在经受十字骑士团进攻的初步考验之后，哥白尼预料敌人还会发动新的进攻。然而哥白尼却不知道，十字骑士团的部队内部正经历着严重的危机。军队损失惨重，并没取得比较大的胜利，这在骑士团士兵和雇佣军中引起严重不满，并出现骚动，这种骚动随时可能演变为士兵暴动。十字骑士团的士兵漫骂大首领，雇佣兵要求发放拖欠的军饷，甚至把事先发饷作为开始包围或发起进攻的条件。结果，大首领阿尔布雷希特中途就返回克鲁莱维茨，因为他觉得在那里要比留在自己军队中更加安全。1521年3月26日，骑士团停止了战争行动，4月5日达成了所谓托伦妥协，实现了四年停火。
战争给瓦尔米亚造成了巨大的损失和破坏，大部分农庄已被践踏和洗劫一空，这也使主教和神甫会的收入大为减少。战争开始之前，奥尔什丁佃户区只有百分之十的农田荒芜，而战后荒废的土地增加了两倍。刚刚停火一个月，哥白尼就重新开始进行安置佃户的工作。为了鼓励农民尽快接管被遗弃和被破坏的土地，哥白尼提出不少减租和免租措施，这对附近的玛佐夫舍地区产生了很大吸引力，许多被称为玛祖尔人的波兰移民纷纷前来定居。
1521年6月，根据神甫会的意见，哥白尼把自己的行政管理人职务交给了蒂德曼·吉斯神甫，因为他已被推选为瓦尔米亚专员，专署设在奥尔什丁，瓦尔米亚神甫会的官邸也设在那里。瓦尔米亚专署是在1521年临时设立的，主要是为了恢复因战争遭到破坏的经济和社会秩序。担任专员是哥白尼在行政职务方面的一次晋升，也是对他在战前和战争期间所从事的行政组织活动表示赞赏的证明。人们将哥白尼看成是面对十字骑士团毫不妥协的人，甚至在最艰难时期，也毫不退缩。他既没被十字骑士团所吓倒，也不为其所利诱，所以人们相信他能够代表神甫会的经济和政治利益。
1521年6月，哥白尼移居到弗龙堡，在这里从事天文观测的条件要比在奥尔什丁好得多，因为这里有一些不能带到奥尔什丁城堡去的观测仪器。但哥白尼用于观测天体的时间仍然不多，因为有许多行政事务占据了他的精力和时间。此后的几个月里，哥白尼又担任了神甫会财产视察员，这个职务要求他经常为神甫会财产问题外出视察。接下来的几年中，哥白尼多次到奥尔什丁城堡视察工作，也曾担任过神甫会驻奥尔什丁代表。在战争刚刚结束的几年里，瓦尔米亚神甫会的处境非常艰难。形势要求神甫们表现出更大的政治积极性，和普鲁士各界以及波兰中央政权保持更加密切的关系。为此，哥白尼作为神甫会的代表时常参加普鲁士各界的代表大会，与代表们一道商讨如何制止十字骑士们在瓦尔米亚土地上进行新的颠覆和破坏活动，并想办法迫使他们遵守停火协议。
1522年初，神甫会推选哥白尼和蒂德曼·吉斯作代表，前往托伦参加普鲁士各界代表大会。波兰国王的代表也要出席，但国王更改了召开这次代表大会的时间和地点。代表大会改在格鲁琼兹举行，瓦尔米亚神甫会的代表不顾恶劣的天气条件和泛滥的洪水，又来到格鲁琼兹，以便能在国王代表在场的情况下对骑士团提出控告。哥白尼和蒂德曼·吉斯于1522年3月17日至21日参加了这次代表大会，在波兰国王代表面前对十字骑士团的压迫和无法无天行为提出新的指控。应普鲁士各界的请求，哥白尼在那里宣读了三年前他撰写的一篇关于货币问题的论文。哥白尼的意见深受同年10月21日在特切夫召开的普鲁士各界代表大会代表们的赞赏，与会的王属普鲁士代表最后通过了一个决议，决议中采纳了哥白尼的意见。
1522年1月30日，瓦尔米亚主教法比安·卢兹扬斯基去世。按照当时教区的传统习惯，在新主教产生之前，要由一名神甫代表接管教区和神甫会的领导权。这名代表被称为瓦尔米亚主教区行政总管。这是政权交替时期负有最高责任的职位，要借助它渡过这段“无主时期”。神甫会推举尼古拉·哥白尼在9个月时间内担任了这一最高职务。甚至在选出新主教以后，哥白尼仍将行使这一职责，直到新主教的选举得到教皇的批准。上任以后，哥白尼立即采取有力的措施加强各城堡的防御能力，防备十字骑士团的进犯。哥白尼仍担心十字骑士团有侵略瓦尔米亚的企图。因为十字骑士团竭力想利用瓦尔米亚主教法比安的死来攫取瓦尔米亚，如果不能用暴力攫取的话，就通过在罗马教廷的外交手段达到此目的。法比安主教在世时，大首领已经派人并通过其他人在罗马做过许多努力，以达到把瓦尔米亚吞并到骑士团国家的目的。十字骑士团知道格但斯克人对他们怀有敌意，所以他们懂得，如果接替法比安担任主教的是一位格但斯克人，那将对骑士团非常不利。因此大首领在获悉主教去世后，立刻催促在罗马的代理人采取更有力和更有效的行动，争取得到瓦尔米亚和王属普鲁士的其他土地。他们想使哈德利亚六世教皇相信，瓦尔米亚和骑士团国家合并对教廷是有利的。但教皇看到阿尔布雷希特已陷入严重的财政困难中，不会有什么重要回报，便做了模棱两可的回答，既不支持大首领，也不支持波兰国王。但瓦尔米亚一直从属于波兰国王。
主教之死使驻扎在瓦尔米亚的波兰部队进入戒备状态，波兰王宫密切注视着该地区所受的十字骑士团的威胁。国王立刻把马尔堡的州长耶日·巴任斯基和普鲁士地区副司库、格但斯克总督扬·巴林斯基派到弗龙堡去处理补选主教问题。他们于1523年2月26日抵达弗龙堡，并把委任书呈交给神甫会和主教区的负责人，即副主教扬·斯库尔泰蒂和瓦尔米亚主教区行政总管尼古拉·哥白尼。两位负责人对特使说：神甫会已经决定，将按照和国王签订的第二个彼得库夫条约的规定选举新主教，不与国王协商不会采取任何行动。他们还向国王特使保证说，神甫会中尚未宣过誓的年轻成员已经做好了向国王宣誓效忠的准备。
出于安全考虑，斯库尔泰蒂和哥白尼派出代表去加强主教城堡的防御工作，尤其是利兹巴克的防御工作。同时他们也向格但斯克总督扬·巴林斯基提出要求，请他向利兹巴克提供大炮、火药和铅。两位代表——蒂德曼·吉斯和莱奥纳德·尼德尔霍夫来到利兹巴克，以神甫会的名义接管了主教城堡。神甫会的两位代表向市长提出要求，要求他接管所有主教城堡的防务，并向神甫会宣誓效忠。普勒克十分忠实波兰国王和波兰，在反十字骑士团的战争中曾因英勇保卫利兹巴克而获得荣誉。
耶日·普勒克毫不迟疑地把两位神甫事件报告给国王，并占领利兹巴克城堡一直到选出新主教，因为他想保护城堡免受外来的突然袭击，另外也因为他想把城堡交给国王齐格蒙特·斯塔雷所信任的新主教。
不久之后，神甫会的使臣前往克拉科夫向国王递交了弗龙堡神甫的名单，请国王选定四名神甫，以便神甫会从中选出一名主教，然后再请求教皇批准。1523年3月17日，齐格蒙特·斯塔雷接见了神甫会的使臣。4月4日，确定了主教的四名候选人，他们是：教长帕维尔·普沃托夫斯基、文物保护人莫里齐·费贝尔、副主教扬·斯库尔泰蒂和神甫蒂德曼·吉斯。吉斯当时正作为神甫会的使臣之一到国王身边。主教选举在4月14日进行，哥白尼参加了选举。结果得到国王支持的神甫莫里齐·费贝尔当选为主教。费贝尔的当选使十字骑士团十分不满。他们知道，新主教将和波兰密切合作，这无疑会使十字骑士团霸占瓦尔米亚的阴谋遭受严重挫折，甚至化为泡影。
瓦尔米亚主教莫里齐·费贝尔赢得波兰国王的信赖是有道理的。他出身于格但斯克的贵族家庭，是格但斯克市长的第10个儿子。16世纪初他在意大利留学，获得两个法学博士证书，一个是教会法博士，一个是世俗法博士。国王喜欢他，因为费贝尔家族对波兰国王是忠诚的，他的外甥扬·费贝尔甚至当了齐格蒙特·斯塔雷国王的私人秘书。
莫里齐·费贝尔主教没有辜负国王的信任，他和尼古拉·哥白尼一道努力，大大促进了战争创伤的医治和重建瓦尔米亚经济的工作。两个人一起在1525至1528年从事移民工作，百分之四十的移民是来自玛佐夫舍地区的波兰农民。在密切与波兰的关系方面，两个人都做出了显著的贡献。
哥白尼早在费贝尔未担任主教前许多年就同他很要好。哥白尼和费贝尔在对内对外政策上观点一致。在当选主教后，费贝尔不仅对波兰国王，也对瓦尔米亚神甫会进行了宣誓。在新主教获得教皇批准之前，主教区的行政管理权一直掌握在哥白尼手中。
哥白尼在卸任瓦尔米亚行政总管职务后，又两次当选为神甫会办公厅主任，一次是1523年，一次是1525年。他履行了自己的义务，并领导神甫会办公厅工作，编辑各种函件和监督神甫会的财务。他主持工作的这段时间刚好是同大首领及其办事人员发生冲突的时期。
冲突是由占领布拉涅沃的十字骑士团部队指挥官彼得·冯·多纳挑起的。在1523年夏，他洗劫了位于弗龙堡附近属于神甫会的克热村。神甫会和普鲁士各界向大首领临时代理人——桑比亚主教耶日·波伦茨提出交涉却无济于事。由于轻易取得了成功，多纳更加不可一世。1524年春他又对布拉涅沃附近几个属于瓦尔米亚神甫会的村庄提出领土要求。桑比亚主教在这个问题上采取暧昧立场，因此神甫们就去请示费贝尔主教，并请求正在格但斯克的波兰国王使臣给予帮助。像过去一样，这次指控十字骑士团的文件也是由哥白尼起草的。波伦茨主教决定在布拉涅沃对这一案件进行审理。审判结果可想而知，对神甫会很不利。瓦尔米亚神甫们认为这次审判是不合法的，他们直接向波兰国王递交了指控书，这份指控书还是由哥白尼起草的，其中列举了骑士团破坏和平的种种罪行。国王命令十字骑士团把抢占的财产归还给神甫会。哥白尼在写给费贝尔主教的信中痛心地控诉了骑士团办事人员的倒行逆施，他深有感触地责问道：“用信件去反对那些制造既成事实的人又有什么用呢？”和多纳的冲突并未就此结束。同年5月，多纳扣留了骑马经过布拉涅沃弗龙堡神甫会的一位市长，并侮辱他，诬陷他从事间谍活动，把他从马上掀下来，并且殴打了他的仆人。无计可施的哥白尼写信把这件事报告给主教，并讲述了骑士团大首领的临时代理人支持多纳所作所为的情况。哥白尼把十字骑士团对有关冲突问题的解释称为“诽谤”。为了防御傲慢的十字骑士团的暴行，神甫会雇佣了30名士兵。在哥白尼所写的有关神甫会和多纳及其他骑士团人员冲突的信件中，贯穿着哥白尼对骑士团及其战争方式的强烈反感。哥白尼维护的不仅仅是神甫会的局部利益，也是波兰王国的利益，齐格蒙特·斯塔雷国王写给神甫会的信中肯定了这一点。国王在回信中对神甫会办公厅主任尼古拉·哥白尼的行动表示支持。
与表面现象相反，骑士团国家的内部形势是艰难的。首先是格伦瓦尔德战役的失败，接着又有和波兰“十三年”战争的失败，这摧毁了它的军事实力。经济也不景气，陈腐的国家结构，再加上马丁·路德改革运动的不断发展严重削弱了国家经济。虽然骑士团在德国皇宫积极开展外交活动，但德国因卷入了同意大利的战争，无力再向骑士团提供军事援助。在这种形势下，大首领根据马丁·路德的建议，决定取消骑士团国家，成立依附于波兰的世俗路德派公国，这样就可以享受世袭的公爵权利。这种想法得到骑士团部分领导人的支持，也得到波兰王宫中部分官员的支持。当时王宫中有些大臣曾提出把十字骑士团从普鲁士转移到波多利耶去的想法。1525年4月8日签订了波兰—普鲁士条约，几天后，阿尔布雷希特作为普鲁士公国的统治者，在克拉科夫市场上举行了向国王齐格蒙特·斯塔雷进贡的仪式。
此后的普鲁士王国被称为公国普鲁士。
克拉科夫条约是当时国际法中天主教国家承认新教国家的第一个条约。依当时的观点看，应该说这是波兰外交政策的一个不小的成绩，因为它标志着和十字骑士团的战争时期结束了，波兰北部边界的安全有了保证。
普鲁士公国的变化给哥白尼增加了不少工作。他必须把十字骑士团占领过的财产整顿好，一方面是恢复行政秩序，另一方面是恢复经济秩序。此外，哥白尼还和阿尔布雷希特大公的代表举行了会谈，讨论瓦尔米亚和普鲁士公国之间全面调整经济和社会关系问题。和邻国制定相应的正常关系准则，花费了哥白尼两年时间。1528年7月6日，这个准则得到批准和签署，哥白尼是签署人之一。1529年，哥白尼最后一次担任神甫会办公厅主任职务。和骑士团结束冲突这件事成了哥白尼生活中的一个转折时刻。保卫瓦尔米亚，抵御十字骑士团的侵略，领导瓦尔米亚经济发展和医治战争创伤，这段耗费哥白尼很多精力和心血的艰难时期终于宣告结束了。
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