1644年（清顺治元年） 信众捐资重修慈恩寺，有正殿5间，两廊10间，山门、韦驮殿等建筑，慈恩寺面貌焕然一新。
1645年（清顺治二年） 慈恩寺住持僧人慧清立沈阳慈恩寺碑，纪念重修慈恩寺。
1648年（清顺治五年） 春末夏初，四月二十八日，从京都押来南方和尚，法名函可，字祖心，号剩人。流放盛京，后迁千山，“奉旨焚修”，敕住慈恩寺。此后函可在慈恩寺“七坐道场”，讲经说法，弘传曹洞宗，阐释禅宗之意，轰动奉天城。同时组织“冰天诗社”，文人雅士常在一起吟诗作赋。这是沈阳最早的一个文学社团。
1660年（清顺治十七年）十二月二十四日 函可和尚坐化圆寂于金塔寺，终年49岁。众弟子根据遗愿将遗体迁往千山龙泉寺，在璎珞峰西麓修建剩人禅师塔，并将其诗文编辑成《千山诗集》20卷，《剩人禅师语录》6卷刊刻问世。
1823年（清道光三年） 募化筹资，对殿堂、佛像进行了维修。清末，慈恩寺庙宇颓荒，僧人无几。
1900年（清光绪二十六年） 沙霁步真，河北遵化人，37岁出家，在北京万寿寺德果老和尚处受戒，随后居北京圆广寺，曹洞宗第二十四代，接该寺庆然大和尚临济正宗四十三代法脉，老和尚来沈阳，住德胜关（大南）龙凤寺。他与千山中会寺德安大和尚商议在沈阳创建丛林，承蒙魁星楼僧录司张深海先生支持，选城南厢慈恩寺旧址，仅破刹一间，建造气势雄伟的佛教丛林，民间善男信女鼎力相助，布施捐资，恢复古刹。
1912年（民国元年） 中国佛教总会奉天支部成立。会址设在万寿寺，后迁入慈恩寺。沙霁步真大和尚晋院。
1918年（民国7年） 栉风沐雨十八载，沙霁步真大和尚，携众护法善心筹资，先后建成天王殿、配殿、钟鼓楼、禅堂、念佛堂、两廊、比丘坛等。
1919年（民国8年） 大雄宝殿修葺落成竣工，自此重建慈恩寺工作全部结束。步真大和尚被尊为中兴本寺开山祖师。
1921年（民国10年） 步真老和尚继承祖师宗风，将慈恩寺改为十方丛林，荣任方丈。
1927年（民国16年）二月十六日 一代精通佛教经论、严持戒律的高僧及武术名家，步真老和尚圆寂。青山和尚为代理方丈，继承步真老和尚的遗志，在慈恩寺修建了客堂、方丈室、围墙和甬路。
1928年（民国17年）九月十九日 奉天省佛教会会长，黑山县盘龙山大兴寺修缘大和尚受步真和尚生前举荐，晋院升座。敷演戒法，四众欢喜。修缘大和尚成立佛学研究室和佛经流通处，探讨研究佛经经典，赠送佛教书籍。
1934年（民国23年） 慈恩寺首次传授三坛大戒53天，受戒比丘、比丘尼弟子600多人。开堂和尚是青山大和尚，得戒和尚是修缘大和尚，当时，一度宗风大振。传戒圆满后，立佛日增辉碑、法轮常转碑。
1937年（民国26年）5月26日 在沈阳设立伪满洲国佛教总会奉天分会，会长修缘大和尚。
1940年（民国29年） 慈恩寺第二次传授三坛大戒，受戒弟子1250人。开堂和尚是青山大和尚，得戒和尚是修缘大和尚，盛况空前。修缘和尚创办慈恩寺佛学院，院址设在慈恩寺内，课程包括四书五经、古文、算术、唯识，《阿弥陀经》《教观纲宗》《楞严经》等。首任院长修缘方丈，后期佛学院院长分别由省僧、慧僧、明心、果性、乘安、导尘等担任。1949年佛学院停办。
1943年（民国32年） 慈恩寺方丈修缘老和尚圆寂，享年73岁。
1947年（民国36年） 佛学研究室和佛经流通处停办。
1949年 中华人民共和国成立。经辽宁省民宗教部门批准，恢复慈恩寺为宗教活动场所，正式对外开放。由惺如和尚任住持，留单接众，当时常住僧众30余人。
1954年 万寿寺和慈恩寺合并，导尘法师接任慈恩寺住持。
1956年4月17日 导尘大和尚晋院升座慈恩寺方丈。慈恩寺对外开放，信奉佛教日益增多，政府多次拨款修缮。
1957年6月6日 在导尘、根普乐、逝波、安慧四位法师的倡议和主持下，辽宁省26市县40位佛教界著名人士齐聚千山龙泉寺，举行辽宁省佛教协会发起会议。10月14日至17日，在沈阳慈恩寺举行辽宁省佛教协会正式成立大会，选举导尘为首任会长，逝波、根普乐、王志一为副会长。宣告辽宁省佛教协会成立，会址设于沈河区大南街慈恩寺。由万寿寺移入慈恩寺木版《大藏经》，御赐明版正统五年724函，清雍正十三年（1735年）四月初八日御赐清版藏经724函，其中光绪年御赐藏经728函，较明万历藏和清雍正藏多4函，于慈恩寺藏经楼永久收藏。宋朝《碛砂藏》、明代《频伽藏》版本极其珍贵，现都已不全。
1958年3月 被列为沈阳市级文物保护单位。辽宁省进行寺庙制度改革，大部分僧侣还俗参加生产劳动。寺庙集中后，慈恩寺常住僧人比丘有51人，对于孤老无依无靠僧人的生活照顾有了明显的改变和保障。
1959年 时任中国佛教协会会长赵朴初居士和中国道教协会负责人陈撄宁来慈恩寺调研辽宁省佛教协会情况。
1961年12月 果智法师被调沈阳慈恩寺，在辽宁省佛教协会佛教研究组工作。
1962年5月 辽宁省佛教协会第二届代表大会召开，导尘当选为会长，逝波、王扎拉（喇嘛）当选为副会长。
1962年7月 西藏佛教代表团一行50多人来寺参观友好交流，对加强国内各民族团结、促进佛教人士间的友谊和了解，发挥了积极作用。
1962年七月十五日 寺内举行盂兰盆法会，其规模和参加人数都胜于往年。
1963年 慈恩寺被公布为沈阳市级重点文物保护单位。
1966年8月23日 慈恩寺30多尊唐代石佛全部被捣毁。“文革”期间，慈恩寺内唐朝三彩瓷马被盗，僧众被迫离开寺院。寺庙曾被沈阳市大南边小学、汽车靠垫厂占用，佛像法器全部被毁，寺内所藏经典书籍一部分被移藏在故宫文津阁得以保存，大部分文物被破坏焚毁。供案上的礼器丢失。宗教活动全部停止，教职人员被驱逐还俗。戒牒被焚毁，僧人大部分到工厂、农村劳动，致使慈恩寺陷入冷落荒寂之中。10月，沈阳慈恩寺所藏大批佛经在破“四旧”期间有全部被毁的危险，辽宁省图书馆分两批将其接收，共计1万余册（已经烧毁一部分），珍贵佛教文献得以保存。
1968年8月 辽宁省佛教协会会长，沈阳市佛教协会会长，沈阳市第二届至第六届人大代表，辽宁省政协第三届委员会常务委员导尘法师被迫害致死，僧腊47年，戒腊34夏。
1979年6月18日 辽宁省佛教协会恢复活动，会址在沈阳慈恩寺。中共中央十一届三中全会后，党和政府落实宗教政策，陆续退还被侵占的寺院，慈恩寺被列为全国汉传佛教重点寺庙，完全交还佛教界管理，作为合法的佛教活动场所对外开放。占用寺庙的工厂迁出，同时市政府拨款修复、翻建了南北配房，新建了青砖青瓦二层楼的斋堂、大雄宝殿、藏经楼、比丘坛和库房，流散的僧人又回到寺内，同时寺内派年轻僧人到南京佛学院学习。开始对外开放。
1981年 经协商在辽宁省图书馆和故宫保存的正统五年御赐明版藏经724函和清雍正十三年四月初八日御赐清版藏经724函迁回慈恩寺。
1982年5月8日 在时任辽宁省佛教协会会长逝波法师倡议和主持下，自新中国成立以来，辽宁省首次于慈恩寺举办传授三坛大戒法会，礼请长春般若寺方丈86岁高龄的澍培法师为戒和尚，为期7天，共度僧俗177人，当时很多“文革”期间被迫还俗的僧人再次增戒，堪称盛举。8月24日辽宁省佛教协会召开第三届全省代表会议，修改了省佛教协会章程，明确了佛协的宗旨和任务，选举逝波法师为第二任会长。
1983年3月 慈恩寺被国务院确定为全国汉传佛教重点寺院之一。
1984年10月 慈恩寺重新仿制铸造一座万年宝鼎。宝鼎上镌刻“风调雨顺，国泰民安，世界和平，人寿年丰”。
1985年 慈恩寺被列为沈阳市级文物保护单位。8月，深受全省佛教信众尊敬和爱戴的逝波会长圆寂，中国佛协、香港佛教界和部分省市佛协以及个人发来唁电，全省佛教四众弟子无限悲痛。果智法师继任辽宁省佛教协会会长。
1988年12月 慈恩寺被列为辽宁省级文物保护单位。
1992年9月22日至24日 辽宁省佛教协会第五届代表会议在沈阳慈恩寺举行，会议选举果智和尚为会长。辽宁省佛教协会副会长照元法师任慈恩寺管委会主任，慈恩寺常住僧人38人。
1995年 辽宁省抚顺市政府批准在原址重建沈阳慈恩寺下院善缘寺（原名圣水寺），1997年建成大雄宝殿、讲经堂、斋堂、僧舍。1998年以来，又陆续建成天王殿、钟鼓楼和东西配殿等，已形成较完整的佛教寺院。善缘寺现存沈阳慈恩寺方丈修缘和尚的舍利塔一座。
1996年7月 经沈阳慈恩寺住持照元法师及常住执事举荐，盖忠法师任寺务委员会副主任。
2003年10月6日 辽宁省佛教协会会长、沈阳市佛教协会会长照元大和尚晋院升座，荣任慈恩寺方丈。他引领一些有才识的僧众骨干，重建讲堂，恢复丛林祖制，完善古刹修建，庄严道场。
2004年6月29日 辽宁省部分文史馆员、研究员考察沈阳慈恩寺。
2007年12月10日 “庆祝辽宁省佛教协会成立五十周年：振兴东北、和谐辽宁、祈福法会”在辽宁省佛教协会会址—沈阳慈恩寺大雄宝殿举行。
2009年 沈阳市十四届人大常委会第十一次会议审议通过《沈阳历史文化名城保护条例》，慈恩寺受到法律严格保护。
2015年8月20日 慈恩寺方丈照元大和尚退居。经照元大和尚和寺内全体执事推荐，决定礼请辽宁省佛教协会副秘书长盖忠法师，出任慈恩寺住持，续佛法脉。
2016年12月10日 “云水情深，爱满人间”公益慈善捐赠法会在沈阳市慈恩寺举行，共捐助33万多元的生活物资。
2017年3月1日 沈阳慈恩寺盖忠法师一行僧众30余人，前往辽宁省精神卫生中心开原分院，开展“守护心灵，春暖花开”慈善慰问活动，共捐赠价值10万余元的物资。
2017年3月28日 沈阳市慈恩寺慈爱梵呗艺术团举办成立揭牌仪式。
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