1927年9月，中共山东省委决定建立中共泰（安）莱（芜）新（泰）区委（也称泰莱县委），马守愚任书记，朱毓淦任学运委员。除分管学生组织外，他还担任党的联络员，负责传达和传送党的指示与文件。同时，他还在家乡北望村发展党员，开展农运工作，建立了村党支部和村农会。
1928年4月，由于国民党军队进驻泰安，泰莱新区委与中共山东省委失去联系，区委停止了活动，但朱毓淦并没有因此停止工作。他到泰安火车站，深入装卸工人和城里人力车运输工人中，做联络发动工作，很快把这些工人组织了起来，成立了“泰安工人联合会”，将学生和工人的革命力量结合了起来。同年lO月，中共山东省委派李西山来泰安恢复党的关系，建立了中共泰安特别支部，隶属省委领导，王仲修任书记，朱毓淦为委员。1929年4月，王仲修调走，朱毓淦接任特支书记。1930年2月，山东临时省委遭破坏，泰安特支与上级失去联系。朱毓淦到平原县以教师身份为掩护，继续从事革命活动。
1931年初，朱毓淦担任沧州至徐州段党的地下交通联络员，负责党的联络工作和传递党的文件。这时，朱毓淦的革命活动被敌人察觉。为了安全起见，党组织决定让他经青岛去大连暂避。朱毓淦到青岛后，由于路费发生困难，不能登船去大连，又毅然返回泰安。
1932年5月，中共山东省委派特派员张天民到泰安，宣布撤销泰安特支，建立中共泰安中心县委，曹福广任书记，朱毓淦任组织部长，庞盛文任宣传部长。泰安中心县委建立后，在领导泰安城乡党的工作的同时，积极指导莱芜、新泰等县建立和发展党的组织。9月，朱毓淦接任中心县委书记。他在泰山瞻鲁台主持召开了县委扩大会议，对在农村发展党员、建立组织、发动群众开展抗捐抗税等工作进行了部署。泰安中心县委建立至1933年上半年，泰安党的工作迅速开展起来，有6个区建立了区委，党支部发展到19个，党团员发展到300名；在知识分子中建立了反帝同盟会，在工人中建立了赤色工会，在农村建立了短工会、抗粮会、贫民会、姊妹团等组织。同时，在泰安中心县委的指导下，莱芜和新泰也相继建立了县委。
1933年12月，已调任省委委员的原泰安中心县委书记曹福广叛变，泰安党组织遭到严重的破坏，22名党团员及积极分子被捕，不少党员被迫移居他乡隐藏。泰安中心县委停止活动，党的工作又陷人了低潮。1934.年1月，遭通缉的朱毓淦被迫到大连隐蔽，并与大连党组织取得联系。经大连党组织介绍，朱毓淦打人日本人办的火药厂，在火药厂成立了党小组，秘密组成“敢死队”，朱毓淦任队长。他带领“敢死队”把几个欺压工人的日本人和朝鲜人处死，然后装入麻袋抛人海里。这一举动震慑了为非作歹的日本人，鼓舞了工人的斗志。一天夜里，觉悟了的工人自发引爆了火药仓库，全厂一片混乱。火药库爆炸后，日本人逮捕了朱毓淦，给他戴上手铐脚镣投入水牢。经工人们的全力营救，他逃出了水牢，在一个山洞里躲避了40多天，后于1936年返回泰安。
七七事变后，朱毓淦积极投身于抗日救亡斗争，在北望村发展党员，并筹集了部分枪支弹药。8月，鲁宝琪根据山东省委书记黎玉的指示在泰安建立了中共泰安临时县委，鲁宝琪任书记，朱毓淦为县委成员。10月中旬，日军兵临黄河北岸，济南形势紧张。山东省委和一批平津流亡学生陆续迁往泰安，决定在徂徕山和津浦铁路以西分头举行抗日武装起义。在起义准备期间，朱毓淦的家成了参加起义同志的联络点和食宿处。为了解决起义部队的经费问题，朱毓淦动员说服自己的亲属，卖掉了部分土地和家产，所得款项全部捐给了起义部队。
1937年12月下旬，日本侵略军越过黄河，27日侵占济南，31日侵占泰安，以韩复榘为首的国民党第三路军不战而逃，城乡一片混乱。1938年1月1日，起义人员集聚在徂徕山大寺，山东省委书记黎玉庄严宣布成立“八路军山东人民抗日游击队第四支队”。在起义的前一天，朱毓淦就跟随省委宣传部长林浩等同志先期登上了徂徕山，为迎接各地赶来参加起义的同志做准备工作。
徂徕山起义后，省委和第四支队领导派朱毓淦赶回北望村，在那里了解国民党军队和日本侵略军的动向。一天，一股国民党部队的散兵40余人来到北望村。朱毓淦热情接待了他们，告诉他们徂徕山有共产党领导的抗日起义部队，如果他们愿意抗日可跟他们联系。他一面派人安排接待这股散兵，一面连夜赶到徂徕山大寺，请组织上派人接收这股散兵。省委和四支队领导决定，派林浩、武中奇与朱毓淦立即赶回北望村做这股散兵的工作。他们来到朱毓淦家里，请朱毓淦的母亲和妻子备好酒菜，请来四个国民党军头目饮酒谈心。他们说古论今，话越说越投机，于是在朱毓淦的提议下结拜为兄弟，共同盟誓：“誓死抗敌到底，若有三心二意，不得好死。”第二天，林浩、武中奇和朱毓淦带领着所有散兵，携带2挺轻机枪、5支匣枪、40多支步枪和充足的弹药，加入了徂徕山的起义队伍。
1938年5月，山东省委根据党中央关于建立抗日政权，创建山东抗日根据地的指示精神，从四支队抽调干部回地方恢复建立县、区党组织，夏辅仁、朱毓淦、燕遇明等被抽派回泰安工作。月底，在黄前恢复建立了中共泰安县委，夏辅仁任书记，朱毓淦任组织部长，燕遇明任宣传部长。朱毓淦忘我地工作，指导各区委在全县大力开展了党的发展工作，至年底，全县共发展党员200多名，并建立了县和各区的抗日动员委员会，成立了青年、妇女抗日救国会和自卫团等抗日群众组织，为全面发动群众，建立抗日根据地创造了条件。
1938年7月7日，泰安县各界代表在麻塔村召开抗日周年纪念大会，以激励广大群众抗击日军的决心。范明枢、朱毓淦、姚新府等出席了大会。会上，范老先生慷慨陈词，讲解团结抗日、保家卫国的重大意义。为了表示誓死抗倭的决心，范明枢、朱毓淦等带头跪在坚硬的鹅卵石上庄严宣读誓词。到会群众无不肃然起敬，为他们执著的爱国主义精神所感动，纷纷跪石相随，“誓死收复国土”的呼声响彻云霄。
朱毓淦经常率县武装人员，以游击战方式袭击敌人。1938年8月，他带领泰安县独立营一个班，在泰安城东的上高村抓获从泰安城出来抢掠的12个汉奸，经审判后将其全部枪决。在一次战斗中，朱毓淦身先士卒，冲人敌群抱住一个敌人咬掉了他的耳朵，缴获匣枪1支。还有一次，他带领5名战士袭击了日军一个据点，夺得2挺轻机枪。当他们带着战利品往回走时，突遭增援日军攻击，一名战士身负重伤。
朱毓淦冒着枪林弹雨背起负伤的战士，边战斗边撤退。当全体人员安全突围返回驻地时，他却累得昏了过去。
1938年10月，县委书记夏辅仁、宣传部长燕遇明调走，朱毓淦接任县委书记兼组织部长，张烈任宣传部长。同年12月，朱毓淦调任鲁中区党委社会部部长。
1939年6月1日，日伪军两万余人对鲁中区进行了大规模“扫荡”，朱毓淦随山纵首长指挥的特务团和一、二、三、四支队，广泛开展分散的游击战，经月余战斗，粉碎了敌人的大“扫荡”。
1941年11月3日，日伪军数万人对鲁中沂蒙山区实行铁壁合围大“扫荡”。抗日军民进行了顽强的反“扫荡”斗争，粉碎了敌人的残酷“扫荡”，我党政军民也付出了巨大的代价。11月8日，敌人合击鲁中区党委和军区驻地鲁山，朱毓淦和军区司令员刘海涛及部分人员转移至蒙阴县官庄以东的杜家林，被汉奸石绍武伪装的抗日联防大队诱捕。敌人先是对他进行诱降，继而用酷刑折磨。在凶残的敌人面前，朱毓淦宁死不屈，不断高呼革命口号，气急败坏的敌人割掉了他的舌头，挖去了他的眼睛，刺穿了他的胸膛……
新中国成立后，人民群众检举了杀害朱毓淦烈士的凶手。1951年，人民政府将其抓获严惩。烈士的遗骨被安葬在泰山脚下的烈士陵园，永远受到人民的敬仰。2014年8月29日，朱毓淦被列入国家民政部公布的第一批在抗日战争中顽强奋战、为国捐躯的300名著名抗日英烈名录。
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