洪武十三年（1380年），明太祖朱元璋以“擅权枉法”的罪名，诛杀了丞相胡惟庸。随后，他又取消中书省，废除了丞相一职。并且在《祖训》中规定：
自古三公论道，六卿分职，并不曾设立丞相。秦朝设置丞相，不旋踵而亡。隋、唐、宋各朝因袭此制，其间虽然不乏贤相，但也多有专权乱政的小人。现在我朝罢除丞相，设立五府六部，彼此相互制约和抗衡，而诸事皆由朝廷总揽。后代子孙做皇帝，都不许再行设立丞相。臣下胆敢奏请设立的，群臣即时劾奏，将犯人凌迟，全家处死。
废除丞相，不仅是有明一代的大事，也是中国政治制度史上一个划时代的重大事件。它表明——中围封建社会中君权与相权之间长期的矛盾斗争，至此告一个段落；秦汉以来的宰相制度从此废止，皇帝的权力更大了，君主专制的中央集权制度。从此发展到了一个崭新的阶段。此后，明代以内阁制度取代历朝的丞相制度，事实上反映了我国封建社会后期皇权的高度强化。
从历史上看，自秦始皇统一中国、建立君主专制中央集权的政治制度以后，地方集权于中央，中央集权于皇帝。身居“一人之下，万人之上”的丞相（宰相），历来是辅弼皇帝处理全国政务的最高行政长官。然而，在漫长的历史时期，由于权力分配上的不均。皇权与相权之间始终互为消长，不断发生冲突。这种矛盾、斗争的结果，一方面表现为宰相的“专权”甚至于“篡位改朝”。譬如，霍光、曹操、司马氏父子和桓温等人，就是以相权压倒帝权的典型人物。另一方面，历代有所作为的君主，无不采取措施限制相权的膨胀。伊尹放太甲，成王疑周公，便是极早的例证。自此以后，君、相之间的斗争就始终没有停止过。到明代，作为一代雄猜之主的朱元璋，深感丞相的权力对他的帝业终究是个威胁，于是干脆废除了丞相一职，实际上是以皇帝兼行宰相的职权，成为中国历史上权力最大的君主之一。
在丞相制度废除之前，六部从属于中书省，此后则直接听命于皇帝，并向皇帝负责。明太祖将此前丞相的职权作了重新的划分、定制、决策诸大权，收归他本人亲自掌管；实际政务则通过提高六部尚书的职权，交由六部分担。明太祖将中枢机构概括为：“六卿分职，朝廷（皇帝）总揽。”然而，这种划分也随即产生了一个新的矛盾——废除丞相虽然使得朱元璋一人大权独揽，满足了他个人强烈的权力欲，但此后六部处理的政务，事无巨细，最后全都汇总到他的手里。有人做过一个统计，废相之后，以洪武十七年（1384年）九月十四日到二十一日为例，8日之间，内外诸司奏札共1660份，合计3291桩事。换言之，朱元璋每天平均要看200个报告，处理400多件事情。如此繁多的政务，使得朱元璋即便是精力过人，事必躬亲，也仍然会因应接不暇而心力交瘁。尤其是定制、拟旨、批示等都要笔之于书，写成文件，此类的文书工作，更非一人所能操持应付。故而朱元璋也不得不承认：“朕尝思之，人主以一身缔御天下不可无辅臣。”
为了解决这一新的难题，洪武十三年（1380年）九月和十五年（1382年）十一月，独裁勤政的朱元璋先后设置了“四辅官”和“殿阁大学士”，让他们襄助侍从，以备顾问，并协助自己批阅奏章，处理政务。一般认为，殿阁大学士的设立，标志着明代内阁制度的萌发。内阁制度的萌发绝不是偶然的，它是朱元璋大权独揽而又无法不任用辅臣的结果。
明成祖朱棣即位后，为了进一步强化君主专制统治的职能，又挑选了一批翰林入值文渊阁参掌机务。因文渊阁在午门之内的内廷，遂有“内阁”之称。当时，朱棣也是自操威权，而让儒臣侍奉左右出谋划策，以备顾问。
然而，朱棣虽然信用阁臣，但因后者的品秩不高，故而在处理朝政时仍然多有掣肘。有鉴于此，随后的仁、宣时期，就不断提升阁臣的官阶，从而使得内阁权限发展到了一个新的阶段。原先只有五品衔的内阁学士，此时却跻身于公侯尚书之列，内阁势力也因此超过了六部的权力。对此，《明史·七卿年表序》说：
明太祖十三年罢丞相，政归六部，（六）部权重也。洪、宣以后，阁体既尊，而权亦渐重，于是（内）阁、（六）部相持。
于是，内阁便从最初的文学侍从机构，逐渐演化成凌驾于府部院寺之上的中枢机关。特别是宣德年间，内阁开始“票拟”。所谓票拟，是指阁臣将处理政事的初步意见拟具成文、奏呈皇帝的工作，这实际上就是掌握了代替皇帝起草批文意见的职权，等于直接参与了国家政事的处理。于是，内阁的权位得以迅速地提高。后人将明代内阁之职比做古之丞相，主要原因就是阁臣主持票拟的缘故。在宣宗朝，由于皇帝的信任，阁臣“三杨”（杨士奇、杨荣、杨溥）所草拟的意见，绝大多数都能很快变成在全国必须遵照的谕旨，当时内阁的票拟制度，有效地加强了中央集权，提高了明王朝国家机器的效能。
随着内阁权势的提高和阁臣品位的尊崇，阁体内部也发生了变化。内阁大学士多时达六七人，最少也有二三人。仁、宣年间，内阁权力集中在“三杨”手中，其他阁臣的权力不能与之相提并论，明中叶后形成的“首辅”制度。实际上在此时已初见端倪。后来，在主持票拟及处理其他政务时，往往根据阁臣入阁的先后、资历的深浅以及皇帝的旨意等，在阁臣中挑选一人担任内阁首领——首辅，首辅之下为“次辅”或“次揆”，其余的大学士作为他的助手，号称“群辅”，权力远较首辅要小得多。
此时的首辅品位尊崇，与皇帝是近水楼台，权大势重，恍若汉唐时代的宰辅，所以内阁首辅号称“无宰相之名，有宰相之实”。不过，虽然后来在入值阁臣中也曾出现过权力很大、与历代丞相颇为相似的内阁首辅，但明代的内阁制度与先前的丞相制度，毕竟仍有着本质的区别：首先，丞相具有裁决机宜的执行权，遇事可以上奏执行，甚至可以先斩后奏；而内阁辅臣却没有汉唐宰相的实权，事无巨细都要禀承皇帝的旨意，请旨定夺，一切都断自宸衷，遵照他的意见拟具出办法，等被批准之后，才能据以拟旨颁行。换言之，内阁对于朝政国事，并无独立裁决的法权，而是奉诏办事，其职掌实际上并没有超出翰林的职责以外，也从未改变其“侍从左右，以备顾问”的身份。从本质上看，明代的阁臣，事实上还是文学侍从之臣，做着翰林分内应做的事情。丞相拥有法定的权力，而阁臣包括首辅在内，只备皇帝“顾问”，其权力的大小，完全取决于皇帝对他们眷顾的程度。故而明代阁权之轻重大小一直处于飘忽不定之中。其次，在历代中央集权制度下，“统理政务，统率百僚”的丞相是法定的最高行政长官，有自己的相府以及诸多僚属。在明初，丞相府称为中书省，省中有左丞、右丞和参知政事等属官，六部为其直接的下属机构。而内阁则不同，它不是法定的最高行政机构。首辅亦非法定的最高行政长官，六部更不是它法定的直接下属，阁臣的品秩有的甚至比各部尚书还要低。再次，先前的宰相身处一人之下、万人之上，总得位极人臣者方能跻身相位；但阁臣却不一定，起初各类学士的品秩才区区五品，甚至更低。嗣后阁臣体制虽然渐趋尊崇，入阁者往往先是任命为礼部侍郎或尚书，再以兼任××大学士而入预机务，但入阁者品秩不拘这一特点却与明代相始终。此外，丞相历来有着定员定制，而阁臣则无定数。丞相通常是左相、右相各一人，最多时也不过再加上一两个；而阁臣则不然，在明代中后期，其人数少则四五个，多时七八人，最多时竟达十数名。内阁始终不是中央一级正式的行政机构，与六部并没有任何的隶属关系，内阁大学士兼尚书只是虚衔，不许实际掌管六部的事务，内阁并无对部臣发号施令之权，更无直接任免官吏的权限。
从上述丞相制度与内阁制度的比较上来看，内阁显然只是皇帝加强专制独裁的工具，它是明朝统治者惟恐皇权旁落并试图解决皇权与相权矛盾的有力措施。明代以内阁制度取代先前的丞相制度，反映了中国封建社会晚期皇权的高度强化。说穿了，明太祖废除丞相制，是想彻底剪除相权的威胁，挑选一些既能办事、又少实权的“宫奴”，辅佐他统治整个大明帝国。这种内阁制度，为其后代子孙谨遵勿替，对于有明一代的政治制度产生了深刻的影响。
废除了丞相制。君权与相权之间的矛盾得以基本解决。君权空前膨胀，这对于大明朱氏江山的稳固。自然是极为有利的。揆诸史实，有明一代将近300年的历史中，前后在位的皇帝多达十数名，其中，有好几位是在童年时代便成为九五至尊的，有好几位则多年避居深宫，倦于理事。但尽管如此，君权还是极为牢固，并不曾出现过权倾一朝、觊觎皇位的人物。个中的主要原因，自然与丞相制的废除有着莫大的关系。与君权的空前膨胀相比，阁臣的作为则相形见绌。明代的阁臣绝大多数是由进士而翰林，然后再拜命入阁。这些人的人生道路往往是靠书本铺砌的，一生久在翰苑，舞文弄墨。从总体上看，缺少长袖善舞的政治实践经验。像仁、宣年间的“三杨”和万历朝张居正那样的权臣，毕竟是凤毛麟角。在张居正当朝的时期，内阁权威曾发展到了顶峰，但这个“震主”的权臣却最终祸发身后，惨遭抄家之祸。其他的内阁辅臣大多庸庸碌碌，只知恪守皇明旧章，而极少勇于任事、敢言直谏者。于是，有明一代关于阁辅，出现了许许多多的绰号，如“纸糊三阁老”、“万岁阁老”、“刘棉花”、“伴食中书”、“青词阁老”、“土木偶”、“魏家阁老”、“门生宰相”和“清客宰相”等等。譬如，“纸糊三阁老”之谣，是指成化中后期同值内阁的万安、刘吉和刘翊3人。万安是当时的首辅，他是靠巴结宦官养子得以举荐入内阁的。入阁之后，不学无术，日事请托，整日忙于交结诸阉作为内援。成化七年（1471年），出现彗星，群臣多言此乃君臣之情不通所致，强烈要求宪宗及时召见大臣议政。宪宗畏天命，无奈之余只得面见大学士彭时、商辂和万安诸人。刚刚没说几句话，万安就顿首呼“万岁”欲退出。彭时、商辂不得已，也只好叩头而退。对此，中官戏朝臣日：“你们这些人一直说皇上不召见，等到见面了，却只知高呼万岁罢了。”后人有《万岁阁老》诗曰：
紫微垣旁彗星见，
群臣请对文华殿。
群臣乃受阉宦欺，
情意未洽休尽辞。
一言不合叩头退，
若辈只知呼万岁。
噫吁嘻！
传言绝倒万岁阁老，
安小人不足言，
彭公、商公何草草。
万安诸人见到皇帝，只知高呼万岁。朝野上下一时传为笑谈，谓之“万岁阁老”。万安的同党刘吉，也是锐于营私的小人。此人时常为言路所讦，但却从未倒台。居内阁18年，人称“刘棉花”。像这样平庸奸险的小人执政，内阁自然无从发挥应有的作用。万历四十三年（1615年），神宗皇帝召见大学士方德清和吴崇仁。当时，方德清只是叩首唯唯，并无他言，而吴崇仁更是噤若寒蝉。御史刘光复越次进言，万历皇帝勃然大怒，厉声喝令拿下，众太监一拥而上，哄聚殴打刘光复。此事变仓猝，吴崇仁惊怖不已，竟至吓得僵卧在地，口吐白沫，便液流溢。万历皇帝回宫后，当数位皂隶将吴崇仁扶起时，却发现这位大学士犹如木偶像，完全失去了知觉。直到几天之后，才恢复了视听感觉。吴崇仁的胆怯，自然是一个极端的例子，但从中我们也可看出内阁大臣对于专制皇帝权威的恐惧。在明代，大多数辅臣虽然还没到吴崇仁那样的地步，但许多人却与另一个大学士方德清的作为颇相类似——见了皇帝只知唯唯诺诺，叩头高呼万岁，成为尸位素餐的“万岁阁老”。更有甚者，则整天迎合帝意，撰写斋醮词文，歌颂天人感应，成为名副其实的“青词宰相”。特别是嘉靖年间，由于皇帝迷信道教，许多阁臣都是以善写青词而得入阁，而入阁后也是专门只写青词，不干别的。清人万斯同有一首《青词相》这样写道：
天子锐意求长年，深居秘殿祠神仙。
一时臣僚争献媚，西苑供奉何荣贵。
撰得青词文句工，富贵即时超侪辈。
君不见夏相当年充西市，颇由青词失帝旨。
又不见严相当年擅国权，实由青词邀帝欢。
神仙之事诚有无，君兮相兮乃争趋。
天下未得神仙力，群公实赖神仙扶。
试观前后诸公辅，谁不由兹登政府？
君臣论相只青词，庙堂衮职更谁补。
噫吁嘻！庙堂衮职更谁补。
诗中的“夏相”、“严相”，即嘉靖朝先后以青词而入阁的夏言和严嵩。由此可见，在这种皇权登峰造极的形势下，失去了丞相的辅弼和制约，政治上欲求清明无从谈起。故而明代的皇帝也大多碌碌无为，除了太祖、成祖外，只有宣宗和孝宗，稍为后世所称许，其余的不过是些昏愦无道之主。
“票拟”是内阁的最大权力，而票拟能否被批准，则取决于皇帝的“批朱”。所谓“批朱”，也叫“批红”，是指皇帝根据阁臣的票拟文件，用朱笔批具意见，或是认可，或是批驳，或是指出另外的做法，交回阁中，命其照拟。换言之，票拟只是提出方法和意见，而批朱则是皇帝对内阁所拟意见的裁决，故而处理政务的大权，实际上仍然牢牢地掌握在皇帝的手里。正因为如此，即使是二十余年不视朝的明世宗，也能“张弛操纵，威柄不移”。万历年间范守己就曾说过，他曾在大学士徐阶处看到嘉靖皇帝的谕札和改定的旨草，发现大学士票拟的文件，全都经过嘉靖皇帝的省览改定，有时整个文件甚至被批得体无完肤。即使所拟完全符合帝王的心意，嘉靖也一定要更易数字，以表示自己的“明断”。倘若有不符皇帝旨意的，则驳回再拟。再有不符，则必加申斥，所以内阁辅臣拟旨之后，无不惴惴不安。由此，范守己得出结论说：以往人们认为辅臣拟旨，几乎是执擅国柄，事实则远非如此。
事实上，执笔批朱的往往不是皇帝本人，而是司礼监大太监。内阁在票拟皇帝诏谕时，要依据皇帝口授的命令，即批朱。批朱是由宦官中的秉笔太监，将皇帝口头指示用朱笔记录下来的，因此秉笔太监的权力很大。“口含天宪”的司礼监秉笔太监，根据皇帝的旨意批答臣僚奏章，传谕诏书，在一定程度上成为皇帝的代笔和代言人，这就为宦官借皇权操纵政务提供了方便。与司礼监的这种决策权相比，内阁的票拟不过是供他们参考的建议权。特别是明代中叶以后，皇帝往往深居内宫，不大临朝问政，而将宦官视作心腹，委以重任，故而曾几度出现宦官擅权的局面。内阁票拟也就形同虚设，诏令敕文几乎完全出于内宦之手。宦官专权，是皇帝极端专制独裁的产物。而它之所以专权，是因为其中的司礼监掌管内外奏章文书，并照阁票“批朱”。他们往往倚权仗势，擅自批答和篡改票旨。司礼监有了“批朱”权，便能代替皇帝批示内阁呈进的拟旨，这使得辅臣与司礼监内臣，实际上对立于皇帝宝座的两侧，形成了宫廷与内阁相互制约的局面。司礼监代行“批红”，与其说是让太监代为处理国政，还不如说是利用宦官势力牵制内阁，代表皇权监督和控制内阁的施政活动，以确保皇权不受损害和侵犯。而司礼监抓到了“批朱”权，其权力便延伸到了外廷，影响到了阁臣的职权范围。司礼监往往藉此专权乱政，操纵内阁，为所欲为，使自己的特权位居内阁之上。对此，清人赵翼曾评论说：“明代首辅权力虽重，而司礼监之权力又在首辅之上。”阁臣为了保官晋秩，往往必须交结太监。例如嘉靖朝“奸相”严嵩的得宠，就与其善交内侍有关。随着明朝政治的日益腐败，皇权与阁权的矛盾冲突日益尖锐，宦官的权力也急剧膨胀起来。在内阁与宦官的矛盾斗争中，皇帝往往更多地偏袒于后者。明武宗就曾明确指责内阁大臣说：“天下事哪里都是内官闹砸的？你们阁臣办坏事的十常六七，先生辈应当有自知之明才是。”崇祯皇帝更是多次对阁臣表示：“如果各位大臣都能殚心竭虑地为国家尽力，朕怎么要倚靠内臣呢？”由于皇帝的心理天平严重地向宦官倾斜，显然直接导致了后者对内阁辅臣的蔑视。嘉靖年间，一个内侍不无炫耀地说：“昔张先生（璁）进朝，我们要打恭；后夏先生（言），我们平眼看他；今严先生（嵩），与我们拱手始进去。”从嘉靖朝三任首辅对宦官的态度变化中。人们不难看出宦官势力的如日中天和阁臣权势之式微。隆庆至万历初年，徐阶、高拱、张居正等人先后辅政。当时虽说是阁权较重的时期，但徐阶却因为得罪了中官而被迫退位；另一辅臣高拱企图赶走司礼太监冯保，结果自己反遭放逐。而张居正则正是因为密结了冯保。才得以取代前者而为首辅。执政后，冯保贪财好货，张居正就不遗余力地设法满足他的奢欲。至于后来在魏忠贤专权的时期，有的辅臣甚至不惜卖身投靠，成为“魏家阁老”，阁臣的权位更是为内监所操纵。当时，凡是内阁补用的大臣，大都要取决于魏忠贤。而中官与阁臣的勾结，又必然引发党派纷争。于慎行认为：“国朝既罢丞相，大臣体轻，以故政归宦竖，士鲜廉节。”这确实道出了当时的真实情状。
明太祖朱元璋在《大明律》中规定：“若在朝官员交结朋党、紊乱朝政者，皆斩，妻子为奴，财产人官；凡诸衙门官吏，若与内官及近侍人员互相交结，泄漏机密、夤缘作弊者，皆斩，妻子流放三千里安置。”显然，朱元璋对朋党及内外官员勾结的打击不可谓之不严，但明代党争的激烈程度，却远远超过了以往历史上的任何一个王朝。明代内阁中的首辅，因其具有拟旨特权，以及品位尊崇、接近皇帝和裁决机宜等特点，故而成为阁臣们竞逐、觊觎的目标。纵观有明一代，阁臣间的争夺排挤，明争暗斗，呈愈来愈激烈的态势，他们往往朋党台谏，纷争不休，拉帮结派，互相吹捧或攻讦倾轧，形成朋党势力，手段也越来越狠毒，常是必欲置之死地而后快。特别是从嘉靖初年张璁以议礼入阁以后，阁臣问的争夺倾轧更为激烈，到了夏言与严嵩、张居正与高拱之间的倾轧争夺，则达到了高潮。阁臣间拉帮结派，拉拢言官，攻讦不已，进而形成了后来的门户之争。客观上来看，这种阁臣间的纷争，对于皇室的统治是相当有利的。因为阁臣间的纷争，以及阁臣与宦官之间的争斗，使得他们彼此相互制约，皇帝高高在上，更便于平衡处置，统治起来便更加安全、省力，皇位自然也更牢固。明王朝之所以能够维持近300年的统治，与此不无关系。但从社会发展的角度来看，阁臣间无休无止的倾轧纷争，对于整个社会经济的发展却是极为不利的。悬想事势，遥度人情，朱元璋从巩固皇权统治的目的出发，意欲建立相互牵制、内外相维的官僚体制，却没有想到后世竟因此造成了朋党迭兴、党争激烈的局面，并最终导致明王朝国政的日趋荒废，以至走向衰亡。特别是明朝后期，整个朝廷坐视国是日非而振作乏术，终至内外交困，以至亡矣。故此，晚明杰出的思想家黄宗羲认为：“有明之无善治，自高皇帝罢丞相始也。”
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