离家六年，中间他一直没有回来过，似乎也不怎么思念故乡，他到南京读书就是因为不能忍受家乡窒闷的气氛而决意“逃离”的，从那时起到现在，故乡也许偶或唤起他零星的甜蜜记忆，可如果一实际地想到她，则又变得阴暗压抑，令人烦恼了，因为和她联系在一起的是对家的义务、责任，是令人不快的现实，而这些正是他想忘却想回避的。所以，他没有一点游子归来的兴奋，要说有什么感触的话，那就是无论家还是故乡，都令他失望——虽然他并没有抱着多么大的希望。
家里是更加地破落了，台门前灯笼上“汝南周”的字眼依旧，可屋上瓦楞间的茅草长了好高，白墙不白，黑瓦不黑，混作一片混沌的灰暗，像是一幅褪色掉彩的画；绍兴似乎也被灰的色彩笼罩着，萧条的街景，敝旧的房屋，衣衫褴褛的人们脸上是呆滞麻木的表情……没有一点生机，周围的一切似乎是死水不波。他回来就是要面对现实的，可是他不知道在这里他能做什么。
如果说故乡过去就让他不能忍受，那么衬着刚刚结束的在日本的悠闲自在的生活，眼下的情形就更让他心灰意懒。刚回到家没多久，不期然而然地，他倒开始想念起他的第二故乡日本了。周作人记忆中美好的一面总是同一种诸事不烦、闲适自在的生活情调联系在一起，一天翻书发现在日本时写的记述秋日钓鱼的一篇游记，更添了怅惘之感，他自己也疑惑：“宗邦为疏，而异地为亲，岂人情乎？”可感觉这东西是没法规定的，他瞒不了自己，也不想回避，相反，他不胜低徊地咀嚼那滋味。他将游记重录一过，加上一则附记，记下“虽归故土，弥益寂寞”的感受，又题一首诗道：“远游不思归，久客恋异乡，寂寂三田道，衰柳徒苍黄。旧梦不可道，但令心暗伤。”
不论怎样“心暗伤”，日本是回不去了。要排遣心中的烦闷，他只能寄情于书本。周作人早已将自己的生活与书融在了一起，书中没有“黄金屋”，没有“颜如玉”，却比那一切更重要，除了联着学问事业之外，对于周作人，读书还是安抚心灵、平息烦恼的最好的法子。书里的世界显然要比身边的种种更令他惬意，也唯有读书，似乎才能让他感到眼下与在日本的那种生活总算保持了某种延续。在很长一段时间里，他闲居在家里，几乎足不出户，终日与书为伴。
可能是太沉湎于自己黯然的心绪，太耽溺于书的世界，外面发生的天塌地陷般的大事也没能把他给惊动。他是1911年9月到家的，这一年的10月10日，武昌爆发武装起义，各省纷纷响应，清王朝眨眼间土崩瓦解。很快浙江光复，绍兴光复了，有反清思想的人纷纷卷入到革命浪潮中。那段时间同样感到苦闷，在家里抄古书的鲁迅仿佛也看到了希望，坐不住了，他参加群众团体越社的活动，被推为主席，提议成立武装演说队，宣传革命的意义，维持地方的治安。待革命军进城，他又兴奋地组织人去欢迎。周作人则表现得很消极，依旧抄他的古书，上面提到的那首叹息“旧梦”难再的诗就是革命军进城的那些日子里写的。他对外面的情形全不知晓，甚至没兴趣到街上去看看，以至于晚年回忆录里写到这一段时，就只好借助弟弟周建人的回忆文章了。
当然面对如此的巨变，周作人不可能真正无动于衷，毕竟，他也是个有反清思想、对社会现状强烈不满的人。只是他习惯了扮演冷眼旁观而不是积极投入的角色，总是与实际的革命活动保持着一段相当的距离，又不肯“兴与人同”，人云亦云，相反，对时流的见解他总是有几分不屑的。鲁迅戏称他像一只高傲的鹤，也正是说他这份距离感和孤高。他也真有一双“冷眼”：辛亥革命几乎是在一夜之间即大功告成的，即使对于革命党以及倾向革命的人，也显得非常突然，但这“突然”只是让他们喜出望外，而周作人的“冷眼”却让他看到事情的另一面，他相信正因其来得太容易，也就潜伏着危机，——绝没有速成革命的便宜事。革命党里的很多人他都知道的，像那位在日本时到他居所来过，人称“焕强盗”的陶成章，像那位绿林出身，此番领了革命军进绍兴，做了都督的王金发，这些人闹革命他当然赞同，可是他们身上的权力欲、江湖气却让他畏惧。在日本时鲁迅、许寿裳等就一起议论过，“假如焕卿一旦造反成功，做了皇帝，我们这班老朋友恐怕都不能幸免”，周作人像他们一样，直觉到这些人并无真正的现代思想，容不得不同的声音，他们上了台，也许是另一种专制吧？凭这样一些人闹革命会有好的结果吗？周作人很怀疑。反对满人的统治在他是不言而喻的，可在日本的这些年，他已更多地受到现代思想的洗礼，反清已经不再只是将满族人赶下台，而是要结束封建专制，如果只是以一种专制代替另一种专制，那汉人的统治又比满人的统治好得了多少？岂不是“换汤不换药”？
他于人生得来的经验，他的气质，他从中外文化传统中受到的影响，使他对人生、社会皆有一种悲剧感，没有什么事情可以让他轻易地乐观起来，一边过着自在的书斋生活，一面那忧患的意识一直伴随着他。那些哀感的诗文，那些对社会、人生阴暗然而冷静透辟的观察特别容易引起他的共鸣。他对波兰作家显克微支的小说《炭画》特别欣赏，很重要的原因即是它描写了一个“维新”的村子如何被喊新口号而实为争权夺利的“凶顽”把持，以致酿成悲剧的故事，因其“维新”实为“挂羊头卖狗肉”，那村子就被叫做“羊头村”。周作人对中国的历史与现状太熟悉了，他预感到，倾向革命的人所抱的幻想十有八九要破灭，这种看上去轰轰烈烈的革命带来的结果，也许只是造成许多中国的“羊头村”而已。
周作人已经不止一次地领略过失望的滋味。他对日本的好感前面已经说过，除了人情风俗之外，他显然也觉得日本是个比中国更开明更人道更有希望的国家，可是在离开日本前一年发生的对“大逆事件”的裁判与执行，却使他的日本梦褪了几分和悦的颜色。这是多年前的一桩罪案，日本政府因疾视那些鼓吹激进社会变革的人，借了一次谋杀天皇的事件（即所谓“大逆”），将许多与本案并无牵连的人一并逮捕法办，而指幸德传次郎为主谋，其实幸德被捕的真正原因却是他是宣传变革思想方面最有号召力的文人。审理的结果是，二十多人不问首从，全部处死。这是震动日本朝野的一件大事，周作人也深受刺激。日本自明治维新以来一直模仿西方的民主，却竟有这样诛杀异己，钳制言论自由的事发生。他所喜爱的一位日本作家永井荷风在事件发生一年后写道：“现在虽云时代已变革，要之只是外观罢了；若是以合理的眼光一看破其外皮，则武断政治的精神与百年以前毫无所异。”周作人对这段话自有强烈的共鸣。
然而尽管大受刺激，那到底是别国的事情，他不过是客居，插不上嘴，也没有迫切感。眼下故乡发生的一切却真正是切己的了，虽然说起来是“宗邦为疏，异地为亲”，虽说他对中国的事情原没有抱多大的希望，这里毕竟是他植根的地方，何况周围的人天天在奔走、谈论，鲁迅和那位因他的名篇后来被许多人熟知的范爱农，就几乎天天在周家议论时局，周作人终于坐不住了。1912年1月18日，他在创刊不久的《越铎日报》上以“独应”的笔名发表了《望越篇》，其后又有《望华国篇》，都是分析时局的政论文字，其中固然有对革命胜利的欢呼，可更触目的却是对“革命尚未成功”的急切的提醒，是对“顽迷之民，不知不觉，坐令覆辙屡践，长其罪恶而重其耻辱”的沉痛。与到处皆是的乐观的调子一比，他的文章自有一种“逆耳”的意味，也正在这逆耳的声音里，体现出他的冷静与深刻。
周作人的预感不幸很快就证实了。远的不说，绍兴城光复后热闹了一阵，很快就一切照旧，王金发进城后不多时即被旧乡绅的势力包围，革命政府变作了旧式衙门，一班人只知谋官谋钱，王本人也渐显出独裁的味道。周作人发表文章的那家《越铎日报》是鲁迅的学生办的，鲁迅用“黄棘”的笔名写了发刊辞，说明报纸的宗旨是“纾自由之言论，尽个人之天权，促共和之进行，尺政治之得失”，显然是要对革命尽尽“言责”。报上多有对当局的讽刺，甚至连王金发也讽刺到了。逆耳之言岂是新专制者愿意听的？王金发于是派人送来五百元钱，想堵了口了事，后见收买不成，山大王的脾气发作了，扬言要将办报的人枪毙，最后是报社被捣毁。这岂不是一个具体而微的“大逆事件”？周作人并非热心办报的人，可他由对时局不闻不问到终于在这报上写文章，总还希望自己能起作用，现在这样的情形，越发要让他生出“说了也白说”的悲哀了。
国事一团糟，家事呢？周作人和羽太信子婚后关系似乎还不错，特别是衬了鲁迅那桩完全为了母亲的婚姻，他多少是可以自慰的了。羽太信子离开日本时已经怀孕，此时分娩在即，母亲与妻子语言不通，他担心照料不周，就请信子的妹妹芳子前来陪伴，其时芳子才十五岁，由其兄羽太重久从日本伴同，他则特到上海把他们接到家中。家里的日本空气更浓了，他没想到芳子自此一直在中国待了下去，后来与弟弟周建人结合后又离婚，没想到羽太一家人后来会对他的生活方式以至人生道路产生微妙的影响。那时他是感到宽慰的，因为芳子的到来使初到异国就要经历生产这样的大事的妻妇减轻了思乡之苦，芳子的活泼天真也使得家里的气氛更和谐了。
1912年5月中旬，羽太信子生下了一个男孩。这不仅对周作人，对整个周家也是件大喜事，因为鲁迅婚后与朱安一直分居，没有孩子，这是周家的第一个男孩。母亲自然是高兴，周作人虽说未必还有老辈人那种传宗接代的思想，但周家有了下一代，毕竟是高兴的，何况孩子的到来还可使他稍稍排解郁闷的心情。
这时的周作人已经得到了回国后的第一个职位：民国政府成立后，沈钧儒被任命为浙江教育司司长，他任用了一些日本留学生，经人介绍，他请周作人担任教育司某科的科长，后又改任省视学。周作人因信子生孩子，一直待在家里，数月后才到杭州上任。说起来，他也是中华民国最早的一批公务员了，不过他对他的职务显然不热心，要不然也不会因妻子生子这样的理由而迟迟不来上班。既然他对革命后的情形感到悲观，他当然不会以为他在这机关里能干出什么名堂，而且那种“案牍劳形”的繁琐事务也与他的脾性极不相合，所以还要谋这个差事，不过是为生计罢了。故此周作人的工作表现，很像是消极怠工。视学的工作应是常在外面跑，督导各学校教学，却并不见他下去；他因到得迟，一时也没法给他安排办公的地方，他则乐得不上班，待在住处终日读书，往往看得倦了，便躺到床上去读，古人是把“卧读”当作一大享受的，他有一位在日本时的朋友，现在的同事，后来也因倡导新文化而出名的钱玄同，因此就戏称他是在“卧治”——躺在床上做学问——他觉得很妙，晚年就很幽默地将他这段在杭州的生活叫做“卧治时期”。
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