人仍难以胜任科研和教学工作。
文化大革命期间，各级各类学校的学习年限普遍缩短1－2年，搞乱学制，给教育教学活动造成了困难。实践证明，学制缩短后的学校教育，尤其是基础教育，既不利于人才的成长和培养，更不利于各级学校的相互衔接。因此，“文革”结束后，拨乱反正，势在必行。但由于十年动乱搞乱了学制，给各级学校的恢复工作造成了许多困难。要延长学制，首先必须解决教材，重新编写中小学教材的任务相当巨大，随着年级、班级的增加，必须增加任课教师。十年动乱，教师队伍青黄不接，给教学造成了很大压力；学生人数增加，必须扩大校舍。动乱过后，百废待兴，教育经费有限，给学校修缮和后勤工作造成很大负担。总之，学制的转换引起了教育系统难以协调的连锁反应。
除缩短学制外，当时各大中专学校还盲目撤并机构，合并专业。中学课程设置的变化，首先引发了中等师范和高等师范专业设置的反响。从“专业对口”出发，中等师范学校拔高教学培养目标，将数学与物理合并为工业基础知识，化学与生物合并为农业基础知识，音乐、美术合并为“革命文艺”，体育改设为军事体育。高等师范学校将政治与历史合并为政史，生物与地理合并为农基，体育与艺术合并为军体艺术。甘肃农业大学将畜牧与兽医专业合并为牧医，园艺与森林合并为林果，并在校内进行场、系合一的试验，将教学实验农场的畜牧站、农作站、园艺站等分别与牧医系、农学系、林果系合并。中专课程的合并，无非是把两个教研组并在一起，按专业课程内容分配课时，并各自按照自己的学科系统授课。高等学校的专业合并，也是貌合神离，两个系表面上合在一起，其实仍然是两套人马，两个学科体系，只不过是减少专业课程，压缩教学时数而已。显然，大中专学校的系科压缩、专业合并，不仅破坏了学科体系的完整，给管理、教学造成诸多不便，而且忽略了基础知识和基本技能的培养、训练，使教育质量严重下降。
在对林彪、“四人帮”的倒行逆施进行抵制的同时，广大教育工作者，忍辱负重，以党的事业为己任，顶着压力，克服困难，坚持工作，在教学和科研两个方面，做出了力所能及的成绩。兰州大学在基础理论研究和应用科学的研究上，首先取得了可喜成绩。化学系教师黄方魁，白天挨批斗，晚上支持搞试验，终于于1974年5月在实验室合成具有世界先进水平的三尖杉脂碱，对药物抗癌做出了新贡献。物理系教师段一士，在完成电容感应式引信研究的同时，与葛墨林合作研究规范场理论与磁单极子，获得重大理论性突破。除了有机化学、理论物理的研究外，到20世纪70年代末，兰州大学在原子核物理及核技术、磁性材料、细胞生物学、植物生理学等方面，已经形成了自己的学科特色，为进入20世纪80年代的科研腾飞打下了基础。
工科院校的教学和科研，也取得了一定成绩。甘肃工业大学从工业生产发展的需要出发，在原有专业的基础上，增设了液压传动、工业企业自动化、金属热处理工艺及设备专业。
从1970年到1976年，共招收七届工农兵大学生，培养工程技术人员2064人。1975年，为适应厂矿企业的需要，还举办了“老工人进修班”和“农技进修班”，共培训学员162人。在科研与教学的结合上，师生共同承担了177个科研项目的任务。在设备设计、工艺设计、建筑设计的169项中，完成153项，直接运用于生产的有44项。兰州铁道学院以“教改连队”和“教育革命小分队”的形式，组织师生分赴工厂和铁路现场搞教学。1969年11月，他们承接了从陕西勉县至汉中40公里铁路施工的技术指导，随后又承担了包括9座大桥、2孔隧道在内的长9．2公里铁路的修建任务。教师在现场组织教学；学生在实践中边干边学，取得了在当时条件下所能取得的科研和教学的好成绩。
农业、医学、师范和民族院校虽然受到了很大干扰和破坏，但是，在教学实践和科研方面也取得了一定成绩。甘肃农业大学先后组织“教育革命小分队”分赴农、林、牧场及农牧区搞“现场教学”，在酒泉、张掖、武威、兰州、天水、武都、甘南、天祝等地和一些农林牧场建立“三结合”教学基地，开展结合本地区生产实际的教学和科研活动。兰州医学院从1971年恢复医学和药学两个专业的招生后，其招收工农兵大学生6届，毕业2359人。此外，还招收了医疗、妇幼、儿科短期进修班学员775人。尽管在“左”的思想影响下，基础课和临床课的教学受到很大冲击，但很多教师还是尽了很大努力，力争较好的效果。甘肃师范大学从恢复招生以后，在组织教学的同时，开展了有关学科的实验研究。生物系著名植物分类学家孔宪武教授承担了省计委重点课题，先后完成《甘肃野生植物猪饲料介绍》、《甘肃野生油料植物》、《甘肃野生淀粉植物》的编写任务。对本省植物资源的研究、开发和利用，做出了有益贡献。
在市属中小学校，广大教师始终尽心竭力，在逆境中坚持教学，为培养青少年儿童做出不懈努力。1972年后，被立案审查的绝大多数教师重新回到教学工作岗位，并成立联校教研组，开展教学研究。兰州市城关区举办教师培训班，提高教师文化基础知识水平。七里河区召开教师代表大会，总结经验教训，鼓励教师钻研业务，改进教学，使教学教育质量有所回升。此外，工农业余教育也有所恢复和发展，但大都以政治学习为主，真正达到要求的不多。
1978年12月，具有深远历史意义的中共中央十一届三中全会重新确立和恢复了正确的思想路线、政治路线和组织路线，开始了全党工作中心的转移，兰州教育事业由此步入恢复、调整、改革、发展的新历史时期。三中全会全面地认真地纠正文化大革命中及其以前的“左”倾错误，审查和解决了党的历史上一大批重大冤假错案和一些重要领导人的功过是非问题，加快了从中央到地方平反冤假错案的步伐。各级政府认真贯彻中共中央十一届三中全会精神，进行了重大冤假错案的平反工作，推动揭、批、查斗争的进一步深入。从1978年至1983年，平反了大量冤案错案，清理、销毁了数以万计的不实材料，在平反过程中，先后对为数众多的蒙冤受曲人员补了工资或补助费，对在历次政治运动中受到错误批判的同志陆续恢复了名誉，并重新调整或安排了工作。兰州大学共复查各类案件2100多件，1500多件全部平反结案；对错划的“右派”全部改正；对其他类型的100多件错案也作了妥善处理。此外，还清理了1500多名非党知识分子的档案，凡属不实之词和不恰当的结论、评语都作了改正。1981年2月，据兰州大学、甘肃师范大学、甘肃工业大学、兰州铁道学院、西北民族学院、兰州医学院6所院校统计，文化大革命中教职工被“立案”审查的共1450人，已平反纠正1447人，占99．8％，反右中划定的“右派分子”共784人，已改正777人，占99％，使受冤同志恢复了本来的面貌。
中、小学的冤假错案平反工作，在当地党委和主管部门领导下兰州大学郑国教授在实验室工作（1978年）进行，对在历次政治运动中错划的“右派”、“反革命分子”以及在文化大革命中受到打击、诬陷和迫害的教职工予以平反、改正，恢复了名誉。
平反冤假错案是拨乱反正的重大步骤之一，它成为确认知识分子在社会主义建设中的地位和作用、落实党的知识分子政策的重要内容。通过平反冤假错案，知识分子身荷多年的包袱卸下来了，从而以极大的热情和干劲投身于教育事业之中。
为了更好的发挥和激励广大教师的积极性，1979年3月，省革委会召开高等学校教师晋升大会，宣布段一士等24名教师晋升为教授，朱子清等因错划“右派”和错误批判而取消了学衔的8名教师恢复教授、副教授职称。随即，教师职称晋升工作普遍恢复进行，高等学校原有的教授、副教授、讲师和助教都恢复了职称。1981年2月，甘肃省政府批准大专院校职称评定委员会和中小学特级教师评定委员会正式成立。从1978年至1981年2月，各高等院校晋升职称的教师达到1963人，其中教授23人，副教授120人，讲师820人。1981年7月，由省政府批准本省第一批中小学特级教师3人。由此，教师职称评定工作一步步走向正轨，不断趋于完善。
充分信任和依靠知识分子，不仅体现在政治待遇的变化，而且体现在改善其生活和工作条件方面。从1978年开始，各级各类学校先后选拔了一大批教师到校、系领导岗位任职，让他们在学校管理工作中发挥重要作用。各级各类学校都加强了在知识分子中发展党员的工作。各地政府和教育行政部门重视解决教师住房，增加工资，使教师居住和生活条件得到了一定的改善。教师的社会地位逐步提高，从而调动了他们的工作积极性。
恢复高考制度，整顿重建教学秩序，是教育恢复工作的基本内容。1977年10月，省革委会根据邓小平指示精神和教育部《关于一九七七年高等学校招生工作的意见》，开始从高中毕业生中招收大学生，并举行了全省统一的文化课入学考试，录取的新生于1978年2月入学。与此同时，兰州各中等专业学校也开始从初、高中应届毕业生中直接招收学生，并举行全省统一的入学考试。恢复大中专学校招生考试制度，是拨乱反正中把教育事业转向正轨的开始，也是带动各级各类学校恢复教学秩序的起始，同时也标志着文化大革命时期实行的“推荐入学”办法的废止。
为了使教育事业步入正规发展的道路，必须统一学制和教学计划，建立必要的规章制度。1978年9月10日，教育部颁发了重新修订的《全国重点高等学校暂行工作条例》（即新高教六十条）和《全日制中学暂行工作条例》（即新中学五十条）、《全日制小学暂行工作条例》（即新小学四十条）。1980年8月又颁布了《中等师范学校规程》。省、市教育局转发了上述条例、规程，要求大中小学认真贯彻执行。根据条例，兰州各高等学校实行“党委领导下的校长分工负责制”和系一级实行“系党总支委员会领导下的主任分工负责制”。兰州各中小学着手实行党支部领导下的校长负责制。与此同时，统一中小学学制。1978年，根据教育部全日制中小学学制为十年（中学五年，小学五年）的规定，全市中学修业年限从“文化大革命”期间的四年改为五年。1981年6月，遵照教育部将中学学制逐步改为六年的通知精神，省教育厅发文通知各地，将中学学制定为六年，要求重点中学从1981年秋季招收的新生开始实行六年制教学计划，其余中学逐步实行，1985年前过渡结束。小学学制在文化大革命期间改为五年制，而且招生时间不一。1978年省教育局按照教育部规定，小学恢复秋季招生。1981年，小学学制试行六年制，先在重点小学和城市小学试行。规定试行六年制的学校，教学程度原则上同现行的五年制小学一样，不再提高。
与统一学制同时并举的是统一教学计划。1978年至1981年，兰州各中小学贯彻省教育厅文件精神，陆续转发了教育部颁发的教学计划并在全市贯彻执行。在统一教学计划的前提下，贯彻执行中小学学生守则。1979年9月，市教育局转发了教育部重新颁布的《中学生守则》和《小学生守则》试行草案，并在转发通知中要求各地教育部门和中小学校都要把学习、贯彻执行守则作为学校工作的大事来抓，务必在本学期内抓出成效，要求各中小学校学生人手一册，做到会背、会讲、会唱、会做。
由于实行上述措施，使各级各类学校有规可依，有章可循，逐步恢复了正常的教育教学秩序，改变了混乱状况，为提高教学质量，培养合格人才创造了条件。
理顺管理体制，调整加强领导班子，是保证教育事业健康有序发展的根本。为摆脱“文化大革”造成的混乱，理顺管理体制，成为拨乱反正的一项重要内容。1977年11月，根据中央指示精神，省委决定从本年底开始，各大、中、小学的工人宣传队陆续撤出学校。同年11月召开了兰州地区高等学校党委负责人会议，讨论贯彻落实省委的部署，工宣队、贫管会从各级各类学校中陆续撤出。与此同时，根据中央和省委指示精神，甘肃师范大学党委决定，撤销学校革命委员会，实行党委领导下的校长分工负责制；撤销各系、馆及所属中、小学革命委员会或革命领导小组，实行党总支或直属党支部领导下的系主任、馆长、校长分工负责制；撤销学校政治部，恢复党委组织部（兼统战工作）、宣传部，武装部；撤销学校训练部，恢复教务处；撤销校务部，恢复总务处；同时，恢复人事处。从1978年开始，全市各级各类学校陆续撤销革命委员会，实行党委（总支、支部）领导下的校长分工负责制。1979年，省委任命了一批高等学校领导干部，还在通知中明确指出，高等学校实行党委领导下的校长分工负责制，原校（院）革委会正副主任、常委、委员职务即行消失。之后，根据中央对干部革命化、年轻化、知识化和专业化的要求，各级各类学校领导班子都经过了多次调整，主要要求是把年富力强，工作上有经验、有干劲、有成绩，比较内行的人吸收到领导班子来。这样调整以后，改变了领导班子中一般行政人员多，专业人员少，老年人多，年轻干部少的状况，在“四化”程度上有明显提高。
为理顺高等学校管理体制，1978年2月，省委发出《关于改变省属高等院校管理体制的通知》。省属院校实行省委、省政府领导下由业务部门分工管理的领导管理体制，即主管业务部门管理发展规划、培养目标、专业设置、教学计划、科研规划、人事调动、财务基建和物资供应等项工作，省教育行政部门对各校进行综合管理。学校内部，实行党委领导下的校长分工负责制。内部机构方面，党委系统设组织部、宣传部、武装部；行政系统设教务处、总务处、人事处等。
在中小学管理体制方面，1977年4月，将各中小学教师的管理权移交给同级教育行政部门，中小学校内部，实行党支部领导下的校长分工负责制。机构设置方面，中学设教导处和总务处，小学设教导主任和总务主任。关于重点小学的管理体制，1978年确定重点中小学分别由各地（州、市）县（市、区）教育局、有关办学单位和省教育局双重领导，除个别学校以省府领导为主外，其他学校都由地、县和办学单位领导。1980年，根据省委关于分级办学分级管理的要求，确定中小学的教育业务工作由地（市）、县教育部门主管，既管业务也管干部、管思想。地、县、党组织对教育工作实行统一领导，具体工作由地、县委宣传部分管。1984年起，兰州市七里河区率先实行“乡管校”改革试点，随后各区、县相继进行管理体制改革。1987年，市委、市政府召开深化农村教育体制改革会议，制定《兰州市农村教育分级管理暂行办法》，全面推行“地方负责，分级管理”的教育管理体制。由于初步理顺了管理体制，使兰州教育事业走上有秩序稳定发展的道路。
深化教育教学改革，提高学生基本素质，是基础教育事业发展的基本目标。1980年后，兰州市贯彻教育为主，德育为首，五育和谐发展的工作方针，在调整教育结构，建立正常教学秩序的基础上，健全充实教育科研机构，运用现代教育理论，加强现代教育教学研究，改革教学内容和方法，使学生在德智体几方面都得到发展。主要采取以下几方面措施：一是以加强“双基”（基础知识、基本技能），发展智能为目标，研究教材教法，在30所中学、近百所小学开展教学改革试验。二是建立兰州电视教育中心、县区电教馆和学校电教室，扩充电教设备，运用现代教学手段，开展电化教育。三是开展课外活动，发展学生个性特长。各校普遍建立各种学科、科技和文体活动小组，因材施教，益智增能，培养学生良好的道德情操和科学素质。四是发展校外教育，优化育人环境。在城区增设校外教育专业机构，中小学普遍建立家长委员会或家长学校，向家长传授科学育人的知识和方法。五是建立督导制度，加强教育评估。1986年起，市教育局、各县区相继成立督导室，并拟定中小学教育督导评估方案和评价等级标准，全面提高教育质量。经过不懈努力，全市中小学生的思想品德、文化科学素质，有了改善和提高。1990年，有1173名学生被评为市级“三好学生”，663名学生被评为“优秀学生干部”；小学毕业生合格率达94％，中学生参加全国数学、物理、化学竞赛有61人获全国奖，71人获省级奖，高考成绩高于全省平均水平。
调整重建各类教育形式，是教育事业深入、全面发展的重要表现。经过拨乱反正，在逐步恢复整顿学校秩序的基础上，开始了对教育事业的调整，初步建立健全了各级各类教育形式，以适应社会主义现代化建设对教育的要求。
普通高校、普通中专的质量是教育水平高低的重要标志。对普通高校、普通中专的乱砍乱并是对教育事业的摧残，是对培养高、中级技术人才的损伤，更是对经济建设事业的破坏。因此在恢复教育秩序的过程中，首先抓了普通高校和普通中专的调整和重建工作。1981年7月，省政府决定甘肃师范大学恢复西北师范学院校名。同年12月，因甘肃农业大学设在武威县黄羊镇，该地不具备办大学的条件，经省委决定报请国务院批准逐步迁回兰州。与此同时，先后创建了甘肃中医学院（1978）、兰州师范专科学校（1978）、兰州商学院（1981）、甘肃政法学院（1984）、甘肃联合大学（1985）等院校。普通高等学校的一些系科和专业也进行了相应的调整。与此同时，兰州的中等专业技术学校得到了恢复和重建，将已撤销的历史悠久的学校予以恢复，合并到其他学校的重新恢复原有建制，迁到农村不具备办学条件的迁回原址重建。各校积极创造条件，恢复招生。
高等函授教育和夜大学的恢复。1980年9月教育部下发《关于大力发展高等函授教育和夜大学的意见》后，省内各高校函授教育和夜大学逐步恢复。兰州铁道学院函授部于1982年7月恢复招生，实行五年制本科，三年制本科（大专起点）、三年制专科三种学制，使未达到二年制专科和四年制本科毕业程度的教师和社会青年，通过系统的函授学习，达到高等专科或本科毕业程度，以胜任本职工作。兰州大学夜大学是兰州最早恢复招生的夜大学。从1978年开始，兰州大学本着“研究生为重点，以本科为主体，专科生和发展成人教育为补充”的原则，1980年夜大学恢复招生，学制有五年制本科，三年制专科两种，至1984年夜大学生已达761人。西北师范学院夜大学也从1983年恢复招生，至1984年在校学生已达205人，辅助了高等教育事业的发展。
恢复教育学院和教师进修学校。甘肃教育学院创办于1962年，1970年撤销建制，并入甘肃师范大学。1979年甘肃教育学院建制得到恢复，从1980至1984年，全院共毕业787人，为中等学校输送了一批师资。1980年3月，经省政府批准，兰州市教师进修学院成立，并于1981年正式列入建制。1980年3月，省教育局依据教育部有关精神，要求各县还未办起教师进修学校的，应将原“五七红专学校”改办为教师进修学校，为培养和提高在职教师发挥作用。
改革重建成人大中专学校，发展职业技术教育。1978年以后，随着工作重点的转移，兰州各大中厂矿企业单位相继办起各种类型的职工学校，着力提高职工的文化技术水平。成人中等专业学校大都是各系统办学，面向本系统，招收具有初中毕业文化程度，2年以上工龄，年龄一般在35周岁以下的正式职工，学习年限一般为脱产学习三年，业余学习的四年，成绩合格发给毕业证书，国家承认其中专学历。1980年，兰州市建立了职工教育管理机构，市内多个省级厅局设立了职工教育工作机构，兰州市在部分普通中学陆续试办职业高中班。同时，省教育局制定了关于职工大学的审批办法，省政府和中央有关部委首批批准5所职工大学：即兰州化学工业公司职工大学，兰州石油化工机械厂职工大学，铁道部第一勘测设计院职工学院，兰州通用机器厂职工大学和甘肃省建筑工程局职工建筑工程学院。1981年，省政府批转省文教办公室《关于加强我省职工教育的报告》，要求各级领导重视职工教育，从实际出发，切实办好各种类型的职工学校。从1982年开始，兰州市职工大学实行全省统一招生考试，对学生专业课程考试采取学校考试和省教育厅统一考试相结合的方式进行。对职工大学的质量要求有了统一标准，也保证了职工大学的健康发展。为了进一步扩大职业技术教育，兰州市政府决定加快中等教育结构改革步伐，大力发展城乡职业技术教育。从1980年起，在部分普通中小学陆续试办职业高中班。1985年制定了《兰州市关于大力发展职业技术教育的实施意见》，确立了按需施教、注重实效、适度规模、积极发展的方针，确定重点办好示范性完全职业技术学校，使职业技术教育从分散办班向集中办校过渡，从数量发展转向质量和效益同步提高。到1990年，职业高中与普通高中在校生比例大体相当，中等教育结构也渐趋合理。
初步调整中小学布局。由于文化大革命期间提出的“上高中不出公社，上初中不出大队，上小学不出生产队”口号的影响，许多小学附设了初中班、社社办高中，普通中学畸形发展，教育内部各类学校比例严重失调，教育发展与国民经济发展严重脱节。经过一段调查研究，省政府于1981年7月，依据全省教育工作会议确定的“合理控制高中，整顿提高初中，加强充实小学，积极发展职业技术教育”的调整原则，兰州市进行了全市中小学教育的调整改革工作。为加快普及初等教育，各级政府着手建设标准化小学。1981后，兰州市政府根据中共中央、国务院《关于普及小学教育若干问题的决定》，从兰州实际出发，遵循实事求是、注重质量、讲求效益的原则，开展初等教育普及工作。到1989年，全市实现普及小学教育，城关区、安宁区实现普及初中教育。1990年，兰州市政府把建设标准化小学列为实施义务教育的奠基工程，从办学条件、教师队伍、管理水准和教育质量等方面提出标准化要求，至年底全市首批建成121所标准化小学，为实施九年义务教育打下了物质基础。
发挥企业优势，办好基础教育。兰州的企事业学校，是随着城市工业的兴起而逐步得到发展和提高的，它不仅推动着职业技术教育的大发展，而且成为普通教育方面的重要力量。1980年，兰州市教育局成立厂矿教育科，各大中型厂矿企业调整充实教育管理机构，加强企事业学校的教学业务管理。1986年，兰州市政府制定了《关于加强厂矿企事业单位办学的暂行规定》，进一步明确办学的指导思想和任务，各单位以提高教学质量为中心，改善办学条件，健全规章制度，提高师资素质，深化教学改革，取得显著成效。兰州化学工业公司第一中学、兰州铁路职工子弟第一中学等校参照企业管理经验，加强教育设施建设，加强基层组织建设，加强学生素质教育，形成自己的办学特色，在省内外产生一定影响。经不断发展，厂矿企事业单位初步建成了比较完整的基础教育体系，成为全市教育事业的重要组成部分。
通过以上一系列调整、改革、整顿、重建工作，全市已基本形成普通教育、职业教育、高等教育和成人教育协调发展的教育格局，兰州教育事业逐步走上全面、健康发展的轨道，并取得显著成就。据统计，到1990年，全市共有小学1352所，在校学生23万人，普通中学205所，在校学生13万人，中等专业（含中师）学校49所，在校学生2万余人，普通高等学校14所，在校学生近3万人，成人高校、中等专业学校52所，就读学生3万余人，遍布城乡的各级各类学校为国家建设培养了大批人才，提高全市人民的文化素质，改善了人口的文化结构，大大促进了城乡的物质文明和精神文明建设。
深化改革优先发展 “科教兴市”谱写新章
20世纪90年代以来，随着党中央“科教兴国”战略决策的提出，教育事业居于优先发展的地位。“科教兴国”战略强调在科学技术是第一生产力思想的指导下，坚持教育为本，把科技和教育摆在经济、社会发展的重要位置，增强国家的科技实力及向现实生产力转化的能力，提高全民族的科技文化素质，把经济建设转移到依靠科技进步和提高劳动者素质的轨道上来，加速实现国家的繁荣昌盛。在上述背景下，我国的教育发展以深化改革、加大投入、全面推进素质教育等作为战略重点，兰州教育事业也由此步入深化改革、全面推进素质教育、提高教育质量的发展阶段。
在教育管理体制方面，依据1993年颁布的《中国教育改革与发展纲要》和省委、省政府制定的《关于加快教育改革和发展若干政策的决定》等文件精神，兰州教育体制改革的步伐进一步加快，由分步推进到全面展开。为改变过去在教育管理体制中高度集中的局面，基础教育实行分级办学、分级管理的体制，市、县（区）除各留一两所中小学作为试验学校外，其余中小学由所在地的县（区）、乡（镇）管理。学校内部管理，实行校长负责制等多种形式，发挥教职员工的能动作用，以利于提高教学质量。普通高等学校的管理，按照规模和效益并重的原则，逐步实行共建、调整、合作、合并等多种形式，打破条块分割、重复办学、自我封闭、服务面向单一的局面。职业教育和成人教育的管理体制，主要由各有关行业部门管理，教育行政部门只作宏观调控和业务指导。从2000年开始，根据中等职业教育在招生分配工作中遇到的困难和办学实际需要，开始逐步将行业所办学校向地方政府移交。
各类教育办学体制的深化改革。根据国家的一系列方针政策，全市建立了以政府办学为主、社会各界以及私人参与相结合的办学体制。基础教育特别是义务教育主要由政府来办，同时鼓励企事业单位和其他社会力量按照国家《义务教育法》、《社会力量办学条例》以及有关政策规定采取多种形式办学，积极动员社会力量面向劳动力和人才市场的需要，兴办职业教育和成人教育。1991年，兰州市完成各县（区）重点办好一所职业技术学校的任务，同时调整城镇职业技术学校的专业与布局，以提高办学效益。1993年，兰州市提出加快职业技术教育的“四开放”政策，即开放招生计划、开放收费标准、开放专业设置、开放办学年限，使职业学校的建设取得明显成效。从1995年开始，兰州市政府每年拨出专款10万元用于发展职业教育，每年从教育附加费中划拨20万元用于职校招生补助，为职业教育发展起到积极促进作用。1999年第三次全国教育工作会议后，国家加快了办学主体和投资主体多元化的步伐，兰州市贯彻国家教育政策，积极鼓励和支持民办教育，激发了民间人士兴办教育的热情，先后出现了一批民办中小学、幼儿园和职业技术学校，初步形成公办学校和民办学校共同培养人才的格局。
教育结构是教育体制改革的枢纽。经改革开放的十多年发展，兰州市按照发展幼儿教育，巩固加强小学，充实提高初中，适当控制高中，积极发展职业教育，集中力量办好骨干学校，提高办学效益的规划精神，到20世纪90年代，初步形成一个结构较为合理的教育体系。1995年，兰州市教育工作会议提出实施“542工程”的计划，即到20世纪末建成500所标准化小学，建成实验性、示范性小学、初中、高中及重点职业中学各10所，建成职业教育中心、成人教育中心各一所的学校建设目标。从90年代末开始，根据国家大力推进城镇化建设步伐的要求，进一步调整城市中小学布局。市政府把中小学建设纳入城市建设规划，尤其是小学的建设和城市新区开发、新建住宅小区同时规划、同时建设、同时启用。为适应学龄人口变动需要，对农村初中和小学统筹规划、合理布局，扩建了一批初中校舍，基本解决了初中学龄人口高峰带来的入学难问题。与此同时，职业技术教育得到稳步发展，2000年，全市建成各类中等职业技术学校14所，形成了专业门类较为齐全的职业教育体系。在成人教育方面，1997年，兰州市成人教育工作会议制定了《关于加快成人教育发展的若干意见》，推动成人教育以岗位培训和继续教育为重点，进一步加快发展步伐。到1998年，全市建成“燎原计划”示范乡35个，乡镇农技校83所，年培训人数达13万人次，全市青壮年文盲率下降到4％以下，7个县区通过了国家标准扫盲验收。同时，职工岗位培训进一步走向制度化、规范化，成人高等教育和中等专业教育快速发展。1998年，全市有成人高校13所，成人中专32所，对提高全市职工的文化素质提供了有力的帮助。兰州的普通高等教育结构在90年代逐步走向深化改革，稳步发展的轨道，1995年，省教委提出了《关于推进我省高校联合办学和促进高教结构调整的意见》，确立了共建、联建、合作、合并的方针，整体规划全省高校的教育资源，优化资源配置。在专业结构和人才结构方面，根据产业结构调整和经济发展对各类人才的需求，也逐步进行调整，并初见成效。
改善和加强各级学校的思想政治教育。20世纪90年代，根据当时国内外形势和学校思想政治工作中出现的新情况新问题，按照中央和省委的有关部署，兰州各高校采取加强政治理论课教学，将思想教育同严格的管理相结合等措施，加强思想政治教育，取得良好效果。同时，注重改进和加强中小学德育工作，强调把德育工作放在学校工作首位，是中小学贯彻德、智、体、美、劳全面发展方针的重要一环。全市广大中小学教职工，认真学习《中共中央关于加强德育工作的通知》，提高了对德育工作的认识，加强了教书育人的自觉性。各学校建立了以校长为中心，包括党、政、工、团、队的德育工作者和班主任为主体，全体教职工参加的德育工作队伍，逐步形成了德育教育网络。在各小学开展了小学生日常行为规范训练试点的研究，并根据学生特点教学爱国主义、集体主义、社会主义公德教育。各学校还举办革命纪念日活动，开展社会实践，将思想品德教育寓于丰富多彩的活动之中。例如，兰州一中开展的社会主义理论100题知识竞赛活动，西北师大附中举办“党的基础知识竞赛”、“革命党人历史故事演讲会”等，利用多种形式开展的教育活动，使师生精神面貌焕然一新。各学校还结合思想品德课和普法活动，在中小学生中教学法制教育，采取法制教育报告会、举办法律知识竞赛，参观法制展览等多种形式，有效增强了学生的法制观念。总之，在市委市政府的领导和教育部门的共同努力下，全市中小学校积极广泛探索新形势下德育工作的途径，健全德育教育网络，优化育人环境，使德育教育得到切实贯彻落实。
20世纪90年代初期，教育领域开始提出素质教育的大讨论，经过理论探讨和不断进行实践总结，到1995年后，素质教育的理念逐步形成共识。甘肃省教委于1998年印发的《关于积极推进中小学素质教育的实施意见》，提出推进中小学素质教育，必须坚持通过加强中小学教师队伍建设和德育工作，加强薄弱学校建设，深化教材课程改革，构建适应素质教育需要的教育督导评估机制和质量评价体系，积极开展区域实验，调整有关学科教学内容等措施，以稳步全面推进素质教育。1999年，中央召开的全国教育大会将素质教育列为主题，提出各级各类教育都要把全面推进素质教育，提高受教育者的全面素质，作为教育工作的战略重点。既要重视和不断加强、改进文化知识教育，又要重视和不断加强思想道德教育，这为全面推进素质教育指明了方向。
全面推进素质教育，关键在于转变教育思想，更新教育观念。长期以来，在教育模式中大行其道的“应试教育”存在严重弊端，它以追求升学率为出发点，忽视社会对提高民族素质和培养学生全面发展才能的需要，注重短期行为，缺乏面向现代化，面向世界，面向未来的战略思想。因此，以“应试教育”为特征的教育思想和教育模式，制约着教育事业的健康发展。为了加深认识和纠正“应试教育”的弊端，兰州教育系统通过多种形式的宣传教育活动，促使人们转变观念，正确认识素质教育的本质特征。在办学指导思想上，确立教育为社会主义建设事业服务的办学方向，以全面提高学生的素质为根本目标；在教育内容和质量要求上，强调在贯彻党的教育方针和全面提高教育质量上下功夫；在落实基础教育任务上，注重面向全体学生的同时，重视人的个性发展，使每个学生都能得到提高和发展；在教育方法上，主张以教师为主导，学生为主体，力求调动学生的学习积极性与主动性，使学生在自主、活泼的氛围中掌握知识，提高能力。总之，只有实现教育观念的根本转变，才能真正实现推进素质教育的目的。
1999年，兰州市启动了“素质教育工程”，主要措施为：积极争取各级政府的重视与协调；向社会、家庭、学校进行广泛宣传，进一步把转变观念，提高认识作为前提；把加强薄弱学校改造与示范性高中建设作为面向全体学生的突破口；更新课程教材内容，改进教学方法，实现减轻学生课业负担；加大改革招生制度，革新督导制度；加强科研依靠教育科研提供决策依据和行动指导。为配合“素质教育工程”的开展，省教委召开全省素质教育经验交流会，不断扩大素质教育实验的范围，并根据教育部《关于推进素质教育，调整中小学教育教学内容，加强教学过程管理的意见》的精神，本着有利于实施素质教育，促进学生全面发展，有利于教育教学秩序稳定的原则，调整了现行义务教育阶段中小学主要课程的教学内容及教学要求。同时，组织力量参与建设和推行国家新课程体系，为素质教育的有效实施做好课程教材方面的准备工作。2000年，省教育厅与兰州市研究决定，兰州市小学升初中，划片就近招生，免试入学。这一改革措施的推行，有利地促进了在小学改革“应试教育”而推进素质教育进程，同时也基本解决了学生向重点学校择校的问题，有利于加强和促进薄弱学校的建设。
2000年以来，为了深入开展教育改革，扎实推进素质教育，为全面建设小康社会培养高素质的人才，兰州市教育局制定了《兰州市基础教育课程改革实施工作方案》，确立了基础教育课程改革实施步骤，即2001年开始启动课程改革实验工作。城关区、七里河区进入国家级基础教育课程改革实验区，小学课程改革实验工作正式开始。2002年，市教育局出台了《兰州市基础教育课程改革实施意见》，成立了兰州市课程改革领导小组、专家小组、工作小组，标志着全市基础教育课程改革工作全面启动。2003年，全市近郊四区及榆中县、皋兰县义务教育阶段的1年级和7年级执行新的国家课程标准，使用新课程教材。2004年秋季起，全市义务教育阶段的1年级和7年级全部执行新的国家课程标准，全部使用新课程教材。2005年，初步建立符合课程改革要求的义务教育阶段质量评价体系，着手研究中考制度改革；开始普通高中课程改革准备工作。2006年开始，对首批执行国家课程标准的初中毕业生按国家课程标准，采用新的中考制度和评价体系进行考核和评价；全市普通高中1年级全面执行新的普通高中国家课程标准，并使用新教材。同时，建立各级课程改革组织机构和培训机构，分级进行教师培训工作，建立新的课程改革评价制度和考试制度，制定了经费、组织、物质、师资等方面的保障制度。
为了保证教育事业的全面发展，加强农村教育工作成为新世纪教育发展的一个重要目标。2003年9月，国务院召开了全国农村教育工作会议，下发了《国务院关于进一步加强农村教育工作的决定》。农村义务教育在全面建设小康社会、建设社会主义和谐社会中具有基础性、先导性和全局性的作用。兰州市委、市政府高度重视全市农村义务教育事业，全面贯彻落实全国、全省基础教育工作会议精神，先后下发了《兰州市人民政府贯彻“以县为主”农村义务教育管理体制的意见》（2003年）、《关于进一步加强农村教育工作的实施意见》（2004年）、《关于进一步加快全市中小学危房改造工程的意见》（2005年）、《关于深化农村义务教育经费保障机制改革的意见》（2006年）等文件，要求各级政府积极筹措经费，认真组织实施农村中小学危房改造工程、农村中小学现代远程教育工程，认真落实农村贫困家庭中小学生“两免一补”政策，使农村中小学的办学水平发生了重要变化，有力地提高了“普及九年制义务教育”水平，促进了全市农村教育事业的发展。
仅以贯彻实施农村中小学现代远程教育工程方面来看，2003年《国务院关于进一步加强农村教育工作的决定》明确提出“实施农村中小学现代远程教育工程，促进城乡优质教育资源共享，提高农村教育质量和效益。在2003年继续试点工作的基础上，争取用五年左右时间，使农村初中基本具备计算机教室，农村小学基本具备卫星教学收视点，农村小学教学点具备教学光盘播放设备和成套教学光盘”。国家2004—2005年度农村中小学现代远程教育工程在甘肃将覆盖兰州、白银、庆阳、平凉、武威、甘南六市（州）的三十六个县，为甘肃省农村中小学建立教学光盘播放系统、卫星教学收视系统和计算机教室。通过项目的实施，利用现代远程教育手段，引进优质教育资源，促进教育的均衡发展，缩小东西部差距，为农村社会和经济服务。为配合相关工程，2005年8月，由兰州市政府牵头，甘肃省教育厅科技处、兰州市发展与改革委员会、兰州市财政局、兰州市教育局等单位在西北宾馆举行了农村中小学现代教育远程工程项目工作会议，就农村中小学现代教育远程工程项目做了详细的部署和安排。
农村初中计算机教室为开设信息技术必修课创造了条件，并把信息技术应用到教学中去；卫星教学收视点把课程资源、教学素材、“空中课堂”送到学生的面前；教学光盘播放点的应用，把优秀课程引入农村小学的课堂，利用光盘教学或辅助教学在农村小学中广泛应用，使教师从知识的传授者逐步转变为学生学习的辅导者、引导者和课堂教学的组织者。实施农村中小学现代远程教育工程采用的三种建设模式经济实用，符合农村中小学的实际，基本适应我国农村经济和社会的发展水平。
在中小学危房改造方面，为确保全市中小学危房改造工程顺利实施，市教育局、市发改委、市财政局、市建委、市审计局于2005年3月联合对全市的272所中小学的危房状况进行了一次全面核查。核查涉及272所项目学校，计划建设规模203899平方米，计划总投资11732万元。核查期间，市政府督察室领导分别对各区、县的危改工作进行了检查和督导。此次核查，进一步摸清了全市中小学危房底数，准确掌握了我市二期中小学危房改造工程项目执行情况，为加快实施兰州市二期中小学危房工程项目步伐提供了保障。
总之，进入新世纪以来，党中央提出全面建设小康社会、构建和谐社会的目标，需要教育事业的发展必须达到更高的水平。实现小康目标、构建和谐社会，强调以人为本，人力资源是第一资源。这就需要促进人的全面发展，把巨大的人口压力转化为丰富的人力资源优势。因此，教育事业任重而道远。为此，兰州市人民代表大会第十三界六次会议制定的《兰州市国民经济和社会发展第十一个五年规划（2006—2010年）纲要》中，提出了推进“科教兴市”战略和优先发展教育事业的各项部署。《纲要》指出，全面推进兰州科技、教育、文化等社会事业的发展，必须坚持优先发展教育，加快教育结构调整，促进各类教育协调发展，其中重点加强农村义务教育和城市高中阶段教育。要高度重视人力资源的开发，大力发展职业教育和培训，提倡终身教育，营造学习型社会，培养创造型人才。要全面实施素质教育，深化教育改革，优化资源，调整布局，努力提高办学水平和教育质量，实现全社会的教育公平，建立起开放的、多样化的、社会化的终身教育体系和建设学习型城市。由此，兰州的教育事业必将抓住大好际遇，步入一个新的辉煌时期。
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