他奉了袁世凯的命令，被调到山东，正在积极带兵操练，准备以后帮着袁世凯干一番大事，却突然听到袁世凯去世的消息，心里十分悲痛，连夜往北京赶，一到新华宫，就向治丧所要了丧服，到灵堂前大哭了一番，那个悲伤程度，比袁家的儿子们有过之而无不及。后来他听说治丧大典已经由政府派曹汝霖、王揖唐、周自齐来操办，才没有什么异言。段芝贵这个人不仅忠诚，而且十分仗义，懂得知恩图报。曹汝霖、王揖唐、周自齐三人本来就是帝制派中的首领，现在担任大丧典礼的负责人，大丧典礼自然十分隆重，订立下了丧礼条目十三条，祭奠事项八条，定于六月二十八日举行殡礼。
这个通告颁布后，北京内外政界要人，除了赠送厚箔外，又送了挽联，几天之内挽联就达到了上千件。挽联上基本都是夸耀袁世凯生前功绩的，只有筹安会的首领杨度措辞十分微妙，首联说：“共和误民国，民国误共和，百世而后，再平是狱。”对联说：“君宪负明公，明公负君宪，九泉之下，三复斯言。”
承办丧礼的官员日夜准备，纸车、纸马、纸船、纸亭以及一切仪仗都已准备好，就等丧礼那一天用了。袁氏家属更是忙碌得不得了，所有宝贵物品都要装箱，还要按顺序编号，每一件都要在记录簿上登记，一丝一缕也没有漏掉。一群女官由袁克定做主全部打发回家。女官长安静生因为深得袁世凯和各妃嫔的宠爱，不舍得离开，每天都以泪洗面，十分悲伤。
转眼已经到了六月二十八日，这天早上，新华宫外已经挤满了人，十分拥挤。七点整，随从、侍卫已经到齐，一队又一队，一排又一排，全部拿着器杖，整齐地走着。花圈、纸房、纸车等等都十分漂亮，做工精巧，跟赛会差不多。队伍经过的地方，交通都断绝了，前后左右都有军队拿着枪保护。皇子、皇孙穿着麻衣，引柩而来，后面跟着一辆极大的灵舆，用花车装载，接着是闵姨的棺木，两旁护卫的人多如牛毛，场面十分壮观。各外交团、清室代表及国务卿以下文武百官都坐着汽车，在后面恭送。走在队伍最后面的是袁家的女眷和女宫奴婢数百人，有坐汽车的，有坐马车的，有坐骡车的，多半都是淡妆素抹，但是其美艳程度不需要多加叙述。
最引人注目的还是袁世凯的干儿子段芝贵，一直紧紧跟着灵柩，痛哭流涕，而且一身白衣，和别的送殡人迥然不同。旁观的人间接知道了他的故事，都说他情深意重，是个孝子。到了车站，站长已经准备好了专车，把所有的锦幛花圈都挂在车上，然后妥善地把灵棺安置在车内。一班送殡的人这才鞠躬告退，只有各机关特派的官员以及和袁氏感情较深的亲友才陆续上车。女官、侍从把主人的行李搬进车里，安排妥当之后才下车返回。一时间，车发动了，飞快地向彰德驶去。到这里，袁家的丧事全部结束。从此袁家也离开了历史的舞台。
黎元洪为人老实，反对帝制，他上任时，中外欢庆，只有那些帝制派想搞出点事情来，他们想要推翻黎元洪来巩固自己的地位。一时之间流言四起，大家心里都很不安，在北京的官员都纷纷移居天津，还好有段祺瑞出面镇压，主持大局，才没有出现大的骚乱。四川、广东、陕西取消独立，中央势力又得到了加强。这时，西南军务院抚军长唐继尧向政府发来电报，开出四大条件：
（一）系恢复民国元年公布的旧约法；
（二）召集民国二年解散的旧国会；
（三）惩办帝制祸首十三人；
（四）召集军事会议，筹商善后问题。
副抚军长岑春煊又给中央及各省发电报说：“抚军长提出的四个条件，是南方各独立省一致要求的，如果政府一律照办，那西南军务院将马上撤销。”
之后，河南将军赵惆、南京将军冯国璋也先后致电中央，要求恢复旧约法，召集旧国会。但是政府都不予回应。于是旧议员谷钟秀、孙洪伊在上海刊登广告，自行召集会员，除前些天附逆的省议员外，其他的省议员，被要求在六月三十日以前全部到达上海，准备召开会议。才十几天，就有三百多名议员集聚在上海。消息传到了北京，国务卿段祺瑞这时候不适合再保持沉默了，就致电南方各省及全国各重要机关，说政府对恢复元年约法并没有什么意见，但是要仔细考虑恢复的方法，不能太着急了。之后又致电上海国会议员说：
上海议员诸君鉴：约法问题，议论纷纭，政府未便擅断，诸君爱国俊彦，法理精邃，必能折衷一是，敢希详加讨论，示以周行，无任企盼！
这两封电报发出去之后，引起了南方各省的强烈反对，唐绍仪、梁启超回复辩论，说道：
三年约法，绝对不能视为法律，此次宣言恢复，绝对不能视为变更。今大总统之继任，及国务院之成立，均根据于元年约法，一法不能两容，三年约法若为法，则元年约法为非法。然三年约法，非特国人均不认为法，即今大总统及国务院之地位，皆必先不认为法，而始能存在也。
段祺瑞还是不同意，只打算修正三年约法，或者在其中加入一些条款；或者模仿约法会议的办法；或者参考南京参议院的例子，由各省长官选派委员三人；或者选出国会议员三人，组成修正约法委员会。段祺瑞正在筹备举行会议时，突然传来消息，海军宣布独立，推荐李鼎新为总司令，宣布加入护国军的队伍，等到恢复元年约法，以及国会开会和内阁成立后才会取消独立。
当时海军一直分为三队，即第一舰队、第二舰队及练习舰队。第一舰队和练习舰队同时停泊在上海海边，所以同时独立。第二舰队停泊在长江流域各港口，可能还不知道其他两支舰队的情况。但是第一舰队实力最强，军舰最多，它一独立，就马上引起了全国的关注。
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