原来，光绪当皇帝那一年，张之洞才三十八岁，他正在提督四川学政的任上。他的目的是给本省初作学问者指点门径，曾自嘲说该书“可作公牍观，不可作著述观”。
众所周知，《四库全书总目提要》问世后，有些学者对其为典籍分类法已逐渐不满；孙星衍、张金吾所藏私人图书目录，都采用了有别于四库藏书的分类方法。到了张之洞任四川学政之后，邵懿辰的未刊稿《四库简明目录标准》，当即推崇备至，并决定为初学者另开书单。
张之洞强调所作书目之对象不是“藏书家”，而是“读书家”，为此，对传统的书目分类法进行了改造，例如经部，《四库全书总提要》原分十类，先五经，后四书，附小学。《书目答问》却将它拆散，分为三类；凡清代列祖列宗颁定的官方教本，统称“正经正注”；凡清代汉学家或汉宋兼采者，重作整理诠释的古典经解及其校本，题注则申明“空言臆说，学无家法者不采”。这样，朱子学系统的“四书学”，几乎全被视为空谈而驱出。再如子部，《四库全书总目提要》首列为“儒家类”，所收大都是宋元明道学夫子的“语录”。《书目答问》却将儒家降为二类，而新增的“周秦诸子”居首；并在子目小注中讽刺了理学诸书多“腐陋”。相反，考订之属则以它“为读一切经史子集之羽翼”作理由，尽力详列清代考据家的著作。
著者策划编纂《书目答问》，初意虽然未想作一份学史的提纲，但是最终却形成了类似的提纲。结果，该书成为主要列举清代学术成果的清单，并在卷终出现了一份《国朝著述诸家姓名略》。著者解释这是应诸生为择良师要求，急中生智以此指点迷津，“凡卷中诸家，即为诸生择得无数良师也”。
《书目答问》所列名单，先分门别户，再将姓名字号籍贯，按辈分排列在内；门分十四，有的门内分派，共录姓名六百四十六名，除去复见，实录学者文人四百五十二名，活人除李善兰皆不录，对理学家择录尤苛。反映现状虽欠全面，但尚属客观，从中可见清学史概况。
《书目答问》刊行后，很快便突破四川省的界限，海内各省皆风行，没几年就出现数种翻刻本，在读书人家中几近“家置一编”。
康有为在两广讲学时曾说，书目“精要且详，莫如《书目答问》”，“可常置怀袖熟记，学问自进”。至于梁启超、章太炎、刘师培，尽管政治倾向多有不同，但在论及读书门径或清学史的时候，都一致承认曾受到它的教益。
当代学人陈垣晚年还承认，少年时期对“四书”“五经”以外的学问发生兴趣，实肇始于《书目答问》的导引。
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