他将一批学业优良但在敌伪时期因思想进步而被开除的学生恢复学籍，再将原教员中，凡落水失节者一律停聘。有一位“教授”曾留学法国但学业无成，投靠国民党而成了特务组织的成员，被停聘后，他恃有靠山，上告到南京，但徐悲鸿始终没让这个人再混入学校。
北平的亲国民党派筹划成立了一个“北平美术协会”。为了针锋相对，北平艺专的进步人士成立了北平美术作家协会，推举徐悲鸿为会长。在繁忙的教育工作之外，徐悲鸿积极地支持北平美术作家协会的工作。
在接管北平艺专以后，徐悲鸿一直受到国民党特别派遣的一批党棍、特务的监视，他所在的北平艺专也时时受到国民党的攻击。面对这些，徐悲鸿总是据理力争，揭露他们的阴谋，保护被迫害的师生。他写了“艺术至上”四个大学挂在校门口，用以维护进步学生的反蒋爱国运动，以学术自由的名义与国民党作不屈不挠的斗争。
1947年5月20日，北平爆发了“反饥饿、反内战”的学生运动，国立艺专的部分师生参加了这次大游行。一天晚上，听说国民党宪兵要到艺专校园搜捕参加游行的师生，徐悲鸿立刻给当时国民党的北平行辕主任李宗仁打电话，他说：“国立艺专没有共产党，叫他们（指宪兵）不要来这里下手。”并且要求李宗仁保证艺专师生的安全。李宗仁一一应允，艺专的师生得到了一次政治庇护，躲过了国民党的大搜捕。
地下党在艺专学生中利用合法的组织，经常开展歌舞、演剧、营火会等活动，以壮大革命力量。组织的社团有“综艺剧团”、“黄河剧团”、“阿Q漫画壁报”、“大家唱合唱团”等，徐悲鸿热心支持学生的这些课外活动。
在教学上的一系列改革并不顺利。1947年10月初，北平艺专国画组的三位教授罢教，提出“改善国画设施”等四项要求。10月3日，“北平美术协会”支援罢教教授，并散发“反对徐悲鸿摧残国画”的传单。为此，徐悲鸿于10月中旬召开记者招待会，公开阐明他的美术教育主张，并发表书面谈话《新国画建立之步骤》，批驳“北平美术协会”对他的攻击。
1948年下半年，国民党统治行将崩溃，白色恐怖笼罩北平，宪兵队随时随地抓人，并公开搜捕学生。1948年7月9日，“反迫害反剿民”大示威以后，国民党又进行了大规模的搜捕。北平艺专有十几个学生被通缉，前后有4人被捕。为了营救狱中的进步青年，徐悲鸿费尽周折，亲自出面保释。
辽沈战役之后，平津已处于人民解放军的包围之中。艺专的国民党分子发动了一场“南迁运动”。国民党要迁走的不仅是学校的学生、设备，更重要的是要将艺专的一大批美术界、音乐界的中坚力量搬到南京去，徐悲鸿就是他们要弄走的主要对象。国民党当局给徐悲鸿送去两张机票，迫他南下。中国共产党则派田汉秘密来到北平，见到了徐悲鸿，向他转达了毛主席和周总理对他的问候，并且嘱咐他在任何情况下都不要离开北平。徐悲鸿与国民党党团展开了一场激烈的反“南迁”斗争。他亲自召集校务会议，当场决定将国民党发给艺专“南迁费”换成小米，补贴全校教职工和学生。
这时，人民解放军已包围了北平，傅作义在和平解放与负隅顽抗之间举棋不定，于是在中南海邀宴了北平的一些学者名流，向他们征询意见，徐悲鸿也在被请之列。会上，谁也不敢冒险发言，冷场半小时后，徐悲鸿第一个站了起来，他以洪亮而有力的声音说道：“时至今日，傅将军还能对蒋介石抱有什么幻想呢？况且，北平是一座文化名城，为了保全北平的古老文化，也为了使生灵免遭涂炭，我希望傅将军顾全大局，顺从民意，和平解放北平。”他的冒除直谏鼓舞了在座的人士，大家纷纷发言希望傅将军和平解放北平。后来，傅作义将军果然采纳了这些学者名流们的意见，和平解放了北平。
1949年1月31日，国民党军队从德胜门撤离了北平城，北平艺专的师生们急不可待地走上街头，敲锣打鼓，并在全城张贴了第一批迎接解放军的木刻传单，李桦的“人民解放军是人民的军队”就是其中的一张。
徐悲鸿激动的心情是无法比拟的，他笔下的奔马似乎从这样的欢腾。题画诗也一扫郁闷之气，“山河百战归民主，铲除崎岖大道平”，“百载沉疴终自起，首之瞻处是光明”，欣喜之情跃然纸上。
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