平定诸王叛乱
海都、都哇之乱
海都是窝阔台第六子合失的儿子，他在成吉思汗的帐殿长大，曾在蒙哥汗处效力。在忽必烈与阿里不哥的争夺中，他与阿里不哥一派。至元元年（1264），阿里不哥向忽必烈投降后，他回到叶密立。
忽必烈为商讨如何处置阿里不哥，曾向钦察汗别儿哥、察合台汗阿鲁忽、伊利汗旭烈兀和窝阔台后王海都发出邀请，前三汗虽表示将在至元四年前来，但不久却相继去世，海都则以“牧马尚瘦”，借故拖延。这时，忙哥帖木儿、木八剌沙和阿八哈分别继承了钦察、察合台和伊利汗国的统治权。
海都因支持阿里不哥未遂而对忽必烈心存不满和疑惧，他一方面抓紧扩充自己的实力，一方面与术赤后王改善关系，乘机占有了窝阔台原来的封地，割据自雄。并秣马厉兵，扩大实力，准备武装反叛。
海都的所作所为无疑会引起蒙古大汗的注意，但刚刚平定了李璮和阿里不哥之乱的忽必烈不愿连续用兵，与本家族成员再开战火，他一方面争取以和平的方式解除海都的威胁，加强国家对西北和中亚地区的控制，一方面同钦察、察合台汗国建立联系，意在结成共同制约海都的联盟。
首先，他派遣长期在自己身边并能“出色地履行职责”的察合台四世孙八剌（察合台曾孙，木秃坚的儿子哈剌旭烈之子）前往河中，辅助木八剌沙。八剌到达后，废黜了木八剌沙，自己做了察合台汗国的君主，并按照忽必烈的意图，聚集兵力，准备进攻海都。
同时，忽必烈选任聪慧善辩、办事果决的任拔都封地平阳地区达鲁花赤的乃蛮人铁连出使钦察、窝阔台汗国，并指示铁连先至钦察汗忙哥帖木儿处，与术 赤后王结盟后，再至海都处。“铁连既奉命，欲直造海都境，视其虚实，然后议于诸王。副者弗从，曰：‘上命我辈先议于王，今遽造敌境，不可。’铁连曰：
‘亲承密旨，汝辈违则当诛。’副者惧而从行。即至，海都日召宗亲宴饮，将伺其隙谋害之。铁连乃厉声斥之曰：‘且食，勿语！望语言脱口，相摭为罪耶！’
良久，海都曰：‘直哉！’酒半，铁连求衣为欢，海都嘉其雄辩，将解与之，其妃止之，以皮服二袭付之。因语其属曰：‘为使者当如是矣。’厚赠以行。既至拔都蒙哥铁木王（即拔都孙忙哥帖木儿——引者注）所，具告以故，王曰：‘祖宗有训，叛者人得诛之。如通好不从，举师以行天罚，我即外应掩袭，剿绝不难矣。’铁连还，悉以事闻，因言于帝曰：‘海都兵繁而锐，不宜速战，来则坚垒待之，去则勿追，自守既固，则无虑矣。’帝深然之。”
八剌按照忽必烈的意图，掌握了察合台汗国的统治权；铁连的出使又得到了钦察汗配合讨叛的承诺，忽必烈成功地争取到了钦察汗和察合台汗的支持与合作，孤立了海都。同时铁连也掌握了海都的动向，并提出了制服海都的措施。忽必烈采纳了铁连的建议，虽然海都反状已明，却没有先事兴兵讨叛。“海都觇伺拔都王（即钦察汗忙哥帖木儿——引者注）为备已严，意乃帖然”。
但是，海都仍担心同时也不甘心受到忽必烈的威胁，至元三年（1266），他进入高昌王境内，骚扰并掠夺了亦都护的属民。五年（1268），又击溃并洗劫了他们附近的、依附于（蒙哥合罕之子）玉龙答失的纳邻，再次引兵东向，进入高昌王境。忽必烈自岭北发兵，迎击海都于北庭（今新疆吉木萨尔破城子），乘胜追至阿力麻里。
钦察汗忙哥帖木儿和察合台汗八剌也按照忽必烈的意图，聚集力量进攻海都。腹背受敌的海都兵败后先与忙哥帖木儿讲和，然后集中兵力迎击八剌。在胜负难分的情况下，窝阔台的孙子钦察斡忽勒居中调停，使他们停止互相攻击并结成了安答。此后，察合台、窝阔台两系联合攻打伊利汗阿八哈。在与阿八哈的战争中，八剌溃败并向海都求援。海都又乘机掠夺了八剌的财产并控制了察合台汗国。
至元八年（1271），八剌死，海都主持了八剌的丧事，先后立尼克拜和不花帖木儿掌管察合台汗国事务。八剌和阿鲁忽诸子不服，举兵攻击海都，察合台与窝阔台后裔间再一次爆发战争。八剌长子伯帖木儿和阿鲁忽的儿子出伯、合班投奔了忽必烈，后来，贵由的孙子察八忒也离开了海都，带着一些异密归附了忽必烈。不花帖木儿死后，由海都主持，又将察合台汗国的统治权交给了八剌的儿子都哇（《元史》又作笃哇、都瓦、朵哇）。察合台汗国又成了海都与蒙古大汗对抗的同盟。
鉴于海都势力的扩张，忽必烈一方面遣使令其罢兵，一方面加强了漠北和林和西北别失八里、火州、斡端等地区的防务。他派遣户部尚书、宗正府扎鲁火赤（扎鲁忽赤）畏吾儿人昔班出使海都，“使之罢兵，置驿来朝”。又于至元七年，以永兴府达鲁花赤汉人刘好礼为吉利吉思、撼合纳、谦谦州、益兰等五部断事官，治益兰。好礼“即于此州修库禀，置传舍”，迁入中原的农民、军人进行屯垦，设工匠局管理迁入的工匠，意在将这一地区建成防御西北诸王的根据地。
至元八年（1271），忽必烈派皇子北平王那木罕（南木合）驻守阿力麻里。
十年（1273），尼克拜与海都相攻，元军又乘机进兵察合台封地。
十一年（1274），元朝在天山南北的别失八里、斡端（又作忽炭，今新疆和田）、鸭儿看（叶儿羌，今新疆莎车）、沙州（今甘肃敦煌）等处置水陆驿站，加强西北与内地的交通往来，以便及时支援前线。
十二年（1275），叛军至漠北，围皇室祖陵，三日不去。八月，忽必烈再命那木罕率诸王镇守漠北，总领诸军，命木华黎四世孙、丞相安童辅佐，备御海都。随同镇守的还有诸王阔阔出（忽必烈第八子，那木罕弟），蒙哥的儿子昔里吉（又作失列吉、习列吉、失列及、失里吉、昔列吉、昔里吉、昔里给——引者注），阿里不哥的儿子玉木忽儿（又作药木忽儿、约木忽儿、要木忽儿、要不忽儿、要忽儿、要木忽而、要木忽尔、要术忽尔、药木忽尔、岳木忽、岳木忽而、岳木忽尔、籰木忽尔——引者注）、灭里帖木儿（又作明里帖木儿、明理帖木儿、灭里铁木儿、灭里铁木尔），大汗诸弟岁哥都的儿子脱黑帖木儿（又作脱脱木儿、脱帖木儿、脱铁木儿、脱脱木、脱别铁木）、斡鲁忽台（又作兀鲁兀台），以及斡惕赤斤的孙子、忽必烈从弟察剌忽（又作札剌忽）等。但蒙哥和阿里不哥诸子对忽必烈一向不满，他们无意讨叛，却千方百计寻找机会脱离他。
十三年（1276），脱黑帖木儿、昔里吉、玉木忽儿、灭里帖木儿等相约叛 乱。元将八鲁浑、粘闽相应，并率所统兵投奔海都。宗王牙忽都率兵追袭，擒八鲁浑。叛乱的主谋脱黑帖木儿以帝位诱惑昔里吉说：“帝位将归于你，合罕使我们和我们的父亲们受了多少侮辱啊！”“我们把那木罕和安童那颜抓起来交给敌方吧。”于是他们劫持了北平王那木罕、诸王阔阔出、牙忽都和丞相安童，将皇子送往钦察汗忙哥帖木儿处，将安童送给海都，希望借此与海都结成共同反抗忽必烈的联盟。他们遣使说：“你们有大德于我们，我们对此不忘，现将企图攻打你们的忽必烈合罕的宗王和异密们送交给你们；咱们不要互相算计，要联合起来打退敌人。”但海都没有同他们结盟，却企图利用他们在漠北牵制元军，以减轻本身受到的压力。他回话说：“我们很感谢你们，我们正希望你们这样做，请留驻于原地，因为（你们）那里水草很好。”他们受海都的指使向窝阔台、察合台的斡耳朵进攻，扬言拔都的儿子们、海都和宗王们正带领大军从后面赶来，迫使游牧于那里的蒙古部落迁徙。
秋天，昔里吉等进犯漠北，抄掠诸部，掠祖宗所御大帐，占领吉利吉思，俘虏益兰等州断事官刘好礼。
十四年（1277），叛王分道东进。四月，驻牧应昌（今内蒙古阿巴哈纳尔旗东南）的弘吉剌部首领只儿瓦台（又作只儿瓦歹、只里瓦歹、只里瓦带、只里斡台、只儿瓦台、折儿瓦台）起兵响应，围忽必烈之女囊加真公主于应昌城中。忽必烈急调诸王伯木儿、彻彻都，中书左丞博罗欢等北上，以伯颜统军讨伐昔里吉等。博罗欢等在应昌大败叛军，擒获只儿瓦台。
昔里吉等越过杭海岭（今杭爱山），右丞相伯颜与诸王别吉里迷失、兀鲁兀台与钦察将领土土哈（秃秃哈）、阿速将领伯答儿领兵往讨。先后与叛王战于纳兰不剌、秃兀剌河（今土拉河）和斡欢河（今鄂尔浑河）。斡欢河之战，双方“夹水而阵，相持终日”，被叛王劫持的诸王牙忽都与土土哈暗通消息，以为内应，从叛军内部扰乱其阵，伯颜等乘叛军军乱，“麾军为两队，掩其不备”，大败叛军，土土哈夺回被叛王掠走的祖宗大帐，昔里吉等溃逃。
十五年（1278），土土哈逾金山，击败与叛军勾结的外剌、宽彻二部，缴获大量羊马辎重。昔里吉败走也儿的石河，脱黑帖木儿等逃往吉利吉思。这年冬天，元以镇国上将军、汉军都元帅、女真人刘国杰领左、中、右三卫兵，戍守和 林。元朝政府军又夺回了对漠北地区的控制权。
十六年（1279），脱黑帖木儿领兵南下，袭击杭海岭东。元军主帅别吉里迷失采纳刘国杰的建议，趁其“全军而来，巢穴空虚”，直捣谦河。大军迅速占领谦谦州，追其部众至乌斯。脱黑帖木儿慌忙回军，大败于谦河。元军“俘获生口畜牧万计”。次年春，叛军再次东犯，又被击败。
十八年（1281），叛军内乱。脱黑帖木儿屡被元政府军击败，求援于昔里吉，后者不应。脱黑帖木儿怨恨昔里吉，于是他又以帝位煽惑蒙哥的孙子撒里蛮（蒙哥子玉龙答失之子），玉木忽儿不从，遭到脱黑帖木儿的征讨。双方交战之际，脱黑帖木儿的军队倒戈投奔玉木忽儿，他本人则被玉木忽儿的军队俘虏，交到昔里吉处，被杀。撒里蛮也不得不投奔昔里吉，昔里吉将他送往术赤后王火你赤处。当他们途经撒里蛮封地时，被撒里蛮的部众劫获，并把护送他的人抓了起来。撒里蛮带着自己的军队拦截了昔里吉的辎重队，并命令将辎重送往大汗处。
昔里吉率军前来攻打撒里蛮，他的军队却投奔了撒里蛮，昔里吉被撒里蛮所俘。
玉木忽儿得知这一情况后，又调集军队与撒里蛮作战，他的军队也同样倒戈投降，玉木忽儿又作了撒里蛮的俘虏。于是，撒里蛮率领着自己的军队和俘获的叛王前去投奔大汗。途中，玉木忽儿以大量珍宝向斡惕赤斤后王行贿，得以中途逃脱。昔里吉则在撒里蛮之前到达，大汗没有接见他，而是将他流放到一个气候恶劣的海岛，后来，他便死在那里。撒里蛮则受到了礼遇，大汗赐给了他土地和军队，但不久他也死去了。后来，玉木忽儿投奔了术赤后王火你赤，灭里帖木儿投靠了海都。
昔里吉等的叛乱打乱了元朝的平叛部署，破坏了元朝在西北地区的控制、经营。使海都乘机得以休养生息和扩充实力。于是，他打回了阿力麻里，并不时骚扰天山南北。为了遏制海都势力的东进，忽必烈不得不调整部署。至元十五年，他以虎符授八撒察里，命他掌别失八里畏吾城子里军站事，以朵鲁只佩金符掌彰八里军站事。十六年，四川西道宣慰使、副都元帅刘恩进位都元帅，率蒙古、汉军戍守斡端，置屯田于甘州。十七年，遣阿老瓦丁率兵戍守斡端，命万户綦公直戍守别失八里，置镇北庭都护府；在火州置交钞提举司。十八年綦公直进驻别失八里，刘恩进兵斡端，元朝在西北的兵力增至十多万。以宗王阿只吉节制。又从 阿只吉之请，自太和岭至别失八里置新站三十，以利于军情的传达和物资转运、供应。刘恩在斡端先败海都将领玉伦亦撒所率万人，海都遣八把率众三万赴援，刘恩以寡不敌众撤军。
十九年（1282），海都得知元军已平定昔里吉之乱，乃遣那木罕等回，一方面谋求和解，一方面继续进兵斡端等地。
二十二年（1285），都哇率兵十二万围火州。声言：“阿只吉、奥鲁只诸王以三十万之众，犹不能抗我而自溃，尔敢以孤城当吾锋乎？”高昌亦都护火赤哈儿的斤率众固守。叛军围城半年之久，城中粮将尽，都哇所部也师老兵疲。于是都哇射书入城，要求亦都护纳女讲和。他说：“我亦太祖皇帝诸孙，何以不附我？且尔祖尝尚公主矣。尔能以女与我，我则休兵；不然则急攻尔。”亦都护不得已忍痛将爱女送给都哇，叛军解围去。亦都护还镇火州，驻于哈密力之地。
二十三年（1286），海都再次发动攻势，綦公直率军迎击于马纳思河（今玛纳斯河），追击浸远，援军不继。海都设伏于洪水山（今新疆呼图壁县西南），元军中计，公直与别失八里屯田军总管、怀远大将军李进被俘，公直第五子瑗战死。李进从叛军行至掺八里（即彰八里，今新疆昌吉），遁还。至和州（火州，今新疆吐鲁番东南），收散卒三百人，且战且行，还至京师。海都乘胜再至火州，进攻哈密力，亦都护大战，力尽而死。同年，忽必烈以伯颜代阿只吉总兵，以皇孙铁穆耳抚军，在别失八里置元帅府，遣侍卫新附军屯田戍守。
西北藩王和李璮的叛乱，使忽必烈痛感地方势力的发展对中央政权威胁之甚。于是，他在平叛的同时也加强了对东道诸王的控制，这就又促成了东道诸王的叛乱。
至元二十四年（1287）三月，斡惕赤斤的后裔乃颜首先发动叛乱，并与海都早有往还。海都拟率军前来会合，形势顿趋严峻。忽必烈仍以伯颜驻守和林，割断海都与乃颜的联系，阻止海都东来，自己则率军亲征乃颜。
他遣博罗欢总探马赤军，调集忙兀、兀鲁、扎剌亦儿、弘吉剌、亦乞烈思五投下部众先行。以玉昔帖木儿、李庭分统汉军扈从北征。
海都、都哇利用东道诸王叛乱的有利时机，也加紧了军事进犯。二十五年（1288），海都犯边，元派驸马昌吉，诸王也只列（也只里），察乞、合丹两千户，皆发兵从诸王出伯（术伯）北征。
二十六年（1289），晋王甘麻剌、大将土土哈与海都军战于杭海岭。“敌先据险，诸军失利”，甘麻剌陷入重围。“土土哈以其军直前鏖战，翼晋王以出”。海都乘胜北上，再次占领和林。和林为漠北重镇，屯粮所在，掌钱谷出纳的和林宣慰使怯伯、同知乃蛮带、副使八黑铁儿投叛，元朝政府军有遭到东西叛军联合围攻的危险，形势更加危急。七十四岁的老皇帝忽必烈再次亲征，他调集安童、伯颜、玉昔帖木儿、李庭等各路蒙古、汉军扈从。七月，忽必烈出师，海都闻讯远遁。元军收复和林，仍以伯颜居守。
二十九年（1292）秋，海都指使明理铁木儿犯边，伯颜奉命往讨。两军相遇于阿撒忽秃岭，“矢下如雨，众军莫敢登，伯颜令之曰：‘汝寒君衣之，汝饥君食之，正欲效力于此时尔。于此不勉，将何以报！’麾诸军进，后者斩，伯颜先登陷阵，诸军望风争奋，大破之”。时明理帖木儿败走，伯颜以轻骑追击，斩首二千余级，俘其众以归。
伯颜久在军旅，历经战阵，知己知彼，恩威并济，有丰富的指挥经验。他对海都等叛军，采取固守防御为主，征进与招抚兼施的策略。战术上以逸待劳，不轻易出击。使叛军在数次出击，长途行军中消耗有生力量，然后一举平定。当时，海都在多次骚扰边境，长途奔袭之后，其势已如强弩之末，力量消耗殆尽，平叛的胜利指日可待。但军中将领不能完全理解他的意图，朝中又有人以“因仍保守”弹劾他，忽必烈本人也急于取得平叛的胜利。于是，至元二十九年，朝廷决定以玉昔帖木儿代伯颜。玉昔帖木儿前来接任之际，恰值海都再次犯边。
伯颜欲为朝廷除此大患，遂对玉昔帖木儿说：“公姑止，待我翦此寇而来，未晚也。”伯颜领兵出战，“与海都兵交，且战且退，凡七日，诸将以为怯，愤曰：‘果惧战，何不授军于大夫！’伯颜曰：‘海都悬军涉吾地，邀之则遁，诱其深入，一战可擒也。诸军必欲速战，若失海都，谁任其咎？’诸将曰：‘请任之。’即还军击败之，海都果脱去”。这次失机，又使海都得以自立数年。
玉昔帖木儿代伯颜后，元军展开了大规模攻势。当年秋，土土哈略地金山，获海都属户三千余，迁至和林。又向吉利吉思进兵。次年（至元三十年，1293）“师次谦河，冰行数日，始至其境，尽收其五部之众，屯田守之”。海都派兵来 争，又被击败。到忽必烈去世时，海都的势力已被逐出按台山（即金山，今阿尔泰山）之外，实力也已大大削弱，与西北诸叛王的斗争已经取得了决定性胜利。
但是，与分裂势力斗争多年的忽必烈还是没有看到平叛斗争的最后胜利。
成宗即位后，仍以大将土土哈率军居守，宁远王阔阔出（忽必烈子）抚军。
旷日持久的战争不仅消耗了海都的军力，而且使部众、将领产生了厌战情绪，叛军内部再次发生分化，从海都叛者相继来归。元贞二年（1296），诸王药木忽儿也脱离海都，由土土哈陪同入朝。大德元年（1297），土土哈死，其子床兀儿袭父职继续领兵驻守漠北。床兀儿率军逾金山攻八邻之地，与海都将帖良台战于答鲁忽河，“帖良台阻水而军，伐木栅岸以自庇，士皆下马跪坐，持弓矢以待我军，矢不能及，马不能进。床兀儿命吹铜角，举军大呼，声震林野。其众不知所为，争起就马。于是麾军毕渡，涌水拍岸，木栅漂散，因奋师驰击，追奔五十里，尽得其人马庐帐”。回军，又与海都所遣援军孛伯遇，战于阿雷河。“河上有高山，孛伯阵于山上，马不利下驰。床兀儿麾军渡河蹙之，其马多颠踬，急击败之，追奔三十里，孛伯仅以身免”。二年，床兀儿又败都哇军于火儿哈秃之地。
连续大胜使诸王将领产生了骄傲轻敌情绪。大德二年（1298）秋，诸王将帅商议防边时，都认为“往岁敌无冬至之警，宜各休兵境上”。汪古部驸马、高唐王阔里吉思主张严兵以待，他说：“今秋候骑来者甚寡，所谓鸷鸟将击，必匿其形，兵备不可弛也。”这年冬天，叛军果然大规模进犯。阔里吉思以所部兵迎击，三战三克，乘胜逐北，深入险境，而后援不至，为叛军所俘，不屈而死。这是一次沉痛的教训，也是自那木罕被劫持后，元军最大的败仗之一。成宗使皇侄海山于军中代阔阔出总兵。四年，海山败海都军于阔别列之地，乃蛮带部落降。
五年，博尔忽之子太师月赤察儿奉命督师。海都大举犯边，元军分为五队，分别与海都战于迭怯里古（帖坚古、铁坚古山）、合剌合塔等地。月赤察儿自将一军，“被甲持矛，身先陷阵，一军随之，五军合击”，叛军大败。海都、都哇负伤退兵，海都死，将窝阔台汗国的事务托付给都哇。在都哇的主持下，海都长子察八儿掌管了窝阔台汗国。察八儿是一个瘦弱多病的人，他的继立，引起了海都诸子女间的不和，窝阔台汗国的势力进一步削弱。
大德七年（1303），都哇、察八儿、明理帖木儿相聚谋曰：“昔我太祖艰难以成帝业，奄有天下，我子孙乃弗克靖恭，以安享其成，连年构兵，以相残杀，是自隳祖宗之业也。今抚军镇边者，皆吾世祖之嫡孙，吾与谁争也？……不若遣使请命罢兵，通一家之好，使吾士民老者得以养，少者得以长，伤残疲惫者得以休息，则亦无负太祖所望于我子孙者矣。”
不久，都哇请降，月赤察儿不待奏闻，先遣使许其和，叛乱者逐渐来归。时明里铁木儿屯金山，十年（1306）冬，海山领兵逾金山出击，月赤察儿以诸军继往，压之以威，啖之以利，明里铁木儿降。月赤察儿遣将至其部，尽收其部落。
并乘胜掩击察八儿部落，俘两部人口十余万。
武宗至大元年（1308），都哇已死，月赤察儿遣使至朝，奏请安抚都哇子、察合台后王宽彻，以离间察八儿与察合台后王可能再结的联盟，使宽彻倾心朝廷；并请处诸降人于金山之阳，大军屯金山之北，既使降人有足够的牧地，又可解决军粮供给问题，加强讨叛的力量，得旨允准。后来，在元军的强大攻势下，察八儿、秃苦灭等叛王果然投奔宽彻，后者不纳，不得已向朝廷请降。历时四十余年的西北诸王叛乱终于平定。
乃颜、哈丹之乱
宗王乃颜为成吉思汗幼弟斡惕赤斤四世孙。斡惕赤斤死后，他的儿子只不接管封地。只不以后，斡惕赤斤的两个孙子塔察儿和阿术鲁先后接管，阿术鲁之后，其子乃颜继立。
斡惕赤斤的封地在大蒙古国的东北地区，今大兴安岭西麓，即以建忒该山为中心的海拉尔河至哈尔哈河流域的呼伦贝尔草原。他的封地之东再没有蒙古部落，这就使他得以像术赤后王向西扩张一样向东扩展自己的势力。成吉思汗分封时，按照幼子守产的习俗，将其母诃额仑的民户、封地与斡惕赤斤分在一起，他们共有民户八千，是东道诸王中最大的兀鲁思。
成吉思汗西征期间，斡惕赤斤奉命留守，得全权处理国事。这时，他的势力可能又向东扩展至大兴安岭以东的塔兀儿河（今洮儿河）和那兀江（今嫩江）一带。世祖初年，斡惕赤斤后王塔察儿首建拥立之功，在忽里勒台上和商讨大事时，又经常站在合罕一边，故其本人和他的家族都享有很高的威望，被称为“东诸侯之长”。他们控制的地区也已到达松花江流域。塔察儿甚至擅自派人到高丽收拾民户，由自己管领，这就不能不引起诸王与朝廷的矛盾和争夺。
乃颜继立后，朝廷与斡惕赤斤家族的矛盾日益尖锐。当时，辽东地区有不少宗王营帐，“种人杂处其间，恃势相凌”，“慊从狗马出，蹂民禾，民厌苦之”。忽必烈吸取汉地军阀李璮和西北宗王叛乱的教训，对乃颜等东道诸王势力的增长不无戒备。乃颜后期，叛乱的倾向日益明显，与朝廷在辽东的争夺也日益激烈。至元二十三年（1286），“廷议以东北诸王所部杂居其间，宣慰司望轻，罢山北、开元等路宣慰司，立东京等处行中书省”，初治辽阳，不久移至咸平（今辽宁开原）。东京行省设置的目的在于限制东道诸王势力向辽东的扩展，加强朝廷对东北地区的控制，它必然引起东道诸王的不满与不安。
至元二十四年（1287）二月，与海都早有往还的斡惕赤斤后王乃颜纠合合撒儿后王势都儿（又作失都儿）、合赤温后王哈丹（合丹、合丹秃鲁干、哈丹秃鲁干、哈答罕）、胜纳合儿（声剌哈儿、胜纳哈儿、胜剌哈等），阴谋发动叛乱。
乃颜遣使征东道兵，忽必烈一方面下令诸王不得发兵，一方面遣右丞相伯颜前往观察其动向。伯颜“乃多载衣裘入其境，辄以与驿人。既至，乃颜为设宴，谋执之，伯颜觉，与其从者趋出，分三道逸去，驿人以得衣裘故，争献健马，遂得脱，驰还白状”。四月，乃颜起兵叛。
忽必烈决定亲征，并采纳康里侍卫阿沙不花的建议，遣使分化东道诸王。阿沙不花受命游说宗王纳牙。他以乃颜已自归朝廷的假情报通告，纳牙遂不从乃颜反。于是忽必烈部署亲征。
御史大夫、忙兀人博罗欢分析形势说：“昔太祖分封东诸侯，其地与户，臣皆知之，以二十为率，乃颜得其九，忙兀、兀鲁、扎剌儿、弘吉剌、亦其列思五诸侯得其十一，惟征五诸侯兵，自足当之，何至上烦乘舆哉？”但忽必烈希望一举解决东道的问题，以便专力对付海都、都哇，遂决意亲征，并调五诸侯兵与汉将李庭所统汉军扈从。
五月，先遣也先传旨谕北京等处宣慰司，凡隶乃颜所部者，禁其往来，毋 令乘马持弓矢。继令不鲁合罕总探马赤军三千先行。然后，忽必烈自上都（今内蒙古正蓝旗境内）出发。六月，与叛军将领黄海、塔不台（塔不歹、塔不带）遭遇。双方战于撒儿都鲁（撒里秃鲁）之地。时“将校多用国人，或其亲昵，立马相向语，辄释杖不战，逡巡退却。帝患之”。浙西道儒学提举叶李筹划说：“兵贵奇，不贵众，临敌当以计取。彼既亲昵，谁肯尽力，徒废陛下粮饷。四方转输甚劳，臣请用汉军列前步战，而联大车断其后，以示死斗。彼尝玩我，必不设备，我以大众踣之，无不胜矣。”忽必烈乘象舆临阵，“意其望见车驾，必就降”。但叛军强弓劲射，悉力攻击象舆，忽必烈不得不下舆乘马。司农卿铁哥献计称：“今彼众我寡，不得地利，当设疑以退之。”于是忽必烈张曲盖，据胡床，铁哥从容进酒。塔不台按兵觇伺，疑有伏，不敢进。李庭认为“其兵虽多，而无纪律，见车驾驻此不战，必疑有大军在后”，推测叛军当夜将遁去，于是“引壮士十人，持火炮，夜入其阵，炮发，果自相杀，溃散”。于是命李庭将汉军，玉昔帖木儿将蒙古军，并进。
玉昔帖木儿等至乃颜地，留蒙古、女直、汉军镇哈剌河（今哈尔哈河）。选精兵扈驾，与玉昔帖木儿军一起至失剌斡耳朵（失剌，蒙古语“黄”，失剌斡耳朵意为“黄帐”，乃颜的营帐）。随驾的征东行省右丞、高丽人洪茶丘“猝遇乃颜骑兵万余，时茶丘兵不满千，众有惧色。茶丘夜令军中，多裂裳帛为旗帜，断马尾为旄，掩映林木，张设疑兵，乃颜兵大惊，以为官兵大至，遂降”。追击乃颜，获其辎重千余。前卫亲军都指挥使、阿速人玉哇失与叛王哈丹所领万人战，追至不里都伯塔哈之地（哈尔哈河与诺木尔金河交汇处之东的三角地带）。乃颜集结重兵十万，玉哇失陷阵力战，又败之。追至失列门林（绰尔河支流色勒必拉一带），擒乃颜，忽必烈下令将其处死。叛党魁首既已伏诛，忽必烈回銮，留玉昔帖木儿、诸王乃蛮台（乃麻歹、乃马带）、平章政事薛彻坚（薛彻干、薛阁干）等追剿余党，御史大夫博罗欢，钦察将领伯帖木儿，弘吉剌部人帖木儿、忽怜，安远大将军、安抚使、高丽军民总管、东征左副都元帅兀爱等从。
时合丹势盛，薛彻坚等多次与战，不能取胜。忽必烈命忽怜前往增援，值薛彻坚等与敌战于程火失温之地，忽怜以二百人迎敌，败之。哈丹退走猱河（又作恼温江、那兀河、纳兀江、恼木连河等，今嫩江）。御史大夫博罗欢与乃颜将 塔不台军战，转战二日，身中三矢，大破敌众，擒其驸马忽伦。与玉昔帖木儿合兵，擒搭不台。玉昔帖木儿麾下钦察将领伯帖木儿、高丽将兀爱等败乃颜兵于忽尔阿剌河，追至海剌尔河，又败之。乃颜将金家奴、别不古率众走山前，元军穷追不舍，再战于札剌马秃河，杀其将二人，追至梦可山（蒙可山），擒金家奴。
七月，乃颜党诸王势都儿（失都儿）犯咸平，辽东宣慰使塔出遣使驰驿以闻。忽必烈命其领兵一万，与皇子爱牙赤同力备御。时女直、水达达（居住在牡丹江和黑龙江中下游一带的以渔猎为业的部族）官民与乃颜联结，塔出遂与麾下十二骑直抵建州，距成平一千五百里，与叛将太撒拔都儿合战。当得知叛将帖哥、抄儿赤等将袭击爱牙赤时，又以数十人击退叛军千余，护爱牙赤渡辽水。乃颜军来袭，塔出射杀其将，击退追兵，驻于懿州。
二十五年（1288），皇孙铁穆耳行边，乃颜余党火鲁火孙、哈丹秃鲁干复叛，攻诸郡，诸王小薛与之相应。皇孙铁穆耳率土土哈、诸王乃蛮台（乃麻歹、乃马带）、爱牙哈赤、平章塔出、都万户阁里帖木儿等奉诏抚诸军进讨。钦察大将土土哈等击败叛王火鲁火孙（又作火鲁哈孙）于兀鲁灰，至哈剌温山（大兴安岭），夜渡贵烈河（又作龟剌儿河，今归流河），奔袭哈丹军。玉昔帖木儿率万户、弘吉剌部人帖木儿，洪茶丘子洪万等自贴列可转战至龟剌儿河、恼木连河（又作纳兀河，今嫩江）。伯帖木儿首战却敌，获其党驸马阿剌浑……至霸郎儿，与忽都秃儿于战，杀其裨将五人，生擒曲先儿。九月，往纳兀河东等处，大败敌军，“招集逆党乞答真一千户、达达百姓及女直押儿撒等五百余户”。时已隆冬，声言俟春方进，却出其不意，倍道兼行，过黑龙江，捣其巢穴，杀戮殆尽，哈丹秃鲁干遁去。伯帖木儿追哈丹“至斡麻站、兀剌河等处，连败其党阿秃八剌哈赤军，转战至帖麦哈必儿哈，又败之。进至明安伦城（今黑龙江省龙江南），哈丹迎战，败走，追至忽兰叶儿，又与阿秃一日三战，手杀五人，擒裨将一人。至帖揭里，突袭哈丹，挺身陷阵，身中三十余箭而还。兀爱等败敌将古都秃鲁干于斡秃鲁寒，元军尽得辽左诸部，置东路万户府，哈丹窜入高丽境，侵扰西京，距辽阳二千里皆骚动”。
二十六年（1289）正月，哈丹再入辽东，不时整军犯边。二月，攻胡鲁口（今黑龙江省大安北），开元路治中兀颜雅兀格战数日，败其军。四月，朝命塔海发忽都不花所部军，屯狗站北以御寇。六月，诸王乃蛮带败哈丹于托吾儿河（今洮儿河）。时胜纳合儿响应哈丹，海都又东来欲与东路叛王联兵，渡杭海岭，占领和林。七月，忽必烈再次亲征，海都遁去。伯帖木儿奉命西击海都，行至怯吕连河（克鲁伦河），值拜要叛，移师致讨，擒其党伯颜。薛彻坚与弘吉剌部人忽怜迎击东道叛王，哈丹等退走。东西叛王联兵反叛的危险解除，元军收复和林，以丞相伯颜居守。至此，哈丹的势力被逐出辽东，不得不在高丽境内栖身，并不时窜犯、袭扰辽东，劫夺驿站马匹，扰乱开元、水达达等处蒙、汉、女真人的正常生产、生活。
二十七年（1290）正月，哈丹余党自高丽再犯辽东，进攻海阳（今辽宁绥中南），元廷命高丽发耽罗兵千人讨之。四月，又攻海阳。五月，攻开元。八月，平昌政事阇里铁木儿率师与合丹战于瓦法（今吉林省磐石、海龙一带），大破其军。十二月，诏诸王乃蛮带、辽阳行省平章政事薛彻坚、右丞洪察忽，领蒙古军万人分戍双城及婆娑府诸诚，以防合丹兵，博罗欢俘哈丹二妃。元军在北部和西线都作了部署，哈丹的势力被局限在东南一隅，形势更加被动。
二十八年（1291）正月，元军主动出击，彻里帖木儿、伯帖木儿兵至鸭绿江，与哈丹子老的战，失利。忽必烈又命乃蛮台、薛彻干等增援，仍以伯帖木儿为先锋。“薛彻坚军先至禅定州，击败哈丹。逾数日乃麻歹兵至，合攻哈丹，又败之。伯帖木儿将百骑追至一大河，虏其妻孥，追奔败北，哈丹尚有八骑，伯帖木儿只余三骑，再战，两骑士皆重伤不能进，伯帖木儿单骑追之，至一大山，日暮，遂失哈丹所在”。
三月，乃颜叛将牙儿马兀等同女直兵五百人追杀内附民，塔海将兵千人平之。十二月，哈丹大势已去，阇里带与玉昔帖木儿议，请继续增兵，一举平定乃颜余党，遂增辽东平叛兵一千五百人。
二十九年（1292），在政府军的强大压力下，从叛诸王、将领相继归降，朝议以其分隶诸王、将领，从军自效。东道诸王叛乱彻底平定。
名家回眸
忽必烈建元后，北方诸王掀起的此起彼伏的反抗和叛乱，是困扰 元朝统治的一个障碍。其中海都为首的西北诸王之乱，是元朝初年最旷日持久的战乱，这次战乱不仅贯穿整个忽必烈朝，而且一直绵延到成宗在位期间，前后长达近半个世纪。忽必烈在位30多年中，与分裂势力和叛乱势力进行了十分激烈的斗争。在军事上对叛乱势力的坚决镇压，对巩固元代多民族国家的统一起了很大作用。
忽必烈与八思巴的会见
八思巴（1235～1280），法名洛卓绛称伯让波（智幛吉祥贤）。藏传佛教萨迦派的第五世祖师，名字意为“圣者”。元宪宗三年（1253）奉皇弟忽必烈之召，会见忽必烈，与后者建立了密切的关系。忽必烈即位后，八思巴被尊为“国师”、“帝师”。
佛教自7世纪传入吐蕃，9世纪中叶，因遭到吐蕃王朝达玛赞普“禁佛”的打击，一度衰落。吐蕃王朝瓦解后，西藏社会陷入分裂状态，奴隶制也逐渐向封建农奴制转化，10世纪后半期，佛教又开始复兴。11世纪中叶，随着封建农奴制的发展，各地农奴主的统治地位日益巩固，彼此间的争夺加剧，他们也各自同佛教势力建立了密切关系，藏传佛教也因而形成了不同的派别。当时，影响较大的有噶当（“噶”，藏语意为“佛语”；“当”，意为“教授”或“教诫”，“噶当”意为一切佛语——经律论三藏都是对僧人修行全过程的指导，该派在藏北当雄西南建热振寺）、噶举（藏语意为“口授传承”，该派支系最多，噶玛噶举、蔡巴噶举、帕竹噶举是其较大的派系，其中噶玛噶举派首创活佛转世制度，有黑帽系和红帽系两个活佛转世系统）和萨迦（藏语意为白土，因其寺建在灰白色土地上得名）等派。
有确切记载的西藏僧俗代表人物与蒙古统治者建立联系的当始自窝阔台的儿子阔端，但中外藏学家中也有人提出这种联系的建立可能开始于成吉思汗时期。
无论如何，萨迦派与蒙古上层的联系确始于阔端而政治关系的确立则完成于忽必烈。
窝阔台即位后，将河西地区赐给了次子阔端。阔端驻于凉州，负有向藏族地区发展势力的任务。阔端招降了金朝巩州总帅汪古人汪世显，任命来降的临洮吐蕃人赵阿哥潘为叠州安抚使，控制了甘、青、川边界的藏区，为向西藏发展势力打下了基础。元太宗窝阔台十一年（1239），阔端派遣多尔答等率兵人藏，军至藏北彭城，四出抄掠，焚毁了热振寺和杰拉康寺，杀死了五百多僧人。征服了西藏地区，使所有“木门人家”都交纳贡款。东从贡波以上地方，西至尼泊尔，南至扪地区一带，所有王城都被元军征服，收归在元朝国法压制之下，遵从元帝之命，并派遣使臣朝觐元都。
继武力征服之后，他又遣使入藏，征聘当地有影响、有威望的人士，以便通过他们更好地治理和控制西藏。使者入藏，在广泛地了解情况后，向他作了汇报，他决定首先征聘精通佛教经典的大学者萨迦派第四代祖师萨迦·班智达·贡噶坚赞，阔端遣使带着皇帝的诏书前往迎请，萨班在与其周围重要人物商量后，决定前往。
1243年，萨班与其两个侄子八思巴和恰那多吉随使者上路，一路上讲经传法，1246年八月到达凉州。此时，正值大蒙古国选举大汗的忽里勒台召开之际，阔端不在凉州。第二年一月，萨班一行才得以谒见阔端，他为阔端讲经说法，治病禳灾，很受器重。阔端说：“汝携带如此幼小之八思巴兄弟及侍从一起前来，是眷顾于我。汝以头来归顺，他人以脚来归顺，汝系因我召请而来，他人则是因恐惧而来，此情吾岂能不知！八思巴兄弟先前已习吐蕃教法，可仍着八思巴学习之，着恰那多吉学习蒙古语言。若吾以世间法护持，汝以出世间法护持，释迦牟尼之教法岂有不遍弘于海内者欤！”实际上，阔端在学习佛法的同时，更重要的是向萨班劝降。萨班受到的礼遇，使他确信依靠蒙古贵族将有利于萨迦派的发展。因而在这里萨班已经代表西藏各派势力同蒙古贵族进行了谈判，并决定西藏归附蒙古。条件是蒙古国在西藏调查户口，编造清册，征收赋税，任命达鲁花赤；西藏各派僧俗人士，仍可继续任职，从而确定了蒙古贵族依靠萨迦派控制西藏的方针。
1251年，蒙古诸王、大臣的忽里勒台选举蒙哥为蒙古国大汗。蒙哥任命其弟忽必烈总漠南军国事。萨班归降蒙古的决定并没有得到全体藏地上层人士的认可，甘、青和川西的一些部落还没有完全归附，西藏的一些教派上层也在进行抵制。蒙哥一方面遣和里解统吐蕃等处蒙古、汉军，与两淮、四川等处蒙古、汉军，“皆前征进”；一方面利用萨迦派上层与阔端的关系继续对各派上层进行劝降活动。
十一月，萨班死，八思巴继为萨迦派教主。
宪宗二年（1252），蒙哥下令在汉地、斡罗斯和吐蕃等地清查户口。八思巴以萨迦派教主的身份写信给西藏僧俗上层，一方面通报萨迦·班智达病逝的消息，一方面通报蒙哥即位和清查户口的有关情况，并遣格西多吉周和松布等与清查使者同往。以便向吐蕃上层解释详情，避免惊惧，保证括户顺利进行。
在清查西藏户口的基础上蒙哥依照在其他征服地区的先例对西藏地区也实行了分封，将止贡划归自己、察巴分给忽必烈、迦萨分给阔端、噶玛分给阿里不哥，旭烈兀则得到了帕竹派地区。
忽必烈受命征云南。夏，驻军六盘山，遣使凉州迎请萨迦·班智达。八思巴与阔端子蒙哥都至六盘山会见忽必烈。忽必烈留下八思巴，与之结成施主和福田关系。这是八思巴与忽必烈的第一次会见，它对八思巴的一生产生了重大影响，为萨迦派与元朝统治者的合作奠定了基础。
当时，忽必烈的军营中已经有一些本封地的察巴噶举派僧人。但是，他们知名度不高，影响不大。当时，南宋军队在边界上坚壁清野，对忽必烈自临洮进军四川不利，他决定取道甘、青、川藏区，对南宋实行战略包抄。为了顺利地通过藏区，他需要一位威望高、影响大的藏族上层人士的协助。于是他邀请在凉州的萨迦派教主八思巴和噶玛噶举派教主噶玛拔希到军营中会见。
八思巴大约在该年冬天至忽必烈军营，向忽必烈介绍了西藏的历史、宗教情况。在王妃察必的鼓励下，忽必烈开始接受佛教。
宪宗三年（1253）新年，忽必烈接受了萨迦派的密法灌顶，在察必的支持和调停下，与八思巴结成了施主与上师的关系。而噶玛拔希却迟迟未到。
在忽必烈南伐大理时，八思巴在凉州主持了其伯父萨迦·班智达灵塔开光仪式。当忽必烈自云南北返时，他再一次到军营中会见其施主，并追随忽必烈到达汉地。忽必烈对年轻的萨迦派教主八思巴远道来投十分重视，“颁给八思巴一份称为‘藏文诏书’（扎撒博益玛）的文书，肯定八思巴作为他的宗教上师地位，重申自己皈依佛法，担任佛教的施主”。
宪宗四年（1254）夏，八思巴前往朵甘思（指今西藏那曲专区东部、昌都专区北部、四川甘孜藏族自治州北部、青海玉树藏族自治州一带地区），可能为迎请传戒上师和宣谕藏文诏书。不久，又返回忽必烈营地，并见到了忽必烈自大理带回的佛牙舍利。
宪宗五年（1255）新年，八思巴向忽必烈敬献《新年吉祥祝辞》，称忽必烈为“尊胜人主”，祝愿他“胜于各方”。至此，忽必烈与八思巴之间特殊的宗教与政治关系正式确立。同年噶玛拔希也曾晋见忽必烈，但他拒绝了忽必烈请他长期留在身边的要求，并转而到漠北投靠蒙哥和阿里不哥。后来，在阿里不哥与忽必烈争夺汗位之际，他因涉嫌支持阿里不哥受到了忽必烈的惩罚，从而失去了依靠最高统治者发展本派势力的机会，八思巴便成为忽必烈身边唯一重要的西藏宗教和政治势力的代表。
这一年夏天，八思巴到河州（今甘肃省临夏回族自治州临夏县）接受比丘戒，完成了成为一名正式佛教僧侣的全部仪式，然后又返回忽必烈营帐。
宪宗七年（1257），忽必烈与蒙哥兄弟间矛盾公开化，忽必烈被解除了兵权，不能参加对宋战争；阿兰答儿、刘太平等开始检查陕西、河南钱谷出入，忽必烈处境困难。为了趋吉避凶，忽必烈需要宗教保佑，二月，八思巴为他举行了称为“烧施”的宗教活动，三月，写了《五天女赞》，为忽必烈禳灾祈福。夏季，八思巴朝拜佛教四大名山之一的五台山，以一个佛教徒的眼光，写诗赞颂五台，在西藏佛教界影响甚大。冬，忽必烈亲自朝见蒙哥，兄弟释嫌，重归于好，忽必烈处境改善，八思巴的地位也相应提高。
宪宗八年（1258）春夏之交，忽必烈受蒙哥之托，在开平主持释道两教关于《老子化胡经》真伪的辩论大会，除汉地儒生、道士、佛教僧人外，还有吐蕃、河西、大理等地僧人参加，八思巴也参加了这一“汇集了当时大半个中国的释、道、儒三家精英的学术大会”。他以自己广博的知识、雄辩的口才，向道士问难并使之辞穷，从而使佛教理论在这次辩论中战胜了道教，道士十七人依约被罚削发为僧。这场辩论对忽必烈尊崇佛教无疑也产生了重大影响。自1254年到1260年，八思巴多数时间在忽必烈军营或王府，从事佛教理论的研习修持，为忽必烈及其诸妃、诸子祈福禳灾。当忽必烈自湖北返回燕京时，他也自开平到达那里。
显然，他也是忽必烈争夺最高统治权的支持者之一。
中统元年（1260），元世祖忽必烈尊八思巴为“国师”，“授以玉印，统释教”。至元六年（1269），八思巴献上所创新字（八思巴蒙古文），七年（1270），忽必烈再次请求八思巴向他传授灌顶时，改玉印为帝师印，又封八思巴为“皇天之下，大地之上，梵天佛子，化身佛陀，创制文字，护持国政，五明班智达帝师”。
帝师是皇帝和皇室成员的老师和精神支柱，也是全国佛教僧人的领袖，位在诸王之上。帝师嗣位，要赐封诏玉印，宣谕天下；新君即位，要对帝师降诏褒奖；颁发给帝师的诏书为专用的“珠诏”，帝师至京师，用皇帝出行仪仗之半为前导，百官郊迎。
帝师代表佛教保佑皇帝，为皇室作各种名目的佛事，如为呈帝和皇室成员祝延圣寿、禳灾祛难、祈祷国泰民安，等等。在思想文化方面，就忽必烈个人而言，他既利用汉儒在汉地实行汉法，也利用藏传佛教为巩固其统治服务。忽必烈非常重视八思巴所创的蒙古新文字，新字一经进呈，他立即下诏在全国推行。
新字是以藏文字母为基础创制的一套拼写符号，采用竖行自左至右的书写方式，“它可以用来拼写蒙古、汉、畏兀、藏等语言，所以实际上是供元朝统治下的各民族共同使用的一套拼音字母。它的创制可以说是在元朝统一中国的历史条件下，我国历史上第一次打算统一各民族文字字形的尝试，也是第一次用一套拼音字母来记写汉语的尝试。对元朝将众多的民族统一为一个大帝国和消除或减少民族间语言文字上的隔阂具有重要的政治意义”。
名家回眸
忽必烈与八思巴的历史性会见和他们之间宗教、政治关系的确立对元代的统治、统一多民族国家的巩固和发展都具有重要和深远的影响。
忽必烈与阿里不哥之争
1259年，蒙古帝国的蒙哥汗在合州钓鱼台战死了，他的死引发了以阿里不哥为代表的守旧派和以忽必烈为首的“汉法”派的汗位之争。阿里不哥是拖雷的第七个儿子，宪宗七年（1257）蒙哥亲征南宋时，留幼弟阿里不哥守和林，剥夺了忽必烈的兵权，并对他所管的河南、陕西民政、财政进行审查。在与忽必烈的矛盾暂告缓和后，迫于右翼统帅塔察儿军失利，才又命忽必烈统右翼军。九年（1259），蒙哥死于合州（今四川合川）钓鱼城下，蒙古国再一次出现了汗位空缺。此时，术赤、察合台兀鲁思同大蒙古国的离心倾向逐渐增强，窝阔台后裔的力量严重削弱，未来的一场汗位争夺战将在拖雷诸子间展开。
拖雷正妻唆鲁和帖尼在世的三个儿子以忽必烈为长，时正在征南宋东路军中；旭烈兀为次，在征叙利亚、伊拉克军中，幼子阿里不哥在都城和林。在蒙哥与忽必烈的矛盾冲突中，阿里不哥与蒙哥政见一致，因而蒙哥亲征前，让阿里不哥统率留下的军队和斡耳朵，把兀鲁思交给了他，并把自己的一个儿子玉龙答失留在他那里。于是，在拖雷家族中便形成了以阿里不哥和忽必烈为首的两派政治势力，作为蒙哥在朝中的代表，在汗位的争夺上阿里不哥具有明显的优势。但是，此时的忽必烈已羽翼丰满，特别是他身边聚集了一批具有丰富统治汉地经验的儒臣，并得到了一部分握有兵权的以史天泽为代表的汉人世侯的支持，他们的支持也就意味着他还有以汉地财富为后盾的雄厚的经济实力。儒臣们既已选定忽必烈为其政治代表，就一定会不遗余力地支持他参与这次最高统治权的争夺，并给这次汗位之争带来了不同于以往的政治色彩。
蒙哥死讯传来，漠北的阿里不哥和驻军鄂州（今湖北武昌）的忽必烈都积极进行争夺汗位的活动。阿里不哥及其支持者们以居守和林的优越地位，以监国和忽里勒台召集者的身份，向四方遣使，发布敕令，要求诸王、那颜们到斡难、怯绿连之地，为蒙哥举哀发丧并参加忽里勒台；命脱里赤为断事官，行省事于燕京，按图籍号令诸道，并括漠南诸道兵；命阿兰答儿乘传调兵，浑都海出兵据关陇，刘太平、霍鲁海（霍鲁怀）办集粮饷，图谋秦蜀，以形成有利形势，钳制忽必烈。
九月，忽必烈自末哥（木哥、穆哥，拖雷第八子）所遣使者处得知蒙哥病逝的消息，坚持挥军渡江，进围鄂州；同时遣大将霸都鲁（拔都突儿，木华黎孙）趋岳州，接应自云南北上的兀良哈台。这时，宋将吕文德自重庆援鄂，宋军城守益坚。十一月，忽必烈妻察必遣使军中，密报阿里不哥所为，要求忽必烈速回。忽必烈立即召集诸将，商讨对策。郝经上《班师议》，建议“断然班师，亟定大计，销祸于未然。先命劲兵把截江面，与宋议和，许割淮南、汉上、梓夔两路。定疆界岁币。置辎重，以轻骑归，渡淮乘驿，直造燕都，则从天而降，彼（指阿里不哥）之奸谋逆志，冰释瓦解。遣一军逆蒙哥罕灵舆，收皇帝玺。遣使召旭烈、阿里不哥、末哥及诸王驸马，会丧和林。差官于汴京、京兆、成都、西凉、东平、西京、北京，抚慰安辑，召真金太子镇燕都，亦以形势。则大宝有归，丽社稷安矣”。忽必烈采纳了郝经的建议。恰值此时，南宋权臣贾似道因不敢与蒙古军交锋而遣幕客宋京前来约和，“愿割江为界，且岁奉银、绢匹两各二十万”。所提条件大大超出忽必烈的期望，于是忽必烈立即与贾似道约和，以霸都鲁、兀良哈台率部分军队留驻前线，自己与塔察儿、合丹、也松格等各军北归。
至南京（今河南开封），得到了阿里不哥谋取汗位的确切消息，他向阿里不哥派出了急使，要求他将所抽调的军队还给诸将，并准备好交通工具、粮食、武器，结束南征。同时，他又向驻在燕京的阿里不哥代表脱里赤和驻守鄂州的霸都鲁遣使，要求脱里赤遣使前来，向他们表示了同阿里不哥间的误会已经解除；令霸都鲁立即撤军，回到自己身边。以增加自己的军力。这年，忽必烈在燕京驻冬。
1260年夏，阿里不哥遣使要求各宗王前往参加忽里勒台推选大汗，忽必烈身边的宗王塔察儿、也松格（成吉思汗弟拙赤合撒儿的儿子）、纳邻合丹（小合丹，宗王）借故不赴。阿里不哥却在部分宗王的拥戴下即位和林。他们中有哈剌旭烈（察合台孙）的妻子兀鲁忽乃，蒙哥的儿子阿速带、玉龙答失，察合台的孙子阿鲁忽（察合台第六子拜答儿之子），塔察儿的儿子乃蛮台，赤因帖木儿（只必帖木儿，窝阔台次子阔端的儿子）之弟也速（只必帖木儿之兄也速不花或只必帖木儿堂兄弟、窝阔台第六子合丹之子也速儿），合丹（窝阔台第六子）的儿子忽鲁迷失和纳臣，斡儿答（术赤长子）的儿子合剌察儿和别勒古台的一个儿子，旭烈兀的儿子术木忽儿（主木忽儿、玉木忽儿）。那颜和将领中有蒙哥时期的大必阁赤孛鲁合、蒙哥与阿里不哥的亲信阿兰答儿、脱里赤。驻守六盘山的大将浑都海、驻守成都的部属密里火者（明里火者、密里霍者）和驻守东川的乞台不花等也支持阿里不哥。阿里不哥向各方派出急使，宣称自己已被推举为大汗。
但是，他的即位没有得到忽必烈支持者的认可，他们拦截了使者，并在开平召开了另一次忽里勒台，参加者有东道诸王塔察儿、也松格、忽剌忽儿（哈赤温孙）、爪都（别勒古台孙），西道诸王也可合丹（大合丹，窝阔台第六子）、阿只吉（察合台之孙不里的儿子）等，那颜、将领则有木华黎国王的孙子霸都鲁，速不台的儿子兀良哈台，弘吉剌部驸马按陈，亦乞列思部驸马帖里该和右翼的全体那颜。忽必烈的支持者廉希宪利用塔察儿因兵败遭蒙哥谴责的不满情绪，游说塔察儿，利用塔察儿的影响和威望，提名推举，这次忽里勒台将大汗继承权赋予了忽必烈。五月，忽必烈建元中统。
为了南下与其兄争夺天下，阿里不哥“分遣腹心，易置诸将”，对汉地的军事、行政都重新进行了部署，命刘太平、霍鲁海行省事于关右，收关中诸处钱谷，控制关陇，接应川蜀。将军队指挥权交给亲信阿兰答儿，部署兵分两路进取燕京。令浑都海仍驻六盘并与两川诸将联系；遣阿兰答儿自和林趋凉州，与浑都海配合，意在收集蒙哥旧部，控制河西，占据关陇，东出山、陕，自西路进兵燕京；遣其子玉木忽儿和术赤子合剌察儿率领东路，出和林渡漠进犯开平、燕京。
针对阿里不哥的军事、行政部署，忽必烈也采取了相应措施，他派八春、廉希宪、商挺为陕西四川等路宣抚使，粘合南合、张启元为西京等处宣抚使，与阿里不哥的支持者浑都海、霍鲁海、刘太平争夺陕西、四川，并阻止两川支持阿里不哥的军队东进；派合丹、合必赤、汪良臣等增援八春。派也松格等为东路先锋出兵阻击玉木忽儿。同时，自燕京、西京（今山西大同）、北京（今内蒙古赤峰市宁城）运米至开平、抚州、净州（内蒙古四子王旗）、鱼儿泊（今内蒙古克什克腾旗达里诺尔），以备军储。
廉希宪等晚于刘太平二日入京兆，他一方面“大集官吏，宣示诏旨”，安辑城内，一方面“遣人驰往六盘山，宣谕安抚”。蒙哥死后，其子阿速带扶柩护玺返回漠北，大部分军队由大将哈剌不花率领退屯六盘山与驻守在那里的浑都海会合。留守四川的蒙古军统帅纽邻部下的奥鲁官和副将乞台不花与六盘浑都海联系密切，驻守成都的密里火者也是他的同党。希宪派往六盘的使者被杀，浑都海等已约日进兵。在面对强敌的严峻形势下，希宪遣万户刘黑马逮捕刘太平、霍鲁海，入川杀密里火者于成都，令总帅汪惟正杀乞台不花于青居。征秦巩平凉等处诸军，以所佩虎符银印授汪良臣，使统诸军备六盘，以六盘兵精，戒八春、汪良臣“毋与争锋，但张吾军声”，阻止浑都海兵东进，以待援军。同时宽宥被俘的西川奥鲁官，收其军为己用。
八月，阿兰答儿与浑都海军合，南军诸将首战失利。后合丹、合必赤与八春、汪良臣等合兵再战于平凉，大胜，俘斩阿兰答儿、浑都海。东路也松格也败北军先锋玉木忽儿。冬，忽必烈决定亲征和林，阿里不哥逃往谦谦州（在今叶尼塞河上游南），南军占领和林。
为了休养士马，阿里不哥向忽必烈请降，表示在秋高马肥后入觐，得到允准。中统二年（1261）秋，他提兵南下，声称前来投降，却突然袭击了边将也松哥，占领了和林，并派兵南向骚扰漠南，忽必烈再次亲征。他紧急调动军队，宗王塔察儿、合丹，驸马按陈、帖里该和汉将史天泽等同行。大军与阿里不哥遇于昔木土脑儿，塔察儿与合丹、合必赤等分兵奋击，先败阿里不哥所部的斡亦剌军，杀其将合丹，追北五十余里，阿里不哥败退。由于忽必烈没有穷追溃逃的阿里不哥，使他们误认为南军已经撤退，于是后军统帅蒙哥之子阿速带与阿里不哥商量后率军继进，与忽必烈中军相遇，忽必烈亲自督战，丞相线真将右军，史天泽将左军，合势进逼，左翼史天泽军大败北军右翼；右翼线真军与北军杀伤相当，不分胜负，激战后各自撤军。此后，忽必烈命塔察儿率军北上，而以蒙古、汉军分守居庸、古北诸关口。
在争夺漠南的同时，两兄弟也都力争控制察合台兀鲁思，忽必烈派察合台曾孙阿必合失（木秃坚孙，不里子）回封地主持兀鲁思事务，他与其兄弟同行，在漠北为阿里不哥逻卒擒获，被杀。阿里不哥另派察合台的孙子阿鲁忽（察合台第六子拜答儿的儿子）主持其祖父封地的事务，并要求他提供粮食和武器，守卫质浑河边界，阻止旭烈兀、别儿哥派军增援忽必烈。同时遣使至察合台兀鲁思境内征调军需，使者在短期内征调了大批牲畜、马匹和武器。
受阿里不哥支持夺得了察合台兀鲁思统治权的阿鲁忽，在控制了察合台封地全境后，不愿再听命于阿里不哥。他扣留了阿里不哥使者征调的牧畜、武器和钱物，宣布拥护忽必烈。旭烈兀也倾向忽必烈，并遣使责备阿里不哥。于是他们对各自控制区的统治权也得到了忽必烈的认可。
阿鲁忽的背叛令阿里不哥极为愤怒，于是他率兵攻打阿鲁忽。阿鲁忽在不剌城击败阿里不哥的先锋军并杀其先锋哈剌不花后，回到伊犁河，驻在自己的斡耳朵并遣散了军队。阿里不哥后军继至；夺取并洗劫了伊犁河和阿力麻里，阿鲁忽退至忽炭（今新疆和田）和可失哈耳（今新疆喀什噶尔）。阿里不哥在伊犁河和阿力麻里地区驻冬，他无节制地宴饮和寻欢作乐，残酷地掠夺和杀害军民，激起了当地人民和属下将领的不满，一些追随者开始脱离他。旭烈兀的儿子玉木忽儿借口有病，首先离开，接着蒙哥之子玉龙答失、阿里不哥的一些千户长也陆续脱离他投降了忽必烈。
在阿里不哥众叛亲离、势力衰弱之际，阿鲁忽也出兵攻打他，使他无法在那里立足。忽必烈则乘机北上收复了和林，正当他准备前去追袭阿里不哥时，汉地发生了军阀李璮的叛乱，忽必烈匆忙撤军。此后，南军封锁了通往阿里不哥驻地的交通。由于那里的粮食、物品都依靠汉地供给，阿里不哥供给发生了困难，物价飞涨，加之连年饥荒，物资极度匮乏，阿里不哥陷入了困境。中统五年（八月改至元，1264）七月，走投无路的阿里不哥向忽必烈投降，前往开平觐见。
按照惯例，“罪人的肩上要披上大帐的门帘接见，他也就这样地披盖着去觐见（君主）”。忽必烈问阿里不哥：“我亲爱的兄弟，在这场纷争中谁对了呢，是我们还是你们？”阿里不哥回答：“当时是我们，现在是你们。”忽必烈与阿里不哥都流下了眼泪。当时，有旭烈兀的使者在场，他把兄弟俩相见的情况报告了旭烈兀，旭烈兀对忽必烈以这样的方式接见本家族的人表示不满，认为这“使宗亲蒙受了耻辱”，忽必烈也承认自己做得没有礼貌。此后，他有整整一年的时间没有让阿里不哥去见他。
第二天，忽必烈命宗王和那颜们审讯阿里不哥的同党。开始，阿里不哥说：
“他们无罪，我是这场广泛蔓延的罪行的根源。”但是，没有人理睬他的话。忽必烈问他：“谁唆使你起来作乱的？”他供认是孛鲁合、阿兰答儿和脱里赤。忽必烈打算宽宥孛鲁合，因为他曾听到过窝阔台合罕和蒙哥合罕的话；而就这场汗位争夺的有关情况，他还可以在旭烈兀和其他宗王面前作证。但是阿速带反对宽恕孛鲁合，他表示要同孛鲁合对质，并揭发说，孛鲁合曾讲过一个蒙古寓言，大意是说，他们做了事，就不能半途而废，必须勇往直前。情况被报告给忽必烈。孛鲁合被处死。跟随阿里不哥的那颜有十人被处死。窝阔台系诸王被遣送回到他们的封地。
对于阿里不哥和阿速带的审讯，则需等诸汗国君主旭烈兀、别儿哥和阿鲁忽的到来。只是他们迟迟不到，于是忽必烈与身边的塔察儿等宗王审讯了他们，并向全国各地颁发了圣旨。他向术赤、窝阔台、察合台汗国派出了急使，通知他们说：“由于路途遥远，事情繁多，你们未能出席，但若继续拖延（审讯），可能会使（政权）削弱，并使国家边疆事务受到不可弥补的损失，所以我们处死了他们的异密并审讯了他们二人。现在我们商议：我们，全体宗亲们，一致决定宽恕阿里不哥，赐他以自由，（并释放阿速带），你们对此以为如何？”这时，诸汗国君主都在忙于自己的事务，对大蒙古国本身问题的兴趣已经逐渐淡漠，钦察汗国君主别儿哥对使者说：“合罕、旭烈兀和全体宗亲作出的决定是正确的。我们也一定在牛年（1265）出发，在虎年（1266）走完（全部）路程，在兔年（1267）和旭烈兀一同出席忽里勒台。”使者们报告了全部情况后，阿里不哥和阿速带获准觐见忽必烈。不久，阿里不哥病死，旭烈兀与别儿哥之间爆发了战争，也没能如约赴会。忽必烈最终取得了对蒙古国的统治权，建号改元，并灭掉南宋统一了全国。其代价则是元朝对钦察、察合台和伊利汗国控制的削弱，它们从此走上了相对独立的道路。
名家回眸
对于忽必烈与阿里不哥之争，邱树森在《元朝史话》一书中做出了这样的评价：忽必烈夺取汗位的胜利，从本质上来说是蒙古统治集团内部“汉法”派战胜了守旧派，这对于蒙古国最后完成封建化来说是有决定意义的。同时也说明了历史的规律是不可抗拒的，像阿里不哥那样坚持维护旧的统治方式，失败是注定的；忽必烈能够顺应历史发展，适应汉族地区生产力发展的需要，采用原有的封建统治方式，因而在历史上做出了自己的贡献。
忽必烈建立大元
元世祖忽必烈是成吉思汗之子拖雷的第四个儿子，1215年出生，忽必烈童年的时代，正是蒙古铁骑四处征战、影响极盛的时候。这样的战争环境熏陶了他仁厚英武、胸怀宽广、心怀大志的性格。青年时候的忽必烈聪明睿智，成吉思汗就曾在众臣面前这样夸赞过他：“将有一日据吾宝座，使汝辈将来获见一种命运，灿烂犹如我再生之时。”历史证明了当年成吉思汗的话，忽必烈的即位使元朝达到了全盛时期。
蒙古军进入中原之初，实行残酷的屠杀政策。凡凭城抵抗的人，城破之日，除工匠外，不问男女老幼贫富顺逆，一律屠杀。被掳掠或投降的人，则被大批迁往漠北，能幸运地存活下来的人也是十无二三。在蒙古铁蹄的蹂躏下，金人统治的中原人口锐减。在1207年，蒙古人进入中原前，金全国有人户768余万户，而到蒙古大汗窝阔台统治的时期，人口竟然减少到100多万户。
从1251年起，忽必烈开始正式经略中原地区。为巩固蒙古人在中原地区的统治，忽必烈推行汉法，重用儒士，取得了良好效果。为了维持蒙古帝国的战斗力量，就必须保证人口的稳定增长。因此忽必烈首先从农业抓起。他到达中原后做的第一件事，就是奏请蒙哥将原来的税制加以变更，并且在黄河畔修筑五座粮仓，允许百姓直接纳粟，起到了军民两便的作用。忽必烈还实行了劝农政策，使农业得到恢复和发展。忽必烈称汗后，在1260年设置十道宣抚司，并规定宣抚使有劝农的职责。从1261年起，忽必烈直接在中枢建立了劝农司，作为劝导督察农事的机构，后改为司农司、大司农司，其主要职责就是“劝诱百姓，开垦田土，种植桑枣”。从1264年起，更把“户口增，田野辟”作为考核官吏的首要标准。
经过这样一系列的努力，到1270年以后，中原地区长期遭到破坏的农业生产基本上得到了恢复，有的地方甚至得到了发展。
1253年，蒙哥把京兆地区赏赐给忽必烈作为他的封邑，于是忽必烈在该地设置了京兆从宜府，负责这一地区的经济开发。忽必烈在凤翔地区屯田，招募百姓耕种，然后用收获的粮食换取河东解州的盐，再开辟嘉陵江的浦运，将换得的粮食供给军队。巧妙地将经济生产和军事需求结合起来。忽必烈还在京兆地区设立了宣抚司、交钞提举司等经济管理部门，专门负责商业之流通和印制交钞。
在忽必烈经略中原时期最重要的一件事就是建开平府。开平府营建于1256年，经三年的营造，宫室、城垣初具规模，成为忽必烈统治中原的中心所在。对中原地区治理的另一项重要举措是忽必烈兴儒学，以及对儒士的重用。他遵照窝阔台时期考选儒士的规定，免去儒户的赋役，修缮了燕京地区的文庙。忽必烈对中原地区的治理为他后来争夺汗位，一统天下，建立大元，打下了坚实的政治和经济基础。
1259年，蒙哥死在了四川的战斗中。忽必烈与阿里不哥开始了长达五年的汗位之争。在这场战争中，稳定的社会基础和充足的物质基础是忽必烈能够取得最后胜利的一个必要条件。1264年阿里不哥败降，其直接原因就是粮绝兵疲。
忽必烈在汗位争夺中取得胜利以后，随即挥兵南宋，开始了统一战争。战争自1267年八月开始至1276年三月宋恭帝出降、南宋灭亡为止，历时近十年。后又用了三年的时间肃清海上的南宋残余势力。最终忽必烈完成了中华一统，结束了自朱温篡唐以来华夏大地的长期分裂局面，成为了中国真正的主人。
1271年，忽必烈改国号为元，取《易经》中“大哉，乾元”之意，从此大蒙古帝国在中国的这一部分以“元”这个名字被载入史册。
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纵观蒙元历史，可以把元朝看成是各蒙古汗国的大宗主国。事实上各汗国也是承认这一点的。忽必烈是蒙古帝国最后一位致力于对外扩张的大汗，尽管这种扩张被大海与密林所限制，后期多归于失败。
但比起元朝后期的统治者来说，他的身子仍然坐立在马背上，而不是沉醉在宏伟的宫殿与高墙里。忽必烈是蒙古帝国历史上最后一位值得骄傲的征服者。尽管这位征服者取得汗位的方法不那么令人信服，但是他却是改变了华夏大地命运的人。
挥鞭南下——忽必烈灭宋
1126年，金兵进兵北宋，占领了开封，并大肆勒索搜刮，次年四月，金兵北撤，带走了北宋徽、钦二帝以及全部俘虏和财产，北宋的统治到此结束。1127年五月，宋徽宗的第九子康王赵构即皇帝位于南京应天府（今河南商丘），即宋高宗。后又定都临安（今浙江杭州），史称南宋。
南宋统治集团昏庸无能，内部倾轧，造成政治上的极端腐败，就在南宋统治江河日下的时候，北方蒙古帝国的崛起更是加速了南宋的灭亡。在成吉思汗统一蒙古高原后，他们相继南下灭亡了西夏和金国，并降服大理，完成了对南宋的大包抄。
至元四年（1267），忽必烈在巩固了自己的地位，作了长期的备战之后，以宋廷拘囚郝经为借口，举兵南下灭宋。首先攻击的目标就是南宋防御蒙古的最重要据点——襄阳。
襄阳地处汉水中游南岸，与北岸樊城相对，是扼守长江的屏障。金亡后，宋蒙多次争夺襄阳，但自1239年孟珙收复襄阳以来，蒙古军一直未能得手。中统三年（1262）忽必烈采用南宋降将刘整重贿襄阳守将吕文德，开榷场于樊城的计策，筑土城堡垒于鹿门山，遏制了宋军南北之援。至元四年开始的灭宋战争，也是采用刘整“攻宋方略，宜先从事襄阳，如覆襄阳，浮汉人江，则宋可平”的献策。
至元四年（1267）八月，忽必烈命阿术、刘整攻襄樊，揭开长达六年之久的襄樊保卫战的战幕。当时，襄樊号称城坚池深，兵储可支十年，两城相为固守，唇齿相依，广大军民以大无畏的气概，决心与来犯之敌决一死战。所以在战斗的头几年，虽然蒙古军用了筑堡垒、造舰船、练水军、绝援襄粮道等方法，使宋军处于孤立无援的地位，但始终未能攻下。
至元五年（1268）春，蒙古军以破襄必先破樊，发兵围攻樊城。宋将张世杰与围城蒙古军战于赤滩圃，失败。七月，守将夏贵率舟师来援，袭阿术军于新郢，又败。秋，贾似道命范文虎来援，至灌子滩，再败。范文虎轻舟逃走。是年底，襄阳守将吕文德病死，弟吕文焕继为襄阳守将。
至元六年（1269）春，宋以李庭芝为京湖制置大使，督师援襄樊。范文虎忌李庭芝战功，致书贾似道：“我将带兵数万进入襄阳，一战便可取胜，但愿你不要让我受命于李庭芝，事成之后，功劳归你。”贾似道命范文虎从中牵制李庭芝，李庭芝多次要进兵，范文虎都每天携带美妾骑马娱乐，借口朝廷命令未到，拒不发兵。南宋统治集团竟是如此腐败。
这年年底，忽必烈增派史天泽至前线，他采用张弘范计，在万山筑城以截断襄阳的西部联系，在灌子滩树立木栅以阻止其东部的往来。于是襄阳粮援中断。
至元七年（1270）夏，各路元军同时包围襄阳。六月，范文虎军抵鹿门，大败，他乘夜逃遁，战舰及辎重全部被元军俘获。
至元八年（1271），襄樊已被困五年，城中特别缺少盐薪布帛。李庭芝屯郢，知襄阳西北有清泥河，源于均州、房州，于是造轻舟百艘，装载货物，募民兵三千，由民兵部辖张顺、张贵率领，准备冒死突破元军防线，支援襄阳。这是一次极大的冒险，所去者必是九死一生，但三千民兵，人人感奋。至夜，顺流入江，元舟封锁江口，无隙可入，张顺等斩断元军所设铁链，转战百二十里，元军不敢交锋，黎明抵达襄阳城下。城中军民得知张顺等来到，踊跃过望，勇气百倍。可惜，张顺中箭牺牲。张贵又遣二民兵，泅水去范文虎处，约定郢州发兵夹击。至约定日，张贵率军突破元军防线，不料范文虎失约，张贵重创数十处，被元军俘获，不屈而死。张顺、张贵援襄事件，十分悲壮，他们虽然牺牲了，但这种斗争精神却一直激励着南宋军民的抗元斗争。
至元九年（1272）正月，元军采用了张弘范绝继襄樊水上联系的策略，又用西域回回炮攻樊城，于是樊城陷，守将范天顺战死。牛富率兵百余巷战，兵败投火自尽。二月，吕文焕以襄阳投降元朝。至是，可歌可泣的襄阳保卫战宣告结束。
元军占领襄阳后，即等于打开了南宋的大门，南宋王朝的崩溃已是无可挽回了。
至元十年（1273）六月，元世祖忽必烈命伯颜率师伐宋。伯颜分军二道：一道进犯淮西淮东，指向扬州；一道由他自己率领，沿汉水入长江，并沿江南下，直趋临安。
自襄阳失守后，贾似道继续推行民族投降政策，包庇重用在襄阳战役中怯懦逃遁的范文虎和叛将吕文焕的亲属。面对敌人强大的攻势，他们毫无积极的备战措施。因此，在蒙古铁蹄面前，不是一触即溃，就是叛变投降。只有饱受蒙古铁蹄蹂躏的广大劳动人民，才是抗元斗争的主力军，一部分爱国领袖，在民族矛盾激烈的时代条件和人民群众英勇斗争的推动下，也投入了保卫民族生存的反元斗争中去。
由伯颜亲自率领的一路元军，以吕文焕为前锋，由襄阳顺汉水而下，随即包围郢州，宋守将张世杰在汉水设防坚守，元军由旁近水道绕过郢州，复入汉水，进至沙泽。沙泽守将王虎臣、王大用坚决抵抗，元军用金汁炮焚民房，城破被屠，于是进围新城。新城守将居谊拒不投降，并射伤前来劝降的吕文焕，后终困寡不敌众，居谊与三千战士全部殉职。
元军入长江后，攻下要塞阳逻堡，宋汉鄂舟师统帅夏贵仓皇逃遁，汉阳、鄂州相继投降。伯颜派阿里海涯守鄂，并进攻湖南，自率军队沿江东下。黄州（今湖北黄冈）奕喜、蕲州（今湖北蕲春东南）管景模、江州（今江西九江）吕师夔和安庆的范文虎全都不战而降。沿江诸郡都是吕氏的亲属或旧部，也是贾似道重用、包庇过的将领，他们望风而降是不足为怪的。但是许多州郡的人民，仍奋起抗敌，如池州知事逃跑，军民在通判赵卯发率领下，缮壁聚粮以固守，最后壮烈牺牲。
至元十年（1273）七月，度宗死，幼子赵为帝。朝政仍为贾似道控制。
十二月，鄂州失陷后，贾似道在朝野舆论压力下，不得已出兵应战。第二年二月，贾似道率诸路精兵十三万，进驻燕湖，与夏贵兵合。同时又遣宋京与伯颜议和，与1260年密约一样，许以输岁币称臣，被伯颜拒绝。贾似道不得不命孙虎臣统领步兵七万驻于丁家洲，夏贵以战舰二千五百艘横亘江中，自率后军驻于鲁港，于是双方发生交战。伯颜分步骑夹岸而进，又用战舰巨炮轰击孙虎臣军，孙虎臣军大溃，逃到鲁港。夏贵见孙虎臣军败，竟不战而逃，元军乘胜追击，宋军大溃，军资器械尽为元军所获。贾似道自鲁港逃至扬州。这次战役后，宋军水陆 两军的主力几乎全部丧失了。
贾似道逃到扬州后，上书请迁都逃跑，谢太后不许。元遣使向贾似道索要郝经，贾似道大恐，将郝经遣还。宋廷谢太后命陈宜中为相，陈上书请斩贾似道。
谢太后罢贾似道官，贬循州。在押解途中贾似道被杀。
元军在丁家洲大捷后，乘胜沿江而下。太平、和州、无为等宋守将纷纷投降。元军直抵建康，宋沿江制置大使，建康守臣赵浯逃跑，建康失守。元兵连取镇江、江阴、无锡、常州、西海州、广德等地。但各地军民仍然英勇抵抗。在无锡，元军遭到当地军民的英勇抗击，抗战军民惨遭杀害；在金坛，金坛人民组织义勇兵与元军奋战；在常州，元军占领后不久，张世杰即遣刘师勇等攻复，附近诸城纷纷起义，与张世杰会合，直到这年十一月，常州才被元军攻破，守将姚告、陈熠、王守节、刘师勇等继续率领军民抵抗，他们坚持巷战，宁死不屈，最后仅刘师勇等八人逃出虎口，全城惨遭屠杀。
临安危机，宋廷不得不发出勤王号召，但响应者甚少，只有张世杰和文天祥等少数宋臣起兵响应。
张世杰，范阳（今河北涿州）人，原是金将张柔部下，张柔降蒙，他投宋，为吕文德部属。在历次战斗中作战勇猛，抗元坚决。鄂州失陷后，他领兵入卫，途中收复饶州。
文天祥，名云孙，字宋瑞，号文山，吉州庐陵（今江西吉安）人，以状元任赣州（今江西赣州）知州。勤王诏下后，他把全部家资用作军费，领兵至临安，宋廷命其驻平江。时元军已破常州，入独松关，前锋抵达皋亭山（今杭州东北三十里）。陈宜中命文天祥弃平江、守余杭。至元十三年（1276）正月，由张世杰率领，背城一战，帝后人海逃难。但南宋朝廷无心抵抗，未久，陈宜中逃奔温州，张世杰领兵南下。
至元十三年正月十八日，宋廷遣宗室赵尹甫、赵吉甫等携传国玉玺及降表赴元营，降表称：“痛自贬损，削帝后，以两浙、福建、江东西、湖南北、二广、四川见在州郡，谨悉奉上圣朝，为宗社生灵祈哀请命……不忍臣祖宗三百年宗社遽至殒绝，由赐裁处，特与存金，大元皇帝再生之德，则赵氏子孙世世有赖，不敢弭志。”伯颜接受了南宋降表，谢后命文天祥以右丞相兼枢密使衔赴元营请和。文天 祥在皋亭山与伯颜抗争，伯颜将其拘捕，押解至镇江。二月，赵正式上表投降，元改临安为两浙大都督府，命忙兀台、范文虎等入城接管，至此，南宋灭亡。三月，伯颜入临安，赵、全太后和稍后病愈的谢太后都被押送至大都。
在伯颜占领临安的同时，江东、江西、湖南诸路也多半被元军占领，但是各地的抗元斗争仍在继续进行，其中特别是扬州、潭州、台州等地军民的抗元斗争更是英勇坚强、悲惨壮烈。
守卫扬州的抗元英雄李庭芝，早年曾是孟珙的部下，孟珙死后，在扬州驻守多年。襄阳失守前，蒙古军队曾企图攻占扬州，但李庭芝一面坚壁固堡，招收流民，组织防御，一面修筑民房，免除税收，恢复盐业等生产；襄阳危急时，他曾率军前往支援，却遭范文虎等人排挤、拒绝；襄阳失陷后，元军大举围攻扬州，当时贾似道兵败如山倒，沿江诸郡，或降或遁，独李庭芝坚守的扬州，依旧巍然屹立，元朝派南宋降人前来招降，他一概杀叛焚书，态度十分坚决。临安失陷后，谢太后和赵曾两次以诏书命他投降，并无耻地声称：“现在我们都已臣服，你还为谁防守？”李庭芝以射杀来使作为回答。
李庭芝在扬州人民的支持下毫不动摇。当时高邮、宝应、通、泰、真州也都是继续坚守着，并以粮援扬。元军在扬州周围设南北两营，早晚合哨，死死围困，但各地人民仍不顾危险，趁哨过之时，以物资支援守扬军民。元军攻扬主帅阿术，驱使夏贵的降兵到扬州城下以示夏贵已降，又派使者来招降，被李庭芝杀了；阿术又奉诏赦他杀使、焚诏之罪，劝他投降，又遭拒绝。由于扬州周围州县相继失陷，城内粮尽，有的士兵烹子而食，仍然坚持每天苦战，斗志十分昂扬。
至元十二年（1275）七月，益王赵昰诏李庭芝南下会合。李庭芝命朱焕守扬州，自率七千军队经泰州入海。不料，朱焕以城投敌，李庭芝等被围于泰州，被捕牺牲于扬州。
其他各地人民的抗元斗争也在继续坚持着，并给予元军以沉重的打击。
至元十二年（1275）三月，元军阿里海涯攻占岳州（今湖南岳阳）后，沙市人民死守小城，城破被屠。次年正月，潭州守将李芾率领军民奋起抗敌，经过激烈搏斗后，城被陷，李芾等英勇牺牲。
在广西，当地汉族和少数民族军民团结起来，保卫家乡。邕州兵攻了三个月，前后百余战，守卫的将士死伤惨重，但仍不愿投降。阿里海涯、忽必烈前后以高官厚禄引诱马塈，均遭拒绝。外城破，马塈又率战士守内城；再破，巷战而死。其部将娄钤辖还死守月城十余日，最后自燃火，二百五十名战士与月城同归于尽。静江人民也遭到残酷屠杀。
在两淮，自从夏贵投敌后，两淮人民奋起抵抗。镇巢军人民不堪元朝镇戍军的荼毒，在镇巢守将、家童出身的洪福领导下，尽杀戍兵，起义反抗。终因元军和叛将夏贵的镇压而告失败。至元十四年（1277）四月，淮人张德兴等起兵反元，收复黄州、寿昌军，势力波及湖北，并打死了镇压起义的叛将郑鼎。赵义一直坚持封九月才失败。
四川军民从1234年蒙古入境，到至元十五年（1278）合州失守，进行了四十多年的艰苦斗争。1259年，蒙古合诸道兵攻要塞合州，被击退。中统四年至至元元年（1263年至1264年），合州守将张珏组织了多次反攻，痛击敌人。至元四年（1267），蒙古军数万人进攻合州，也为守军击退。以后又长期牵制了一部分蒙古军队，支援了襄阳的保卫战。到至元十二年之后，元军在击败了南宋主力之后开始大举进兵四川，并包围重庆，张珏等率兵支援，并重创敌军。到至元十四年后，四川许多州郡在顽强抵抗之后，相继失陷。至元十五年，元军攻陷重庆，张珏率军巷战，不支，以小舟走涪州，不幸被捕，在解送元京途中自缢殉职。
临安投降前夕，益王赵昰、广王赵昺逃到温州。至元十三年五月，赵昰在福州即位，是为端宗。这年夏，文天祥在被元军押送至真州途中脱逃，经商邮航海至温州，旋即赶赴福州，被赵昰任命为右丞相，与张世杰、陆秀夫等抗元将领会合在一起。当时，元军已占领广州，李庭芝等所固守的两淮地区已经沦陷，四川张珏等所固守的重庆地区也陷入重围，元军对南宋的包围圈越来越小，但文天祥仍抱着“但今身未死，随力保乾坤”的决心，竭尽全力以图收复失地。
这年冬，文天祥率军入赣，相继收复宁都（今江西宁都）、雩都（今江西于都），江西许多地方起兵响应，一时军心大振。但是浙江与福建方面的战事却十分不利。十一月，赵昰由海道走泉州，又走潮州。宋福建招捕使王积翁叛于福州，招抚使蒲寿庚叛于泉州。
至元十四年（1277），文天祥、张世杰等在江西、广东等地与元军激战。
广东、湖南、江西、福建等地人民纷纷起兵配合。特别是福建的农民起义领袖陈吊眼、许夫人等，率领汉、畲各族人民，也投入了反元斗争，使南宋的兵势稍有振作，给元军以不小的打击。许多抗元军民，继续写下了壮烈的诗篇。福建兴化（今福建莆田）的军民在守吏陈文龙率领下，拒绝向元军招降，斥责劝降的叛徒，发动兵民固守小城，城破被捕，不食而死。他的儿子陈瓒又召集义兵五百人响应张世杰，攻复兴化，坚持了七个月之久，在重创来犯的敌人之后，又进行了巷战，最后壮烈牺牲。是年底，赵昰逃至香山（今广东中山），又逃至谢女峡。
至元十五年（1278）初，赵昰逃至广州，又逃至硐州（今广东硐洲岛）。四月，赵昰死，赵昺即位，及至五月，改年号为祥兴元年。六月，移驻广东新会海中压山，元遣张弘范率水陆之师二万南下，沿海漳、湖、惠、潭、广、琼诸州相继被陷。十二月，文天祥被捕于五坡岭（今广东海丰），张弘范等人千方百计要挟文天祥投降，均遭文天祥严词拒绝，并在招降书上留下了不朽的诗篇——《过零丁洋》。
后来张弘范不得不把他押送至大都，至元二十年（1283）正月，文天祥被杀，死时年仅四十七岁。他在临刑前作赞词一首：“孔日成仁，孟日取义，唯其义尽，所以仁至。读圣贤书，所学何事，而今而后，庶几无愧！”
至元十六年（1279）正月，张弘范率元军抵压山，张世杰联结战船千余作水砦，为死守计。元军封锁海口，宋军被困，士兵舀海水解渴，纷纷呕吐。元军用火攻，被宋军击退。二月六日，元军发起总攻，突破宋军阵脚，宋军大败。陆秀夫见不可逃脱，抱卫王赵昺投海死。宋将士家属纷纷投海殉难。张世杰拥杨妃冲出重围，准备召集旧部，寻找赵氏后裔，再图恢复。不幸遇台风，战船覆灭，溺死在平章山下，南宋的残余部队最后被元军消灭。都与察合台后王在河中等地争斗之机，命那木罕率领岭北诸王之军进驻阿力麻里，不断增给军马、器甲，后又遣右丞相安童以行中书省、枢密院事前往辅佐那木罕，监督诸军，加强对海都的进攻。至元十三年（1276）冬，从军诸王昔里吉、脱脱木儿（拖雷庶子岁哥都之子）、明里帖木儿（阿里不哥之子）等叛。昔里吉等人本来都是阿里不哥的拥戴者，对忽必烈夺取汗位一直怨恨在心；忽必烈又使他们听命于那木罕，还要受安童的钳制，于是更加愤愤不平。这时在脱黑帖木儿策划下起兵反叛。叛军拥戴昔里吉为主，乘夜袭击那木罕营，抓住那木罕、阔阔出和安童，将那木罕兄弟送到术赤兀鲁思忙哥帖木儿汗处囚禁，将安童送到海都处，并回师岭北，攻掠和林地区，取祖宗大帐，岭北诸王包括东道斡赤斤后裔多卷入这场叛乱，或暗中支持。忽必烈急遣伯颜丞相统领蒙古、汉军北征，打退昔里吉等叛王的进攻，随即以侍卫诸军戍守和林、称海等地，屯田实边。至元十八年（1281），皇太子真金和伯颜再次奉命巡抚诸军。
至元二十一年（1284），那木罕获释回朝，忽必烈改封他为北安王，仍命出镇岭北；至元二十四年（1287），设置王傅，掌管军需及本位诸事。在此前后，又派真金长子甘麻剌到北边防镇。这时海都、笃哇势力极盛，不断进犯畏兀儿地区和按台山一带；东道诸王乃颜等人叛迹渐露，而且有暗中勾结岭北和西道诸王的迹象。这便是忽必烈以两亲王同镇岭北的原因所在。至元二十五年（1288），海都乘元朝集中兵力（包括岭北守军）平定乃颜之乱的时机，越按台山而东，次年，败甘麻剌于杭海岭，进据和林。忽必烈立即统兵亲征，收复和林，留知枢密院事伯颜镇守和林，辅佐那木罕，甘麻剌则召还。
至元二十九年（1292），北安王那木罕死，忽必烈改封甘麻剌为晋王，复命出镇岭北，统领成吉思汗四大斡耳朵及北方诸军和蒙古本土。《史集》所载授予甘麻剌统领之地包括哈剌和林地区，赤那思、昔宝赤、斡难河和怯绿连河地区，薛良格河和海押立，成吉思汗大禁地（即不儿罕山），以及吉利吉思等地。甘麻剌所统之地几乎囊括全部蒙古本土及其以北地域。这些地区内的诸王、贵戚、勋臣所部军民，均受晋王节制。元贞二年（1296），成宗曾命合赤温后王也只里、哈撒儿后王八不沙、别里古台后王瓮吉剌带、斡赤斤后王也里悭等一道驻夏于晋王怯鲁剌之地，这次驻夏即是一次以晋王为首的大聚会。
晋王驻守怯绿连河上游成吉思汗大斡耳朵之地，置内史府，秩从二品，设内史、中尉、司马、断事官等官属，并在大都置分司；原北安王王府官并转属晋王。按元朝制度，蒙古人的刑名、词讼、婚姻、驱良等事，归大宗正府管理，因此晋王所部蒙古人案件，即由大宗正府派札鲁忽赤前往，会同晋王内史审理，重刑需禀报晋王决断。
大德六年（1302）甘麻剌死，子也孙铁木儿嗣为晋王。至治三年（1323）也孙铁木儿即皇帝位，泰定元年（1324），以次子八的麻亦儿间卜嗣晋王位。次年，又命第四子允丹藏卜出镇岭北。致和元年（1328），拥戴文宗的军队打败拥戴泰定帝太子阿剌吉八的上都集团，八的麻亦儿间卜适在上都，城陷后死。从此晋王甘麻剌这一家失去了统领岭北蒙古军民的地位。
就在甘麻剌出镇的次年（至元三十年），忽必烈遣其孙铁穆耳（真金第三子）抚军北边，以真金的皇太子宝授之，使具有统率诸王、诸军的权力。这时，海都势力虽已被逐出岭北，但力量还很强大，元朝以大量军队防守按台山，称海沿边之地，除岭北诸王之军外，还有安西王阿难答所部军、诸卫亲军和汪古等部军，与诸王阿只吉、出伯所部防守西边的军队连为一线。因此特命铁穆耳以皇太子身份为诸军最高统帅，以便统一指挥，其地位在晋王之上。至元三十一年忽必烈死，铁穆耳回朝继位，是为成宗，以其叔宁远王阔阔出代总边军。
大德二年（1298）冬，阔阔出与诸王、大将们纵酒欢宴，备御怠忽，遭到笃哇突然袭击，大败。次年，成宗遣皇侄怀宁王海山赴北边统军，也授以真金之皇太子宝，诸亲王、诸军都听从他的指挥。海山与其王府官属驻守称海地区。大德五年（1301），海都、笃哇倾全力来攻，越按台山而东，海山与甘麻剌统率诸军，与之决战于帖坚古山，胜负相当，海都、笃哇受伤退兵。后海都病死，其子察八儿继立，笃哇与察八儿向元成宗请和。不久，海山乘窝阔台汗国衰弱之机，进兵按台山西，封地在也儿的石河的窝阔台后王秃满归降，察八儿逃往察合台汗国。大德十一年（1307）成宗死，海山回朝即位，是为武宗。
武宗上台后立即采取了一项加强中央集权的重大措施：罢和林宣慰司，置和林等处行中书省，治和林，总领岭北地区的军政事务，而不再加派亲王到北方领兵。同时置和林路总管府，管理和林城及其周围地区；置称海等处宣慰司都元帅府，分治岭北地区西部。原来在岭北统兵、并积极参与定策拥立武宗的太师月赤察儿，被任命为和林行省右丞相，封淇阳王，有诏命宗藩、将领皆听其指挥；又以中书右丞相哈剌哈孙出任行省左丞相。在岭北地区设立行省总军领民，授予行省丞相以节制诸王的大权，这是元朝中央集权制度的重大发展。仁宗皇庆元年（1312），改和林行省为岭北行省，和林路改名和宁路。行省的设置可以对大德末年漠北地区大幅度增加的人口进行很好的管理，同时限制诸王势力，加强中央集权。
岭北行省“统有北边等处”，其辖境大体和晋王所统之地相同，即蒙古本土及其以北地域。按照分封制度，岭北是晋王分藩之地，如同安西王分藩于秦蜀、西平王分藩于吐蕃的情况一样。按照行省建制，岭北行省作为元朝中央政府分治北边的地方最高行政机构，统辖这一方面的所有地区，“控制一方，广轮万里”，凡钱粮兵甲、屯种、漕运、军站等事，都由行省管领。岭北是元朝皇室的故土，蒙古诸王最集中的地区，因此行省丞相常以勋旧重臣担任。自设立行省后，晋王的权力相对削弱了，王府直接管辖的范围实际上只限于本位下。行省官对诸王的无理索要和干预可予以拒绝；行省不能决定的事务，则报告中书省议决。
岭北行省管内的地方行政区，《元史·地理志》仅载有和宁路与称海宣慰司两处，其下不置州县。这是因为当时岭北蒙古人民仍是按千户、百户的组织作为地方行政单位。和宁路总管府和称海宣慰司都元帅府的管区范围，大抵北至塔米尔河流域，南至翁金河流域，西至杭爱山和拜达里达河一带，东包今中戈壁省部分地，当然不排除有诸王属下牧地犬牙交错的情况。这两个地方政府机构直接管辖的只是直属朝廷的城市居民、工局、屯田、仓廪和屯戍军队等。太宗窝阔台时，和林及其周围地区划为大汗驻地，除设四季行宫外，还有不少从中原和西域迁来的工匠所建立的居民点。元朝政府又先后在这个地区设立多处屯田；建立了和林、孔古烈、扎浑、昔宝赤城等大仓库。这些都是直属于政府，由朝廷派官管理，隶于和宁路总管府的。还设置了和林兵马司，掌管地方治安工作。
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蒙古灭金后，经过长达40年的灭宋战争，最终完成了全国的统一大业。实现全国的统一，这是各民族的愿望。实现全国统一，这是历史的进步现象，元朝实现大统一之后的几百年历史证明，元朝灭宋是历史发展的进步，而不是历史的倒退。元代在中国统一的、多民族国家历史发展的过程中，占有很重要的地位。对于元朝的统一在历史上具有的重大意义，史学家邱树森在《元朝史话》中做出了这样的结论：一、元朝的大统一使我国历史上较长时间的分裂割据局面结束了。二、元朝的大统一促进了国内各民族之间联系的加强，有利于边疆民族地区的开发。三、元朝的大统一为祖国的科学技术的发展提供了良好的条件。四、元朝的大统一大大加强了中外交通和中外关系。
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