侯仁之出生时，母亲年近四十。父母喜出望外，取名光临，学名仁之。
两年后，弟弟出生，取名重临，学名硕之。兄弟两人自幼手足情深。
童年和少年时代，侯仁之在母亲刘毓兰的细心爱护和独出心裁的教育下，养成喜爱读书、爱惜书籍和勤俭劳动的习惯。
初中毕业后，母亲不幸病逝。侯仁之对母亲的教诲铭记终生。1918年在本镇入小学。因体弱多病而数次休学。1926年入山东德州博文中学读书，初中毕业后转入济南齐鲁大学附属中学。因学潮中断学习，又转回博文中学高中。数次转学对正常学习的颇多损失，侯仁之从大量课外阅读中得到了补偿。少年时代启蒙教育的第一课来自冰心师的文学创作集《超人》，后来开始练习写作和演讲。同时，他还刻苦练习长跑，体质明显增强。1931年秋，转入河北通县潞河中学高三年级就读。
侯仁之第一次来到向往已久的文化古城北平（今北京），从此与北京结下不解之缘。北京城的守望者侯仁之传侯仁之年谱1932年中学毕业。
时值国难当头，受顾颉刚文章和胞弟硕之的影响，选择学习历史当作为社会治病的方向。
侯仁之对母校潞河中学深怀感念之情。
初夏，参加并顺利通过燕京大学国文、英文特别考试（国文考试由冰心主考），入读历史系，获四年奖学金。
大学本科学习期间，接受学贯中西的洪业教授极为严格的治学方法训练，并受积极开拓中国沿革地理广阔领域的顾颉刚教授的启发，开始进入学术研究领域，得到了博闻强记的邓之诚教授的及时指点；同时，受到明初学者顾炎武“经世致用”学术思想的影响，被其“国家兴亡、匹夫有责”之语深深感动。
燕园中为纪念1926年“三·一八”惨案中牺牲的燕京大学女生魏士毅敬立的“魏士毅女士纪念碑”及其铭文使侯仁之深感震撼，成为他入学后所接受的爱国主义教育第一课。碑文铭刻在心，一生难忘。1933年胞弟侯硕之就读于清华大学电机工程系，课余从事译述工作，并喜爱科普读物写作。
兄弟间来往频繁，相互切磋，关系亲密。
侯仁之在燕京大学附中兼课，教学深受学生欢迎。他带领学生周末郊游，相处融洽，亦生亦友，相得其乐；更与学生曹天钦、熊秉明结成忘年交，保持终生友谊。1935年夏，长江中下游遭受水灾。侯仁之发表文章《记本年湘鄂赣皖四省水灾》，载于10月16日出版的《禹贡半月刊》第4卷第1期。
为侯硕之译作《宇宙之大》（［英］金斯著）作序。该书被上海开明书店纳入《开明青年丛书》，于1935年出版。1936年春假期间，燕京大学历史系主任顾颉刚教授为“古迹古物调查实习”课程师生组织“汴洛古迹古物参观团”，由侯仁之领队。
5月，燕京大学1936级学生毕业前夕，侯仁之被推举执笔《1936级班史》。文中引用“殷忧启圣，多难兴邦”，以表达在国难日益深重的时刻，年轻学子挽救祖国于危亡、匹夫有责的信念。
本科毕业，获文学士学位。以清代治河名家靳辅治理黄河水害的史料写就毕业论文《靳辅治河始末》，载于燕京大学《史学年报》。应顾颉刚教授之邀，留校作硕士研究生，兼任系主任顾颉刚的助理，协助古迹古物调查实习课程教学。
为顾颉刚主持编绘的《历史地图底本》作校对工作。夏，参加“禹贡学会”组织的黄河河套水利调查团。
大学本科时，曾住燕京大学未名湖北岸男生宿舍五楼（现北京大学体斋）。研究生、助教时期，曾住六楼（现北京大学健斋）和蔚秀园教工宿舍。1937年撰《陈潢治河》，载于3月7日《大公报·史地周刊》第126期。
7月7日卢沟桥事变，继而北平失陷。顾颉刚教授为躲避日寇追捕被迫离校出走，侯仁之转为洪业教授的研究生。
同年，侯仁之为去上海闸北实习的胞弟硕之送行。此一分别竟为永诀。1938年论文《明代宣大山西三镇马市考》载于《燕京学报》1938年第23期。
侯仁之学术思想开始向历史时期地理学的研究方向发展。洪业教授为之安排去英国利物浦大学地理系学习的计划，因第二次世界大战阻隔，未能实行。1939年8月，与张玮瑛结婚。因国难当头，不张扬婚事。在燕京大学临湖轩东厢举行简单仪式。司徒雷登校长证婚，洪业夫妇和李荣芳夫妇在场。
论文《王鸿绪〈明史·列传〉残稿——明史刊成二百年纪念》，载于《燕京学报》1939年第25期。1940年7月，完成硕士研究生论文《续〈天下郡国利病书〉山东之部》，获文硕士学位，并获得斐陶斐荣誉学会（The Phi Tau Phi Scholastic Honor Society）金钥匙奖。留校任助教。
司徒雷登校长任命夏仁德（R.C.Sailer）为“学生生活辅导委员会”主席，侯仁之为副主席。该委员会负责资助生活困难的学生继续学业，同时秘密协助爱国学生离校，前往解放区和大后方参加抗日救国运动。1941年12月，燕京大学被日寇封闭。
硕士论文《续〈天下郡国利病书〉山东之部》列为《燕京学报》专号之一，由燕京学社出版。
12月8日，太平洋战争爆发，燕京大学被日本侵略者封闭。侯仁之暂返天津后，在天津遭日本宪兵逮捕，被押送至北平沙滩红楼日本宪兵队本部监禁。1942年2月10日，由沙滩红楼转押至东直门内炮局三条日本陆军监狱候审。
2月，长女侯馥兴在天津出生。
6月18日，被日寇军事法庭“以心传心、抗战反日”的“罪名”判处有期徒刑一年，缓刑三年。后取保开释，无迁居旅行自由，寓居位于天津法租界海大道60号的岳父张子翔家。
秋，到位于英租界的私立达仁商学院授课。
出狱后不久，胞弟硕之只身北上途中在陕西遇害的噩耗传来，侯仁之闻讯悲痛欲绝，不能自已。幸得洪业师关怀，教导他继承硕之科普写作的志向，使他振作起来，重获生活勇气。1943年出狱后仍处于日寇监视下。通过中国书店郭纪森先生传递口信和书信，与洪业师保持联系，随时得到指导。
长女周岁时，燕京大学学生张金哲到家中拍摄全家照，为危难岁月留下珍贵纪念。
4月，完成《北平金水河考》初稿。从事有关天津历史与地理的研究。
秋，为摆脱敌伪干扰，转到法国天主教创办的天津工商学院任教，并兼任该学院创办的女子文学院史地系主任。应工商学院“学生俱乐部”邀请，作题为“黄河故事”的讲演，宣扬民族英雄、治河专家陈潢的事迹，激发学生爱国热情。1945年《天津聚落之起源》作为《天津工商学院特刊》出版。
8月15日，日本战败投降。侯仁之应召立即返回燕京大学，为燕大复校工作委员会五成员之一；10月10日，燕京大学重新开学。1946年《北平金水河考》载于《燕京学报》第30期。
8月，长子侯方兴在北平出生；
同月，赴英国利物浦大学地理系进修，师从新任地理系主任、当代历史地理学的奠基人之一、著名历史地理学家达比（H.C.Darby，也译为“德贝”）。达比的学术理论及其对当代历史地理学发展的贡献，使侯仁之深受启发，在新的观点和方法指导下，将北京历史地理的研究提升到新的理论高度。
留英期间，先后担任留英中国学生会副主席和留英中国学生会利物浦分会主席。1949年夏初，论文《北平的历史地理》通过答辩，获哲学博士学位。临行前，分别到英国剑桥和法国巴黎，向曹天钦、熊秉明告别。乘船返回经停香港，到新华社转交托带信件后被安排北上。直到轮船驶出台湾海峡后，才登上甲板发表演说，欢呼回到祖国。9月27日回到北京，重返燕园。
10月1日，参加中华人民共和国开国大典。
在燕京大学历任副教授，教授。1950年应梁思成之邀到清华大学建筑系讲授《市镇地理基础》课程，兼任清华大学营建系教授。
4月，由政务院任命为北京市人民政府都市计划委员会委员（至1954年），进行首都都市计划中新定文化教育区的地理条件和发展过程的考察，作题为《北京海淀附近的地形、水道与聚落——首都都市计划中新定文化教育区的地理条件和它的发展过程》的考察报告。
建议教育部将“大学历史系课程目录”中的“中国沿革地理”，改为“中国历史地理”。
7月，《中国沿革地理课程商榷》一文载于《新建设》第二卷第11期。1951年燕京大学由教育部接管。
同年，迁入燕南园61号居住。
《北京海淀附近的地形、水道与聚落——首都都市计划中新定文化教育区的地理条件和它的发展过程》载于《地理学报》1951年第18卷。1952年院系调整，燕京大学与北京大学合并，任北京大学副教务长兼历史地理系主任。
当选为全国民主青年联合会常务委员及中国地理学会副理事长兼历史地理专业委员会主任委员。1953年《迎接北京建都800周年》载于《地理知识》1953年第1期。1954年8月，当选为北京市人民代表大会代表（至1988年）。1955年《北京都市发展过程中的水源问题》载于《北京大学学报（自然科学版）》第1期。1956年2月，次子侯凡兴在北京出生。
《改造首都自然环境的一个重要措施》一文载于《北京日报》。
1957年夏，由教育部派往南斯拉夫贝尔格莱德大学出席“今日的大学”国际研讨会。
《历史时期渤海湾西部海岸线的变迁》载于《地理学资料》1957年第1期。
1958年出席在呼和浩特市召开的“西北六省区治沙会议”。
当选为北京市人民委员会委员（至“文革”）。
《历史上海河流域的灌溉情况》载于《地理学资料》1958年第2期。
1959年担任主编的《中国古代地理名著选读》由科学出版社出版。
《关于古代北京的几个问题》载于《文物》1959年第9期。
任第三届全国政协委员（至第七届）。
1960年夏，赴宁夏河东沙区考察。
1961年夏，赴内蒙古乌兰布和沙漠考察。
《徐霞客》（《中国历史小丛书》之一）由中华书局出版。
担任《中国地理小丛书》主编。
《北京景物溯源散记》等10篇陆续见于《北京日报》。
1962年夏，赴内蒙古及陕西榆林地区的毛乌素沙漠考察。
《历史地理学刍议》载于《北京大学学报》自然科学版1962年第1期。
5月，《历史上的北京城》由中国青年出版社出版。
7月，主编的《中国古代地理学简史》由科学出版社出版。
9月，《步芳集》由北京出版社出版。
1963年夏，再赴内蒙古乌兰布和沙漠考察。
8月4日至9日，北京市区阴雨连绵。8日，大雨倾盆，未名湖水泛滥，石船几乎完全被淹没。南岸慈济寺门已浸入水涯。西校门外水流成河，公共汽车停驶。侯仁之关注北大校园水文变化，特拍洪水照片数篇，加注纪录，为日后防洪参考。1964年夏，再赴陕西榆林地区及毛乌素沙漠考察。
《从人类活动的遗迹探索宁夏河东沙区的变迁》载于《科学通报》1964年第3期。
1960—1964年，连续五年利用暑假期间深入沙漠，对历史时期沙漠地区自然环境的变迁和人类活动遗址进行考察研究，揭示了历史上人类活动对该地区沙漠化形成的影响规律，逐步探索出历史地理研究的新方向。然而，由于“文革”开始，沙漠历史地理的研究工作戛然中断。
出席“北京科学讨论会”，宣读论文《在所谓新航路的发现以前中国和东非之间的海上交通》，载于1964年11月《科学通报》。1965年
《历史地理学在沙漠考察中的任务》载于《地理》1965年第1期。
《乌兰布和沙漠北部的汉代垦区》（合作者俞伟超、李宝田）载于中国科学院治沙队《治沙研究》1965年11月第7号。
夏，主持完成有关北京城地下埋藏古河道的研究，被选送参加在北京举行的全国科技研究成果展览。时任北京市副市长万里在听取该研究成果汇报时，传达周恩来总理指示，用绘制不同时代地图的办法，将历史悠久的北京古城前后变迁情况表示出来。随即，嘱咐侯仁之与北京市城市规划管理局磋商，立即着手组织人力进行这项工作。其后，由于“文革”动乱，图集编纂计划停顿十余年。
9月，到北京西郊门头沟下清水村参加“社会主义教育运动”。
1966年“文化大革命”爆发，受到迫害。
在劫难中，挚友吴蔚然夫妇冒着风险到家中探望身陷逆境的侯仁之夫妇。
1969年秋，下放至北京大学设在江西鄱阳湖鲤鱼洲的干校劳动改造。
1971年秋，回北京，在校内继续劳动。年底得到通知，停止劳动。
1972年《文物》《复古》复刊，编者来家中约稿。
1973年《从红柳河上的古城废墟看毛乌素沙漠的变迁》，载于《文物》1973年第11期。《乌兰布和沙漠的考古发现和地理环境的变迁》（合作者俞伟超），载于《考古》1973年第2期。
1974年应约在邯郸市工作，经实地考察后，写出《邯郸城址的演变和城市兴衰的地理北京》。1975年应约在承德市建设局工作，写成《承德市城市发展的特点和它的改造》。
1976年应约在淄博市工作，写成《淄博市主要城镇的起源和发展》。
《从考古发现论证陕北榆林城的起源和地区开发》（合作者袁樾方），载于《文物》1976年第2期。1977年应约为中国科学院自然科学史研究所主编的《中国科技史》“城市建设”章撰“元大都城与明清北京城”，后转载于《历史地理学的理论与实践》。
与吴良镛合著《天安门广场：从宫廷广场到人民广场的演变与改造》，载于《文物》1977年第9期。1978年3月，出席全国科学大会。
6月，参加中国科学院沙漠研究综合考察队，重返西部沙漠考察，重点考察了内蒙古的居延城废墟和古居延泽，以及甘肃的汉龙勒城和阳关故址。
9月，带领研究生应约赴芜湖市参加城市规划工作，进行城市历史地理专题研究。
1979年论文《历史地理学的理论与实践》载于《北京大学学报（自然科学版）》1979年第1期。
主持绘制《北京历史地图集》的工作中断十余年后重新开始，《北京历史地图集》编辑委员会成立。
9月，《历史地理学的理论与实践》由上海人民出版社出版。
12月，参加“三北”防护林体系建设学术讨论会，作《我国西北风沙区的历史地理管窥》的学术报告。
《城市历史地理的研究与城市规划》载于《地理学报》1979年第34卷第4期。
1980年3月，应加拿大不列颠哥伦比亚大学之约，作为客座教授前往讲学；
随后，应邀访问美国匹兹堡大学，代表北京大学赠送明代北京城墙的两块古城砖，作为两校之间文化来往的纪念。北京市文物事业管理局特为北京大学准备了两块带有铭文的城砖。侯仁之将照片和拓片面交给匹兹堡大学校领导，并说明城砖铭文所示年份是明朝嘉靖三十六年（即公元1557年）。两块城砖经海运达到时，匹兹堡大学向北京大学周培源校长发致谢函。城砖陈列在匹兹堡大学图书馆东方图书部。
侯仁之夫妇专程往美国波士顿拜见恩师洪业教授，逗留数日畅叙阔别。同年12月，洪业教授去世。
随后前往华盛顿市郊看望原燕京大学教授夏仁德及夫人。次年，夏仁德教授去世。
6月，加入中国共产党。
12月，再次赴美，与雷洁琼教授应邀出席在新奥尔良举行的美国社会科学学会成立60周年大会。
《我国西北风沙区的历史地理管窥》载于中国林学会编《1979年三北防护林体系建设学术讨论会论文集》。
当选为中国科学院学部委员、院士。
《北京史话》（合作者金涛），由上海人民出版社出版，获1980年“爱国主义历史读物”优秀奖。
1981年《敦煌县南湖绿洲沙漠化蠡测——河西走廊祁连山北麓绿洲的个案调查之一》载于中国科学院兰州沙漠研究所《中国沙漠》1981年第一卷第1期。
5月，根据文化交流的协议，应邀前往加拿大维多利亚大学和多伦多大学等学校作讲演；
专程前往美国波士顿，参加哈佛大学举行的洪业教授追悼会，代表北京师友和学生致悼词。
《步芳集》由北京出版社再版。
应邀在美国芝加哥大学进行研究工作。
1981年11月至1982年2月，作为福布赖特学者，应邀到美国伊利诺依大学香槟分校地理系讲学。
1982年《历史地理学的理论与实践》由上海人民出版社再版。
《纪念作为时代先驱的地理学家徐霞客》载于《地理学报》1982年第5期。
参加北京大学校内明代米万钟勺园遗址的挖掘工作，断定挖掘出的条石修砌于勺园湖泊西岸。
1983年出任《中国地理丛书》编辑委员会主任。
《论北京旧城的改造》载于《城市规划》1983年第1期。
因汉江泛滥造成陕西安康重大水灾。侯仁之奉上级命令，前往灾区考察。
赴宁夏回族自治区中卫县中国科学院沙漠研究所沙坡头治沙站考察。
1984年1月至9月，作为路斯基金学者，应邀到美国康奈尔大学城市与区域规划学院进行北京与华盛顿在城市设计主题思想上的比较研究，并到华盛顿考察。
在此期间，于7月前往英国，由利物浦大学授予荣誉科学博士学位。当年的导师达比教授因学术成就受封为爵士（Sir Clifford Darby），早已转往剑桥大学任教，特地赶来参加仪式。达比教授并陪同前往剑桥参观，会晤李约瑟博士。侯仁之夫妇访英期间，前往慰问赖朴吾夫人。
发起组织“北京环境变迁研究会”，并撰写《环境变迁研究》发刊词。
文章《要看到建设“滨河公园”的历史意义》载于《北京日报》。
参加“历史名城与现代化建设”北京国际学术研讨会，会议论文《北京旧城城市设计的改造》载于《城市问题》丛刊1984年第6辑。
《历史上的北京城》在中国青年出版社出版第2版。
1985年《保护卢沟桥刻不容缓》一文载于《北京日报》1985年8月15日。针对全国重点文物保护单位卢沟桥所面临的危机，呼吁采取一切积极措施，解决卢沟桥不应该担负运输任务的问题。
怀念原燕京大学教授夏仁德的文章《一位患难中的良师益友》载于《夏仁德在中国》一书（世界知识出版社出版）。
被聘为国际地理联合会（LGU）及科学的历史与哲学国际协会（IUHPS）所属地理学思想史专业工作委员会常任委员。
被聘为首都发展战略顾问组顾问。
4月，在第六届全国政协第三次会议上以全国政协委员的身份与政协委员阳含熙、郑孝燮、罗哲文联合签名，提出建议我国尽早参加《世界文化和自然遗产保护公约》的书面提案，获得通过。
12月，中国成为《世界文化和自然遗产保护公约》的缔约国。5月，出席北京发展战略讨论会，作《试论北京城市规划建设的两个基本原则》专题发言。
1986年《元大都城垣遗址公园》一文载于《燕都》。
任国务院学位委员会第一届学科评议组成员。
8月，被聘为国际地理学会以及科学的历史与哲学国际协会所属的地理学思想史专业工作委员会常任委员，出席在西班牙巴塞罗那举行的国际地理联合会（LGU）地理学思想史专业工作委员会学术讨论会。
赴法国巴黎参观考察，与熊秉明欢聚。
1987年《从北京到华盛顿——城市设计主题思想试探》，载于《城市问题》1987年第3期。
10月，作为北京市文物古迹保护委员会主任委员，出席在美国华盛顿举行的国际文物建筑及历史遗迹理事会组织的“文物古迹与遗址国际会议”（ICOMOS）第八届国际学术讨论会，在会上作题为“新时代的万里长城”的发言。
后应邀出席在夏威夷举行的“亚洲及太平洋诸岛屿文化遗产国际讨论会”第三次会议。
1988年《北京历史地图集》编委会编制、侯仁之担任主编的《北京历史地图集》（第一辑）历时8年，由北京出版社出版。时任国务院副总理万里题写书名。
开设北京大学全校选修大课“北京历史地理”。
8月，撰写《明北京城城墙遗迹维修记》（碑文）。
怀念原燕京大学教授赖朴吾的文章《音容宛在——悼念赖朴吾教授》载于《赖朴吾——中国的好朋友》（北京大学出版社出版）。
11月，《燕园史话》由北京大学出版社出版。
《历史地理学概述》载于《百科知识》1988年第3期。
1989年《北京历代城市建设中的河湖水系及其利用》载于《环境变迁研究》第2、3期合辑。
撰写《白浮泉遗址整修记》（碑文）。
5月，主持在北京举行的“历史文化名称与现代化建设”国际学术讨论会。
7—8月间，连写数篇文章，以“我师育我之亲，爱我之切”倾述深情怀念洪业教授、顾颉刚教授、邓之诚教授。
1990年《迎接北京建城3035周年》载于《地理知识》1990年第2期。
《论北京建城之始》载于《北京社会科学》1990年第5期。
《记英国国家图书馆所藏雍正北京城图》载于《历史地理》1990年第9期。
8月，担任“历史城市的保护与现代化发展”北京国际学术谈论会（PMOHC）主席。出席国际地理联合会（LGU）亚太地区学术讨论会。
暑假期间，带领学生到河北承德、坝上围场考察。
再次赴中国科学院沙漠研究所沙坡头治沙站考察。
9月中旬，重返古阳关遗址地区进行沙漠化考察。此次为进入沙漠考察的最后一次，时去1960年夏初入宁夏沙区考察恰满30年。1991年
8月，赴荷兰乌得勒支市，出席国际地理学会联合会（LGU）地理学思想史专业工作委员会会议。
9月，再访美国康奈尔大学，作有关北京和华盛顿在城市设计主题思想上比较研究的演讲，与该校城市与区域规划系教授、华盛顿市规划设计史研究专家瑞溥思（J.Reps）交换著作；
应邀重返美国匹兹堡大学，作题为“City Planning in Beijing”的演讲并参观1980年北京大学赠送匹兹堡大学的北京城墙两块古城砖。
又应邀顺访旧金山南海艺术中心，数次作介绍北京城的演讲。
12月，《侯仁之燕园问学录》由上海教育出版社出版。
《古都北京》（合作者金涛）中文、日文、英文版（各一部），由人民美术出版社和外文出版社出版。
《祁连山水源涵养林的保护问题迫在眉睫！》载于《大自然探索》。
《北京城的兴起——再论与北京建城有关的历史地理问题》载于《燕都》1991年第4期。
1992年8月，赴美国出席第27届国际地理联合会（LGU）在佛雷德里克斯分会举行的地理学思想史专业委员会会议；
后应邀前往加拿大多伦多大学地理系演讲。后前往美国的达特茅斯大学演讲。侯仁之、张伟瑛应聘担任该校亚洲研究（Asian Studies）客座研究员。
访问美国洛杉矶。在加州大学洛杉矶分校和南加州大学演讲。与燕京大学美国校友会校友聚会。
《再论历史地理学的理论与实践》载于《北京大学学报》历史地理学专刊。
撰写《金中都鱼藻池遗址碑文》。
1993年《历史地理学中的一些认识问题》载于《北京大学学报》哲学社会科学版1993年第4期。
《北京紫禁城在规划设计上的继承与发展》和《记米万钟〈勺园修禊图〉》载于北京大学中国传统文化研究中心《国学研究》第一卷。
再次登台讲授全校选修课“北京历史地理”，作为一生教学的“结业式”。
计划暑期带领学生去内蒙古赤峰市考察，因路基被大雨冲坏，铁路中断，中途被迫返回。野外考察生涯由此中止。
北京燕京大学校友会和北京大学分校筹建的燕京研究院于1993年初正式成立。冰心、黄华等任名誉理事，雷洁琼任董事长，侯仁之任副董事长。侯仁之兼任燕京研究院院长。1994年
主编的《黄河文化》由华艺出版社出版。
《试论北京城市规划建设中的三个里程碑》载于中国城市规划协会编写的《城市规划》。
为北京市测绘院编制、测绘出版社出版的《北京地图集》撰写前言。
《历史地理学四论》由中国科学技术出版社出版。
1995年燕京研究院决定，为进一步弘扬祖国传统文化，继续编辑出版《燕京学报》，由北京大学出版社出版。侯仁之、周一良任主编，徐苹芳、丁磐石任副主编。
《奋蹄集》由燕山出版社出版。
1996年1月，侯仁之夫妇到北京医院看望冰心师，并报告燕京研究院《燕京学报》（新一期）出版。
5月，应邀赴美国加州，出席克莱尔门特·麦基纳学院召开的“燕京大学的经验与中国的高等教育”国际讨论会，以“我从燕京大学来”为题发言。
会后，为洪业老师夫妇扫墓，遂多年心愿。
1997年《北京历史地图集》（第二辑）由北京出版社出版。
《试论元大都的规划设计》载于中国城市规划学会《城市规划》1997年第3期。
侯仁之、邓辉著《北京城的起源与变迁》由燕山出版社出版。
1998年《从莲花池到后门桥——保护古城发展起源、改善城市生态环境》载于《规划建设》1998年第2期。
4月，为北京市委市政府领导作“从莲花池到后门桥”的报告。
作为《北京大学院士文库》之一的《侯仁之文集》由北京大学出版社出版。
1999年10月，获何梁何利基金“科学与技术成就奖”。
11月，获美国地理学会（The American Geographical Society）授予的乔治·大卫森勋章（The George Davidson Medal）。2000年
5月，侯仁之任主编、唐晓峰任副主编的《北京城市历史地理》由燕山出版社出版。
《海淀镇与北京城——历史发展过程中的地理关系和文化渊源》（合作者岳升阳），载于《北京规划建设》2000年第1—2期。
《未名湖渊源》载于燕京研究院《燕京学报》第10期。
11月，为台湾“沈祖海建筑文教基金”前来北京的学者作“关于历史上的北京城及北京城市规划建设中的三个里程碑”的学术报告。
12月20日，出席北京市重建莲花池与后门桥的竣工仪式；建议后门桥改用原名万宁桥。
2001年5月，《侯仁之学术文化随笔》由中国青年出版社出版。
9月，《晚晴集》由新世界出版社出版。
10月，获美国国家地理学会（National Geographic Society）颁发的“研究与探索委员会主席奖”（2001 Committee of Research and Exploration Chairman's Award）。2002年
为汪光焘著、新华出版社出版的《北京历史文化名城的保护与发展》作序。
为郝平著、北京大学出版社出版的《无奈的结局——司徒雷登与中国》作序。
2003年9月，《侯仁之说北京》由北京出版社出版。
2005年1月，《侯仁之说北京》由北京出版社出版第2版。
1月，侯仁之著《历史地理学四论》由中国科学技术出版社出版，该书被列入《中国文库》第二辑。
1月，《中国七大古都》（陈桥驿主编、中国青年出版社）出版，该书被列为《中国文库》第二辑。侯仁之与金涛合作的“北京”列为该书第一章。
3月，为纪念郑和下西洋600周年，《在所谓新航路的发现以前中国与东非之间的海上交通》一文被《郑和下西洋研究》创刊号（2005年第一期）以中、英两种文字重新发表。
12月，陈光中著、生活·读书·新知三联书店出版的《侯仁之》问世。
2006年侯仁之、邓辉主编的《中国北方干旱半干旱地区历史时期环境变迁研究文集》由2001年美国国家地理学会“研究与探索委员会主席奖”资助，商务印书馆出版。
《回忆与希望》《师承小记》《山高水长何处寻》三篇纪念顾颉刚先生的文章被选入《顾颉刚先生学行录》（王煦华编、中华书局2006年7月出版）
2009年3月，《侯仁之文集》出版，其中包括《北京城的生命印记》《历史地理学的视野》《我从燕京大学来》，张玮瑛作长序。2010年侯仁之先生百岁寿辰庆祝会于12月5日上午在北京大学图书馆北配殿举行。庆祝会由北京大学、中国地理学会主办，北京大学城市与环境学院承办。全国政协人口与资源环境委员会副主任秦大河院士、中国地理学会名誉理事长陆大道院士、中国科学院院士工作局周德进局长、北京市文物局孔繁峙局长、中国地理学会张国友秘书长等嘉宾出席了庆祝会。北京大学校长周其凤院士、常务副校长吴志攀教授、秘书长兼发展规划部部长杨开忠教授、城市与环境学院院长陶澍院士、图书馆馆长朱强教授出席庆祝会。出席庆祝会的还有侯仁之先生的子女、学生、老同事以及城市与环境学院的部分师生。庆祝会由城市与环境学院党委书记莫多闻教授主持。
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