巴特勒法案明确规定：禁止田纳西的所有大学、师范院校和其他所有公立学校讲授进化论，无论这些学校是全部还是部分由州公立学校基金资助的，并且对违犯该项法案的行为予以惩处。
第一条，本法案由田纳西州议会颁布实施。在田纳西州无论是全部还是部分由州公立学校基金资助的大学、师范院校以及其他所有公立学校的任何教师，如果讲授任何否认《圣经》所教导的关于人的神创历史的理论，并且代之以讲授人类是从低等的动物发展而来的，就是违法。
第二条，本法案进一步规定：被发现违反本法案有罪的任何教师将视其情节轻重每次罚款不少于100美元，不多于500美元。
第三条，本法案进一步规定，为了保护公共利益的需要，本法案颁布后立即生效。
巴特勒自己谈到提起这一法案的起因时，说听到一位牧师告诉他，一个年轻的小姑娘上完大学以后，就再也不相信上帝，转而改信进化论了。巴特勒对此忧从中来，他觉得有必要采取行动，于是向州议会提出了这项法案。全国各地的科学家和部分宗教派人士为此向田纳西州州长提出要求，请他利用否决权否决此项法案。但州长没有顶住反对派的压力，最终不得不带着一种万分无奈的心情签署了这项法案。他当时自我安慰地说：“这个法案不会起到什么真正的效果。”
事实上州长错了，这个法案不但引发了诉讼，而且制造了一个轰动一时的新闻事件，由此而进行的种种争论，特别是关于科学价值与言论自由问题，以及科学的划界问题，至今仍为科学哲学界议论不休。
这件诉讼其实是由美国公民自由联合会有意挑起的，其主要的目的并不是为了科学，而是为了自由。他们认为此项法案违反美国宪法，所以不能对限制言论自由和科学自由的巴特勒法案视而不见，于是决定找一个代理人来故意违法，然后把争论拿到法庭上解决。他们在报纸上公开刊发广告寻找愿意肇事的志愿者。
在田纳西州代顿镇出现了一位名叫斯科普斯(John Scopes)的志愿者，其实斯科普斯并不是生物学教师，也没有讲授过进化论，他之所以向法院自首自己违反了巴特勒法案，纯粹是为美国公民自由联合会向这一法令开战制造事端。有一个在代顿镇开煤矿公司的纽约商人也想让代顿出名，于是几方一拍即合，故事就上演了。
既然有人愿意自投罗网，那就开审吧！1925年7月10日，斯科普斯案正式开庭。当时由全国无线电广播网向全国直播，电报业务更是比往日繁忙了十数倍，大量信息发向全世界，审判过程也全部公开，每一步进展都可以被报道。
对斯科普斯提起公诉的原告律师是曾代表民主党竞选过三次美国总统但三次都没能当选的著名的布莱恩(William Bryan)，后来担任过威尔逊总统的国务卿。布莱恩是个道德主义者，素有“伟大的平民”的好名声，强调保护弱势群体的利益，反对强盗式的资本主义制度，是个典型的有绅士风度的好心肠的保守主义者。他一直对社会达尔文主义深恶痛绝，因此对进化论也极度厌恶，并把德国军国主义归过于进化论的影响。在这种心理基础上，他积极采取行动，在好几个州动员通过反对进化论的法案，最终在田纳西州取得了成功。现在斯科普斯主动以身试法，布莱恩决定亲自上阵，以便用他极富煽动能力的口才捍卫宗教正义。
被告方为斯科普斯辩护的是自由律师达罗(Clarence Darrow)，他是一位享有盛誉的“劳工辩护律师”，也是个好斗的坚定的无神论者。本来美国公民自由联合并不想请达罗帮忙，因为无神论的背景可能会影响案子的宣判，但斯科普斯敬仰并相信达罗，于是达罗操刀上场。这一场对决注定十分精彩，民众对此充满了期待。
不利的是，主审法官劳尔斯顿(John Raulston)是一名虔诚的教徒，处处不离《圣经》，甚至每次开庭时都要先做一番祷告。达罗对此非常不满，曾对祷告仪式提出抗议，但没有被法庭接受。更为不利的是，随机抽来的十二名陪审员，竟然有十一名是教堂成员，并且多为没受过正统教育的农民。从这个人员组成来看，进化论者其实已经输定了。
此次法庭对决，美国科学促进会没有直接插手，他们只是借这个机会组织科学家通过大众媒体和各种形式的演讲来大力宣传进化论，并在《科学》杂志上发表社论支持进化论。他们一再向大众声明，进化论已得到了全世界科学家的公认，达尔文的学说已成为人类历史上最重要的科学成就之一。该协会许诺向斯科普斯提供科学专家顾问团，但这一提议被作为原告方的布莱恩所拒绝了。他知道专家作证意味着什么，在专业知识上要让他们与专家对抗，那是自取其辱。所以布莱恩明确表示，把专家带到法庭上来是不合适的，允许专家就此问题作证，意味着用专家的判断取代陪审团的判断，更意味着等于让陪审团承认自己的无知和愚昧，没有资格审判这件小小的案子。
这样一说，法官果然拒绝了专家出庭作证。达罗对此决定提出了强烈的抗议，结果被判蔑视法庭。
达罗在此次辩护中，采取的主要措施是告诉法官，科学与宗教并不是对立的，他们的内容虽然不同，但却是和谐一致的。科学解释的是物理和物质领域的现象；宗教所涉及的是精神领域。学生有信仰的自由，但也有权了解有关人的所有的真理，进化论正是这真理中的一部分，不应被禁止。
达罗声称：科学理论是试探性的，是可以被不断完善的，他的体系是开放的、更新的，其主要作用是指导技术的进步，改善人的物质生活；而宗教中的论断则是终极性的，内容是不变的，体系是封闭的，一切都无法改变，其主要功能只是为了人道德的教导和精神的慰藉。
然后，达罗提出了一个最具攻击性的论点。他指出，科学理论一旦被认为是正确的，科学共同体就会一致承认并接受。所以，在真理面前，只有一个科学界。而宗教则不然，他们有不同的信仰，每一宗派都认为自己的信仰才是正确的。只是美国就有五百多个宗派。那么，谁才真正有资格代表所有的宗派呢？而且，有的宗教人士公开表态支持进化论。那么，布莱恩以宗教的名义提起的诉讼就是无效的，他不能代表普遍的宗教界的观点。
布莱恩的控告要点则是：第一，进化论缺乏科学的实证；第二，把进化论教给学生妨碍了他们对宗教的信仰和对社会价值的认识；第三，信奉《圣经》的大多数人应该掌握公立学校的教学内容。对布莱恩而言，科学家信不信进化论并不重要，重要的是公众有权决定学校应该教什么。
布莱恩再一次拿出了科学哲学这一武器，他从根本上否认进化论是科学理论，因为科学理论要求有实验事实可以重复验证。并且当与实验事实不符时，它可以被证伪。比如牛顿力学，相对论和热力学的诸多定律，都是如此。可是进化论描述的是亿万年才能发生的事情，在目前人类科技水平下，根本没有可能重复这一过程。所以进化论不能被证伪，也不能被证明，只能算作是一个科学假说，而不是科学理论。
布莱恩更多的考虑是关于道德方面的，他指责进化论鼓吹“优胜劣汰”和“弱肉强食”及“适者生存”等思想，对社会伦理和道德层面有严重的负面影响，进化论出现以来的世界历史是活生生的例子。布莱恩甚至痛心疾首控诉说，如果没有进化论，可能就没有纳粹屠杀犹太人的心安理得。
法庭上，达罗与布莱恩展开了针锋相对的交叉盘问，相信《圣经》的布莱恩被达罗步步紧逼，窘态毕现，完全失去了一个政治家应有的风范。被新闻报道描述为与达罗在智力上不堪一比的可怜的醉汉。
在盘问中，达罗问布莱恩：“《圣经》明说创世初只有亚当和夏娃一家，那他们的儿子该隐的妻子又是谁家的女儿？”
盲信《圣经》的布莱恩从没想到过这种问题，他只好承认不知道。
达罗又问：“在五千年前，中国有多少人？”
对此布莱恩当然无法回答，因为中国人的历史似乎越出了《圣经》所说的时间范围，但他又没办法开除中国人的球籍。
达罗知道时间问题是《圣经》的软肋，因为根据当时的科学研究，地球的年龄已远超《圣经》所介绍的四千年历史了。为此，达罗逼问布莱恩：“您是说地球的年龄只有四千年吗？”
布莱恩明知这是一个陷阱，他只好否认：“不，我认为它要比那古老得多。”
达罗再问：“您认为地球是在六天内被造出来的吗？”
这次布莱恩也打了一个花枪，他回答说：“《圣经》上所说的一天，并不是现在的24小时的一天。”
达罗抓住这一点，继续问布莱恩：“那么，一天的早晨和晚上，对您来说是什么意思呢？”
对此布莱恩拒绝作正面回答，只是一再强调那不是指24小时的一天，并且不愿对此再做出解释。在达罗的一再追问下，布莱恩不得不用近乎无赖的手法回答道：“我认为上帝用六天或六年，或者六百万年，甚至是六千万年来制造地球，都是一样的容易，至于哪一个数字更有意义，我认为并不重要。”
达罗的最终提请陪审团裁决：进化论是事关社会进步与人类幸福的科学理论，而《创世纪》则一半是赞美诗，一半是寓言，是一部分人对世界作出的宗教解释，不能用《圣经》的权威来控制学校中的科学教育。
而布莱恩在辩论总结中充分发挥了他的演讲才能。他向陪审团指出，科学是一股巨大的力量，但它不是一位道德教师。本案是一场激烈的战斗，一方以科学的名义反对基督教信仰；另一方则希望通过立法来捍卫他们的信仰。陪审团必须在上帝和邪神之间做出选择。
双方都用极富煽情的语调表达了各自的立场，布莱恩呼吁：如果判决进化论胜利，那么基督教就被毁了。达罗也用同样深刻的话语指出：在这个法庭上，不是斯科普斯在接受审判，而是文明在接受审判！
激烈而精彩的辩论吸引了大量的听众，法官担心听众会把小楼踩塌，只好把审判移到外面的草地上举行。此举也引出了一个小小的插曲，当时草地上悬挂着一幅标语，上写“读你的圣经”。达罗立即提出抗议，要求将此标语撤下，或者再悬挂一条同样大小的“读你的进化论”。法官只好下令取下标语。
因为在辩论中的一边倒的优势，各方媒体都以为进化论辩护的达罗赢定了，很多人因为觉得没有好戏看而提前离场，不料达罗却采取了一个令人惊讶的措施。他竟然直接提请陪审团判定斯科普斯有罪，而只有判决罪名成立，他们才能上诉到高级法院以进一步扩大影响。达罗并且宣布不做最后的陈述，这样原告方布莱恩也不能做最后陈述，可怜的布莱恩为了这个最后陈述已经累死累活地准备了好几个星期了。
法官最终做出了选择，他根据陪审团的意见判定斯科普斯有罪，并且处以100美元的罚款。当时有另一位被告律师问法官，是否可以送给他达尔文的《物种起源》。法官只好表情尴尬地说可以，结果引发全场大笑。
六天以后，获胜的布莱恩在一次午餐后于午睡中去世，享年65岁，这应该是死于中风。有记者专门跑去问达罗，布莱恩是不是因为打官司太累身心交瘁而死。达罗的回答很干脆：“不是的，他是吃得太多撑死的。”
美国自由联合会后来向田纳西州高级法院提起上诉，结果100美元的罚款在上诉中被取消了，理由是法官无权决定罚款数额，借此小问题，也推翻了该案判决。但高等法院没有把此案发回重审，而是把案件直接撤销。这对他们来说，实在是一件毫无意义的工作。
田纳西州历史学会把这件事刻在了一块石碑上：
1925年7月10日到21日，县立中学老师斯科普斯试图解释人是从猿变化而来的理论，触犯了最近通过的州法律。斯科普斯被宣判有罪。
此记。
神创论者在这场审判中赢得了诉讼，但输掉了形象。除了科学家们积极行动利用科学媒体宣传进化论外，大量好奇的民众也涌向代顿，这里好像在举办一场嘉年华，传教士们也借此机会大力布道，有人则牵来了猴子要上法庭作证。来自世界各地的作为精英阶层的记者们对此场诉讼主要是抱着看热闹的心态来搅场的；《芝加哥论坛报》刊登了一幅漫画，加了一个讽刺性的但却模棱两可的标题：如果猴子可能投票，进化论将会得到更多的支持。画面上对进化论持反对态度的猴子成了备受攻击的少数派。经过各大媒体的渲染报道，反对进化论的宗教派力量被描绘为保守愚昧和无知的化身，有人对审判结果直接用“臭名昭著”来加以形容。田纳西州也因此而名声扫地。当阿肯色州审议反进化论提案时，阿肯色州前州长就警告议会，如果通过反进化论提案，将会像田纳西州那样让人讥笑。
当然，媒体上发表了持有明确的立场的人的文章，有的人文笔尖锐激烈，直接抨击此次审判是科学家精心策划的一场阴谋，并指责科学家的目的是使人类堕落为畜牲。但这种观点完全无法成为主流的声音，反而是失败一方的律师所作的几则发言成为科学向迷信开战的宣言书：
如果给在公立学校教授进化论定罪，下一步就会禁书和报纸。不久就会让教会之间互相攻击，以自己的信仰替代别人的信仰。无知和狂热不会停止，总是贪得无厌，永不知足。那会让我们退回到十六世纪的黑暗时期，让盲目的信徒用柴火烧死那些给人类带来智慧和知识的人。
没有人可以和真理决斗，真理永远不可战胜，真理也不需要法律的帮助，更不需要政府的力量。真理是永恒和不朽的存在，不需要世俗力量的支持。相信真理的人会与真理同在，与进步同在，与科学同在，与智慧同在，与自由同在。我们与真理同在，我们从不恐惧。
但这种振聋发聩的声音虽然没有彻底震醒当时的人们，但也起到了积极的引导作用。虽然其他各州在这一审判结果的鼓励下，不断有人提出反进化论教育的法案，但通过审议寥寥无几。田纳西州的这个巴特勒法案从此也再没有被提起来过，直到1967年被撤销为止。那时斯科普斯还活着，他亲眼看到进化论取得了这场争论的最后胜利。
但影响是不可小视的。1972年，对该校中学生所作的调查结果表明，四分之三的学生仍然相信“圣经”观点，提示进化论的教学水平明显下降。出版商因为担心教材销路不好，尽量少提进化论内容。而教师们害怕受到处理，所以大多不敢公开承认自己相信进化论。科学界握有真理，但在这场斗争中却败于无形。
这场审判后来被改编成百老汇戏剧《风的传人》，并于1955年开始上演，进而于1960年被拍成电影，并获得四项奥斯卡提名，不断向世人演绎着神创论与进化论绵绵不绝的斗争。其实这场审判并不是终点，它没有影响到进化论的研究，但无疑影响到了进化论思想的传播。直到1981年的“平衡法案”中，美国公民自由联合会和美国科学促进会精心合作，一直上诉到联邦最高法院，才联手打了一场漂亮的翻身仗。
美国政府自20世纪60年代后，因为与苏联之间的冷战需要，开始加大科研投入力度，科学教育也得到了长足的发展，生物学教育也从中受益，巴特勒法案被取消了，进化论教学的地位自然得到了提高。
但神创论者的水平也在提高，并演化出了好几个派别，其中有一派名叫“科学创世论”派，这是由一批基督徒科学家组成的派别，以莫里斯(Henry Morris)等人为首的一批科学家提出了“科学创世论”。他们以字面意思理解《圣经》，然后努力在科学上找证据加以支持。比如他们相信地球只有一万多年；化石是在大洪水时期形成的；人和恐龙曾共同行走在地球上等等，这些几乎显得愚昧可笑，根本不可能得到主流科学界的认可。但他们一本正经的研究却蒙骗了众多普通读者，得到了大量支持，这也是不争的事实。
1981年3月13日，经过科学创世论者的努力，阿肯色参议院通过了“平衡对待创世科学与进化论”的议案，此即“平衡法案”；3月17日众议院也批准通过此法案，两天后经州长签署生效，并被命名为“590法案”。
美国公民自由联合会对此立即作出反应，他们着手准备向联邦地区法院提起诉讼，这同样也需要一位起诉人，通过美国公民自由联合会的精心安排，最后以小石城的一位牧师麦克里恩(Bill Mclean)的名义起诉，因此本案又称“麦克里恩案”。
原告方拥有十名专家证人，其中包括生物学家、神学家、地质学家和历史学家，著名的古尔德便名列其中。他们从各自的专业领域为麦克里恩的论点提供有力的专业支持。为了提高影响力，还拉上了当地五个教派负责人充当联合原告。
几乎与此同时，路易斯安娜州也通过了一个“平衡法案”类似的法案，但美国公民自由联合会没有精力在两条战线上同时开战，所以选择先对阿肯色州动手。
起诉的理由中提到，“590法案” 违犯联邦宪法，违背了美国政教分离的原则，并且缺乏世俗的立法目的，明显地在支持和偏袒某一宗教派别。“创世科学”自认为科学，而实际不是。科学是一个非常具有专业性的领域，不是谁想来说几句话都可以的。科学家们受过专业的训练并且取得了专业的成就，他们当然才最具有在本专业领域内发言的资格。关于生命起源的问题也一样，最有发言权的不是政治家，也不是宗教界人士，当然更不是民众，而是科学家。
科学创世论也积极组织人力协助阿肯色州大律师对原告的指控一一进行了反驳。他们指出，“590法案”并没有支持或偏袒任何一个宗教派别。因为“创世科学”与“进化科学”的性质相同，都是关于生命起源科学模型，完全可以采用世俗的和非宗教的方式进行教学。这当然也不违背政教分离原则了。
可以看出，在“斯科普斯”案中，双方辩论的是进化论到底算不算科学。而在“麦克里恩案”中，转而争辩创世论是不是科学。如果不是科学，本着政教分离的原则，它不可以进入课本在学校讲授；如果是科学，当然就有资格和进化论一样，在学校里进行讲解。这正是双方律师辩论的焦点所在。至于进化论和创世论的具体内容，不是他们关心的对象。
1981年12月7日，联邦地区法院对这一案件进行了为期十天的审理。基于科学创世论采取的策略，争论的焦点也就在于判断“创世科学”到底是不是科学，或者根本就是一种宗教信仰。
1982年1月5日，美国联邦地区法院法官作出判决，宣布阿肯色州的“平衡法案”是支持宗教的非法尝试，显然在用超自然的存在创造人类的观点来支持宗教观点，并且科学创世论已被进化论者证明为神话，允许在课堂上讲解相关内容就等于是在课堂中讲授神话，这是对教育的负责任，应当取消。
科学界因此而非常兴奋。《科学》杂志不惜全文发表判决书，大力宣扬他们的此场胜利。科学界还料想，这一结果将给取消路易斯安娜州那个法案提供司法范例，取消另一个“平衡法案”当非难事。
但谁也没有想到，对路易斯安娜州的诉讼进程竟然一波三折，经历了比阿肯色州诉讼还要艰难的过程。
本来，科学创世论在路易斯安娜州的第一次诉讼中已经失败，判决结果也与阿肯色州相似。但科学创世论者不甘心就此罢手，他们说服路易斯安娜州的大律师上诉到第五巡回法庭，要求撤销原判。巡回法庭三人调查组经过审查后得出了维持原判的决定。路易斯安娜州大律师仍然不服，进一步请求由巡回法庭的全部十五名成员重新听证此案。结果是，巡回法庭以八票对七票驳回了请求。
虽然科学创世论者再次败诉，但他们从这个八对七的微弱劣势中看到了希望。因此，他们决定把此案上诉到联邦最高法院。
1986年5月5日，美国联邦最高法院宣布将受理这个案子，这才让科学界和反对创世论的人们认识到了问题的严重性。如果科学创世论在联邦最高法院中胜诉，后果将不堪设想，因为最终的判决结果是不允许更改的。
美国科学促进会为此开展了一场声势浩大的声援活动，由全国的七十二位诺贝尔奖获得者和十七个州的科学院及其他七个科学团体向美国联邦最高法院递交了联合请愿书。请愿书指出，所谓“创世科学”的实质，只不过是戴着科学面具的宗教。最终，双方律师在法庭上继续就“科学创世论”是不是科学展开了辩论。美国公民自由联合的律师抛开其他细节性的纠缠，以不容怀疑的论据向联邦最高法院的法官证明了“创世科学”的宗教本质，这就足够了。因为这样，如果在学校中讲授“创世科学”，那就违反了美国第一修正案中禁止支持任何一种宗教派别的禁令。1987年6月19日，联邦最高法院以七票对二票的比例判处路易斯安娜州“平衡法案”为非法。进化论这才取得了惊险的胜利。
不过这场战争并没有就此彻底结束。1991年，一本非专业人士写的全面批评进化论的《审判达尔文》出版，标志着“智慧设计论”也加入了反进化论的行列。而科学创世论者也始终没有放弃与进化论对抗的努力。也就是说，进化论已经是面对着多线作战的局面了。
智慧设计论是一种比科学创世论更具有迷惑性的新形式的神创论。与科学创世论者的不同点在于，智慧设计论并不强求别人承认智慧设计论是科学，而是转而掉转枪口；攻击进化论只是一种意识形态和自然主义的哲学，而不是一种科学。因为进化论不是建立坚实的经验事实基础上的，而是建立哲学假设之上。与其他宗教一样，进化论也形成了一个宗教，相信进化论的科学家则是科学传教士。
智慧设计论需要和科学创世论划清界限，因为科学创世论已经被联邦法院判定不是科学了，跟他们扯没什么好处。但他们当然也不必和科学创世论把关系搞僵，毕竟大家实质上都是统一在造物主的势力范围内的。智慧设计论提出了这样一种理念：只要相信超自然的造物主引发了创造的过程，并且按一定的计划和目的不断控制这个过程，那么大家就都是创世论者。
智慧设计论与进化论斗争的策略与科学创世论相同，也是争取在学校受到平等对待。他们从法律角度还提出了一种新的借口，指责法院如果禁止学校给智慧设计论和进化论相同的教学地位，那就是“观点歧视”，是不符合法律精神的。
智慧设计论有许多较有影响的学者参加，其中需要一提的是贝希(Michael Behe)，他与其他非专业人士不同，这个人是美国一家大学的生物化学教授，并拥有生物化学博士学位，他的代表作《达尔文的黑匣子：生化理论对进化论的挑战》经过一版再版，在普通大众中造成了很大的混乱。
贝希利用普通读者对生物化学和分子及细胞生物学的生疏，从生物化学角度揭示了分子水平上的精确的剪裁过程和细胞世界的复杂结构，那确实是一种奇迹，但是经典生物学可以解释奇迹。不过贝希不管这些，他硬是把那些精确和复杂的结构说成是进化论不可解释的存在，并给这些结构制造了一个术语，即“不可降低的复杂性”，比如植物的光系统，或血液凝集系统，或者细菌的鞭毛等，都具有这样的特点。这些系统中的每一个成分都是有用的，而且互相配合得很好，相互作用，组成了一个有机的整体，其间任何一个部分的缺失，都会使系统失效。为此，贝希举了一个著名的例子，把一些细胞结构比喻为捕鼠的鼠夹，鼠夹的每一个部分都不可能起到捕鼠的作用，只有把它们有机地结合起来才会行使特定的功能。是谁设计了鼠夹的各个部分并把它们一次性地组装起来的呢？只能假定有一个智慧的设计者才能解释这一切。这个智慧的设计者当然只能是上帝了。
其实智慧设计论者并没有提出什么新的见解，不过是以往神创论所用技巧的翻新回炉布局。不过这些人都拥有博士头衔或教授职位，在撰写论著时也尽量使用科学术语，在引文规范和论证方式上也与主流学术的写作方式保持一致。这给普通读者造成了很多假象，严重影响了对知识本质的判断。
这伙人最近很活跃，到处举办大型研讨会，努力通过各种手段扩大对社会公众的影响力，结果在社会上掀起了一阵阵反对进化论的浪潮。他们为了提升公众的信任度，甚至搞了一个《对达尔文学说的科学异议》公开声明，其中写道：对于随机转变和自然选择论解释生命复杂性的能力，我们表示怀疑。经过活动，大约有三百五十名科学家在这份声明上签了字。其实美国科学促进会的科学家人数达到十几万人，这几百个人并不能表明什么东西。但美国国家科学教育中心也跟着搞了一份针锋相对的声明，强调对于进化的发生以及自然选择是主要的进化过程，科学界没有严重的怀疑。在这份声明上签字的科学家有五百名左右，因为他们只接受名为史蒂夫的学者签名，以此表达对去世的坚定的进化论大师史蒂夫！古尔德的尊敬之情。
不过智慧设计论还是在美国掀起了不小的风浪，以至于几乎在各州都有了反对进化论教学的提案，并且这种风头有愈演愈烈的迹象。以下是两个代表性的案例。
1999年8月11日，美国堪萨斯州教育委员会以6票对4票的多数，拒绝了在考试标准中列入“中小学学生必须了解达尔文进化论”的提案，也就是在教学大纲中删除进化论内容。这虽然不是禁止学校教授达尔文进化论，但明显也不鼓励。消息传出，在全国又一次引起热议。特别是科学界反响强烈，那些文笔讽刺的进化论支持者们更是对堪萨斯州竭尽嘲笑之能事。各大媒体纷纷对此加以报道和评论，《时代》杂志则专门请古尔德撰文对州教育委员会的决定作出批驳。令人尴尬的是，在美国颇有影响的盖洛普民意调查显示，只有不过百分之十的群众相信进化论是真的，其他人则选择不相信达尔文的进化论。为了拉选票，当时正在竞选总统的小布什竟然表态说，他同意地方学校有权决定自己的课程，有权教授不同的理论。其他总统候选人则一律采取了含糊其辞的说法来蒙混过关。他们既不想得罪选民，也不想落下一个无知的名声，真是难为了这些精英。
好在堪萨斯州长比较有科学素养，他以愤怒的语调批评了州教育委员会的这一愚蠢举动，并准备通过法案解散该州的教育委员会以挽回影响。
时隔不久，宾夕法尼亚州多佛地区学校委员会又擅自公开发表声明，决定从2004年1月开始，该地区学校九年级学生会被告知，自然选择的进化论并不是完善的理论，智慧设计论完全有资格被当成另一种科学理论用来解释生命的起源和进化。这一声明以后，引发了多佛学区的11名学生家长和美国公民自由联合的联合诉讼，把学区委员会告上了法庭。多位科学界专家前往作证，指证该声明违法。美国科学教师组织也出面指责这一举动是“美国科学教育的悲剧”。
宾夕法尼亚州联邦地区法院2005年12月20日作出裁决，认为智慧设计论从根本上来说仍是宗教理念，仅仅是创世论的翻版，而不是一个科学理论。判决书以严厉的语调指责道：在公立学校讲授智慧设计论不但违反宪法，而且还是一种“惊人的疯狂”行为，是极端无知的表现。
学区委员会也很委屈，他们坚称那个声明纯粹是出于教育目的，而绝非宗教目的。这种辩解是没有意义的，那帮做出这个决定的家伙们后来在改选中全部被清除出了学区委员会。
多佛只是个小地方，这个审判也没有费多大周折，但其意义是不容忽视的。因为在2005年，美国有大约25个州立或学区委员会曾经考虑过要在学校讲授智慧设计论。以至于道金斯哀叹说，美国正处于空前的科学黑暗期。
智慧设计论和科学创世论者的所作所为终于让科学界忍无可忍。2006年6月23日，多国科学家联合签署一份声明，对其发动了一轮最为猛烈的抨击，指责这些人正在混淆关于生命起源的知识，并试图隐瞒和否认在这一问题上取得的科学成就。
道金斯抨击智慧设计论就好像地球是平的理论一样，是不值一驳的胡扯。但这些人瞎折腾一气，会给民众造成一种假象，似乎有两种学派：一派是智慧设计论，一派是自然选择的进化论。这种错觉是一种严重的误导。
然后道金斯还讽刺地责问智慧设计论者：是谁设计了设计者呢？
看了智慧设计论对美国造成的影响，英国的《自然》杂志也不能袖手旁观了。2005年4月28日，《自然》杂志专门就这一问题刊发了一篇社论。社论认为，许多科学家对智慧设计论的态度是不屑理睬。他们认为，把超自然的教义和科学混合在一起，是倒退到了自然哲学家们寻求炼金术之类的伪科学时代。然而，由于智慧设计论在美国大学校园里正日益流行，科学家们不应对此漠不关心。
许多上过基础生物学课程的大学生是有宗教信仰的，而宗教信仰至少在表面上是和达尔文进化论不相容的。但教授们上课时却很少讲信仰与科学之间的冲突，这就使学生们把智慧设计论当作了调和宗教与科学的一条出路。社论认为，这不是一个好现象。因为智慧设计论正在用科学的方法寻找上帝存在的证据，它威胁到了科学的理性的核心。社论建议教授们应该引导学生去正确看待这个问题，不要被智慧设计论一时的表面所迷倒，而应该有自己的思考和判断，这也是教授的责任之一。
《科学》杂志当然也积极关注科学与智慧设计论之间的论战进展，并把进化论研究取得的新成就列为2005年十大科学突破之首。这一研究成果就是证明了单一的基因突变足以造成生物大的飞跃，可以把一个物种变成好几个物种。这一研究解决了物种生成的问题，也是对神创论者的一个重要还击。
真正的科学研究当然不会因为噪音而停止前进，现在还是让我们回过头去，看一看标志着进化论走向成熟的现代综合进化论的前因后果，那也是对神创论作战的有力武器之一。
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