这时章太炎看到，历数民国英杰，孙中山真是革命意志最坚强者之一，而那些军阀虽然也赞成反袁，他们内心里则是想争夺地盘，扩张势力。即如军政府里两位元帅，就根本不服孙中山，他们甚至不接受元帅称号，使大元帅成为一个光杆司令。问题的关键就是孙中山没有兵权。章太炎除了为孙中山起草《大元帅就职宣言》以外，主要工作就是说服军阀们拥护军政府。
章太炎很有些“知其不可为而为之”的劲头。他到云南，唐继尧对他的欢迎十分隆重，排场很大，宴会很多也很丰盛，但就是不同他谈实际问题，气得章太炎要收拾行囊打道回府，并声言与唐绝交。到了这个份上，唐继尧才勉强接受元帅信，不过依然按兵不动。
章太炎心灰意冷，天天以酒浇愁，后来干脆放浪山水，畅游西南诸省。
他讽刺性地模仿唐继尧的派头，做一面大旗，比唐的旗子大出三分之一，上写“大元帅府秘书长”七个字，让一个彪形大汉举着走在队伍前面。
1918年1月初，章太炎特意来到四川省巴县邹容的家乡。民国初立时，邹容已被中华民国政府追赠大将军称号，巴县县城还立了祠堂。章太炎在祠堂里看到小弟弟的画像时，禁不住热泪纵横。
还在途中，章太炎就听说军阀们勾结起来，改组了护法军政府，孙中山已经失去领导地位。章太炎一片救国的苦心，此时都成灰烬，遂打道回府，决意以讲学终了一生。
当他回到上海时，正好碰上唐继尧的特使李宗黄。在孙中山欢迎李宗黄的宴会上，章太炎怒气未消，与李争吵起来。
孙中山希望唐继尧尽快出兵，会师武汉。李宗黄向大家解释他们的种种难处。突然，章太炎骂道：“唐继尧算什么东西？色厉内荏，目光短浅，只知道保存实力，妄想独霸西南。我看他和北洋军阀是一路货！”
满座皆惊。
孙中山为了顾全李宗黄的面子，想劝劝章太炎，他刚要说话，章太炎又骂上了：“唐继尧真不是东西！首鼠两端，饥附饱扬，我拿他比北洋军阀，那是我抬举他！”他越骂越起劲，从唐继尧及其军队扩大到云南全省：“云南人，只知道有个云南，不知道有国家！”
李宗黄忍无可忍，叫道：“老章，我要和你决斗！”
“你算什么东西？你有什么资格和我决斗！”章太炎回击道。
李宗黄抓起一个盘子，向章太炎头上砸去，并且大声嚷嚷：“砸死你，我抵命！”幸好没有打中。大家将两人拉开，一番劝解。章太炎愤然离席。
事后，孙中山对李宗黄解释说，太炎这个人无人不骂，本性如此，他自己也多次领教过的。
章太炎周游“列国”，唇焦舌敝，劳而无功，深感失望。随之与张继等人大力鼓吹“联省自治”——从各省自治开始，逐步实行联省自治。他在《各省自治共保全国领土说》中指出：“今所最痛心者，莫如中央集权，借款卖国，驻防贪横，浚民以生，自非各省自治，则必沦胥以尽。为此计者，内以自卫土著之人民，外以共保全国之领土，卫人民则无害于统一，保领土则且足以维持统一矣。野心侵略之人，必以此为分裂，是何谓也？岂其心不愿分权于国人，而愿分权于敌人耶？”
各地实力派求之不得，立即响应，湘、川、粤等地很快实行。
其实，章太炎并不反对统一，他反对的是中央集权。
这当然与孙中山的观念相悖。孙中山主张统一中国。1922年，孙中山举兵北伐，由于陈炯明反对而中止。但次年1月，又在上海发表“和平统一宣言”，主张直系、奉系、皖系各大势力互相提携，暂时划疆自守，互不干涉，以企统一之成。北方军阀吴佩孚挥师南下，狠狠教训了主张“联省自治”的湘鄂川势力。同时，孙中山在南方成立大元帅大本营、建立黄埔军校，厉兵秣马图谋北伐。
章太炎对孙中山的举动很不满，怒斥说“广东帅府之欲以武力统一西南，亦西南之吴佩孚也”。
1924年1月，国民党在广州举行第一次全国代表大会，决定改组国民党，允许共产党员加入。对此，国民党右派极力反对。这一年冬天，右派人物聚集在章太炎的上海寓所商议对策。由章太炎领衔署名发表《护党救国宣言》，公开反对孙中山的容共主张。翌年又组织“辛亥同志俱乐部”，试图联合光复会、共进会、同盟会的“老革命同志”，对抗改组后的国民党。
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