这时的章太炎，心中有一个宏伟的计划，就是要用一年的时间，写一部中国通史，以激发民气他在给梁启超的信中说：“然所贵乎通史者，固有二方面，一方以发明社会政治进化衰微之原理为主，则于典志见之；一方以鼓舞民气、启导方来为主，则亦必于纪传见之。”后来这个计划没有实施，只留下一个提纲。
他在浙期间主要致力于修订《訄书》。
《訄书》是一本论文集，于1900年编定，书前有作者识语，其中说：“幼慕独行，壮丁患难。吾行却曲，废不中权。逑鞠迫言，庶自完于？”逑，求索，鞠，意为穷究，迫，犹言迫不及待。这是对书名的解释，合起来就是说，他急于把想说的话说出来。但下面又加上“庶自完于”一句，仅仅说出来就行了吗？他的意思，是说出来以后，更要付诸实践。
《訄书》原有50篇，这次修订增为63篇。章太炎一生追求文章的完美和不朽，所以对这部建立自己思想体系的著作倾注了巨大的心力。这个修订本较之1900年的版本，多了反清革命的内容。十年以后他又一次修改这部著作，却把很多具有革命思想的文字删去了，并且更名曰《检论》，去掉了他以为是偏激的话，想要传之永久。然而在革命史上，1904年出版的《訄书》最有代表性。
全书的第一部分是对中国古代学术史的总结，论述了从先秦到清末学术的发展规律，阐发了各时代学术特点，追溯流变，品评得失。章太炎在论述一时代文学特点时，善于运用历史、地理、政治等各方面知识，加以综合考察，并不是孤立地来看文艺和学术。第二部分讨论哲学，收入了他讨论人类进化、种族形成、语文起源等问题的论文。第三部分考评中国历史上政治、军事、经济等方面的利弊，目的是为当前的建国构想提供参考。他的主张大致有：行议院制，行均田制（《定版籍》《相宅》是作者在东京与孙中山讨论革命以后土地制度、赋税及建都等问题的记录）、司法与行政应该分立、军队和政府应该由不同的官员来管理亦即军队不得干政、加强法律建设、反对无政府主义等，说明他对未来共和国的建设是考虑得较为详细的。第四部分讲的是编著史书的方法和应注意的问题，认为写史要“知今古进化之迹”，特别要探究社会盛衰的原因。这一部分还对一些历史人物进行评价，意图从历史人物身上追寻历史发展的踪迹，中国历代的史书上都有纪传，人物是历史活动的集中点。魏晋时期士人喜欢品评人物，称为月旦，章太炎也精于此道。
这次的修改最值得注意的是反满思想的加强，又特别值得一提的是章太炎勇于修改自己的不正确观点。打开修订版的《訄书》，首先看到两篇文章是《客帝匡谬》和《分镇匡谬》，表示与保皇派决裂，并严厉地批判了自己以前的错误观念。例如在《客帝》后面增加一段话道：“共和两千七百四十一年章炳麟曰，余自戊己违难，与尊清者游，而作《客帝》，饰苟且之心，弃本崇教，其违于形势远矣。且汉帝虽孱弱，赖其同胤，臣民犹或死之。满洲贱族，民轻之根于骨髓，其外视无异欧美。故联军之陷宛平，民称顺民，朝士以分主五城，食其廪禄，伏节而死义者无一于汉种……满洲弗逐，欲士之爱民，民之敌忾，不可得也……因删是篇。”
章太炎对孔子的批判值得注意。年轻的章太炎认为，“儒家之病，在以富贵利禄为心”，“盖孔子当春秋之季，世卿秉政，贤路壅塞，故其作《春秋》也，以非世卿见志，其教弟子也，惟欲成就吏材，可使从政。而世卿既难猝去，故但欲假借事权，便其行事。是故终身志望，不敢妄希帝王，惟以王佐自拟”。为了当好王佐，儒家信徒只好“随时抑扬，违离道本，苟以哗众取宠”。孔子本人周游列国，已开游说之端。孟子称孔子为“圣之时者也”，章太炎却将“圣之时者”解读为“惟在趋时，其行义从事而变”。针对孔子倡导的“权变”和“中庸”，章太炎斥责道：“所谓中庸者，是国愿也，有甚于乡愿也。”“国愿”的表现形态是“‘缝衣浅带，娇言伪行，以迷惑天下之主’，则一国皆称愿人”。
重订的《訄书》中有《订孔》《学变》《学蛊》《清儒》等篇，接续汉代王充的理性批评传统。他批判孔子“虚誉夺实”，更指责后来的尊孔派“苟务修古”，只是为了在现实中多得利益或保持他们的既得利禄。他甚至激愤地说：“孔子之出于支那，实支那之祸本也。”
当然，他在文章中也称赞孔子是古之良史：“虽然，孔氏，古良史也。辅以丘明而次《春秋》，料比百家，若旋机斗矣。谈、迁嗣之，后有《七略》。孔子死，名实足以伉者，汉之刘歆。”
《訄书》最显著的特点是文笔过于古奥，一般人很难读得下来。章太炎的文章语言精练，篇章结构也极严谨，读起来很有气势。可惜的是，即便是学问很好的人也难完全读懂，因为他爱用古字、怪字，又尤其爱用典故，有时一句话里能用几个典故。书名《訄书》就很费解。尽管如此，这部书在当时为宣传革命还是起到了极大的作用。当时的报纸称它
“印本一出，风行一时”，声价之高，“轰震海内”。因为原书没有标点，有出版社特为印行圈点本，并多次重印。然而，几年后，章太炎在北京又一次修订这本书时，将圈点取消，他希望凭着文章的天然气势，读者可以一气贯通。
章太炎说他就是在这个时期，文章风格有了大的变化。他在《自述学术次第》中说：“余少已好文辞，本治小学，故慕退之造词之则，为文奥衍不驯。三十四岁以后，欲以清和流美自化，读三国、两晋文辞，以为至美，由是体裁初变。”
当章太炎在家修订《訄书》的时候，上海闹起了学潮。
上海的南洋公学，学生们受新思想的影响，喜欢议论时政，学校当局加以压制，学生一时激愤，有200多人退学。教员蔡元培同情学生，也宣布辞职。蔡元培（1868—1940），字孑民，号鹤卿，浙江绍兴人，进士出身，曾任翰林院编修，对西方学问素有研究，在当时维新派和知识界中有相当高的威望。他后来成为一个教育家，任过民国政府教育总长、北京大学校长、中央研究院院长等职。1902年初，他在上海与黄宗仰、蒋智由等人联合组织了中国教育会，并被推举为会长。该会的宗旨是改良教育，用自办学校、自编教材并发行刊物的办法，传播新思想，培养新式人才。南洋公学大批学生退学，就发生了一个续学的问题，为了支持学生运动，又为了实现以办校改革教育的理想，蔡元培等决定创办爱国学社。不久，南京陆军师范学堂学生章士钊等40多人，也因为闹学潮退学来到上海，加入爱国学社。
有了学校，就需要教师，蔡元培原来就认识章太炎，知道他的学问很好。学社成立后，他写信延请，章太炎接受了邀请，于1903年春来到上海。
爱国学社在上课之外，每周举办一次时事演讲会，地点在张园，老师和学生都可登台演讲。演讲的内容主要是抨击列强侵略中国的罪行，揭露清王朝投降卖国的行为。当时上海有一份倾向革命的报纸《苏报》，经常把这些演讲的内容记录下来登载，造成很大的影响。张园演讲遂为全国学界注目。
章太炎在校担任三、四年级的国文教员，其教学法不同寻常，用他自己的话说是“多述明清兴废之事，意不在学也”。他在课堂上经常讲扬州十日、嘉定屠城等历史事实，用顾炎武、王夫之、黄宗羲等的议论来启发学生。有一次他出了一道作文题，让学生写一篇自传，叫“本纪”——古代史书上只有为皇帝立传才能叫本纪。其中两个学生，柳亚子和陶亚魂在作文中讲述了他们开始追随康有为尊孔保皇，后来思想发生转变的过程。章太炎看了，提笔写下《致陶亚魂柳亚庐书》，也回顾了自己思想发展的路程，并赠《訄书》互勉。
张园的每次活动，章太炎都参加，并且每次都要激昂慷慨地演讲，深受听众的欢迎。马叙伦回忆说：“张园开会，照例有章炳麟、吴敬恒、蔡元培的演说，年轻的只有马君武、沈步洲也夹在里面说说。遇到章炳麟先生的演说，总是大声疾呼地革命革命，除了听见对他的鼓掌声以外，一到散会时候，就有许多人像蚂蚁附着盐鱼一样，向他致敬、致亲，象征了当时对待革命的欢迎……”
南京来的章士钊也这么说：“壬寅、癸卯间，初承拳乱，士风丕变，新党群集上海，昌言革命，以吾家太炎先生为之魁。”
章太炎爱护学生，奖掖后进。在这个时期与他特别要好的是三个人。章士钊（1881—1973），字行严，湖南长沙人，年少有才华，来上海不久，就担任了《苏报》的主笔。邹容（1885—1905），字蔚丹，又作威丹，四川巴县人，曾留学日本，在日本也是学生运动的积极分子。他和陈独秀等在日本留学时，因为闹学潮，与驻日使馆官员冲突，他们集合一些学生，趁着学监姚某与情人私会时，冲进屋内将其拖出，当众剪下了辫子。结果，姚某出了丑，邹容失了学。张继（1882—1947），字傅泉，直隶沧州人，身材魁梧，孔武有力，章太炎在日本时就认识他。在这几个人中，章太炎年龄最大，邹容年龄最小，这一老一小一见倾心，关系最为亲密。
邹容有狂气，恰如章太炎。章士钊说他“少年英发，不可一世”。邹容的父亲是个商人，邹容小时候，父亲一心想让他参加科举考试，但他对此毫无兴趣，因此挨了不少打。后来邹容跟成都吕翼文问学，进步很快。他平时言谈口无遮拦，“指天画地，非尧、舜，薄周、孔”，弄得吕翼文胆战心惊，把他打发走了。于是父亲只好将邹容送到日本。
邹容初到爱国学社，少年英雄，大家喜欢与他交往，但他还是爱骂人。这里的学生大多学习英文，邹容却对他们说：
“你们在上海这个声色犬马之地，学它几年英文，将来可以当洋奴了，但不知中外的学问学到没有？”学生们听了脸面上过不去，起来要打他。
章太炎时常同这三位才华横溢的青年相聚谈论，说古道今，指摘时弊。有一天，章太炎邀请他们三位到四马路九华楼饮酒。越说越高兴，都觉得这种聚会和缘分实在难得。几杯酒落肚，章太炎道：“诸位，我们几个人都在努力于革命运动，我提议，我们不分年龄大小，结拜为兄弟。”另外三人齐声说好，于是，大家举杯盟誓，永结金兰之好。四人之中，章太炎年纪最大，已经三十六岁，邹容只有十八岁。邹容戏称章太炎为“东帝”，并自称“西帝”。
章太炎在爱国学社里也是一怪，学问之大自不必说，脾气也大。他的一身打扮就绝得很。在众多师生中他是少有的没有辫子的人之一，他将头发留了五寸多长，分成两股，一左一右，很是滑稽。一年四季，手里总要拿一把扇子，大模大样。春天穿长袍，外面要罩上一件特制的日本“和服”，夏天则着半截长衫，腰间胡乱勒一根草绳，到人家里做客，常常无所顾忌地脱去上衣，袒胸露乳。因此，像在苏州时一样，经常要闹一些笑话，他也毫不在乎。在这之前，他的妾王氏因病去世，他的生活无人料理，吃饭穿衣简单艰苦。另外，爱国学社的教员是没有薪水的，章太炎在授课之余，为人翻译《妖怪学讲义》，用赚得的一点稿酬辛苦度日。这一切，再加上他本人不讲卫生，常年不理发、不洗澡，在讲堂上有了鼻涕时，也不用手帕去擦一擦，而是直接用袖子抹两下，日久天长，两袖竟擦得油光发亮。在别人是不忍卒睹，在他却怡然自得。可以说，章太炎是全校最脏的教员。蔡元培后来在北大主事，采取兼容并包主义，教员持什么观点的都有，但没有听说有个人卫生脏得像章太炎这样的。这么说来，蔡校长胸襟之宽大更可见一斑。
章太炎性情时好时坏，变化幅度很大。有时一本正经地给人讲些笑话，听的人早已笑得前仰后合了，他自己却不动声色。更多的时候是办事古怪。他烟瘾很大，没钱买烟时只好借钱。有一次，他穷得没钱买烟，就写字条给一个朋友道：
“今已不名一钱，乞借银元两枚，以购香烟。”同室的蒋维乔看见了，问他：“既然已经向人借钱了，为什么不多借几元呢？”太炎答道：“同他不过两元钱的交情，多借恐怕他不会答应的。”
他的性格中最引人注目的部分是暴烈，这在时务报馆里康有为的弟子已经见识过了。遇到自己不满意的人事，他常常不顾后果，猛烈地发作一阵。但他有一个特点，就是发作以后就完了，再见面该怎么样还怎么样。只要是为了公理，不为私利，一切矛盾都可以解决。但有一个例外，在爱国学社里时，他同吴稚晖发生过激烈的冲突，本来是也是为了公事，但后来又多次冲突，意见越闹越大，以致终生没有和好。
吴稚晖（1865—1953），名敬恒，又名眺，江苏武进人，二十七岁中举。1902年留学日本。他和另外几个江南的学生要求进日本成城学校学习军事，没有得到清朝驻日公使蔡钧的同意，而欲进这个有“士官生之摇篮”之称的学校，必须有蔡钧手写的证明。吴稚晖到使馆里大吵大闹，但无济于事。蔡钧还要求日本警视厅以妨害治安罪将这些闹事者逮捕，返解回籍。吴稚晖愤怒已极，写下了绝命书，在日警押解下路过皇宫护城河时，纵身跳入，以死抗议，幸亏被军警救起。蔡元培恐怕他一路上还会寻死，特地陪同他回国。到上海，请他出任爱国学社学监。
爱国学社是中国教育会创办的，一般说，学社里的人都是教育会成员，两个组织是一家。但从经济上说，学社可收学费，有一大笔收入，而教育会则无经济来源，对学社的贡献也只是派去几个教员而已。因此一些社员就常表示不满，认为学社养活着教育会。教育会一方则指出，爱国学社是教育会设立的，没有后者，根本谈不上前者。在学校里，双方经常发生争论，其中吴稚晖代表学社方面说话，章太炎竭力为教育会辩护。
与章太炎住在同一个宿舍的蒋维乔回忆说：“当时会中人，戏言此会颇类似梁山泊，因为点将录，有人以稚晖拟宋江，亦有以足智多谋拟为吴用者。某日，开评议会，议及教育会与学社分合事。稚晖恃其滑稽态度，出语尖刻，偏袒学社方面。太炎当众拍桌大骂云：‘稚晖，你要阴谋篡夺，效宋江之所为，有我在此，汝做不到！’稚晖向来口若悬河，当者辄靡，但对太炎之疯头疯脑，不得不让步，默然无语。从此，每遇集会，若有太炎在座，稚晖必避席。太炎恒谓人曰：‘稚晖妄人也，乌足与语。’”
矛盾越积越深，双方终于大打出手：因为教育会和爱国学社的矛盾，有一次章太炎大发雷霆，与爱国学社的章陶严（章士钊之弟）等几个学生大吵大骂，竟打了起来，等章士钊等人赶来拉开时，章太炎的面颊上已挨了几下，不过他还端坐不动，说：“我颊可批，我舌不可断也。”
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