（一）平三藩
所谓“三藩”，是指明朝灭亡后投靠清朝的三个汉族军阀，即镇守云南的平西王吴三桂，镇守福建的靖南王耿精忠和镇守广东的平南王尚可喜之子尚之信。自清朝初年以来，这三个军阀在追随清军镇压农民起义和消灭南明抗清势力的过程中，逐渐扩大了私人势力，各自拥兵在手，他们各霸一方，形成几股割据势力。“三藩”都拥有大量武装。特别是吴三桂，“功最高，兵最强”，积极储将帅，习武备，使“四方精兵猛将，多归其部下”。他们仗着自己日益壮大的力量，飞扬跋扈，不听约束，给清廷以很大威胁，而且所耗军费巨大。
吴三桂自康熙元年（1662年）在云南绞死了南明永历帝朱由榔后，便割据云南。吴三桂在当地圈占民地，抢掠人口，苛捐杂税，鱼肉百姓。他占据南明桂王五华山的帝宫作为藩王府，大肆扩建，搞得“千门万户、极土木之盛”。吴三桂为了扩大势力，还招降纳叛，广收党羽。他选官、练兵，清朝中央政府不能过问，各项开支不受户部限制。所以当时有“天下之财，半耗于三藩”的说法。盘踞在广东、福建的尚之信、耿精忠也都极力扩大自己的势力。因此三藩的割据，不仅是清朝实行中央集权的巨大障碍，而且还严重地威胁着清朝的统治。
对于三藩应持什么政策，是养痈成患还是连根拔除？对此，清朝政府内部意见不一，曾经进行多次辩论。有的人主张削去三藩兵权，即实行撤藩；但许多人害怕吴三桂等人，认为撤藩会引起天下大乱。康熙十二年（1673年）三月，平南王尚可喜因受不了其子的挟制，向朝廷提出告老还乡，但请求留其子尚之信接替他的封爵，继续镇守广东。19岁的康熙帝认为这是个撤藩的大好机会，便以此为引线，立即批准尚可喜告老还乡，但不准其子继承爵位。当时，吴三桂的儿子在北京，消息很快就传到了云南、福建。吴三桂、耿精忠心中忐忑不安，便于七月先后上书，假意请求撤藩，以此试探朝廷的态度。康熙帝接到吴三桂、耿精忠的上书，下令廷臣会议讨论。当时大部分廷臣反对撤藩，有的说吴三桂镇守云南地方尚属平静，有的说撤藩后朝廷另派兵去镇守，财政费用太大，因此断不可撤，实际上是怕引出乱子。只有户部尚书米思翰、兵部尚书明珠、刑部尚书莫洛等少数大臣主张撤藩，认为绝不能再让吴三桂盘踞云南了。经过几次会议讨论，意见始终不能统一，而且辩论十分激烈。这时，康熙帝挺身而出，作了果断的裁决：坚决撤藩。他指出：“三藩久握重兵，已经形成尾大不掉之势。吴三桂蓄意谋反已久，撤亦反，不撤亦反，与其养痈成患，不如及早除掉。”所以他毅然下令批准吴三桂、耿精忠自请撤藩的上书，并派特使分别赴云南、广东、福建宣读朝廷撤藩命令并督促实行。
吴三桂接到旨意后，便于当年（1673年）十一月，在云南悍然发动叛乱，发布讨清檄文，宣布要恢复明朝，并自称为“天下诏讨兵马大元帅”。从此，一场长达八年的大叛乱正式揭开了战幕。
叛乱开始后，吴三桂的军队很快就攻入湖南，攻陷常德、长沙、岳州、澧州、衡州等地。他又派人四处散布檄文，煽诱鼓动。广西将军孙延龄、四川巡抚罗森等许多地方大员纷纷叛清。在短短数月之内，滇、黔、湘、桂、闽、川六省陷落，一时局面相当严重。随后，陕西提督王辅臣、广东尚之信、福建的耿精忠等也相继反叛，叛乱扩大到广东、江西、陕西和甘肃等省。
三藩之乱来势汹汹。叛乱消息传到北京后，清朝内部有一些顽固守旧的大臣，主张重蹈西汉初汉景帝杀晁错的历史覆辙。他们对康熙帝说：“应该先杀掉那些主张撤藩的大臣，只有这样才能使吴三桂息兵。”康熙帝坚决反对重复历史的错误。他熟读史书，深知这是腐儒之见，汉景帝虽然杀了主张削藩的晁错，吴楚七国之乱依然不止，因为吴王刘濞等人是醉翁之意不在酒，年轻的康熙帝对“三藩”之乱采取了坚决打击的措施。康熙帝表示：“如果有错误，朕一人承担，决不把责任推给别人。”因此，他非但不杀主张撤藩的户部上书米思翰和兵部尚书明珠等人，而且把吴三桂留在京师的儿子吴应熊等人投入监狱。为了横扫清廷内部的妥协论调和表示自己平叛的决心，康熙帝又下令处死了吴三桂的儿子吴应熊、孙子吴世霖。这样，朝廷内部的思想得到了某种程度的统一，并使吴三桂在精神上受到一次沉重的打击。
三藩之乱爆发时，康熙帝年仅20岁。但是他的历史知识丰富，又熟读兵法，善于谋略，指挥得当。康熙在指挥过程中意识到，部队军纪存在问题，八旗兵攻破城池后，扰民滋事，掳掠妇女，这样下去，部队将失去民心。于是，康熙召集众将，申明纪律，下令归还军中有夫之妇，让城中许多被拆散的夫妻团圆。他知道三藩之乱虽然气势吓人，但只要打败了吴三桂，其他人均不在话下。所以，他制定了重点进攻吴三桂的战略，争取其他叛乱者中立、归降。如他反复争取叛乱的陕西提督王辅臣，稳定了西北战场的局面，粉碎了吴三桂打通西北的阴谋；他在军事进攻之余，又利用耿精忠与台湾郑氏集团之间的矛盾，招降了耿精忠；并乘势进军，迫使郑氏势力退出福建；到康熙十六年（1677年），尚可喜忧愤而死，尚之信也因与吴三桂矛盾重重，在清军的进逼下向清朝投降。
康熙帝在激烈的战争中，能够保持刚毅、果断、沉着、机智。他深得用兵之道与指挥之法。他指示领兵诸将：战争中要紧的是得民心，所以一定要“严禁军士侵扰百姓”。为了取得这场战争的胜利，他执行了罚先行于亲贵的做法，即对那些敢于玩忽职守、贻误军机、畏缩不前的败军之将，即使是皇亲国戚，也绝不宽贷。如他下诏公布了顺承郡王勒尔锦、简亲王喇布、贝勒尚善、察尼、鄂鼐、洞鄂等人坐失战机，收受贿赂的罪行，分别给予了处罚。他说：“若非朕运筹决策，命令水师取岳州，命令岳乐的江西军队进攻长沙，命令图海的陕西军速复平凉，后果几乎不堪设想。在一般人尚不可原谅，何况是王、贝勒这些皇亲国戚呢！”
吴三桂等人虽然一度掀起波澜，但是这些朝秦暮楚、气节丧尽的家伙是得不到拥护的。甚至有人作诗讽刺吴三桂说：“复楚未能先覆楚，帝秦何必又亡秦？丹心已为红颜改，青史难宽白发人！”这意思是说：“你不但没有恢复明朝，反倒是把明朝给灭亡了；你为了一个美人（指陈圆圆）而改变了丹心，历史是难以宽恕你这老头子的！”到康熙十七年（1678年）三月，在清军的步步紧逼下，吴三桂日暮途穷，在湖南衡阳称帝，国号“大周”，改元“昭武”，但几个月后就在内外交困、忧愤交加中死去。他的孙子吴世蟠即位后更是一天不如一天。康熙二十年（1681年），清军攻陷昆明，吴世蟠自杀。一场席卷十省、长达八年的大叛乱终于平息。
三藩之乱平定后，康熙帝采取一系列措施消除昔日的弊病。他下令在原来三藩控制的地区设立八旗兵驻防，将藩王的财产全部充官作为军饷，革除昔日的苛捐杂税，归还被三藩霸占的部分民田。这些措施不但加强了国家的统一，也促进了经济的发展。
（二）收复台湾
当三藩之乱的硝烟弥漫在中国上空的时候，盘踞在台湾岛以及东南沿海的郑氏集团也乘机向内地窜犯，并与三藩沆瀣一气。因此，康熙帝在平定三藩之乱后，便决定解决台湾问题。
台湾自古以来就是中国的领土。荷兰殖民者趁明末中国动乱之机，派兵占领了台湾，在台湾血腥统治了38年。直到清初顺治十八年（1661年），民族英雄郑成功才把荷兰人赶走。郑成功原想以台湾作为反清的基地。但不幸中年早死，壮志付之东流。郑成功死后，郑氏集团内部互相倾轧，统治者花天酒地，鱼肉百姓，完全丧失了郑成功那种英雄气概。清朝政府曾多次用招抚办法，想和平解决台湾问题。但是郑经（郑成功之子）集团一面表示可以称臣入贡，一面又坚持不登岸，不剃发，实际上是想把台湾从祖国分裂出去。康熙帝断然拒绝了郑氏集团分裂国家的要求。他认为，郑经是中国人，既然称臣，就必须接受调遣。由于在这样重大的原则问题上达不成协议，再加上三藩之乱的干扰，统一台湾的问题便拖了很长的时间。
康熙二十年（1681年），福建总督姚启圣向康熙帝上书，报告郑经已死和台湾内乱的情况，认为“时不可失”，应立即派兵统一，并推荐从前从郑氏方面归降过来的施琅作为进军台湾的统帅，康熙立即批准了这个建议。任命施琅为水师提督，伺机进取澎湖、台湾。康熙二十二年（1683年）六月，施琅率军在澎湖海战中击溃了郑氏集团的主力，七月在台湾登陆。这时，台湾的当政者是郑克塽。有人教唆他赶快逃往南洋，建立流亡政府，也有人劝他认清形势，向清朝投降。就在郑克塽举棋不定的时候，康熙帝指示前线的施琅，要他力争和平解决，并转告郑克塽等人：“从前抗违之罪，尽行赦免。”而且保证他们归降后给予从优待遇。由于康熙英明及时的决策和施琅等人的认真贯彻，郑克塽及许多在台官吏放弃了逃亡国外的打算，从而使台湾最终以和平方式得到统一。康熙二十二年（1683年）八月，清军进入台湾。八月十五日（即中秋节）的晚上，统一台湾的喜讯传到北京，29岁的康熙帝无比兴奋。他多年统一国家的愿望终于实现了。
经过长期的努力，祖国终于实现了九壤的大一统局面。郑克塽到北京后，受到康熙帝的接见，并被授予正黄旗汉军公，其亲属、部下也分别被授予官爵。康熙帝还特别下诏说：“郑克塽的祖父郑成功，父亲郑经不是‘乱臣贼子’，可以归葬南安。”
统一台湾后，康熙帝又否决了朝廷内某些人放弃台湾主权的荒谬主张，他毅然批准施琅的建议，在台湾设立一府三县，隶属于福建省，并在台湾驻军八千，澎湖驻兵两千。从此，台湾在政治上、军事上、行政上与大陆重新成为一个整体，由于内地、沿海居民进一步移居台湾，台湾的经济也得到进一步的发展。
（三）平定准噶尔
清初，西北方居住的蒙古族分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠北喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部。漠西厄鲁特蒙古内部又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。清军入关之前，漠南蒙古就已归附清朝，喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古各部，也与清政府关系密切。
在我国的漠西厄鲁特蒙古族中，有一支游牧在巴尔喀什湖以东、天山以北和伊犁河流域的强悍部落，这就是准噶尔部。准噶尔部世代受中国政府的管辖，从17世纪中叶以后逐渐强盛起来。康熙十年（1671年），噶尔丹杀死其兄僧格，夺取了准噶尔部的统治权。噶尔丹是一个雄心勃勃、掠夺成性的人物，他上台后频繁地对临近各部发动了掠夺性战争。他不仅统治了漠西厄鲁特四部，而且占领了天山南麓各回城，势力达到青海、西藏地区。为了实现割据一方的野心，噶尔丹与正在对外扩张的沙俄勾结起来，于康熙二十七年（1688年）春，噶尔丹对喀尔喀蒙古发动了突然进攻，逼得喀尔喀蒙古人民向南迁逃。在清政府的帮助下，噶尔丹暂时退兵。
康熙帝曾致书噶尔丹，要求他“罢兵息战”，不要对四邻各部落肆行侵掠。噶尔丹虽然表面上臣服，但实际上却步步向东南进逼，甚至把他的军队推进到距北京只有几百里的地方。康熙二十九年（1690年）六月，康熙帝决定御驾亲征。八月间，左翼军同噶尔丹军队在乌兰不通（在今辽宁境内）发生了一场激烈的遭遇战，一举击溃噶尔丹的驼军，噶尔丹狼狈逃窜。康熙三十一年（1692年）噶尔丹派人到北京，向康熙帝“请安进贡”，表面上虽“词调恭顺”，实际上是想麻痹康熙。康熙一眼就看穿了噶尔丹的阴谋，他指出：“噶尔丹不可信任，如果不加防备，万一有事就要后悔。”当时，西藏的第巴桑结与噶尔丹狼狈为奸，要求康熙帝撤回各地戍兵。康熙说：“这是噶尔丹的阴谋。”所以，他决定：不但不能撤兵，还要加强防备。果然康熙三十四年（1695年），噶尔丹又率三万人马沿克鲁伦河大举南犯，并扬言他背后有沙俄撑腰，已经从俄国借了六万鸟枪兵。康熙三十五年（1696年）春天，康熙帝力排众议，决定第二次亲征。他指出，上一次亲征，因裕亲王中了西藏喇嘛济隆的缓兵之计，致使噶尔丹从乌兰不通逃走。又加上当时自己生病，未能彻底歼灭噶尔丹，至今犹以为憾，这一次亲征，一定要彻底根除噶尔丹的势力，以绝后患。他命将军萨布素率兵出东路迎头截击、命大将军伯费扬古率兵出宁夏为西路，断绝噶尔丹的退路，自己则亲率劲旅为中路，三路军约期夹攻噶尔丹，欲将其彻底歼灭。
康熙帝亲率的大军，在克鲁伦河附近同噶尔丹的军队相对扎营。但是两军的距离甚近，噶尔丹望见康熙的御营和清军的威武阵容，不禁为之胆寒，立即下令拔营逃走。康熙亲自率兵追击到拖诺山。当噶尔丹逃到昭莫多（今在乌兰巴托以东）时，又同清军的西路大军相遇。在两军激战中，噶尔丹的军队几乎全军覆没，他仅率少数人死里逃生，这股叛乱势力并未根绝。所以，康熙帝一面分化受噶尔丹控制的回部、青海和哈萨克诸部，警告与噶尔丹狼狈为奸的西藏第巴桑结，一面限期噶尔丹到北京投降。由于噶尔丹拒绝投降，康熙三十六年（1697年），康熙帝又进行了第三次亲征。当时，康熙帝在各部族中的分化瓦解工作取得了很大的成功，因此噶尔丹四面楚歌，困难到“居无庐（帐幕），出无骑（马），食无粮”的地步。噶尔丹的儿子到哈密逼粮，也被当地维吾尔族人擒送清营。原先追随噶尔丹叛乱的亲信们，也摄于清军的威力，望风投降。最后，噶尔丹在走投无路、众叛亲离的困境中服毒自杀。至此，康熙平定噶尔丹的斗争宣告结束。
康熙五十六年（1717年），噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦在沙俄煽动下，继两年前进攻哈密之后，又驱兵攻入拉萨，并到处毁坏，抢掠人口。康熙五十七年（1718年）康熙皇帝命皇十四子胤禵为抚远大将军进驻西宁，指挥清军入藏平叛。当时有些朝臣希图苟安，看不到平叛的必要性，说：“西藏路途遥远险恶，且有瘴气，不能顺利进军。”康熙帝不同意这种看法，他反驳说：“策妄阿拉布坦的军队忍饥挨饿，步行一年有余，尚能到达西藏，我们的平叛大军怎么反而不能到达？”事实证明康熙帝的决定是正确的。但清军进入西藏时，西藏的大小头人、各寺庙的喇嘛都争先恐后地出来迎接。清军迅速驱逐了叛军，取得了胜利。康熙死后，又经过雍正、乾隆两代人的努力，终于最后平定了准噶尔上层分子的叛乱。
康熙在武力平定叛乱的同时，还用各种手段，对蒙古王公用封爵、联姻、阻止打猎等方法加以团结，在承德按照各民族的特点建筑了一批庙宇，以表示他对各民族风俗信仰的尊重，并以此来表明，清朝是一个多民族的国家。他的这些做法，对维护国家统一起了积极的作用。
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