他要做的每一件事情，都要不厌其烦地打报告，以求批准。他的试验成功与否，最关键因素不是教育部，而是深圳这边。他与深圳的关系，说透了就是打工者与老板的关系。老板是出资方，当然说了算。他执行着老板的意图，操作老板的项目。他不是被动性操作，因为这个项目正是他一生的理想所在。经验让他非常看重与出资方的关系。从他上任前要求的四个条件看，无非就是权和钱的问题。这是办学的关键所在。不仅要有君子之言，还要将其立法，写入法规条文中。他认为深圳是特区，有立法权的。
从他走马上任起，就一直着手制定这样的法规草案。他有明确的办学思路。首先就要成立理事会，人权财权都要经过理事会通过，政府不直接管学校，一切通过理事会来体现。只有这样，方能实现“教授治校”“学术主导”。朱清时的这套办学思路显然不是他的独创。蔡元培当年上任北大校长时，也是这个打法。他刚一到位，就马上着手成立校董事会，及时化解了政府方面许多不必要的干涉，并很快打开局面。
可是，朱清时的理事会，却迟迟建立不起来。就连《南方科技大学管理暂行办法》也历经波折，差不多折腾了一年半，才得以颁布：2011年7月1日后，方可实施。不少媒体把它称为第一个大学的“基本法”，但客观而言，这只是行政规章，而不是法律，基本法，是要通过深圳人大立法的。这不知又要等到多久。
《南方科技大学管理暂行办法》（简称办法），将对南科大的定位表述为：南科大以实施全日制学历教育为主。这意味着，深圳对南科大的“自主招生，自授文凭”将不会支持下去了。而“教授治校”改为“教授治学”，一字之差，意味深长。
还有人挑剔《办法》：一是很多概念的使用很模糊，似是而非，比如说理事会是管理机构，但是成员由政府聘任，那是不是向政府负责而不是向办学负责？二是缺少具体的界定，停留在大的框架上。三是没有问责机制。那也就是随时可以违背。
即便如此，这个无奈的《办法》，也属朱清时们的啼血之作。
《办法》的确很难分娩。涉及政府各部门放权，所以争议非常大。从总则、权责，到治理结构，仅管理与监督的第四十条中，有关财政投入制定的三个字，就经历了无数的障碍，无数的斗争。这一条是这样写的：市政府将经审定的对南科大的经费投入纳入财政预算，经市人民代表大会审议通过后，由市财政部门（按规定）及时足额拨款。多次争论争取的结果，终于去掉了“按规定”三个字。像去掉“三座山”。别看这是行政套话，但，可伸缩空间太大了！按什么规定？谁的规定？什么时候的规定？每年拨款都会因“按规定”而扯皮。他们说按什么规定，就按什么规定，说给你拨多少款，就拨多少款。现在颁布的这个版本，是经过教育部审查的，是综合各种意见的结果。因而，南科大并不是很满意。
深圳似乎还没有准备好创办这样一所大学。绝不是钱的问题，而是理念。当官文化成为主旋律时，各级机关，便唯官唯上，而不会唯你朱清时院士。随着对深圳这个城市不断加深认知，朱清时与老板的关系越来越微妙了。
我们的社会高度行政化，学校也被当成行政机构的一部分，完全按照计划经济方法处理，同一套方法管理国家所有东西。现在就是用同样方法管理教育。而朱清时的试验，就是要摆脱这些清规戒律，像一节拼力发动前行的车厢，正在脱离静止的车体。
南科大的招生表面看去顺风顺水，进入笔试阶段。考试题由北京为高考出题的权威部门出题。临近考试时，南科大派出最放心的人去北京提取考试卷。他们分设三个考场：北京、武汉、深圳。
因怕泄密，卷子不能太早提，只能等到临近时，这个时间的火候一定要把握好。朱校长嘱咐前去提卷子的人，一旦拿到卷子，要第一时间电话告诉他。
肯定所有人都不会想到，到北京按手续提卷子时，考试中心的人不肯给，说是接到上头电话了，明令不让将卷子交给南科大。
取不出卷子，等于一切努力将毁于一旦。三个考场将坐满应试学生，铃声响了，却没有考卷可发！烈日下的秧苗，等不来雨露浇灌，秧苗会变成烈火的！
据说朱校长在电话里一个劲儿喘粗气，好一会儿都没吱声。他用一种从未有过的口气问：你问准了吗？是谁打的电话不让取卷子？
人家也不告诉你具体是谁，只说是教育部的人。朱校长咬紧牙关说，那你们就在那里等吧。我来想办法。
校长那边一直占线，不知道他找了多少人，如何疏通关系。反正，一直到晚上取卷子的人才取到了卷子，才和校长接通电话。
校长当晚不知是怎样调动的各种关系，像一道复杂的数学题，人们只知道结果，却无法得知运算过程的艰辛与繁杂。南科大在招生结束后的总结会上，提及这件事时，人们还心有余悸。他们庆幸：幸亏打通环节，总算把卷子提出来了，才赶上最后一班飞机。否则，真是不堪设想！
南科大的自主招生，一开始就不是“自由化”的。招生步骤，考试地点等所有细节，都是以文件方式确定的。这个文件是南科大打给深圳市教育局《关于南方科技大学首届教改试验班招生工作的报告》，第二条“南科大把招生作为当前最重要的工作，充分考虑首届教改试验班独立自主招生的特点，制定周密细致的考试方案，确保招生工作安全有序进行。”接下来，具体安排笔试时间和地点。“南科大定于2011年1月24日，在北京、武汉、深圳同步进行首届教改试验班笔试。”
在考务工作安排方面，“南科大选派精干人员，成立北京、武汉、深圳考务工作小组，负责落实考试场地、组织学生按时有序参加考试、协调解决考生的交通、住宿、就餐等问题。考试结束后，考务人员负责将考生试卷送回。”
深圳市教育局作出批示后，又上报给市政府。几位领导都圈阅后，主要领导人也批了“同意”。
这样严密的考试审批程序，这样庄严的合法的考试现场，谁会想到，临近时，却出现了这样令人难以置信的情况。
我曾就此事找朱校长印证，他说，是这么回事。他说想想很后怕。真不知道他们这些人是怎么了，这样不计后果。三个考场，七百多考生，上千名家长，还有那么多的记者，这要是拿不到考卷当场闹起事来，这责任有多大！要是真闹起来，社会舆论对准教育部，而教育部就会转嫁到我们头上，拿我们出气，我们就更受不了！他叹口气，意味深长地说：我们输不起啊。深圳输不起，广东输不起，教育部、中国高等教育改革都输不起的。
这种输不起的话，教育部部长也曾说过。然而，该发生的还是发生了，该出现的还是出现了。该输不起的还是要输不起下去——
进入4月中旬，教育部召开了一个决定南科大命运的会议。会议的主要精神，如教育部第四位新闻发言人对媒体讲到的：教育部支持南科大的教改探索，但任何改革首先要坚持依法办学，要遵循国家基本的教育制度……
会议要求南科大已招的45名学生必须参加普通高等学校招生全国统一考试，并责成教育部有关司局与深圳市有关部门加强沟通，落实……
作为当事方南科大，未被知会，无人出席。
这一天，朱清时正在美国参加麻省理工150年的庆典。像他这样曾在这里学习和工作过的人，无以数计，而能够受邀出席这样的庆典，显然是一种荣誉。会场并没有多少豪华布置，台上一块大屏幕像条彩色河流，不断滚动着，将这所学校光辉的历史，一一回现。而主席台正中的那个小巧精致的讲桌立面，MIT三个简单的字母，凝聚了最不简单的内涵，因而格外醒目。
那真是人类群星闪烁时。不同年代从这里走出的学子，他们的博士服五光十色，几乎没有相同的，他们迈着苍老而神圣的步子，缓慢走上宽大的主席台时，形成了会场最耀眼的风景。任何昂贵的装饰材料在这一瞬间都失去光泽。这些人物们当年从MIT毕业后，是在其他学校获取的博士学位。麻省理工从不让学生留校读博。不同学校的博士服在这一刻共同为MIT大放光彩。麻省理工严格控制着招生名额，宁缺毋滥。每年限定只招2000个学生。这种招生规模，和他们将办学方向定位在培养理工类精英研究人才是一致的。60年来，他们重点培养的精英人才中，为人类作出了巨大贡献。已经去世的不算，仅活着的，每年创造2万个亿的财富，相当于俄罗斯一年的GDP。
所以，150年，从他们这里走出的学生每一个都是人类的精英，人类的骄傲！
朱清时坐在台下，神情凝重。他并没有随着会场的高潮而改变情绪。反倒有几分沉郁，似心事重重。他的思绪是否还魂牵梦绕在南科大？麻省理工再辉煌，也是人家的。所谓研究型大学的理念，他最早就是从这里培植的。他心目中最高的研究型大学，就是MIT这样的。60年走出这样的辉煌，而南科大60年之后会是什么样子？作为创校之长，内心有着怎样的复杂情绪？
此番美国之行，为期九天。他肩负着很多任务。他应邀在哈佛大学高峰论坛发言，他要为他的学术团队寻找骨干人员，学科领军人物。他还要去寻找他当年在麻省理工求学时的旧居，还要到世界最好的实验室伯克利的劳伦斯实验室参观，感受当前科技发展的前沿信息。他要在哈佛、哥伦比亚、伯克利三所大学搞三场专题讲座。这么多的安排，对他而言，主题只有一个：南科大。一切都是围绕着他的南科大之未来奔走啼鸣，尽快建立他朝思暮想的学术团队。
朱清时动情演讲：南科大是一个婴儿，是个能够创造历史的婴儿，希望在座有志者跟他们这个婴儿一同创造历史！他以理想主义光芒，杜鹃啼血般召唤着海外有理想有志向的学者专家们，与之共同奋斗，携手完成人生大业。
在美国的华人一流人才很多，能够叫出名字的就有一串：朱经武、邱成桐、沈元壤、杨祖佑、张翔……这些人都是当今世界顶尖级教授，都是南科大所渴望引进的，但是，光凭朱清时的个人魅力引进，够吗？他即使讲到吐血，也架不住教育部的一纸规定！他的才华横溢的演讲，肯定获取掌声。一流专家们都觉得应该走出这一步。但风险太大！美国有很闲适的生活，很好的研究前景。当年，人们有爱国情怀，一煽乎就会燃烧，可是现在，你怎么忽悠人家，人家也能看清楚。何况，哪个人都有亲朋好友在国内，随时可以打听深圳情况、南科大情况，教育部对南科大的态度等，他们都很清楚。
邱成桐说，我帮你招人没有问题，你首先告诉我，你们南科大有哪些比清华北大强的？你们深圳有哪些比北京上海强的？
无论如何，朱清时不会想到，就在他寄情于美国倾心演讲，娓娓宏论他的南科大这块试验田如何阳光万里时，地球的另一端，那间小小会议室，那些个围成一圈的台面，摆放着一溜茶杯的会场，人们只需将盖严的茶杯盖揭开放下，起落之间，他朱清时的所有访美努力便告灰飞烟灭，如此轻松。
教育部办公厅这个文件是2011年4月21日正式发出的，深圳市教育局也在同一天下发了《对南方科技大学（筹）2011年招生工作的意见》，口径与教育部完全一致。时间上完全紧跟，严丝合缝。
两个文件，同样口径，甭说别的，仅让试验班的45名学生参加全国统一高考，就是对朱清时的试验的最大否定。因为，朱校长在自主招生时，早有承诺，且信誓旦旦：已经考入南科大的45名学生，不再参加全国统一高考。这些学生中，不乏因为不愿参加全国统一高考，而选择南科大的，甚至有的舍弃进北大或清华这样的名牌的可能。而一旦南科大再让他们回炉高考，他们会怎样反应？
教育部在批准你筹建，发给你14325这个代码，让你有了“合法经营”执照，支持你高等教育改革探索之后，非常明确地要左右你南科大，把你拉回到“正路”。但朱校长认为，这是违背了他的初衷，颠倒了南科大试验的核心价值。
朱校长曾在好多场合讲话都提过南科大遇到的一直是黄灯。他原话是这样的：“我们提出的教授治校、去行政化，得到了国内外教育界的高度认可，并在广东省和深圳市层面取得了共识，新近更得到了国家教育咨询委员会的大多数委员的支持。这些观念的核心是大学的办学自主权。我们一路走来，没有碰到红灯，没有碰到绿灯，全都是黄灯。”
然而，他没有说，黄灯过后是什么灯。当红灯猝不及防地出现在他的眼前时，朱校长一片茫然。一种从未有过的疲倦感阵阵袭来，他需要休息，需要调整时差，他仿佛陷入了长时间的时差转换之中。
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