黑水国遗址以两座古城和极多的汉晋古墓著称于世。黑水国遗址的汉墓群于1957年由甘肃省人民委员会公布为省级文物保护单位，又于1963年重新核定公布为省级文物保护单位，1983年，甘肃省人民政府将墓群和南北两城并列公布为省级文物保护单位。经过1990年至1996年期间的详细考察，遗址内含古墓群、古城址、古屯庄、史前文化遗址（灰坑）、汉代建筑遗迹、古寺院遗址以及古代居住、耕地等遗迹，内涵极为丰富，各类遗址集中在16平方公里的范围内。
以黑水国遗址为中心，四周分布着较多的汉晋古墓群，以南有明永墓群，永和墓群，乱河湾墓群，孙家闸、武家闸墓群，直至南7公里的甘浚乡一带也有墓群分布，向西有燎烟墓群、五个墩墓群，北至平原堡一带也有零星古墓的分布，312国道以北的明永砖场、国道以南的大片区域，东至台地边沿的下崖子古墓最为密集，曾出土了不少珍贵文物。20世纪90年代，学者对该区域进行全面考察，在黑水国遗址集中区（后称黑水国区域）采集到史前文物及标本约2000件，其中大量散布在史前文化遗址上的细石器，有着极高的史学价值。
黑水国区域是张掖境内的一个特殊生态环境，它的价值主要体现在丰富的文化遗产上面，它留下了4000年前人类生活生产的翔实资料，并且，它保存了两千年来人类社会在这里从事的政治、军事、经济、文化活动的丰富实物，包括汉唐古城、大型建筑遗址、古代寺院遗址、唐明时期完整的驿站建筑布局、明代壁画、明代耕地等，黑水国区域内众多的遗址和墓葬形成一个庞大的地下文物宝库，因此被文物界专家誉为“一块宝地”，2001年被国务院公布列为全国重点文物保护单位。
历史上，由于人们对黑水国区域缺乏正确的认识，以致出现诸多传说，使黑水国罩上了一层神秘色彩。20世纪40年代，考古学界开始了对黑水国区域的考察和研究。随后，对黑水国的调查研究处于停滞，直至20世纪90年代仍停留在对黑水国古城址历史属性的考证。目前看来，黑水国区域为汉代张掖郡郡址这一观点，在学术界已达成共识。经考古调查所知，早在4000年以前，这里已有人类集中地居住和生活。至秦汉之交，月氏人曾一度占有这块土地，后，匈奴强大，击败月氏，月氏族西走大夏，黑水国区域成了匈奴角乐得王的领地。西汉武帝置张掖郡，领十县，郡治所就建在角乐得县，即黑水国区域，汉代的黑水国区域，曾作为张掖郡的政治、经济、文化中心和军事防御体系的关键环节。唐代黑水国区域置巩笔驿，元代沿用，明代设小沙河驿，另有常乐堡，清代废弃。
历史遗存状况表明，黑水国在人类生活生产的历史过程中，曾出现过三个周期性的变化，这就是人类对黑水国自然环境的三次依赖和废弃。第一个周期以人类远离黑水国告终，第二个周期以开发者的墓葬建在沙漠化了的黑水国告终，第三个周期以沙埋古城告终。黑水国无声地展示了人类与自然辩证统一的关系，在绿洲中心出现了一个沙丘突兀的黑水国，是人类在这里不合理开发利用并导致自然法则惩罚的标志。古人云：往者不可谏，来者犹可追。目前，黑水国正处在第四次建设期，如何坚持科学发展观和科学自然观，可持续地开发利用黑水国，正是我们今天所要思考的问题，也是对子孙后代的责任。
在全面介绍黑水国文化遗产与历史变迁之前，很有必要把黑水国名称来源等问题向大家阐述一番。
一、关于黑水国名称的出处
中国正史中没有黑水国这一名称，张掖现存清代早期的两本地方志——《重刊甘镇志》和《甘州府志》中也不存在黑水国的记载。清末袁大化《抚新纪程》一书，记载了当时流传在张掖的一则传说：“相传隋韩世龙守黑水国驻此，有古垒四，去后一夕为风沙所掩，即今沙山也。”查《隋史》并无黑水国记载，也无韩世龙其人。1941年9月，著名文人、书法家于右任来张掖考察，在他的《咏黑水国》诗跋中有“甘州西黑水河岸古址，占地十余里，土人称为黑水国……”的记载。
1944年春，西北科学考察团历史考古组赴河西发掘，著名考古学家阎文儒在《张掖发掘记》中有“城西十三公里之西城驿，今称黑水国”之记载；著名考古学家夏鼐在他的《敦煌考古漫记》中，记述1945年1月6日路过张掖时，“经沙井、黑水国、崖子堡，离甘州约八公里……”以上说明：在清末至民国这一段时间里，“黑水国”之名称在张掖已经被公认了，黑水国名称主要流传于民间。
二、黑水国名称渊源
关于黑水国是哪个民族，在什么时候建立的问题，民国张掖诗人袁定邦曾提出质疑，他在《甘州杂吟》中写到：“此是元明二朝驿，隋家几见建邦来。”在民族关系十分复杂、距离中原王朝偏远的河西，独割一隅，自号天子的现象是正常的。1900年，敦煌莫高窟藏经洞出土大批古代文书，其中包含有若干关于金山国的文献，据王重民、李正宗、杨秀清等先生研究，在公元10世纪初，张承奉曾在敦煌建立“金山国”、“敦煌国”。近到民国期间，在陇东的大山深处，也出现过土匪自号天子、皇帝的事。
查阅《甘州府志》，隋大业年间，吐谷浑两次入寇张掖，随之隋炀帝西巡张掖，至恭帝义宁元年，“张掖康老和举兵反”，可见当时的张掖仍是动荡不安。由此看来，隋代曾有一个叫韩世龙的人自号天子，在这里建立“黑水国”的传说有很大的可靠性。由于“黑水国”不是真正意义上的一个国家政权，并且十分短暂，没有记入正史和地方志书。
三、其他观点与考证
1994年，笔者在《西北史地》发表《汉张掖郡古城址及迁建时代考》一文中，提出“黑水国”名称与北凉国有关。因为张掖本地另有传说：从前黑奴（可能是指羌族）居此地筑城，其地因名“黑水国”。北凉国是由卢水胡人沮渠蒙逊最初在张掖建立的，卢者，黑也。关于“卢水”及“卢水胡”，居延汉简有建武六年（公元30年）甲渠侯官呈河西五郡大将军窦融的一份公文中提到：“属国秦胡、卢水士民，从起兵以来，困愁苦，多流亡在郡县，吏匿亡……”
可见此时张掖郡内已有相当多的“卢水士民”。《后汉书·窦固列传》载：永平十六年（73年），窦固与耿忠“率酒泉、敦煌、张掖甲卒及卢水羌胡万二千骑出酒泉塞”击匈奴，说明张掖之“卢水士民”已可组成一支强硬的军事力量。卢水胡源必出于一地，但似乎有卢水胡人生活过的地区，大都出现“卢水”。因此，在《水经注》中出现“卢水”5条，“黑水”14条。
然而，汉代张掖郡所属的“卢水士民”，毕竟还不足以也将羌谷水称“卢水”或“黑水”。东晋隆安元年（397年）“后凉将沮渠蒙逊叛，滔临松，屯金山”。
《晋书》云：张掖“东南有卢水，亦曰沮渠川”。因此，张掖临松山一带因有过卢水胡人的生活，也出现了“卢水”。隆安五年（401年），“沮渠蒙逊杀段业，自号大都督、北凉州牧，据张掖”。卢水胡人在张掖建立了小国，号北凉，而民间则会俗称之为“卢水国”或“黑水国”。汉人通常称羌为“黑羌”，至今张掖仍有“黑羌川”之名。这样，汉代的“羌谷水”到北凉国时逐渐被称之为“黑水”则是很自然的。
河西学院教授方步和先生关于司马迁笔下的“西城”作过详尽的论述：
《史记·大宛列传》云：“是岁，汉遣骠骑破匈奴西城数万人。”同传又云：“（乌孙昆莫）及壮，使将兵，数有功，单于复以其父之民予昆莫，令长守于西城。”两次提到的“西城”是同一座城。
《汉书·卫青霍去病传》云：“骠骑将军攻祁连山，扬武乎角乐得。”骠骑将军霍去病在此次战役中，俘获三万余人，其中五王、王母、单于阏氏、王子59人，相国、将军、当户、都尉63人，而且提到具体地址——角乐得城，角乐得城就是今天的黑水国城。结合这两条史料分析，同一个时间，都发生在西汉武帝元狩二年（前121年）夏季；同一个主帅，骠骑将军霍去病；战果相同，司马迁说是“数万人”，班固说是“三万余人”，只有地点名称不同，那么，这个“西城”就是“角乐得城”无疑。
西城既是角乐得城，《大宛列传》“单于复以其父之民予昆莫，令长守于西城”，也就是长守在“角乐得城”。角乐得，匈奴语，因匈奴角乐得王而得名。冒顿单于把能征善战的乌则昆莫一手抚养大，并令他长守西城，一方面可以控制他，另一方面也是储备了一支可以随时出击作战的力量。乌孙人曾居住于西城，乌孙虽是“小国”，但也是一国，乌者黑也，住在羌谷水（汉代称黑河为羌谷水）边，西城也就称“黑水国”。这黑水国之名，是否由此辗转而来？乌孙的时间短，但影响很大，乌孙走了，黑水国之名却留传下来了。
四、文学作品与民间故事中的“黑水国”
明代嘉靖福建建阳熊大木所撰《杨家将》“杨宗保兵征西夏”中，多次提到黑水国出兵助西夏的情节。张掖有一则“沙压国都”的故事，讲的就是黑水国国王荒淫无度，最后导致黑水国被沙掩埋。张掖民间一直把黑水国称为“老甘州”，也就是甘州故城或张掖故城。
总之，先秦时期乌孙所建“行国”、汉代的张掖属国、魏晋卢水胡人沮渠蒙逊曾在黑水之滨建北凉国和独霸一方、自封为王的地方势力，在漫长的历史演变中均是形成“黑水国”之称谓的根源。黑水国遗址曾是张掖历史与文明的发祥地，在被重重沙丘封锁之后，自然会诞生许多神奇的传说。
黑水国区域为河流冲积形成，这里地势高，土层厚，且毗邻黑河，是古代人类生产、生活的理想地带。早在4000多年以前，就有原始部落在这里生息繁衍，他们以黑水国区域为相对稳定的居住区及部落首领的统治中心，主要从事农业生产，由于受走廊南北“草原文化”的影响，畜牧业与渔猎在社会生产中也占有很大比重。河西走廊绿洲广阔，河泊纵横，森林茂密，物产丰富，这为他们畜牧和渔猎生产提供了极为便利的自然条件。其生产工具以石器为主，继承了细石器工艺传统，能够随心所欲地打制出各式精细的石器，对石料性能有了系统的理性认识，积累了丰富的经验。他们是我国最早掌握冶炼铜块和制造铜器的部落，但由于生产量极少，铜器还不能够普遍使用。在陶器制作上继承了半山文化传统，图案独具一格，更加美丽。他们以羊为图腾崇拜对象，并体现在陶器造型或衣饰方面。在这个部落中，贫富分化已非常明显，贵族妇女可佩带价值昂贵的绿松石项链，而普通贫民妇女只能佩带陶珠或木珠项链。社会生产出现分工，货币进入流通领域，他们能够去很远的地方交换生产生活资料，由于所处地理位置的特殊，这个部落在东西文化交流中发挥了重要的桥梁作用。“炎帝声教西至三危，帝颛顼西巡至流沙”，“帝尧陶唐氏八十六年，禹导弱水至合黎，余波入于流沙”
等众多的历史传说，说明中原地区与河西氏族部落的交流历史比较早。
黑水国台地为河流冲击形成，土壤以风沙土为主，这种土壤颗粒组成以细沙为主，粘粒含量低，质地轻，有机质含量低，在缺乏植被保护的情况下，经水冲和风力作用极易形成沙浪、沙坝和沙丘。在距今4200年以前，这里曾经是史前人类集中活动的地段，但从文化堆积来看，时间并不太长，直至东周之际，这里没有大规模人类生产生活的迹象，可以说，这是黑水国第一次迈向了间歇期。其原因应该是原始部落集中的生产生活和过分地利用使黑水国植被彻底被破坏，无法适应人类的再生产和再生活。到距今3600年左右，黑水国一带原始部落发展状大，生产力水平得到很大提高，由于本区域自然资源相对贫乏，生态环境遭到严重破坏，土地沙化等因素，他们的生产生活中心逐渐迁到祁连山、胭脂山一带的临河地区，古代史书统称之为西戎，仍以羊为图腾崇拜对象。这表明，从黑水国一带发展状大的部落，社会经济重点向畜牧业倾斜，初步形成一个依赖草原的民族，过着“逐水草而居”的游牧生活。氐羌族是西戎的一部，氐，以羝羱（大角羊）为神，“羌，从羊，西方牧羊人也”。黑水国所代表的以羊为图腾崇拜的部落正是氐羌之祖。
春秋、战国至秦汉之交，河西居民以游牧为主要生产生活方式，一般不会出现较大的遗址，黑水国也便是在这个时期，逐渐得以复活，恢复了以往的葱茏。
东周末期，河西走廊的古氐羌族的某裔最终形成一个强大的，“湩饮肉食，随畜转徙”的月氏族，祁连山以南至湟水流域一带的游牧诸部落仍被称作羌族。河西月氏“控弦十余万”，并建立了国家政权，匈奴冒顿曾“质于其国”。西汉初期，匈奴击破月氏，月氏西走大夏，击大夏而臣之，“其余不能去者，保南山羌，号小月氏”。大部分土著的月氏人被迫西徙，历史上称大月氏，少数月氏人与其同源的南山羌重新联合起来，历史上称这部分月氏人为小月氏。河西尽归匈奴所有，武威一带为休屠王分地，张掖一带为昆邪王分地，黑水国区域属角乐得王子的领地。
匈奴以河西为右地，对汉王朝造成极大的威胁，汉武帝为了断匈奴右臂，先使张骞出西域，欲招大月氏东还，共击匈奴，但月氏定居大夏已无复仇之意。于是，元狩二年（前121年），汉武帝两次派骠骑将军霍去病向河西进军，首次过焉支山千余里，杀匈奴折兰王、卢侯王，获昆邪王子及相国、都尉和休屠王的祭天金人，大获全胜。第二次过居延，再向祁连山进军，“扬武乎角乐得”，击破昆邪王、休屠王所属各部，彻底荡清了河西的匈奴。是年秋季，昆邪王杀休屠王，率众4万余人降汉，汉置五属国（陇西、北地、上郡、朔方、云中）以处之，以河西地置张掖、酒泉二郡。张掖郡治于武威一带，其喻“张国之臂掖”。由于特殊的地理位置和优越的地理环境，张掖郡及角乐得县城便设在黑水国。初设之两郡，以军事占领为主，武威至酒泉千里之地，竟无一人，可见其荒凉。汉王朝为了强化河西军事防御体系，河西设四郡，张掖郡治设于角乐得，张掖郡下辖十县，东至永昌一带，西至高台，另有居延县设于今内蒙古额济纳旗居延海一带。当时的郡县，除戍军、塞卒之外并无农户，于是便从东部和中原地区徙民以充实，其中包括有大量的贫民，还有一部分所谓“奸滑吏民”和一些违犯国法的人（如恶少、不孝、叛逆等），同时，在各县开田官，斥塞卒戍田。汉昭帝始元二年（前85年）再调故吏将屯田张掖郡，逐步提高农业生产，保证军需，由于农业人口极为贫乏，“代田法”
在张掖等边郡得到推广。黑水国区域作为张掖郡及角乐得县治所，逐渐发展成河西走廊中部的政治、军事、经济和文化中心。西汉时，角乐得县挖通了千金渠，西至酒泉乐涫县“入泽中”，千金渠为角乐得乃至张掖郡社会经济的发展起到了很大的推动作用。至东汉时，张掖郡人口猛增，根据汉平帝元始二年（2年）的统计，张掖郡有户24352户，人口76419，平均每县2435户，7641口，作为郡治所的角乐得县，自然高于平均数。
公元9年，王莽改制，改张掖为设屏，角乐得为官式，黑水国区域作为郡县治所未变。东汉初年，窦融任张掖属国都尉，自称河西五郡大将军，为政宽和，河西晏然富殖，匈、羌震服，安定、北地、上郡流人避凶饥者，归之不绝。自西汉昭帝元凤元年（前80年）匈奴大规模入寇张掖郡之后，于公元前54年向汉朝称臣，此后近200年时间内，河西几无战乱之灾。东汉末年，羌人掀起了第一次反抗高潮，数次袭击张掖郡县，但均被镇压。相对稳定的社会环境为张掖经济发展创造了极为优越的条件，河西地区成为汉王朝实施西征北战和镇压民族起义的坚强后盾，动辄发张掖兵出击。从文物遗迹来看，仅张掖二十余处汉墓群均为东汉墓葬，有部分墓葬晚到五凉时期，至今未发现有完整的西汉墓葬。东汉墓葬均为砖券墓室，陪葬品大多为陶明器，也有铜镜、铜钫、铜吊灯、铜弩机和铜明器（如马、灶等），充分显示了东汉时期张掖郡及角乐得县的经济实力。
东汉，张掖郡在角乐得县辖区内构成了严密的军事防御体系，黑水国至张掖塞之间城池相望，黑水国北城业已筑成，今张掖市区的建设已经兴起，而黑水国一带却由于植被破坏、荒沙迭起、墓葬成片等诸多因素，严重影响着人口众多的张掖郡及角乐得县治所的建设和发展，汉安二年（143年），陇西、汉阳、张掖、北地、武威、武都自九月以后，地震180次，“山谷坼裂，坏败城寺；杀害民庶”，随之，张掖发生饥荒，此时，正值诸羌掀起了第一次民族反抗高潮，张掖郡及角乐得县旧城的自然和战争侵害，加上生态环境的再次恶化，迫使张掖郡城不得不另择风水，至魏晋时，张掖郡及角乐得县迁建到今张掖市区，黑水国大片地区沦为墓葬区，汉代城址也没有被利用的迹象，黑水国区域内找不到魏晋时期的建筑遗址，也没有北魏至唐代期间的墓葬，在汉以后，唐以前的史书中也同样找不到关于张掖故城的记载，这说明不是简单的郡城迁建，而是废弃。其废弃的原因同样是土地沙化严重，不宜耕作或居住。通过对魏晋墓葬的发掘可以看出，当时黑水国土地沙化相当严重，部分墓葬建于厚沙之中。汉以后对黑水国的废弃，使之迈向第二次间歇期。曾作为张掖郡城的黑水国沦为墓葬区。
魏晋时期，张掖郡及角乐得县城均由黑水国区域迁建到今张掖市区，黑水国被废弃，大部分土地沦为荒芜的墓葬区，农户主要分布在南、北两侧的临河、临渠地段，黑水国从此销声匿迹，“角乐得”之名称也从此不再使用。新建之县名为永平县，“永平县”的出现，就是张掖郡城迁治的标志。东晋五凉时期，河西兴起筑建大型城池的高潮，曾经作为五凉政权国都的武威、张掖、酒泉、敦煌等城的规模最为庞大，作为建康郡城的骆驼城也是筑于五凉之际，均大于黑水国北城的数倍。五凉城池不仅明显大于汉代城池，而且突破汉代一城一门的格局，形成一城多门的建筑格局。五凉奠定的张掖城，一直延用到唐宋及西夏时期。西魏在张掖置西凉州，后改为甘州，或云以州东甘峻山名，或云以城内甘泉名。后周张掖郡隶凉州，永平县改为张掖县，隋代仍置张掖郡，改张掖县为酒泉县，大业中复作张掖县。
唐代以巩屯驿的出现，标志黑水国开始恢复使用，巩屯驿在唐王朝对西域实施管理的时期内，政令下行，职贡上达，发挥了极为重要的作用。唐代设置了巩屯驿，这是军防的需要，并不能说明黑水国绿洲得到全面恢复利用，因为我们在黑水国区域内极少能够见到唐代遗物，如瓷片等。由于巩屯驿地处汉张掖郡及角乐得县故城一带，“张掖故城”也随之出现在唐代个别史志和作家笔下，著名诗人陈子昂曾旅居巩屯驿，并登上张掖故城，托古抒情，写下了壮怀激烈的诗篇。
开元十五年（727年），河西节度使王君在巩屯驿遭回鹘护输杀害，建中二年（781年），河西陷于吐蕃，大中五年，张议潮收复甘州，河西复归于唐，宣宗大中十年（856年）回鹘庞特勒部进入甘州界，宣宗皇帝册封为怀建可汗，此后甘州回鹘一直向中原王朝称臣，贡献方物。《甘州府志》记载，后晋高居诲《纪行》云：“回纥牙南山百余里，汉小月氏故地，有别号独角山，沙佗即朱邪氏之遗，自甘州西始涉沙碛，无水必载筒以行，甘州人教使者作马蹄木涩，马蹄凿四窾，木涩亦四窾，而缀之驼蹄，则包以牦皮，乃可行。”可见，甘州回鹘的牙帐当时并不在甘州城，而在今马蹄寺、南古城一带。今民乐县有“顺化”之地名，或以顺化可汗名。回鹘信奉佛教，《宋史·外国传》记载：甘州回鹘“熙宁元年入贡，求买金字《大般若经》，以墨本赐之”。回鹘占领张掖期间，甘州城非其政治、军事中心，所以也没有在此建造佛教寺院，黑水国没有被利用和建设的迹象。到了宋代，黑水国的耕作又如火如荼地发展了起来，宋代遗物随处可见，西夏遗物也不乏其例，大量的宋代遗存充分说明，继巩屯驿设置之后，民间在该区域的活动逐渐频繁。至宋仁宗天圣六年（1028年），西夏击甘州回鹘，取之，回鹘占领张掖历唐、五代、北宋共190余年。西夏在张掖设镇夷郡、宣化府，对黑水国的恢复使用也逐渐迈入高潮，黑水国南城巨大的敌角应为西夏时所筑，由于西夏史料极为贫乏，我们目前还不能搞清楚唐之巩屯驿在西夏作何之用，黑水国古寺院最晚在西夏之时已初具规模。
南宋宝庆二年，西夏宝义元年（1226年），成吉思汗率大军挺进河西，遣将军察罕攻破甘州城，至元七年（1271年），忽必烈正式建国号为大元，至元十八年，设甘肃行省于张掖。元初较为重视河西农业发展，兴修水利，广开屯田，黑水国一带的土地得到全面开垦，旧塔儿渠已经修成。元代在这里再次设置了驿站，大量的站户在黑水国开展耕作。南城西郊的大型汉代建筑遗址周围，有许多汉砖瓦块堆积，这是开展耕作时被收集堆成的，汉张掖郡及角乐得县原始的城址很有可能在宋元之际遭到彻底的破坏。
元代在黑水国的定居站户逐渐形成村落，黑水国北城重新恢复使用。元代对站赤（驿站）管理有了很大的加强和提高，《甘州府志·世纪》记载：“至元十年，赈甘州诸驿。”“十八年，敕甘州诸投下户，依民例就站役。”“成宗元贞三年，赈驿户。”“大德七年，括站户，时站户多依贵势避役，而僧人隐匿尤多……有言于朝者，诏括检之……自是驿递一清。”“延祐六年，敕甘肃军官致仕还家者，官给驿传如民官例。”以上史料表明，元代张掖已有一个庞大的站户阶层从事邮政。英宗至治二年（1322年），在黑水国设置了八剌哈孙驿，民间或称西城驿，西城驿在唐代巩屯驿的基础上，对部分城墙进行了加固维修，大量站户就居住在黑水国区域内，兼农耕之作。西夏以后，黑水国古佛寺香火旺盛，成为黑水国重要的宗教活动场所，北城在元代已开始被恢复利用。
明洪武五年（1372年），朱元璋命冯胜为征西将军，攻取甘州，后于张掖设陕西行都指挥使司等，甘州设五卫。依西城驿旧城设小沙河驿，隶属中卫，有“甲军五十一名，马骡驴四十七匹头”。明代对黑水国南城经过全面维修，增添了护门墩，城内的邮驿建筑更加完善，设施更加齐全，元明之际，黑水国另有佛教寺院，供站户及其他农户供养膜拜，从事宗教活动，这一切充分说明了黑水国的再度繁荣。在城堡内也仿照民堡的形式，建有寺庙。在元代屯耕农户和站户的基础上，黑水国到明代形成一个较大的村落，而居户主要集中在北城周围。北城为汉代所筑，明代经过加固维修，增添敌角，建成新的常乐堡，与小沙河驿（南城）一样，在直对城门的城墙内侧筑台建庙。
唐宋以来对黑水国的大面积开垦和利用，再次破坏了本地区的植被，逐渐引起环境的恶化，明代后期黑水国区域渐呈废弃状态。《甘州府志》记载：“正德十六年（1521年）十二月辛卯，甘州行都司狂风，坏官民庐舍、树木无算。”“嘉靖二十六年（1547年）七月乙丑，甘州五卫风霾昼晦，色赤复黄”。黑水国现有的大沙丘，在明代后期已经形成，清代常乐堡的消失，小沙河驿的废弃以及被沙丘掩埋的耕地充分证明了这一点。明代后期，张掖多有地震，《甘州府志》及张掖大佛寺卧佛腹内的铅牌均有较多的记载，仅万历以后发生地震有4次，残酷的自然灾害和战乱不休的社会环境，终于使地处走廊交通要道的黑水国古城第三次废弃。古堡、驿站、寺院的所有建筑被拆毁，黑水国成了人类生产生活的禁地，许多神奇、恐怖的传说由此而生。经过数百年之后，这里彻底被人们遗忘，昔日的佛塔也渐渐被人们称之为驴丘墩。
至清代，西行路线不再经过南城，向北移至南北二城之间，这里仍有家（夹）店铺之置。黑水国第三次迈入间歇期，驿站及堡寨、耕地均被废弃，农户移入他地。
黑水国区域的自然环境何以死而复生呢？原来黑水国沙地不同于其他大型沙漠地，处于张掖绿洲中心。气候较湿润，地下潮湿，地表停止扰动，即可形成沙草植被。沙丘较干燥，一般不会形成自然植被，受风力作用，沙土流向低凹地段，被植物固定下来，形成新的地表植被土壤。这样沙丘逐渐平坦，植被得以恢复；植物日益繁多，新陈代谢，土壤肥力不断提高，有机质及全氮含量增加，便形成可耕作的理想土壤。
我们可以对黑水国的绿洲变化及废弃时间的持续来探索一点规律：黑水国马厂文化堆积层最厚处不到2米，文化性质最后发展到接近齐家文化或四坝文化（火烧沟文化）类型，可推断史前部落在这里生存时间约400年左右，最长不过500年，之后进入游牧文化时期，启用约1800年；两汉之际设郡县于此，至魏晋迁治，利用时间大致从元狩二年（前121年）开始至献帝延康元年（220年）共340年；至唐代启用，废弃时间约为400年；至明末废弃（1644年）利用时间约为1000年；清代至今，废弃时间为350年。可持续利用时间呈上升趋势，这与人类生产力提高，大面积灌溉农田等因素有关。
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