分子筛就是容纳分子的“贝壳”。有一类分子筛叫多水硅铝酸盐晶体，这种晶体有许多大小均匀的小孔。每一种型号的分子筛，小孔有一定的尺寸。水分子恰好可以钻进“5A”（即孔直径为5×10－8厘米）级分子筛的小孔，而比水分子大的乙醚分子就钻不进去，因而可以方便地用“5A”级分子筛吸收乙醇中的水分子。其他比水分子大的物质分子，含有水分时也可以用这种方法吸收。分子筛也可用来干燥气体，作催化剂等。
蛋白质和多肽在生物体中常常是复杂的混合物，研究它们遇到的第一个困难就是难以分离。科学家经过反复研究，制造了一种专门分离蛋白质和多肽的分子筛。这种分子筛是有机高分子化合物，叫做交联葡聚糖。交联葡聚糖在水中浸泡后膨胀，形成多孔凝胶。当蛋白质溶液接触凝胶颗粒时，较小的分子钻进凝胶孔隙中，较大的分子就钻不进去，而且分子越小钻人孔隙的部位越深。用水不断洗脱，分子大的蛋白质先洗下来，然后依分子大小的顺序逐渐洗脱，分别收集不同时间流出的溶液，就得到分子大小不同的各种蛋白质，达到分离的目的。
有一种叫冠醚的有机化合物，它们的分子中含有氧。冠醚的分子像一顶王冠，王冠的中间是空心的，某些大小合适的分子或离子可以钻进去和冠醚形成稳定的络合物。这样，本来不溶于有机溶剂的盐类，如氰化钾等就提高了在有机溶剂中的溶解性，使一些化学反应得以被催化。
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