众人出了车站后发现车站外面只有一辆汽车停在那，也来不及多问，立即扶着宋教仁上了车，车夫踩大油门将宋教仁送去了沪宁铁路医院。等到车站巡警赶来的时候，当事人宋教仁去了医院，凶手也早就不知去向。只有一部分送行的人留在车站等巡警，还有一部分给各个机关打电话请求他们一起捉拿凶手。
国民党干事于右任送宋教仁去了医院。出事的时候是半夜，医生们大多都已经下班回去了，只有少数几个还在值班。宋教仁躺到医院病床上的时候脸色已经苍白得像纸了，只能勉强把手放在伤处痛苦地低声呻吟，连一句完整的话都说不出来。
于右任想低头查看他的伤势，宋教仁不让他看，只抬起手捧着他的头哭着说：“我很痛，怕是支持不下去了……人总有一死……没什么可惜的，只是我有三件事要告诉你呀……第一是，我在南北两京和日本东京寄存的书籍统统……都捐给南京图书馆……第二是，我家里没有什么钱，但我的老母亲还在世上，就拜托你和克强还有各位老友替我照料了……第三是，各位要继续为大业努力呀，千万不要因为我遭到不测就心生退意，放弃了身为国民的责任。我本来想调和南北的，还为此费尽了苦心……没想到暴徒误会了我的意思，要置我于死地，我这是自作自受呀。”宋教仁丝毫不畏惧死亡，竟有勇气直言生死。于右任大为感动，自然答应了他的嘱托，然后只能勉强安慰着他。
不一会儿医生来了，于右任马上让他检查宋教仁的伤处。医生检查完之后不禁大吃一惊，原来宋教仁受伤的地方正好稍稍偏右腰骨，但是离心脏隔得很近。医生于是告诉于右任，伤势很严重，只能先取出子弹再采取进一步的治疗。于右任点头答应了，护士于是推着宋教仁去了三楼的手术室。先剪开被血染透的外衣，涂上消毒药水，再用刀割开伤处，好容易子弹就取出来了。再看弹形，又尖又小，显然是新式手枪所用。宋教仁在手术后疼得厉害，医生于是给他注射了止痛药水，希望他可以安然度过今晚。但宋教仁还是痛得睡不着觉，就这样一直呻吟着挨到了天明。
第二天，黄兴等人来病室探问宋教仁的时候，发现情况已经不妙。宋教仁也气息微弱地跟黄兴等人说：“我快要死了。但我死后各位要继续往前走呀。”黄兴等人都点了点头，宋教仁于是又示意黄兴，让他跟中央说明自己的情况。黄兴照办，他以宋教仁的名义给袁世凯拍了电报：
北京袁大总统鉴：仁本夜乘沪宁车赴京，敬谒钧座，十时四十五分，在车站突被奸人自背后施枪，弹由腰上部入腹下部，势必至死。窃思仁自受教以来，即束身自爱，虽寡过之未获，从未结怨于私人。清政不良，起任改革，亦重人道，守公理，不敢有一毫权利之见存。今国基未固，民福不增，遽尔撒手，死有余恨。伏冀大总统开诚心，布公道，竭力保障民权，俾国家得确定不拔之宪法，则虽死之日，犹生之年，临死哀言，尚祈鉴纳！
电文写好之后，黄兴安排人把电报发了出去。上海各路得知消息的人士也都陆续来探望宋教仁。宋教仁紧锁着眉头痛苦地说：“我不怕死但也怕痛。每天出生入死，我早就当成习惯了……如果死能止痛的话，那我宁愿快点死了的好。”众人再三劝慰他要珍惜生命，好好活着。宋教仁却只是绝望地说：“罢了罢了，只可惜连杀我的人都不知道是谁。什么人跟我有这样的深仇大恨啊？”众人听了十分心酸，于是他们再去找医生商量，让他们多找些人研究一下，看有什么办法可以救宋教仁。
医生于是打电话叫来了三四个西医。经过他们再次诊断后下了结论，宋教仁的肠子已经被打烂了，如果试一试手术缝合的话可能还有一线生机。于右任于是对众人提议说：“宋教仁都已经这样了，与其慢慢等死，还不如给他治一治，死马当活马医吧，说不定还有机会治好呢。”众人踌躇了一番，最后大部分都支持开刀手术。
宋教仁于是又被推进了二楼的割诊室，由五个医生一起做手术，只让于右任在一旁陪着。先打麻药，然后用刀剖开腹部取出大肠。医生们仔细一看，肠子里有淤积的血块，就先用消毒水清洗干净；再一看，肠壁上果然烂了很多小洞，再急忙用药线缝补好破处，然后将内脏器官放回原处，最后把肚子上的伤口缝合好后手术就完成了。宋教仁醒来的时候麻药的药效已经过去了，他只感到剧痛无比。医生们于是陆陆续续地给他注射了几针吗啡希望能止住痛，但是没有用。宋教仁的大小便都开始排血，医生于是再次进行检查，这才发现宋教仁的内肾已经开始坏死了。
这天晚上，宋教仁的病情变得更坏了。他两只手的温度在慢慢降低，眼睛也开始翻白。黄兴等人匆忙赶来后，急忙问宋教仁现在感觉怎么样，宋教仁只摇摇头示意自己可以坚持，然后费力地说：“我想说的话都全部告诉你们了……你们还有什么要问我的吗……”话一说完，宋教仁就喘得厉害，只好张开嘴巴努力呼吸着。宋教仁可能知道自己要去了，于是慢慢将双手在胸前合十，像是要和众人道别。但是他的手一直在胸前纠结着，神情也看起来十分压抑，嘴唇变得紧闭，可似乎还有什么话要说。
黄兴于是用手轻轻碰了碰他，发现宋教仁全身冰凉，连脉搏几乎都摸不到了。一旁的医生说他们已经无力回天。再看宋教仁，他的脸上却有依依不舍的神情，黄兴于是弯下身子附到宋教仁耳旁轻声跟他说：“你放心地去吧，后事就交给我们。”宋教仁这才长出了一口气，然后圆睁着双目、双手紧握在胸前，就这样溘然长逝了，年仅三十二岁。
宋教仁死了。探视的友人们都相继痛哭起来，前上海都督陈其美还一边痛哭着一边说：“这事真不甘心，真不甘心！”大家听了此话都不禁悲从中来，更加惋惜宋教仁的早逝。众人一直默默地守着宋教仁的遗体，一直等到天亮了才开始商议宋教仁的后事，众人准备先拍张遗照留作纪念。不一会儿天就大亮了，众人于是去照相馆找了两个伙计过来。黄兴先将宋教仁上身裸着拍了一张伤处的照片，然后又为他穿好衣服拍了一张照，这些都做完之后才将宋教仁的遗体入殓。
上午送行的时候很多男女党员都来了，还有几个日本的朋友也来送宋教仁。第二天，这口薄棺就将由医院移往湖南会馆了，当时有很多来宾和军队挤在医院门口，人十分得多。午后灵柩才出发，接着无非是献花圈之类的仪式，这些我就不再多说。我要说的是护送宋教仁灵柩的有二三千人之多，他们都穿着素衣开着白车，默默跟随在灵车后缓缓前行。天空是灰色的，飘起了小雨还刮着细风。众人的眼泪混杂着雨水滴在地上，这是天在与人同悲啊！
宋教仁被害的消息传遍全国后，各处都传了电文给上海国民党交通部。大致是说帮助捉拿凶手，并且向宋教仁致以慰问和吊唁等等。袁世凯也连发了两篇电报，第一篇写的是：
上海宋钝初先生鉴：阅路透电，惊闻执事为暴徒所伤，正深骇绝。顷接哿电，哿字是韵母，为简文计，即以韵母某数，作日子算。方得其详。民国建设，人才至难，执事学识冠时，为世推重，凡稍有知识者，无不加以爱护，岂意众目昭彰之地，竟有凶人，敢行暗杀，人心险恶，法纪何存？惟祈天相吉人，调治平复，幸勿作衰败之语，徒长悲观。除电饬江苏都督、民政长、上海交涉使、县知事、沪宁铁路总办，重悬赏格，限期缉获凶犯外，合先慰问。
第二天，袁世凯就得知了宋教仁去世的消息，他于是又发了第二篇电文，并派上海交涉使陈贻范向宋教仁的遗体致吊唁词：
宋君竟尔溘逝，曷胜浩叹！目前紧要关键，惟有重悬赏格，迅缉真凶，彻底根究。宋君才识卓越，服务民国，功绩尤多，知与不知，皆为悲痛。所有身后事宜，望即会同钟文耀即沪宁铁路总办。妥为料理。其治丧费用，应即作正开销，以彰崇报。连录二电，亦具微意。
袁世凯的命令下去后，江苏都督程德全和民政长应德闳就贴出了布告，说一定期限内必须要把杀害宋教仁的凶手捉拿归案；上海县知事和地方检察厅也放出了悬赏缉拿凶手的消息；黄兴、陈其美等人也写信给公共租界总巡——英国人卜罗斯，拜托他注意可疑情况，还承诺抓到凶手将付给他一万元的酬金；沪宁铁路局也出了五千元悬赏凶手下落……
上海各地的巡警和中外探子们谁不想发点小财？他们于是都打起了十二分的精神，不分昼夜地搜寻可疑人物。天下无难事，只怕有心人。真凶踪迹终于渐渐暴露了。宋教仁住在医院的时候，沪宁铁路医院曾收到一封奇怪的邮件。信是从上海本地寄出的，署名是“系铁民自本支部发”八个字。信的内容全部都是讥讽和嘲笑宋教仁：
钝初先生足下：鄙人自湘而汉而沪，一路欢送某君，赴黄泉国大统领任。昨夜正欲与某君晤别，赠以卫生丸数粒，以作纪念，不意误赠与君，实在对不起了。虽然，君从此亦得享千古之幸福了。因某君尚未赴新任，本会同人，昨夜曾以钜金运动选举，选举结果，则君最占优胜，每票全额五千元，故同人等请君先行代理黄泉国大统领，俟某君到任后，自当推举你任总理。肃此恭祝荣禧，并颂千古！救国协会代表铁民启。
从信里可以知道，凶手应该不止一个人，他还有帮凶，而且现在他们还躲在租界里。信里写的“误送”其实只是用来掩人耳目，只要众人将注意力转移到了“某人”身上，那送信人的目的就达到了，他们要恫吓国民党的其他人：你们不要再跟政府作对了，不然还会有人遭殃。国民党的首领是孙中山和黄兴，孙中山正在日本游历，现在只有黄兴留守上海，大家可能会猜信里说的某人暗指的就是黄兴？这也不是不可能。这里只是为了说明一下孙中山的行踪，我就一笔带过。
总之，宋教仁案关系到政治和政党，跟私人恩怨是毫无关系的，明眼人其实早就看出五六分了。政治案件比普通案件更加让人难以琢磨，所以宋教仁案才会成为一桩疑案，始终都没有一个清晰明朗的结果。
二十三日晚间，上海租界中，正在热闹的时候，四处车水马龙，灯光流转，一片热闹的景象。除了路上有行人和游客，还有许多阔老爷阔少爷正在准备外出消遣呢，让他们每天流连忘返的地方就是清和坊、迎春坊一带。这里一到晚上就人来人往、络绎不绝，因为这一带妓院丛生，不仅门口有各种姿色的姑娘卖笑拉客，门内更有各种精彩的才艺表演。嫖客们一边喝彩一边饮酒，足以玩得乐不思蜀。要是有几家来了贵人，那姑娘们的十八般武艺就会全使出来，到时候就是满园春色。
可是二十三号的晚上有些不同，今晚这一带来了几个外国巡捕，他们把迎春坊的三四个出口都给堵住了，然后卜罗斯和西探总头目安姆斯托朗就带人走进了巷子里。他们一直走到李桂玉妓院门口时才一齐站住，随即就有一个穿西装的人走进妓院大声呼唤着。妓院的龟奴连忙应声赶来，他只听到了“夔丞兄”三个字。于是忙问穿西服的人：“莫非你们是来看应老大的？”那人朝他点点头。龟奴于是说：“应老爷在楼上喝酒呢。”那人于是大踏步上楼，嘴里还连声喊着：“应夔丞君！楼下有人请你下去说话。”应声站起来一个人，看起来大概四十多岁的样子，脸上泛着酒气，居然还暗暗隐藏着一股杀气。他沉稳地问来人：“什么人找我？”西装人回答说：“请您先下楼，自然就会知道了。”应老爷于是下楼，当他走到妓院大门口时，久等在那里的卜总巡就朝他说：“你就是应夔丞？好！扣下！带走！”这时旁边走上来几个巡捕，立马反扭应夔丞的双手将他扣住带回了监狱。应夔丞知道自己可能惹上麻烦了，乖乖束手就擒丝毫没有反抗。
应夔丞究竟是什么人？他本名叫应桂馨，也称得上是上海滩一个大名鼎鼎的人物。应桂馨有两个头衔，一个是中华民国共进会会长，另一个是江苏驻沪巡查长。他家住在新北门外的文元坊，平素出手也很阔绰。这次为什么被捕呢？因为卜总巡怀疑他是宋教仁案的嫌犯。
有一个专门兜售古玩的贩子叫王阿法，他和应桂馨是老相识。宋教仁案没发生之前的某一天，应桂馨曾来找过王阿法做交易。应桂馨先拿出一张照片递给王阿法看，王阿法接过一瞧发现并不认识，于是有些莫名其妙。应桂馨然后就接着告诉他：“如果你把这个人搞定的话（就是杀掉）就有一千元的报酬。”王阿法只是一个古玩贩子又不是杀手刺客，他哪里肯做这种事呢？他于是立即把照片还给了应桂馨。
但是后来王阿法心里还是一直在想着那一千块的酬金。他在客栈的时候又遇到了一个叫邓某的朋友，王阿法于是跟他说了应桂馨拜托他做的这件事。邓某原本是辽东马贼出身，有些蛮力和胆子。一开始他听到有一千元酬金的时候有些跃跃欲试，想要接下这桩差事，但他转念又一想，这是平白无故地就要杀一个人啊，自己肯定会有报应的，所以他后来又拒绝了。巧的是，这两个人在商议此事的时候偏偏被客栈主人张某听见了，张某认识几个国民党党员，于是他就将此事一一告知了他们。国民党于是抓住并审问了邓某和王阿法。王阿法只好据实说出了事情的前因后果，信誓旦旦地保证自己已经拒绝了应桂馨，自己跟宋教仁案绝对没有任何关系。国民党于是让他配合破案，如果破案了的话他将有重赏。王阿法一听又起了发财的念头。他连忙又跑去跟卜总巡坦白。卜总巡于是立即派人去侦查应桂馨的踪迹，得到的消息是应桂馨在迎春坊李桂玉家喝花酒。卜总巡于是亲自出马带着西探总头目和一干人等就赶往迎春坊，果然将应桂馨手到擒来。
到了捕房，应桂馨先是冷冷清清地独坐了一夜。第二天天亮以后，法国巡捕和英国巡捕就押着应桂馨一起回到应家。应桂馨家门口挂着金漆的招牌，上面刻着金碧辉煌的几个大字：江苏巡查长公署，共进会机关部。巡查长就不用解释了，共进会是由之前的哥老会改设的，哥老会中外闻名，应桂馨居然还当上了会长，足以见得他是个不安分的人物。
卜总巡首先走到大门前，安排一些巡捕把守住门口，然后就带着另外一些人入室搜查。他们在应家搜出了许多公文和信件，一时来不及细看，于是统统搬进箱子里，法总巡还亲自为箱子加封然后带回了捕房。另一方面，卜总巡还检查了应桂馨家里的人。他发现，应桂馨家除了家眷亲属外还有几位客人。其中有一个是身穿男装的少妇，还有一个是身穿新衣服，口音奇怪的外乡人。这些人不伦不类却又同时出现在应桂馨家里，未免也太形迹可疑了吧。卜总巡索性将所有的男客都带回了法国捕房，将所有的女眷都集中到楼上的小房间软禁起来，并派了安南巡捕看守。
英国的卜总巡为什么要将人都带回法国捕房呢？原来上海新北门外都是法国租界，所有犯了案的人都应该归法捕房处理。英国人所用的巡役都是印度人，法国人所用的巡役都是安南人。所以之前来搜应家的时候英国总巡必须和法国总巡一起前往。等到所有人都来了捕房，卜总巡就派人去沪宁车站找到了当时正在服役的西崽。因为他声称自己曾经见过凶手的面目，也许还可以认出凶手。卜总巡就将拘留的嫌疑人逐一指给他仔细辨认，当西崽看到身穿新衣的外乡人时，突然惊喜地大喊出声：“就是他！就是他！”那人吓得面如土色，连忙把头低了下去。
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