督察室下面还设立了一个防奸股，专门负责监视军统内的可疑人员以及从其他组织叛变过来的叛徒，同时防范其他组织的间谍打入军统。一旦发现行为异常的军统特务，就会先关押，再严密审讯和调查。军统的训练班中曾有一个女生，仅仅因为在给朋友的信件中说了几句同情共产党的话，就被关了一年多的禁闭。
因为军统直接受蒋介石领导，所以很多非常设机构都是随时设立、随时取消的。在相当长的一段时间内，连军统的人事处处长都说不清军统到底有多少个部门。
1938年4月，叛徒张国焘加入军统后，组建了特种政治问题研究室、特种政治工作人员训练班等机构，专门研究如何渗透、分裂、拉拢共产党和进步组织。为了配合这一系列机构，戴笠还下令建立了一个特种技术研究室，专门研究毒镖、毒匕首、毒弹、定时炸弹、特种地雷等暗杀用具。
除了常设和非常设机构外，军统局内还有特务总队、集中营、特别侦察组、外事侦察组等机构，这些机构只听从戴笠个人指挥。
除了上述在军统总部之内的单位，军统还在全国各地设置了分站与办事处，还在一些地区设置了特区，例如渝特区、川康区、沿海区等。
除了国内的分站，军统还在海外设置了多个分站，向各国的使领馆派遣特工。例如：军统在印度设置了德里站和孟买站；在缅甸设置了仰光站、腊戍站；在泰国设置了曼谷站；在越南设置了海防站和西贡站；在英国设置了伦敦站；在法国设置了巴黎站，此外还设置了新加坡站、菲律宾站、美国站等等众多的海外机构。
就这样，军统特工遍布了整个中国以及有大量中国人的海外地区。
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