当然，密探对他的监视还是一样严密，有时候有客来访，会被挡在门外。
章太炎身边的杂役其实都是密探，这一点他当然明白。因为外间风传袁世凯要复辟帝制，章太炎心存讽刺特意给这些人制定了六条规则：一、每日早晚必须向我请安；二、在外见我须垂手鹄立；三、称我曰“大人”，自称曰“奴才”；四、来客一律称之为“老爷”；五、有人来访，无论何事，必须回明定夺，不得径行拦阻；六、每逢朔望（初一、十五），须向我行一跪三叩首礼。
钱玄同问他为什么要这样做，他说：“我如此行事，是因为‘大人’‘老爷’都是前清的称谓，‘先生’之类是民国的称谓，是我们革命党创造的。先前南京临时政府规定过称‘先生’而不能称‘老爷’‘大人’。现在统治北京的是帝制余孽，还是‘大人’‘老爷’的世界，不能用‘先生’的称谓。所以我让他们行叩首礼也属理所当然。”
有时候，章太炎故意戏弄袁世凯派来的密探。有一次，一个密探请章太炎给他写几个字。章太炎沉默了好一会儿，忽然大声骂他道：“你不是袁世凯门下的小走狗吗？”那个人并没有生气，反而连连称是。不料，章太炎破颜一笑，说：“自知者明，很好！很好！”为了表扬他有自知之明，答应给他写字。有一个密探，是京师警察厅的副课长，遵守章太炎制定的六条规则最忠实，每逢初一、十五，必向章太炎行一跪三叩之礼，一副谦恭的样子。章太炎让他拿过书来，特地给他讲了一段《大戴礼记》，算是遵行了圣人“有教无类”的主张。
在章太炎被囚的几年间，袁世凯加紧他复辟帝制的步伐。然而他刚刚黄袍加身，西南诸省即宣布独立，护国战争打响。章太炎也写了《宋武帝颂》《魏武帝颂》等诗篇，讽刺袁世凯这个窃国大盗。袁世凯在筹备登基时，广罗全国名士上书劝进，也想到了很有文名的章太炎。有人自告奋勇来劝说，以立即释放为条件，希望章太炎能写一篇请愿书。
湖南的大文豪王闿运走到国府门前，假装眼花，将新华门念作新莽门，暗喻“王莽篡汉”之意。章太炎不像王闿运那样语句里暗含讥讽。他答应写请愿书。袁世凯大喜，等拿到一看，上面写的是：
某忆元年四月八日之誓词，言犹在耳。公今忽萌野心，妄僭天位，匪惟国民之叛逆，亦且清室之罪人！某困处京师，生不如死，但冀公见我书，予以极刑，较当日死于满清恶官僚之手，尤有荣耀。
这里说的誓词，是袁世凯就任临时大总统时宣读的，其中有“世凯深愿竭其能力，发扬共和之精神，涤荡专制之瑕秽，谨守宪法”等语句。袁世凯读了这个“请愿书”，火冒三丈，真想立刻将章太炎杀掉，但转念一想，恐怕为舆论所不容，只好苦笑一声，说：“一个疯子，我何必同他认真。”
后来袁世凯需要发布洪宪皇帝登基诏书，有人出主意道，这事太炎先生担当最为合适。袁世凯听后摇头说：“我何必强人所难？那样的话，只能将他逼死。我不愿太炎成为今日祢衡，我又怎能做变相的黄祖？如果催逼，太炎必然成为又一个方孝孺。”
陆建章后来回忆说：“太炎先生是今之郑康成（东汉经学大师郑玄）。黄巾过郑公乡，尚且避之。我奉极峰命，无论先生性情如何乖僻，必敬护之。否则并黄巾之不如了。”
护国战争爆发后，章太炎又一次设计逃出北京，去南方投入反袁斗争。这次他取得几个日本人的帮助，身着和服，手持拐杖，以去天津治病为名，去火车站乘车。谁知，侦探们已经看出他的意图，就在要上车的时候，冲过来几个人，将他拖住，大声嚷道：“你欠我的债，想逃脱吗？”一面拉拉扯扯将他拥到巡警厅。章太炎一路大骂这班侦探，并说，你们真是不想活命了，到这个时候，还敢得罪我！但那些人任凭他骂，并不理他。
可气的是，在拉扯中，这班人还抢走了他的一块常弄古玉和一枚指环。
半个多月以后，6月6日，袁世凯死去，黎元洪继任总统，章太炎获释。7月初，章太炎回到上海。
在三年的囚禁生涯中，他多次绝食，多次出逃，多次辱骂袁贼及其走狗，同独裁者进行了不屈的斗争。但他本人也遭受了极大的损失，他的长女到北京看望他，见他生活艰苦，情绪低落，竟自缢身亡，更增添了他的伤心和悲痛。
这一时期章太炎的所作所为，受到人们的敬佩。鲁迅在《关于太炎先生二三事》中说过：“考其生平，以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯的包藏祸心者，并世无第二人……”
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