家谱是一种重要的史料，也是一种特殊的史料。作为一个家族的自我记录，就像日记、自传、回忆录一样，具有强烈的自我意识，也必定存在很大的主观性局限。一般的家谱总是要为本家族扬善隐恶，夸大以至编造本族的煊赫历史和优良传统。绝大多数家谱认同主流文化，按照儒家礼教重新塑造祖先的形象，规范先人的言行，而将真相掩盖起来。家谱的编纂者大多限于本家族的成员，除个别例外，史学和文学素养不可能很高，视野有限，对现状的调查记录或许还能胜任，涉及历史和本族以外难免不出错误。如果只相信家谱，只依赖家谱，中国历史上就不会有《红楼梦》中的荣国府，也不会有《家》、《春》、《秋》中的高公馆。要是荣国府和高公馆修家谱的话，记载的必定也都是礼义廉耻的正人君子。但小说中的荣国府和高公馆更符合历史事实，至少反映了真相的另一面。至于为了要显示“优良传统”“儒学价值”或者“爱国主义”，为了家族和地方的狭隘利益，片面宣扬“×世同堂”“天下第一家”之类，或在金钱的驱使下为一姓一人贴金，更是一种实用主义的投机行为。
这并不意味着家谱本身没有史料价值，也并非要降低家谱的重要地位，而是要求我们必须将家谱放在大的历史环境中去考察和理解，充分利用历史研究中的正确成果来鉴别家谱中的记载，扬长避短，去伪存真。
例如在家谱中经常会看到一些名人题跋，大多的确出于名人之手，但对照这些名人传世的作品集，我们很容易发现，原来这些题跋并不是为谱主写的，而是编家谱的人移花接木、改头换面的结果。如果我们信以为真，甚至当作一种“新发现”来发表，那就上了家谱的当。但如果我们将这些伪作剔除，就能更客观地认识谱主当时的实际地位。
又如，在家谱中收录的一些历史文献，特别是官方文书如圣旨、上谕、告示、公文等，往往会有很多常识性错误，这类文书显然是伪造或窜改的。对这类文书，我们首先应该加以鉴别，识破它们假的实质，但在弄清了作假的经过后，它们仍不失为有用的资料。
陈乐素的《珠玑巷史事》一文（载《求是集》第二集，广东人民出版社1984年版，第261—274页）引用了一件在岭南珠玑巷后裔家谱中广泛收录的《本府文引》中的事，《东莞英村罗氏族谱》记载如下：
岭南道南雄府，为逃难给引，早救生灵事：本年正月十三日，据始兴郡保昌县牛田坊十四团珠玑村贡生罗贵等，连名呈称前事，内开：为天灾人祸，民不堪命，十存四五，犹虑难周，及今奉明旨颁行，筑土设寨所。因思近处无地堪迁，远闻南方烟瘴，地广人稀，堪辟住址，未敢擅自迁移，等情到府。据此，查民贡生罗贵等九十七名，案非恶孽民氏。为此，合就行给文引，批限起程。凡经关津岸陆，此照通行，毋得停留阻禁。方到止处，合应行赴该府州县属立案定籍，繓（一作缴，下同）报文，以凭造册转报施行！
绍兴元年正月十五日给，限四月二十四日繓。
其他如《新会泷水都莲边里麦氏家谱》、《番禺市桥谢氏族谱》大同小异，但发文的时间分别为开禧元年或咸淳九年，时间相差100多年。
正如陈乐素所指出的，这纸公文“文字不甚通顺，又疑非宋代的文书样式。更明显的矛盾是，宋无岭南道，只称南雄州，不称南雄府”。官府的公文对自己的行政区划名称是绝对不会用错的，更不会使用根本不存在的政区名称，道是唐朝的名称，宋朝早已改用路；郡也不是宋朝的政区名称，只是一种别称。另外，宋代一般称“贡士”，不称“贡生”。所以陈乐素认为“从南雄称‘府’一语，可以说明从口传到笔传，已经是到了明代，是明朝人的记载了”。
有的家谱还载有所谓“罔州知县李丛芳批词”：“贡生罗贵等九十七人既无过失，准迁移安插广州、冈州、大良都等处，方可准案增立图甲，以定户籍，观辟处以结庐，辟地以种食，合应赋税办役差粮毋违，仍取具供结册，连路引缴赴冈州。”（转引自曾昭璇、曾宪珊《宋代珠玑巷迁民与珠江三角洲农业发展》，暨南大学出版社，1995年）这段文字完全是伪造的，因为宋朝根本没有罔州，何来罔州知县？如果说罔州是冈州之误，宋朝同样没有冈州，再说冈州知县怎么能发路引准许百姓“赴冈州”？作伪的人大概粗通文墨，略知沿革，知道广东新会、开平一带古代有过冈州，却不知道这个冈州早在唐末已经废了；知道宋代有郡这样的名称，却不了解这只是府州的别称，不会用之于正式公文，留下了这个大漏洞。
但不能因为这些文书是伪造的，就完全否定这些家谱中所记载的迁移事实。通过《宋史》等史料和有关地方志的记载可以肯定，在南宋确实发生过大批人口向岭南迁移，并定居于珠江三角洲的事实。曾昭璇、曾宪珊从珠江三角洲农业开发的过程也证实了这一点。
从这些文书的用词和格式大致可以确定是产生于明代。一般来说，一个家族从迁入、定居，到繁衍成为一个人口众多的群体，有必要并有可能修成家谱，需要好几代人的时间。所以这些家族的始迁时间必定发生在明代以前很久，与前面推定的南宋时期也是大致符合的。由此可见，这些家族的南迁是事实，但只是战乱期间或发生天灾人祸后的自发迁移，所谓奉官府之命或持有官府公文的说法，则是后人编造出来的，无非是证明祖先迁移的合法性，或拥有“贡生”这样的身份，说明本家族具有比当地居民和其他家族更高的地位。一旦这种说法成了移民社会的主流，其他移民家族也会在从众心态的驱动下，将这类文书和说法移植到自己的家谱中去。这种现象在其他移民集中迁入的地区都存在。
家谱中对始迁祖的身份往往会夸大，甚至伪造，但仔细分析还是不难发现，因为这些身份不是与当时的制度不符，就是纯粹的虚衔。前者是根本不存在的；后者即使是真，也只是一种荣誉，或者花了一笔钱买来的，而且当时人对这类虚衔就不会认真，更不会有人追究真伪。只要我们认识了这一点，就不会影响这些资料的价值。
如张国雄的《明清时期的两湖移民》一书（陕西人民教育出版社，1995年）引民国十七年《中湘云湖倪氏族谱》：“先世系江南凤阳定远人也，因洪武年间，初祖俊有得军情王册，被调镇守楚南荆襄都督。永乐二年，奉旨屯田，给有合券，编入湖广长沙茶陵卫右所三百户下……徙居中湘八十四都。”作者已经指出：“荆襄都督不可镇楚南，此族之始迁祖俊有只是中下级官兵。”这是完全正确的。要是倪俊真当过“荆襄都督”，怎么会一下子被下放到一个所里当了普通士兵？要是他因为犯了罪受到处罚，子孙何必不回避这段伤心事呢？而且明初只在中央政府设有大都督府或五军都督府，根本没有什么“荆襄都督”。其实，倪俊不过是江淮间一介平民，洪武年间被征入伍，或许曾在荆襄服役，但至多只是下级军官，以后编入茶陵卫。但这种情况在明初十分普遍，所以这段迁移过程是没有问题的。
再如，同书引1950年四川泸州《黄氏支谱》所载“汇钞谱序”称其始迁祖：“楚公，封参议大夫。居楚邵武府建宁县楚溪上堡麻城孝感大坟坝。”明明是福建邵武府建宁县人，却非要扯上“麻城孝感”，无非是因为当地都是自称“麻城孝感乡”移民的后裔。至于“参议大夫”云云，可以肯定是随便写写的。但福建建宁的来源倒是绝对可靠的，否则其后裔完全不必画蛇添足。
但另一种情况就不同了。如福建的一些家谱，常常声称其始迁祖是晋永嘉年间，甚至是东汉就由北方迁入的，并且都是煊赫的高官。如林氏族谱（转引陈支平《福建族谱》，福建人民出版社，1996年。以下同）称：晋朝时，有黄门侍郎林颖，随元帝南迁，生二子：懋、禄。林禄于明帝太宁三年任福建晋安太守，始居侯官都西里，封晋安郡王，死后葬惠安涂岭九龙岗，是为闽粤林氏大始祖。从目前所知的移民史实看，永嘉年间南迁的贵族高官一般都定居于长江流域，最远不过浙江、江西，还很少迁入福建，到东晋后期和南朝期间才有少数入迁至岭南和福建。林禄任晋安太守或许还有可能，但被封为晋安郡王绝对是伪造的，因为当时的制度根本不会封朝廷任命的太守为郡王，要是果然存在着林禄这样的特例，也不会不载入《晋书》等史书。这倒反过来证明，林氏从始迁祖开始的历史并不可信，其迁自北方的说法毫无根据。《莆田南湖郑氏谱》称其入闽始祖郑昭，永嘉时为福、泉二州刺史，那就更加离奇了，因为泉州与福州的设置分别是隋朝和唐朝的事，郑昭如何能在数百年前就出任此二州刺史？这也只能证明这位始迁祖的来历是不可信的。
对家谱的研究和运用还应该与社会史、文化人类学研究结合起来，通过田野调查、实地考察、收集口述历史等手段弥补家谱的不足，纠正其中的错误，发掘被掩盖了的真相。
我们要研究中国传统的家族制度、婚姻形态、家庭伦理等方面，家谱自然是不可多得的资料。就像其他传统的史料一样，家谱不可能如实记载与作者的价值观念不符、对维护本家族的声望不利的方面，但这些内容对于我们全面、正确地复原史实同样是不可或缺的。例如对若干多少世同堂、多少代不分家的大家族，从他们的家谱中看，除了依靠儒家伦理教化以外，似乎并没有其他特殊手段。但只要结合历史事实稍加分析，就发现问题不会那么简单。从东汉开始，“四世同堂”“三世不分财”就已作为士林佳话和官府表彰的对象，也是大多数家长、族长的追求目标，可是直到清朝，这类家族始终只是凤毛麟角。要是只靠儒家伦理教化，为什么其他绝大多数家族就是达不到这样的效果？为什么统治者还要如此宣扬表彰？又如烈女节妇，几乎没有一部家谱上没有记载，有的还相当多。如果我们只相信家谱，就只能得出中国古代的妇女都恪守三从四德，都从一而终，但实际上，不仅寡妇改嫁的事例长期存在，而且哪一个大家族没有丧风败俗的事发生？
即使家谱中记载了某些情况，我们也要结合其他研究手段来验证其真相。如有的家谱中载有允许寡妇改嫁的条文，但这并不意味着该家族的寡妇实际上都能自由改嫁。有的家谱中规定了纳妾的标准，从条文看是很严格的，但实际情况如何，只有通过家谱以外的资料验证，或者调查后才能做出结论。又如不少家谱中记载了家规家法，从条文看，基本上都符合儒家伦理和当时的法律，我们当然可以根据这些家规家法的内容充分肯定其积极意义，但更重要的是，应该深入研究这些家规家法实际上是如何执行的，结果又如何，否则，就不仅不能如实地反映传统的宗法家族制度的实质，还会起误导作用。试问，我们今天研究中国农村的社会状况，能仅仅根据农民们（或许只是乡村政府）制定的乡规民约或“五讲四美三热爱”公约吗？
家谱的研究成果并非不能利用，也完全可以为社会服务，但这应该是认真研究的结果，并本着实事求是的精神和科学的态度。例如，对待寻根访祖，家谱可以起一定的作用。但正如任何史料都有其局限一样，现存的家谱不可能记载清楚每一个家谱的历史，更何况每一个人！所以，很多家族或个人的根是无法通过家谱查清的，至多只能有个大致的说法或大致的方向。有人夸口都能查清，那就只能胡编乱造。而且家谱中对早期祖先的记载大多并不可靠，前面已举了不少例子，本家族的人信奉自然不必干预，也无伤大雅，但研究历史的人必须有清醒的头脑，不应随意附和，更不应该用学术尊严来换取好处。
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