自1840年开始的两次鸦片战争中，台湾作为中国东南沿海的一个重要地区，受到了英国、美国等西方资本主义列强的多次侵扰。第一次鸦片战争期间，英军曾经5次侵略台湾，但台湾“赖文武士民之力”，在大陆历次抗英斗争均以失败告终的情况下，台湾的抗英斗争反而都取得了胜利。继英军侵台之后，美国的东方舰队司令以及驻华代办，都建议美国政府应该趁机派兵占领台湾。1856年，英法联军发动了第二次鸦片战争，1858年列强迫使中国政府签订《天津条约》。在中国与俄、美、英三国的条约中都规定“台湾”（大员）作为通商口岸之一；而在与法国的条约中，又增加了“淡水”作为通商口岸。1860年9月，英法联军攻陷北京后逼签的《北京条约》，进一步规定“台湾、淡水”为通商口岸。
根据以上不平等条约，1861年台湾正式开港。不久又应外国的要求，在台湾岛增加了鸡笼（基隆）、打狗（高雄）为通商口岸。到1865年，台湾岛南北的四个口岸全部开放。台湾进入了“开港时期”。在此期间，美军借口“罗妹号”船难事件，于1867年6月一度出兵琅峤；英军也借口“樟脑事件”，在1868年11—12月间占领安平（台湾）一周。
接着插手台湾问题的是日本。1868年明治维新后的日本，很快步入西方列强的对外扩张的行列。在“征韩论”的同时，日本统治集团内部又兴起了“征台论”。1871年12月发生了琉球王国的漂流民在台湾岛遇害的“牡丹社事件”。日本在美国人的唆使下，积极准备出兵台湾。1874年2月6日，日本政府通过了《台湾番地处分要略》，4月组织了“生番探险队”，作为侵略台湾的军队。5月日军开始侵台行动。“台湾问题”显然已经上升为日本政府的国策行为。日军在受到台湾人民的抵抗之后，日本政府被迫与清政府在北京进行谈判，10月31日签订了《北京专条》，规定中国赔偿日本50万两白银，日本撤兵台湾。至此，由日本挑起的台湾问题得以解决。但由于在条约中中国政府承认“琉球漂民是日本国属民”，日本的行动是“保民义举”，这就为一直都在寻找借口吞并琉球的日本提供了“法理”依据。日本虽然被迫撤兵台湾，但是却如愿以偿地为琉球问题的解决扫清了道路。1879年，日本吞并琉球王国，改为冲绳县。琉球和台湾，近在咫尺，唇亡齿寒。琉球之被日本吞并，台湾对于日本来说就唾手可得。这是日本此次侵台事件的一箭双雕。
1883年，中法战争爆发。法国除派兵继续进攻越南北部外，还开辟中国东南沿海的第二战场来牵制清军，并且选定了台湾作为进攻的目标。1884年8月，法军首先炮轰基隆港，进而封锁台湾岛，并占领了澎湖列岛。法国虽然占领了台湾全岛和澎湖列岛，但是它在台湾的行动由于中国军民的抗击也并不顺利，陷入了困境。清政府在取得了镇南关大捷之后，见好就收，趁胜求和，1885年4月4日在法国巴黎签订了停战条约。按照条约的规定，法国军队不久撤出了台湾和澎湖列岛。清政府之所以战胜而败，是为了保全台湾与澎湖列岛，他们认为“越地终非我有，而全台隶我版图”。台湾危机因此暂时得以解除。
经过1874年的日本侵略台湾和1884年的中法战争，清政府深刻意识到台湾的战略地位和台湾问题的重要性。中法战争后，经过政府内部兴起关于“塞防”与“海防”的讨论，清政府继1884年设立新疆省之后，1885年10月，慈禧太后正式下了一道懿旨，设立台湾省。经过准备，1888年台湾与福建实现分治，直隶总督刘铭传被任命为台湾巡抚。台湾从此成为中国的第二十个行省。从1684年设立“台湾府”，到1885年设立“台湾省”，在将近二百年之后，清政府的治理台湾方针再次发生重大的战略转变。清政府采取的政策是积极的，方针也是进取的。
台湾建省后，首任台湾巡抚刘铭传，在沈葆桢、丁日昌以前经营台湾的基础上，和着全国洋务运动的步伐，迅速开始了台湾的近代化建设。刘铭传在台湾当了六年巡抚，在台湾修建了全国第一条铁路，建了第一个电报站，修了第一条海底电缆，为台湾的近代化打下了重要的基础。台湾的近代化事业，后来居上，在仅有的十年中，业绩超过了大陆的任何一个省份，而成为近代中国最先进的一个省份。刘铭传的功绩也是晚清政府在治理台湾时采取积极方针的结果。
然而好景不长，十年之后爆发的甲午战争，宣告了洋务运动的失败。中国在战败之后，被迫在1895年4月17日和日本签订了《马关条约》，规定台湾全岛及所有附属岛屿、澎湖列岛以及中国在台湾的所有兵器、堡垒、军工厂以及一切所有的公属物件，“永远割让给日本”。1895年6月2日李经方在基隆港外的一艘军舰上，与日本代表桦山资纪签订了交割台湾的手续。这就是“马关割台”或“乙未割台”。6月17日，日本在台湾开始了长达五十年之久的殖民统治。
晚清时期的半个多世纪中，台湾问题因为西方资本主义列强的频繁入侵而不断浮现，台湾危机时而发生。清政府与台湾军民经过有力的抵抗而维护了台湾的主权，并且设立台湾省、进行了卓有成效的近代化建设。但是，最终由于中国在甲午战争中的失败，腐败的晚清政府在自身都难保的情况下，被迫把台湾割让给日本。中国政府解决台湾问题的努力最终付诸东流。台湾问题只是近代中国屈辱的对外关系中的一个个“问题”的缩影而已。
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