在士兵们抢劫的第二天，外国医院有一个叫马林的医生，实在看不下去城内出现这么多受伤的百姓，于是便出城报告给了张勋，劝他管好手下，并请他整顿军纪，尊重人道。当时张勋装出一副自己什么都不知道的样子，随后才派人入城再次颁布了军令。但是现在全城的民居已经十室九空，那些妇女儿童或死或逃，也没什么可抢的了，士兵们自然也都乖乖听话了。不久，冯国璋也率军进城了，他和张勋、刘冠雄、雷震春等人给政府发去了捷报，袁世凯马上发来回复说：
据江北镇抚使张勋，江淮宣抚使冯国璋，长江巡阅使刘冠雄，副使雷震春电陈攻克江宁情形，并督饬军队搜剿余匪等语。前因乱党黄兴等潜赴金陵，煽诱军队，迫胁独立。当饬张勋、冯国璋分路督兵南下，会合进攻，迨大军进克徐州，黄兴闻风潜逃，叛军反正，本大总统因不忍地方人民惨罹锋镝，特饬程德全从宽收抚，免烦兵力，贻祸生灵。旋据程德全电称：“八月八日，乱党何海鸣赴宁，再谋独立，业经击退。乃第一八两师，复被煽惑，何海鸣为伪总司令。又因第三十一团不肯附逆，互相激战，秩序大乱，请饬张勋、冯国璋速进，并派兵舰赴宁”各等情。随饬张勋督率所部，会合第四师进讨。
该叛兵凭险抵抗，复敢先开炮轰击，各军连日血战，紫金山、天保城诸要隘，次第占领。八月二十五日，攻入朝阳门，匪军囊沙叠垒，阻碍进行，相持数日，柏逆文蔚，复率大股匪军助守，随由冯国璋、刘冠雄督饬陆海军队，分头进攻，雷震春率兵援击。三十一日，各军约会前进。越日，张勋督队，首先架梯登城，会合第四师，分克朝阳、洪武、通济等门。第三师支队，由太平门攻入，进克狮子山，占领下关等处，第五师支队，攻克神策门。混成第二十九、二十团相继入城，分占富贵、骆驼等山，进据北极阁。雷震春会合第四师占领雨花台，由南门攻入，匪势不支，纷纷溃逃，擒斩无算。遂于九月一号，克复江宁。
该使等调度有方，各将士踊跃用命，旬余之内，克拔坚城，良堪嘉奖。张勋晋授勋一位，冯国璋给予一等文虎章，刘冠雄特授以勋二位，雷震春特授以勋三位，用彰劳勩。其余出力人员，由该使查明请奖。伤亡官兵，分别优恤。被难商民，妥筹安抚，一面严捕乱党各首要，务获惩治，仍督饬各军队，查剿溃匪，肃清余孽，以靖地方。此令。
接连又传来两道命令，一道是撤去程德全的江苏都督一职，一道是任命张勋为新江苏都督。张勋得偿所愿，感到十分快慰。只可怜了江宁的百姓，受到张军的荼毒却无从控诉，只好暗地里垂泪叹息。
偏偏在这次的江宁事件里有三名日本商人也被杀害了。日本当然不肯对此事善罢甘休，他们让使者跟中国政府进行了严重的交涉并表明态度：一，中国要向日本谢罪；二，要严厉查办凶手和地方官；三，中国政府要赔偿给受害人高额抚恤金和一些其他的赔偿。
袁世凯连忙下令让李盛铎南下查明真相，让张勋捉拿凶手治罪，将不听管教的将领统统严办。另一方面，袁世凯又亲自跟日本大使道歉，大使和他又谈及了江宁的惨状，说江宁百姓正在遭难，但外人居然还说现在是共和时代，真是好笑。于是袁世凯又下了一道命令：
自赣、宁倡乱以来，中央除暴救民，不得不派兵征讨。惟是行军首重纪律，所有各路军队，经过及驻扎处所，无论中外商民，生命财产，均须一律保护。其已被匪扰地方，目击疮痍，至可惨痛，尤应加意保卫，以重人道而肃军规。倘有残杀无辜，及肆意骚扰情事，不特败坏军人名誉，且大背本大总统救民水火之苦心。军律森严，断难宽贷。着各统兵大员，严申诫令，认真稽查！如敢违犯，立按军法从事，并将约束不严之该管官，分别参办，毋稍徇纵。此令。
这令一下，就连张勋也觉得有些不安了。而且冯国璋的军队入城后对百姓不犯秋毫，江宁人都对冯国璋十分感激，而对张勋十分憎恶。这些消息多多少少也传到了张勋的耳中。于是张勋想了个补救的方法。他特地派了十几个宣慰员挨家挨户去给人道歉，而且还发布消息说：凡是有收藏了百姓的衣物的，限你们三天之内交到商会，如果超过了期限再被我查出来，统统按军法处置。明明是抢劫，怎么到他这就变成收藏了？
第二天，马上有衣物被抛弃在了路边，巡防的士兵们将这些交给了商会，商会让失主们前来认领。谁知那些被交出来的全是些不值钱的粗布衣服，根本没有多大价值。小户人家去认领，倒还找了几件回来；可大户人家派人前去认领却一件都没有找到，只好空手而回。真是猫嘴里挖鱼鳅，能抢回一两条已经是幸运了，还想要他们都乖乖地吐出来？不久，冯国璋和刘冠雄两人都奉命回去了，雷震春代任巡阅使，江苏民政长也改任了韩国钧。东南一带总算平静了。
话分两头，再说四川陆军第三师师长熊克武。之前他占据重庆宣告独立，本来是打算顺流直下联络湘军一起进攻湖北的，但他没想到湘军已经取消独立了，而湖北的防范又十分坚固，可以说是毫无机会。于是熊克武就让弟弟熊克刚带人去湖北运动宜昌、施南两地的军队。可他们经过巴东县的时候，被驻扎在该地的第十团的二营抓获了，营长殷炯马上将消息转报给了黎元洪。黎元洪回复说，将他们就地正法。于是熊克刚等人就这么牺牲了。熊克武一点便宜都没有讨到，就先把弟弟给害死了。
袁世凯听闻熊克武叛变后，急忙让黎元洪调兵西征，并会合云南、贵州、湖南三省的军队围剿重庆。四川都督胡景伊也派人带兵出击。区区一个熊克武怎么敌得过五个省的人马呢？于是他只好先求和，然后给胡景伊秘密发电报。但是胡景伊的回复是，让他交出为首起事的人之后才准求和。
这下熊克武不答应了，为首的人就是自己，叫他交什么出去？四川军队于是继续逼近重庆，贵州都督唐继尧也派了旅长黄毓成前去支援。熊克武势单力薄只得四处派人运动，但效果甚微，只有川边的经略使尹昌衡的手下、军法局长张煦被他勾起了心思。
尹昌衡带兵在边界驻守，只留下张煦驻扎在丹巴县负责看守军械。张煦决心叛变后，就自称为川边大都督和北伐司令，然后任命第一团团长赵城为副都督，第二团团长王明德为招讨使。他还将两个团三千多名士兵改编成了混成旅，然后从丹巴日夜兼程赶回了泸城。
张煦首先带领混成旅进攻了观察使颜镡的办事处，并将那里抢劫一空。尹昌衡的父母妹妹还有一个小妾都住在泸城，他们都被张煦软禁了起来。随后张煦给尹昌衡写信，威胁他如果不反抗中央的话，就将他全家杀光。尹昌衡急忙带人连夜兼程返回泸城。
他们走到泸定桥时被张煦派兵截住了。尹昌衡朝对面望去，带兵的管带是周明镜，于是大声呼喊：“周管带，你为什么要反抗中央？”周明镜见是尹昌衡，自己不能抗命，于是上前给尹昌衡行过军礼后才回答说：“都督在路上的时候莫非没有听说独立吗？”尹昌衡说：“我正是为独立而来，要知道这可是螳臂当车自不量力啊！东南那么多个省，讨伐袁世凯的有，北伐的也有，可是现在不全都失败了吗？难道我一个四川的小地方能够站得住脚？昌衡是本省人，做的是父母官，我是不忍心看我的父老乡亲们跟张煦同归于尽，所以才孤身前来跟你讲清楚，是非利弊我都说了，今天你到底听不听我的就看你自己了！”真是句句在理。
周明镜听后，回答道：“都督的吩咐我不敢不从，请都督入营休息。”尹昌衡进入军营后，又劝军士们说：“弟兄们来此当兵，你们家里的父母妻儿肯定都对你们抱有很大的期望吧！他们还盼望着你们能当上队长，团长，盼望着你们能步步高升，光耀门楣呢！但你们现在难道要为了一时的意气就自寻死路，不顾自己的亲人了吗？换个角度说，今天的事情和之前大不相同，之前是满人称帝，始终对百姓专制，大家不得已才起来革命；但是现在是共和时代，袁总统如果真的当了总统，那也是有年限的，任期一满就要卸职。况且现在袁世凯还是临时大总统，又没有正式就职。就算他是违法行事，那也只能任意妄为几个月而已。大家又何苦为他弄得身败名裂？而且现在五个省马上就会来围剿我们，我们如果白白送死的话，伤心的只有我们的父母妻儿啊！”说至此，尹昌衡自己都哽咽得说不出话来，眼泪也随之落下，大人物的确要有一副好口才和精湛演技啊，说哭就要能哭得出来。
士兵们更是被他说得感动不已，也忍不住偷偷抹起眼泪来。尹昌衡又朗声说道：“我言尽于此，请弟兄们自己定夺，跟从我尹昌衡的站在左边，跟从张煦的站右边。”不用说，站左边的人是大多数。于是尹昌衡立即下令东进，并把刚才的演讲写成布告，四处张贴出去。
又走了五里后，尹昌衡到了泸定桥，在这里他们正好遇上了赵城、王明德。尹昌衡命周明镜出马跟他们讲道理，衡权利弊。既然有了替身，当然不用亲自以身犯险。赵城和王明德却不肯听周明镜的，还让部下开枪射击。
谁知部下都已经有了放弃的心思，大多是面面相觑，不肯抬手开枪。赵、王两人于是再次下令，但是众人居然奔过桥加入了尹昌衡。尹昌衡信心满满地整顿好军队打算过桥，可突然下起了倾盆大雨，天又已经黑了。众人又忽然听到奇怪的声音，像是天崩地裂一样，尹昌衡急忙派人前去查看，探子回来报告说，桥上的木板已经被人拆了。尹昌衡只好等雨稍微小点的时候让众人修桥，过桥之后就分三路搜寻。
第二天，有两个人被抓住了，他们就是副都督赵城和招讨使王明德。尹昌衡和他俩熟识，所以也懒得再细问，直接就将两人斩首示众，接着赶往泸城。等尹昌衡来到泸城，川边大都督北伐司令张煦早就逃之夭夭不知去向了。幸亏尹昌衡的父母和家属没有被害，真是幸运。尹昌衡下令悬赏万金缉拿张煦，张煦没有对尹昌衡的家属赶尽杀绝，说明他还是顾念旧情的，但尹昌衡对他却不留丝毫余地，一定要赶尽杀绝。他还将泸城肇乱的情形上报给了袁世凯，袁世凯回复他说：
前因川边泸城逆首张煦倡乱，业经饬令通缉，兹复据川边经略使尹昌衡电，续陈该逆详情，尤堪痛恨。该逆历受荐拔，充当要职，竟敢不顾大局，公然背叛，响应熊逆克武，捏令回泸，私称独立，攻扑观察使署，击散卫兵，劫质该经略父母家属，迫之为逆。抢劫商民，逼迫文武，带匪在泸定桥拦截攻击。使非该经略单骑驰入，劝导官兵，去逆效顺，则边局何堪设想。张煦应将所得陆军上校少将衔四等文虎章，一律褫革，各省务饬速缉，无论在何处拿获，即讯明就地惩办。该经略定乱俄顷，殊堪嘉尚，所请严议之处，仍予宽免。该处地方陡遭劫害，眷念商民，惄焉如捣，务望绥辑拊循，毋令失所，用副禁暴安民之意。此令。
张煦逃走，川边已平。熊克武没了臂膀更加惶急，贵州的黄毓成也有意争功，于是步步紧逼，接连收复了綦江、熊家坪等要地，直捣重庆。四川军也在抓紧时间赶来。而黄毓成听说川军要到了，赶紧加大攻击力度。熊克武知道自己守不住了，于是就夜开城门独自逃生去了。贵州军一拥而入，除了发布宣告外，立即给中央传去了捷报。袁世凯自然心中宽慰，又照例下令：
据贵州援川军混成旅旅长黄毓成电称，重庆克复等情，殊为嘉慰。此次熊逆克武倡乱，招诱匪徒，四出攻掠，蹂躏惨虐，殆无人理。该旅长督率所部，自入川境以来，与逆匪力战，先复綦江，进取熊家坪诸要隘，直抵重庆，匪徒惊溃，熊逆潜逃，地方收复，实属谋勇兼优，劳勩卓著。黄毓成应特授勋五位。此外出力员弁，一律从优奖叙，务令安抚商民，维持秩序，将地方善后事宜，商承四川都督胡景伊，妥为办理，期使兵燹遗黎，咸歌得所。师干所至，无犯秋毫，用副伐罪吊民之意。此令。
不久，袁世凯又命黄毓成做了四川重庆镇守使，四川境内全部肃清。在不到两个月的时间里，所有国民党革命人士完败，他们都被袁世凯称为“乱党”，被下令通缉，虽然他们大部分都已经逃到海外去了。因为这次革命发生在癸丑年，所有就叫作癸丑革命。
河南新蔡县也宣布独立，为首的人叫阎梦松。可没过几天省城就派兵来灭他，阎梦松打不过只好束手就擒，下场当然是一枪毙命。浙江省的宁波也有类似的独立事件。宁台镇守使顾乃斌、知事沈祖绵还有前浙江司法筹备处处长范贤方，也扬言说要独立，但是江西起事失败后，他们就见风使舵，急忙将独立取消了。浙江都督朱瑞和顾乃斌有些交情，于是就替顾乃斌求情，帮他免去了杀身之祸。但是范、沈两人就没这么幸运了，他们被地方官员通缉后，只能有多远逃多远。
柳州巡防营统领刘古香被帮统刘震寰威胁，也宣布了独立，还设立了北伐司令打算起事。后来广西都督陆荣廷调军队对他们进行围剿。税务局长黄肇熙就和团长沈鸿英密谋着，等各军进攻的时候就大开城门，然后将刘古香当场解决，刘震寰得到消息后马上逃了。先后不过五天，柳州独立一事就烟消云散。
唯独河南省的白狼毫无忌惮。他本来就和国民党走的不是一条路，宗旨也不同，只因为黄兴也在江宁，白狼于是派人和他商议一同讨袁，如果成功的话白狼就做河南都督，黄兴还分给了他军械和两万两现银。白狼的势力愈发雄厚，再加上叛军和强盗纷纷投奔他，力量更加壮大了，他更加不怕袁世凯了。
田作霖就给河南都督张镇芳出主意说，建议他分三路兜剿白狼，张镇芳不肯，他只信任旅长王毓秀，并命王毓秀做了剿匪总司令，所有汝南一带的兵都归他统领。这个王毓秀不知道怎么带兵剿匪，但他知道怎么和土匪串通一气拿好处。因此白狼在汝南一带如入无人之境，什么土匪、叛兵、军队，全都混到了一起，跟着白狼为非作歹，专干些抢人的行径。
他们把抢来的男女称为肉票，一票值千金或者万金，有贵有贱，就看肉票的家境如何了。要是抢到了漂亮的女子，最后还得被头目玷污过了才会放回去。女子注重身子的贞洁，完璧已碎，赎回去又有何用？河南妇女又多半缠足，小脚遇上土匪根本跑不快，可怜那些良家妇女，不知道被这群强盗糟蹋了多少。缠足也是一大恶习。白狼军还到处焚烧民居，河南简直惨不忍睹，但张镇芳对此却讳莫如深，不敢将此事宣扬出去。
后来河南议员彭运斌等人一起质问政府，袁世凯才下令限期剿匪。张镇芳无可推诿，只好带人出城向驻马店进发。白狼听说张镇芳亲自督师，急忙招集手下头目开会。宋老年主战，尹老婆主退，唯独谋士刘某振臂高呼说：“我们起事已经两年了，虽然名为劫富济贫，但我们救济了谁？反而只让当地百姓受了苦。如今最好的办法就是抓住张镇芳谢罪，然后南下安徽、江宁，联合国民党北伐，何必堵在这里危害河南百姓呢？”此人颇有眼光，可惜名字没有被记录。
白狼还有些迟疑，樊某于是替他占了一卦，卦象显示向南和向西都是吉相，唯独返回故里是大凶，后来一语成谶。白狼于是下了决心，把人马分成三队后潜伏在驻马店北边等着张镇芳的到来。没过半天，果然听到了有汽笛的呜呜声和车轮的滚动声，有快车来了。
前方的匪徒望过去一看，车内全是官兵，知道张都督已经来了，于是不等车进站就开枪开炮，直击车头。浓烟滚滚枪响震天，车内的张镇芳吓得魂不附体，幸亏卫队营长张砚田急忙刹车倒车，飞快地将车往回驶去。强盗们追了一段没追上，只好返回驻马店。白狼气得直跺脚：“怎么这么性急！就这么放跑了张镇芳？”说完懊悔不已，只好率众人往东越过西平、汝南、确山，进击潢川、光山等县城，还乘势进入安徽境内拿下了六安，打算继续南下江宁。
这时，白狼听说国民党的行动全部失败了，第二师师长王占元还约了安徽军队堵击自己，不由得叹息起来：“我久仰黄兴大名，谁知他竟然只是个逃兵。这种人和妇人一样怯懦，能成什么大事？”白狼于是转身带着众匪窜入了湖北。而张镇芳自从那次被吓回省城后，就一直不敢再出兵。他知道白狼这股势力自己是无法平定的，于是就请假进京，河南都督改任了田文烈。白狼还没有被打死，袁世凯也没时间顾及他，他只一心一意地筹备自己的私事，又玩出了许多把戏。
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