东南的军阀孙传芳恢复古礼，推举反对新文化的章太炎为礼制会会长。章太炎“当仁不让”，有滋有味地做起来。这些举动受到一些弟子的批评。鲁迅说他原是拉车前进的好身手，腿肚大，臂膊也粗。现在虽然仍在拉，却是拉车屁股向后。
周作人更是不客气，模仿章老师多年前跟俞樾老先生决裂时的样子，写了一篇《谢本师》，表示自己不再是章门弟子了。
章太炎竭力反对白话文。事实上，他早年也提倡过白
话文。
章太炎晚年，一反早期反对孔孟之道的观点，在报刊上公开撰文，说以前批孔是偏激之言，现在十分后悔，“前声已放，驷不及舌”。他号召青年们尊孔读经，称读经“有千利无一弊”。
他的学生中，有的不赞成新文化，如黄侃，有的却是新文化的提倡者，如钱玄同、鲁迅、周作人。
黄侃在北京大学当教授，与胡适同事，经常唇枪舌剑地争论。有一次他见到胡适，调侃说，胡适提倡白话文不是真心，要是真心的话，就不该叫胡适，而应该用白话叫作“往哪里去？”
胡适的《中国哲学史大纲》，使用了新式标点符号，出版后送给章太炎一本，恭恭敬敬地写上“太炎先生指谬 胡适敬赠”。章太炎收到书一看，自己的名字旁边画了一条黑线，大怒道：“胡适是什么东西！竟敢在我姓名上胡抹乱画！”但往下看，见胡适名字旁也有一条黑线，才略略释然，说是互相抵消了。
章太炎在军阀割据的中国周游了一段后，心灰意懒，加之身体不好，就闭门不出，读书自娱。政界的一切邀请，他都谢绝。唯是讲学的请求，打动了他的心，这是他的本业。
南京政府派人送来一万元钱，说是给他治病。他本来对蒋介石的政府没有好感，不想要这钱。后来想个办法，“取诸政府，还诸大众”，用这笔钱开办“章氏国学讲习会”，出版《制言》杂志。
讲习会的学生来自全国20多个省、市，约有百来人，年龄最大的73岁，最小的18岁。章太炎任主讲，弟子朱希祖等为讲师。讲学的章太炎常常达到忘我的状态。他讲课十分认真，一次写黑板时，误以手里的纸烟为粉笔，写完以后，坐下来讲，又拿起粉笔当纸烟，放在嘴里狂吸。引得学生们哄堂大笑。
章太炎在日常生活中健忘，甚至连自己的家庭住址都记不住。在上海时，有一次他坐上人力车，对车夫说“回家”，却说不清家在哪里，结果满大街转了几个时辰，由家里派出许多人才找到他。但学问上的细节，他却记得很清楚。而且在大是大非问题上，章太炎不糊涂。晚年讲学时，中国国运衰微，国内战争不断，日本帝国主义已经侵占了东三省，狼子野心，昭然若揭。章太炎对这个侵略狂早有认识，在日本时，日本人请他写字，他总是抄录《孟子》里“逢蒙学射于羿而杀羿”一段，警告他们不要忘了自己老师的恩德。这时，他对国民政府的不抵抗政策非常不满，经常提出批评，并指名道姓斥责蒋介石，说他“爱国家不如爱自身，爱自身人格尤不如爱自身之性命”。他还联合其他一些社会知名人士，发表宣言，要求政府对日宣战。因为他在国民中声望很高，又是民国的元老，政府也得让他三分。
当十九路军抗击侵略上海的日军，取得胜利的消息传来，章太炎感到振奋，立即写下《书十九路军御日本事》，高度赞扬将士们的爱国热情和顽强战斗精神。因为十九路军将士多是广东人，所以，这次战斗阵亡的将士后来迁葬到广州黄花岗烈士墓附近。章太炎写了《十九路军死难将士公墓表》，认为黄花岗七十二烈士是为缔造民国而牺牲，十九路军将士为保卫国家捐躯，二者的不朽功勋正可以互相映照。
当国难临头，章太炎还拖着病躯，到北平见撤出东三省的张学良，要求他守土抗战。当北平学生为抗战请愿遭军警逮捕、殴打时，他致电军事当局，要求保护学生。上海的学生乘火车到南京请愿，路过苏州时，他派自己的学生带着面包水果，到车站慰问。他留给家人的遗嘱只有两句：“设有异族入主中夏，世世子孙毋食其官禄。”
进入1936年，章太炎的身体已很虚弱，有时气喘发作，饭也不能吃，他还要去上课。夫人劝他休息，他说：“饭可不食，书仍要讲。”6月初的一天，他在院内散步时，突然昏倒，从此卧床不起，十天后辞世，享年67岁。
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