南北朝时期的范缜提出了“形质神用”、“形神相即”等理论，着重反对了佛教的神不灭论。他关于形神的学说是一种身心一元论。
隋唐时期的哲学。隋唐时期为中国佛教之鼎盛阶段，但儒学仍为正宗，儒佛之争贯穿于唐代，佛教被迫中国化。
玄奘及其门人窥基所创立的唯识宗主要是对印度佛教唯识学说的介绍。此派强调破除“我”、“法”二执，实际上就是要破除以我和事物为实体的主—客二分式，但唯识宗认为“我”与“法”皆“识”所“假立”，而“识”仍然是实体性的东西，这就是说，“我”、“法”“二空”，而“识”不空。于是唯识宗提出了“唯识无境”、“万法唯识”的理论。它认为“我”、“法”“二执”是产生烦恼和分别计较的根源，破了“二执”，即否定了自我和万物的实体性，就可进入涅架境界而成佛。
华严宗是中国化的佛教，其创始人为法藏。华严宗提出“理法界”、“事法界”、“理事无碍法界”、“事事无碍法界”的“四法界”说，认为世界上千差万别的事物（“事法界”）与本体（“理法界”）互相统一（“理事无碍法界”），各事物之间也互相统一（“事事无碍法界”），其中，“理法界”即本体是最真实的，又叫作“真心”，真心本体恒常不变。这一点与唯识宗关于“识”亦依他起之说不同。法藏又称“理事无碍”的关系为“一切即一，一即一切”[40]。华严宗认为最高境界不仅是一种不分主客的境界，而且是不分本体与现象的境界，即所谓“见师子与金，二相俱尽”。华严宗关于真心本体恒常不变，事物皆真心本体之客观体现的思想，比起唯识宗所讲的一切“法”皆空的思想来，似有较重现实之意，这一点颇有与中国传统思想相合之处。
禅宗是最中国化的佛教，其创始人为慧能。禅宗提倡顿悟成佛，反对积学渐修，不讲究宗教仪式，不主张念经拜佛，不立文字。“顿悟成佛”之道就是“无念”，“无念”的一种解释是说，“于诸境上心不染”[41]，即不执着于认识对象，而不是“百物不思，念尽除却”[42]。按照此种“无念”的意思，则不是不接触对象，不是不要日常生活，而是处尘世而不染。禅宗不认为外境虚幻，而是认为心空则一切皆空，即是说，“自性真空”，精神上不执着，则可达到虚静的天人合一境界。我们不能把禅宗简单地看成是主观唯心主义，它并不主张客观事物都在意识之中，它承认有“境”、有“相”，但他主要是提倡一种不着境、不着相的胸襟。禅宗又主张人人皆有佛性，佛性即人之本性，故人人皆可成佛。禅宗对以后宋明儒家的道学有直接影响。
儒家在魏晋至隋唐时期，虽不及汉代那样处于独尊地位，但毕竟是中国哲学之正宗，魏晋南北朝时期的玄学基本上是儒道之结合的产物，隋唐时期的佛学亦被迫中国化，甚至儒家化。尽管如此，唐代中期的儒家思想和文学家韩愈仍以儒家“道统”即先秦孔孟之道的继承者自居，大力反对佛教和道教，批判佛老“子焉而不父其父，臣焉而不君其君”，维护儒家的纲常名教，而且有承认“天命”的思想，只不过他排斥董仲舒的历史地位。
李翱继承韩愈排佛的立场，但他吸收了佛教特别是禅宗的思想，强调“不动心”的修养方法，希求在与外界接触的同时而不为外物所动的所谓“诚”的天人合一境界。李翱也讲儒家的修身齐家治国平天下，但他的思想比起韩愈来，较少伦理道德的意义。
柳宗元反对天人感应说，反对天人合一，反对以“天”压人的“天命”观，认为：上下未形之时，“唯气存”[43]；“古之所以言天者，盖以愚蚩蚩者耳”[44]；“圣人之道，不穷异以为神，不引天以为高”[45]。刘禹锡提出“天人交相胜”的学说，反对天人合一、天人感应之类的思想，反对“天命”宰制人，强调人能胜天。柳宗元和刘禹锡虽主天人相分，反对天人合一，但并未达到主—客二分的水平，他们的思想较少哲学上的分析和论证，更乏认识论。而且，他们两人都受佛教特别是禅宗的影响，企图“统合儒释”，实际上是把佛教儒家化。
道教形成于东汉末期，到南北朝隋唐而与佛教几立于对等之地位，佛道之间既有斗争，又有渗透。同时，道教也吸收了儒家的某些思想。道教不但在医学、化学等方面有具体贡献，而且包含了人当宰制自然的科学精神，它主张人应“窃天地之机”，“役使万物”。道教的这一方面是中国哲学史上有待发扬的宝贵精神财富。
宋明时期的哲学。宋明哲学以理学（道学）为主导，它是以儒家孔孟学说为基础、批判吸收佛道某些思想的较完整的哲学体系，是一种新儒学，它产生于北宋，盛行于南宋与元明时代。理学家共同关心的主要问题是人与自然的关系问题、形而上与形而下的关系问题以及现实的社会和人生问题。他们的哲学仍然立足于儒家的伦理道德观，他们大多吸取了佛教的心性修养学说和道家关于宇宙生成的理论，而又批判了佛道追求虚幻或彼岸和玄学忽视名教的思想。宋明理学虽然流派分殊，但都把中国哲学史上占主导地位的哲学特征即天人合一的思想、以研究人伦道德为主旨的思想、以“天”压人的思想发展到了顶峰。
周敦颐是理学的奠基人，他认为“太极”是天地万物之本原，“太极”之理为“纯善至善”，而人禀受“太极”之理，故人性本善，也就是说，人性本来合乎仁义礼智；恶来源于欲，因此，他提出“无欲故静”的道德修养的主张。周敦颐的这些思想对以后宋明理学特别是程朱学派的天人合一和以“天理”灭人欲的思想产生了很大的影响。
张载提出气一元论的主张，认为“太虚即气”[46]，“凡可状者皆有也，凡有皆象也，凡象皆气也”[47]。气之聚散变化过程叫作“道”，其变化规律叫作“理”，又叫“天序”或“天秩”，而“理不在人，皆在物”[48]。人性分“天地之性”与“气质之性”，前者源于“太虚”本性，是善的根源，后者是恶的根源，起于形体之后，人只要能“善反”，能限制人欲，就自然合乎道德标准。据此，张载很注重破除我与非我的界限，以达到“其视天下，无一物非我”[49]和“民胞物与”的天人合一境界。与此相联系，张载明确区分“德性所知”与“见闻之知”。“见闻之知”即通常所说的知识，是物我（即主体与客体）交互作用的结果；“德性所知”是一种“合天心”[50]的天人合一的道德境界，并不是通常所说的知识。他说：“儒者则因明致诚，因诚致明，故天人合一。”张载认为“德性所知”高于“见闻之知”，实际上也就是主张天人合一高于主—客二分，道德高于知识。
程明道与程伊川兄弟确立了宋明理学。理与气两个观念在理学中占有极其重要的地位，张载确立“气”的首要地位，但对于“理”则语焉不详，程氏兄弟确立了“理”的首要地位，认为“理”是宇宙万物之根本，“理”又叫作“天理”，其主要内容是指道德准则，程伊川的“理”与程明道相比，较多自然法则之意。程明道认为“天者理也”[51]，实际上就是把封建道德之理神圣化为“天”。程伊川也主张天人相通，认为“性即理也”[52]，“天命之谓性”的“性”即是“理”，他也是把封建道德之理看成是源于“天命”。程明道虽讲“道”与“器”的区别，但承认二者不可分离；程伊川则强调“形而上”的“道”与“形而下”的“器”之区分，以致认为“理”可以离事物而独存。二程都提出存天理去人欲即以封建道德之“天理”压制人欲的主张。明道认为人本与天地万物为一体，只因执着于个体之我的私欲而与世界隔离；修养就是要破除人我的界限，回复到万物一体、天人合一之境界，这种境界叫作“仁”，实即一种封建道德境界。伊川所讲的修养一方面主用敬涵养，一方面又主进学致知。他主张通过持敬致知而达到“与理为一”[53]，即“形而下”的“人”体现“形而上”的“理”的天人合一境界。伊川还讨论了知行关系，主张知先行后，当然，他也不无知行合一的思想。
朱熹发展了程伊川的思想，而成为宋明理学中理学一派之完成者。他更明确地主张并论证了“理在事先”。这里的“在先”相当于西方哲学所讲的“逻辑在先”，也就是说，“理”是事物的根本、根据或者说先决的前提。朱子强调“理”与“气”、“形而上”与“形而下”的区分，并认为前者是本：“理也者，形而上之道也，生物之本也；气也者，形而下之器也，生物之具也。”[54]朱子所谓“理”的主要内容仍然是指封建道德准则，“理在事先”的主要意思就是把封建道德之理视为事物之本，视为天经地义，故又叫“天理”。“天理只是仁义礼智之总名。”[55]朱子认为理与气合则生人，体现于人中之“理”就是人之“性”，故人性中之道德意识皆禀受于“天理”，——禀受于天地万物之本，这也就是朱子的天人相通、天人合一的思想之要旨。“天理”为气禀——私欲所蔽，则产生恶；修养就是要去人欲，存天理，以达到“与理为一”[56]的一种天人合一的道德境界。“与理为一”就是使“天理”完全地体现于具体的人。中国儒家传统的天人合一和以“天理”宰制人欲的思想在朱子这里可算是融合成了一个完备的哲学体系。朱子明确区分形而上之理与形而下之气并以前者为根本的思想与论述，包含有区分思维与存在、主体与客体的思想因素，但远未达到西方近代哲学中主—客二分的思想水平，亦乏“主体性”原则，颇与柏拉图的“理念论”相近，似与之处于同一思想水平。当然，朱子哲学中所包含的关于对自然的认识的思想，仍然是值得我们发掘的。朱子也注意到知行关系，认为知在行之先。
与朱子同时而另立理学中心学一派的人物是陆象山。陆象山主张“心即理”[57]，认为“宇宙便是吾心，吾心即是宇宙”[58]。这是与朱子不同的另一种天人合一观：朱子的天人合一是形而上的“天理”体现于人；陆象山的天人合一是人心即天理；天理“非由外铄”[59]，不假外求。陆象山认为人之本心虽然即是宇宙，但“愚不肖者”却“蔽于物欲而失其本心”[60]，而修养的目的就是要存心去欲，以回到心“与天同”[61]的天人合一境界。陆象山所讲的天理、人心，其内容就是封建的仁义道德，较之朱子，可以说几乎全无自然法则的含义，所以他的天人合一也是一种以封建道德之“天理”压制人欲的思想。陆象山虽然也反对朱子的天理人欲之辨，但他的主要意思是：朱子在他看来是以天为理，以人为欲，把形而上的天理与形而下的人心、人欲分离为二，而他自己则主张天人非二，天与人并不分居于形而上与形而下两个世界之中，至于陆象山之主张以天理压人欲的基本思想却与朱子并无二致。不过陆象山强调“心”的主动作用，这一点对于否定外在权威而言又有一定的积极影响。
南宋初期的陈亮、叶适都反对朱子的形而上之理，主张道在事物之中，同时也强调“事功”，注重实用。他们所讲的“道”或“理”，其内容既有封建道德的基本准则，也有自然事物之法则。叶适反对理学所讲的天理人欲之辨，认为“以天为无妄”、“以天理人欲为圣狂之分”，是“择义未精”[62]。这是对儒家传统以封建道德之“天理”压制人欲思想的直接批判。
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