蔡元培对于现代中国的巨大贡献，主要在大学教育。蔡先生的大学理念，在1930年为《教育大辞书》而撰写的《大学教育》中，已得到系统的表述；至于其实现程度，则不妨参照1919年自撰的《传略（上）》。有趣的是，二者均以“思想自由”与“兼容并包”为中心来展开论述。
在《大学教育》中，蔡先生强调大学生多能自治，学校不妨放任，此乃大学与中学的根本区别。这两个判断互相依存：既然学生有判断是非的能力，大学因而不该垄断思想；大学鼓励自由思考，学生因而得以独立判断：
近代思想自由之公例，既被公认，能完全实现之者，厥惟大学。大学教员所发表之思想，不但不受任何宗教或政党之拘束，亦不受任何著名学者之牵制。苟其确有所见，而言之成理，则虽在一校中，两相反对之学说，不妨同时并行，而一任学生之比较而选择，此大学之所以为大也。《大学教育》，《蔡元培全集》第五卷507—508页，北京：中华书局，1988年。
这是个很简单的命题，可真正实行起来，却不容易。因其牵涉到现代教育的目的、民族国家的权威、意识形态的控制等，绝非只是校园里湖面上随意泛起的涟漪。就像蔡先生说的，之所以允许“两相反对之学说”并存，除了信任大学生独立思考的能力，更包括对于正常的学术竞争与思想激荡的理解。“我素信学术上的派别是相对的，不是绝对的。”《我在北京大学的经历》，《蔡元培全集》第六卷351页，北京：中华书局，1988年。并置多种学说，允许学生“比较而选择”，将此作为大学教育改革的核心，乃是基于对传统中国思想缺陷的思考。
在1919年8月所写的《传略（上）》中，蔡校长迅速将其治理北大的经验理论化，于张扬其大学理念的同时，表达了宏大理想，即，改造传统中国思想界“定于一尊”的思维方式：
孑民以大学为囊括大典包罗众家之学府，无论何种学派，苟其持之有故，言之成理者，兼容并包，听其自由发展，曾于《北京大学月刊》之发刊词中详言之。然中国素无思想自由之习惯，每好以己派压制他派，执持成见，加酿嘲辞，遂有林琴南君诘问之函，孑民据理答之。《传略（上）》，《蔡元培全集》第三卷332页，北京：中华书局，1984年。
同样是强调“兼容并包”，上面提及的《〈北京大学月刊〉发刊词》与《致〈公言报〉函并答林琴南函》略有区别参见《蔡元培全集》第三卷210—212页、267—272页。。前者讲的是“兼容”不同学术流派，如哲学之唯心论与唯物论、文学之写实派与理想派、伦理学之动机论与功利论、宇宙论之乐天观与厌世观；后者则突出“兼容”不同政治主张，即大学教员以学术造诣为主，并不限制其校外活动。而“吾国承数千年学术专制之积习，常好以见闻所及，持一孔之论”《〈北京大学月刊〉发刊词》，《蔡元培全集》第三卷211页。，对于持异议者，轻者逐出教席，重者消灭肉体。如今，借助于引进西方的大学体制，蔡先生希望建立得以自由思想的“安全岛”。
蔡元培《自写年谱长编》手稿借用以赛亚·伯林（Isaiah Berlin）《自由四书·两种自由概念》的说法，“兼容并包”乃是一种“消极自由”，其特征在于保证不同学说得以自由表述。在中国的特殊语境中，制度性的“兼容并包”，比个人性的“思想自由”，或许更难实现。这才能理解为何蔡元培在论述“对于学说，仿世界各大学通例，循‘思想自由’原则，取兼容并包主义”时《致〈公言报〉函并答林琴南函》，《蔡元培全集》第三卷271页。，往往强调的是后者。1945年11月，清华大学校长梅贻琦在《日记》中写下这么一段话，可与蔡元培的上述说法相参照：
对于校局，则以为应追随蔡孑民先生兼容并包的态度，以克尽学术自由之使命。昔日之所谓新旧，今日之所谓左右，其在学校应均予以自由探讨之机会，情况正同。此昔日北大之所以为北大，而将来清华之为清华，正应于此注意也。参见黄延复、马相武编著《梅贻琦与清华大学》（太原：山西教育出版社，1995年）331页，此则收入“梅贻琦文稿选录”的日记，被冠以《对战后清华发展之理想》文题。
作为大学校长，蔡、梅二君都深知，能否“兼容并包”，对于大学来说，“生死攸关”。所谓吸引大师，所谓专深学术，所谓独立思考，没有制度性的“兼容并包”作为后盾，根本无法实现。
大学为什么需要兼容并包？鼓励学术创造、便于学生选择、承认真理的相对性等，固然可以算作答案。但是，在蔡元培心目中，最重要的，还是如何拒绝党派或教会的压制，以保持教育的相对独立性。这一思路，与蔡先生游学德国的经历大有关系。
论及大学的相对独立性，蔡元培常以德国为佐证。“五四”运动爆发，蔡校长为抗议政府的镇压爱国学生而辞职。在《不肯再任北大校长的宣言》中，蔡先生称：“我绝对不能再作不自由的大学校长：思想自由，是世界大学的通例。德意志帝政时代，是世界著名开明专制的国，他的大学何等自由。那美、法等国，更不必说了。”《不肯再任北大校长的宣言》，《蔡元培全集》第三卷298页。三个月后，在全体师生的强烈要求下，蔡校长回校复职，其《回任北大校长在全体学生欢迎会上的演说词》曰：“诸君都知道，德国革命以前是很专制的，但是他的大学是极端的平民主义；他的校长与各科学长，都是每年更迭一次，由教授会公举的……这是何等精神呵！”《回任北大校长在全体学生欢迎会上的演说词》，《蔡元培全集》第三卷341页。以德国教育为参照系，强调即便政治专制的国家，大学也有相对的独立与自由。蔡校长之组织教授评议会，鼓励学生开展社团活动，反对党派或政府直接控制校园，都是力图在制度上保证大学的“平民主义”与“兼容并包”。
“五四”新文化运动时期，追慕德国大学的独立与自由风气的，并非只有蔡元培一人。除了留学生的实地考察，翻译著作的流行，也是理解德国大学精神的重要途径。1916年商务印书馆出版的《德国教育之精神》（吉田熊次著，华文祺等编译），对传播德国大学理念，起过不小的作用。该书介绍德国大学生平日的自由散漫与关键时刻的爱国激情，与日后北大学生的行为颇为相类——尽管二者并非直接的师承。书中这样谈论“真为自由之神境”的德国大学：
德国大学之教育主义，可以自由研究四字尽之。德之学校教育，本施极严肃之教育，唯大学则全然不同，而施无制限之自由主义教育。大学教授得以己所欲讲者讲之，大学学生亦得学己之所欲学，潜心于己所欲研究之问题，遂以是为学制而公认之。吉田熊次著、华文祺等编译：《德国教育之精神》19页，上海：商务印书馆，1916年。
这种教授讲课与学生听课的绝对自由，背后蕴涵的是对于学海无涯的理解、对于个体选择的尊重，以及对于独立思考的推崇。在蔡元培建构北大传统的过程中，德国大学作为重要的理论资源，曾发挥了很大作用。
制度是由人建立起来的，同样借鉴德国学制，清廷看中的是其“保帝国之统一”《学部奏请宣示教育宗旨折》，见舒新城编《中国近代教育史资料》上册221页，北京：人民教育出版社，1961年。，蔡元培欣赏的却是保证教授与学生“自由研究”。几乎所有关于蔡氏教育思想的著述，都会论及其“兼容并包”。我想追究的是，除了德国大学的榜样外，还有什么因素，促使其成功地建立起老北大值得自豪的传统。
个人魅力无疑不可忽视。作为老革命党的蔡元培，在民初政局举足轻重，乃首任教育总长。这一资历，非绝大多数局限于校园的教育家可比。前清的翰林、民国的部长，再加上曾留学德、法，新旧两派都对蔡先生青眼相加。有学问，能办事，地位高且为人谦和，蔡元培几乎得到各种不同政治理想的人士共同的推许，这在“城头变幻大王旗”的时代，实在是个奇迹。
作为一种教育理想，“兼容并包”并非蔡元培的“独得之秘”；可只有他学得最像，也用得最好。这就不能不归功于其个人气质。很多人都提到蔡先生性情的宽厚、温润、恬淡、从容，很有主见，但从不咄咄逼人。无疑，所有这些，都有利于其主持校政时之“兼容并包”。众多评述中，梁漱溟的说法最精彩。在《纪念蔡元培先生》一文中，梁氏称：
关于蔡先生兼容并包之量，时下论者多能言之，但我愿指出说明的：蔡先生除了他意识到办大学需要如此之外，更要紧的乃在他天性上具有多方面的爱好，极广博的兴趣。意识到此一需要，而后兼容并包，不免是人为的（伪的）；天性上喜欢如此，方是自然的（真的）。有意的兼容并包是可学的，出于性情之自然是不可学的。有意兼容并包，不一定兼容并包的了；唯出于真爱好，而后人家乃乐于为他所包容，而后尽管复杂却维系得住。——这方是真器局，真度量。梁漱溟：《纪念蔡元培先生》，《忆往谈旧录》89页，北京：中国文史出版社，1987年。
冯友兰的说法略有不同，不过意思相通，都是着眼于蔡元培“极高明而道中庸”的人格修养。“蔡先生的教育有两大端，一个是春风化雨，一个是兼容并包。依我的经验，兼容并包并不算难，春风化雨可真是太难了。”“春风化雨是从教育者本人的精神境界发出来的作用”，因而很难模仿，也无法弄虚作假冯友兰：《我所认识的蔡孑民先生》，见陈平原、郑勇编《追忆蔡元培》168页，北京：中国广播电视出版社，1997年。。首先是人格魅力，而后才是学识、才情、地位等，否则便无法理解，为何那么多“恃才傲物”的北大人，唯独对蔡校长心服口服。
蔡元培对现代大学的理解，一是兼容百家，二是专深学术，此举既关思想，也及教育。百年中国，有独立的大学理念，而且能够真正付诸实施的，不敢说仅此一家，但蔡元培无疑是最出色的。这是因为，有其位者不一定有其识，有其识者不一定有其位；有其位有其识者，不一定有其时——集天时地利人和于一身，才可能有蔡元培出长北大时之挥洒自如。康有为之追求速成，乃典型的政治家思路；章太炎之壁立千仞，可以成为文人追忆的目标；蒋梦麟的一丝不苟，有能力办好任何一所学校——唯有蔡元培那样的学识、胸襟、性格、才情，方能够胜任建构“北大传统”那样的伟业。
作为大学校长，真的要“循思想自由原则，取兼容并包主义”，并非易事。既须对抗社会的压力，又要建立内部的秩序，“众声喧哗”而又“有条不紊”，方才是大学的理想状态。不只是组织结构上的东西兼容、新旧并包、少长咸集，更重要的是如何最大限度地调动各方的积极性，以达其自由思考、专深研究之目的。这里，大学校长的学识与兴趣，起重要的作用。
能容纳异己，固然是一种美德，但作为大学校长，这远远不够。因为，假如无法判断何种学说“言之成理”，一味“兼容”，大学将成为千奇百怪无所不有的“杂货铺”，根本无法承担培养高深人才并引导学术进步的责任。作为大学校长的蔡元培，其难能可贵之处在于，能够准确判断不同思想学说的价值，并确定或听其自然、或适当支持、或大力提倡的发展战略。设想蔡校长之主持校政，只是“一碗水端平”，未免低估了其对于新文化运动的促进作用。
蔡元培入主北京大学后，以文科作为推行改革的突破口，对此，史家一般解释为“文科教员中，顽固守旧的多，是北大前进的障碍”参见萧超然《北京大学与五四运动》73页，北京大学出版社，1986年。。其实，蔡元培长校以前的北大文科，已有不少主张改革的教员，绝非只是“前进的障碍”参见拙著《老北大的故事》12—14页，南京：江苏文艺出版社，1998年。。蔡校长此举之深谋远虑，起码可以如此解说：首先，北大以文理两科为中心，理科起步不久，文科则实力雄厚；其次，重点建设理科，所需经费远比改造文科要大得多，非当时窘迫的学校财政所能承担；再次，就对时代思潮及社会风尚的影响而言，文科无疑更直接，也更有效——假如当初蔡校长首先经营理科，北大不可能两三年内焕然一新，并引领时代潮流；最后一点，也许最重要，即，改造文科，乃在校长本人的兴趣及能力范围之内。
想想当初的调兵遣将（尤其是选聘陈独秀、胡适、周作人、刘半农等文科教授），以及办杂志、组团体、改课程、倡美育等，所有影响北大整体面貌的重大举措，都是蔡元培亲自决断。蔡校长对于理科的情况不太熟悉，至于工科和商科，则主张将其转出北大。毫无疑问，蔡元培的执掌北大，主要精力集中在文科。值得注意的是，文科的各门知识，蔡先生均曾大致涉猎，如何改革，基本上成竹在胸。换一个工科、理科出身的人，或只是文科某一专业的顶尖人才出任校长，很难像蔡元培那样准确把握时机，全面出击，一举奠定此后几十年北大的基本格局。
后世的研究者，细数蔡元培在北大所从事的改革，无不惊讶其动作幅度之大、推进速度之快，而且大都“一步到位”，从不拖泥带水。此前十多年的教学经验及管理实践，以及留学时的深思熟虑，使得蔡元培出长北大后，能够运筹帷幄，指挥若定。除此之外，我还想强调蔡元培极为广泛的学术兴趣。
在德国莱比锡大学游学三年，蔡先生“于哲学、文学、文明史、人类学之讲义，凡时间不冲突者，皆听之。尤注重于实验心理学及美学”《传略（上）》，《蔡元培全集》第三卷327页。。年近七十时，蔡先生撰写《假如我的年纪回到二十岁》，自述平生读书兴趣及遗憾：
我若能回到二十岁，我一定要多学几种外国语，自英语、意大利语而外，希腊文与梵文，也要学的；要补习自然科学，然后专治我喜爱的美学及世界美术史。《假如我的年纪回到二十岁》，《蔡元培全集》第六卷522页。
像蔡元培那样热爱知识手不释卷的政要名流，在现代中国，还能找到一些；但像他那样涉猎众多学科，而且长久保持浓厚兴趣的，几乎可以说是绝无仅有。
学术兴趣过于广泛，对于专家学者来说，不一定是好事，弄不好变得汗漫无归；而对于大学校长来说，却是一大优势，不如此，何以判断不同思想学说的价值？出于景仰之心，许多追忆蔡先生的文章，论及其学识，多“溢美之辞”。如李济先生说：
元培先生在清朝时做到翰林的官，国学根基之好，自然不必提了。而且又到欧洲德、法等国留学，对于西方的科学和学术大势，了如指掌，中西学术的造诣，使他的学问既博大，又精深。李济：《融会中西学术的大师》，见陈平原、郑勇编《追忆蔡元培》405页。
蔡先生的学问，“博大”是真的，“精深”则未必。王云五同样赞许蔡元培的学识广博，遍及新旧中西、人文社科各领域，并称蔡先生65岁生日时，中央研究院同人祝寿：
萃中土文教之精华于身内，
泛西方哲思之蔓衍于物外。王云五：《蔡孑民先生的贡献》，《东方杂志》37卷8号，1940年4月。
兼及“中土文教”与“西方哲思”，确实是蔡校长的一大特色，不过，更应该赞许的是其视野广阔，而不是其成绩卓著。在20世纪的中国学界，谈论文学、史学、哲学、伦理学等，蔡元培均非首选，其若干著述，也并非不可替代。可这丝毫不影响蔡元培在现代中国思想史上的卓越地位。
现代学术的发展日益趋于专门化，因此，专家易得，通才难求。总揽大学全局的校长，需要的恰好是“通才”而非“专家”。看看蔡校长兴趣盎然地谈论文学、史学、哲学、美术、音乐、政治、伦理、教育等，而且全都具备“高等常识”，你不能不佩服。这样的大学校长，方才配谈“兼容并包”。学识渊博而且兴趣广泛，才能有学术上的前瞻性与判断力，所谓“识鉴”，所谓“气度”，均以此为基础。
谈论蔡元培的成功，其实，还有一点不能忽视，那便是时代的需求。蔡元培长校北大的十年，恰好是清廷已被推翻，民国根基尚未稳固，乱哄哄你方唱罢我登场的时候。军阀混战，教育经费无着，令大学校长极为头痛。但事情也有另一面，那便是处此新旧转化之际，没有不可逾越的边界，也没有不可挑战的权威，乃“尝试”各种新制度的最佳时刻。
蔡元培之提倡“兼容并包”，与其教育独立的理想密切相关。在蔡先生看来，“教育事业当完全交与教育家，保有独立的资格，毫不受各派政党或各派教会的影响”《教育独立议》，《蔡元培全集》第四卷177页，北京：中华书局，1984年。。理由是，教育追求远效，而政党的政策是谋求近功，二者很难步调一致。这是蔡校长坚决保护大学独立思考权利的“底牌”；也正是在这一点上，蔡校长的努力到达了极限。
北洋军阀时期，蔡元培可以借助自己的名望、社会舆论的压力，以及南方政治和军事力量的牵制，某种程度上保持了北大的独立。最严重的时候，甚至公开宣布：“与北京政府划断直接联系，而别组董事会以经营之”；“大学教授由本校聘请，与北京政府无直接联系，但使经费有着，尽可独立进行”；“政客官僚摧残教育之计划且方兴未已”，“若不急筹高等教育独立之良法，势必同归于尽”参阅《致北大教职员函》、《致北大学生函》、《致北京国立各校教职员联席会议函》，见《蔡元培全集》第四卷326—329页。。以上激烈的言辞，虽然只是一时的悬想，也可见其时北方政府之缺乏权威。
北伐成功，国民党统一中国，开始推行“党化教育”，教育界的情况于是发生了根本性的变化。不只是“教育独立”的口号被禁止，连大学课程的设置也都必须接受审查，教授治校的有效性受到了严峻的挑战，自由表达政见的文化空间也岌岌可危。不识时务的胡适，继续“妄谈人权”、“批评党国”，受到了政府的严重警告，险些儿被“肉体解决”。蔡元培名气更大，地位也更高，可照样无法挽狂澜于既倒。
值得庆幸的是，从1927年7月起，蔡先生不再担任北大的校长。这么一来，“蔡元培的北大”，基本上做到了首尾一致。
1917至1927年，就在这新旧权威交接的空当儿，出任北大校长的蔡元培，得以大展宏图，不只开启了“五四”新文化的大潮，而且为中国带来了“兼容并包”的大学理念。
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