郑成功得知此事后，急怒交加。在明朝，儒家思想的教育尤以忠君为先。郑成功自幼习儒，参加过乡试，进过太学，可以说忠君思想在他的头脑中根深蒂固，而隆武帝对他的恩遇更使他产生了鞠躬尽瘁、死而后已的报国之心。他劝阻他的父亲说：“闽、粤两省山多路险，和地势平坦的北方不同，清兵在此无法施展它的骑射所长，我们只要凭险而守，招兵选将，稳定人心，就可安定根本，同时扩大海外贸易，以充军饷，打败清军，定可稳操胜券。”又说：“虎不可离开山林，离山则失其雄威；鱼不能离开水渊，离则困死，请父亲务必三思。”郑芝龙此时哪里听得进这些话，他拂袖而起，斥之为狂妄之言。郑成功又去找他叔父郑鸿逵商量，郑鸿逵对郑芝龙降清之举也非常反对，前去劝阻说：“兄有甲兵数十万，又拥有精锐的水师，船舶如云，粮饷丰足，自可独树一帜，何必向清朝俯首归降呢？”郑芝龙依然执迷不悟。为防止郑芝龙强迫他一起降清，郑成功决定和郑鸿逵、郑彩等人率领部众连夜离开安平，乘船开往金门海岛。
郑芝龙一意孤行，对郭必昌所言深信不疑，决定只带500名护卫去福州会见博洛。临行前写信给郑成功，命他同行。郑成功回信说：“从来为父者都应该教子以忠，坚守气节，未闻教育子孙做心怀贰志不忠之人。今大人不听儿言，降清后倘有不测，遭清杀害，儿只有缟素报仇而已。”郑芝龙见信非常恼怒，但事已至此，也无计可施，便带着小儿子去了福州。
郑芝龙到福州后，博洛假意殷勤，热情款待。宴席之上，他命侍卫捧上一盘，盘中放箭一支，对郑芝龙说：“将军是当今豪杰，我闻名已久，只恨无缘相见，今日天赐良机，小弟愿与将军结为兄弟。按照大清的习俗，要一起折箭为誓。”郑芝龙视为殊荣，喜不自禁地说：“能与将军义结金兰，折箭为誓，当是人生快事。”于是二人共同把箭折断，又饮了血酒。博洛宣读了顺治皇帝任命郑芝龙为闽粤总督的御旨。郑芝龙兴高采烈，当晚，便按清朝规矩，剃发留辫，换着旗装。就在他陶醉于终成清朝新贵的美梦中时，博洛把他的500名卫队拆散，分别派往各族营地。郑芝龙为了答谢博洛的“厚谊”，在太师府连摆三日盛宴，竭诚宴请清军官将。博洛很清楚在郑芝龙诸子中郑成功不可小看，一直等郑成功前来，但了解到郑成功不愿降清之后，于第三天夜半，突然对郑芝龙说：“圣上想及早召见你，我们必须立刻动身北上。”郑芝龙顿感大事不妙，想拖延时日，说：“去京城叩见圣上是我的夙愿，但是我的子弟们并非驯良之辈，倘若见我北去，他们拥兵海上，又将如何呢？特别是我子大木（即郑成功）尚未就抚，请将军再给我一段时间，等我招抚大木后，一定随将军北上。”博洛知道他的用心，是想以子弟拥兵相威胁，便说：“此与尔无与，亦非吾所虑也。”不予理睬。这时，郑芝龙方自后悔。
十月，博洛率军进抵福建安平，大肆烧杀淫掠。郑成功的母亲田川氏来不及逃走，恐遭侮辱，自缢而死（一说田川氏遭清兵侮辱后，自杀而死）。
清兵涂炭安平和田川氏惨死的噩耗传到金门后，郑成功怒发冲冠，立即回师兴讨。清兵在安平看见郑氏战船，连樯而来，杀声震天，被此声势所震慑，便退回泉州。郑成功回到安平，所见均是一片劫后惨景。他悲不自抑，号啕痛哭，部将兵丁们也都泣不成声。遭此巨变，郑成功通宵难寐。
他怀着万分悲愤的心情安葬了母亲，并在母亲墓前立下重誓：誓报国恨家仇，抗清到底。
国家的危亡，父亲的投降，慈母的惨死，清兵的残暴，使郑成功悟出了一个道理，只靠苦读诗书，于救国救民并无所补。如今国破家亡，生灵涂炭，以武力驱逐清敌才是当务之急。于是他决心弃文从武，起兵兴师以报国恨家仇。
一天，他带着自己穿戴过的儒巾蓝衫，来到了文庙，要在这里与至圣先师告别。文庙是纪念和祭祀孔子的祠庙，每个读书人都要在此朝拜先师孔子。当年，郑成功考中南安县学为廪生时，就曾在这里拜领儒服。
当时的县府设在丰州，孔庙也就设在此州镇旁。由于连年战乱，人们已无法安心读书，再加上这文庙处于山野之中，这时就更加显得荒凉、凄清。
郑成功来到孔庙，恭敬叩拜后，泣不成声地说：“昔为儒生，今为孤臣，向背去留，各有所用，请先师谅鉴。”说罢，命人把带来的儒服点火焚掉，自己换上铠甲，佩上宝剑，义无反顾地慷慨而去，自此他走上了武装抗清之路。
人们为了纪念郑成功，就把他曾焚烧过青衣、投笔从戎的文庙改名为“焚衣亭”。这座文庙的遗址至今犹在，现位于泉州市北峰街道丰泽区丰州的魁星阁下。
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