1.致癌
如果在豆芽菜中使用了化肥，那么将导致豆芽菜内硝酸盐含量大幅度升高，而硝酸盐进入人体内，经细菌分解后，将变成致癌的亚硝酸盐。久食这种豆芽有诱发食道癌和胃癌的危险。
2.激素危害
目前各类食品中使用激素的越来越多，激素对人体的影响到底如何还没有定论，但即使是激素类药品摄入超量后，都会对人体产生一定的危害，如使儿童早熟、女性生理发生改变、老年人骨质疏松等，更何况是非药用激素呢？就目前来看，如果久食使用了无根剂素激素的豆芽菜一样对人体有致癌、致畸形的作用。
3.重金属危害
如果在发豆芽的过程中使用了工业用的保险粉，则会导致豆芽菜的重金属残留。长期食用有重金属残留的豆芽菜，会使重金属在人体内不断积聚，而且很难排出体外。
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