魏光焘遂发布密令说“苏报馆刊布谬说，而四川邹容所作《革命军》一书，章炳麟为之序，尤肆无忌惮”，遂派江苏巡抚候补道俞明震，专程从南京到上海，协同上海道袁树勋，办理同外国驻上海领事协商逮捕爱国学社人员事宜。
清廷要逮捕这些革命志士，必须经过上海租界工部局的同意。租界当局享受治外法权，一般不允许中国政府在它管辖的地面上捕人。经过再三交涉，双方达成协议，派出巡捕和中国警探到苏报馆捉拿报馆老板陈范及爱国学社的蔡元培、章太炎、邹容等人。在此之前，大家早已听到风声，蔡元培逃往青岛，陈范也躲起来，而章、邹两人正好不在报馆里，巡捕扑了个空，结果只抓走一个账房。当天晚上，有人告诉章太炎白天巡捕到报馆捉人的事，章太炎不以为然。
第二天，巡捕又来到爱国学社。邹容听到消息，立即躲到虹口一个传教士家里。章太炎如果要想逃走，也是容易的，但他其时早已拿定了主意，说：“革命没有不流血的，我被清政府查拿，现在已经第七次了。”他坐在学社的账房里，等巡捕来到门口，不慌不忙地迎上前去，用手指着自己的鼻子，高声说：“余俱不在，要拿章炳麟，就是我！”巡警们本来是执行公务的，捉到固然是好，捉不到也可以回去交差，想不到被捕的人自己送到面前来，赶紧给章太炎套上手铐。
章太炎被关押在工部局的巡捕房里。他马上给邹容写了一封信，要邹容主动投案。邹容接信后，不愿让他的老大哥一个人承担责任，在狱中受苦，两天以后，就到巡捕房自首。在这期间，苏报馆和爱国学社都被查封，苏报馆的财产全部被没收，加上章、邹，一共有六个人被捕。这就是轰动一时的“《苏报》案”。
为什么章太炎一定要邹容投案自首？
章太炎知道自己会被捕却不逃避，并且说出“革命没有不流血的”这样的话，当是受了维新志士谭嗣同的影响。谭嗣同在政变前夕也是知道未来的危险的，但他并不逃走，说自古革命必有一死，为革命而牺牲就从我开始吧！这样的豪言壮语和后来临刑时“我自横刀向天笑”的英勇气概，感动和激励着后来者。一听说要被捕就逃跑，好像做贼心虚似的，章太炎已经很反感那种流亡生活。所以他后来曾讽刺孙中山和蔡元培，一个是不履危地，一个是一遇事变，就往外国走，是不负责任的行为。他不能这样做，也不希望他亲爱的小弟弟这样做。
章太炎这种英雄气概在他入狱后不久写的《狱中答新闻报》一文中表露得最充分。《新闻报》讥笑他不逃走很愚蠢。他在文中说：“吾辈书生，未有寸刃尺匕足与抗衡，相延入狱，志在流血，性分所定，上可以质皇天后土，下可以对四万万人矣。”在得知他和邹容被清政府起诉，自己将要在法庭上同他们辩论时，自豪地说：“且今日狱事起于满洲政府，以满洲政府与汉种四万万人构此大讼，江督关道则满洲政府之代表，吾辈数人则汉种四万万人之代表。”他最后预言自己必将胜利，为革命立伟大功业。他同时讽刺一班新闻记者目光短浅：
去矣，新闻记者！同是汉种，同是四万万人之一分子，亡国覆宗，祀逾二百，奴隶牛马，躬受其辱。不思祀夏配天，光复旧物，而惟以维新革命，锱铢相较，大勇小怯，秒忽相衡，斥鼹井蛙，安足与知鲲鹏之志哉！去矣，新闻记者！浊醪夕引，素琴晨张，郁素霞之奇意，入修夜之不阳。天命方新，来复不远，请看五十年后，铜像巍巍立于云表者，为我为尔，坐以待之，无多聒聒也。
章、邹二人一被捕，清政府立即向租界当局提出引渡的要求，其目的是想在两三天内将他们秘密处死。清廷为了打动外国，甚至愿意出让沪宁铁路的权利。但种种努力都失败了。租界要维护自己的所谓治外法权，同时也害怕与清廷交易引起中国民众的抗议，所以坚持“租界事，当于租界治之”。
双方经过多次交涉，最后确定仿照西方的办法，在英租界会审公廨组成一个临时公堂，对章太炎和邹容等进行公开审判。公堂名义上由上海知县和英国驻上海副领事共同主持，但实际上英国副领事一人做主。清政府请了两个律师，古柏和哈华托，章太炎和邹容也通过革命同志请了博易和琼司两位外国律师为自己辩护。
清政府的律师指控章、邹的罪名是鼓吹推翻清朝统治，章太炎尤其大逆不道，“诋毁今上圣讳，呼为‘小丑’，立意犯上”。章太炎对此供认不讳：“今年二月在爱国学社任教习，因见康有为著书反对革命，袒护满人，故我作书驳之。所指书中‘载湉小丑’四个字触犯清帝圣讳一语，我只知清帝乃满人，不知所谓‘圣讳’。”不承认野蛮的满洲政府。
审判过程的滑稽之处，在于时时显示了清政府的软弱无能。在法庭上，总能听到法官的翻译高声说：“中国政府到案。”“中国政府控告章炳麟大逆不道，煽惑乱党，谋为不轨。”而且还把各种证据一一宣读出来，丝毫不忌讳出现“贼满人”“逆胡”“伪清”等词句。章太炎在给一友人的信中嘲笑说：“噫嘻！彼自称为中国政府，以中国政府控告罪人，不在他国法院，而在己所管辖最小之新衙门，真千古笑柄矣。”
章太炎和邹容的律师博易也很卖力气，几乎要从根本上否定了这个案子的合理性：“现在原告究系何人？其为政府耶？抑江苏巡抚耶？上海道台耶？”清朝官员吞吞吐吐地说章、邹二人是奉了江苏巡抚饬令拘捕的。律师认为如果政府不能指明他们究竟犯了何罪，此案应予注销。
章太炎和邹容在法庭上表现得神态自若，对答从容。新闻记者描写章的外貌说，长发披肩，衣服不东不西，像僧人的袈裟。审判员知道章太炎是有名的文人，以为他一定在科举途中得意过，问他是“得自何科”。章太炎笑着看一看邹容，说：“我本满天飞，何科之有？”这个记录有误，其实他的意思是我本老布衣。但他的浙江方言，很多人听不清，就造成了这种误会。另外，关于小丑一词，他从文字学的角度解释说，小丑本作“类”字解，也可作“小孩子”讲，那么“载湉小丑”就是“载湉这个小孩子”，没有什么侮辱的意思。
经过多次会审，一直到年底，才有了审判结果，摘要如下：
章炳麟作《訄书》并《〈革命军〉序》，又有《驳康有为》之一书，污蔑朝廷，形同悖逆；邹容作《革命军》一书，谋为不轨，更为大逆不道……如邹容、章炳麟照律治罪，皆当处决。今逢万寿开科，广布皇仁，援照拟减，定为永远监禁，以杜乱萌，而靖人心。
所谓“万寿开科”，是指慈禧太后正在庆祝七十寿辰，格外恩典。慈禧太后对这个案子迟迟办不完早已十分恼怒，埋怨两江总督好几次。后来还是内阁大学士张之洞主张作出让步，同意不办死罪。
但判决书遭到舆论指责。终身监禁无论从法律上还是从道德上都是说不过去的。领事团被迫宣布这个判决无效，将此事交北京公使会议讨论。公使会议想出的办法是两面都要照顾到，即这两个人必须定为有罪，但监禁期不能超过三年。清廷认为判决太轻，坚决不同意。拖到第二年五月，公堂宣布了由清政府外务部和各国公使共同签署的判决书：章太炎监禁三年，邹容监禁两年，都从被拘押之日起算，监禁期内罚做苦工，期满赶出租界。
这次的审判，对清政府来说，是一个极大的失败。整个审判过程大长革命者志气，大灭清廷威风。革命，革命，已经成为街谈巷议的话题。
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