从1913年10月至1915年11月，张謇在北京政府担任了整整两年的农商总长。任职期间，他希望利用中央政府的力量来推行他的实业救国的方针政策。他制订了《公司保息条例》、《公司条例》、《公司注册规则》、《矿业条例》、《矿业注册条例》、《商人通例》、《商业注册规则》、《商会法》、《国币条例》、《国有荒地承垦条例》、《森林法》、《狩猎法》等几十个经济法规，尽管有些法规并未完全执行或根本无法执行，但毕竟是中国历史上第一套较系统的经济法规，而且对于第一次世界大战期间中国民族工商业的空前发展，亦有积极的推动作用和保护作用。在此期间，他还制订了保护民营工商企业的政策，提倡兴办银行，特别注重民营私立银行，利用外资振兴实业。这些政策，因财政困难，没有能完全实施，办中法合资银行，输入外国资金，也因欧战发生，完全搁浅。

    张謇初任农商总长时，和其他阁员一样，对袁世凯抱有幻想，然而经过不长的时间，他们就发现情况不妙。

    1913年11月4日，袁世凯就下令追缴国会中国民党议员的证书，一登上正式大总统宝座，就下令解散国民党，最终解散国会，张謇等追求民主政治的阁员就感到不寒而栗了。

    11月7日，张謇去拜见袁世凯，提出“维持国会”的建议。但是，他不明白，袁世凯要建立专制独裁统治，岂能容忍任何立法、代议机关存在。尽管进步党忍辱负重，委屈求全，也不能使袁世凯这个铁了心的独裁者心慈手软。1914年2月1日，内阁以总理熊希龄为首的许多阁僚不能忍受宣布辞职。

    向来厌于政坛风涛的张謇，这次却没有随同其他人辞职。善始善终，竭尽全力作好每一件事，是张謇的处事原则，他只想振兴经济，发展实业、教育。他就任农商总长不过数月，许多事情才刚刚着手，特别是他梦想多年的导淮工程，现已提上议事日程，2月初，他刚同美国公使签订了治淮借款条约，他若辞职，这项借款也就中止了。袁世凯见他心事在此，落得做个顺水人情，将原设导淮总局改为全国水利局，由张謇兼任总裁。

    1914年4月，张謇带领从荷兰聘请来的水利工程师贝龙猛一道南行勘察淮河水情与河道。两个月以后，欧战开始，中法劝业银行所定借款条约中止，美国帮助中国治淮的借款也停止了。张謇的治淮方案只好也暂时搁浅。

    1914年4月，张謇带领从荷兰聘请来的水利工程师贝龙猛一道南行勘察淮河水情与河道。两个月以后，欧战开始，中法劝业银行所定借款条约中止，美国帮助中国治淮的借款也停止了。张謇的治淮方案只好也暂时搁浅。

    夏天，一面是淮河大水滔天、汪洋一片；一面是袁世凯迫不及待地要黄袍加身，筹安会闹得乌烟瘴气，张謇心急如焚。11月，他正式递上辞呈，没有得到袁世凯的批准。1915年春，袁世凯与日谈判，签订“二十一条”，出卖中国大片利益，对此张謇怒不可遏，再具呈辞职，直到1915年4月，才把辞职书批下来，说可以解除工商部总长和农林部总长之职，至于全国水利局总裁的职务没有提，也不知是同意还 是不同意。同年7月，因张謇尚未辞去全国水利局总裁职务，曾一度入京。当时，袁世凯称帝之声甚嚣尘上，筹安会一些人想拉张謇参加，饱经政海风涛的张謇，眼见这场复辟闹剧要引发一场举国一致的反袁风暴，他断然拒绝与筹安会同上贼船。8月16日，张謇正式辞去全国水利局总裁及参政所有职务，彻底与袁世凯斩断一切联系，退守通海一隅，实现自己的实业之梦。1916年6月，袁世凯病亡，袁世凯帝制梦破灭。

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