郑成功安葬了母亲，从悲痛中奋起。听说清军又在安平城外设营扎寨，便以隆武帝所赐招讨大将军职衔，担任安平驻军主帅，每日巡视防务，整武练兵。郑芝龙投清之后，郑氏家族的军队已经土崩瓦解。郑成功清点兵员后发现，此时城中能战之兵仅有数千。他知道以此区区之兵，困守孤城，不是长久之计。而且兵微将寡，也难成中兴大业。他认为当务之急就是扩充兵力。他和部将洪政、陈辉、张进等商议后，决定马上招兵买马、招纳贤才。
郑鸿逵主动承担了招集郑家旧部，联络占领厦门岛的郑彩、郑联兄弟俩的任务。郑成功则在安平树起“杀父报国”的大旗，招集安平附近的青壮年参军。很快，郑成功在安平便招集了300多人。
至今，福建一带还流传着不少关于郑成功招贤纳士的故事。
在泉州西门外潘山村（今招贤社区）以北，有一座长约十丈的石桥，凌驾于流经泉州、汇入大海的东溪之上。此桥至今犹存。据说，郑成功揭竿起义时，曾命张进在此招募志同道合的义士。当时，张进带着两个亲兵在桥头竖起了一面招贤旗。桥上摆了一张方桌，上面放置一碗清水，一段残烛和一副火刀、火石。头两天，在桥上经过的人看到这般情景，不知有何用意，只是好奇地看看就过去了。第三天的中午，当地一位渔民路经此处，他看了看桌上的东西，又看了看招兵的旗帜，稍加思索，几步走到桌前，拿起宝剑将那盛满清水的碗击碎。他又拿起火刀、火石点燃了断烛。在旁守卫的亲兵赶忙去报告张进。
张进急忙赶来，问大汉道：“壮士以剑击水，以火燃烛，不知有何用意？”此人答道：“宝剑击碎清水，以喻‘反清’；火石点燃蜡烛，以喻‘复明’。小的愿随国姓爷，以尽微薄之力。”据载，此人名为陈发。在他的带动下，当地许多年轻人都投奔到了郑成功的军中。
在安平完成招兵后，郑成功又决定亲自去南澳（广东、福建交界处的一个岛屿）招兵，因为这一带海岛有不少郑芝龙的部下，他们有兵有船，只因不愿随郑芝龙降清，愤而出海，暂在岛上安身。顺治三年（1646年）秋冬之际，郑成功树招讨大将军旗帜，率文官武将90多人和十几船士兵，扬帆出海，向南澳驶去。
郑成功在南澳一带招兵，进展得很顺利，共招将士13000余人，大船28艘，小船无计。
郑成功在招募士兵同时，还广泛地开展了“招贤”活动。他知人善用，以诚相待。这样一来，各路英雄一齐投奔而来，郑成功麾下一时间谋臣如云、猛将如雨。据史料记载，后来名振南国的大将甘辉、当过明朝都察院御史的沈佺期、后来威震敌胆的大将陈豹等都是在这时加入郑军的。
这年的十二月初一，烈屿（今福建金门）上空旗帜飞扬，郑成功在此誓师会盟。郑成功与众将士身穿戎装，先向明朝开国皇帝明太祖朱元璋的神位，行礼叩拜，然后庄严宣誓；“本藩（郑成功自称）乃明朝之臣子，缟素应然；实中兴之将佐，披肝无地。冀诸英杰，共伸大义。”意思是说，本藩是大明朝的臣子，今国破君亡，服君国之孝，报仇雪恨，是应尽的职责，担负中兴的大任，当肝脑涂地，生死以赴，希望各路英杰，能与本藩同心，共伸大义，至死不渝。”
大军在烈屿过了年后，于1647年初移师厦门（当时称中左所）鼓浪屿。
顺治三年（1646年）九月，清军开始向西南腹地进兵。清朝统治者打算以最短时间消灭全部反清力量，兵锋所至，展开血腥屠杀，这激起了汉族和其他少数民族人民的顽强反抗，促使农民起义军与抗清的地主武装联合。同年十二月，明两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜、湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤钖等组织了西南抗清力量，拥立桂王朱由榔即位于广东肇庆府，建立永历政权。这一政权是西南地区地主阶级抗清各派的联合政权，也得到了李自成农民军余部郝摇旗、高一功、袁宗第等人的支持。他们在岳州和全州等地重创清军，牵制了清军的迅猛南下，客观上为郑成功在闽粤沿海的起兵创造了有利条件。由于当时兵荒马乱，交通阻隔，桂王即位的消息，郑成功没有及时得到，他仍用隆武年号。
顺治四年（1647年）初，郑成功在厦门附近的鼓浪屿募兵。四方忠义之士，纷纷前来投效，不几天便募集数百人。
五月，他进驻厦门，在此设演兵场，命部下严加操练，同时建军设职并联络各岛，制订作战计划，做大举
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