万历十五年（1587年）十月十六日，一代清官海瑞与世长辞，享年74岁。海瑞的名字可谓震古烁今，足可与中国历史上任何朝代的清官相提并论。所谓“清官”，虽没有十分严格的定义，但在人们的心目中，划定的界线还是较为明确的。最起码的要求是“清廉”，即个人生活清苦俭朴，为官两袖清风，具体说来即不贪污、不受贿、不徇私枉法。而海瑞的所作所为已远远超出了这些要求，他刚直不阿，嫉恶如仇，不畏强暴，冒死谏诤，打击贪官豪强及为平民百姓伸冤做主。他称得上是中国古代“清官”的典范。然而，当我们纵观海瑞的一生，却发现其宦途相当坎坷，他虽以古稀之年卒于官舍，但他一生中真正履行自己匡时济世抱负的时间却很短暂，往往是稍有举措，便谤议四起，朝廷最高决策层对海瑞的态度也是明扬实抑，根本不予重用。海瑞在朝廷中实际上处于相当孤立的地位，这其实是海瑞留给我们深思的东西。
海瑞，字汝贤，海南琼山县人，明正德八年（1514年）十二月出生。4岁时，其父海瀚去世，母亲谢氏誓自励守，纺绩为业，抚养幼小的海瑞。谢氏粗识书史，在海瑞幼时即口授《孝经》、《大学》和《中庸》等典籍。母亲的启蒙教育对海瑞的一生影响很大，特别是其忠贞不渝的坚强品格更是让海瑞受益终身。后来他在《与琼乡诸先生书》中，对母亲谢氏作了高度的评价，他深情地回忆谢氏“苦针裁，营衣食”，节衣缩食，供养自己，甚至在身染疾病之时，也不肯稍事休息。海瑞自幼体弱，谢氏老夫人日夜与海瑞同寝处，并托付亲朋好友多加照顾。海瑞认为自己长大成人后稍知礼义，勤勉自慎，全赖母氏谆谆教诲之力。对此，后世学者也都认为，刚直勤苦的谢氏老夫人对海瑞一生影响极大，人们似乎可以从海瑞的言行中看到谢氏老夫人的影子。
少年的海瑞，颀秀挺拔，风神荦荦，自许甚高。在郡庠读书时，便常与二三同道互相激励，严修功课，以古今圣贤为楷模，痛斥伪善的世俗观念，自号“刚峰”，受到同学的敬重，称之为“道学先生”，在郡学之中声望日著。在读书的同时，海瑞渐渐形成了自己独到的学术与人生见解，他特重个人操守气节，鄙视追求个人的荣华富贵。他曾在文章中表达自己安身立命的誓言：“上天以完整的节操系于汝等之身，而汝等不能将其保全，那么还有何颜面立于天地之问？俯首索气，曲学阿世，纵然能一举而跻身于卿相之列，成为天下人艳羡的焦点，却无足挂齿。呜呼！海瑞若有如此卑颜之举，不如速死！”刚烈之气溢于言表。我们似乎从这些文章中看到了海瑞的人生理想与道德追求。
血气方刚的海瑞不仅受到同侪学子的肯定与尊重，也受到了督学官员的器重与嘉奖。如嘉靖二十五年（1546年），督学林公就对海瑞的文章叹赏不已，且对其品性甚为称道。二十八年（1549年），督学蔡公按视琼州郡学，以“不以白乎”二句为题考查诸生，得海瑞答卷。玩赏移时。因而暗自探听海瑞的禀性与为人，惊讶在穷乡僻壤竟有如此奇才。也就在这一年，海瑞考中举人，得有机会赴京参加会试。到京之后，伏阙上《平黎策》。黎族是当时海南岛上主要的少数民族，因不满明朝的统治，屡屡发动暴动，明朝多次出动军队进行镇压，往往无功而返。海瑞在上书中批驳了这种劳民伤财、滥杀无辜的措施，提出：鉴于琼州距京师万里之遥的客观状况，请朝廷在当地开道设县，全面加强对海南地区的治理与开发。此策可谓“计规久远，悉中机宜”，不少官员极为赞许，朝廷亦命下兵部覆议。可能是因为海瑞人微言轻，此事不了了之。明清时期所谓“黎患”久拖不决，直到清朝末年才在当地建立道一级的行政机构，但仍没有设县，而这离海瑞上《平黎策》已有三百多年的时间了。
海瑞先后参加了嘉靖二十九年（1550年）与三十二年（1553年）的会试，均告落第。当时他已年满40，不愿意再为科举功名而浪费宝贵的光阴，于嘉靖三十二年毅然决然地听从吏部选调，受任福建延平府南平县教谕之职。教谕乃主管县学之长官，这给了海瑞一个施展人生抱负的机会。他到任之后，即对诸生反复申谕，特重学生品质之熏陶，道德之培育。
在等级森严的封建官场上，保持自己的气节需要绝大的勇气。刚刚踏入仕途的海瑞很快便遇到了严峻的考验。根据《明会典》记载，洪武年间即明令规定：因各处儒学均设在当地孔庙之中，每至朔望之时，当地行政官员应清晨谒庙行香。师生须出大门迎接，而至明伦堂后师生作揖，教官侍坐，官员退出时，师生复送至大门。但明代中叶以后，士风衰颓，一些教官惧怕上司淫威，不顾朝廷成法，在儒学内对上司竟行跪拜之礼。这是以气节为生命的海瑞所深恶痛绝的，因此，他在《教约》中明确规定诸生接见上官，须据《会典》诸书的礼节，于明伦堂见官，不许行跪礼，儒学前迎接亦然。一次，南平当地长官至儒学上香，至明伦堂后，教官出来谒见，左右教官皆跪，惟独海瑞长揖不跪，左右恐长官斥责，强迫海瑞行跪礼，海瑞回答道：“谒见朝官，应遵照宪纲规定的礼节，明伦堂乃师长教学之地，我身在师席，岂能行下跪之礼。”一些官员见此情状，不免怒形于色，讥讽道：“安得有此山字笔架？”海瑞巍然不动，诸位长官不悦而去。从此，海瑞就有了一个“笔架博士”的雅号。
这件事发生后，海瑞感到十分愤懑，自己以祖宗成法为模式，教导学生崇尚气节，何错之有，竟得不到上司的理解。联想自己多年苦读，处处以“圣贤之道”作为立身之本，将气节看得比自己生命更重要，谁知今日，刚刚踏人官场便横生枝节，区区礼节尚不能见谅，遑论日后施展自己的抱负。真是“缺陷世界，何能有济！”书生意气十足的海瑞越想越想不通，一气之下，竟提出辞呈，上交郡衙，想就此告辞还乡，独善己身。海瑞的辞呈送至延平府后，一些地方长官想起当日情景余怒未消。极力主张同意海瑞的要求，允其解除公职，放其还乡了事。
“争礼”一事似乎给刚刚踏入官场的海瑞当头一棒，眼见得出师不利，无力回天之时，事情出现了根本的转机。当时的延平知府在看到海瑞的辞呈后，却惭愧不已地说道：“海瑞之言行均合祖制，是吾等行事之误也。”更加幸运的是，当时大司空朱衡（字镇山）为福建按察司提学副使（时称“学宪”），闻听此事后，对海瑞的气节人品非常赞赏，当即将海瑞召来，命就正学书院进修。海瑞依然要求离职，朱镇山宽慰他道：“汝自幼饱读诗书，究竟为何？汝出任公职，究竟为何？难道就为争一跪之礼而全部放弃吗？”这话使质直的海瑞有些醒悟了，平心静气一琢磨，难道就为此事而永远归居田野。不入俗尘了吗？这当然是一心志在爱民行道的海瑞所无法接受的。就这样，在朱镇山的劝导与挽留下，他才打消了辞归乡里的念头。
但是，在此风波之后，海瑞依然坚持自己的主张，在学堂之内对上司不行跪拜之礼。又有一次，福建按察使长官到延平府视察，海瑞率领众位学生迎候于廓门之外，有位分守道的官员早到一步进入大门，见海瑞昂然不跪，十分惊讶，便问随从这位长揖不跪的人是谁，随从答日：“此乃海教官。”这位官员便命随从暗中观察，想看一看海瑞见到按察使长官的态度。结果，按察使长官进门时，海瑞依然故我，保持长揖不跪的姿势。这位官员知道后，不禁吐舌叹服道：“今日之世竟有此等的教官！”海瑞的名声从此在四处传扬，不少过往的官员也都知道南平有一位“笔架博士”。
海瑞任教官长达4年，一直坚持自己刚直不阿的立场，实属难能可贵，而我们为之庆幸的是，海瑞的正直抗争固然引起了一些官员的非议与憎恶，但也赢得了不少士大夫的交口赞叹，后者认为如此刚直守道、不畏权势的教官，恐怕只有在古人之中寻找。因此，海瑞任教官4年，不畏权势，昂然犯颜，独守已道，他的行为不仅没有为自己招来罢官的厄运，而是声望渐起；不仅当地官员默认了他正直的行为，而且“守相台察以上，咸鉴涵之矣”。这不能不说是海瑞的幸运。他得到了高度的评价：“以礼为教，其讲论道德以及经义治事，一一实事求是，不为俗学所染，是教职中最难得者。”因此，巡按、监司等官员纷纷上书举荐海瑞。于是，嘉靖三十七年（1558年）海瑞升迁为浙江淳安县令。从受任南平教谕，到升迁淳安县令，这5年是海瑞仕宦生涯中最平坦顺利的5年，虽有波折，但无甚大碍，这无疑与其所任教职、不涉民事的实际情况有关。
就任淳安县令是海瑞一生中的一个重要转折点，是真正了解天下黎民疾苦与王朝政治利弊的开始。淳安县是浙江省境内的一个山区小县，地瘠而民贫，地方经济相当落后，作物只有茶、竹、杉、柏等，并无其他特产。崇岩叠嶂，百姓纷纷逃匿山林之中。山下田亩均为豪吏之家侵夺，贫穷之家常常吃不到粮食。其县又地处新安江下游水路要冲，官员舫船频繁过往，均须调用当地百姓为其迎送，大大增加了当地民众的各种负担。
海瑞初来乍到，阅览册籍，发现民户逃亡人数超过在册人名的一半。面对百姓生活痛苦之状，他不禁感慨万千。顿生恻隐之心。他决定以身作则，饭粝羹藿，保持极为简朴的生活。俸薪之外，分文不取。家僮随从均令出外樵采，公庭无事，吏员们也可业余从事工商，以补贴俸禄之不足。官署中有一块隙地，海瑞命老仆“树禾麦，艺蔬芥”，旦夕取以自给。海瑞刻厉守贫的作风在当时官场中是相当罕见的。有一年冬天，他去北京吏部办事，他的老上司朱镇山正在吏部任职，见到海瑞在隆冬之际仍服一袭破敝的单衣，不禁埋怨他道：“即便是守穷乐道，难道还不能制作一套官服吗？朝廷命官起码要有一点体面嘛。”海瑞这才赶制了一套黄石绢的官服穿上。海瑞在自己的职权范围内，将县里各种钱粮制度编成一书，名为《淳安政事》，予以公布，使普通百姓对应该承担的赋役数额一目了然，从而避免了办事吏员的作弊。
淳安地处交通要道，来往官员路过之时，必以各种方式索要财物，当地官员为保住自己的乌纱帽，自然不敢得罪，便将这种人情钱都分摊给当地民户，弄得怨声载道。海瑞一反常规，均从自己收入中开支，有则送，无则已。有巡抚长官至，没有得到馈赠，便遣吏送信加以威胁。海瑞义无反顾道：“充军死罪，宁甘受，安可为此穿窬猥亵之举耶？”一般外官进京，都要携带大量礼品，为交际高官打开宦途。当人们劝说海瑞也仿效而行时，海瑞反问道：“如果天下官均不向上司行贿，难道能都不升迁？如果天下官都向上行贿，难道能都不受黜？”
当时，徽州绩溪人胡宗宪任浙江总督，此人因平定浙西及擒获著名海盗汪直等人，战功赫赫，震动朝野，因而官进少保、兵部尚书，总制东南数省。面对这样一位大人物，海瑞也显示出了刚直不阿的性格。有一次，胡宗宪的家奴路过淳安，耀武扬威，大肆索要财物，海瑞严词加以拒绝，这些家奴回府后，到胡宗宪面前告状。幸好这位胡大人并非鼠肚鸡肠之辈，对海瑞的正直耿介早有耳闻，对这位“不食人间烟火”的下属官员竟有一些敬佩之意，对于家奴所言只是一笑了之。有一次，他还诡秘地对手下官吏讲道：“昨天听说海令为其母做寿，买了2斤猪肉，真是不容易啊！”
不过，海瑞不可能不为自己的正直付出代价，因为睚眦必报的长官是随处可以遇到的。这里要讲的就是一位权倾一时的朝臣鄢懋卿。此人在《明史》中被列入《奸臣传》。他在大奸臣严嵩柄政时期，死心依附，得严嵩父子宠任，特命为总理两浙、两淮、长芦、河东盐政，因而尽握天下利柄，权势显赫一时。所到之处，郡邑官员膝行匍伏，极尽讨好谄媚之态。鄢懋卿生性奢侈，得志之后除用巨额资财贿赂严嵩父子外，为满足一己之私利，利用权势肆意敲诈盘剥地方官吏。他以盐法都御史巡视州县，携其妻同行，特制五彩舆，命12位年轻女子舁之，道路之上观者如堵，无不惊骇。地方官迎送，为讨其欢心，更是奇招迭出，以至于以文锦覆被厕所，用白金文饰溺器。馈送钱物之人不远千里而来，络绎不绝。
海瑞闻知鄢懋卿将要路过本县时，采取了先发制人的方式。鄢懋卿在出京之时，曾经故作姿态，预先通知沿线官吏道：“本官素性简朴，不喜承迎。沿途饮食供帐，都应俭朴为尚，毋得过为华侈，侵扰百姓。”而真实情况却是：“各处皆有酒席，每席费银三四百两。供帐极华丽，就是溺器也用银制之具。”针对鄢氏这种虚伪的两面手法，海瑞在鄢氏未到淳安之前，即向其发出揭帖，声明“沿线官吏所为与鄢大人要求大相径庭，实为将百姓之苦怨归罪于鄢大人的错误之举，淳安百姓疲敝，本县令不知如何招待”云云。
鄢懋卿接到海瑞的揭帖后，心中不禁十分恼火，但素闻海瑞刚直之名，为避免尴尬的正面冲撞，鄢懋卿只得压住心中怒气，强作欢颜，命手下绕过严州境，改道而行。颇具讽刺意味的是，淳安县的上司严州府知府一班人早已听到鄢懋卿一行要来的消息，在其将要到达的前一天，知府还特别强调下属部门盛情款待。根本没想到海瑞的一张揭帖竞把这位红得发紫的大人物给气跑了，严州知府闻讯后惊恐不已，料定鄢氏必要进行报复，自己及下属倒霉的日子就要到了。左思右想，结果一腔怨气都落到了海瑞的身上。这位知府把海瑞召到自己的衙门，拍打公案，破口大骂：“你海瑞是多大的官衔。竟敢如此轻狂，弄得我等与你一同遭殃。”海瑞只是端坐不语，丝毫不作辩解。待知府骂够了，海瑞才起身行礼告辞。海瑞这副“好汉做事好汉当”的态度弄得严州知府也无可奈何。
鄢懋卿回到北京后，即派其亲信御史袁淳前往淳安巡察，发誓要找茬除掉这位“海强项”。袁淳到达淳安后，海瑞虽知这位官员的巡察关系到自己的宦途，但绝不肯做卑躬屈膝之事。袁淳发现海瑞果然迎送不远，供应不隆，对他讲话的态度也较冷淡，不禁怒火中烧，讥讽道：“你即使想学知府的派头，恐怕还没有资格吧！”按明朝官制，官员任期满后，如无可指摘之处，即可升迁，当时吏部已准迁海瑞为浙江嘉兴府通判，为正六品官衔，而袁淳回京后，评价海瑞“倨傲弗恭，不安守分”，结果升职一事搁浅，只能以原职改调。当海瑞前往北京听候任命之时。又多亏老上司朱衡正任吏部右侍郎，从中周旋。当时恰好江西兴国县缺少县令，海瑞被改派到兴国县。海瑞由此失去了一次来之不易的升迁机会。
明代官场上素有“命运低，得三西”之谚，“三西”是指山西、陕西和江西三省，其意是被派往这三处无油水可捞的穷地方做官，只能怨自己运道不佳。海瑞所到的兴国县，就是一个相当穷困的地方。他下车之始，正值兵荒马乱之余，户口稀少，百废待举。海瑞毫无怨言地又开始了救助黎民的行动。有了若干年的从政经验，海瑞到兴国后似有轻车熟路的感觉。他敏锐地发现当地居民贫困的主要原因在于各种名目的征派太多，便向南赣都御史吴尧山上陈“八议”，即8项治理的主要措施，这些措施切中时弊，言人所不敢言。他又亲自监督清丈土地，铲除当地恶霸，解决土地纠纷。海瑞的一系列举措大都得到了南赣巡抚吴尧山的支持，在短短一年多的时间里，做了不少兴利除弊之事。
嘉靖四十三年（1564年），海瑞携二仆北上，授户部云南司主事（正六品）。从此，海瑞开始在北京任职。当时在位的明世宗自15岁登基后，已在宝位上坐了四十多年。即位之后，面对明武宗留下的混乱局面，世宗求治之心甚锐，惩治奸佞，广施善政，天下忻然，出现了少有的太平景象。但是好景不长，这位世宗皇帝就闹出荒唐之事。其一，为“大礼之议”。他本人并非武宗之子，其父兴献王乃明宪宗之子。他即位后，一心想为生父弄一个光彩的名分。一些阿谀奉承的朝臣为满足世宗的要求，肆意改动皇帝世系，惹得众多大臣拼死抗争，世宗颇为恼怒地进行镇压，一大批官员被入狱，处死、流放数百人，一时震动天下。此事过后，庙堂之上敢与世宗对抗的极为罕见了。其二，是这位世宗皇帝特好方术，千方百计寻求长生不老之道，故而在皇宫内院日日斋醮，搞得乌烟瘴气。斋醮仪式上，需要“青词”，即写给天神的表章，一些无耻文人为讨世宗欢心，挖空心思，巧为制作，不少阁辅甚至因善此道而被称为“青词宰相”。虽然世宗专心于斋醮，但他素以刚愎自用著称，十分担心大权旁落，对内阁大臣疑心颇重，因而朝中大臣为争夺权力开始了复杂的斗争，先后担任首辅大臣的有杨廷和、费宏、杨一清、夏言等人，而世宗朝任期最长、影响最大的还要数严嵩。
严嵩以一意媚上而独擅大权，心计之奸猾一时罕有其匹，“移帝喜怒，往往不失”，借世宗之手诛除异己。独揽大权后，贪污受贿，作威作福。不少正直的官员奋不顾身弹劾严嵩，结果大多惨遭毒手，最出名的是杨继盛，于嘉靖三十二年（1553年）揭发严嵩十大罪和五大奸，严嵩恼怒至极，命亲信处杨继盛绞杀之刑，而世宗并不同意，在狱中关了两年之后，严嵩竟将其名混入其他卷宗，瞒过世宗，终使杨继盛含冤就戮。以后徐阶得到世宗的信任。严嵩因年迈智昏，握权太久而使世宗极为厌恶，一些乖巧的大臣乐得“墙倒众人推”，终于扳倒了严嵩父子，徐阶继任首辅。这是海瑞入京前两年的事情。
严嵩的破败丝毫没有影响世宗对方术、祥瑞、斋醮的迷恋，深居西苑，乐此不疲。有一次，世宗竟提出让太子监国，自己专心修炼，满朝文武惊愕之余，谁也不敢提出异议，只有太仆卿杨最抗疏上谏，指责世宗春秋方壮，尊为人主，竟妄想升仙。正在兴头上的世宗勃然大怒，立即将杨最打下锦衣卫诏狱，重用杖刑，杨最还未等杖刑完毕就已一命归西了。世宗在位期间，并不乏忠言上谏之人，然而都落得极其悲惨的下场，因而再也无人敢批鳞揭短，犯颜强谏了。
这便是海瑞进京后面对的严酷现实，一贯以守道尽节为己任的海瑞不能坐视黑暗污浊的泛滥。他开始酝酿，准备用自己的生命去作一次搏击。他与翰林王弘诲交往甚密，一日论文对酒之余，忽取出20两银子交给王翰林道：“我死必以此葬我。”海瑞这位铁骨铮铮的伟男子于嘉靖四十四年（1565年），冒死上《治安疏》。
在这篇惊世骇俗、震动天下的奏疏中，海瑞淋漓尽致、酣畅透彻地揭露了世宗即位以来的种种过失，措词相当激烈。指责世宗“专意修炼，竭民脂膏，滥兴土木，二十余年不视朝事，导致法纪废弛；数年滥封侯爵，名器贬值；与皇子不相见，薄于父子之情。以猜疑诽谤戮辱臣下，薄于君臣之恩；乐西苑而不返，薄于夫妇之德。吏贪官横，民不聊生，水旱无时，盗贼滋炽。”“且陛下之误多矣，其大端在于斋醮。”这种一针见血的指摘恐怕是任何一位惟我独尊的帝王所无法忍受的，一向专断护短的明世宗更不例外。嘉靖皇帝阅毕，大怒不已，将奏疏扔在地下，对左右近侍道：“赶快将此人抓来，不要让他跑掉。”在旁的宦官黄锦却不慌不忙地说：“此人素有痴名，听说他在上疏之时，知道所奏定会触怒圣上，所以预先安排好后事，买好一口棺材，与妻子诀别，正在朝房待罪，手下僮仆已全部遣散，因而臣等料定他是不会逃跑的。”这平静的一席话竟然使恼怒已极的世宗惊得目瞪口呆，半晌说不出话来。面对这样一位置生死于度外的刚直之士，他还能像处置杨最等人那样故伎重演吗？在群臣的众目睽睽之下，就是把海瑞抓来了，又能将他怎么样呢？况且海瑞之言句句是实，又如何反驳？想到这儿，他不得不又拿起海瑞的奏疏。
其实，海瑞奏疏的内容是多方面的，并非一味地“骂皇帝”。他首先对世宗皇帝有较多的肯定，如云：“陛下天质英断，睿识绝人，可以成为像尧、舜、禹那样的贤明君主，……即位初年，革除积弊，焕然与天下更始。”这些话自然是世宗所爱听的。其次，海瑞对天下臣子的阿谀媚上也进行了鞭挞，他明确指出，君王有过，正赖臣子匡救，而当时臣子争相媚上，例如世宗喜欢醮修，群臣相率进香；发现天桃天药，大臣相率表贺。皇帝想修建宫室，工部极力经营；皇帝命取香觅宝，户部立刻四处派出差役。可谓“陛下误举，诸臣误顺，无一人为陛下一正言焉”。“欺君之罪何如？”最后，海瑞对世宗的重新振作、翻然悔悟充满了希冀，如切盼世宗“一洗数十年君道之误，置身于尧、舜、禹、汤、文、武之上；也可使其臣洗雪数十年阿君之耻，……陛下何不为之？”可见，海瑞的论疏并不是片面的，而是相当全面合理的，既明确地披露了世宗政道之失，又批评了臣下的无耻媚上，同时对世宗的改正抱以厚望，这不能不说是海瑞《治安疏》的高明之处，《明实录》的著者们曾下按语道：“瑞疏言谠而意忠，非欲批逆鳞而沽直者。”故而世宗反复披阅后，也不得不在奏疏上批道：“这厮有比干之忠，只不过朕并不是暴虐无道的商纣王。”不过，愤怒难消的世宗还是把海瑞抓了起来。
嘉靖四十五年（1566年）十二月，世宗崩于内宫。其遗诏中有云：“见监者，即先释放复职。”海瑞赖此方才重见天日。当监狱主事得知世宗驾崩的消息，估计海瑞定会重新起用，便设盛馔款待海瑞，而海瑞却以为这是他“最后的晚餐”，按惯例。第二天处死的犯人必于前一日饱享一顿酒饭。海瑞豪饮狂啖，兴致极好，主事不免奇怪问道：“先生今日何欢之甚？”海瑞坦然道：“欲作饱死鬼耳！”主事连忙说：“别误会，别误会，适才闻听宫中人云皇上驾崩，先生可见大用矣！”海瑞闻听此言，大为震惊，问道：“消息可靠吗？”主事作了完全肯定的回答。没想到海瑞非但没有半点喜色，反而扑倒在地，嚎啕大恸，刚刚入口的酒菜一并呕出，绝而复苏，终夜痛哭不止。
“人生自古谁无死，留取丹心照汗青。”这大概是恪守儒家道德规范的传统士大夫所企盼的人生最高境界。“文死谏，武死战。”在以卫道士自命的海瑞看来。这是天经地义之事，也就是他敢于冒死强谏的思想基础。同样，也就在这一轰动全国的事件中，海瑞真正实现了他孜孜以求的道德理想，“一日而直声震天下，上及九重，下薄海内外，无不知有所谓海主事也。”可以说，海瑞本人的道德追求获得了极大的成功，然而，这并不能为其实现自己救国救民的政治理想开启绿灯。
新即位的穆宗皇帝早就听说了这位“海刚峰”的大名，因而海瑞很快官复原职，天下官民拍手称快。不久，海瑞又升迁为大理寺右丞，官居正五品，开始了一段较为平静的仕宦生涯。先后历任两京左、右通政（正四品）等职。隆庆三年（1569年）夏天，海瑞又升任都察院右佥都御史巡抚应天十府。到任之后，海瑞锐意兴革，整肃吏治，一切以黎民百姓的利益为重，力摧豪强，扶助贫弱。没想到由此掀起轩然大波，海瑞的抗争遭到失败，几乎完全断送了自己的仕宦之路。
应该说，海瑞过于乐观，错误地估计了局势。海瑞曾在浙江淳安、江西兴国大力整顿吏治，使当地面貌为之一新。虽然由于抵制朝廷高官，遭到报复，但他兴利除弊的行动并没有受到过多的阻力。这两地均属偏僻穷苦之地，没有多少官僚士绅的势力，海瑞在当地的政治改革的影响相当有限。而应天十府的情况就大相径庭，应天巡抚的辖区有应天（今南京）、苏州、常州、镇江、松江、徽州、太平、宁国、安庆、池州等地，是当时明朝人口最集中、经济最富庶的地区之一，大批闲居的官员麇居于此，号称“仕宦之渊薮”。海瑞的莅任本身就引起了当地士绅的惊慌。自忖有贪贿行为的官吏要求辞职或改到他处任职，原装有赭红色大门的豪强也连忙将门漆成黑色。名满天下的海瑞意气轩昂地“单车入官署”，“慨然以澄清天下自任”。
但海瑞没有认真分析应天当地的客观状况，却把他在淳安、兴国等地的施政经验照搬照抄，如他将《淳安政事》一书润色扩充为《督抚宪约》，宗旨仍然是“斥黜贪墨，搏击豪强，矫革浮淫，厘正宿弊”。海瑞的施政特征首先是“搏击豪强”，即专门跟称霸一方的豪绅之家作对。然而要在应天十府做到这一点，不啻于捅马蜂窝，引火烧身。当时有识之士就明确指出：“天下财货，皆聚于豪势之家。”应天一带正是官绅地主集团力量最集中的地区。赵翼《廿二史札记》中专有一节《明乡官虐民之害》，扼要地抨击了明代官绅横暴乡里、鱼肉细民的状况，这也就是应天一带情形的真实写照。其中最突出的便是土地兼并的矛盾。豪强田连阡陌，弱者无立锥之地，丧失土地的农民被迫四处流亡。一州一县之内，流徙之民，常居其半。这种状况不仅导致朝廷的税赋不足，更激化了社会矛盾。面对如此敏感而棘手的难题，海瑞竟“冒天下之大不韪”，从土地问题开刀，逼令侵夺民田的官绅之家退田。而当地占地最广的士绅之一竟是对海瑞有恩的退休首辅徐阶，产业之多，令人骇异，据说有田数十万亩。海瑞也一视同仁，责成徐阶退其田亩的半数以上。这使饱受势豪欺压的平民有了扬眉吐气、申诉冤屈的机会，却让徐阶处于十分难堪的境地。贫苦农民成群结队，沿街呼号，每日都有上千人在徐府门前示威哄闹。徐府家人无计可施，只得取来臭泥粪堆在院前，见有人闯入便用泥泼出。徐阶对海瑞可以说是恨之入骨。作为曾经叱咤风云的一代权臣，徐阶自然不会坐以待毙，他的暗中活动在很大程度上决定了海瑞的命运。
海瑞的另外一项重要改革，更是激起了整个官僚集团的反感，使一度众望所归的“海青天”陷于非常孤立的境地，这就是“裁减邮传冗费”。驿路在中国古代交通运输史上占有举足轻重的地位，明代开国之初，朱元璋等人即特别重视驿路的建设，为公差人员的往来提供方便，并制定了较严格的规定：“州县理民事，驿递管过客。”州县官吏不准参与驿递之事。但随着时间的推移，出于种种原因，这种制度已形同虚设。驿递经费的拮据促使来往官吏责成地方官提供所需夫马，地方官为交好路过的高官也主动地提供方便，而这种额外的费用都向境内的民户摊派。这自然增加了民户的负担，然而相沿已久，成为一种官场上尽人皆知之事。海瑞莅任后，迫切要减轻民众的疾苦，发现“过客之费，不减贪吏”，就大刀阔斧地进行更张，大幅度地削减来往官吏的招待费用，甚至细枝末节也进行了明确的规定。如将鼓吹旌旗手由原来的8人改为1人，舆夫扛夫由24名改为4名。
海瑞的本意在于减轻平民的负担，缓和社会矛盾，无可厚非，但这种处理方式不免过于简单，大有“不近人情”之嫌。封建时代官吏升迁转调相当频繁，而且一般均携带家眷。在交通条件相当艰苦的年代，长距离的辗转奔波是非常不容易的，正如俗语云：“在家千日好，出门一时难。”而如何改善交通环境与设施，则是官府的重要责任。如果朝廷对此忽视不理，必将使这种交通运输矛盾更加突出，增加奔波中各级官吏的痛苦，明代驿站的演变正说明了这一点。驿递制度自洪武年间确立后，一直未作任何更订，至海瑞生活的年代，大约已有近200年的时间。原有的制度显然已大大过时，日趋腐败的明朝政府对此视而不见，各级地方官吏必然根据实际情况进行干预与调整，为来往官吏提供便利，很难一概归结为阿谀奉迎。海瑞对此缺乏认真的分析，闭口不谈朝廷对驿递制度弊端的责任，却简单地以“恢复祖制”为旗号，一味削减习以为常的官吏驿站待遇，使过往的官吏陷于无人理睬的境地，扛夫与驿马不足，只得自己掏钱另外雇请，可谓苦不堪言。有的官吏甚至干脆绕道而行，离开海瑞的辖区。应天十府的各级官吏怨声嗷嗷，对海瑞的这种更张均持反对态度。“众怒难犯”，在官官相护的封建官场上更是如此，空前的孤立使海瑞在遭到弹劾与攻击时，再也没有人肯站出来替他鸣不平了。
在海瑞就任应天巡抚仅仅半年之时，舒化、戴凤翔等人就连续上疏弹劾海瑞。对此，虽然海瑞进行了强有力的反驳，但回天乏术，终于使自己丧失了继续施展政治抱负的机会。舒化在奏疏中指出海瑞“迂滞不谙事体”，特别指出他在驿递制度上的举措“以难过客。恐非人情”，建议授海瑞以南京闲职。舒化的弹劾并没有使隆庆皇帝动心，仍然对海瑞优奖有加。但戴凤翔的长篇奏疏接踵而来，此疏对海瑞的大多数举措进行了抨击，指责海瑞“包庇奸民，鱼肉缙绅，怙民乱政”等等。看到如此严重的后果，隆庆皇帝对海瑞的举措不免产生了怀疑，首辅高拱等人也责怪海瑞“更张太骤”、“颇拂人情”。海瑞愤然上疏进行申辩，却被给事中指责为对言官“丑诋孟浪”、“尚气凌人”。在这一片反对声中，海瑞被命以原官总督南京粮储。虽然当地百姓听说海瑞将离任，“号泣载道”，但绝大部分官绅们则额手称庆，相互道喜。
就在海瑞将要赴新职之时，首辅高拱又乘机倾轧，裁革南京粮储都御史之职。面对这样明目张胆的报复，刚直的海瑞愤愤不平，毅然上疏告病还乡。在此疏中，海瑞对当时官场的庸暗状况进行了痛快淋漓的揭露与抨击，并辛辣地指斥：“今举朝之士皆妇人也。”这显然过激的言词更激起了高拱等人的强烈反感，也使海瑞成为众矢之的，在朝中无立足之地，穆宗即命海瑞归乡听候调用。
明穆宗在位仅6年，在其去世后，神宗登基。神宗即位时年仅10岁，朝中大权基本上掌握在张居正手中。张居正是有明一代大事更张的改革家，整顿吏治，修饬边防，颇见成效，尤其是大规模推行“一条鞭”法，取得了巨大的成功。张居正推行的一系列改革措施，与海瑞兴利除弊的主张颇有相通之处。在张居正专政期间，虽有一些朝臣举荐海瑞，但张居正不予理睬，使海瑞有长达十余年的赋闲生涯。
海瑞家居达16年，他杜门耽于图史，书斋之中列四五书橱，并无其他物玩。斋西有一小块菜圃，命书童种植蔬菜，庭院之中，有十几株铁树，颇为可观。海瑞保持着十分简朴的生活，蔬饭杯茗，不治酒肴，却以有限的银两资助贫困的亲属，热衷于提携后进，或亲自为之讲论，侃侃不倦，大有萧然物外、悠悠自得之趣。在沸沸扬扬的“夺情”事件中，有人在上疏中借助海瑞的声名，引起张居正的不满，派遣巡按御史深入海南岛窥探海瑞的动向。可深山闲居的海瑞对朝中之事一概不知，甚至不晓得张居正父亲之丧。四壁萧然的情形令这位御史叹息不已，对海瑞待客的“鸡黍（黄米饭）”更觉无法下咽。他将这些情况向张居正作了汇报，张居正这才放下心来，但深知海瑞峭直的禀性，至死也无召用海瑞之意。
张居正卒于万历十年（1582年），吏部开始起用一些被张居正贬抑的官员，海瑞也在其中。万历十二年（1584年）底，海瑞终于得到了朝廷的召请，海瑞以为“千载一时之会也”，不顾71岁的高龄，欣然北上，于翌年就任南京吏部右侍郎。海瑞在当时享有崇高的威望，初到南京之时，当地百姓夹道相迎，附近穷乡僻壤都在交口相庆“海都堂”的来临。
万历十四年（1586年），73岁的海瑞上书恳请致仕（退休），兼论时事。他指出张居正在乾纲独断之时，整顿之举收效不大，其原因在于刑罚太轻。由于海瑞在上疏中明确指出当时“无一衙门无有”的贪污腐败现象，引起了一些官员的仇恨，借口海瑞倡言酷刑，请皇帝予以斥责。万历皇帝虽然看到海瑞奏疏“词多迂戆”，但想借助海瑞的名望，不仅特加优容，还对弹劾的官员进行了处罚。不仅如此，万历皇帝还想将海瑞调入北京委以重任，但是当朝首辅大臣对海瑞存有极大的戒心，暗中阻挠，神宗也无可奈何，只是将海瑞擢为南京右都御史。
年迈的海瑞莅任新职后，并没有因前车之鉴而畏首畏尾，依然全身心地致力于兴利除弊的政治改革。他每下一令，简明扼要，切中时弊，南京百姓街谈巷议，很快耳熟能详。而当地官员“自大僚至丞郎，无不凛凛奉法”，不敢以片纸擅取市中粮物，不敢相聚饮为大宴乐，这可苦了南京一帮原本放任无羁的官吏。很快，海瑞又受到了御史房寰的弹劾，疏中所云反映了许多士绅的怨恨之情。房寰指出：“海瑞莅官后一无善状，一言一动无不为士论所嗤笑。”内阁大臣们感到海瑞的主张“颇不协于公论”，但鉴于海瑞道德楷模的风范，特命照旧供职。在京办事的几位年轻进士出于对海瑞的爱戴，联合上疏为海瑞鸣不平。当朝首辅却以“出位言事”为由，对他们做出“革去冠带，退回原籍”的惩罚，由此更可以看出最高决策层对海瑞明扬实抑的态度。
年逾古稀的海瑞也确实感到心有余而力不足，他以年高体衰为由先后7次上疏乞求告老还乡，而万历皇帝再三挽留，执意不允。在最后一次以疾乞休的上疏后不到一个月，海瑞卒于官舍。同乡苏民怀检点其行囊，竹笼之中仅有俸银8两、葛巾一端、旧衣数件。见此情形，各位士大夫无不潸然泣下，难以自已。据说海瑞的去世在南京掀起了哀痛的浪潮。在其棺椁还乡之日，悼念活动达到高潮。“男女老幼提携香炉，夹道呼号‘海爷爷’之名，齐声号泣，如丧考妣。”当丧船行进在长江之上时，身穿白衣冠、为海瑞送殡者夹立于两岸，长达百余里。
海瑞生活的年代正是明王朝开始走向衰落的历史转折时期，明初制定的各种法令、条例已经逐渐丧失了对社会各阶层的控制力与约束力。时过境迁，封建政府本应依据新形势的需要，对原有的制度进行调整与更订。但在崇尚“祖宗之法不可变”的社会里，官方正式的更改显然不太可能，一些不成文的规矩应运而生，相沿既久，约定成俗。这种现象的出现，并不能说完全是贪官污吏出于私利的创设。但有令不行，有禁不止，成文之法形同虚设，毕竟不是一种正常的现象，更为政治腐败打开了方便之门。在这种“国俗民风，日就颓弊”的状况下，清官海瑞出现了。海瑞自幼饱读诗书，深受儒家正统观念的熏陶，刚直耿介的禀性使他将儒家的种种信条奉为行动之圭臬，处处循规蹈矩。作为忠直的重要体现，他将200年前朱元璋订立的各种制度作为自己施政的蓝图，以挽救日益严重的社会经济危机。如在驿递制度上的举措，虽然以减轻百姓负担为宗旨，却得到“仇视过客、不近人情”的评价。可以说，海瑞的一些重要改革犯有方向性的错误，即“开复古之门路”，其失败是不可避免的。这也充分体现了一位封建官员的历史局限性。
海瑞的施政措施表面上看处处搏击豪强，佑护平民，博得“爱民如子”的美誉，但海瑞遭受排挤与打击，依然属于官僚统治阶层内部的矛盾。作为一位出身于中下阶层的官员，海瑞更能体会各阶层之间错综复杂的矛盾。他力图通过压制豪强势力的方式，来缓和当时日益尖锐的社会矛盾。达到封建王朝长治久安的目的，但是这种尝试仍然得不到官绅集团的理解与支持。如他强调在应天实行的种种改革举措，正是“为江南立千百年基业”。他巡历松江之时，就接到数万平民控告官绅攘夺田产的诉状。当地官绅拥有田宅之多，奴仆之众，“小民詈怨而恨”，为全国所罕见。也就是说，松江府一带由土地兼并所引发的社会矛盾已到了非解决不可的程度。为避免矛盾的进一步激化，海瑞才接受平民的诉讼，要求官绅退田。如他明确表示，力劝徐阶退田，也正是“为此公百年后得安静计也”。否则，“民风刁险，可得而止之耶？”然而，海瑞的这种努力最后以失败而告终，证明在封建王朝日趋衰落之时，官僚集团已缺乏自我约束及调整的能力。海瑞虽有“欲以身为障，回既倒之狂澜”的抱负，却被人讥为“志大才疏”、“不可一日居地方”。在“四面楚歌”之中，孤掌难鸣的海瑞只得怏怏告归，感叹“这等世界，做得甚么事业”。
最精确地概括海瑞一生的评语，就是当时王凤洲所云：“不怕死，不爱钱，不立党。”海瑞确实是一丝不苟地做到了，因而成为一个不可多得的道德楷模。言行一致、表里如一、刻苦自励、纯洁无瑕的品性令人无可挑剔。但由此产生的效应却让海瑞处于极端孤立的境地，因为他刚直廉洁的风范，使整个官僚阶层自惭形秽，给他们带来了巨大的精神压力与行动限制。就连万历皇帝也对他有“强项不能谐时”的评价，也就是说，海瑞这种忠介刚直的品德与时代潮流并不吻合，不可能成为全体官僚仿效的对象。但海瑞本人并没有清楚地意识到这一点。世宗朝的冒死上谏，使海瑞道德追求获得了极大的成功。而这种成功更使海瑞坚信道德的力量，并将道德与世俗人情加以对立。他固执地认为每个封建官僚都应是正人君子般的道德师表，否则就有贪官污吏的嫌疑。我们在海瑞的诸多施政方案中都可以发现这种特征：显然这是极不现实的，这也是导致海瑞宦途坎坷、一生多蹇的关键因素。海瑞最后在绝望失意中死去，他感到了仅凭个人的力量无法扭转王朝日益深重的危机。这种危机如四处崩溃的千里长堤、汹涌而至的狂澜，将海瑞这“傲霜雪的劲草”（李贽之喻）很快淹没无遗，这也是海瑞无法摆脱的悲剧命运。
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