新婚妻子的劝阻也归无效，他坚定地说：“不入虎穴，焉得虎子？”
果然，他一到北京，袁世凯就命戒严副司令陆建章派兵将他监视起来。起初用暗地里“保护”的名义，因为袁世凯对他还有拉拢之意。不久，章太炎发现自己身边总有人跟踪，自己的言论也没有发表的地方，知道中了圈套，非常气愤。
袁世凯想见他，他以患眼病为由辞谢了。他几次想逃走，都被宪兵拦了回来。
看到袁世凯在加紧恢复帝制的步伐，章太炎心情越发郁闷，在日常大骂袁世凯，或挥动手杖，追打周围的宪兵，看到他们的狼狈样子，拍掌大笑：“袁狗给我逐去了！”
他不停地喝酒。有时拿了花生米，一边掐去其蒂，一边恶狠狠地自语：“杀了袁皇帝的头！杀了袁皇帝的头！”
或者在纸上写“袁贼”两个大字，投入火中烧掉，边烧边叫：“袁贼给烧死了！”或者满屋书写“袁贼”，用手杖痛击解恨。
他在给妻子的信里说：“不死于清廷购捕之时，而死于民国告成之际，又何言哉！”
章太炎天天生活在郁闷和愤怒之中。他的一些弟子看在眼里，就想了一个办法，让章先生以讲学排遣郁愤。这件事是章太炎所乐意的。他就设弘文馆之事给袁世凯写过信——弘文馆的目的是编纂词典——还通过钱玄同的哥哥找农商总长张謇，张謇向袁世凯请示，袁一口答应，说只要章太炎不出北京，什么都好说。章太炎要求的经费他却迟迟不给。
不得已，他只好仍讲国学。
国学讲习会招来许多听讲人，有些是在东京听过讲的，有些是新来的，更有奉命监视他的人。讲题以经、史为主。当时他的住处书籍不多，学生们要去借，他说不必了，自己“便便腹笥，取之有余”。他的记忆力真是惊人，讲来头头是道，如数家珍，学生们都听得入迷，就连那些密探也听得忘了他们的使命，对这个“章疯子”肃然起敬了。
不过，讲学终不是长法，章太炎急于南归。1914年元旦，他给副总统黎元洪写了一封信，又给他的弟子钱玄同寄了一张明信片。在给黎的信中，他说自己要冒死离京；在给钱的明信片上，他写了“吾将不复年”的话。其时被袁世凯幽禁在中南海的黎元洪，拿了信赶紧去见袁世凯，要袁立即答应章太炎设立弘文馆的要求，但袁世凯只口头答应而已，并不付诸行动。不过，倒是兑现了每月给章太炎五百元的薪水。
钱玄同接到明信片后，觉得章师的措辞“不祥”，赶紧去章寓探望，见他已做好出发的准备。
钱玄同问先生欲往何处，章答：
“长沮桀溺，耦而耕，孔子过之，使子路问！”
师徒对话满是学问。章太炎的回答出自《论语》，“问”字后面还有一个“津”字。钱玄同明白了，先生要去天津。他赶紧劝说：既然弘文馆的事政府已经答应了，就不要这么匆忙地走。章太炎说，袁世凯惯于骗人，自己再也不受骗了。他表示“吾意已决，必不再留”。
等到他出发这一天，共和党的同仁知道袁世凯的监视很严密，章太炎断难逃出，就想了一个计策：邀章太炎吃酒。席间，大家以骂袁为酒令，谁不骂罚谁。一班人越喝越起劲，一直喝到耽搁了去天津的火车。
这之后，章太炎连续数次设法逃走，都没有成功。他忍无可忍，终于大发疯脾气，演了一出大闹总统府的活剧。
当时著名新闻记者黄远生对这一幕的描绘是这样的：
（章）忽于七号早前往总统府，坚求谒见，适值总统有事与总理谈话，不能晤面。章遂在外与承宣官大闹，谓：“总统因何不见，现会何人？”承宣官答言总理。章手执团扇一柄，团扇之下系一勋章，足穿破官靴一双，在院内疯言疯语，大闹不休。及至熊总理出，章又大闹，谓：“总统现又会谁？”承宣官答言“向瑞琨”。章大呼曰：“向瑞琨一个小孩子可以见得，难道我见不得么？”于是又要见总理及梁秘书长。承宣官答言：“今日政治会议开会去了。”章又要见张一鏖，张亦往政治会议开会。章又要见个秘书，承宣官无可奈何，往各处寻找秘书，各秘书你推我让，均不愿见。这个不见，那个不见，章太炎跳将起来，破口大骂“袁贼”。承宣官见这个人手里有一个明晃晃的玩意儿，口气大得惊人，连总统都敢骂，知道有些来头，不好得罪，就劝他声音小些，谁知一句劝告好比火上浇油，章太炎抓起茶碗，向承宣官砸去，又掀翻桌椅，捣毁玻璃，闹个不亦乐乎。
最后，袁世凯指派陆建章领几个人来到章太炎的住处，谎称总统要见他，将他请上车，拉到军事教练处囚禁起来。不久又移居龙泉寺。
他在龙泉寺受的待遇较以前的囚禁处好了一些。袁世凯害怕他有个三长两短，留下虐杀人才的坏名誉，就给部下手书八条指示：一、章氏饮食起居用款多少不计；二、说经讲学文字不禁传抄，关于时局文字，不得外传，设法销毁；三、毁物骂人，听其自便，毁后再购，骂则听之；四、出入人等，严禁挑拨之徒；五、何人与彼最善，而不妨碍政府者，任其来往；六、早晚必派人巡视，恐出意外；七、求见者，必持许可证；八、保护全权，完全交汝（指陆建章）。
袁世凯还让他的大儿子袁克定给章太炎送来锦缎被褥，袁克定不敢见章太炎，趁章不在屋，将被褥丢下就跑开了，却正巧被章发现，他点起香烟，在被褥上烧了许多小窟窿，然后将之扔出窗外。
在被囚禁期间，章太炎经常与上海汤夫人通信，告诫她不要接受别人的馈赠。这年的6月他决定以绝食抗争。停食之前，他给汤夫人写了诀别信，并寄去他以前常穿的一件旧衣服。
章太炎绝食的消息传出，惊动了社会上很多人士。章太炎是民国的元勋，曾多次被清政府追捕，又坐过租界洋人的三年牢，想不到现在民国成立，还要被囚禁，还要绝食！弟子们纷纷前来看望老师，劝他以身体为重，也以国学为重，赶快复食。也有人上书袁世凯，抗议政府虐待一代大文豪，要求改善其生活和研究条件。
袁世凯也觉得说不过去，特委派一个姓徐的医生，日夜不离章太炎。章太炎家传医学，自己也看过不少医书，这时有徐医生在旁边，正好有了话题，两人谈得颇为投机。徐医生邀他到自己家里住，他接受了邀请。同时，章太炎也在学生们声泪俱下再三劝说下，停止了绝食。
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