水师学堂的“乌烟瘴气”，周作人很快就领教了。到宁第三天，他即参加了入学考试。考题是作论一篇，叫做“云从龙风从虎论”。复试的题目更有趣，题为“虽百世而可知也论”——竟是典型的八股文题目。周作人的初试，考官给的批语是“文气近顺”，发榜时列为备取第一名。复试未发榜，总之他就这样进了校门，第二年转为了正式学生。
江南水师学堂是洋务派人物创办的，洋务派有个著名的口号叫“中学为体，西学为用”，这学堂的形制便颇有中西合璧的味道，机器厂、鱼雷厂、洋枪库等等，当然是周作人闻所未闻的，可紧邻着鱼雷堂又有一座绝对中国特色的关帝庙。关帝庙的所在原本是一个水池，供学生游泳用的，既然是“水师学堂”，学生习游泳很是应该，似乎也见出洋学堂的重视实用技能的训练了，可是因为曾经淹死过两个年幼的学生，校方想到的不是采取防范措施，却把池子填平了，而且依了中国的“国情”，还造了一所“伏魔大帝”的庙——当然是请关帝来镇住水中妖邪的意思。
学堂里的课程也很能体现“中学为体，西学为用”的精神。既为洋学堂，当然与三味书屋是不同了，课程分为洋文、汉文两大类，外加兵操打靶等。英语、数学、物理、化学加上驾驶、管轮一类的专业课都是用英文上的，故称洋文课，每周上五天，另一天则是汉文课了。洋文课与汉文课的比例是五比一，看起来的确很是西化，不过洋文课程都是关于声光电化的，也即“物质文明”之属，至于“精神文明”，涉及个人修养、伦理道德的方面，还是归汉文课。当时的多数中国人已经承认西方“船坚炮利”，物质文明胜过我们，但若说到“精神文明”，那还是中国的一套来得优越。
汉文课的内容从那入学考试的题目我们已可见出端倪。以后的分班考试，堂上的作业，也还是那一套，只是仿佛是“由浅入深”罢了。且看出的题目：分班考试的策论题是“问孟子曰，我四十不动心，又曰，我善养吾浩然之气；平时用功，此心此气究如何分别？如何相通？试详言之”；分班后的史论题则有“秦易封建为郡县，衰世之制也，何以后世沿之，至今不改？试申其意”，“问汉事大定，论功行赏，纪信追赠之典阙如，后儒谓汉真少恩。其说然欤？”之类。二十世纪讲究声光电化的新学堂里弄出这等莫名其妙的题目来，真叫人哭笑不得。不过想一想也是无怪其然的，因为教汉文的先生都是举人秀才出身，过去公认有学问，有资格教书的就是这些人，要有新知识的人，一时哪里去请？何况学堂的方针原就是“中学为体”的。
旧式的教书先生，脑子里自然还是他们熟悉的之乎者也的一套。勉强来些新玩意儿，反倒要闹出笑话，更加地不知所云。有位教师大约是在堂上讲解一篇有些“新”的色彩的文章，见文中有“社会”二字，他不知这是由外来语而来的新词，只知往古已有之的说法里找出处，于是牵强附会，认定说的是古代的结社讲学。这样的笑话当时的新学堂里都少不了。鲁迅所在的路矿学堂要算是好一些的了，而教员居然也不知道华盛顿为何许人。水师学堂则直到周作人离开好几年后，快要到辛亥革命的时候，还有位教汉文的老夫子在言之凿凿地对学生说：“地球有两个，一个自动，一个被动，一个叫东半球，一个叫西半球。”整个就是想当然。
如此教师，如此课堂，如此考题，难怪周作人多年后在回忆录里要问现在的读者，了解了学堂里如此这般的情形，“有不对我们这班苦学生表示同情的么？”话虽如此，当时的学生对老夫子那些很难得其要领的考题，也自有一套应付之道。像上面举的那些史论题目，看起来要做皇皇大论，简直是无从下手了，但学生毕竟都是受过八股文训练，在八股文的空气里长大的，知道做文章取巧的法子，做史论，也就是议论文了，反正不过是就了题目正了说或反了说，正了说是顺着发挥，反了说便是做驳论，正了说有正了说的格式，反了说有反了说的套路，就像有现成的公式，能套进去就行。
周作人读过私塾，又曾有中过举的祖父亲授，还参加过县考，现在对付汉文课，不说是小菜一碟，总也是不怎么费力了。他做的论汉高帝的卷子，还大得老师夸奖，发还时就见上面加了许多圈。这文章的起首道：“史称汉高帝豁达大度，窃以为非也，帝盖刻薄寡恩人也。”什么“窃以为”云云，当然并非他真有什么心得，只是将别人的话再振振有词煞有介事说一遍罢了。他也并不把老师的夸奖当回事，对这套把戏，他只觉无聊，只不过想骗到些分数，因为骗到高分有些实际的好处：若一年两次考都列在全校的前五名，就可得到不少的奖赏（大约类于今日的奖学金吧），够做回家的一趟旅费，若不回家，则大可吃喝受用一番了。
汉文课没意思，那么洋文课如何呢？
周作人是带着一种对新生活的憧憬逃出旧家庭，离开闭塞的绍兴的。那种天高任鸟飞、海阔凭鱼跃的期许是同他对新知识的期待联在一起的。水师学堂的洋文课讲授的也确乎是些闻所未闻的东西。可数理化之类，大约也就相当于现在中小学里的那些内容，很是普通，学来也不费力，很难刺激起周作人的学习热情，几年学下来，也就是在自然科学方面扫扫盲而已。至于专业课，周作人同样地不感兴趣。水师学堂分为驾驶班和管轮班，学驾驶的人毕业后可以做到船长，学管轮的则顶多可以做到大副，终是船长的下属，这样不同的专业也就有了高下之分，学驾驶者不免趾高气扬，学管轮者则自然是愤愤不平，两个班里的学生常有些冲突。周作人念的便是学堂里不吃香的管轮班，不过他对专业课不感兴趣，倒并非因为有低人一头之感，即使念驾驶班，他也同样会觉得没意思的。
他从绍兴出来时，对新学堂只有一个模糊的概念，这个概念是与旧学堂对比而存在的。他对新的学问感兴趣，可不管他是否意识到，新学问对他意味着对人对社会对世界的整体的了解，是获取一种新的“常识”（这个词是他后来津津乐道的），而不是什么具体的专业，更不是机械、航海这样的专业。虽然他进了水师学堂，但他肯定没有当真想过自己将来要当一个船长或是大副。中国读书人的理想是治国平天下，救民于水火，或是承传文化，扮演船长、大副这样类于“匠人”的角色绝对是在他们想象之外的。早年的周作人似乎并未表现出那种天下己任的士大夫气，不过他所受的教育，他所濡染的浓郁的中国文化的氛围，在这种氛围中培养出来的兴趣，还是把他推得远离他的功课。
虽然如此，周作人却把各门功课都应付得很好。每年的考试成绩都不错，总是在前五名以内，只有兵操和打靶不大像样（不了解内情的人或者以为水师那样应算是“军校”的学堂这两项成绩不可小视，实际上那里却是虚应事故，谁也不当真的）。考虑到他因病因事缺课出奇地多，这样的成绩就更应说是很好了。这一方面是由于课程简单，而周作人也许真是“读书种子”，学习起来浑不费力，另一方面也是因为学堂上上下下都在混，学生在混，管事的教书的也在混，管理上一团糟，稍许肯读些书的也就名列前茅了。
要混也真是好混，汉文课照周作人的说法等于休息，午后跑回宿舍去泡上一壶茶，闲坐一阵子再回来也无妨。他到南京一个月后即大病一场，以后又是腿脚肿胀，又是耳后生疽，大病小病不断。祖父周福清去世，他在家住了很久，其后又到绍兴东湖通艺学堂去教了两个月英文，若不是因为学生嫌他英文发音不准导致他被解聘，他还会教下去，而即便这样任意地缺课，对他的学业居然也没有什么影响，这“军校”的纪律真是宽松得可以。
好混，意味着课堂上学不到什么真东西。有些学生对此就很不满，有个叫胡鼎的学生就曾上过条陈，要求改革。周作人也是希望革新的。不过回过头来看，就周作人个人而言，学堂里教学的马虎、管理的混乱对他倒是相宜的，他后来称在水师学堂的那段时间是“自由宽懈的日子”，很有些“怀恋”。如果学校真是严格起来，他就得花更多的时间精力去认真对付那些他所不喜的课程，这对他岂不是苦事？现在这样“自由宽懈”的气氛里，他则有足够的闲暇去发展自己的兴趣了。
很难说周作人是个“好学生”还是“坏学生”：他虽成绩不错，但对功课止于应付，还不时地缺课；他虽说不上勤奋，却并未虚掷光阴，相反，他倒是一个手不释卷的人。似乎从断文识字起，他就进行着两种学习，一种是社会、家庭、学堂里要求的，从三味书屋到水师学堂，都是；一种是他按照一己的意愿志趣展开的，随兴致所至，没有特定的范围，却有一以贯之的线索。对他的人生道路，对他以后的发展更具影响的，显然是后一种学习。那些学堂里的正规课程，他很快便抛在脑后了，而他自学得来的东西却成为塑造他的人生观、他的修养以至他的个性的重要的部分。他虽也可以算是“科班出身”，顶真说起来，又应说是个“自学成才”的人。眼下在水师学堂，他就是个在科班里自学的学生。
从三味书屋到水师学堂，没有一位老师让他佩服或是对他产生深刻的影响。如果说有谁对他有过影响，那也不是老师，而是哥哥鲁迅。他初到南京的那段时间里，鲁迅在路矿学堂读书，两所学校相距不远，步行也要不了多少时间，兄弟俩往来频繁。这是二人最亲密的时期之一，周作人偶或往访不遇，即有若有所失的感觉。
鲁迅不断地将一些书拿来给他看，其中特别向他推荐的，则是一些传播着新思想、新观念的书和报刊杂志，这里面就有影响了中国一代青年的《天演论》、章太炎主编的《苏报》等等。对于周作人，这是一个崭新的天地。他很快被吸引住了。以后他又对梁启超主编的《清议报》《新民丛报》入了迷。社会进化的思想，种族革命的观念使他年轻人的血沸腾了，他第一次睁开了眼看世界，第一次知道了他所熟悉的那些旧的学问之外，还有这么些关于社会、历史、人生的新鲜的解释。国家的积弱，清廷的腐败，社会的颓靡，过去他并非毫无感觉，可现在读了这些书报，他有了更加痛切的意识，并由此更增加了对社会现状的不满，生出一种在他身上从未有过的关注社会的政治热情。
带着兴奋而急切的心情，他大量阅读严复翻译的西方思想家的著作，阅读梁启超那些议论风生、慷慨激昂的文章。他发现，这才是他所渴求的新的学问，新的知识，比起课堂上的那些“声光电化”，它们更能引起他强烈的共鸣。他在一则日记里说到他读梁启超文章的感受，以为它们“足以为当头之棒喝”，读罢他“为之起舞者数日”——兴奋之情，声闻纸上。受到“当头棒喝”的首先是他自己，他显然受到了巨大的震动，因为梁启超所说的一切与他以往得到的教诲相去太远了，而两相对比，后者显得那样陈腐荒谬。他有了一种今是昨非之感，认定像过去那样的生活是毫无意义的。这种对于过去的否定很清楚地表现在他的日记里，甚至他的行文语气，也染上了梁启超式的慷慨激越的色彩，而他否定过去带来的一个最直接的重大举措，则是他坚决拒绝回家参加科举考试。
这是1902年7月的事，又到了县考的日子，家里来信催促他赶快回去应试，他回信“痛陈利害，坚却不赴”。今天的人看来，这似乎是理所当然，不足为奇的，可在当时，参加科考仍然是不小的诱惑。社会上依然视科举为正途，即使在水师学堂这样的新式学校里也是这样的空气。虽不曾明言，学堂中人意识里秀才似乎比船长大副还是高着一等，周作人同班的一个同学告假去应考，进了秀才，校方就特别褒奖了一番。而周作人若是应试是很有可能考中的，因为他已有了几度进考场的历练，八股文已然操练得颇像样，第一次应试考了个第四百八十四名，后来以“周珠”的名义应试，最好曾考到第五十五名，既然考在四十名以内即可中秀才，他似乎也只有一步之遥了，此次再考，焉知不能更进一步？
但周作人很干脆地拒绝了这诱惑。他对八股文原本就反感，现在受到新思想的洗礼，他更认准了那是非但无益而且害人的东西，他虽然也还有些看不上船长大副之类，但那也比走八股文的路更可取。在日记里他便写过，“宁使人目予为武夫，勿使人谓作得好文章也。”有一天上午上汉文课，又要做八股式的文章，他感到文思不畅，枯坐半天一字未得，午饭后才勉强凑出了一百来字，草草交卷。对此他不但不觉烦恼，反倒有几分高兴：“顾予甚喜，此改良之发端，亦进步之实证也，今是昨非，我已深自忏悔；然欲心有所得，必当尽弃昨日章句之学方可，予之拼与八股文尊神绝交者，其义盖如此。”
科举的路决定不走了，对目下的功课又打不起精神，周作人的精力能用到哪儿去呢？他将精力用到外语和文学上去了。学堂里有洋文课，不过让他对学习英文产生浓厚兴趣的却是他的课外读物。一个偶然的机会，他得到了一本英文的《天方夜谭》，那里面稀奇古怪的故事看得他入了迷，他一时来了兴致，想把书里的几篇故事翻译出来，当时的翻译小说都是一半译一半编，他也就照着行事，将《阿里巴巴和四十大盗》换了中国的背景添枝加叶地译出来，叫做《侠女奴》。完稿后他用“萍云女士”的笔名寄给了一家杂志，没想到竟给登出来了，后来还出了单行本。在周作人，翻译故事要比学堂里的功课有趣多了，译了能够发表则更让他来了劲头。此后他又译过美国作家爱伦坡、英国小说家柯南道尔的小说，再往后他觉得单是翻译不过瘾了，干脆自己写起小说来，他以“萍云”的笔名发表了短篇小说《好花枝》，这可能也是他最早的文学创作了。
可是，他在“乌烟瘴气”的学堂之外找到了一片乐地，这却不能完全改变生活的性质，毕竟，这时的翻译、写小说于他不过是兴之所至的消遣，当不得真的。他以后的人生道路将向哪里铺展呢？他还是有些惘然。1902年，鲁迅去日本留学，周作人更有了一种形单影只的感觉，南京的学堂生活也更让他觉得索然无味了。不过大哥的留学日本也给了他一个提示：他也要到日本去，到那里开眼界，学习真正有用的知识。鲁迅到日本后不久就给他寄来一张照片，照片上鲁迅穿着弘文书院的制服，显得很精神，照片的背面有几行题字：“会稽山下之平民，日出国中之游子，弘文学院之制服，铃木真一之摄影，二十余龄之青年，四月中旬之吉日，走五千余里之邮筒，达星杓仲弟之英盼，兄树人顿首。”寥寥数语，却分明流露出进入新环境的兴奋之情和天高海阔的豪气，让周作人顿生艳羡之情。第二天，他就到城南为照片配了镜框，悬挂在卧室的墙上。
鲁迅一直同他保持着联系，不时给他捎来一些宣传新思想的书刊，有一次还带来了一张断发的照片，——剪去辫子可不是一桩小事，那意味着鲁迅不做大清的子民了。周作人看了激动万分，对比之下，他对自己的现状更为不满了。他之所以没有很快离开水师学堂，是因为一时也找不到更好的去处，同时待在学堂里有时也会碰上出国留学的机会，这是他的一点盼头。1904年，周作人升入头班，刚过了一年即传来消息，北京的练兵处要派学生出国学习海军。周作人闻风而动，一面要求校方保送，一面上书本省管事的人，竭力争取这个机会。留学的名额很少，想去的人很多，校方摆不平，干脆将头班的学生全部送北京参加考试。这对学习成绩好的周作人当然有利，他没费什么力气就通过了。可还有一项身体检查他却过不了关，因为他高度近视。好在回到南京心情黯淡地过了几个月之后，他等到了另一个机会：一位大员视察离学校不远的炮台，顺道来水师学堂，要考去留学又未走成的学生来见。问了一番话之后那官儿就对手下说：“给他们局子办吧。”那意思就是委一份差事让他们干干。周作人却不想办“局子”，说还想继续求学。那官儿想了一想便说：“那么，去学造房子也好。”周作人他们逮着了这句话不放，连忙上上下下奔走催请，一个月后，事情还真折腾成了，他被派往日本去学建筑，秋天就出发。
这一年夏天，鲁迅奉母命回国与朱安女士完婚，此行的另一任务就是带二弟周作人去日本。鲁迅的婚姻完全是家里包办，自己并不情愿，宁愿将其忘掉，就像没有发生，所以婚后第四天他就带周作人上了路。从绍兴到日本，一路上鲁迅都闷闷不乐。周作人的心情则大不相同，他很同情大哥的不幸，另一方面，他告别了五年水师学堂生活，也告别了故乡，就要到一个陌生的国度里去，不免有点离情别绪之外，他也有一种对未来的莫名的兴奋和期待。等待着他的将是怎样的一种生活呢？
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