在忽必烈统治时期，整个元朝的版图是现在中国的三倍之多，包括亚洲及欧洲的东部，疆域之广，前所未有。这个王朝在整个欧亚非世界里无人能及。如此盛况，普天之下，无与争锋。
行省制度的创立
元朝的前身是成吉思汗至蒙哥统治时期的大蒙古国。他的最高统治者的称号是“合罕”或者是“大汗”。
随着对外的征伐，大蒙古国的统治范围不断扩大，新征服地区的政治背景、经济、文化与蒙古草原不同，统治方式、机构也必然随之发生变化。
蒙古国建立时，在草原地区实行分封制，自大汗至诸王、千户，各有本部的游牧范围。千户是政治、经济、军事三位一体的社会组织，是国家的基层行政单位。其长官千户长既是行政长官，也是本单位的军事首脑。他们平时组织本千户的生产，管理本千户的行政事务，战时，应大汗的征召率领本千户的军士出征。
大汗任命了左、右手和中军三个万户长，他们代表大汗管理东至哈剌温山（今大兴安岭），西至按台山（今阿尔泰山）的诸千户。
大汗、诸王之外，最重要的长官是大断事官（札鲁忽赤，或译作札鲁火赤、札鲁花赤），为国家最高行政司法长官。成吉思汗时期，以塔塔儿人失吉忽秃忽为大断事官，主持分封千户。有诉讼纠纷，由他处理，并写在青册上，一经大汗认可，便具有了法律效力，成为以后断案的依据。窝阔台时期，他以大断事官的身份，编籍中原户口，为诸王功臣划分封地，被汉人称为“丞相”。蒙哥时期，也可札鲁忽赤（大断事官）忙哥撒儿曾以酷刑鞫讯反对蒙哥的窝阔台系那颜、将领。
怯薛作为护卫士常常被大汗派遣出使，传达大汗旨意或处理重大事务，怯薛长官作为大汗的内臣可参与军政事务的管理。怯薛百执事实际上承担着大蒙古国初期中央机构的行政职能。西征期间，在被征服地区设置监临官，称达鲁花赤。
达鲁花赤，蒙古语，意为监使。征金战争中，成吉思汗曾任命西域人札八儿火者为黄河以北铁门关以南达鲁花赤。蒙哥西征，占领欧亚大片土地，在重要地区 和城镇，都设置达鲁花赤。“金人来归者，因其故官，若行省，若元帅，则以行省、元帅授之。”
窝阔台时期，中原的治理开始提上议事日程，在契丹人耶律楚材主持下，有了汉制中书省的建置，《元史·太宗纪》载：“三年八月，始立中书省，改侍从官名。以耶律楚材为中书令，粘合重山为左丞相，镇海为右丞相。”但当时的所谓中书令，不过是协助大断事官处理汉地事务的必阁赤。故陈邦赡说“丞相谓之大必阁赤”。在地方治理上，窝阔台采纳耶律楚材的建议，建立了十路征收课税所，以汉人儒士为课税使。尽管蒙古统治者和汉族儒士（包括耶律楚材在内）对中书令、课税使的职责、地位理解、认识不同，但汉制却开始渗入大蒙古国的体制之中。
蒙哥时期，标榜“遵祖宗之法，不蹈袭他国所为”，国家统治体制没有大的变化。但忽必烈在漠北王府和受命管理漠南军国庶事期间，广泛接触汉地儒臣，以汉法治理汉地的构想已逐渐形成。故不同时期，在汉族儒臣的协助下，将立纲陈纪、完善统治机构、确立统治制度，作为政权建设的大事，从而确立了有元一代之治规。
忽必烈即位后，首先依中原王朝的成宪，制定年号，定1260年为中统元年。
在《建元诏书》中指出：“建元表岁，示人君万世之传；纪时书王，见天下一家之义。”改变了以往蒙古大汗不建年号，仅以十二生肖纪年的状况。至元八年（1271），又取《易经》“乾元”之义，定国号为“大元”。诏称“绍百王而纪统”，表明忽必烈将大蒙古国看成是对中国历代封建王朝的继承，是尧舜禹汤和秦汉隋唐的继续。建号改元是国家的根本大事，忽必烈在依汉法治理天下的路线上迈出了关键的一步。
即位之初，以开平为京师。而统治重心却在逐渐向燕京转移。早在忽必烈为藩王时，木华黎之孙霸都鲁就曾提出：“幽燕之地，龙蟠虎踞，形势雄伟，南控江淮，北连朔漠，且天子必居中以受四方朝觐。大王果欲经营天下，驻跸之所，非燕不可。”
在建号改元的同时，忽必烈也开始利用汉族儒臣为其制定一套从中央到地方的完整的统治制度。忽必烈时期统治制度的建立与完善是经过长期酝酿准备的。
早在为藩王时，在藩邸诸臣的影响下，忽必烈以儒术治国思想就已经形成。在其即位和建元诏书中提出的“祖述变通”，即“稽列圣之洪规，讲前代之定制”
就是他设官定制的原则和纲领。所谓“祖述”、“稽列圣之洪规”，就是继承成吉思汗以来的祖制；“变通”、“讲前代之定制”，就是改行中原王朝的汉制仪文。这也是儒臣们对政权建设在忽必烈面前反复陈述的政治见解。郝经在其《立政议》中指出：“以国朝之成法，援唐宋之典故，参辽金之遗制，设官分职，立政安民，成一王法。”许衡在其奏疏中提出：“北方之有中夏者，必行汉法乃可长久。故后魏、辽、金历年最多，他不能者皆乱亡相继，史册具载，昭然可考。
使国家而居朔漠，则无事论此也。今日之治，非此奚宜？夫陆行宜车，水行宜舟，反之则不能行，幽燕食寒，蜀汉食热，反之则必有变。国家之当行汉法无疑也。”具体地讲，就是要求忽必烈依北魏、辽、金的模式，借鉴前代的经验，建立一套既符合蒙古的社会背景、经济状况和习俗法规，又吸收中原王朝两千年来积累的统治经验和封建统治制度，制定适合于汉地政治、经济、文化背景的统治制度。这是忽必烈时期改定官制的原则和指导思想。
中统元年（1260），忽必烈即位开平后，“立中书省，以王文统为平章政事，张文谦为左丞”。中书省下吏、户、礼合为一部，称左三部；兵、刑、工合为一部，称右三部。这显然是参考金制和根据当时实际需要确定的。不久，燕京行中书省并入中书。此后定制，以皇太子行中书令，下设右、左丞相各一员，平章政事四员，右、左丞各一员，参知政事二员。蒙古人尚右，故以右丞相、右丞居上。自中书令至参知政事皆称“宰执”。六部则各设尚书三员，侍郎二员。
管军的机构枢密院是在平定李璮之乱后设置的。鉴于“诸侯尽专兵民之权的弊害，忽必烈采取断然措施，罢世侯，置牧守，军民分职”，中统三年（1262），诏：“诸路管民官理民事，管军官掌兵戎，各有所司，不相统摄。”
四年（1263）五月，“初立枢密院，以皇子燕王为中书令，兼判枢密院事”，掌天下兵甲机密之务。除四怯薛由皇帝或其亲信节制外，“凡宫禁宿卫，边庭军翼，征讨戍守，简阅差遣，举功转官，节制调度，元不由之”。初置枢密使一员（由太子兼任），副使二员，佥书枢密院事一员。至元七年（1270），在副使之上置同知枢密院事一员，佥书之下置院判一员。二十八年（1291），又置知院一员，增院判一员。并以中书平章商量院事。四怯薛各出代表一员，参与院议。
至元五年（1268），立御史台，“掌纠察百官善恶、政治得失”。设御史大夫、中丞、侍御史、治书侍御史各二员。御史台直属机构有殿前司、察院，还有内八道肃政廉访司。“凡大朝会，百官班序”由殿前司掌握，“其失仪失列，则纠罚之”；“在京百官到任假告事故，出三日不报者，则纠举之；大臣人内奏事，则随以人，凡不可与闻之人，则则避之”。肃政廉访司初名提刑按察司，承自金朝的按察司，作为地方监察机构，元初被纳入御史台系统。其巡察地区分为跨地区甚至跨行省的诸道。分别隶属于中央御史台或行御史台。行台是中央御史台的派出机构，元代曾在陕西、云南、江浙等地设置。
元廷对宗室诸王赏赐无度，对外征伐频数，国家用度浩繁，而以理财助国为施政中心，至元七年至九年、二十四年至二十八年、至大二年至三年（1270～1272、1287～1291、1309～1310）三次设立尚书省综理财用，六部、行省皆隶尚书。在尚书省存在期间，中书形同虚设。
此外，也有大司农司、翰林国史院、集贤院、宣徽院等承自前代的机构。
在中书省、枢密院、御史台分管政务、军旅和监察之外，在元朝中央，还有与之平行的掌管蒙古、回回和藏地事务的机构。其中包括蒙古翰林院及其所属蒙古国子监，掌管回回历法的回回司天监，掌管也里可温（基督教和基督教徒）的崇福寺，掌管藏地事务的宣政院等。国初的札鲁忽赤，随着国家统治机构的完备，则转变为专掌皇族政刑的官员，而以大宗正府为其办事机构。与历代大宗正府不同的是“主要治理诸王、驸马投下的蒙古、色目人刑名词讼等事，时而兼治汉人刑名”。大汗后妃所居的斡耳朵官属，则相当于辽朝的宫官。怯薛又是与五卫亲军制并行的大汗禁卫军和直属部队。
地方行政机构是行中书省，简称行省。元人认为：“国制，中书总庶政，是为都省。幅员际天，机务日繁。相天下重地，立行省而分治焉。若稽古制，魏晋有行台，齐隋所管置外州称行台尚书省，唐以诸道事繁，准齐分置，今行省，其遗制也。”其实，元朝的行中书省乃是承自金末的行尚书省。金朝后期，为抵御蒙古的军事需要，在河北、山东、陕西等地遍置行省，作为尚书省的派出机构，以宰执主持抗蒙事宜，以加重事权。它是一种临时建置。成吉思汗南下时，对降蒙的金朝故官、将领，常以原官授之。同时，也采用了金朝行省的官称。此后，凡有征伐之役、分任军民之事，往往称行省或行台，初无定制，迭为废置。
中统元年（1260），世祖立十路宣抚司为地方最高行政机构。同时，也以中书省官行某处省事的官衔，派往地方行使中书省职权，设立了一些行省机构。大约在至元二十年左右，以宰执行某处省系衔嫌于外重，于是乃改为某处行中书省平章或右丞、左丞、参知政事，而不再以都省官系衔。行省遂从都省的派出机构逐渐演变为地方最高行政机构。因中央尚书省之设，行中书省又曾两度改为行尚书省。
至元二十七年（1290），元廷在全国范围调整行省建制，除中书省直辖的山东、山西、河北等地（腹里）外，在全国设立岭北、辽阳、河南、陕西、四川、甘肃、云南、江浙、江西、湖广等十个行省。行省“掌国庶务，统郡县，镇边鄙，与都省为表里”。行省设丞相一员，平章二员，右、左丞各一员，参知政事二员，于地方“钱粮、兵甲、屯种、漕运、军国重事，无不领之”。行省下分设路、府、州、县。
路置总管府，长官为达鲁花赤、总管，又有同知、治中、判官等。至元二十年定制，十万户以上或虽不及十万而地当冲要者为上路，以下者为下路。
府有直隶都省和隶行省或宣慰司的不同，也有统州县与不统的差异。府设达鲁花赤和知府或府尹。
州县也以户数多少为差等。至元二十年，定五万户以上者为上州，三万户以上者为中州，不及万者为下州。上州置从四品达鲁花赤、州尹，六品同知和七品判官；中州置正五品达鲁花赤、知州，从六品同知和从七品判官；下州置从五品达鲁花赤、知州，正七品同知和正八品判官。
三万户以上者为上县，一万户以上者为中县，一万户以下者为下县。上县秩从六品，有达鲁花赤、尹、丞、簿、尉各一员；中县秩正七品，不置丞；下县秩从七品。
此外，在远离行省中心的地区，又置宣慰司，“掌军民之务，分道以统郡县，行省有政令则布于下，郡县有请则达于省。有边陲军旅之事，则兼都元帅府，其次则只为元帅府”。宣慰司置使、同知、副使、经历、都事等。“其在远服，又有招讨、安抚、宣抚等使，品秩员数，各有等差”。
蒙古统治者最重军事，元朝的军制却最为混乱。时人记载：“本朝最偏重者无若军政，最纷乱者无若军政”，“大无纲纪，细无纪目……分隶频碎，源委隔绝，棼丝沸羹，互相争夺。内立枢府兵部，无簿籍之可寻；外设行省、统军万户府，无一定之行伍。”至于军队的数目，元朝官员中了解者也为数极少。当时，“天下军马总数目，皇帝知道，院官（指枢密院官）里头为头的蒙古官人知道；外处行省里头军马数目，为头的蒙古省官知道”。“更这边关机密，不合交多人每知道”。
早期，大蒙古国的军队除大汗的怯薛外，有诸王、驸马、功臣、千户的属民所组成的军队。凡有征伐，依大汗的征调出兵。如拔都西征、旭烈兀西征、忽必烈征大理等役，都由东西道诸王派子弟和属下军士参战。而攻坚和镇戍各占领地区，又有探马赤军。随着征服范围的扩大，各被占领地区的男丁也成为国家武装力量的来源，故有汉军、新附军（由南宋降军改编的军队）等名目。
按兵种分则有骑兵、步兵、水军、炮手军等类。
元朝的军事防卫可分为两大系统：保卫皇帝和京畿的宿卫系统和镇守全国各地的镇戍系统。
早期，大汗的宿卫由怯薛负责。世祖时，建立侍卫亲军，而怯薛之制不废。
中统元年（1260），“谕诸路管军万户，有旧从万户三哥（指史天泽）西征军人，悉遣至京师（开平）充防城军”和“征诸道兵六千五百赴京师宿卫”之事，可能是忽必烈创建侍卫军之始。二年（1261），任董文炳为侍卫亲军都指挥使；三年（1262），命董文炳共领武卫军事。至元元年（1264），武卫军正式改为侍卫亲军，八年，亲军扩充为左、右、中三卫。到至元末，忽必烈共设置过侍卫亲军三十余卫。侍卫亲军设都指挥使，品秩与万户相当（正三品）。侍卫亲军由蒙古、汉军和新附军组成，迁入内地的色目人，如康里、阿速、钦察等后来也有被编入侍卫亲军者。
蒙古、探马赤军的防卫重点，主要是腹里地区，南至河南淮北，北至辽东以及西北、四川等地。淮河以南的广大地区，主要由汉军和新附军镇戍。
此外，忽必烈即位后，与西北诸王的军事对抗日益激烈，南方各族人民的反抗斗争也此起彼伏，为控扼边徼禁喉之地，常遣皇子镇守边境。如北平王那木罕镇守阿力麻里、和林，宁远王阔阔出镇守漠北，安西王忙哥剌镇守京兆和察罕脑儿，西平王奥鲁赤镇守吐蕃，云南王忽哥赤镇守云南等。
诸王、公主和功臣在汉地的分地，是封建制早期的领主制，建立在封建地主制经济和中央集权的郡县制地区的分封制不能不受环境的影响而有所变通。耶律楚材在太宗朝提出的五户丝制的实质就是由地方政权机构州县行使治理权，而由国家将封地内的部分税收颁赐给领主。太宗朝由于种种干扰未能认真贯彻执行，至世祖定制后，封地分别被纳入州县，原则上由地方政权机构管理，领主得自选任达鲁花赤监临。诸王则可由皇帝批准置王府，王傅由朝廷指派。漠北诸王封地则由诸王自治，而统以岭北行省。
名家回眸
行省制度的创立，对后世产生了深远的影响，它引出了绵延至明清以及近代的中央集权新模式。对于元朝实行的行省制度，中国历史学家钱穆先生在《中国历史政治得失》中评论说：说到行省制度的滥觞其实是元代中央集权高层统治之计，“行省”其实是“行动中的书省”，行省长官是中央政府（中书省）的代表，是由上而下的权力授予，完全没有中央政府与地方政府平起平坐的意思，没有地方自治的概念，没有权力分让的安排。
元世祖对儒士的重用
孛儿只斤·忽必烈是元朝的创建者，是蒙古民族光辉历史的缔造者，也是蒙古族卓越的政治家、军事家。他一生征战，一统天下，建立了幅员辽阔的统一多民族国家元朝。然而就是这样一位草原英雄在蒙哥成为大汗之前，历史上很难找到忽必烈这个名字。而随着他的哥哥蒙哥的即位，忽必烈这个名字一下子就变得重要起来。1251年，蒙哥命忽必烈总理“漠南汉地军国庶事”，从这一刻起，忽必烈的命运就和华夏大地上的汉室江山紧密地联系了起来。
事实上忽必烈很早就开始对中原地区进行管理了，只是权限仅局限在他的封地邢州（今河北地区）一域而已。这里要感谢一位伟大的女性，一位哺育出三位大汗、一位汗王的非凡女性——唆鲁禾帖尼。这三位大汗和一位汗王分别是她的四个儿子：蒙哥、阿里不哥、忽必烈和旭烈兀。要说明的是，阿里不哥的大汗位是有争议的，尽管在他与忽必烈进行汗位争夺的时候，远在西方的钦察汗国曾把“大汗阿里不哥”的字样筑在了钱币上，但是他最后失败了，向忽必烈投降了。
这里先不说这些，需要清楚的是，忽必烈在邢州的封地是他的母亲唆鲁禾帖尼在说服大汗窝阔台后才取得的。
忽必烈对中原的经营方略有着他自己的特色。这种特色重点表现在他对儒士的重用上。尽管从成吉思汗开始，蒙古人就已经看到了儒士的作用，尤其是在窝阔台统治时期，更重用契丹人耶律楚材制定赋税制度。但从来没有一个蒙古统治者像忽必烈这样系统地吸收汉人文化，重用儒士，倚重儒士。在忽必烈周围，确实聚集了当时最优秀的儒士，张德辉、刘秉忠、赵壁、窦默、王鄂、郝经、姚枢、许衡、王文统，都是他的幕僚。
在众多的儒士中，对忽必烈起重要影响的是刘秉忠和姚枢。刘秉忠是经高僧海云推荐来到忽必烈身边的。他多才多艺，不仅诗文绘画一流，更重要的是他懂得天文和术数。刘秉忠对忽必烈说：“可以马上取天下，不可马上治天下。”
并历数中国历代王朝得失，指出了蒙古旧制度中的弊端，建议采用汉法，整顿政治经济体制。这些建议对忽必烈后来的施政有很大影响。当忽必烈刚到邢州的时候，邢州的状况可用“民生凋敝”四个字来形容。在金人统治时期，邢州有80292户，而忽必烈统治初期这里最多不过700户。他再一次采用了刘秉忠的建议：减轻赋役、招复逃移、整饬吏治，结果“不期月，户增十倍”。姚枢是一位儒士，但在众多儒士中他的主张往往十分务实，姚枢的建议总是隐含着蒙古人所能理解的逻辑。忽必烈最初治理中原地区时，民政和军事的权力是统一的。正是姚枢建议忽必烈交出了民政权，只保留了军权。忽必烈采纳了这一建议，结果是在后来忽必烈的改革遭到蒙古贵族的反对时，蒙哥对忽必烈的部下进行了清洗， 忽必烈幸运地活了下来，并保住了军事领导权。
1252年，蒙哥正式给予忽必烈中原地区的管理权力。忽必烈在取得了对邢州地区的治理经验后，又征得蒙哥的同意，将陕西、河南等地划出，设经略司，任用忙哥和儒臣进行治理，兴屯田、劝农耕、立钞法、通转运、置学校，只二三年就得到了大治，帑藏有余，四鄙不警。这些都为忽必烈后来能够登上汗位奠定了经济基础，当然这一时期他并未想到这些，最多也就是想要成为一名能够自制的藩王而已。
从根本利益的角度说，忽必烈重用儒臣是为了能够在汉地建立起长治久安的蒙古统治政权，因此他不可能完全信任儒臣。在军事方面，忽必烈则主要依赖蒙古统帅的建议及辅佐。同样，由于蒙汗思想文化和生活境遇的悬殊，汉族儒士中采取不合作态度的也大有人在。如儒士赵复就是其中之一，他只被忽必烈召见过一次，忽必烈询问他如何征服南宋，赵复的回答是：“宋是像我父母一样的国家，没听说过有人会引别人去攻击自己父母的。”
名家回眸
忽必烈政权的建立，标志着以草原为中心的大蒙古帝国转变为以汉地为中心的元朝，历史意义非常重大。在忽必烈朝政策的转变过程中，潜邸旧臣所起的作用非常重要。史学家萧启庆在《忽必烈潜邸旧侣考》中指出：这些人按照来源、学派等可分成邢台集团、正统集团、以及地世候为中心的金源遗士集团，西域集团，蒙古集团等。这些人主张或附和行汉法，他们无论是在忽必烈总领漠北南汉军事，还是元朝初年，都担当了重要的角色。对于忽必烈即位后迅速改变蒙古旧有的统治制度和实现全国统一的历史功绩，以及他后期逐渐区域消极、保守给社会发展造成的不良后果，元史研究专家周良霄在《论忽必烈》中指出，后者在他的一生事业中只占次要的地位。
元朝与吐蕃的关系
1260年忽必烈被拥为大汗，1271年忽必烈改“元”之后，就对吐蕃地区加强了中央的管辖。在元朝，对吐蕃地区的管理，采取了设立宣政院，宗王分镇与帝师的统领，完善地方机构和设立驿站，统计户籍等措施。由于吐蕃地区封建制的确立与藏教的形成相辅而行，在经济上也出现了二者同步发展的局面，因此元朝在吐蕃地区的管理也多采用政教合一的方式。其中最重要的一点就是用具有政教合一身份的帝师对吐蕃地区进行管理。
帝师其实是元代皇帝授予藏教僧人的最高神职。元代的第一位帝师是八思巴，可以说在中央与吐蕃的关系中，八思巴起了重要作用。
八思巴生于1235年，是藏教萨迦派高僧萨班的弟子，同时也是他的侄子。
“八思巴”在藏语中的意思是“圣童”，是藏民给他的美称，因为八思巴7岁时就能熟读佛经，知道经文的大意了。1247年，萨班到凉州与阔端谈议吐蕃归附蒙古的事项，年仅8岁的八思巴也一同随行。萨班走后，八思巴作为人质留在了凉州。这样，他童年的大多数时间就多是在蒙古人的宫廷中生活，所以八思巴受蒙古文化的影响很大。萨班去世后，15岁的八思巴作为萨班的继承人，到六盘山拜见了忽必烈。忽必烈一见到他就非常喜爱，把他留在了身边。
1260年，忽必烈抢在阿里不哥前宣布继承大汗，出于政治上的考虑，他封八思巴为“帝师”，赐玉印。1264年，忽必烈设立了专门管理全国佛教事务和西藏地方军政事务的机构——总制院，也就是宣政院的前身，命刚刚29岁的八思巴掌管，到后来，由帝师管理宣政院也就成为了一种惯例。有了宗教势力的帮助，元政府对吐蕃的工作就容易展开了。不久，元政府就开始在西藏设立起地方行政机构和驿站，根据吐蕃的物产分布情况，重新划分了行政区域。元政府还对吐蕃地区进行了人口普查，在前藏和后藏分别设立了13个万户，各万户兼管军事民政， 皆由八思巴领导。这样一来，八思巴既是西藏的宗教领袖，同时也成为行政首脑，一个“政教合一”的新政体在西藏出现了。
政教合一的政体对吐蕃地区经济的发展起到了积极作用。元政府赐给帝师庄园土地，使帝师成为了吐蕃地方的大封建主。这些是按照圣旨赐给八思巴的土地，不负担府库及驿站等汉地、吐蕃的任何税赋差役。由于帝师的特殊身份，他领导下的乌思藏宣慰使司及下辖的诸万户、千户，吐蕃等处的各路宣慰使、司、都元帅府及安抚司、招讨司、元帅府等长、使，也因此拥有一定数量的庄园而成为大小不等的农奴主。这就使吐蕃的经济形式具有了封建性质，促进了当地的经济发展。
吐蕃的政局稳定，社会安定，在农牧业稳定发展的基础上，在元朝多民族统治的庞大帝国中，手工业与商业也有了一定的发展。吐蕃的手工业多以家庭为生产加工单位。牦牛尾制作的帐篷以及羊毛织成的各种织物，种类繁多，质量精美，“毛布”、“花毯子”、“藏地哔叽”、“氆氇”等，都广受人们喜爱。乌思藏的细氆氇尤为驰名，是上贡的佳品。至于金、银、象牙、珍珠、银珠的加工品，和吐蕃当地的特产藏红花、木香、牛黄、虎、豹、水獭皮张、麝香等，既是贡品，也有一部分进入市场成为了贸易商品。
因元政府的扶持，吐蕃文化在这一时期也有了相当大的发展。这种发展不是单方面的，而是相互促进的。以萨班与八思巴叔侄贡献最大。萨班与阔端商定吐蕃归附蒙古的条件后，留在了凉州，从事佛教传播工作。他发现当时蒙古人使用的畏兀儿蒙文有不完备的地方，无法标注、翻译一些梵文、藏文。为了传播翻译经文的需要，萨班便对畏兀儿蒙文加以完备，在畏兀儿字母的基础上增加了藏文表音字母，形成了一套新的字母。这套字母的出现对后来八思巴创造蒙古新字无疑有很大的影响。
成吉思汗所创造的蒙古文字存在着许多不完善的地方，这一点忽必烈也意识到了。在他于1260年宣布登上蒙古汗位后就命八思巴开始制定蒙古新字。八思巴同萨班一样，也是借用藏文字母，创制了41个新蒙古字母以拼写蒙语，这一新的拼音文字在1269年正式公布使用。元朝统治时期，官方文书一律用八思巴创制的蒙古新字译写。今天我们从保留下来的元代碑刻上，还能看到这种文字。
1280年，八思巴去世后，历代藏教首领成为“帝师”，受朝廷的委托，执行朝廷命令，管理西藏政事，就成为了一项没有明文的规定。
吐蕃文化在元朝也显现出了前所未有的繁荣。藏族长篇史诗《格萨尔王传》
就大约形成于元代。这是中国文学史及世界文学史上罕见的史诗巨作，一百五十多万行，一千五百多万字，歌颂了藏族英雄格萨尔王的伟大业绩。
另外藏族史学作品也是在这一时期得到了发展。元代藏族学者读史、撰史之风兴起。十五卷本的《萨斯迦全集》是萨斯迦五祖的全集，其中包含有重要的原始资料。现存最古老的藏文史籍之一的《红史》，于1346至1363年由公哥朵儿只写成，对后代藏史的创作产生了重要的影响。同时很多中原史书也被翻译成藏文，起到了文化促进作用。如汉族译师胡将祖把《唐书·吐蕃传》和《资治通鉴·唐纪》译成藏文，并由喇嘛亦邻真乞剌思刊行。史书的编译整理，为后世留下了宝贵的文化遗产。
吐蕃地区佛教的发展，也推动了寺院建筑业的发展。各种建筑、绘画、雕塑艺术都在原有的基础上得到提高，艺术风格得到更好的吸取利用。如搽里八的领主请汉族巧匠修建汉式佛殿，还有拉当寺弥勒佛、沙鲁寺的莲花雕刻，都吸收了元代汉地的雕塑风格。萨斯迦寺的黄金塔、沙鲁寺的几幅“供养天”壁画则由尼泊尔工匠完成，并受到了印度文化的影响。
总之，在元代大一统的客观环境下，吐蕃文化吸收融合了其他地区民族的文化，不断完善提高，得到了长足发展。
名家回眸
7世纪30年代松赞干布建立吐蕃王朝后，与唐朝建立了舅甥关系，“合同为一家”。842年吐蕃达磨赞普被刺，吐蕃王朝处于分裂状态中，最后完全崩溃。吐蕃地区历经长达四个世纪之久的分裂割据局面。到11、12世纪时，吐蕃出现了僧俗结合的教派集团。后归顺与元朝。元朝从政治、经济、军事上对西藏地区都实行了有效的管理，使西藏从此正式纳入祖国的版图。此外，吐蕃文化在元朝的统治下出现了前所未有的繁荣，在元朝大统一的环境下，吐蕃文化融合了其他民 族的文化，不断完善和提高，得到了长足的发展。对此，邱树森先生在《元朝史话》中说：西藏地方由元朝中央政府统一管辖后开始有了比较安定的环境，这对于西藏的社会经济的发展是有利的。
赛典赤治理大理
赛典赤，是伊斯兰教创始人穆罕默德的后代，出生于不花剌（今乌兹别克斯坦的布哈拉）。“赛典赤”就是“圣裔”的意思。成吉思汗西征时，他只有十几岁。他主动率部归降，得到了成吉思汗的赞赏，以后就以宿卫的身份跟随成吉思汗左右。成吉思汗从来不叫他的本名，总是称他“赛典赤”，于是“赛典赤”这个称呼也就反客为主成了人们对他的习惯尊称。
忽必烈统治时期，赛典赤已先后辅佐过成吉思汗、窝阔台、贵由和蒙哥四位蒙古大汗，到忽必烈时，可说是“五朝元老”，因此深受忽必烈的信任与器重。
1254年，忽必烈领军平定大理后，留大将兀良哈台经营大理。在这一时期，蒙古人在大理设置了近20个万户府，然而除万户以上的大元帅、都元帅等职由蒙古人担任外，原大理王族段氏仍掌有相当部分的实际权力。忽必烈即位后，把第五子忽哥赤封为大理王，希望能通过这种方法控制住大理地区的不稳定局势。可没想到忽哥赤到达大理后反而使局势更加复杂，不久就被自己的部下毒死了，大理形势更加动荡。在这种情况下，忽必烈决定在大理建立行省，加强中央的统治，于是他派富有经验的老臣赛典赤瞻思丁去大理进行治理。
1274年，忽必烈把赛典赤召到近前说：“大理是朕亲自平定的，却因用人不当使远方的人感到不安。现在我想要选择谨慎厚道的人去治理，看来朝廷上下没有比你更合适的人了。”赛典赤临危受命，他马上开始着手对大理地区的山川地理、驿舍军屯、夷险远近等情况进行了解，并找到对大理情况熟悉的人画出地图，献给了忽必烈。忽必烈看到地图，十分高兴，正式授命赛典赤为平章政事，在大理建立行省，拨钞五十万缗、金宝无算。
赛典赤还没有到达大理，宗王脱忽鲁就得到了消息。脱忽鲁坐镇大理不久，是个粗人。他听信部将的谗言，以为赛典赤到这里来是消藩夺权的，立即披挂整齐，率领士兵准备和赛典赤决一死战。赛典赤听说这件事后，就在大理境外停了下来，先派自己的儿子纳速剌丁去见脱忽鲁。纳速剌丁对脱忽鲁表明了来意，他说：“大汗因为过去派到这里来治理的人治理无方，造成各国叛乱，所以命我的父亲到这里来安抚，整顿边境地区秩序。现在父亲在大理境外扎营，不敢对大理的事物专断处置，希望宗王派一个人过去和父亲共同研究。”脱忽鲁听了这话，所有的顾虑都打消了，他气呼呼地对左右说：“我差点叫你们给害了！”
第二天，脱忽鲁派自己的两名亲臣撒满和位哈乃与纳速剌丁一同来见赛典赤。因为两人没有爵位，所以不好用朝廷礼仪接待。赛典赤就问他们：“应该用什么礼仪来见你们呢？”两人十分乖巧，回答说：“我们和纳速剌丁一同前来，视如兄弟，请就像对待自己儿子一样就可以了。”跟着两人献上名马，对赛典赤跪拜行礼极为恭敬，旁观的人都十分惊讶。随后赛典赤设宴款待了他们，让两人用镶嵌着宝石的金制酒器饮酒。宴会后，将这些物品都给了两人，两人大喜过望。过了一夜，酒醒后，他们来向赛典赤道谢。赛典赤对他们说：“你们两人虽然是宗王亲臣，可惜没有爵位，按规定是不能参议国事的。我想要授予你们行省断事官的职位，遗憾的是没有见到宗王，不敢擅自做主。”于是让一个人先回去，向脱忽鲁禀报。脱忽鲁听后怎么能不高兴呢？从此以后大理政令全由赛典赤做主。
赛典赤任职不久，大理萝盘甸的纳西族人发动了叛乱。赛典赤带兵前往征讨，面色忧郁。将帅们看到了，其中就有人问赛典赤原因。出兵打仗主帅要是怯懦了，那可是兵家大忌。可没想到赛典赤回答说：“我并不是担心这次出征会失败，我所忧虑的是你们会毫无顾忌地使用你们手中的兵器，去杀死那些不幸而且无辜的人。我还忧虑，等叛乱平定后，你们去抢掠平民，致使百姓无法生存，再度引起叛乱，那时我们就还得派兵征讨了。”大军开抵萝盘甸城下，围城三天，萝盘甸叛军毫无降意。诸将请求攻城，赛典赤不同意，派遣使者进城谕降。萝盘甸城主佯装同意。三天过后，毫无动静。这可把元军将领们急坏了，他们再次请求攻城，又被赛典赤拒绝。一些将官实在沉不住气了，擅自发起了进攻，赛典赤大怒，立刻鸣金制止，随后将擅自攻击的将领押来斥责说：“大汗命我安抚大理，没有叫我来大肆杀戮。没有得到主将的命令就擅自进攻，论军法当诛。”经其他将领的劝说，才将这些擅自进攻的人暂时免去一死，等待攻取萝盘甸城后再做处置。萝盘甸城主听说后，深有感触地说：“平章大人这样宽厚仁义，我要还是抗拒不投降的话，就要遭报应了。”于是出城投降。西南其他地方叛乱的少数民族听说后也都纷纷闻风归附了。这以后，归附的少数民族酋长经常来晋见赛典赤。所献纳的物品，赛典赤全都分赏给跟随酋长而来的人，或分给贫民，丝毫不做保留。酋长们从没见过像赛典赤这样不歧视少数民族、不搜刮财物的蒙古官吏，都非常感动。从此大理局势稳定下来，在相当长的一段时间里，没有发生过大规模的地方叛乱。
在稳定大理局势的同时，遵照忽必烈的指示，赛典赤在大理建立行省，开省置于中庆（今天的昆明），限制住了段氏的势力。随后他开始为大理的长治久安考虑，进行了一系列的改革。首先，他实行军民分治政策。赛典赤建立起了各级政权机构，设置路、府、州、县各级政权，规定行政官由朝廷委派，在一定范围内统一了行政权。军事上，赛典赤下令千户、万户等武职官员一律不得过问民政。在少数民族地区，为化解民族矛盾，他委任当地民族官员，安抚当地土官，从不轻易使用武力。为了加强大理向内地的联系，赛典赤也改善了大理的交通环境，使大理与内地的关系更加紧密。经过赛典赤的努力，在大理成功地建立起了行省，使大理重新归属到了元政府的直接统辖范围以内。
赛典赤在大理建立起行省后，先开始着手大理的经济恢复。他清查户田，整理货币，整顿赋役，屯田垦荒，赈灾恤苦，不久就收到了明显的效果。“民以食为天”，为了能够大力发展农业生产，赛典赤十分重视水利工作。当时大理滇池地区由于政事不通，水利无人管辖，造成水患连年成灾，百姓生活苦不堪言。赛典赤要发展农业，滇池地区就一定要得到治理。
赛典赤经过调查后，设计了周密的规划。他决定分上、中、下三段对滇池流域进行整治。在滇池上段地区，他于鸣凤山与莲峰山之间最狭窄处的松华山谷修建了松花坝，用来积蓄青龙潭、黑龙潭两股水源和雨季降水，起到了旱时启闸灌溉田地，涝时封闸减缓下游水患的作用。在中段，赛典赤重点整治盘龙江等河道。他组织人力开挖银汁河、金汁河、马料河和宝象河以分流盘龙江水，使河道沟渠形成网络，一来减轻水患，二来便利农灌，一举两得。为了防止水土流失、稳固堤坝，他还让人在堤上种植柏树，形成了一道美丽的风景线。直到今天，一些河堤上还存活着七百余年前的元代古柏，真可说是功盖千秋啊！对于滇池流域下游地区的治理，他重点放在疏浚海嗣河上。在这里，赛典赤一个60多岁的老人，同自己的儿子们一起，率领着2000多民佚，疏通出长达20余里的河道，将滇池水与螳螂川沟通，经普度河汇入金沙江。经过赛典赤的治理，滇池水位大大降低，水灾基本治住，同时又得到了万顷良田，对大理地区的经济发展起到了直接作用。
赛典赤明白，大理时常叛乱不仅是因为元政府的高压统治与贪官的剥削，还存在着文化差异问题。大理地区民族众多，而且多处于茹毛饮血的原始氏族部落形态，与中土文化的发达不可同日而语。巨大的文化落差，必然导致民族歧视与种族不和。因此赛典赤在大理地区根据当地实际情况实行了大胆且谨慎的文化革新。
在大理地区赛典赤贯彻“汉化”政策。这一时期，处在氏族部落形态下的大理，男女结合，往往自相配偶，亲人死后火化了事，没有丧葬祭拜这些说法，读书、农耕、采桑纺织一类的事就更是没有了。赛典赤经过区分，对像白、苗这样文化较为发达的民族进行了系统的汉化政策。他设立州、县学堂，兴建孔庙，提倡孔孟之道，推广拜跪礼节，婚姻由媒人介绍，死者用棺材埋葬的汉族习惯。通过这些封建文化和风俗的普及，使大理向内地的文化风俗进一步靠拢，从而达到了稳定统一的目的。到元明之际，大理士人中流行的文化已与中土文化没有什么差别了。
赛典赤治理大理六年，为善甚多。1279年，他死于任上，时年69岁。儿子纳速剌丁接替了他的职务，继续推行赛典赤的治滇政策。赛典赤的死讯传出，大街小巷的百姓都为之痛哭流涕。交趾王听说后，立即派出了12名使者前来吊丧，使者号泣震野，在对赛典赤的祭辞中有“生我育我，慈父慈母”的话。赛典赤的功绩由此可见一斑。
名家回眸
元军占领云南后，由于统治不当，使局势动荡，矛盾重重。于是忽必烈决定在大理建立行省，加强中央的统治，于是派老臣赛典赤前去进行治理。在赛典赤的治理下，云南社会稳定、经济发展，百姓安居乐业。
对此现在史学家曾这样评价赛典赤在云南的功绩：赛典赤在云南期间，对云南的发展做出了巨大的贡献，且不说螳螂川的疏通与松华坝水库的修建，就是云南儒学的兴办，也是元代赛典赤时候开始的。
1274年赛典赤在昆明城中五华山建立了云南第一座文庙，至今犹存。
（当时）每年招收150名学生。此后大理、建水、安宁、嵩明、邓山、丽江、保山等地先后建立了孔庙。云南省的第一部地方志书《云南志略》也是在这一时期出现的。
平定李璮之乱
在忽必烈称汗不久，正当他与自己的亲弟弟阿里不哥打得不可开交的时候，他部下的一名汉族将领——李璮，发动了叛变。这场叛乱直接影响了忽必烈对汉族幕僚的态度，并更深远地影响到了蒙古人在华夏大地上近百年的统治策略。
元世祖忽必烈中统三年（1262），盘踞在山东的益都行省长官、江淮大都督李璮发动叛乱。同年二月，李璮以涟海三城献于南宋，还师益都，进据济南。忽必烈立即倾全力进行镇压，围困济南城。七月，城破，李璮被俘处死。这次叛乱前后不到五个月，但它对元初的政治产生了巨大影响。
李璮是金朝末年趁蒙古人入侵金国时造反，割据在山东的地方势力，红袄军首领李全的养子。
蒙金战争中，金朝那些据地自雄的大地主军阀纷纷投靠蒙古，蒙古统治者为了笼络他们以加强自己的实力，一律按照他们原来的官职，授予行省、领省、大元帅之类的头衔，让他们世袭管辖原来的地盘，军民兼管。这些大地主军阀集团头目“尽专兵民之权”，数十年专制一方，形成了强大的割据势力。李璮之变就是这样酝酿起来的。
红袄军起义最早爆发于1211年，后来杨安儿、刘二祖、郝定等领袖先后牺牲，余部由杨安儿妹杨妙真和李全领导，两人结合后队伍逐渐壮大了起来。但是，马贩出身的李全在攫取了红袄军领导权后即走上了投降道路。1218年，李全降宋，而一面又在南宋和金朝之间要挟，以取得高官厚禄。当强大的蒙古军队进入山东后，李全又于1226年投降蒙古，以岁献金币的条件换取了山东淮南行省的官职。他充当了蒙古官吏后，身穿大元的衣冠，军中有蒙古官员监督。为了向蒙古贵族表示效忠，他迫不及待地进行备战。李全加紧造船，赶制武器，招募海上亡命之徒充当水手，准备攻宋。而把持南宋朝廷的史弥远仍然不断运来粮饷，滋补这个叛徒。苏北射阳湖地区的人民气愤地说：“养北贼，戕淮民。”果然1230年十月，李全突然发兵攻扬州，南宋军民奋起反抗。次年正月，李全败死。李全死后，杨妙真逃回山东，养子李璮袭其父益都行省职。
李璮小字松寿，潍州人，1231年袭为益都行省。从那以后，李璮专制山东三十余年，在对宋、对蒙的关系上完全继承了他父亲的故伎，或假名攻宋，向蒙古要钱要粮要官，或假名联宋反蒙，但其真正目的只有一个：尽专兵民之权。
李璮为了达到割据山东的目的，牢牢不放自己的兵权，蒙古曾几次征兵，他都托词不至。1258年，李璮攻南海州、涟水等城，得涟水相连四城，大势夸张胜利之功，以图攫取军功。中统元年（1260），忽必烈即位，李璮果然加封为江淮大都督。李璮报告说：“最近抓获俘虏，得知宋正调兵准备进攻涟水。我方侦察人员看见许浦和射阳湖中战船相望，宋军可能出胶西，攻益都，请求修缮城堑，做好防备。”元世祖下诏授予李璮十个金符、五个银符，用以赏赐有功将士，并且赐给三百锭银元，降诏奖谕。还规定驻扎在边地的蒙古军和汉军，都听从他的节制。李璮发动兵变是处心积虑的，三十余年间，他前后上奏数十件事，都是恫骇虚吓，用敌国来要挟朝廷，而替自己修城增兵作打算；又与当上中书平章政事的岳丈王文统互为表里，选择时机，发动兵变。
但是，李璮完全错误估计了形势。他认为当时忽必烈正忙于对阿里不哥的战争，无力调兵和他交战，不料阿里不哥败得很快，忽必烈迅速抽调兵力南下镇压；他认为北人汉族军阀都和他一样，心怀叛志，起兵后即可一呼百应，结果响应者寥寥。中统三年（1262）二月一日，在发动兵变前，当南宋还在将信将疑之际，他在三日那天占领益都，发动兵变，不久占领济南。
李璮联宋完全是出于一种策略的考虑，并非真心实意，尽管南宋给了他保信宁武军节度使督视京东河北等路军马、齐郡王的封号。李璮对南宋有杀父之仇，对南宋的作战也从来是不遗余力的，甚至杀宋师殆尽。这次兵变，只是到了事件即将来临之时才去约宋，以免受蒙宋夹击，结果南宋只给了一个虚衔，并未真正支援。李璮反蒙后，并没有得到人民群众的支持。虽然李璮曾四出联络，远至山西太原，除了太原总管李毅奴哥、达鲁花赤戴曲薛等少数几人外，几乎没有什么人响应。李璮叛乱发生时，忽必烈驻冬在漠南草地。忽必烈请他的老幕僚、着名理学家姚枢分析形势，姚枢说：“李璮倘若直捣燕京，控扼居庸，那是上策；与宋联合，困守扰边，是中策；出兵济南，等待世侯响应，是下策。”忽必烈问：
“如今这个叛贼将如何行动？”姚枢说：“李璮必出下策，他只能等着被俘。”
于是忽必烈迅速进行了部署，首先杀了王文统，发蒙古汉军讨李璮，命水军万户解成、张荣实、大名万户王文干及万户严忠范会东平，济南万户张宏、归德万户邸浃、武卫军炮手元帅薛军胜等会滨棣，命济南路军民万户张宏、滨棣路安抚使韩世安，修理城堑，作为应战准备，命诸王合必赤总督诸军，不久又派史天泽增援。前往镇压李璮的许多汉军头目都是李璮以为会响应他的诸侯，结果忽必烈的统治十分牢固，李璮是不会成功的。五月，蒙古军队筑环城将济南围困。李璮因此不得复出，仍然日夜拒守，为了取悦将士，掠掳城中子女赏给他们；而且分军就食于民家，后来粮食吃光，只得以人肉为食。这样，人心涣散，李璮不能制止，人们相继缒城出逃。七月，李璮在走投无路的情况下，投大明湖自杀，因水浅未死，张宏派人将他缚出。严忠范首先问他：“此是何等做作？”李璮回答：
“你们与我相约，却又不来。”严忠范立即在他的肋下刺了一刀。史天泽问他：
“为何不投拜？”李璮默不作声。史天泽又问：“忽必烈有什么亏待你的地方吗？”李璮说：“你有文书约我起兵，为何背盟？”史天泽马上唤来一名回回砍去他的两臂，然后砍掉两脚，剖腹取食其心肝，割掉皮肉，最后才斩首。可见史天泽匆忙杀死李璮，事出有因。但是归根到底，多数汉族军阀对忽必烈还是忠诚的、满意的，因为忽必烈没有亏待他们。
李璮在受围之日，作《水龙吟》一词，曰：“腰刀首帕从军，戍楼独倚闲凝眺。中原气象，狐居兔穴，暮烟残照。投笔书怀，枕戈待旦，陇西年少。叹光阴掣电，易生髀肉，不如易腔改调。世变沧海成田，奈群生、几番惊扰。干戈烂漫，无时休息，凭谁驱扫？眼底山河，胸中事业，一声长啸。太平时、相将近也，稳稳百年燕赵。”野心勃勃的李璮万万没有想到他的叛乱只是昙花一现，他本人的结局竟是那样的凄惨！
至元元年（1264）李璮余党毛璋再次发动兵变，结果兵败被杀。
李璮之乱发生时，忽必烈发现王文统与李璮的交通信，因而立即将王文统处死。在王文统被诛以后，忽必烈害怕在他身边另有小集团，所以，他加紧追查王文统的来路，要弄清王文统是如何从李璮处打进他的身边来的。曾经推荐过王文统的廉希宪、张易、商挺、赵良弼、刘秉忠都受到怀疑。商挺还因为他在陕西的活动而受到兴元同知费寅的控告，被投于监狱。中统初年，这些人或者是密参帷幄决策中央；或者是节制一方，支撑大局，都是大有功劳而为忽必烈所倚重的。
李璮之乱以后，忽必烈虽然不能不依靠他们负担某些蒙古与回回人所不能胜任的工作，但总的态度是逐渐疏远，把他们从中枢的重要任务中排挤出来。
在地方军阀中追究与李璮勾结的问题，显得更加复杂和微妙。一是这群人都有很大实力。忽必烈当时可以直接指挥，用来与阿里不哥争大汗位的武力，以及组成忽必烈的卫队武卫亲军的兵将，都是由他们提供的。二是眼前就有史天泽等擅杀李璮以灭口的事实，认真追究，首先就要碰到这个问题。这件事弄不好就要迫使这些有实力的军阀联合起来反对他。他亲手所缔结的蒙汉统治阶级的联合就有可能破裂，新建立的政权也就有垮台的危险。因此，忽必烈在处理这个问题上就显得特别慎重和有节制。他总的原则是：在迫使这些地方军阀交出实权（特别是军队），消弭是以产生李璮一类叛乱的基础的前提下，既往不咎，而且根据情况与需要，继续任用以安定和拉拢汉人官僚；同时，利用这一形势，因势利导，进行政治改革，加强中央集权。
为了补救自己的罪过，表示对忽必烈的忠诚，史天泽带头请求释兵权。史氏子弟即日解兵权者十七人。史天泽的姻亲，当时任武卫亲军指挥使的李伯佑，也在平定李璮叛乱后，求赏退休。其他东平严氏、满城张氏、济南张氏等都依法炮制。忽必烈也表示不咎既往，继续把他们当成汉人地主阶级的政治代表而予以优容。这样做，既收了地方军阀的实权，消除了分裂和叛乱的隐患，同时又安定了汉人官僚，保持了蒙汉统治阶级联合专政的稳定。这种曲意的克制和慎重，在对待济南张氏的处置上表现尤为明显。张帮直兄弟本为李璮同党，忽必烈处死他们的罪名却是“违制贩马”；对于张帮直的侄子张宏，忽必烈加以宽宥，仅罢军职济南万户而改授民官真定总管。
李璮叛乱的平定给忽必烈彻底解决割据华北的地方军阀创造了条件。忽必烈因势利导，加速了改革的步伐。其主要措施有以下六点：
一、削弱私家的势力，除本人外，罢其兄弟子侄之为官者；同时，除真定董氏之外，一度解除地方军阀之兵权。以后在灭南宋的战争中，史、张诸氏弟子又分别任命将兵，但这时的军队不再是他们私属。
二、严格执行地方兵、民分治的制度。规定：管民官理民事，管兵官掌兵戍，各有所司，不相统摄。这个办法耶律楚材早就提议过，但贯彻不了。李璮事平后，首先在山东以董文炳领军，撒吉思治民。其年十二月，作为定制，在全国施行。
三、罢诸侯世袭，行迁转法，消除割据的基础。
四、易将、使将不擅兵。如以董文炳代史氏两万户为邓州光化行军万户。
五、置万户府监战，选宿卫以监汉军。
六、取消汉人官僚的封邑。史天泽原封于卫，自动申请归还朝廷；张柔、严忠济所有封户，均在至元二年（1265）十一月明命改隶民籍。与此同时，忽必烈在中央置枢密院，作为总领军事的机关；加强中书省的权力，把司法、行政等权力集中于中央。
通过这些改革，一个以中原王朝为张本的封建中央集权制政权牢固地建立起来。这对当时中国历史的发展以及蒙古族本身的发展都具有巨大的进步作用。
李璮事件也大大地加深了蒙古统治者的民族猜忌情绪。当时，那些过去受汉 人官僚所轻视和压抑的回回人便乘机伏阙群言：“回回人虽然有时资取国家一点钱物，但还没有像秀才们敢于造反。”回回人从中亚一带远道迁来中国，他们具有很高的文化、技艺，特别富于经商逐利、理财敛货的经验。他们可以供蒙古统治者驱逐，而又不会构成统治权力的威胁。因此，蒙古统治者一贯利用他们作为统治的帮手。当李璮的叛乱发生增大了蒙古贵族的疑惧心理后，蒙古统治者便更加有意识地利用回回人，使之分任权力而对汉人进行牵制。至元二年（1265），忽必烈正式颁布：“以蒙古人充路达鲁花赤，汉人充总管，回回人充同知，永为定制。”这一规定实际上是有元一代用人行事的基本政策。蒙古统治者迫于需要，必须利用汉人官吏来为他们办事，但是又很不放心，于是每一个机关都分派一名蒙古正长来监临，又配置一名权位相等的回回官吏来进行防范和牵制。从这以后，回回人在政治上的重要性大大增加。中央的实权逐渐落入回回人阿合马手中，引起后来朝廷政局中一系列的矛盾与倾轧。
名家回眸
李璮之乱是元初政治史上一件大事，此次事件造成中书平章王文统被杀，更是引起了忽必烈对汉人官僚的严重猜忌，对以后元代政治影响深远。孙克宽、周良霄、陈学霖等学者分别在其着作中指出：正是李璮之乱才促使忽必烈采取削平汉人世侯，实行地方官迁转等一系列加强中央集权的措施，此次事件对汉人官僚集团打击很大，以阿合马为代表的色目官僚逐渐受到重用。
对于平定李璮之乱，邱树森先生在《元朝史话》中说：忽必烈迅速平定李璮之乱，对于巩固刚夺取的政权、对于巩固蒙汉各族地主阶级的联合统治、对于避免出现分裂割据的局面具有很大的作用。李璮之死更是起到了杀鸡给猴看的效果，投降蒙古拥有武装的北方汉族军阀，从此更加死心塌地地为新王朝服务了。
元军东侵日本
正当蒙古骑兵驰骋于欧亚大陆的时候，日本进入了由武士阶级掌握政权，实行军事封建统治的“幕府政治”时期。到13世纪中期后，镰仓幕府的统治不仅在政治上日趋巩固，而且国家的农业经济也有了发展。幕府为了增加税收，对手工业和商业采取了奖励政策，同时将原来以实物计算改为用中国宋朝的铜钱作货币，又促进了商业的兴盛。日本西部地区的武士们，为了获得宋朝铜钱、奢侈品和日用品，也积极进行与南宋之间频繁的海上贸易。
在忽必烈统治中原之前，蒙古帝国的前四汗，成吉思汗、窝阔台、贵由和蒙哥都对马蹄所不及的岛国日本根本就没有留意过。直到1260年忽必烈夺得大汗位，高丽王遣太子供请降。1265年高丽人赵彝来朝，言谈之中，披露了不少有关日本的情况。从这时起，忽必烈开始注意到在不远的东方还有这样的一个非常富庶的国家。1266年八月，忽必烈命兵部侍郎黑的为国信使，礼部侍郎殷弘为国信副使，持国书出使日本。高丽王以帝命派遣枢密副使宋君斐、礼部侍郎金赞等做向导，至巨济岛，因畏风涛之险而返，向忽必烈奏曰：“诏旨所谕，道达使臣，通好日本，谨遣陪臣宋君斐等伴使臣以往。至巨济县，见大洋万里，风涛蹴天，意谓危险若此，安可奉上国使臣，冒险轻进。虽至对马岛，彼俗顽犷，无礼义，设有不轨，将如之何？是以与俱而还。且日本素与小邦未尝通好，但对马岛人，时因贸易往来金州耳。小邦自陛下即祚以来，深蒙仁恤，三十年兵革之余，稍得苏息，绵绵存喘，对恩天大，誓欲报效，如有可为之势，而不尽心力，有如天日。”
忽必烈通使心切，认为这是有意推托。1267年再遣黑的指责高丽王王植。仍然命令王植遣官至日本，并限期回报。高丽王不得已使其起居舍人潘阜持元朝和高丽国书至日本。
潘阜于至元五年（1268）正月抵日本，至太宰府，闰正月太宰府将国书送至镰仓幕府，幕府又送至京都，朝廷中正在准备后嵯峨上皇五十寿庆。在此之前，日本一直是与宋朝往来，这时读了元朝国书，大为惊骇、忧虑，庆寿之举，亦遂停止，祈祷神佛，以让避蒙古之难，并且命管原长成起草回信，意欲答复，下发镰仓讨论，当时宗族认为蒙古国书言辞无礼，拒不理睬。潘阜在太宰府住了五个月，馆待甚薄，最后不得消息而归。
1268年九月，忽必烈因潘阜能去日本，所以又命黑的、殷弘复持书前往日本，至对马岛，日本土人拒而不纳，只得掳其岛民塔二郎、弥三郎两人而还。至燕京，忽必烈大喜，为了博得日本人的好感，对日俘大为优待，命人带他们游览宫殿，观后，日俘高兴地称赞道：“这正是我们听说的天堂佛刹。”忽必烈听后更加高兴，又让两人遍观燕京万寿山玉殿和城阙。第二年六月，让高丽人金有戚持中书省牒节四次出使日本，并护送日俘回国，但还是不见日本政府的答复。
1270年年底，忽必烈又第五次派遣秘书监赵良弼持书往使。1271年八月，赵良弼一行二十四人抵筑前今津，日兵包围了他们，查问他们的来由，然后又想得到国书。赵良弼说：“一定要面见你们的国王，才能给你们。”于是将国书的抄本交给太宰官过目，太宰官经镰仓转至京都。因为这次国书与前次大意相同，尽管朝廷想回信，但幕府借口国书词语不逊，置之不答，只派了弥四郎等十二人跟随赵良弼入朝，乘机窥视元朝的强弱。
1271年十一月，忽必烈建国号大元。1273年遂命赵良弼再次出使日本。赵良弼至太宰府多时，仍不得消息，后被驱逐出境。
至此，忽必烈前后共六次遣使欲与日本通好，都未能成功，大为恼火，于是决定诉诸武力来迫使其就范。战争终于不可避免地爆发了。
1274年三月，忽必烈成立征东都元帅府，命凤州经略使忻都为都元帅，高丽军民总管洪茶丘为右都副元帅，制造千料舟、拔都鲁轻疾舟、汲水小舟各三百，共九百艘，载士卒一万五千，计划用七个月的时间征服日本。
十月，忻都、洪茶丘率领由蒙、汉军二万五千、高丽军八千、梢工水手六千七百人，组成东征大军，从高丽合浦港出发，首先进攻对马岛。日守护代宗助国率族人奋起抵抗，均战死。元兵转攻壹岐，守护代平景隆亦战死。元军占领 二岛后，接着又向肥前沿海袭击，于博多湾强行登陆。此时镰仓幕府已动员征集了九州之兵，号称十万三千人，会于博多，以抗元兵的进犯。元兵用毒箭、铁炮进行袭击，加之以集团战术进攻，使日军死伤惨重，溃不成军。元军很快占领了今津、佐原、白道原、赤坂等地，这时元左都副元帅刘复享负伤，大军仍不停止进攻，所到之处，焚毁掳掠，愈加凶狠。在强悍善战的元军打击下，日军大败，伏尸如麻，只得退守水城。此时天色将晚，高丽将金方庆请求继续战斗，但忻都却认为应该回军，于是下令大军回船休息，准备第二天再继续进攻。刘复享因伤势太重，带着自己的部队已先回国。这天晚上风雨大作，突然来临的台风使夜宿于战舰上的元军束手无策，狂风卷着巨浪，似排山倒海，战船大部分被抛到海边岸石上摔得粉碎，高丽将领金侥也落水而死。兀军无奈只得乘夜集合残部仓促撤归，第一次东征之役遂以失败而告终。这一年是日本龟山天皇文水十一年，日本历史上称为“文水之役”。
1275年二月，忽必烈又派遣礼部侍郎杜世忠、兵部侍郎何文着、计议官撒都鲁丁，以高丽徐赞等为向导，持国书去日本说降。四月到达长门的宝津。八月幕府派人将杜世忠等五人送至镰仓。九月七日斩杜世忠等五人于龙口，并枭其首。
同时，动员全国做好准备，抵御元军来袭，并在九州设置探候所。十一月命北条实攻至镇西，任九州探题，督率军事。十二月又令西海的将士于次年三月，征集兵旅，以备征元。同时还令山阴、山阳、南海诸道修船舶，备军械。当时的镰仓幕府尚无力量向外征伐，这些举动都是为了鼓舞士气，加强防备。
忽必烈原以为可以用武力征服日本，不料第一次出征失败，使者又杳无音讯，因而不得不再次发兵。1279年二月，下令扬州、湖南、赣州、泉州四省造战船六百艘。八月，范文虎建议再派周福、栾忠同日本僧人一道往谕其国，预计来年四月还报，根据他们是否服从，然后决定派兵之事。1280年三月，传来国信使杜世忠等在日本被杀的消息，征东都元帅忻都、洪茶丘等立即要求率兵再征日本，朝廷讨论决定稍微延缓，想再等周福的消息，但周福等亦于博多被北条时宗所斩。忽必烈遂再置征东行中书省，并召中书省右丞范文虎，商议征伐方略。八月招募士卒，粮一十万石，出征日本。
1281年忽必烈决定兵分两路：东路军由忻都、洪茶丘、高丽将金方庆、朴 球、金固鼎等率领，辖蒙、汉、高丽军四万，从陆路至合浦，再乘战舰九百艘出海；南路军由阿剌罕、范文虎、李庭、张禧等率领，辖江南十万新附军，乘战舰三千五百艘从庆元、定海出发，于六月十五日在日本壹岐岛会合，同征日本。范文虎建议请马二千给秃失忽思军队及回回炮匠以同行，但忽必烈没有同意。
五月，东路军从合浦出发，先攻占了对马、壹岐两岛。六月，进至博多湾，欲攻太宰府，在筑前志贺岛遭到日本军民的有力抵抗。元军以锁连舟，设弩而守，日船进攻者，多为机石所击破。由于南路军尚未到，东路军仅余一月之粮，箭矢也将用尽，又毙于疫者三十余人，士气受挫，终不能上岸，退于鹰岛。
七月，范文虎南路军才到，阿剌罕病死，忽必烈命阿塔海为征东行省丞相前往接替，可是范文虎未等阿塔海到达，即命进攻。肥前海上，旌旗蔽天，舳舻相衔。日本第一次面临着这么强大的外敌，情势十分危急，元军先占平户岛，后移至鹰岛。此时正值西南太平洋的台风季节，元军的舰艘为了防止日军偷袭，都是并靠连在一起的。八月一日台风突然到达，刹那间海上狂风巨浪，暴雨倾盆，四千四百艘战舰，有的如枯落的柳叶，四散飘零；有的则被互相撞击粉碎，瞬间即被怒涛吞噬。军士号呼着溺死海中，尸体随湖汐进入浦口，浦口因此阻塞，以致行人可以从上面踏过。这次台风历时四天之久，八月五日才风停雨住。平章政事张禧因舍舟筑垒于平户，战舰亦采取了避风的措施，各相去五十步止泊，故所部独幸免。大风过后，范文虎见残局无法收拾，决意北还。于是选择坚实的船只，乘坐回国，弃下残部士卒十余万于五龙山下。一时间群龙无首，只好商议提选一名百户为主帅，称为张总管，听从他的指挥，伐木作舟，准备逃回。但已为时太晚，八月七日，日本人反攻，奋战两昼夜，箭尽粮绝，七八万人被杀，“伏尸蔽海，海可步行”。余二三万人于八月九日被日军掳至八角岛，凡蒙古人、高丽、汉人全部处斩，只留下新附军（指日本称之为“唐人”的中国南方人）免死，充作奴隶，十万大军中仅三人归还。这次全军覆没的真相直到败卒于闾脱归，方才大白，忽必烈勃然大怒，将尽罢大小将校，召刘国杰为征东行省左丞。
后经劝说，方才全部恢复他们的官职。就这样，忽必烈苦心策划准备的第二次东征日本之役又归于失败。这一年是日本后宇多天皇弘安四年，日本史上称之为“弘安之役”。
两次大规模的东征之役遭到惨重失败，仍未使忽必烈清醒过来。1283年九月，诏命平滦、高丽、耽罗及扬州、隆兴、泉州共造大小船只三千艘。次年复立征东行中书省，阿塔海为中书省丞相。同时，积极募军备粮，命舟师习水战，准备秋季再次大举征日。
但是长年的战争，国力已经衰弱，人民再也无法承担这种沉重负担。受害最大的江南各地人民揭竿而起，仅1283年就有二百多处地方发生了反抗元朝统治者的武装斗争。这种情况迫使忽必烈于1286年下令停征，并撤销征东行中书省。江浙一带军民久苦于是役，消息传来，欢声如雷。后来虽又有几次复征之议，但都遭到左右大臣们的反对，加上连年征讨安南、缅甸、爪哇，兵力不足，才又延缓下来。1294年忽必烈死，成宗即位，元朝对海外的大规模战争才停止下来。
1283年，忽必烈曾遣提举官王君治与补陀寺和尚如智出使日本，遇风不达。
1284年，再遣江南行省参政王积翁与如智出使，从庆元出发，经由高丽合浦，至对马岛附近时，船夫不愿前行，杀掉王积翁。两次遣使都没有成功。1299年，元成宗又遣补陀寺和尚宁一山附商船出使日本。宁一山到达日本后，虽然很受敬重，但镰仓幕府仍然拒绝了与元朝通使的要求。
元世祖忽必烈两次对日本的征讨都是一种侵略的行为，而日本政府屡次怠慢、杀害来使，又催促了战争的早日来临。由于负责指挥的将领不力，将领之间不和，军中发生瘟疫，缺乏科学知识以及日本军民的英勇抵抗，占据优势的忽必烈东征大军却遭到惨败。大规模的战争给国内人民和高丽人民都带来了深重的灾难，而日本镰仓政府的日子也越来越不好过，镰仓幕府由此而衰败下去。同时东征还导致了后来为害元末以致整个有明一代的倭患。
但是，忽必烈对日本的东征并没有中断中日两国的贸易往来和文化交往，中日传统的经济、文化交流在元代得到进一步的发展。这证明作为一衣带水的近邻，两国人民无论在什么时候，或什么样的特殊情况下，都始终保持着密切交往和文化的联系。
名家回眸
元初东侵日本的战争，是13世纪后期中日关系史上的重大事件。
元朝政府为这场战争前后共投入20万兵力，动用5500余艘船。但是由于日本政府与人民的奋勇抗击，元军遭到惨败。这场残酷的战争使中日两国以及高丽人民都蒙受了巨大的痛苦，经济上遭到了极大的损失，影响深远。
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