在笔与兵之间
“甲申之变”发生之前，顾炎武正潜心研究实学。
在封建时代，读书致仕是所有文人的必经之路，顾炎武也不例外，他在十四岁就进了昆山县的县学，取得了秀才的资格，而且据记载当时他的府试成绩颇佳，受到了知府寇慎的夸奖和勉励。
俗话说好的开头是成功的一半，但对顾炎武来说却不是这样的，由于科举考试所考的那些儒学教条丝毫不能激起顾炎武的学习兴趣，其随后的科举考试可以说是屡试不中。崇祯十二年（1639）他再次落榜后他便不再“从四方之士征逐为名”，可以说是与桎梏了他十三年的科举制度彻底决裂了。
抛弃科举之后，顾炎武转而把自己的全部精力投入到挽救社会危机的探索中去，开始从事经世致用之学的学术研究。他既重视对社会现实的了解，又充分利用自己家中收藏的书籍，以寻找造成明末社会积弊的根源以及解决这些积弊的途径。他在这一阶段的研究著述后来汇集成两本书，一本是有关经济资料的汇编即《天下郡国利病书》，一本是有关地理资料的汇编即《肇域志》，这些是后话。正当顾炎武的探索日益深入的时候，奄奄一息的明王朝终究没能经受住农民起义军的最后一击而寿终正寝，天下转手之间也成为满族人的天下，从此，顾炎武义无反顾地走上了抗清的道路。
在崇祯皇帝自缢后不久，在南方的一些明朝的旧臣们又在南京拥立了一个新皇帝，即福王朱由崧，次年改年号为弘光，这就是弘光小朝廷。弘光小朝廷成立之初，自然要做些姿态，发布了一个类似求贤诏之类的东西，当时的昆山县令杨永言就向朝廷举荐了顾炎武，很快顾炎武就被任命为兵部司务，其实也就是兵部的一个下级官员。不过官位的高低对顾炎武来说自然是不重要的，重要的是这个政权让他看到了汉室有祚，中兴有了希望。于是顾炎武在接到任命诏书后，立即开始着手准备去南京任职。
新官上任，顾炎武自然是热情高涨，他停下了手中《天下郡国利病书》和《肇域志》的写作，集中精力起草了《军制论》、《形势论》、《田功论》、《钱法论》等文章，《军制论》论的是军制改革，《形势论》则讨论用兵之法，《田功论》和《钱法论》谈的是农业和财政问题。这年春天，顾炎武带着自己的政论主张和满心的希望离开常熟，奔赴南京。
可是到了南京之后顾炎武才发现根本就不是那么回事。当时在福王政权中执掌兵权的是大奸臣马士英，顾炎武到南京后迟迟不能到兵部就职，更别说朝见“天子”、议政于朝堂之上了。而此时的“天子”福王正在马士英、阮大铖的簇拥下整日沉溺于歌舞升平的荒淫作乐之中，无奈之下顾炎武和随行而来的顾兰服在愁云惨淡之中拜谒了明陵。不久，在南京报国无门的顾炎武暂时回到常熟家中。
南明弘光元年（1645）四月中旬，就在顾炎武还在南京等待兵部征召的时候，清军已经渡过淮河，向南明小朝廷发起了猛烈的攻势。四月底，清军进攻扬州，很快扬州保卫战宣告失败，孤立无援的史可法等将领英勇就义，清军在扬州制造了一系列屠杀，史称“扬州十日”。随后清军的铁骑直扑南京的福王朝廷，而此时南明朝廷中负责南京城防的赵之龙已经秘密派人与清军联络，准备拱手献城，接引清军。
顾炎武在家中为母祝完寿之后又离开常熟去南京准备就职。但是尚在赴任途中的他很快就听到了南京官员不战而降的消息，不由得悲愤交加，而在那些向清军奉表投降的达官显贵中，顾炎武的老师、在江南人士中享有很高威望的东林名士、南京礼部尚书钱谦益也在其中，从此，顾炎武就和这位老师决裂了，尽管钱谦益后来十分后悔自己所采取的“委蛇”态度。
南京失陷后，顾炎武显然是不能去了，于是他连家都没回，便毅然投笔从戎，在苏州参加了抗清武装斗争。顾炎武的许多早期在复社结识的朋友，如归庄、陈子龙、夏允彝等人也都投入了斗争。
这年的闰六月初，刚当上清朝的昆山知县的汉奸阎茂才秉承新主子的旨意颁发《剃发令》，强迫各地所有男人都必须象满族一样，把头发剃掉，否则就要杀头。命令一下，举城骚动。在汉族人民看来，身体发肤受之父母，骤然要改变本民族的传统习惯，剃发留辫，实在是一种奇耻大辱，当时江南许多人表示“宁为束发鬼，不作剃发人”。因此当时的昆山县城是群情激愤、怒不可遏。人们冲进县衙，杀了阎茂才，烧了他的官府。这时逃亡在外的原县令杨永言立即招募了几百名士兵赶回昆山，他在全城百姓的拥戴下，领导全城的抗清斗争。
七月初，清军向昆山进攻，顾炎武的好友归庄、吴其沆等人都直接参加了保卫昆山的斗争。很快昆山城破，城内百姓遇难者甚众，顾炎武的好友吴其沆也在这次战斗中英勇牺牲了。紧接着清军又攻下了常熟县城。在这次清军攻苏州、破昆山、取常熟的过程中，顾炎武被搞的家破人亡。
门风决定士风
顾炎武的胞弟顾缵，字子叟，顾炎武生母何氏所生，当清兵进入昆山时，他发誓以身殉国，身着白衣，奋勇当先，登上城楼与清兵搏斗，不幸阵亡，时年仅二十六岁。顾炎武的弟媳朱氏听到自己丈夫阵亡的消息，悲痛欲绝，又怕自己遭到清兵侮辱，遂挥刀自刎。何氏听到儿子阵亡、儿媳出事的消息后，急忙赶往现场，不料有一队铁骑掠过，顺手将何氏的右臂砍了下来。与此同时，顾炎武还有一个小弟弟叫子武的也在这次抗清斗争中牺牲了。
顾炎武嗣母王氏的死则显得更为壮烈。在得知清军攻下常熟城的第二天，王氏就决心绝食而死，来抗议清军的暴行。临终前她这样对顾炎武说：
“我虽妇人，深受国恩，与国俱亡，义也；汝无为异国臣子，无负世世国恩，无忘先祖遗训，则吾可以瞑于地下。”
这一年，王氏刚好六十岁。顾炎武作了《悲哀诗》寄托对母亲的深切悼念。
这里有必要提一下对顾炎武的成长起过重要作用的两个人物，一个是他的嗣祖蠡源公顾绍芾，一个就是他的嗣母王氏。嗣母教给他怎样做人，嗣祖教给他怎样做学问。
王氏出身于书香门第，是一个品德高尚，既爱劳动，又博学多才的妇女。在她的未婚夫顾同吉患病辞世后，她未婚守节，十六岁就来到顾家孝敬公婆。关于王氏孝敬公婆，还流传着一个“断指救婆”的故事。
有一次，婆婆突然生了一种奇怪的病，虽然她日夜调理，但婆婆的病仍然不见好转，而且病情日渐加重，后来她听医生说需要在熬药的时候加入人的手指头做药引才能治好婆婆的病，她便偷偷地忍痛割下自己的指头。后来婆婆病好了之后很感谢媳妇的精心照料，走上前去想握住儿媳的手，这才知道儿媳为了给自己治病而切去了自己的一根手指头，不禁感动得涕泪沾襟。
对待顾炎武，王氏更像对待自己亲生儿子那样慈爱。顾炎武三岁那年曾患痘疮，生命垂危，幸亏王氏的精心照顾，方才保住了性命。
因此，顾炎武在崇祯年（1637年）将嗣母王氏“未婚守节、断指疗婆”的事迹写成一篇《忠孝事状》上奏朝廷，很快朝廷就专门下旨表彰其“贞孝”，并给予“建坊旌表”的嘉勉。后来王氏在临时前所说的“世世国恩”就是指的这事。也许在现在看来这种“守节”、“断指”并不可取，但在尚“礼”的封建社会中，这便是知“礼”，便是“忠孝”。某种程度上讲，顾炎武对明朝的忠，不就源自于王氏对顾家的忠么？
顾炎武的启蒙教育应该就是王氏开启的。在顾炎武六岁那年，她教顾炎武读《大学》，还给儿子将历史上忠臣义士的故事，刘伯温、方孝孺，这些历史故事深深地扎根于顾炎武幼小的心灵上，使他懂得该做一个刚正不阿、为国家为民族建功立业的人。
顾炎武的嗣祖顾绍芾更是一个既有学问又关注社会现实的人，他教导顾炎武要研究有关国计民生的实学，在学术著作中不可抄袭古人，做学问要老老实实，成一家之言。这样的言传身教，对顾炎武成长以后注重经国济世的实学，在学术上孜孜不倦地探索，以及关心国家大事和民族命运，都有着非常重要的影响。
有这样一个家庭和教育背景，顾炎武断然是不会去做清朝的官了。更何况自己的家人又都死在清军的铁骑之下。在料理完嗣母的丧事之后，顾炎武离开了常熟乡下，开始了他数十年的流亡生活。
也正是从这一年起，他将自己的名字顾绛改成了顾炎武，字宁人。
流亡的人不变的心
抗清失败、江南沦陷后，身背国仇家很的顾炎武一直流亡在大江南北。他的一首诗《流转》：“流转吴会间，何地为吾土”正充分流露了国破家亡的深沉感伤。
虽然这一阶段没有了大规模抗清斗争，但顾炎武仍然与各种抗清势力保持着密切的联系，这里有必要先梳理一下。
南京弘光小朝廷灭亡后，唐王朱聿键在福州即位，顾炎武得知此消息非常振奋，“闻道今天子，中兴自福州。二京皆望幸，四海愿同仇。”（《闻诏》）当时有人向朱聿键推荐顾炎武，唐王随即遥授他为兵部职方司主事，并且秘密遣使召他去福州共图大事。这个时候，顾炎武对抗清斗争仍然是持有积极乐观的态度的。但是由于战乱频仍，交通阻隔，而且唐王朝廷内部的矛盾重重，所以顾炎武没能去成福建。
与福州唐王政权建立的同时，在浙江又有张国维、张煌言等人拥立的以鲁王为监国的政权。后来这个政权退守到海上坚持了比较长期的斗争。鲁王朱以海曾授以顾炎武兵部司务一职，而顾炎武也曾一度亲赴海上。
此后的三四年间，顾炎武不剃发、不改装，隐蔽在太湖山区读书。这个时候活动于太湖一带的是赤脚张三和吴易的抗清义军，他们都以“白布缠头”，白色成为抗清力量的标记。顾炎武就手执白羽扇，以示与太湖军是同道的，正所谓“遥看白羽扇，知是顾生来”，太湖义军每当看到摇白扇子的人，便知道是顾炎武来了。
在太湖隐居期间顾炎武并没有闲着。他非常关心当时的局势，经常到各地察看形势，打听消息。听到山东农民军丁可泽、谢迁攻克淄川，杀了降清官僚孙之獬，甚感快慰，写下《淄川行》一诗，语言犀利明快；又闻郑成功海上兴师，“长看白日下荒城，又见孤云海上生”，欣喜之情溢于言表。
顾炎武在这段时间里还有一件重要的事就是参加惊隐诗社。江南抗清失败后，许多怀有爱国思想的读书人转而以吟诗结社的办法联络感情，寄托亡国哀思，当时许多地方都出现了这样的组织。惊隐诗社又名“逃社”，是暗中活跃在吴中的一个诗社。它是由吴江人吴宗潜、叶恒奏于顺治七年（1650年）发起组织的，参加者除了吴氏兄弟外还有吴江的顾有孝、顾樵等人，顾炎武在诗社成立之初便参加了。他们用以文会友的形式活动，有时纪念爱国诗人屈原，有时祭祀不与世浮沉的陶渊明，其间不乏慷慨悲歌，愤说兴亡。
但这种隐居的生活并不能长久，顾炎武的生存处境很快就恶化了。随着江南一带的抗清力量先后都被镇压，一些拥满派地主与满洲贵族进一步勾结，顾炎武奔走各地、四处活动所冒的风险也就大大增加，为了隐蔽自己，顾炎武决定剪发改装扮作商贾。他将从家里带出来的现金作为本钱，以“顺民”的合法身份，混迹于佣贩之中，出没于水陆码头，往来于长江中下游及淮泗之间。当商贩本来就不容易，由书生做商贾就更为艰难了，他随身带的锅被人抢走过，睡觉的草席也被人偷过，寒冬腊月也只能和衣躺在草堆上过宿。但是这些困难对于胸怀兴复大计的顾炎武来说，又算得了什么？
关于顾炎武剃发改容、变身商贾还有一段小插曲。顾炎武有个还朋友叫万寿祺，字年少，崇祯三年的举人，他在江南参加抗清武装斗争失败后，宁可削发为僧，也不愿剃掉头发拖着个象征民族耻辱的大辫子。而在有一年春天他在南京看到顾炎武时，顾炎武竟然已经是“割发变容像，抱布为商贾”了，这可让万寿祺大惑不解。这年秋天，万寿祺更是看到顾炎武抱着从常熟贩来的布匹在来到淮上，更为不可思议的就是顾炎武居然与那些“监门屠狗者”为伍。后来两人经过一番交谈，万寿祺心中的疑惑才得以消解，并且深切地说“才开始我以为你已经变节了，现在才知道你还是我的朋友啊！”
哪怕是牢狱之灾
清顺治十一年（1654）春天，顾炎武来到了南京，暂时结束了流亡生活的他在钟山脚下定居下来。这一年里，顾炎武隐蔽了自己身份，化名蒋山傭，此间虽然还与朋友保持着联系，也经常身着商人的服装往来于南京和昆山、吴江一带，但主要是在南京，因为他想暂时隐居一段时间以观察时局变化。但第二年春天，顾炎武就被人以“通海”罪告发了，而且告发他的不是别人，而是他们顾家原来的仆人陆恩。
顾炎武的家庭本来是江东望族，但是崇祯末年其祖父去世，后来母亲殉国，兄长去世，家破人亡，加上顾炎武奔走各地，无暇经营产业，家道就迅速衰落了。这时昆山有个乡宦叫叶方恒的暗中企图兼并顾氏的田产，而顾家那个势力的仆人陆恩见顾氏门庭衰落，就投奔了叶方恒并且卖主求荣，揭发顾炎武有“通海”之罪。“通海”在清初就是勾结海上抗清力量的意思，这是清廷最忌恨的事。顾炎武在得知这一情况后，立即赶回昆山，相机把陆恩逮住，历数他的卖国背主之罪，最后果断地将其沉入江中。叶方恒抓住了顾炎武杀奴的把柄，一定要置顾炎武于死地。他先绑架了顾炎武，私自加以拷打刑讯；后又买通昆山县官府，阴谋判处顾炎武重刑，此时顾炎武的处境十分危险。
好在这时候顾炎武的好友归庄、路泽溥、路泽农兄弟等人为营救他而奔忙开了。归庄求助的是钱谦益，钱谦益表示事情并不难办，不过要顾炎武写个门生帖子来才行。归庄知道顾炎武是肯定不愿意这样做的，为什么呢？因为这个钱谦益原来在福王政权中当过礼部尚书，南京失守后却又向清军投降，所以顾炎武很鄙视他，向这样的人递交门生帖子顾炎武师决计不会干的，哪怕会丢掉自己的身家性命。但归庄顾不了那么多了，只得自己代写了一个门生帖子送了过去。不过很快顾炎武就知道了这件事情，立即叫人去把它要回来，否则就要在大街上张贴公告说这帖子不是他自己写的。钱谦益听说之后也只得苦笑着说：“顾宁人太倔强了，何必如此认真呢？”钱谦益这条路是走不通了，幸亏路氏兄弟认识松江府的一个官员，靠这个人出力，把案子由昆山县移交到松江府去处理，才得化险为夷。
1656年春天，顾炎武由松江出狱，回到昆山，不久就准备奔赴南京，但事情远没有结束。叶方恒见顾炎武出狱，哪肯善罢干休，于是派了刺客尾随顾炎武至南京太平门外下手。这次顾炎武的头部被打成重伤，要不是朋友闻讯赶来及时搭救，顾炎武恐怕已经没命了。心狠手辣的叶方恒在指派爪牙追杀顾炎武的同时，又指使十几名家奴到顾炎武家翻箱倒柜，洗劫一空。
太平门遇刺之后，顾炎武深深感到，江南已非久留之地：叶方恒是清朝新贵，有财有势，一旦再借故寻衅，自己还是毫无还手之力，与其在江南坐以待毙，还不如远走避险。也就是这一年，顾炎武的生母何氏也去世了，这样顾炎武离开江南就更没有了牵挂。
清顺治十四年（1657）春天，已经四十五岁的顾炎武将家产全部变卖，踏上了北上的旅途。
为何要北上
顾炎武为什么在垂老之年还决心远离家乡，过上颠沛流离的生活呢？仇家的陷害使其不能安居于江南，这固然是原因之一，但并没有这么简单。
这个时候，江南的抗清斗争已经转入低潮，南明的唐王、鲁王政权相继垮台，继之而起的桂王政权又已经远离江南，退到了西南的广西、云南、贵州一带。而清军南下之初，北方抗清的农民起义却是如雨后春笋，像顾炎武最早驻足的章丘、登莱一带就是农民军在胶东的根据地。顾炎武到这里来，是想更广泛地结识各地的志士和学者，增进自己的学问，继续对国家和民族作出贡献。
清顺治十四年（1657）至康熙二年（1663），顾炎武主要活动在山东、河北一带。
山东，是最早遭到清人铁骑践踏过的地方，那段灾难的历史当地人民记忆犹新；河北是明朝的京畿地区，东北的营平和山海关一带则是揭开明清易代历史序幕的血腥斗争的战场。这里有民族英雄袁崇焕等英勇抗清的事迹，也留下了吴三桂引清兵入关的可耻罪行。
顾炎武初到北方，面临的是“屠杀圈占之后，人民稀少，物力衰竭，俗与时移，不见文字礼仪之教”（《亭林文集》卷二《营平二州史事序》）的惨状，他在这里寻访志同道合的朋友，“一方不可得，则求之数千里之外；今人不可得，则慨想于千载以上之人”（《亭林文集》卷二《广宋遗民录序》）。因此，他除了广结抗清人士之外，还结识了许多前朝遗老，他们大多是与清廷采取不合作态度而闭门著书的学者隐逸。如他初入山东，在莱州盛情接待他的赵士完，济南的徐东痴，在邹平与他同游万斛园的故明工部尚书张延登之子张元明等；在河北昌平，顾炎武又遇到浙江余姚的吕章成，吕曾是鲁王的幕下，鲁王失败之后才隐居于北方。顾、吕二人互相引为知己，顾炎武还为吕章成的《吕氏千字文》作序。
顾炎武不是一个旅行家，而是一个以天下为己任的学者。他正是要通过自己到“四海”的实际考察，去探求历史兴亡变迁的原因，因此，凡是与历史、尤其是跟眼前的社会大变动有关的地方，他都要亲自考察。从1658年到1660年，顾炎武先后几度到河北昌平拜谒明十三陵，并对昌平一代地理形势作了调查研究，写成《昌平山水记》，此外还考察了山海关、居庸关、古北口、昌黎、蓟州一带的历史和地理形势。他所编的《营平二州史事》也正是从历史上寻求对后代有益的教训。
清康熙元年（1662年），这一年顾炎武五十岁。“远路不须愁日暮，老年终自望河清”，前面道路虽然漫长，但他对人生仍然抱着坚定的信念，就在这年冬天，他开始了山西之行。
顾炎武去山西，也并非偶然。在清朝严酷的统治下，顾炎武等抗清人士要想在江南立足那已是万万办不到的，而全国的抗清形势也是不容乐观，倒不如暂时在比较荒僻的地区居住下来将来待机再起。
顾炎武在山西的第一站是太原，在这里，他结识了一位奇士，一位侠肝义胆的传奇人物，即著名的大学者和思想家傅山。傅山（1607—1684年），字青竹，后改青主，比顾炎武大六岁。崇祯九年他三十岁时，就成功领导过一次声闻全国的学生运动。当时的山西提学袁继咸被阉党诬陷下狱，傅山就约集了全省的生员一百余人赴京请愿，最终迫使朝廷将袁继咸无罪释放。明亡后，他自号“朱衣道人”，从事地下抗清活动。清顺治十一年（1654），因参与南明总兵宋谦策划在晋豫边界起义，以“叛逆钦犯”被捕入狱，但他极懂得斗争策略，坚决不承认参与策划起义之事，并以绝食抗议，当局无法定罪，又经友人设计营救，乃得出狱。顾炎武闻有此等奇人，欣然前往拜访，二人从此订交，后来顾炎武就在傅山的松庄之上住了下来，二人相诉心曲，志同道合。
离开太原之后顾炎武来到代州，在这里顾炎武又结识了一位忘年交的好友——李因笃。李因笃，字子德，号天生，比顾炎武小18岁，父亲参加过复社，此时他正在代州做家庭教师。清军入关的时候，他还是个孩子，但他坚守民族气节，绝不去参加清朝的科举考试。顾炎武十分敬重他的人品的学问，便和他做了朋友。顾炎武和他商讨在五台山区兴修水利农田的事，得到了他的赞助。经过他们共同筹划，约集了二十多人，就在雁门关之北、五台山以东的地区搞起了垦荒工作。
康熙二年（1663），顾炎武出山西，继续踏上西去的路途。这年秋天，顾炎武西渡黄河，入潼关，登华山，开始了他的首次关中之行。
在华山脚下的华阴县西岳庙的小堡内，顾炎武访问了当地学者、后来成为其终身好友的王弘撰。王弘撰，字文修，一字无异，号太华山史，在关中士大夫中有相当的名望。他擅长诗文，同时对考古和史学、特别是对明朝的史实都颇有研究。为了给抗清事业做准备，他曾在长江一代进行过联络“友人”的工作。在和顾炎武成为朋友后，又陪着顾炎武漫游了塞北、昌平等地。在学术上，王弘撰深受顾炎武的影响，而顾炎武也十分尊敬他，说“好学不倦，笃于朋友，吾不如王山史”。
接着，顾炎武又到长安附近的周至县拜访了关中大学者李甬。李甬，字中孚，学者称之为二曲先生。他住在周至县郊的一个窑洞里，不愿会见任何来访者，清政府几次请他去做官，都被他拒绝了。但当顾炎武前来看他时，他破例予以热情的接待，他们二人在窑洞中交谈了国家大事和彼此的学术见解。虽然两者的学术思想并不一致，但有一点却是相同的，即他们都重视有关兵、法、农等“经世致用”之学。
后来顾炎武把李二曲、王宏撰和李因笃三人并称为他的“关中三友”。
康熙三年（1664）初，顾炎武结束在山西、陕西的考察，经由北京绕道河南，回到了山东。在山东章丘县大桑家庄，他购置了一份田产，寄居下来。但这种相对平静生活仍然没能持续多久。
文字狱中的忠诚
康熙六年（1667）和康熙七年（1668）两年间，顾炎武平静的生活又被清廷的两起文字狱案打乱了。
其实，在这两次文字狱之前，一场“明史案”已经让顾炎武经历了丧友之痛。明史案发生于康熙二年，顾炎武的江南好友吴炎、潘力田斗惨死在这场文字狱之中，当时正在山西的顾炎武义愤填膺，立即写了一首《汾州祭吴炎、潘柽章二节士》，和一篇题为《书吴潘二子事》的文章以寄托自己对遇害者的哀思和对清王朝的愤恨。
这次顾炎武自己遭遇的两起文字狱案是“吴中陈济生《启祯两朝诗选》之狱”和“山左黄培诗狱”。
康熙六年发生的是“《启祯两朝》之狱”，不过这次是有惊无险。陈济生是顾炎武的姐夫，两个人都参加过吴江的惊隐诗社，并且交往十分密切。在清顺治十年（1653）年，陈济生就开始着手编选明天启、崇祯两朝的遗诗，顾炎武和好友归庄一直都是积极的参与者。此后顾炎武北上交游，仍在协助陈济生编撰此书。该书书名是《天启崇祯两朝遗诗》，又称《忠节录》或《启祯集》。这本书当中有许多跟顾炎武相关的内容，包括顾炎武的嗣祖顾绍芾、本祖顾绍芳等人的诗和传。
该书在出版后，江南的一些奸诈之人见书中内容有多有触时忌，就不断向给这本书作序的人索要钱财，否则就要向朝廷告发。就在康熙六年（1667）年二月，江南的沈天甫、吕中、夏麟奇等人又来敲诈钱财白银二千两，敲诈未成，他们便向清廷告发了这本书，说这本书的内容是表彰明朝的忠臣节士，且讥刺清朝。当时清廷的刑部很快就奉旨要查办书中有名之人共七百名，一时间是人心惶惶，但后来康熙帝发觉此案不仅涉及江南，而且波及到全国文人，如果真的较起真来将会大大激化本来已经很尖锐和满汉民族矛盾，因此，出于稳定统治的需要，精明的康熙皇帝让这起案件出现了喜剧式的结局。
最后清廷在给案件定性的时候，《启祯集》成了向清廷告密的那群汉奸的伪造，所以被杀头的自然也不是那些不忘故国的明朝遗民，而是那些本来想向朝廷邀功请赏的告密者。所以，顾炎武可以说是逃过了这次劫难。但《启祯集》带给他的麻烦却并没有结束。
康熙七年（1668）“黄培诗案”之中顾炎武没能像上次那样幸运。
黄培是莱州一个有影响的人，明朝末年曾在朝廷中做过官，明亡以后一直在家中隐居不出。这时他原来的一个家奴姜元衡向官府告发，说他家中藏有攻击清王朝的诗文，即所谓的“十四人逆诗”。于是官府就当作一件大案要案，大做文章起来。恰好此时顾炎武与山东章丘的地主谢长吉为了一笔房产债务发生纠纷，于是谢长吉咎唆使姜元衡诬告顾炎武，说黄培家中收藏的一部叫做《忠节录》的诗集是由顾炎武编成的，并说黄培同顾炎武秘密勾结，共同反清。这样，清廷关注的焦点就从原来的“十四人逆诗案”转到眼下的这本牵连上百人的《忠节录》上来，而顾炎武也就被卷进了黄培诗案。此时正在北京慈仁寺的顾炎武闻讯后感到十分吃惊，为了避免牵连更多的文人，顾炎武立即动身南下山东来“投案”。好在顾炎武知道《忠节录》中虽有宁人字样，却无顾字，又不在黄御史的一篇传内，根本不能证明这就是昆山的顾宁人，于是在案件审理的时候顾炎武采取“不承认主义”和“以攻为守”的斗争策略，反过来要让姜元衡等人落一个“诬告”的罪名。尽管这样，官府仍然揪住不放，将顾炎武在狱中折磨了七个多月。在狱中的顾炎武每天只能靠几个烧饼度日。后来还是经过他的朋友李因笃、朱彝尊等人的帮助，总算于当年十月获释出狱。
顾炎武在经过此番迫害之后，更加憎恨制造文字冤狱的清王朝。他在为感激友人营救他出狱而写的一首诗中把清王朝残酷压迫人民的政策比作“秦坑”。在吃了这番苦头之后，顾炎武也决定抛售在山东的田产，打消了原来久留山东的念头。
直到康熙十六年（1677），六十五岁的顾炎武才真正离开了山东。此时距顺治十四年（1657）他初到山东，已经二十年了。
最后的岁月，最后的期待
离开了山东，顾炎武选择了西去，他渡过黄河，从山西到陕西华阴访问王宏撰，并且准备在这里定居。这时的他已经是六十五岁了。
第二年即康熙十七年（1678），清廷为拉拢汉族士人，特别是一些素负重望的遗老，准备纂修《明史》，开博学鸿词科，令朝臣和各省督抚推荐人选。康熙皇帝的老师、大学士熊赐履想请顾炎武协助他修《明史》，顾炎武回答说：“愿以一死谢公。”顾炎武的同乡、内阁大学士叶方蔼等人推荐他参加“博学鸿词科”的考试，也遭到顾炎武的严词拒绝，他十分愤怒地说：“七十老翁何所求？正欠一死。若必相逼，则以身殉之矣！”其外甥徐乾学知道，如果强逼，其舅必死，因此也向各方面陈说顾炎武不可屈之志，当局这才作罢。而从此以后，顾炎武再也没进过北京城。
其实顾炎武拒修《明史》有四五次之多，最早可以追溯到康熙十年（1671）。那个时候顾炎武已经是一名享有盛名的学者了，由于他对明史研究有着极深的造诣，当时主持明史馆的熊赐履宴请顾炎武和他的外甥徐乾学，酒过三巡，熊赐履道出了想请顾炎武出山纂修《明史》的企图，顾炎武听了之后，放下酒樽，低沉而有力地说：“果有此举，不为介之推之逃，则为屈原之死矣！”在场之人听了无不大吃一惊。
当然也有人会问顾炎武为什么几次三番拒绝朝廷的“盛情邀请”，是不是为了捞取一个好名声？对此他曾经这样说：
此谓钓名者也！今夫妇人之失所天也，从一而终，之死靡嬺，其心岂欲见知于人？若曰，盍亦令人强委禽焉而力拒之，以明吾节，则吾未之闻矣。
从上面可以看出，顾炎武拒修《明史》，是恪守嗣母的关于不仕二朝、不做二臣的遗训，同时也反映出顾炎武宁愿做一个韦布之士，也不愿意趋炎附势，曲笔作违心之论。
毕竟岁月不饶人，到了西北之后顾炎武的体力明显开始衰退了，各种疾病也随之缠身。这个时候他的外甥徐乾学、徐元文都先后在朝中做了高官，几次写信给他，准备给他买田置宅，接他回家乡养老，但是都被顾炎武谢绝了，他执意要再西北安身。
顾炎武之所以要安身在西北，并不是在华山脚下的华阴县可以逃避现实、养尊处优，不然他大可以回乡去颐养天年，恰恰相反，他虽然不愿意当清朝的官，但对自己的国家民族却始终抱有高度的责任感。在他看来，西北地区正便于他继续探求经国济民之道。
康熙二十年（1681），六十九岁的顾炎武已是步履维艰，只能拄着拐杖行走，但他还是像以前那样东奔西走，从华阴到汾州，再到曲沃，寻师访友，探究学术，“苍龙日暮还行雨，老树春深更著花”，他真正是做到了活到老，学到老。
这年八月份，顾炎武在山西曲沃病倒了，“一身长飘落，四海竟沦胥”，这是他在病中发出的哀叹，也是其民族情结的最后一次释放。康熙二十一年（1682）正月初八，他在上马时失足坠地，初九凌晨，这位终生为民族复兴奋斗不息的伟大爱国志士便与世长辞了，享年七十一岁。
顾炎武的一生，他的《精卫》一诗可以说是最好的写照：
万事有不平，尔何空自苦？长将一寸身，衔木到终古。我愿平东海，身沉心不改。大海无平期，我心无绝时。呜呼！君不见，西山衔木众鸟多，鹊来燕去自成窠。
他毕生都在为抗清复明而斗争、奔走、呼号，但历史的发展却有其本身的特定规律，明朝的衰亡，除了农民起义、清军入关之外，还有其自身衰败的深刻原因，顾炎武是一直“精卫”鸟，所以他不会想到这些，他的理想最终也只能在势孤力单的感觉中破灭。
但其坚忍不拔的爱国精神却足以光照千秋。
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