郑成功整顿兵马，准备再战。郑鸿逵一方面欣赏郑成功不怕挫折的勇气，另一方面又担心郑成功行动鲁莽，万一孤军深入，会给清军造成可乘之机，便写信给郑成功：“凡事先要有稳困的基础，然后求发展。现在你只占据安平这个弹丸之地，又没有天险可以依靠，一旦清军攻打过来，你怎么办呢？你应该火速回师，我领军相助，我们两军合力攻下泉州，作暂时的安身之地。然后养兵蓄锐，攻打清军之不备。”郑成功觉得叔父的建议很有道理，当即回兵安平。
泉州城当时是晋江县的县城，也是泉州府郡治的所在地，是泉州府政治、经济、文化的中心。如能攻下泉州城，对控制整个泉州府非常有利。
八月，郑成功与其叔父定国公郑鸿逵亲率兵将，屯兵于泉州城涂门外的桃花山（今泉州市丰泽区东海镇桃花山森林公园），作进攻泉州城的部署。
清朝福州提督赵国祚驻守泉州，他认为郑成功年轻无能，不过率领一群海盗而已，一战即可将其击溃。他率领骑兵500人，步兵1500人，分两队前往桃花山迎战。一队人马从涂门出发，一队人马从东门出发，直冲郑成功营垒而来。
郑成功见清兵杀来，便令洪政、陈新两员大将迎战。战斗从早晨一直打到中午，双方一直未见胜负。郑鸿逵见不能立时取胜，便命林顺从旁夹攻。同时郑成功也命余宽出奇兵截杀清军。清军经不住郑氏大军的勇猛攻击，阵势大乱，郑成功乘胜追击，清军大败而逃。郑军追至城下，后鸣金收兵。
从晋江县境横穿的晋江流域下游南岸，有个溜石村。溜石村落虽然不大，但在溜石村附近的溜石山上，却建有一座“溜石锍台”。周围二十余丈，高一丈四尺，下层有锍眼十八个，配备炮十八门；上层设锍眼二十个，配备百子锍佛朗机四十门，可以居高而发。溜石锍台又有清军把守，故被称为“郡城山水第一关”。
郑军每次从桃花山下来攻击泉州城，清军镇守溜石锍台的参军解应龙都出兵救援，这使郑军不能全力攻城。于是，郑成功决定设计除掉这个隐患。因此，郑成功与其叔父郑鸿逵商议说：“解应龙在于溜石寨作犄角势，此城（指泉州城）难攻，叔父可督兵攻城，解应龙必来援，侄（郑成功自称）遣水师一阵，由桑一筠同北辉暗袭其寨（指溜石锍台）；另命郭新、余宽暗伏其寨中途，俟彼回救，齐起夹攻，擒其必矣。”此计得到了郑鸿逵赞同，并立即进行了部署。
择日，郑鸿逵率领郑军猛攻泉州城。赵国祚见郑军攻城，急忙呼救。解应龙果然率溜石锍台的精兵再来援助泉州城内的清军，当解应龙走到中途时，得到快马来报，说郑军正在攻打溜石寨。他急忙率军回救，路上郑军伏兵突然冲出。解应龙所率人马被团团围住，他本人被郑军打死。溜石寨也被攻破了。
经此役后，郑军士气大振。自此赵国祚不敢轻视郑军，加强防守，日夜在城内巡察。
郑成功见解应龙被歼，已无后顾之忧，便亲自督阵，攻战泉州城。
清漳州守将王进，绰号“王老虎”。听说泉州被围，他以“唇亡齿寒”的道理说服了总兵杨佑，答应了他援助泉州城的要求。为了防止漳州被郑彩军队攻击，王进只带了1500人前往泉州。
王进将骑兵500名、步兵1000名，分成了三队。第一队佯装攻击安平。因为安平是郑成功的根据地，郑成功肯定会回兵救援。这是采取“围魏救赵”的办法，以分割郑成郑的兵力。第二队，相机而动。第三队作为援兵。事先派人假称王进将率大队人马，会合潮州援兵数万人，抵达泉州城下，攻击郑军，虚张声势，以解泉州之围。
王进此计，果然起了作用。郑成功得到消息后，马上与郑鸿逵商讨了一番，担心腹背受敌，最后决定分兵回救安平，余部进攻泉州城和防范王进军队的进攻。
王进率漳州清兵到南安大盈，命人制造了进攻安平的假象，自己则悄悄带领骑、步兵，乘夜由冷水井出发，经何坑，到南安，突到泉州城下。郑军洪政率兵出战，败下阵来。赵国祚在城墙上远远望见，知道救兵已到，便命士兵在城上四面呐喊，以造成相助之威。郑鸿逵心虚，以为清军大队人马来到，不敢再战，急忙退回金门。泉州之围遂解。
王进进入泉州城后，恐郑军知道真相后进而反攻漳州，谢绝赵国祚的挽留，率军急忙返回漳州。
此时，郑成功正把守五陵步口，备战安平，因得报其叔父郑鸿逵已退兵，自己势孤难战，也就不再发兵去泉州援助，便也退回安平。
郑成功回到安平后，侦知真相，追悔莫及。急命几路人马截追王进部队，然而此时王进军队已过去两天了。
泉州之役郑成功虽未获胜，但他在桃花山重创清军，在福建民众中产生了巨大影响。随着他的声望日益提高，许多当地有影响的人士相继前来投附，如原浙江巡抚卢若腾、进士叶翼云、举人陈鼎、武艺精熟的蓝登、通晓谋略的施琅（原名施郎，后投清，改名施琅）及其兄弟施显贵等。这大大充实了郑军的将吏队伍。郑成功对他们礼敬有加，待如上宾，每遇重大事情都征求他们的意见，逐渐形成了一个共同决策的幕僚班子。同时，郑成功凭借其在隆武政权的地位以及郑芝龙的关系，不断扩大军事实力。对不同出身的将领，大体能做到一视同仁，唯才是举。不到一年时间，郑成功就组建了一支兵卒十万余、战船五百艘的声势浩大的军队。
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