郑成功怎么会诞生于日本呢？这不得不从他的家世说起。
郑成功的远祖是河南荥阳人，相传在西晋永嘉年间南迁，子孙分别定居在福建漳州、泉州和广东潮州一带。其中一支居住在福建泉州府南安县石井乡。郑成功的祖父郑绍祖是个读书人，但连秀才都没考中，仅在泉州府做个小府吏，家境并不宽裕。他的妻子黄氏是澳门牙行（经营对外贸易的商行）商人黄程的妹妹。郑绍祖生有四子，长子郑芝龙就是郑成功的父亲。（郑芝龙三弟郑芝麟早死，不为人所知，所以通常被认为四兄弟。分别是郑芝龙、郑芝虎、郑鸿逵、郑芝豹。）
郑芝龙号“飞黄”，按当地习俗被称为“一官”。他从小聪明过人，却不爱读书，舞拳弄棒、吹拉弹唱却高人一等。当时福建一带的海上贸易非常发达，受此影响郑芝龙对经商很感兴趣。18岁时，他远离家乡，从泉州搭乘商船到澳门投奔舅父黄程。之后，郑芝龙便跟随黄程经商，往来于澳门、日本、吕宋（今菲律宾）等地。在此阶段，他不但积累了一些从商经验，更掌握了葡萄牙、荷兰等国的语言，为他从事海外贸易活动打下了初步的基础。
明代实行重农抑商政策，压制私人对外贸易的发展，因此16—17世纪以来，出海谋生的人，既要冒风涛之险，又要抵抗官府的迫害和倭寇以及西方殖民主义者的劫掠，不得不武装自己。很多出海贸易的商人多拥有武装，明朝统治者鄙称他们为“流人”或“海盗”，严加取缔和剿捕，所以海商的活动便带有走私性和危险性。
大约在明天启二年（1622年）郑芝龙离开澳门到达日本，他先住在长崎，后迁居到商业发达的平户岛，并在此娶妻生子，他的第一个孩子名为福松，就是日后名扬中外的民族英雄郑成功。
关于郑成功的降生，有很多传说，一说其母田川氏临产之际，梦见大鱼入腹，街坊四邻见他家光焰烛天，都认为此子来历不凡，纷纷前来祝贺；一说田川氏在临产前到海滨捞拾蛤蚌，突然腹痛，来不及回家，便在海滨松原下的一块大石上分娩，所以这个婴儿取名福松。郑成功成名后，当地人便将此石命名为“儿诞石”。如今，它已经成为日本平户的一处著名古迹。
郑芝龙办事干练，社会交际广泛，和当时的葡萄牙、荷兰殖民者、日本武士、中国海盗都有接触。当时李旦是中国最大的海商（海盗）集团的首领。郑芝龙在平户时投靠李旦门下，因其胆大心细，做事能力极强，很快显示出了超群的才能，深得李旦赏识。李旦无子，便收他为义子，不久李旦病死，其大部分资财和部众便归于郑芝龙，于是，他一跃成为海商集团重要首领之一。在日本时，郑芝龙曾与当时另一个海商首领颜思齐结拜为把兄弟，后二人因策划反对德川幕府的行动泄密，被迫逃到台湾。不久，颜思齐病死，郑芝龙又统领颜的部众，并接收了他的大量资财，进一步增强了实力。
郑芝龙以台湾为基地，一面进行垦荒生产，一面组织船上的兵丁进行操练，在海上拦劫商船。郑芝龙的武装船队，战斗力很强，出没于风涛巨浪之间，有丰富的海战经验。郑芝龙集团不断扩大，引起了明政府的不安，同时海上贸易违反了明政府“闭国绝洋”的政策，明政府便多次出动水师征剿，但却屡屡被郑芝龙打败。
朝廷无奈，只好派人招抚他。郑芝龙出于维护和扩大自己的既得利益，以海上兵、船都属于他个人财产为条件，接受招抚。明崇祯元年（1628年），郑芝龙被明朝政府委任为海防游击。
当时海上还有杨六、杨七、钟斌、刘香等海商（海盗）首领，各拥武装，其势与芝龙相差不多，和郑氏的关系也时合时离。郑芝龙为了垄断海上贸易，遂以平灭闽粤海上诸盗为由，借明政府之力，逐个消灭了这些商业对手。郑氏家族从此雄踞海上，几乎垄断了台湾海峡的贸易。在短短几年内，郑芝龙成为荷兰东印度公司在亚洲商业贸易的最强竞争对手。
明崇祯六年（1633年）七月，侵台的荷兰殖民者率舰进攻厦门，强求“通商”。郑芝龙奋起而迎战，取得大捷。
因剿捕海盗和反击荷兰殖民者有功，不久郑芝龙被擢升为总兵。满朝文武对他刮目相看。从此，他的势力更加强大，地位更加显赫。
此后，郑芝龙利用他在福建的地位，垄断海上贸易，成为了富甲一方的人物。他在离泉州40里的安平镇（今福建省晋江市安海镇）建立了庞大的贸易基地，并设置了庞大的私人武装。据记载，当时他拥兵三万余，帆船千余艘。
郑芝龙离开日本后，曾多次派人去接郑成功母子，但都遭到日本幕府的拒绝。当时日本的“海禁”政策规定：日本人不得出国，尤其是妇女。直到郑成功7岁那年，郑芝龙陈兵海上武力相胁，日本当局才允许郑成功回国，但仍留住他的母亲不放。明崇祯三年（1630年），郑成功含泪告别了慈母和幼弟，渡重洋，越大海，回到祖国的怀抱。
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