在第一章中，达尔文研究了人体构造。从人类器官来看，人是哺乳动物。奥温和其他一些人曾用来区分人和其他哺乳动物的是人和类人猿在脑构造上的差别，如赫胥黎所说的，比类人猿和其他接近类人猿的猴子的差别还要小。人与猴子的相似之处在于：疾病类型，药物作用相同，如抽烟、喝酒都能引起的舒畅快感等。人类在生殖和发育上具有猴子的特点：婴儿弱小，性别不同。
人的胚胎发育，同其他哺乳动物脊椎动物纲有共同特征：卵细胞和其他哺乳动物脊椎动物纲的卵细胞有一样的鳃沟；人的手和脚也像蜥蜴、鸟和哺乳动物的胚胎上的脚和手，有同样的位置。达尔文用了胚胎学方面的成就：血管状的心脏，胎儿排泄腔的形成，尾骨的存在，鱼的肾脏同系物的发育。他指出7个月大的胎儿的大脑皱壁，就像成年猩猩的大脑皱壁一样。他在援引赫胥黎的话时指出：“人类与猴子的相似，强于猴子相似于狗。”
达尔文对未发育器官阐明了自己的观点，这些器官具有变异性返祖现象。他描述了人的皮下肌肉能抽动皮肤的残存现象，肌肉能耸动眉毛和颈肌的残存现象，这种颈肌已经不能任意收缩。他谈到了一些返祖现象，这就是在个别人的身上作为例外出现的一种能力，例如摆动耳朵的能力，这种能力经常作为一个家庭的特点遗传下去。他指出，猩猩和黑猩猩的耳朵不能摆动，这是与人的耳朵相似的缘故。指出人的外耳存在特别的、微尖的突出部，后来这一部分被称之为“达尔文突出部”，他把这一部分看做是其他哺乳动物耳朵尖部的同系物。他举出人的眼睛上的半月形皱纹，说这是第三眼睑或者说是瞬膜的同系物。原始人种的嗅觉比较灵敏，他把这看做是过去留下来的遗传物。他认为，人的头发又长又密的特征，是祖先周身浓密毛层的残留。人的尾骨也是如此。他用这一理论研究了6个月的胎儿身上具有茸毛状的毛发层的状况。
在第一章最后，他自豪地说，他的理论在10年的斗争中，在认识上有了很大的转变。“不可思议的是那些博物学家很熟悉解剖学和哺乳动物胚胎，但却有每一个动物都是上帝逐个创造出来的想法。”
决定人类起源的因素和原因同决定其他动物起源的因素和原因是一个问题，关于人类由低等生物发展来的方式是这一章的基本思想。人也具有变异性和遗传性的特征，和动物一样。人的变化规律与家养动物和栽培植物所具有的变化规律不同。达尔文很少把人类的变化归之为受条件直接而又明显的影响，对比看动植物的变化也是这样，只是容许这些条件能引起“数量几乎是无法确定的变化”，使生物体达到一定程度的可塑性罢了。
达尔文还详细地研究了其他变化因素：器官的使用，发展的中断，作为畸形返回到从前的类型，然后他不仅谈到变化的相互关系，而且谈到人类增殖的速度，最后谈到靠自然选择不仅得到身体构造上的特征，而且还获得了智能和共同的本能。智能人的语言发展得越来越清晰，发明工具和取火技术都是智能发展的产物。达尔文补充说：“我不明白为什么华莱士先生主张通过自然选择，野人的脑子只会比猴子发达一点。”
达尔文在《物种起源》中没有讲到生命和本能的起源问题，同时他也没有向人们阐明低等动物的智能是怎样发展起来的问题。因为达尔文觉得这些问题对人们目前来说是无关紧要的，若真要解决，可留待以后去揭示，如自我保护、性爱、母爱、婴儿吮吸奶汁的本能。达尔文仔细研究本能和智慧的相互关系时，和往常一样，列举了能说明这种相互关系的不同意见的各式各样的大量事实。像他在《物种起源》里所阐述的，复杂的本能都有一个由简单到复杂的发展过程，这与智力的发展是无关系的。而且简单的无意识的本能动作与深思熟虑过的动作是可以互相替换的。
在《人类的起源》中针对这个既复杂又困难的问题，达尔文始终坚持以辨证的方式去看待它。他以人的大脑为例说明了本能由简入繁的发展过程及人的有意识的本能与动物的无意识的本能是不同的。
但同时达尔文也承认人有意识的本能与动物无意识的本能之间存在相似之处。
关于人类的系谱，达尔文认为，人来源于狭鼻猿类，当时狭鼻猿类已经从阔鼻猿类中分了出来。根据赫胥黎的意见，猿来源于狐猴，狐猴来源于其他高级哺乳动物，而其他高级哺乳动物则来源于有袋亚纲。有袋亚纲则通过原兽亚纲来源于爬虫纲。达尔文附带声明说，就在人们试图彻底研究哺乳动物的系谱时，我们越来越觉得这一课题在科学领域的空白。达尔文扼要地解释说，可以设想所有的脊椎动物亚门彼此之间有血缘关系，并且来源于无颚类祖先。在更早更原始的祖先中，达尔文列举了文昌鱼，即蛞蝓鱼，当时人们把它归为鱼类，而且把它看做是脊椎动物亚门中最原始的动物。后来他又转而研究海鞘的幼虫。他列举了别人向他报告的亚·奥·科瓦列夫斯基在那波利的发现，即海鞘的幼虫，就其发展方式和神经系统的位置，就蛞蝓鱼和高级脊椎动物胚胎所固有的脊索的存在方面来说，是和脊椎动物亚门相似的。达尔文断定：“因此，如果相信胚胎学，我们最终会了解脊椎动物亚门是如何起源的。可以推断，在以前极其遥远的时期，就存在过一类动物，它们在许多方面都与现在的海鞘幼虫相似。这一类动物分为两大分支，其中一支在发展中变弱了，形成了现在的海鞘纲；另一分支则发展到动物界的高级阶段，奠定了脊椎动物亚门的基础。”
达尔文指出通过残留的物种器官可以推断出人类远祖的外貌，同时他也指出每种生物其构造都是奇特的，独一无二的。
达尔文在《人类的起源》的第一部分中，继承了赫胥黎和赫克尔的思想。他一如既往，尽量使研究的主题所包括的内容更宽一些，所举出来的证明人起源于动物的事实，在数量上也大大超过赫胥黎和赫克尔的论据。例如，他列举了许多人的痕迹器官，关于人类才智和精神方面的能力逐渐发展的这几章内容就是崭新的。
关于人种起源，达尔文有独特的见解。他认为在物种起源、种的区别中起着如此重大作用的因素——自然选择，在这里都不能用了。人种外表的特征是不属于自然选择的，这些既不能用外界条件的直接影响来解释，也不能用拉马克关于器官使用和不使用的原则来解释。用对其他有益的特征的某种依赖性，即所谓相关作用，也是难于解释这些特征的。
由于他的思路完全是顺着“选择”走，所以在这里，在“性选择”原则中，得到了解释。而这一原则他早就用来解释动物的第二性征的起源问题，也是一向引起他极大兴趣的问题。
《人类的起源》问世后，引起两种截然不同的反响。安顿·窦恩在杂志上写道，这本书在德国博得“热烈赞扬”，但是起初，这本书遭到了人们的广泛驳斥。这是很自然的，因为它触及了人类最为根深蒂固的宗教观念——上帝创造人，而这一观念又被无情地否认了，并且书中还做出了一系列假设性的“抽象”方案。
赞扬、批评、辱骂，这对达尔文来说都不算什么，因为每一次他每一部着作的出版都会引起这样的“轰动”。而这一次，给他的新观念以重大打击的是着名的动物学专家迈弗特。他出版了《物种的发生》一书，书中对达尔文的自然选择进行了严厉的、而且乍一看来又颇能令人信服的批评。迈弗特指责达尔文缺乏证据，矛盾百出，并列举了一大串他认为从自然选择的观点看来是完全无法解释的例证。
迈弗特虽然已经承认进化，但却不同意进化的因素，即自然选择。宗教观点的卫道士们、进化论者、唯心论者、目的论观点的拥护者们所反对的正是用以说明进化的形式，这种形式以其明确的概念赢得了进化论思想的胜利，但是排除了各种目的论和创世主。也就是说，他们反对自然选择，即反对马克思所说的给了“目的论以致命的打击”的自然选择。
至于迈弗特的正确观点，则是他看到了进化的原因在于“某种内在的力量和倾向”，并且同凯利克一样，他认为发展是跳跃式的。
迈弗特的书产生了巨大的影响，很快就出了第二版，书中的论据开始在书刊上反复出现。达尔文对他所提出的各种问题没有做出回答，因为他已经看出了作者写作这本书的真实动机——让“创世说”复活，并且使“科学迁就宗教”，这是他所不能容忍的。当时他能够指望的朋友很少。尽管华莱士的演说很有才气，可是他靠不住，而爱沙·葛雷也一样，其他朋友又正忙得不可开交。
声援竟来自意想不到的地方。有一个叫琼斯·赖特的人，大量阅读并且思考过形而上学的课题。他给达尔文寄来了他在《北美评论》写的一篇评迈弗特书的书评校样。按他的说法，他通过书评从哲学方面发表他赞成自然选择的意见。赖特估计，这篇文章将会引起达尔文的兴趣，因为这对达尔文目前的处境很有帮助。
达尔文刚刚看完这篇文章，立刻就订出计划：在英国以小册子的形式出版赖特的书评；他自己则准备在即将出版的第六版《物种起源》里新加上一章；在这一章里，他打算剖析报刊上对自然选择论的各种各样的反对意见，特别要详细谈谈迈弗特的反对意见。因此，他的更为具体的答复要从赖特的哲学分析中得到充实。他把赖特的校样寄给华莱士，征求他的意见。他在给华莱士的信里写道：“文章虽然还有很大的欠缺，但是我认为还是非常有价值的。”
收到了赖特表示同意的来信，达尔文十分艰难地着手写作，因为长期受到病魔的困扰，他的精力已极度地衰竭了。不仅如此，在《每季评论》中也出现了对达尔文的着作进行的新的、极为激烈的评论，这篇文章使达尔文大伤脑筋。
评论人指责达尔文忽略了哲学和宗教的基本原则，评论人尽管承认自己是拥护发展学的，但是却又声称：人同大象和大猩猩的差别，比它们同地上的尘土的差别还要大。受到这种种“假道学的无礼攻击”，达尔文感到特别地沮丧、苦恼。他写信给华莱士说：“我很快就要成了最被人瞧不起的人了。”
他最后决定以小册子的形式出版赖特的文章。在给华莱士的这封信里他还写道：“即使是人们不看这种小册子，也能表明，有人在反驳迈弗特，对迈弗特的意见也不能不加任何思考就盲目地接受了，这也是很重要的。”
达尔文面临着最困难的时刻，照他的说法，那些钟摆式的人物摆向反对他的一面的时候，赫胥黎又龇出牙齿，并死死咬住对手不放。赫胥黎为《现代评论》杂志写了一篇文章，文章从他那方面驳斥对达尔文主义的攻击，这些攻击在《每季评论》里的一篇大概是迈弗特写的最新文章里，在同期杂志刊登的华莱士的书评《论人类》里，以及迈弗特的《物种的发生》一书的第二版里都有表现。
《每季评论》的评论员指出，天主教会的正统权威们完全承认进化论，即承认创造出的形体就已具有预先赋予的渴求发展的意向。这种解释，按照他的意见，就是使宗教顺应现代科学。尤其是他引证了着述丰富的耶稣教徒学者苏阿雷斯的着作。赫胥黎决定更深入地了解一下这些正统观点，他在图书馆找到了苏阿雷斯的大部分着作。正像他写信跟达尔文说的那样，他在那里“以家雀聚精会神地盯着农夫干活的那种锐利的目光”扫了一眼以后，抽出两卷极可尊敬的、用扣环扣着的书，看来这两卷是最可寄予希望的书，并决定以自己能从材料中抽出实质性东西的本领，用敌人的武器打击敌人，也就是援引苏阿雷斯的文词，用迈弗特自己的先知者的话来攻击他。赫胥黎抨击《每季评论》上的评论的结束语是：这篇评论完全不像是一个学者写的，因为它既不公平也没有水平。
达尔文收到赫胥黎有关此事的来信以后，备受鼓舞。迈弗特的攻击遭到了应有的回击。达尔文在《物种起源》里也亲自做了详尽的回答。赫胥黎和琼斯·赖特既从哲学方面，也从神学方面打击了迈弗特，这当然使后者感到特别难受。
赫胥黎写道：“钟摆式的人物现在摆到反对我们的方面去了，但是我坚信，他还会摆到另一边来的。”达尔文预言：斗争将长期继续下去，即使是在他们死去和消失之后。
赫胥黎对迈弗特在神学上的抨击，对形而上学的论断，特别是对关于理性及其定义的论断的抨击，使达尔文无比高兴。达尔文对赫胥黎支持他在《人类的起源》中得到发展的、关于道德起源的观点表示满意，他把赫胥黎反对华莱士的、关于野蛮人的智力的论据部分做了记号，并以完全称赞的话结束了他写给赫胥黎的信：“胡克两年前对我说过，当我读着赫胥黎的文章的时候……放射异彩的地方有几十处，机智就像是一道道光彩夺目的闪电！”
达尔文曾打算在自己有关人类的着述中，进一步谈到面部表情一章。达尔文曾通读了着名心理学家贝尔的一部“极为有趣的”书——《面部表情解剖学和生理学》。贝尔在阐述面部肌肉和呼吸的密切联系的同时，论述到人的某些肌肉只是为了表现某些感情，正因为人类有面部表情才不同于兽类。当然这些观点同达尔文的进化思想是大相径庭的。
达尔文对这个理论很感兴趣，早在很久以前，他就对自己的孩子进行了仔细的观察，经常和达尔文通信的华莱士，对此却产生了很大的怀疑。1867年3月，他在给华莱士写的信中说：“这是我近20多年来酷爱的专题之一，在我计划写一篇关于人类的文章以后，我最好是仔细地研究一下关于感觉表现方面的问题，因为人的面部肌肉的表情动作和感觉的表现方法是从动物也具有的那些感觉的表现中发展来的，而机体的发展原则适用于这一特殊场合。”
1871年1月17日，达尔文看完《人类的起源》的最后校样以后，立即开始写《动物和人类感觉的表现》一书。光是该书的概要就写了三个多月。确实，6月份由于筹备《物种起源》的最新版本，使他暂时中断了该书的写作，但是后来他继续写了下去，并在当年11月和12月就拿到了第一批清样。然而，写这本书，也同他的其他着作一样，要同传教士、不同民族中的人士、医生和生理学家进行大量的研讨。所有这些都得到了证实，但这也致使付印延期。最后校样于1872年8月22日才看完，在同年秋天这本书就问世了。一下子印了7000册，很快就销售了5000多册。
这本书的序言介绍了人的表情问题的历史概况，并指出达尔文所利用的资料：一是对孩子面部表情的观察；二是对精神病患者的面部表情的研究；三是一个受电击而收缩了的老人的面部肌肉照片；四是着名绘画和雕塑大师们的作品；五是对上面提到的不同人种的感觉表现的调查表资料；六是对动物，大部分是家养动物的观察资料。序言在结束时提出一个问题：人类及动物的感觉表现可不可以用同一种原因来解释。在书中，达尔文提出了“一般原理”有效联想习惯的原理。他认为，反射动作，要么是被继承下来的习惯，要么是被自然选择改变了的原始本能。例如，狗在躺下睡觉以前，先转圈子和刨地；幼兽的吸奶动作；马在动身之前，先用蹄子磕地等等。人类的某些动作，即使是受到了克制，但仍然继续表现其感情。
对立原理。在反映两种相对感情时的两组相反动作。例如，一条狗怀着敌意接近另一条狗时，就竖着耳朵，高高地昂起头，直竖起尾巴，目不转睛地盯着，龇着牙，两耳向后紧靠。而见了主人，就弓着身子，摇着尾巴，耷拉着耳朵，眯缝着眼睛，垂下嘴唇等等。再如，人在说“是”的时候，同时上下点头；说“不”的时候，同时从一面向另一面左右摇头。
无意识的、神经系统的影响和习惯等等，属于这方面的有：因恐惧而突然头发变白，因寒冷、烫伤、恐惧而颤抖，因过分激动而发生的肠道或肾脏不由自主地排泄。各种感觉对心脏和血液循环的作用及疼痛的反射作用，如皱眉、出汗、闭气、晕倒等等。
动物为了使自己显得更大更可怕而先发出声音，接着略微鼓起皮毛的现象，以及常常伴随着这些动作发出可怕的声音的现象。接着分析了把耳朵向后拉和把耳朵贴头部，这是用牙齿搏斗的动物狂怒时所常有的表现。
狗、猫和猴子的感觉各有其特色的表现形式。最重要的是研究猴子，因为他同人类所具有的表现有着很多相同之处。达尔文说：“我们要用行动去表达感觉，所以如果躯体始终处于完全静止状态，那就可以认为没有感觉，因为表现的形式主要取决于在一种特定环境下，心情影响头脑而产生特定行为的性质。”
在对成年人各种感觉的表现形式进行分析的整个过程中，还要同时把儿童、傻子、猴子的行为，有时还有其他动物在相同情绪下的行为拿来进行对照、比较和引证。达尔文并没有忘记指出，不同种族所具有的感觉是有相同之处的，尽管有时候也有某些例外。他列举一些事例，比如西方人习惯用耸肩表示不行，而东方人则用摇头表示不行。在表达方式上各地方人也有各地方的说法。
最后，达尔文再次重申了前面有所发挥的一般原理。一些动作因为有益于人们思想的表达而做得久了，就获得了习惯动作的性质。因此这些动作在一定的感觉条件下会重复出现，而且这些动作会在表现很好感觉的时候出现。在相反的冲动下，生活实践也会产生相反的动作，因为行为来源于生活，而又有其特有的发展。此外，也会不以习惯和意志为转移而产生一定的反射作用。随着一定的情绪而产生的那些动作都是能表达情绪的，因为人的动作就为表达自己。达尔文说：“即使一些轻微动作也可以充分表达出人们强烈的情绪。它们在我们的表情方面具有充分的意义，就像退化器官对于一个分类学和有机体谱系方面的自然科学家所具有的意义一样。”达尔文指出以下情况作为重要结论：感觉的主要表现形式，所有人种都一样，也就是说，产生于同一根源。
从人类的祖先继承下来的非常古老的表现有：笑以及在恐惧的时候毛发竖起、颤抖、发呆。属于后来的表现有：哭泣和其他悲伤的表现。达尔文最后概括的一条结论，就是在《人类的起源》里说的：人类是从低级形态开始进化的，所有人种都有共同的起源。
关于人种起源的问题，达尔文对它做了完全独创的解答。他用“性选择”原则做了解释，而这一原则是他早就用来解释动物的第二性征的起源问题。他本人承认，这是一个一向引起他极大兴趣的问题。他把“性选择”原则归结为：性选择的原因就是雄性在为占有雌性而发生的争斗中的竞争，在这一竞争中取得胜利的，是在争斗中战胜其他雄性的雄性，或者是对雌性更有吸引力的雄性。
他的结论是：“在所有对各人种之间以及在某些程度上对人和低等动物之间的外表差异起作用的因素之中，性选择是最积极的因素。”
人类起源于某种低等生物，人类和其他哺乳动物的祖先是共同的，人类各种族也是有其共同起源的，这就是达尔文《人类的起源》的结论。他在最后一章中概括道：“上述观点中有许多观点是很抽象的，有一些观点无疑将是错误的。
但我在每一个个别的场合下，都说出促使人在两个看法中更赞成某一看法的原因。我认为：要下工夫研究，逐渐发展的原则究竟能在多大程度上阐明人类自然史中一些最复杂的任务。错误的事实对科学的成就极为有害，因为它们有时能够在人们的脑里盘踞很长时间，但是，由一定数量的实际论据维持的错误观点，带来的害处就不多，因为每一个人都可以满意地找到证明错误观点的虚伪性那种有益的东西。一旦错误观点的虚伪性被证实，导致错误的道路也就常常被堵塞，而且有时通往真理之路也就同时被打开。”
达尔文以自己的毕生精力，打通了人类认识世界的进化的道路，通过对自然界的探讨，认识了人类本身，在他身后，越来越多的事实补充、完善了他所创立的进化学说，时至今日连教皇也有条件地表示了接受进化的观点。
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