此后数十年间，他先后在台湾大学中国文学系、辅仁大学史学系任教，开设并讲授过《史汉研究》、《国文》、《韩柳文》、《尔雅》、《论语》、《尚书研究》、《文选》、《文字学》、《说文解字》、《说文研究》等课程。先后担任“中国语文学会”常务理事，“中国历史学会”第一届常务理事，“学术审议委员会”常务委员，“国史馆史料审查委员”，“长期发展科学委员会”咨议委员等职，并行教于世界各地。
毛子水在国学方面最为人称道的，是其对《论语》的研究。其注释的《论语今注今译》一书，从“仁者爱人”、“为人知礼”、“学以致道”、“仁义之交”、“孝悌齐家”、“处世之道”、“君子境界”七个方面阐述了《论语》的思想精髓及其对现实生活的指导意义。
而他所以要写《论语今注今译》，则缘于上世纪50年代他在台湾大学讲授《论语》。当时，他以为《论语》这部书，从汉代以来经过许多学者的训释，需要作新解的地方当不会多。但讲授不久，却发现现在通行的注本“没有把旧时许多误解匡正，而旧时若干通达的义训，反而废置不用”；而且“《论语》经文应重新订定的地方，似亦不少”。于是，便产生了重新校注《论语》的想法。
最初，他的目的是想根据教授《论语》时讲稿，用最浅显的注释做一部《论语》读本；但后来想到，《论语》是两千多年来中国每个读书人所必读的书，现在国内所有的书铺，差不多都有这部书的通俗注本。因此，他改变了原来的想法，觉得应当把这部书的“读者的悟解力设想得高一点”，这就是：一、这部书的注释，是为对古代经典已略知门径而且有相当的思辨力的人而作的；二、这部书的注释，于文字训诂外，对思想史有关的典故，也应当“择要引述”。
思路一经改变，译注的难度自然也随之增加，但书的内容，却也因此更有深度，更让人读有所得！毛子水认为《论语》是中国、并为世人所共同承认的第一书，只有把孔子生平的志虑作为选取这个“第一书”的依据，理由才更为正大，而正是他认定了这一基点，所以他对《论语》的研究，不光是匡正他人的失误，也是发前人所未发，提出很多自己独到的见解。
比如，毛先生注释说：《论语》中“朝闻道，夕死可矣！”这句话中的这个“道”字，不是“吾道一以贯之”的“道”，乃是“鲁一变，至于道”的“道”，它含有“天下有道”的意义。孔子一生栖栖，心中所期望的只是“天下太平”，到了老来，禁不住吐了心声：“我若有一天听到‘天下太平了’，我便什么时候死去也愿意”！我们从这句话可以想到孔子全副的心情。世界各民族古代的圣哲中有这样忧世忧民的志怀流露出来的，就我所知，以孔子这句话为最显著。由此可见，《论语》确实是世界上宣扬仁爱的首部经典。
1975年，这部历时二十年、倾先生一生心血而写成的《论语今注今译》在台湾出版，当即引起轰动，短期内竟连续六次重印再版。1989年该书以《论语今译》的书名在大陆出版，也引起大陆学术界的广泛关注，并被认定为是当今海峡两岸最权威的《论语》诠释本之一。
但是对于如潮而至的好评，毛子水却显示出一个读书人固有的谦虚谨慎。此书初版后，毛子水发现书中许多不妥的地方，虽是一些没有仔细斟酌的错误，他却顿觉事态严重，赶紧着手写了“勘误表”，即写即印，附在书末以示负责。他说，要是当时没有翻检过一遍，径行寄了书，那就真要惭愧得无地自容了。由此可见先生治学的严谨。
而在谈及写书过程时，他更是时时不忘别人对他的帮助。他曾这样回忆道：“1958年我草成《〈论语〉里几处衍文的测议》时，曾蒙胡适之先生予以严格的批评。现在胡先生过世已十余年，这部论语新注已不能得到他的教正，我心里自难免惆怅。”
又说：……俞大维先生知道我从事《论语》的注释，便将他所有而我所没有的关于《论语》的书给了我，并且提示若干对于写作这书的意见。我生平在学问上受到他的益处，自不只在《论语》；但即就《论语》讲，我亦有一个难以忘记的故事。往昔同在柏林时，有一天他对我说，《论语·阳货》篇的“匏瓜”，以讲作星名为合：匏瓜记于《史记·天官书》；周诗已有箕斗，春秋时当已有匏瓜的星名了。我虽在大学时即知道皇疏有星名的“一通”，但只当异闻。现在听到俞君的话，觉得“择善而从”的重要。这件事影响我后来读书时对先哲学说取舍的态度很大，所以五十余年来没有忘记。
再说：近几年来，吴大猷先生每次从美回国时，一见面必问起我的《论语》。他平常写作的敏捷，是我所衷心敬服的；他关心我《论语》的工作，对我自然是极恳挚的劝勉。……
师生之情，朋友之谊，一个读书人赤诚之心，跃然纸上！
这里，特别应当提到的是毛子水与胡适的关系。
毛子水一生对胡适推崇备至，又是胡适学术思想的最佳阐释者之一。而胡适对毛子水也极为器重和信任。上世纪五十年代，胡适在美国立下“遗嘱”，即指定毛子水与哈佛大学教授杨联升为其“遗嘱”执行人。1962年胡适去世以后，毛子水写过许多纪念文章，其中有一篇《胡适之先生给我们的遗产》，非常感人。
文中写道：胡先生留给家族的遗产，前几天一家报纸有一个报告，说是美金一百三十五元一角。这不见得是一个可靠的消息。据我所知道的而言，胡先生固然不是一个积钱以遗子孙的人，但亦不是一个不顾虑到身后家计的人。他生平正直、廉洁，明若丹青；所以这个遗产有多少，我们尽可不必讨论。
接着毛子水笔锋一转，谈到胡适留下的另一种遗产，这就是“对中国文化的贡献”。他说：如果说富翁捐款办一所大学可以帮助许多贫困学生的话，那么胡适对中国文化的贡献，则可以惠及国家、民族和整个社会。
在这篇文章中，毛子水列举了胡适“对中国文化的”六个方面的贡献，然后阐发说：胡适对中国文化的贡献不仅是无价的，也是无形的。比如胡适倡导民主和自由，是因为在他心目中，民主和自由不但是政治的最高成就，也是统治者和被统治者知识道德的最佳表现。所以，尽管民主和自由是胡适的最大理想，但如果一时不能实现，他也从来不灰心失望。“因为他知道凡是人世间好的东西，都不是一朝一夕可以得到的”。也就是说，好的东西需要大家以不懈的努力去争取。当然，这种争取，只能依靠和平的、说服的方法，而决不能凭借各种各样的暴力。
写到这里，毛子水强调说：我希望不仅是爱好自由民主的人士要懂得这个意思，更希望掌握政治权力的人也能够懂得这个意思。显而易见，毛子水所强调的胡适的这个意思，其实也就是毛子水自己的希望。
而毛子水与胡适关系中最为人所知的事，还是他为胡适所写的墓志铭。墓志铭仅137个字：“这是胡适先生的墓，生于中华民国纪元前二十一年，卒于中华民国五十一年。这个为学术和文化进步，为思想和言论的自由，为民族的尊荣，为人类的幸福而苦心焦思，敝精劳神以致身死的人，现在在这里安息了！我们相信形骸终要化灭，陵谷也会变易，但现在墓中这位哲人所给予世界的光明，将永远存在。”
——只有真正的大师才有这样的概括力对另一位大师给予盖棺论定的评价。
吴大猷先生称赞他是“罕有的读书读通了的人，有广博的视野，有深邃而公允的见解”。马逢华先生则说，“在一所大学里，哪位教授开了什么课程，都不及每位教授在做人和作为一个学者两方面的风度和品质更为重要。因为一旦开了课，书总是可以而且必须自己去读的，而做人的风范和做学问的方法与态度，则不论如何，都必须有师长来以身作则。”毛教授的可贵处正是他的做人风范和做学问的方法与态度。他常说他“决不会耽误学生，让学生走冤枉路”，他教导学生的苦心实尽在此处，引导学生走向做学问的康庄大道，“此即人师与经师最大的不同，也是他精神伟大之处。”
毛子水1973年退休后，仍受聘于台湾大学、辅仁大学，直至93岁高龄。1987年，95岁的毛子水与著名国画大师黄君璧、著名摄影家郎静山3人，获台湾文化最高奖。奖品是金质奖章一枚，奖金40万。
毛子水一生写了七十余部著作，其他的代表作还有：《中国科学思想》、《子水文存》、《师友记》、《理想和现实》、《胡适传》、《傅孟真先生传略》、《（荀子）训解补正》、《（汤誓）新义》、《（啧有烦言）解》、《记陈寅恪先生》、《纪念姚从吾先生》等等。
1988年5月10日，毛子水病逝于台湾，享年96岁。台湾大学为纪念毛子水，并于1992年4月编辑出版了《毛子水全集》，这让我们这些疏离毛子水著作的人，对毛子水先生也有了个高山仰止的了解。
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