清道光十九年（1839年）春，杨守敬出生于宜都一个商人家庭，其祖、父开设多家店铺。4岁时，其父去世，家业由祖父掌管。生长在这样的环境，杨氏自幼即富于商业头脑，5岁时就在店中数钱，11岁时就奉祖父之命去姑父孙氏所开店中习商，次年回自家店中照料店务。杨氏成年后就曾自设店铺，为人处世亦极精明。
杨守敬天资聪明，6岁起就由母亲教他读书识字，8岁开始随一覃姓老师读书，9岁学作文，10岁随一谢姓老师读书，14岁随朱凤池老师读书，同年参加宜都县考，得第13名。18岁时参加府试，但三场都落第。19岁时师从朱槐卿，学得写文章迅速成篇的能力，同年杨氏在县试和府试中五场都获第一名。但20岁参加乡试、21岁参加恩科乡试都未中，直到同治元年（1862年）24岁时才在乡试中获80名，成为举人。此后杨氏七次赴北京参加会试，但全部名落孙山。最后一次他已48岁，从此“绝意科名，专心著述”。
杨氏为秀才时就开始坐馆，先后在家乡、北京、山西高平县（今高平市）等处为富人或官宦子弟授课。杨氏家中开有米店，生活无虞。他从35岁起亲自从商，在北京向好友潘存借银子800两，请同乡商人张云陔从北京贩卖蘑菇到湖北，但钱被张云陔挪用，经营失败。38岁时见经营纸业颇能获利，又向族人借款开设纸行，自任经理。40岁时将纸行交给其弟杨先三，自携所著《楷法溯源》一书的书版去武昌卖书，获利颇丰。
37岁时，经何如璋向天津商人介绍，杨守敬首次鬻字，他的书法作品在不到半个月时间内卖得150元。此后，他58岁、68岁时都曾到上海卖字；71岁时住在上海怡和洋行总办甘翰臣家中，“求书者踵接于门，日不暇接，继之以夜”（《邻苏老人年谱》）。68岁和71岁时，他两次去两江总督端方衙署，为其所藏金石碑版鉴定题跋。
尽管杨守敬在科场连续失利，但七次去北京的经历使他结识了不少名流学者，如潘存、邓承修、何如璋、李慈铭、龚橙（龚自珍之子、段玉裁外孙）、袁昶、谭献廷等。何如璋出任清朝驻日本公使，招杨氏为随员，去驻日本公使馆供职。杨氏于42岁时到达东京，次年黎庶昌改任驻日公使，杨氏留任，在日本四年，于46岁时回国。在此期间，杨氏搜罗日本汉文古籍，为黎庶昌刻成《古逸丛书》26种、200卷，大多是在中国已经失传或散佚的古籍，于光绪十年（1884年）刊行。同年，杨氏又撰成《日本访书志》16卷，至光绪二十七年（1901年）刊行。杨氏在日本的四年不仅是他一生中的重大事件，也是中日文化交流史上的重要一页。
杨守敬最大的学术贡献，无疑是他编绘的《历代舆地图》。这套图采用“古墨今朱”法套印，同时显示古今不同的内容，从春秋战国至明代，凡见于先秦典籍及正史《地理志》上的可考地名，基本都已绘入，直到20世纪70年代中期《中国历史地图集》出版前，还是中国历史地图中最重要、最富学术价值、最全面的一种，是中国历史地理学和历史地图学的一个里程碑。
杨氏的其他地理著作还有《隋书地理志考证》9卷、补遗1卷，光绪二十一年刊行；《晦明轩稿》2卷、《续稿》10卷，光绪二十六年刊行；《汉书地理志校补》2卷，光绪二十六年刊行；《水经注图》4卷、《补》1卷，光绪三十一年刊行；《水经注疏要删》40卷，光绪三十一年刊行；《水经注疏要删续补》，宣统元年刊行；《水经注疏要删再续补》，未刊；《禹贡本义》1卷，光绪三十二年刊行；《三国郡县表补正》8卷，光绪三十三年刊行；《湖北江汉水利议》，光绪三十四年刊行。在他选刻有的《古逸丛书》和所著《日本访书志》中也翻印或记录了大量珍贵的古代地理书。杨氏致力于《水经注》研究，晚年在学生熊会贞协助下撰成的《水经注疏》和《水经注图》集中国对《水经注》研究之大成，其成就空前绝后。
杨氏61岁时，湖广总督张之洞电邀任两湖书院教习，主讲地理一门。65岁时，朝廷开经济特科，张之洞与两江总督端方合词保举，称其“老成夙望，博览群书，致力舆地学数十年，于历朝沿革险要熟洽精详，著书满家，卓然可传于世”。罗振玉曾将杨氏的地理学与王念孙、段玉裁的小学，李善兰的算学，合称为清代三绝学。当代历史地理学家也充分肯定杨氏的杰出贡献。
杨守敬与日本汉籍和古文书产生关系，是在他到达日本任公使随员以后，他在《年谱》中称：
先是，余初到日本，游于市上，睹书店中书，多所未见，虽不能购，而心识之。幸所携汉魏六朝碑版，亦多日本人未见；又古钱古印，为日本人所羡；以有易无，遂盈筐荚。
有关杨氏搜集汉文古籍的情况，其他学者已有很细致的研究，杨氏所收日本古文书及其流传过程，则尚未发现直接记载，但从杨氏《年谱》及《日本访书志》中仍有线索可见。
杨氏当时就注意到了日本保存了大量唐人（或相当于中国唐朝时代）手迹的事实及其原因：
日本气候，固无我江南之多霉烂，亦不如我河北之少蠹蚀，何以唐人之迹存于今者不可胜计？盖国有力之家皆有土藏，故虽屡经火灾而不毁。至于钞本，皆用彼国之茧纸，坚韧胜于布帛，故历千年而不碎。
而高山寺和法隆寺是他特别注意搜集的地方：“日本崇尚佛法，凡有兵戈，例不毁坏古刹，故高山寺、法隆寺二藏所储唐经生书佛经，不下万卷。即经史古本，亦多出其中。”尽管他没有具体提到从高山寺和法隆寺搜集到了日本古文书，但从目前所见文书多来自高山寺一事推断，他携回中国的文书也应该有出自法隆寺者。
由于杨氏在《日本访书志》中没有著录这些零星的、不成书、不成卷的文书，我们还无法肯定它们的流传过程，只能根据杨氏藏书的保存和移动经过做些推测。
杨氏回国后即任湖北黄冈教谕，50岁（光绪十四年，1888年）时在黄州筑邻苏园（因城北有苏东坡赤壁而命名）以藏书，这些古文书也应该收藏于此园。64岁（光绪二十八年，1902年）任两湖书院教职时，于武昌菊湾买屋，次年建书楼，邻苏园的书籍文物均应迁至此楼。
宣统三年（1911年）武昌起义爆发，杨氏避居上海，书籍留于武昌，由仆人守护。以后得知，因日本人寺西秀武向民军都督黎元洪请求，黎元洪特意在杨宅门上张贴告示：
照得文明各国，凡于本国之典章图籍，罔不极意保存，以为国家光荣。兹查有杨绅守敬，藏古书数十万卷，凡我同胞，均应竭力保护。如敢有意图损毁，及盗窃者，一经查觉，立即拿问治罪。杨绅系笃学老成之士，同胞咸当爱敬，共尽保护之责，以存古籍而重乡贤。
中华民国元年（1912年），杨氏命家人将武昌所藏图籍全部运至上海寓所。民国三年，杨氏被总统袁世凯聘为参政，移居北京，将上海图书陆续运去。至民国四年（1915年）1月9日，杨氏在北京逝世。
从目前杨氏所藏日本古文书主要集中在湖北省博物馆一事判断，在杨氏历次迁移中，这批文书的主要部分并未随迁至上海和北京，而是与《历代舆地图》、《水经注图》两书的木板一起，留在武昌旧宅，至1963年10月23日，由杨氏的孙子先梅及其子树干献给湖北省文史研究馆。目前保存在湖北省博物馆的杨先梅、杨树干呈文手迹云：
今将先祖杨守敬先生遗著是业经刊成的《历代舆地图》及《水经注图》两种版片全部，捐献呈于湖北省文史研究馆，恭请保管，理合开具清册于下：……
关于这批木板的保存经过，呈文云：
上列图板，原存于武昌斗级营街寓所。一九三七年抗日战争起，为了保存起见，冒日寇飞机轰炸之危险，用小船分三批运往汉口，租屋保存。因租金奇昂，一迁于汉润里，再迁于□□里，最后又迁于汉口郊外农民家。时日寇侵犯汉口，见欲毁之，经农民泣求始免。一九四五年抗战胜利后，始迁于现居之满春巷。
呈文没有提到这些古文书，或许因当时不受重视所致，但从木板以后一直由湖北省博物馆保管分析，文书也应在此时由湖北省文史研究馆接收，再移交博物馆的。现在由山东某私人收藏的一部分文书，也系武汉杨氏旧宅中流出。
从上海博物馆、天津艺术博物馆、北京图书馆、北京大学图书馆都藏有零星文书看，杨氏在世时将图书迁往上海、北京的过程中，也已带出部分日本古文书，以后才陆续流入他人之手，如天津艺术博物馆的文书主要来自周叔弢家。这样看来，这些文书还有流散在其他地方的可能。但由于中国学者或收藏家往往将这些文书误认为敦煌文书，或古人写经，所以如不进行全面普遍的调查，将难以发现，除有明确著录（如记有高山寺或日本其他寺院、年号者）者外，一般也不易鉴定。
1998年初，承靳飞先生告知：庆应义塾大学所藏斯道文库中，有森立之的七册手稿《清客笔谈》。森立之是杨氏当年访书的主要中介，杨氏称：“日本收藏家余之所交者，森立之、向山黄村、岛田重礼三人，嗜好略与余等。其有绝特之本，此录亦多采之。”《笔谈》中除森立之抄录的谈话记录外，还有杨氏用于笔谈的原稿。当时因正值寒假，未能看到书稿，不知其中是否有关于这些文书的内容。从目前已经了解的情况看，这些文书在百卷以上，或许更多。
杨守敬在《日本访书志缘起》中云：
日本维新之际，颇欲废汉学，故家旧藏，几于论斤估值。尔时贩鬻于我土者，不下数千万卷。犹忆前数年有蔡姓者，载书一船，道出宜昌，友人饶季音得南宋板《吕氏读书记》一部，据云宋元椠甚多，意必有秘笈孤本错杂于中，未知流落得所否？今余收拾于残剩之后，不能不为来迟恨，亦不能不为书恨也。
余之初来也，书肆于旧板尚不甚珍重。及余购求不已，其国之好事者遂亦往往出重值而争之。于是旧本日稀，书估得一嘉靖本，亦视为秘笈，而余力竭矣。然以余一人好尚之笃，使彼国已弃之肉复登于俎，自今以往，谅不至拉杂而摧烧之矣。则彼之视为奇货，固余所厚望也。（近日则闻什袭藏之，不以售外人矣）
每个国家都可能因种种原因使古籍文物遭受破坏，在这种情况下，任何收藏、抢救都有益于文化的保存，都有益于全人类。杨守敬当年的行动为保存中日两国的古代文明，为促成两国的文化交流做出重大贡献。
上海图书馆与上海博物馆均藏有部分杨守敬收藏过的日本古文书，其中不乏日本国宝级的精品。如上海图书馆所藏光明皇后手书佛经极其精美，当年我陪同日本古文书权威大庭脩观赏，他惊为神品。如今大庭先生已归道山，唯望中日学者能通力合作，使这些古文书能早日与公众见面，为中日文化交流展开新的篇章。
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