除了体制问题之外，印第安人的问题也令华盛顿感到十分棘手。哈默尔将军将出征迈阿密的事情在国会上做了详细汇报之后，议员们纷纷露出了不满的神色。他们认为民兵团遭到印第安人伏击导致惨败而归的结果令美国蒙羞。印第安人成功地赶走了民兵团的消息让那些野蛮人更加肆无忌惮地在南方滋事。三个同美国政府签订了贸易协定的塞内卡族的酋长同意前去说服“小海龟”，让他同政府合作，放弃对政府的武装对抗。华盛顿对他们的这一行动十分赞赏，鼓励他们尽全力完成该项使命。长期以来，华盛顿都希望通过文明的手段来教化那些印第安人，但是那些野蛮人似乎并不领情。他希望印第安人能够学会白人的种植技术以及养殖技术，等他们丰衣足食之后，他们就不会再去劫掠边境的白人居住点，也相当于解决了华盛顿心头的一大隐患。
在国会开会期间，肯塔基和佛蒙特两州提出了加入联邦的申请，国会当即予以批准。3月3日，第一次国会结束。从诸多的争论中，华盛顿看到了大家求同存异、同舟共济、团结向上的精神风貌。从对征收关税到建立国家银行的议案的讨论中，他发现南北两地的议员代表们之间存在巨大的分歧，虽然他们不可避免地维护地方利益，但是他们的讨论是开诚布公的，总体的目标是一致的。
3月份的时候，华盛顿开始他南方视察之旅。他途经弗雷德里克斯堡、里士满、威尔明顿、查尔斯顿，然后又从无树平原赶到奥古斯塔、哥伦比亚以及北卡罗莱纳和弗吉尼亚的一些内陆城镇，全程共1887英里。华盛顿在途中一刻也没有停歇，就连那几匹马也坚持陪他跑完了全程。7月6日，他返回了费城，对这次的南方视察非常满意。他亲眼见证了南方各州的情况，了解了百姓的意见，对民情的进一步了解使他在有效处理政事方面信心倍增。一路上，他总是用慈祥的目光打量着周围的一切，老百姓对他的拥戴让他的内心倍感欣慰。新政府在一天天地成长成熟起来，也赢得了公众越来越多的信任。人们开始接受国会制定的法律，例如，当国会对国产酒实施征税法刚获通过的时候，许多人断言这项法案在南方绝对不可能实施，但是事实证明人民的实际反应并非如此，这项法案获得了人民的广泛支持。政府成立三年之后，公信力已经得到了大大的提升。刚刚成立的国家银行也在飞速发展，人们纷纷认购股份，在一个小时之内，两万股就一售而空，这足以证明人民对政府的信任。
看着政府渐渐地成长起来，华盛顿感到由衷的高兴。他在给挚友拉斐特侯爵的信中，尽情地表达了他的喜悦之情，他说道：“当欧洲还是硝烟弥漫的时候，美国已经进入了和平发展时期。对比欧洲人民和美国人民此时的境遇，其中的差别令人惊诧。就连最挑剔的评论家，都不得不对美国国内的情况刮目相看。尽管已经取得了一定的成绩，但是我们绝对不会独享革命胜利的果实，我们乐意将我们的经验同欧洲各国分享。我们一直关注着法国的革命形势，并衷心地希望法国早日结束战争，迎来和平、民主、平等的未来。”
第二次国会于10月24日在费城召开，25日，华盛顿在会上致开幕词。他说，建国初期，政治稳定，经济稳步复苏，一切都在朝着积极的方向发展。建国初期的经济政策得到了切实的贯彻执行，政府公信力增强，百姓安居乐业。虽然国家大部分地区已经赢得了和平发展的形势，但是边境军事隐患依然存在。为了保护西部边疆安全，他主张政府尽快采取措施。为了讨伐印第安人，华盛顿已经任命了圣·克莱尔将军担任军事委员会主席，命他率领一支部队负责西部边疆的安全问题。他授权克莱尔将军随时调配民兵团的权力以及调配肯塔基州军用物资的权力。为了配合克莱尔将军的行动，肯塔基州迅速召集了两支民兵团，并将这两支兵团火速派往瓦伯什的印第安人集聚地。第一支兵团由查尔斯·斯科特将军率领，第二支兵团由威尔金森将军负责率领。他们分别于5月和8月征讨瓦伯什地区。他们到了目的地之后，烧了印第安人的棚屋和庄稼地，并把那些负隅顽抗的印第安人抓起来做了俘虏。圣·克莱于9月份亲率大军在华盛顿堡集合，部队包括2000名正规军以及1000名民兵。他们要承担的任务十分艰巨，不仅要在荒山野岭中开辟出一条道路，还要修筑起桥梁以便军需品的运输。他们同时还要在瓦伯什同俄亥俄之间修筑要塞，以备战时之需。部队于9月7日开始向北方进军，他们一边行军一边开路，同时还在沿途修筑堡垒。由于内战刚刚结束不久，士兵厌战的情绪十分强烈，加上前线条件艰苦，不少士兵都开了小差。
圣·克莱尔将军身患痛风，不仅不能够行走，连上马都需要人搀扶。但是他咬牙忍着病痛，坚持带领先头部队行军。10月27日，一名弗吉尼亚的地方军士兵要求退役，由于担心造成连锁反应，将军命令部队火速前往敌军的腹地。在连续行军6天之后，部队终于抵达了印第安人的营地。10月30日，60名士兵集体开小差，他们拦截了后面的军需车辆，打算乘车返回。正在这时，哈姆特伦克上校识破了他们的计谋，及时阻止了他们。部队继续往前行进了30英里，最终抵达了距离迈阿密印第安人居住地15英里的地方。部队在一条小河边驻扎下来，圣·克莱尔将军误以为这条河是圣·玛丽河，但是实际上这是瓦伯什河的一条支流。在这附近居住的大量的印第安人表明这里是瓦伯什较大的一个土著人保留地。卡莱尔将军将部队分成两军驻扎，巴特勒少将率领克拉克军团组成第一营地，负责右翼；达克上校指挥德丁杰和盖恩麾下的人马及美军第二军团组成左翼。营地长约400码，尾翼部队阵线拉得稍微长点。杜鲁门上尉率领一支骑兵部队负责部队的右翼，斯诺登上尉则负责部队的左翼。印第安人营地周围是条小河，虽然河水很浅，但是小河四周却是丛林密布、沟壑纵横，这为营地提供了天然的屏障。民兵被安排住在在小河附近的高地上，他们的地理位置相对优越，正好可以作为正规军的后备力量。克莱尔将军打算等哈姆特伦克上校的军团一到，就立即对印第安营地发起进攻。前一个晚上，他同弗格森上校商量了进攻计划，并派出了巡逻兵侦察周围的情况。在这个关键的时刻，民兵们却表现出了极大的反战的情绪。他们抱怨连日行军已经使他们极度疲惫，而克莱尔将军却要求他们第二天凌晨就要进入备战状态。他们声称自己的身体吃不消，无法完成突击的任务。他们对下达的任务推三阻四，主要的目的就是想当逃兵。11月4日凌晨4点钟，战士们刚刚集合完毕，丛林里就响起了马蹄声。原来是一支印第安人的部队突袭美军的大营，慌乱之中，民兵们胡乱开了几枪，就往密林深处逃去了。毫无准备的正规军被印第安人的突然袭击打蒙了，部队好不容易集合起来又被打散了。印第安人闯进了营地，士兵们被迫用刺刀还击。炮兵团也奋力地朝敌军开炮，但是印第安人太狡猾了，他们躲在密林中，忽隐忽现的，让人摸不清他们准确的位置到底在哪里。然而炮兵们自己却暴露在印第安人炮口下，没过多久，三分之二的炮兵都被印第安人的大炮给炸死了。印第安人乘胜第二次冲进了美军的营区，他们挥起手中的斧头残忍地向士兵们砍去，巴特勒将军以及斯诺等将军率领的两支骑兵部队英勇地同这些印第安人战斗，并成功地将他们驱赶出了美军营地。阴险的印第安人朝巴特勒将军放冷枪，将军中弹从马背上摔了下来。一名野蛮人飞快地冲了过来，拿出利刃残忍地将巴特勒将军的头皮割了下来，但是还没等他将战利品带走，冲过来的美国骑兵就将他就地正法了。此时印第安人又得到了增援，再次冲进了美国的营地。由于缺少炮兵和骑兵，美军此次已经没有了反击的力量。在战斗中，超过半数的正规军被残忍地杀害了。圣·克莱尔将军率领残部仓皇逃走，印第安人骑马追击了一英里才撤回。到晚上7点钟，圣·克莱尔将军率兵逃到了杰弗逊堡，担心印第安人会继续追击，他们不敢耽搁，于当夜急行军至华盛顿堡。这场战斗中，美军共损失正规军550人，200人受伤，其中31名军官阵亡，24名受伤。圣·克莱尔的兵败让他无地自容，不知道该如何向华盛顿交代。早在他出征前，华盛顿就提醒他一定要提防印第安人偷袭，没想到果然被华盛顿言中了。当信使快马加鞭地来到总统府向总统报告这一消息的时候，华盛顿正在接待客人。里尔上校向华盛顿通报了这个消息，华盛顿听后，脸色立即阴沉了下来，但是他什么都没有说，就像什么事情都没有发生一样。等客人全部走了之后，他来到了办公室接见了信使，信使向他详细汇报整个战争的情况之后，他再也压抑不住心中的怒火，“腾”的一下从椅子上坐了起来，气愤地挥舞着自己的拳头，大声地说道：“被印第安人偷袭！全军覆没！”他生气的样子连里尔上校都感到十分震惊，因为在此之前还没有什么事情能够惹得总统发这么大的脾气。不过事已至此，发再大的火也于事无补了。华盛顿最后挥手示意让信使退下，自己则在窗户边上站住，眼睛凝视着窗外，久久都没有说话。里尔上校站在旁边，不敢插话，也不知道该说什么。过了许久，华盛顿渐渐恢复了平静。他重新在沙发上坐下来，但是里尔上校看得出来，他只是暂时将火气压抑了下去，他胸中的怒火随时都有可能再次喷发。他吩咐里尔上校这个消息暂时不能公开，同时他要亲自审问圣·克莱尔将军有关此次兵败的主要原因。由于这次战斗的失败，圣·克莱尔将军必须要上军事法庭接受审判。
首届国会讨论了各州选派议员的议案，根据宪法规定，每3万人中可选一名众议院代表，众议院通过一条法案规定每个州拥有一名众议员的名额。这样一来，对于那些人数不足3万人的州来说就无法选举代表，因而也就无法在立法机关中行使自己的权力，所以人们希望有一个更加公平的代表分配办法。众议院采取了一种新的代表分配的方式，他们把全国的人口除以三万，共得出120名代表总数。这120个名额仍先按照30000∶1的名额分配，然后把剩余的代表名额分配给余额较大的州。经过激烈的争论，两院终于达成一致，将该议案转呈总统批准。现在唯一的问题就是这个议案是否违宪，如果符合宪法，那它就是无可指责的。华盛顿将这个问题转交给内阁成员讨论，征求大家的意见。杰弗逊和伦道夫认为这项议案违反了宪法的原则，汉密尔顿认为该法案有些地方的表述过于模糊，应指示立法机关行使解释权。宪法的原则是根据各州独立的人口总数来确定名额，而不是按照美国的累积人口来确定名额。因此，华盛顿以该项法案违背宪法为由，不予通过。他动用了否决权否定了该项议案。最终国会商定以33000：1的比例来选定代表。
本届国会讨论的激烈程度远远超过了华盛顿的想象。华盛顿痛心地发现国会已经逐渐形成了两大政治派系，与此同时，舆论也在推波助澜，使两大政治派系之间的矛盾日益尖锐化。费城当时创办了两家政见截然不同的报纸，即《合众国公报》和《国民公报》，他们分别站在各自的立场上反驳对方的一切建议。弗雷诺当时担任《纽约日报》的主编，但是他后来来到费城担任杰弗逊办公室的翻译工作。他是一个激进的政治家，尽管身为政府要员，他总是写文章抨击政府的举措，可以说，除了杰弗逊先生同意的法案他不攻击之外，其他国会通过的法案他一律反对。内阁之间勾心斗角的政治斗争让华盛顿感到身心俱疲，他觉得管理国家的任务太重，对其逐渐产生了厌恶的情绪。他希望能够早日摆脱这副重担，重新回到弗农山庄，过无忧无虑、逍遥自在的农场主生活。他打算等任期一满，就向国会提出辞呈。但是距离离职还有一年多的时间，在这一段时间内，他还必须咬牙坚持下去。与此同时，杰弗逊也透露了他打算同华盛顿一起离任的意愿。听到这个消息，华盛顿的内心感到十分不安，他竭力地劝阻杰弗逊，希望他继续担任国务卿一职。关于他自己的离职，华盛顿解释说这其中有许多的原因。他当初之所以会担任总统一职，是在许多人的极力劝说下才同意的。如果任期满了之后还不辞职，别人就会说他有意占着总统的位置不肯走。而他本人实在不愿意在勉为其难担任总统的情况下还要忍受旁人对他的冷言冷语。同时他的健康状况也每况愈下，精力以及记忆力都大大的减退，管理国家的繁重公务压得他几乎喘不过气来。他每天几乎都盼着离任的日子赶快到来，好让他摆脱眼前的这些烦恼和重负，重新回到以前的那种轻松惬意的生活中去。然而杰弗逊的情况不同，他如果宣布退休，必定会在国会中引起轩然大波。因为凭借杰弗逊的才干和影响力，一定能够在国会中继续发挥巨大的作用。针对华盛顿的一番话，杰弗逊作了如下回复。他对于政府的不满情绪归根结底就是财政部，财政部的所作所为同他的原则产生了巨大的分歧，这是造成他们之间不可调和矛盾的根源，同时也是他提出辞职的主要原因。华盛顿认为财政部只是负责国家税收这一小块，而国务卿则负责全国事务，杰弗逊身上所承担的责任远比财政部要大得多，他认为杰弗逊应当以大局为重，而不应该将私人之间的恩怨夹杂在工作当中。他极力劝说杰弗逊的目的就是要打消他辞职的念头，而并非想要挑拨他和汉密尔顿之间的矛盾。
麦迪逊劝说华盛顿连任，并一再强调了连任对全国人民的重要意义。华盛顿认真倾听了他的意见，但是还是打定主意决定辞职。他担心由于实现已经公开表达了要辞职的意愿，如今又接受连任，恐怕会遭到一些不怀好意的人恶意的诽谤和攻击。他将他的顾虑告诉了麦迪逊，然而麦迪逊却认为华盛顿多虑了。他高度地评价了华盛顿担任第一届总统以来对国家和人民做出的巨大贡献，他认为华盛顿连任是众望所归、民心所向，即使有些人心存妒忌，也丝毫不能够影响公众对他的评价和拥戴。
华盛顿回到费城后不久，就收到了杰弗逊的一封信。杰弗逊声称美国的立法机关被一些不法分子操控，他们的目的就是要将美国推向君主制的深渊。他将矛头直接指向以汉密尔顿为首的联邦制派，认为这些人将会给美国带来巨大的威胁。对于杰弗逊的公开挑衅，汉密尔顿也毫不示弱。他认为杰弗逊的怀疑纯属子虚乌有，声称国会的每位代表都是正直诚实的人，绝对不是杰弗逊所说的投机者。这两大政治派系的唇枪舌战让华盛顿感到十分厌烦。7月10日，他终于找到一个时间能够坐下来同杰弗逊认真谈一谈这封信所陈述的内容。同往常一样，他竭尽全力地劝说杰弗逊以打消他的疑虑。他认为杰弗逊太多虑，他的顾虑对全局的稳定极为不利。尽管国会中有一小部分人确实赞成美国采取君主立宪政体，但是想法归想法，他们并没有将其付诸实施，更不用说去策划什么阴谋了。他相信东部各州同南方各州一样也是支持共和制的。《国民公报》对政府进行肆意的攻击，华盛顿认为他们的主要目的不是攻击政府，而是攻击总统本人。华盛顿认为国会中存在不同的政见是正常的，但是不能将其升级至不可调和的矛盾，这对全局的稳定是极为不利的。这就是华盛顿同杰弗逊之间一场非正式的谈话，从中我们可以看出，无论华盛顿的内心有多么烦恼和压抑，他总是能够很好地控制自己的情绪，以一位英明的政治家的视角来看待周围所发生的一切，理性地分析问题，做出客观的判断，并提出合理的建议。
眼看着两大政治派系的矛盾日益白热化，华盛顿努力地从中调解。对于华盛顿的一番苦心，汉密尔顿深感歉意。由于两派斗争给华盛顿造成了巨大的困扰，这让汉密尔顿的内心十分忐忑不安。他写信给华盛顿，诚恳地表达了自己的歉意。他承认自己对杰弗逊的反击带有某种报复的成分，但是他强调自己也是不得已而为之。众所周知，他是杰弗逊公开抨击的对象，杰弗逊自己出资兴办《国民报》的目的就是为了打压他以及其他政见不同的人。在这场政治斗争中，他感到精疲力竭，不想继续再斗下去。他的一颗爱国之心日月可鉴，时间能够证明他的论断是正确的。
汉密尔顿同杰弗逊之间的斗争主要体现在美国政体以及财政政策制定等方面。汉密尔顿曾在制宪会议上公开宣称，“英国的政府是世界上最好的政府”。杰弗逊派据此指责他为“君主主义者”和企图将英国式的君主制引入美国。事实上，尽管汉密尔顿赞赏英国制度，但是他从未建议在美国建立君主制。他拥护三权分立的共和制度，但是，由于他对人民和民主制度的极端不信任，他主张建立强有力的高度集权化的政府。这就同主张建立以农业为基础的民主共和国的杰弗逊产生了巨大的分歧。另外，汉密尔顿提出了他的关于整顿财政与发展经济的纲领，并按照这个纲领实行了一系列财政政策，包括建立国家银行的举措。但是这些政策却被杰弗逊视为是汉密尔顿为引导美国走向君主制铺路。客观上说，他提出的整顿财政与发展经济的纲领，不仅使美国从根本上结束了财政混乱的状况，而且为美国以后的经济发展明确了方向。可以说，他是美国财政事业的伟大开拓者和奠基者。他是一位富有创造性的政治家，思维敏捷、勇于开拓。他的那些远见卓识的思想，对美国历史的发展产生了深远的影响。但同时，汉密尔顿在政治上是一位保守的共和主义者。他是个有鲜明个性的人，思维敏捷，具有深刻的洞察力，有斗争的勇气和不倦的精力，对于为之奋斗的事业，有牺牲与奉献精神。他有许多值得称颂的品质，然而他也有极其突出的缺点和不足。他性格耿直，毫不隐瞒自己的观点，同时又脾气急躁，一些做法不免失之谨慎；他不怕困难和任何阻力，敢于斗争，可是对不同意见，他也毫不容忍，不懂得妥协的重要性。作为政府官员，他直接参加党派论战，公开在报纸上发表文章指责杰斐逊。1800年总统大选中，他又公开发表小册子直接攻击自己党的总统候选人亚当斯。这些冲动的做法，不仅使他失去许多追随者，也损害了他自己的声望。
经过长期的思想斗争，华盛顿最终同意参加第二次总统竞选。这次的选举没有什么悬念，华盛顿再次当选是众望所归，大家一致推选他为新一届总统。同时，约翰·亚当斯以27票胜出乔治·克林顿，当选为副总统。公众的拥戴和信赖让华盛顿非常感动，但是他的内心深处却感到有些闷闷不乐，再次当选就意味着他要等到4年之后才能退居弗农山庄，每次想到这些，都让他的内心充满了遗憾。他第一个任期的最后一次国会于1792年11月5日开幕，会上讨论的主要议题还是边疆安全问题。那时，印第安人的暴乱还未平定，为此，华盛顿希望政府能够早日平定叛乱，恢复边境安宁。他原先派出了两名勇敢的使者去同印第安酋长谈判，但没想到两名使者均遭到杀害。在此情形下，政府准备出动大规模的兵力前去讨伐印第安人。此次出征，由韦恩将军担任远征军的总司令。在对众议院的演说中，华盛顿声称国家的财政混乱问题已经得到了很大程度的解决，国家现在有能力偿还一部分国债，有望重拾政府的信誉。华盛顿的演说受到了参众两院的欢迎，议员们对总统的意愿表示赞同。就总统的提案，财政部长向大会提出了按国家有权清偿的数额减少国家债务的方案。议员们把军队的花费和所做的贡献相比较，然后得出常备军是国家的累赘的结论。华盛顿只是授权财政部筹措贷款，但并未得到财政部关于贷款使用的详细报告。弗吉尼亚的代表首先站起来反对财政部，并促使国会通过一系列的决议，他们要求财政部提交详细的报告来解释该事。最后，财政部向国会提交了一份详细的报告。尽管如此，一些好事者却依然揪住财政部的短处不放，直到国会闭幕，这件事情才平息下去。作为政府的领袖，华盛顿总是谨言慎行，尽量避免自己卷入政治派系的斗争中去。他在国会中的崇高声望很大程度上保护了他不受到异己的攻击，然而，还是有些不怀好意的人在背后指责他做得不对的地方。
1793年的2月22日是华盛顿的生日，国会准备休会半个小时以示对总统的尊敬之情。这项提议遭到了许多人的反对，他们认为这是在树立国家偶像，会为君主政体埋下祸根，任其发展下去必定会损害美国自由。华盛顿本人并不喜欢这些繁文缛节，同时他又非常注重自己的口碑，因此坚决反对为他个人搞特殊待遇。在华盛顿第一次就任总统的时候，隆重的就职仪式使他落下了不少话柄。杰弗逊曾经公开指责内阁效仿欧洲宫廷式的繁文缛节，本身有违宪法的根本原则。因此，当第二任总统就职仪式快要到来的时候，华盛顿召集内阁成员开会，让他们提出一个合理的就职仪式的方案，并力主简单的仪式。各部部长就总统就职的事情展开了讨论，但是并未定出一个统一的方案。3月4日，华盛顿在参议院议会厅举行了就职仪式，这次的程序比第一次简单了许多。
与此同时，法国大革命的形势越来越严峻，华盛顿的挚友拉斐特侯爵此时已经完全丧失了对部队的控制力。他目前的处境变得十分危险，正如莫斯利所说的那样，如果他敢到巴黎，肯定会被愤怒的巴黎人民撕个粉碎。华盛顿听到这个消息，内心感到万分的焦虑，他十分担心侯爵的安危，希望他能够平安无事。6月份，一批暴民闯入法国国王的宫邸，命他穿上女人的内衣并涂上口红，当着皇室所有成员的面羞辱法国国王。拉斐特得知这个消息，感到气愤不已，他带着随从快马加鞭赶到了巴黎，然而他的到来却于事无补，那些暴民根本不听他的劝阻，最后，他只好极度失望地重新返回了军营。8月9日的深夜，巴黎突然拉起了警报。法国国王的府邸遭到了围攻，负责防卫的瑞士士兵全部被杀戮，法国国王和王后逃到了国会请求庇护。就在那个时刻，法国的君主制被彻底推翻了。作为君主立宪的拥护者，拉斐特瞬时成了阶下囚。雅各宾派宣布拉斐特为国家的罪人，并下达了通缉令。得知这个消息，拉斐特的第一个反应就是立即赶往巴黎同雅各宾派据理力争，但是当他冷静思考之后，决定先避开风头做长久打算。他带着几名亲信打算逃往荷兰或者美国，希望能够在那里找到庇护所。然而还没有等他们达到荷兰，就被逮捕了。听到拉斐特被捕的消息，华盛顿内心充满了悲痛。然而白色恐怖在整个国家蔓延开去。人们在杀戮的恐怖威胁下度过了一周。大屠杀从200多名牧师开始，然后是犯罪嫌疑人。这些牧师由于拒绝宣读政府颁布的誓词而遭到枪杀。杰弗逊对这场大屠杀感到十分痛心，他担心这件事情会让法国的雅各宾派名誉扫地。华盛顿看着法国革命形势的发展，对雅各宾残忍的屠杀行为感到十分震惊。10月23日，莫里斯给华盛顿写了一封信，向他讲述了法国国王被斩首的事情，意在引起华盛顿的同情。他说法国国王其实是一个很善良的人，他最大的愿望就是为了让法国人民安居乐业。然而他的命运太坎坷，成了法国大革命最大的牺牲品。华盛顿虽然怜悯法国国王不幸的遭遇，但是他更关心拉斐特侯爵的命运。侯爵夫人此时也被关押在巴黎，关于丈夫逮捕的事情，她目前一无所知。她后来得知丈夫此时正被关押在奥地利的监狱，于是她请求带着两个女儿离开法国去奥地利同丈夫团聚。
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