哀帝即位后，见王氏势力太盛，也想加以抑制。王莽免官后，解光又来弹劾王根，当然正中圣意，于是派遣王根就国，把王况贬为平民。九月庚申日，忽然发生地震，三十多个城池被震坍，压死四百多人。哀帝因灾异过大，下诏询问群臣，待诏李寻有书上奏，指斥时弊。
哀帝开始执政时，也想力除前弊，崇尚节俭，海内人士都把希望寄托在他身上。可傅太后干预朝政，称尊号、用私亲，闹个不停，使哀帝六神无主，渐渐荒怠政务。仅过半年，便改变了初衷。李寻所言，明明是借变异劝勉哀帝，指斥傅太后。哀帝也知道李寻忠直，就将他提升为黄门侍郎，只是削减外戚势力，实在无此能力，只好含糊混过去。但朝臣已分为两派，一派是排斥傅氏，不让她干预朝政；一半是依附傅氏，对她唯命是从。傅太后一心想揽权，见有反对自己的大臣就驱除出去，好叫公卿大夫联络一气，免受牵制。
大司空汜乡侯何武为人正直，不肯阿谀奉承，傅太后心生不乐，密令心腹调查何武的过失。恰好何武有一个后母在家乡，何武多次派人迎接，她却不愿到京城。近臣于是弹劾何武对亲人不能尽孝，难以担当三公的重任。哀帝也想改换大臣，就将何武免官，调大司马师丹为大司空。师丹是琅玡东武县人，字仲公，从小跟随匡衡学诗，多次被提升，曾为太子太傅，教授哀帝。师丹升任大司空后，也与傅氏不合，前后上了数十回奏章，无非是援引继位前三年不改朝政的古训，说哀帝改政太急，滥封丁、傅二家。哀帝并非不感动，只是被傅、丁两后压迫，无可奈何。
侍中傅迁是傅太后的侄子，为人奸邪刁滑，哀帝于是将傅迁罢职，遣归故里。不料傅太后出来干涉，硬要哀帝将傅迁官复原职，留在宫廷。哀帝无法，只好将傅迁留下。孔光与师丹入朝上奏，称诏书前后自相矛盾，只会让天下人疑惑，请命将傅迁放回故里。哀帝不能说出苦衷，只得装聋作哑。
掖庭狱丞籍武见赵合德多次杀死皇上的儿子，于心不忍。曾与掖庭令吾丘遵密商，计划将此事告发。无奈官卑职小，怕惹出祸事，只好将此事搁置。吾丘遵后来病死，籍武孤掌难鸣，只得作罢。哀帝继位，赵合德自杀后，籍武就把宫中秘事泄露出去。辗转流传，被司隶校尉解光听说，正好借此扳倒赵家外戚，使傅太后独享尊荣。主意打定后，解光立即上疏，弹劾赵昭仪心狠手辣，曾害死成帝的两个儿子，不但中宫女史曹宫等人冤死，此外后宫怀孕的人，都被赵昭仪用药堕胎。赵昭仪畏罪自杀，但她的家属还像以前一样尊贵，国法何在？应立即依法惩治。
依照他的意思，连赵太后都不能幸免，赵钦等人更不用说了。哀帝因自己继位时，曾得到了赵太后的帮助，于是仅将赵钦、赵夺去爵位，贬为平民，充军辽西，赵太后没有受到牵连。当时朝廷已经改元，号称建平元年，三公中缺少一人，朝臣多推荐光禄大夫傅喜，于是哀帝任命傅喜为大司马，封高武侯。郎中令冷褒、黄门郎段犹见傅喜位列三公，傅氏权势越来越大，正好乘机献媚。上疏说共皇太后与共皇后不宜再加“定陶”二字，所有车马衣服都应称皇，并应为共皇在京城立庙。哀帝诏令群臣商议是否可行，群臣随口赞成，只有大司空师丹出头抗议。
大司空师丹的话原本极为公正，丞相孔光极力赞同，大司马傅喜也认为师丹所言甚是。只是傅太后及傅晏、傅商等痛恨师丹等人，想把他们都赶出去。如今得了机会，第一个便先从师丹下手，探知师丹奏章的草稿曾经被属吏私下抄出传给外人看，当即把这件事上奏，弹劾师丹不敬。又因有傅太后做后盾，哀帝被迫下诏，免去师丹的官职，削夺侯位。给事中申咸、博士炔钦联名上奏，称师丹忠诚无比，敢于直谏，奏折的草稿泄露，错在簿书，与师丹无关。为这件事罢免师丹，恐怕会失去人心。哪知哀帝下诏斥责二人，反将他们的俸禄减为二等。尚书令唐林看不过去，上疏说师丹罪过较轻，受罚太重，众臣也都说应恢复师丹的爵位，希望陛下加恩于师丹，以抚慰众心。哀帝于是封师丹为关内侯，食邑三百户，提升京兆尹朱博为大司空。
之前朱博因搭救陈咸，声名远扬。陈咸做了大将军长史后，将朱博引荐上去。朱博受到王凤的赏识，做了栎阳长安的县令，后来升为冀州刺史、琅玡太守。朱博亲政爱民，吏民都很畏服。后来，朱博奉召做了光禄大夫，迁升为廷尉，他担心自己会被属吏欺骗，故意召集属吏，取出历年积累的旧案，重新判断。属吏见他明察秋毫，不敢相欺。隔了一年，朱博被提升为后将军。因红阳侯王立被免官回家，哀帝征用朱博为光禄大夫，兼任京兆尹。傅氏专政后，想联络几个大臣作为羽翼，孔乡侯傅晏便与朱博往来，结为至交。师丹被罢免后，推荐朱博为大司空。朱博平时看重私情，不识大体，此次与傅晏结交，也是如此。从此朱博的位置越来越高，声名反而大不如前，后来居然变成了傅家的走狗。
傅太后除去师丹后，便想排斥孔光，因为孔光曾请求成帝册立中山王刘兴为太子。刘兴当时已经病死，刘兴的母亲冯昭仪还在。从前因为替成帝挡熊一事，傅太后私下惭恨冯昭仪，却未曾报复，现在大权在手，不但要内除孔丞相，还要外除冯昭仪。
中山王刘兴加封食邑不久，就得病去世。王妃冯氏生下两个女儿，却没有儿子。刘兴另纳卫姬后，卫姬为他生下一男，取名刘箕子，承袭封地。刘箕子年幼丧父，且体弱多病，医生说是肝厥症。刘箕子的病时常发作，每次发作就会手足痉挛，指甲变青，连嘴唇也会变色。冯昭仪只有这一个孙子，当然怜爱有加。见他病根不断，医药难以治愈，无奈之下，只好向神灵祈祷。
哀帝听说刘箕子有病，特遣中郎谒者张由带着御医前去诊治。来到中山，冯昭仪依礼相待，不曾怠慢。张由有疯病，留居数日，见医生没有治愈，异常愁烦，导致旧病复发。过了一两天，竟命从人收拾行装，匆匆回都，入朝复命。哀帝问起刘箕子是否痊愈，张由回答说没有痊愈。哀帝十分恼怒，呵斥他退出去，另派遣尚书责问他为何这么快回来。张由连碰钉子，吓得清醒起来，疯病也好了一大半，暗想自己病得糊涂，无端返回京城，如果没有理由的话，定要受到处罚。事已至此，宁可我负人，不让人负我，于是就说中山王太后冯氏私下嘱令巫师诅咒皇上及傅太后，事关机密，所以匆匆回报。尚书得到口供，慌忙入宫禀报。哀帝还未着急，傅太后已经怒不可遏，急忙召御史丁玄入内，嘱咐几句，叫他速去中山，依法查办。
丁玄是共皇后丁氏的侄儿，与傅氏互相勾结。一到中山，就将宫中吏役以及冯氏子弟全部拘禁，共有一百多人。丁玄逐日提审，过了好几天也没有头绪，无从回奏。傅太后等了十几天，见丁玄没有回信，又派中郞谒者史立与丞相长史大鸿胪丞同去审问。史立日夜兼程赶到中山，先与丁玄会谈。丁玄因没有供词，皱着眉头对史立叹息。史立暗暗嘲笑他，认为这样一个美差，办成后可被封侯，可丁玄竟然如此没用。
想到这里，史立跃跃欲试。当日提来案卷，升堂审问，一群“人犯”齐声喊冤。史立不分青红皂白，严刑拷打，接连死了数人，还没有供词。史立也觉得为难，急中生智，竟令众人一齐退下，只将男巫刘吾提进来，用了种种欺骗、恐吓的手段，让他把罪推到冯昭仪身上，供称诅咒是事实。刘吾被史立所骗，按照他的话招供。史立得到供词以后，再将冯昭仪的妹妹冯习及守寡的弟妹君之提到堂上，硬说她们与冯昭仪通谋。冯习大怒，开口痛骂史立，史立十分恼怒，命令左右动刑，一介弱妇怎么熬受得了，当场死去。史立见冯习死去，也很惊慌，于是立即命人将君之押回狱中。史立想了很久，想到一个办法，就召来医生徐遂成，与他密谈一番。徐遂成是张由带来的，还未曾回京，这次受史立嘱托，便出面做证人，按照史立的嘱咐说：“冯习与君之曾秘密对我说：‘武帝时有名医修氏，医好皇帝的疾病，才赏赐了两千万。如今听说主上多病，你在京想必会入宫为他诊治，就算是将他治愈，也不会被封侯，不如毒死主上，使中山王取代帝位，你必定会被封侯！’”史立以此为借口，叫出冯昭仪，当面责问，冯昭仪怎肯甘心受诬陷，自然与史立辩白。史立冷笑道：“从前挺身挡熊，拼死相救，多么勇敢！今日为何这般胆怯呢？”冯昭仪听了他的话猛然省悟，也不屑与他争辩，愤然回宫，对左右说道：“挡熊乃前朝之事，且是宫中所说的话，史立怎么知道呢？这定是宫内有人陷害我！我知道了，我死就是了！”于是服毒自杀。
史立将冯昭仪等人诅咒谋逆之事，胡乱奏报一番，有大臣就请命诛杀冯昭仪。哀帝不忍心，只下诏把她贬为平民，迁居云阳宫。哪知冯昭仪已经死去，史立第二次奏报再次到来。哀帝认为冯昭仪自尽在被贬前，所以仍用太后之礼安葬她，然后让冯参到廷尉那里受审。冯参精通尚书，曾做过黄门郎，守卫十多年，严肃有威，就连王氏五侯也都惧他三分，这次无辜被诬陷，不肯受辱，于是拔剑自刎。弟媳君之与冯习的丈夫及儿子全都受到株连，有的自尽，有的被杀，共死了十七人。冯参的女儿是中山王刘兴的妃子，被贬为平民，与冯氏宗族迁回故里。
司隶校尉孙宝，目睹这件冤案，心中甚是不平，立即上奏请求复审。傅太后正在得意，偏偏孙宝出来干涉，当然恼怒，便令哀帝下诏将孙宝打入狱中。尚书令唐林上疏力争，被贬为敦煌鱼泽障侯。大司马傅喜虽是傅太后的堂弟，因为良心不安，便与光禄大夫龚胜一同进谏，请哀帝将孙宝官复原职。哀帝转告傅太后，傅太后还是不肯答应。经哀帝一再求情，才勉强点头。张由揭发有功，被封为关内侯，史立迁为宫中太仆。有几个公正之人，背地里都骂张由、史立二人伤天害理。二人却得意扬扬，自诩计谋得逞。直至哀帝驾崩，孔光弹劾二人的罪过，张由、史立才被削去官职，贬到合浦。只是冯氏冤案，始终没有昭雪，冯昭仪也没被追封。毕竟是乱世纷争，只能黑白混淆了。
傅太后报仇之后，又想赶走孔光。因为傅喜不肯帮助自己，反而帮助对手，心中越想越气，就与傅晏商议，设计陷害孔、傅二人。傅晏于是和朱博一起先后进谗，指责孔光，弹劾傅喜。
建平二年三月，傅喜出都就国。四月，丞相孔光被贬为平民。朱博曾上奏请求罢免三公的官职，仍按照先朝旧制，设置御史大夫，撤销大司空一职。朱博因此被提升为御史大夫，丁明升为大司马卫将军。不久哀帝升任朱博为丞相，用少府赵玄为御史大夫。朱博与赵玄登殿受封，忽然殿中传出怪响，声如洪钟。众人惊慌四顾，不知是从何处发出的声者，朱博与赵玄也吓得心惊肉跳，不知是怎么回事。
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