大约楚国这个地方不怎么好，楚国重用的都是贵族，其分封制的意思传统很强，普通布衣没有进身空间。你再有能耐，没有血统，也不行，也是不肖的。于是，李斯先去找到荀子学习了帝王之术。毕业以后，他觉得楚王确实不足以事奉（体制不好，好比厕所），其他六国也是一样，于是向西去了秦国。秦国自从商鞅改革以来，以布衣取代贵族，这样有利于加强王权，同时布衣也有进身立功享福之路。
到了秦国之后，秦庄襄王死了，秦王政继位，岁数还小，一切都是相国吕不韦管着。李斯于是做了吕不韦的门客，吕不韦发现李斯颇有才华，于是任命他当了郎官（通过当门客而当官，是当时的常见路子）。郎官就是陪伴和保卫国君的，平时都在宫里上班。李斯因此有了机会接触秦王政。等到秦王政成年，李斯就劝说秦王政道：“从前秦穆公称霸，但是没有去兼并山东六国，为什么呢，因为当时诸侯尚多，周王室也未衰。现在自从孝公以来，六代秦君战胜诸侯，诸侯都已经服秦。以现在秦的实力，足以灭诸侯。如果磨磨蹭蹭不赶紧做，诸侯重新又强大起来了，互相合纵，那您就是有黄帝的贤能，也兼并不了天下了。”
秦昭王确实已经给秦王政打下了很好的基础，但是如果耽搁二十年不动作的话，这次基础和优势也就付之东流了。
秦王政于是就拜李斯为长史，让他帮着兼并诸侯。李斯就献出了和平演变的计划。就是派出大批间谍前往六国活动，用黄金收买六国豪臣，离间六国君臣关系，煽动臣下造反，或者陷害忠臣良将。对于那些不肯就范的臣子，就用利剑刺之，完全陷六国官僚体系于瘫痪。秦王政于是按李斯说的办法去办。这大约也算“和平演变”了。因为这些功绩，李斯被提拔为客卿。
在韩国被灭亡之前，韩国曾经派间谍到秦国活动，这个间谍的名字叫郑国，劝说并负责给秦国修筑水渠，目的是折腾秦国老百姓，削弱秦国国力，结果终于还是被识破了。秦国的宗室贵族素来就不喜欢从六国来的这些士人（因为抢了自己的饭碗），趁着这个机会就劝说秦王政：“从六国来的人，大多都是间谍，请把他们全驱逐了吧。”
李斯也在被驱逐的名单当中，于是李斯给秦王政上书，说：“从前秦穆公从戎狄那里得到了由余，从宛城得到了百里奚，从宋国迎来了蹇叔，从晋国取得了丕豹、公孙枝，这五位先生，都不是秦国本地人，但是秦穆公用了他们，遂并国二十，称霸西戎。随后孝公用商鞅，惠文王用张仪，都取得巨大成绩。
“现在大王佩带昆山之玉，耳垂明月之珠，带太阿之剑，称纤离之马，这些宝贝，都不产于秦国，但是大王很喜欢它们啊。如果非得是秦国所生的然后才能用，则夜光之璧不得装饰在我们朝廷，犀角象牙不得摆在桌上，西蜀丹青不得用于画您的房子。后宫的女孩也非得用秦国的，则窈窕的赵女您也泡不着了。郑国的音乐，也是异国的音乐，您不也很喜欢吗？您本地的音乐是击瓮叩缶和弹筝，可是您把这些演出都删掉了，光听郑国之音，为什么这样呢？因为能够听着舒坦啊。可是您用人却不然，不论曲直，不是秦国人的就赶走。这说明您看重美色、音乐、珠宝、美玉，而看轻人民啊。这不是跨海内，制诸侯之术啊。
“臣听说地广者粟多，国大者人众，兵强者士勇。所以泰山不辞土壤，所以成其大，河海不择细流，所以得其深，王者不丢弃众人，所以明其徳。如今您把宾客都撵走了以成就诸侯六国，此所谓送粮于盗也。如此下去，国家不危，那才不可能呢。”
秦王政于是赶紧废除了逐客令，也给李斯官复原职。并且不断听取李斯的计谋，李斯官职也升到了廷尉。二十多年后，秦竟然并占了天下，秦王政称皇帝，以李斯为丞相。他们把郡县的城墙都给夷平，把兵器都销溶，表示不再打仗了。并且也不搞分封，不把皇帝的子弟立为诸侯，使得这样未来不会有攻战之患。
但是，秦始皇三十四年，在咸阳宫的御前宴会上，齐国人淳于进言说：“从前商周的王都能延续千余年的国祚，就是因为把王族子弟和功臣封为了诸侯以做枝辅。如今陛下的儿子们都没有封为诸侯，未来朝中一旦有田常或者六卿（晋国六卿专权，君主无权），那么，怎么拯救皇帝啊？不按照古人的办法来的，是不行的啊。”
一看淳于越又要搞分封制，李斯当即对他进行了批驳，弄得淳于终于没话了。散会之后，李斯又写了奏章：“古代天下散乱，没有人能统一它，所以诸侯都起来了，人说话也是都喜欢以古害今，装饰虚言以害真理，人人都觉得自己家的私学好，来非议上面所建立的。如今皇上已经并有天下，区别了黑白而定下了一尊，可是这些私学却一起非议法教（以法家的法令来教化和管理民众），每当他们听到法令下来了，就各自用自己的私学去非议它。入则心非，出则巷议，各自以指摘人主来邀名，跟上面不一样才算自己高，于是都带着自己的一帮人来造谤。不如把古书烧了，叫他们没法借着议论。”
秦始皇批准了这个建议，收走民间的《诗经》《尚书》和百家之书，以愚弱百姓，使得天下人不能再以古非今。明确法度、确定律令，都是从秦始皇起。并且把文字进行统一。又修建了离宫别馆，遍布天下。并且又外攘四夷。这些事情，李斯都是于中有力的。
李斯的长子李由当了三川郡郡守，其他二等儿子，都娶了秦始皇的公主。李斯的女儿，则都嫁给了秦始皇的少男。李斯长子从三川郡回家探亲，在家里头搞活动，慕势而来的官员们排出上千辆的车子，都是豪华私家车，遮住小半城的街巷，这是何等的派头！李斯喟然而叹曰：“嗟乎！我听我的老师荀子说，‘物禁太盛’，如今我富贵已极，物极则衰，我这辆破马车，不知道将来会在哪个下坡路上，摔得车架子溃毁人亡！”
李斯对于怎样才能保住自己的富贵，心中发生了莫名的担忧。
秦始皇三十七年，再一次出巡东方。丞相李斯和中车府令兼行符玺令事赵高（管理宫中的车辆和玉玺的）一起跟着去。秦始皇有二十多个儿子，长子扶苏因为多次进谏，秦始皇不高兴，撵他到北方去做蒙恬将军的监军（政委）了。秦始皇最小的儿子胡亥，非得请求也跟着去参加这次巡行，于是秦始皇批准了。其他的儿子们，都没有去。
这年七月，秦始皇来到沙丘，病得不行，命令赵高给扶苏写信：“把军队交给蒙恬，你来咸阳会葬把我埋了。”
信写完，密封好了，没等交给使者，秦始皇就驾崩了。这封信就放在了赵高这里。只有李斯、赵高、胡亥以及几个宦官知道秦始皇驾崩了。
赵高于是劝胡亥说：“按这封信的意思，扶苏就要当皇帝了。而你们这些人，是一尺一寸的封地也不会有（秦朝不搞分封），你怎么办啊？”--这种不搞分封，儿子们之中，当上皇帝的没当上皇帝，差距确实太大了。如果不是这么大，胡亥也许不会非得跟大哥抢吧。按秦朝的规矩，不搞分封制，皇帝的儿子，若不是继承人，也就是个平民匹夫罢了。
看来，秦始皇取缔了分封制，其实也伤害了自己王子们的利益。若是搞分封，胡亥能得以当一个封王，也不会非要和大哥抢位置，从而导致帝国昏乱了吧。后代的朝代，其实还是搞分封的，皇帝的儿子通常封为王，享受封地上租税的经济利益（但无政治权力），譬如朱元璋的子孙，占的封国面积和财富消耗，极大。
胡亥说：“我爸爸的遗嘱也是应该的嘛。我听说，知臣莫如君，知子莫如父，我爸爸要他接班不要我接班，而且也不封诸子，这有什么可说的呢？”
赵高说：“不是这个理啊。给人当臣子，和叫人当自己的臣子，那能一样吗？”--赵高非要胡亥夺皇位，也全是为了自己能跟着飞黄腾达，这就像李斯当初劝秦王政去并吞六国，是为了这样自己才有立功和当大官的机会。赵高、李斯这种布衣，在这一点上是相同的，就是布衣精英为了自己出人头地，就不顾贵族应有的道德。布衣，有更强的功利导向。
胡亥说：“废掉哥哥而作为弟弟上去，这是不义的。不奉父亲的遗命而怕死，这是不孝的。能力差，还非得靠着别人取得成功（靠赵高），这是没本事的。这三个方面都不符合德，天下不服，自己也身危，社稷都跟着会倒。”--确实，胡亥更主要还是强调贵族的价值观，而赵高作为布衣，想得都是利益和功利目的。不管胡亥说的这话是真是假，我们也确实看到了贵族和布衣的价值观的区别。
赵高见胡亥谈的都是道德，于是也自好从道德角度批评胡亥：“我听说，商汤周武王杀了自己的君主（桀纣），但是天下人还是说他们是义的，没说他们是不忠的。卫国国君杀了自己的老爸，卫国人都把这作为一件德行记录下来，孔子也表彰它了，没说这是不孝。做大事不要在意小的谨慎，遇上大的道德不用辞让。”赵高说的都是歪理谬说，孔子那部分更是捕风捉影。
胡亥听了，觉得似乎自己抢大哥的位置，也不是不道德的，连孔子都赞同。再加上赵高借着又再三劝说，胡亥终于喟然同意了。
但是，这事也得丞相李斯同意才行，胡亥说：“现在父亲还没有下葬，这怎么合适为这个事去胁迫丞相呢？”--还知道父亲未葬，先闹就不好，那将也是没孝心的表现。
不管怎么样，胡亥所受的教育中，道德意识的教育还是占了很多，一定程度还是影响了他。而胡亥这些话中，说明他受的也是儒家教育。
赵高说：“不能等啊，时乎时乎，间不及谋！赢粮跃马（带着干粮骑上吗），唯恐后时（唯恐迟到）！”--总之，不能耽搁。晚了，就抢不到了。
于是，赵高就去找李斯，说：“现在皇上已经驾崩，给扶苏的信还没有发出，就放在了胡亥那里。确定到底谁当太子，就在你和我之间啊。你打算怎样？”--意思是，改定胡亥当太子。
李斯说：“你怎么说出这样的亡国的话来了，这是臣子应该说的吗？”
赵高说：“你可以算算，你和蒙恬相比，谁的功劳更大，谁和扶苏关系更好。”
李斯说：“当然我不及蒙恬。”
“是啊，扶苏若是继位之后，必用蒙恬为丞相。你终究不能怀揣侯印回归乡里了。”--意思是，李斯从丞相的位子下来，侯的爵位和食邑也不会有了（秦有少量的侯），家族富贵全没了。
李斯说：“你回去吧，我奉皇帝遗诏，听天由命，我不考虑那么多。”
赵高说：“安全的时候，会变成危险的，危险的，也会转成安全的，安危都闹不懂，能算是圣人吗？”（当时的圣人还没有后代那么伟大，不过就是聪明人的意思。齐桓公也说管仲是圣人。）
李斯说：“我不过是个上蔡布衣，赖皇上提拔，当了丞相，封为通侯，子孙都居重位，皇上对我这么好，就是为了把未来安危存亡托付给我。我怎能负皇上呢？你不要说了。”
赵高说：“我听说圣人变化无常，能够根据时势而变通。如今天下的权命就悬在胡亥这里，你怎么见识这么低呢？”
李斯说：“我听说，换太子的话，三代不能安宁，从前齐桓公的儿子们之间争位，都死了好几个，纣王杀了亲戚，国家变成了废墟。这三种事都是逆天的，宗庙社稷都会因此败丧。”
赵高不听他胡说了，只最后一针见血地说到：“你如果听我的办法，扶立胡亥，则你能终身享有封侯，世世称孤（侯自称孤），比如有乔木青松之寿。如果你不选择这个办法，扶苏当政，你的子孙就要遭难（李斯下岗，子孙也继承不了侯了），令人寒心。聪明的人因祸转福，你好好想想吧。”
李斯终于没话了，过了一会儿，仰天而叹，垂泪太息，说：“哎呀，我单单遭逢乱世，却又没有死，而活到了现在，未来我如何托命啊。”那意思，是不反对了，我既然在这战国以来的乱世中，没有死，活了下来，那未来还得活下去，那也只好放弃原则了。于是就听赵高的话，答应修改诏书了。
李斯同意赵高了，因为要为自己活下去，以及更好地活下去服务，也包括对家族的利益的保障。李斯同意赵高，也不很奇怪，因为作为布衣出身的人，未免还是把自己的利益放在第一位，这和春秋时代的贵族（卿大夫如庆郑、鬻拳）把精神原则道德信条放在第一位，固然本来就是不一样的。李斯的布衣逐利的本质价值观，决定了他从自己的私人家族利益出发来做决策，而不是从忠于国家等抽象原则和精神信条来做决策。
于是赵高修改了诏书，拿着自己管理的玉玺，扣了上去，给扶苏发去了一封。
扶苏在边境上打开一看，是父皇下给丞相的诏书，内容是叫丞相处理自己，如下：“扶苏和将军蒙恬数十万大军屯驻边境，十多年却不能前进，士卒消耗甚多，却没有尺寸之功，反倒数次上书诽谤我的所作所为，因为不能当上太子而日夜怨望。扶苏作为人子不孝，决定赐剑令其自裁。蒙恬不能匡正他，为人臣不众，也赐死。以其兵交由王离掌管。”
扶苏看了诏书，就哭了，进到内室，准备自杀。蒙恬急急跑来，劝住扶苏，说：“如今陛下不在都城，派你领三十万大兵守边，这是天下的重任啊。如今一个使者来了，就自杀，安知这其中不会有诈呢？请你回信请示确认一下，请示完了哪怕再死，也不晚啊。”
旁边使者反复催促扶苏。扶苏为人仁厚，对蒙恬说：“父亲赐儿子死，怎么还需要再请示呢？”于是，举剑自杀。蒙恬也随即被迫自杀。
胡亥听到这个消息，大喜，回到了咸阳，给老爸发完了丧，就继位为二世皇帝，以赵高为郎中令。
赵高又对秦二世讲：“这次沙丘的密谋，你的哥哥们和大臣都其实都有怀疑。他们心中怏怏不服，恐怕会作乱啊。”秦二世说：“那怎么办啊？”赵高说：“您应该修改法律，把法令搞得更苛，把有罪的人进行连坐，甚至灭族，这样就能给大臣和公子们也找到罪了。您就可以除掉他们。”
秦二世同意，于是就修改法律，于是诸公子和大臣们就都有罪了，公子（秦始皇的儿子）十二人被在咸阳农贸市场当众正法，十个公主也被在杜县处死并且还肢解，并且家产都没收了，因此被连坐的不可胜数。大臣也被诛杀很多。
秦始皇的儿子公子高打算逃跑，但是又怕自己跑了，家族就得被灭，于是干脆上书，说：“我从前最得父皇宠爱，我一进宫，父皇就赐我吃的，出来就乘高级轿车，穿得都是御赐的高级衣服，皇宫的宝马，我得以驾之。父皇对我这么好，他死了，我不能从死（殉葬），那作为人子真是不孝啊。请允许我为父皇殉葬吧。”
胡亥看到这封上书，大高兴，招来赵高给赵高看了，然后说：“这可谓是急了吗？”赵高说：“这些公子和人臣担忧着自己的死还来不及呢，还哪有想作乱的心思谋划啊。”
赵高的意思就是，人们对生活的期望值已经非常之低了，只在马斯洛需求台阶图的低端生存安全等处徘徊，没有自我实现--妄想发达当皇上的需求了。这就是白色恐怖保皇位的理论吧。不过，难道赵高不知道还有“狗急跳墙”的理论吗？
于是，秦二世批准了公子高的这个上书，同意公子高自杀以殉老爹，还赐给了公子高十万钱的安葬费。公子高牺牲了自己，保护了全家。
接下来，秦二世继续修改法令，法令诛罚日益深刻，群臣人人自危，很多都想叛乱。秦二世偏又继续修阿房宫、驰道，因为他觉得这是老爸从前修的，我若是给停了，就等于说我老爸是错了，那作为人子，岂不是不孝啊。于是，继续修，因此赋敛也就要加重（修这个得花钱啊），徭役也没个定点时候了。于是，楚地的戍卒陈胜吴广等人，就开始作乱。山东六国全乱起来了。陈胜派出的周文大军，杀入了函谷关之内，好在被章邯带着几十万刑徒，硬给打了出去。章邯随后继续攻击起义各部队伍。
李斯觉得，虽然义军暂时被打出关去了，但是根本问题没有解决，需要做些改革了，比如把正在兴作的大项目停下来，对民众好一点，这样才能平息天下的大乱，于是他打算给秦二世提提这建议。但是提建议需要找没人的时候，李斯说：“什么时候您找个没人的屋子，我跟您说说啊？”
秦二世估计他不是什么好话，就再四推脱，总是不给他没人的屋子。李斯就是谏不着。
秦二世反倒以攻为守，有一次主动问李斯。小伙子秦二世也是爱读书的，他说：“我读法家先贤韩非子的书，说尧帝住的是茅草屋，连路边旅馆的条件都比他强，吃的都是粗米野菜，连传达室的人吃的都比他好，而大禹爬在泥巴里疏九河，累得腿上的毛都磨没了，民工都没他那么惨。可是我对韩非子有不同意见，难道当皇上就是为了苦形劳神活受罪吗？这是下等人该干的事情，不是上等人该干的事。所谓上等人的标准，是能够安定天下治理万民。尧帝大禹这些人，连自己的身体利益都保证不了，还怎么证明他们能治天下呢。所以我应该使劲拼命享福，永远享有天下，同时还不至于发生灾祸。能做到这一点，才能算有本事的上等人。你们作为臣子，怎么帮助我实现这一点啊？”
胡亥对大禹的批评也是对的。关羽大禹的这种生活方式，应该是墨家的学说中强调的。墨子强调亲力亲为，刻苦作业，向丐帮的污衣派看齐。墨子的思想有片面性。胡亥就觉得它不合理。
这时候，传来章邯在前线胜利的消息--章邯斩灭了陈胜的下面的二号领袖吴广。这对李斯是好消息，也是坏消息。因为李斯的长子李由，守着三川郡的荥阳城，长期不能肃清那里的吴广军队，现在终于是被章邯攻灭了吴广，于是秦国使者接二连三被派到三川郡调查情况，这帮人都是很敬业的，追究李由为什么不能肃清吴广，偏等章邯出动才解决问题。意思是李由有没有通敌的行为。
使者们回来又责问李斯，你身为三公，怎么把天下搞得这么乱，强盗这么多，你是怎么当的官！
秦朝官吏，真是铁面无私，令人胆寒。当时似乎司法还蛮独立。
李斯吓坏了，就在自己山雨欲来的相府里，针对秦二世刚刚问的那个“大禹生活俭朴”的问题，起草了一篇著名的奏章。这回他不敢再想着进谏了，而是为了挽救自己和儿子的被动局面，保住自家爵禄，写一篇讨好文章，题目叫做《督责术》，内容大致如下：
怎么才能成为一个成功的上等人呢？就是一定要能行督责之术。
我们先说说不行督责之术的坏处。尧帝大禹这些人，因为不能行督责之术，结果搞得自己苦形劳神，住的比狗差，起的比鸡早，干的比驴多，天下成了他的桎梏，因为他不会督责啊，反把自己沦落成了老百姓的奴隶杂役。
有本事的上等人不是这样的，他会督责，那就是重刑主义。一定要轻罪重罚，人们一看轻罪都惩罚这么严酷，那重罪就更不敢犯了。于是天下就太平了。所以先贤韩非子说“一寻长的布帛，不会武功的人也敢顺手偷走，而上百斤熔化了的金子，盗跖这样的大佬也不敢抢”--因为他怕把手烫了啊。只要你用重刑深罚，盗跖也不敢乱动，如果你不敢督责，小孩也敢偷几尺布。泰山那么高，可以一个跛脚的牧羊人也敢上去踩，城墙不过五长，楼老四（楼季，一个擅长轻功的人）这样的蜘蛛人也上不去。就是因为泰山的坡缓坦而城墙的壁陡峭。高明的上等人就是要把自己修的“陡峭”，用严厉的督责让天下人都怕他。
高明的上等人一定要排除三种人对他行督责之术的干扰。一种是整天嚷嚷节俭仁义的人，一种是天天谏说论理的人，一种是烈士刚直的人。这三种人在他身边或者在社会上活动，他就没法督责下去了。对于这三种人，办法就是闭上眼睛，塞上耳朵，让他们没法影响你，高明的你才能一路通畅地督责下去，于是您把臣子们督责得都没有邪心二意了，臣子们没有邪心二意了，天下也就太平无事，天下无事君主地位就尊严，君主尊严就督责的更有力，督责的有力国家就富强，国家富强君主就可以乐得撒欢儿随便恣意享福了。这岂不是比尧帝大禹高明的多吗？这样才叫明君呐！而且，群臣百姓被您这么督责着，一天到晚都想着怎么别犯事儿，哪里还敢图谋造反呢？
李斯写的这篇文章，简直不是人话，真可谓人头畜鸣！当然“人头畜鸣”这个词是后人形容秦二世的，长着个人脑袋，却发出驴子鸣叫。
从大框架上讲，李斯认为皇帝不是靠着亲力亲为，刻苦作业来工作，而是靠一套模式来管理，这样自己清闲，还有成效，这是对的。但是，李斯给出的模式，就是严刑苛法的督责。把皇上当成了一个黑社会老大，这样的强力统治，自然是不易长久的。
秦二世看了李斯这篇文章，高兴多了。李斯还算是明事的人啊。于是秦二世严厉推行督责术，提出“税民深者为明吏，杀人众者为忠臣”的督责标准。经过一番努力，秦二世终于把整个帝国变成了一个大监狱和大屠宰场：“刑者相望于道，而死人日积于市”。大街上走的都是缺鼻子少脚的，而死人一天天地在农贸市场堆积起来，杀人比杀猪还多。本来已刀兵相见的豪强百姓与帝国之间的矛盾，经过李斯的这份奏章，被进一步激化了。
古语有所谓“捷如影响，转若飞蓬”，就是描述一个人朝三暮四、变化无常的。李斯就是习惯于一向顺着别人转，从本来想进谏提出把大工程项目都停下，给民众松口气，却一下子变成上督责术，可谓转若飞蓬。
是什么使得李斯放弃原有的进谏尝试而改献媚求容，这不能光怪李斯这人骨头软，或者他儿子的事弄得他很被动。其实，就像在皇权专制体系下出现赵高这样的佞臣和整人专家是必然的一样，皇权专制体系下大臣们变得软骨头和没有职业原则心，也是体制引发的必然趋势。
秦二世暂时收起对李斯的不满了，然而过了没几个月，赵高却又不给李斯好日子过了。
原来，自从秦二世开始乱杀群臣公子的时候，赵高也和秦二世展开了杀人比赛，那些从前和赵高有仇的人，他都利用职权，打击报复，所杀甚重。这些被杀的人实在太多了，赵高担心苦主家属跑到朝堂上揪着赵高的鼻子骂他或者向秦二世告御状，不利于自己的光辉形象，于是赵高必须拦住他们，办法是劝秦二世从此不要上朝。秦二世居然还就听从了，于是住在后宫再不上朝。一切都听身边的赵高忽悠。
李斯对此颇有微词，觉得赵高架空了皇帝，皇帝听不到大臣的话了。李斯的微词赵高知道了，因此就恨了李斯。赵高就因为这么一点小事，就恨了李斯，可见赵高心胸之狭隘，到了什么地步。
于是赵高来诓骗李斯，说：“现在关东（函谷关以东）的群盗很多，皇上还在大修阿房宫，您得去进谏一下啊。”
李斯说：“是啊，我一直想进谏呢。但是皇上总不上朝，总在深宫里，我没机会说啊。”
赵高说：“我给你找机会。”
于是，每当秦二世在后宫正和姑娘们摆酒宴饮玩儿的时候，赵高就派人对李斯说：“皇上正有时间，你快来求见进谏吧。”于是李斯就跑到宫门求见。如是者再三。就把秦二世气着了，说：“我平常闲的时候，丞相总不来，我一私下喝喝酒玩玩儿，他就来奏事。这是丞相小看我吗，这么讨厌。”
赵高说：“从前沙丘密谋，丞相也是参与了的，但是您继位以来，丞相的官位也没有再升，他肯定不高兴，他这意思，其实是想裂土当王呢。而且我听说，丞相的长子李由当三川郡守，陈胜等盗贼都是丞相老家的旁县的人（半个老乡），所以这帮盗贼横行，经过三川郡，各城都守着不出来打这帮盗贼。我听说李由跟盗贼之间还有书信往来，当然我也拿不准。不过，丞相现在居于外朝，权力确实重于陛下了啊。”
秦二世觉得有可能是这么回事，于是派人去三川郡调查李由和盗贼沟通的情况。
李斯知道以后，晓得了赵高可能在害自己，但是自己又没机会见到皇上，于是就上书来攻击赵高，说：“臣听说，如果有大臣对陛下擅权，与陛下一般无二，那是很危险的。从前宋国有个司城子罕，把国家的行刑大权揽在一身，国人们都只怕他，最后他劫持了他的国君。齐国的田常富可敌国，他向老百姓布德施惠，攫取民心，最后篡弑了姜姓齐国的君位。现在赵高的淫威赶上了司城子罕，富有有若田常，恐怕他要造您的反啊。”
秦二世回信说：“赵高只是一个宦官出身，洁行修善，靠自我努力和忠心获得现在的郎中令职务，我是信任这位久经考验的的宦官的。您岁数这么大了，说不定哪天就要和帝国告别去追随先帝，我不依赖年富力强的赵高依赖谁呢？您不要胡思乱想了。”
李斯又写信说：“不对呀，赵高是个低贱的人出身，低贱出身的人，贪欲大，我觉得您很危险啊。”
秦二世深信赵高不疑，眼看李斯跟赵高水火不容，他又生恐李斯会利用自己的丞相职权杀了赵高，就提醒赵高小心点。赵高说：“我不用小心了，我被他杀了好了。丞相所忌惮的就是我，他杀了我，他就可以天不怕地不怕，实行他田常篡齐的素志了。”
这个田常是倒了霉了，正派反派都哪他当脏水往对方身上泼。
秦二世想了想，到底李斯和赵高谁想篡位，还是李斯篡位的可能性比较大，于是宣布：“朕命令，把李斯交付司法部门审查！另派遣郎中令赵高负责该案全面审查工作。”
于是，赵高作为大法官就审判李斯。这是原告同时还担任法官。李斯被桎梏铐在牢里，仰天长叹：“嗟乎，悲夫！这个无道之君，我拿他有什么办法啊！一万里江山没有励志开明的君主，谗邪阿谀的各姓同僚也不是我的知音。我就好比是从前的王子比干啊。夏桀杀了关龙逄，纣王杀了王子比干，夫差杀害伍子胥。我这样的大忠臣就要死啦。不是我不进谏，而是他不听啊，我看，用不了多久，麋鹿就要游于皇帝的朝廷啦！”--意思是这里要被敌人攻占，变成废墟荒野啦！
于是赵高就以谋反罪来审判李斯，把李斯全家都逮起来了。赵高审李斯的时候，对他进行了拷打千余下，李斯不胜疼痛（那时候人身体是好，李斯都七十多了，还能忍千余下的棒掠），于是只得自诬承认谋反。
李斯之所以没有自杀，是因为自负自己有辩才，希望写一封辩书，总结自己的历史功劳，希望万一秦二世读后醒悟能赦免他，以及赦免整个家族的死罪。李斯在狱中写了长长的革命回忆录，总结了自己三十年丞相生涯的七项功劳。当然，他有辩才，不敢自伐其功，而是名义上写作自己的七宗罪：“从前秦国不过千里之地，兵甲数十万，臣倾尽自己有限的才能，奉行法令，阴遣谋臣，给他们以金子和美玉，去游说诸侯，而自己则偷着修甲兵，善政教，尊功臣，因此终于胁迫了韩国消弱了魏国，最后终于兼并六国，立秦王为天子，这是我的第一条罪。秦朝的地盘并非不大了，但是又北逐匈奴，南定百越，以显示秦的强盛，这是我的第二条罪。尊抬大臣，提高爵位，以加强他们对皇帝的亲爱，这是我第三条罪。建立社稷，修治宗庙，我的第四条罪。统一度量衡，告布天下，以树立秦的名实，这是我的第五条罪。修治驰道，大建游观（离宫），以表现人主的得意，这是我的第六宗罪。缓刑罚，薄赋敛，以让民主爱戴皇帝，死而不忘，这是我的第七条罪。像我李斯这样做臣子的，罪固然早就该死了，有幸的是皇上能尽我之才力，让我当官到今天，希望陛下察之。”
这封信递上去了，赵高看了，就让官吏们不要交给皇上，他说：“犯人怎么可以上书呢？”
于是李斯全白写了。
按照秦王朝的审判程序，御史还要再来复审。赵高怕御史来的时候，李斯翻供，于是就让自己的门客化妆成御史、谒者、侍中（都是皇帝亲随），再多次去复审李斯。李斯一看皇上的人来了，当即就翻供，不承认自己谋反，这些御史、谒者什么的，当即就又棒掠李斯，说我们是郎中令赵高派来的哈哈。后来，秦二世派自己的御史和谒者真的去复审李斯的时候，李斯以为又是赵高派人装的，于是不敢翻供，就承认服罪。于是，审判结果就最终这样定下来了。报给秦二世，秦二世欢喜地说到：“若不是赵老师，我几乎被丞相所麦了。”
这期间，秦二世派去三川郡案问李由到底有没有通贼的事，使者到了三川郡，那李由因为抗击项羽刘邦，已经战败，被刘邦项羽杀死了。使者把这个情况写成材料报给皇上，赵高都给偷着改了，而说成李由是要通敌造反。
于是，秦二世二年七月，李斯被论罪处死，被腰斩于咸阳的农贸市场。李斯从监狱里走出来，后面跟着他一起要被杀的二儿子等家族所有人，李斯回头对二儿子说：“我想要再和你牵着黄狗，一起出上蔡的东门，去追逐狡兔，岂可复得乎？”父子于是抱头相哭。随后，李斯被夷灭三族。
李斯死后，赵高被拜为中丞相，全掌国事。
太史公曰：李斯以布衣出身而事奉秦国，终成帝业，李斯位列三公，可谓尊贵了。但是李斯不能明修政治以补救主上的过失，而是拿着爵位俸禄之重，却阿顺苟合，严威酷刑，又听从赵高邪说，废长立幼。等待诸侯都被叛乱，李斯才想起进谏，不亦晚乎！人都以为李斯是极忠的人，最后却被残杀，我察其本来情况，与俗世人说的并不相同。如果没有这些问题，李斯之功劳，当于周之周公并列矣。
笔者案：李斯为保富贵，而出卖了灵魂和先帝的遗愿，这大约也算是布衣从政者的一个通见的缺点吧。布衣常把取功利视为人生最大目标，而贵族则把维护原则作为高于生命的使命。用布衣，给战功赏赐，充分发挥布衣们追功取利的价值观，是秦国战胜六国的动力所在，而这种唯利是图，在维护秦朝的稳定方面，却出了大问题。看来，徒然以物质利益调动人，就是有其弊端啊。大秦的丞相尚且不爱国爱社稷，其臣民纷纷衅反，又岂不翘足可待。
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