那一段时间，曾国藩还跑了很多地方，他先后去了明孝陵、燕子矶、下关、灵谷寺一带。每次出门闲游，曾国藩总带着他幕府中的文人，比如说他文章的“四大弟子”薛福成、张裕钊、吴汝纶、黎庶昌，此外还有俞樾、吴嘉宾、王阊运、王定安、张文虎、张穆、何秋涛等。只有跟文人在一起游山玩水，曾国藩觉得还有点意思，那些铁板着脸的将军是不喜欢山水的，跟他们在一起，只能给他们分配任务交代事情。曾国藩慧眼识人，他手下的这些文人，都是些才情过人的可造之才：一方面聪明过人，另一方面又懂情懂理。曾国藩不太喜欢那些放浪形骸的狂猖之人，或者愚蠢笨拙的酸腐文人。曾国藩一直很得意的是，自己的手中贮藏着一批经天纬地之才，这些人才高八斗！后来都成了晚清的著名学者。曾国藩最喜欢的！就是跟他们聊天了，天马行空，神游八极。有时候，曾国藩把自己对作文的理解，一一地传达给他们，也仔细地聆听着他们对于古诗文的认识。每当他们谈到精彩之时，曾国藩总是频频颔首，这些后生的确可畏啊。无论是在文章学还是在办事的干练程度上，这些年轻人都是一把好手。只可惜的是，他们处在这样一个文化断裂的时代，大势已去，不确定的因素太多，谁又能保证以后的生活不颠沛流离呢？
现在！我们要换一种方式！冷静地观察曾国藩的身前左右了一一如果说，对一个人的认识和判断尚不清晰的话！那么！看看他的朋友！以及他的身前左右，就可以基本下结论了一一对于曾国藩，同样也是如此一一可以说，在曾国藩的整个生命和事业中，环绕在他身前左右的幕僚，起到了异常积极的作用。从某种程度上，曾国藩之所以有巨大的成就，在很多事情上决策正确，并且能在晚清之际，在文化和政治上成为汉人巨擘，这跟曾国藩拥有一支精明能干的智囊团有关。曾国藩的幕府，无论是从人数，还是从人员结构来看，都堪称晚清第一幕府。曾国藩一直算是“爱才如命”，每到一个地方，曾国藩最感兴趣的一件事，就是在当地搜罗优秀人才。他总是公开张榜，让那些自以为是人才的人来大帐毛遂自荐。与捻军作战期间，曾国藩在其所出“告示”中还特别列有“询访英贤”一条，昭告远近，希望自荐或举荐人才。“四大弟子”之一的薛福成，就是在看到告示后，上《万言书》打动了曾国藩，从而进入了曾氏幕府，成为曾国藩以后在洋务运动和外交上的得力助手。曾国藩有一双鹰隼似的慧眼，识人无数，有着惊人的洞察力和判断力。很多时候，曾国藩只要稍稍观察这个人的面相和气质，问几句不咸不淡的话，就基本可以断定这个人有没有过人之处，是不是自己需要的人才。曾国藩从不管那些毛遂自荐的人有没有功名，是不是名门正派；他要的，就是那种有真才实学，并且能为己所用的人。当然，曾国藩在用人中，最重要的要求是良好的品行。在曾国藩看来，一个人有没有良好的品行，是他今后能不能进一步成器的关键所在。
不仅如此，曾国藩在与人谈话、通信时，一有机会，总是细细询问其地、其军、其部是否有人才，一旦发现，如获至宝，千方百计调到自己身边。他幕府中不少幕僚都是通过朋友或幕僚推荐：方宗诚、陈艾由吴廷栋推荐；李善兰由郭嵩焘推荐；李善兰又荐张文虎、容闳人幕……优秀的人往往气味相通、惺惺相惜。这样，得到一位人才，就可能招募到更多的人才。对于招徕人才，曾国藩自有一套心得，他概括为八个字广收、慎用、勤教、严绳”。在曾国藩看来，当今社会不是没有人才，真正的人才大都淹没在民间，有的饥寒交迫，有的受辱于人。要像伯乐发现千里马一样，去发现这些人。曾国藩组建湘军之初，诸如塔齐布、罗泽南、李续宾、李续宜、王口、杨岳斌、彭玉麟等，都来自民间，有的是落魄书生，有的是农夫，有的是下层军士。曾国藩慧眼识才，提拔他们，重视他们，使他们施展才华，直至成为一匹千里马。
曾国藩的幕府中，有政治人才、外交人才、科技人才、文化人才四大类。政治人才是曾国藩幕府的主体。这些人在跟随曾国藩立下功劳之后，很多人迅速升迁，成为朝廷大员或地方官吏，从而形成了晚清政局中举足轻重的势力集团。值得一提的是，曾国藩对于自己的幕僚，总是全力保举，有时甚至一保再保，不止一次。曾国藩的手下，共出了二十六名督抚与堂官、五十二名三品以上的大员，以及难以计数的道、府、州、县官员。曾国藩所保举的幕僚，人员之众、次数之多、升迁之快、官职之高，在中国幕府史上都是罕见的。这些幕僚在成为地方大员之后，大多精明能干，有很多在后来成为叱咤风云的人物，其中，李鸿章、左宗棠、沈葆桢、丁日昌、薛福成、彭玉麟、刘铭传等，在晚清史上，都有着举足轻重的地位。一段时间中，晚清地方大员中，竟有三分之二的人出自曾国藩的幕府。由此，可以看出曾国藩的影响力。
除了政治和军事人才，曾国藩在幕府中还收纳了许多科技和外交人才。这一行为，是很有超前眼光的，说明曾国藩已有了这方面的意识，想做一些前人没有做的事情。在曾国藩之前，清朝政府还没有和外国建立近代意义上的外交关系：从郭嵩焘担任第一任驻英公使开始，近代的外交活动才算逐渐展开。清朝最初的外交家，多与曾国藩有密切关系：除了郭嵩焘，曾国藩的长子曾纪泽曾任驻德、驻俄公使，在维护祖国的尊严和民族利益上做出了巨大贡献；著名外交家薛福成、黎庶昌、陈兰彬等，都曾经是曾国藩的幕僚。在科技人才的培养上，曾国藩同样慧眼独具。近代中国科技史上有名的几位科学家，都曾在曾国藩的幕府中长期担任职务：李善兰是近代中国的数学先驱，在曾国藩幕府中一共待了八年，不但为曾国藩创立的江南制造局解决了许多实际问题，还翻译了许多西方数学着作，为中国的近代数学发展奠定了基础；另外一位数学家华蘅芳！也一直在曾国藩幕府中！从事着科技研究和枪炮制造工作；除此之外，还有被称为中国近代化学之父的徐寿，徐寿和儿子徐建寅同在曾国藩幕府中很多年，在办洋务、设立工厂方面，起到了很关键的作用。
曾国藩与自己的幕僚就这样建立了很深的情谊。曾国藩不仅仅从自己的私人俸禄中向他们支付酬金，对于他们，也几乎无话不谈。尤其是自己的一些心腹，曾国藩并不像其他大臣一样讳莫如深。这一点，从曾国藩幕僚赵烈文的《能静居日记》中就可以看出。在这本日记中，赵烈文详细记录了他与曾国藩的数次谈话内容。从这些谈话中，可以清楚看到曾国藩对当时的政治形势了然于胸，对于中国的前途极度担忧。
1867年7月21日晚，曾国藩与赵烈文单独在一起时，曾国藩忧心忡忡地对赵烈文说：北京来人所讲的，说都城那里的景况非常恶劣，时常出现纵火抢劫之类的案子，而市集店铺间乞丐成群，甚至有的妇女也裸身没有裤子穿。黎民百姓的家财耗尽、境况窘迫，恐怕会有变故发生。这该怎么办呢？
赵烈文是一个对于时局有着清醒认识的文人。见曾国藩如此忧郁，赵烈文真实地表达了自己的看法，说：国家的治平安定，统一的局面已经很长时间了，势必会逐渐地分崩离析。不过朝廷皇帝的威严历来很重，乱变纷争的风气未开。所以若不是从制度本身腐烂败落，则国家土崩瓦解的局面不会形成。依我来看，来日的灾祸，必然先自朝廷中央颠覆，而后神州无主，大家各自为政，大概不会超过五十年了。
听了赵烈文这番话，曾国藩眉头紧锁，沉思半晌，说：“然则当南迁乎？”曾国藩担心的是清王朝并不会完全被推翻，有可能出现南北割据的局面。赵烈文明确回答说：“恐遂陆沉，未必能效晋、宋也。”他认为清政府已不可能像东晋、南宋那样南迁偏安一隅，恐将彻底灭亡。曾国藩反驳说：“本朝君德正，或不至此。”听起来，这似乎是曾国藩的官话了，他当然不愿意在幕僚面前完全暴露自己的思想；况且，对于清廷，曾国藩还抱有一丝希望。赵烈文立即回答道：“君德正矣，而国势之隆，食报已不为不厚。国初创业太易，诛戮太重，所以有天下者太巧。天道难知，善恶不相掩，后君之德泽，未足恃也。”赵烈文非常坦率，他实际上否定了清王朝“得天下”的道德合法性。清军因明亡于李闯、吴三桂因红颜一怒大开城门而人关，所以“创业太易”；人关后为镇慑人数远远多于自己的汉人而大开杀戒，如“扬州十日”、“嘉定三屠”，所以“诛戮太重”。这两点决定了清王朝统治缺乏“合法性”，也一直为汉人所憎恨。虽然清王朝后来的君王，比如康、乾、嘉做了一点好事，但他们的善行并不足以掩盖弥补所犯下的罪行。所以，清朝统治的基础，其实并不牢固。
对于赵烈文如此“过激言论”，曾国藩并未反驳，大约在心里面觉得赵烈文说见宗柘之陨。”“柘”是宗庙中藏神主的石屋，“宗柘之陨”即指王朝覆灭，曾国藩也预感到清王朝正面临灭顶之灾，深受病体缠身之苦的自己，在这样的情况下，只能是徒叹奈何吧！
在金陵那段时间，曾国藩抓紧时间所做的一件事，就是谋划派遣中国少年赴美学习。无论是江南制造总局，或是长江水师，都太需要一些专业人才了。曾国藩建议朝廷委派陈兰彬、容闳分任正、副监督，另派翻译一人、教习二人，在上海设立驻美中国留学局，制定章程，具体办理留美学生的招生及在美学习工作；另于上海设预备学校一所，委刘瀚清为校长，要求留学生在出国之前，先人校学习中西文字一年，以适应国外学习生活的需要。在当时来说，此项举动无疑石破天惊。民间甚至大声呼吁：曾国藩是在贩卖人口，将帝国的后代送于虎狼之中，从中牟取利益！对于这样的指责，曾国藩苦笑不予理睬，只是全力敦促这项工作的进行。在曾国藩和李鸿章的全力推动下，这项事务终于在同治十一年夏天获得了成功，第一批幼童扬帆远航，横渡太平洋去了美国，接着，又是第二批、第三批、第四批，共一百二十人。虽然此事后来遭遇变故，但留学生大部分成器，成为了末代的英才。这些，也足以让曾国藩死后瞑目了。
在金陵曾国藩所进行的另一项工作，就明显带有点“私心”了，那就是全力扩大金陵书局的规模。在曾国藩看来，无论古今中外，文化要想流传，就得通过着作的出版和流通来达到目的。因此，对于金陵书局，曾国藩划拨了很多经费，让他们购买机器，聘请最优秀的员工。金陵书局刚刚投人使用，曾国藩和李鸿章即要求书局赶快印制《二十四史》，曾国藩还是想到了自己年轻时从金陵路过，借钱买《二十三史》的事情。曾国藩还让书局聘请了一些懂外文的专家，集中翻译国外一些有用的着作。在江南制造总局，专设了一个译印西学书籍的翻译馆，聘请一些外国传教士，翻译军事、船舶、机械制造等自然科学书籍，兼及医学、历史地理、国际公法等着作。译书的方式，多数是由局中所聘西洋人口述，然后由精通绘图和算学的华蘅芳、徐寿等笔录整理。译成的书，由金陵书局大量刊印，在社会上广为散布。该馆先后翻译书籍一百七十多种！成为当时译介西方科技书籍最多的机构。
曾国藩对这一行动的认识很实在！在他看来！洋人那些机巧之心！那些造船造舰的奥妙，都在那些书中藏着，要想使中国富强起来，就得让更多的人懂得那些知识，就必须读洋人的书。另外，在金陵的那一段时间，书局按照曾国藩的安排，全力赶制的一套书，就是王夫之的《船山遗书》。这几乎也是曾国藩个人的意志。当时，王夫之的《船山遗书》还属于禁书，但在曾国藩看来，无论是做文还是做人，王夫之都是一流的。王夫之的思想和情操，对曾国藩影响很大；并且，曾国藩组建湘军就在湖南衡阳起家，而那正是王夫之的故乡。正因如此，曾国藩对于王夫之，格外亲近。曾国藩一直可惜的是，道光十九年所刻的王夫之的《书经稗疏》以及《春秋家说序》错讹较多，而原稿本王家又不慎烧毁。在这种情况下，曾国藩想方设法托刘昆在京师文渊阁抄出，然后由他跟曾国荃捐资三万金，让金陵书局重新印刷此版本，让更多的人领略到船山先生的文章和思想。不仅如此，曾国藩还亲自为《船山遗书》作序。能让一种恢宏的思想发扬光大，是曾国藩最欣慰的事情了。
1868的春节说来就来了，金陵城内照例响起一片无心无肺的爆竹声，震耳欲聋；烟花升天，将金陵的上空照得如同白昼。因为家眷还在湖南，曾国藩只是跟一帮同僚在一起过除夕。新年来到，不由让曾国藩想起先前在湖南老家荷叶塘过春节的时候，那时候的春节真是热闹，家家户户花烛红灯，炭火盆内，煨着莲子红枣桂圆茶，炉内焚起了好香；年夜饭前，家中的长辈带着一家老小向祖先们作揖叩头，铳炮连天，热闹非凡；吃过年夜饭后，长辈们向小孩发压岁钱，晚辈们一个个兴高采烈地排着队，从长辈手中接过红包，有时候，还故作亲昵地嫌少；然后，一家人在一起掷骰子、搓麻将、做游戏，其乐融融；夜深了，兄弟几个都不愿意去睡觉，即使眼皮不断地打架，但也强忍着，坚持守岁到天明……这些，都让曾国藩难以忘怀。
在这个春节，曾国藩一点过年的情绪都没有。曾国藩只是在大年三十和初一，让手下人在府第里放了一通鞭炮，还特意吩咐他们在其他时间不要放。鞭炮响过两次之后，这个春节，对于曾国藩就算结束了。正月初二，曾国藩接见了前美国公使蒲安臣，蒲安臣正全力操办清国使团出访美、英、法、普、俄各国事宜。曾国藩与蒲安臣就很多问题交换了意见。在蒲安臣看来，清国这一步是必须要走的，要想发展，就必须走现代化的道路，要走现代化的道路，清国就必须向西方各国多学习，不要怕吃亏，也不要摆泱泱大国的架子。曾国藩频频点头，在这方面，曾国藩是很有心得的。
春节过后，春天就接踵而至了。进入春天，沿江两岸一直连绵地下着雨，一连下了半个多月。天又阴冷又湿，而且看起来没有个尽头。在这种情况下，身为两江总督的曾国藩不得不出面祈晴。作为地方官，与天地之神打交道一直是惯例。在曾国藩看来，主宰这个世界应该是有神明的，既然有神明的话，它就一定会明理，所以也必须进行人与神之间的沟通。去年春天与今年恰恰相反，一直不下雨，比这个时间稍迟一点！曾国藩就曾经去龙王庙求雨。一年之后！没想到！又得乞求老天放晴出太阳了。到了郊外的龙王庙之后，曾国藩亲笔书写南方朱雀之神、北方玄武之神、东方青龙之神、西方白虎之神四牌位，黄纸红字，然后又亲笔写下祈晴文。风雨之中，曾国藩鼓足中气念了一通祈晴祭文，然后点着了手中的香火，对着天地分别行跪拜大礼，祈祷声随着青烟一起飘向诸神占据的太空。说来也怪，等到曾国藩离开龙王庙时，雨停了，转眼间，阳光明媚起来。由于心想事成，曾国藩心里很高兴。他开始筹划要在两江境内走一走了，看一看很多事情进展如何。4月底，曾国藩从金陵登舟启行，随行的有他的儿子曾纪泽，以及赵烈文等一帮幕僚。曾国藩在船上一路跟幕僚们下着棋’他的棋瘾一直很大’而且’身体越不是太好，棋瘾就越大。在镇江，曾国藩一行看了金山、焦山；然后，又到了丹阳、常州、苏州。在苏州的正大街边上，曾国藩看到有一个临时搭起的木棚子，棚子里的灶台有一口龙头大锅在冒着热气，棚子四周聚集了上千名乞丐。这些乞丐衣衫褴褛，好些人上身赤裸，满身污垢，颤颤巍巍。他们围在锅边吵吵闹闹，老远就把手中的破碗递了过去。后面人则乱七八糟地排着长队，有的边排队边发出呻吟声。曾国藩不禁恻然，几乎不忍卒看。随行告诉他，这些人，有的是当年的太平军，有的则是当地原来的大户，战争期间，家破人亡，也就落得这个模样。战争真是涂炭生灵啊，看着这样的情景，曾国藩不由黯然神伤。
船行至太湖，曾国藩检阅了李朝斌的水师。然后，又跟江苏巡抚丁日昌一道，来到了上海。去上海的途中，曾国藩接到了上谕：朝廷着授他为武英殿大学士，这算是迄今为止授予汉臣的最高荣誉了。到了上海，曾国藩重点察看了江南制造总局的轮船和洋炮工程。曾国藩提醒江南制造局的全体人员注意学习和引进西洋的制造方法，一定要谦虚学习洋人的制作工艺为己所用。在上海，曾国藩还会见了英国领事白来尼等。然后，曾国藩一行登舟检阅了吴淞口、狼山、福山各地。这一次巡视，连头带尾，共进行了一个多月。5月底，曾国藩回到金陵时，已感到身体如铅一般沉重，思绪也呈胶着状态。毕竟，自己已是五十八岁的人了。
归来之后的曾国藩对于很多事情仍无法放下。到了夏天，原本因为曾国藩北上剿捻而回湖南老家的欧阳夫人以及女儿纪芬、儿媳、侄媳等一行又回到了金陵。这时候，两江总督府迁了新址，显得宽敞多了。家人的归来，让曾国藩重温天伦之乐，他的心情也变得温润起来。女儿曾纪芬今年已经十七岁了，长成一个俊秀的大姑娘。对于这个女儿，曾国藩一直最喜欢，喜欢之余，也不忘谆谆教导。一天晚饭之后，曾国藩亲笔工工整整地给女儿写了一份清单，细致地提出了这样的要求：
早饭后做小菜点心洒酱之类食事
巳午刻纺花或绩麻衣事
中饭后做针凿刺绣之类细工
酉刻做男鞋女椎或缝衣粗工
（过二更后）
吾家男子于“看”、“读”、“写”、“作”四字缺一不可，妇女于“衣”、“食”、“粗”、“细”四字缺一不可。吾巳教训数年，总未做出一定规矩。自后每日立定功课，吾亲自验功：食事则每日验一次，衣事则三日验一次；纺者验线子，绩者验鹅蛋；细工则五日验一次；粗工则每月验一次，每月须做成男鞋一双，女鞋不验。
右验功课单，谕儿妇、侄妇、满女知之。甥妇到日亦照此遵行。
家勤则兴，人勤则健；能勤能俭，众不贫贱。
快乐时光，白驹过隙，这一段天伦之乐如此短暂一一1868年9月6日！曾国藩接到朝廷命令，调其为直隶总督，两江总督由浙江巡抚马新贻升任。在此之前，曾国藩已由协办大学士升为体仁阁大学士、武英殿大学士，并以剿捻之功又得到了一个云骑尉世职。一年数迁，可谓荣耀之至。这一回调任直隶总督，更说明朝廷的信任，也是对自己不贪功不贪名不贪利的肯定。不过细细地一想，曾国藩又觉得朝廷让自己担任直隶总督，恐怕另有深意。这一次调动极可能是朝廷想改变“内轻外重”的状况，把自己从根深蒂固的两江调走。对朝廷而言，让权倾一地的曾国藩来到京城旁边，可能会觉得更安全。接到上谕的当天晚上，曾国藩把赵烈文叫来，一起分析此事的前因后果。赵烈文也认为，朝廷如此调动，可能别有深意。曾国藩考虑了一番后，又有了退隐归田的念头。
曾国藩一直没有急着去上任，一方面，是曾国藩实在不想去那个人生地不熟的地方，去做那个责任更为重大的官，比较而言，他更喜欢两江这一块地方，对这一块地方有感情，他只愿意在金陵这个地方，做一些事情，然后回家养老。另一方面！现在离开两江！曾国藩总觉得有点可惜！因为他辛辛苦苦所做的很多工作！包括在洋务上做的很多事情，就要见到成效了。容闳来信说，江南造船厂所造的第一艘轮船就要下水，他想开这艘轮船来金陵见曾国藩。接到这封信后，曾国藩心花怒放，这可是曾国藩在这段时间的心血啊，他想亲眼看一看这艘轮船的模样，然后再去京城。
9月28日，艳阳高照，江南造船厂所制造的轮船终于驶至金陵了。江南造船厂隶属江南制造局，是三年前曾国藩和李鸿章一手创办的，具体办事的人，就是曾国藩在安庆时招募的美籍华人容闳。曾国藩让容闳从外国买的机器，后来都运去了江南制造总局。一开始，江南制造总局只制造新式枪、炮、火药。后来，曾国藩奏准朝廷拨款，在江南制造总局内增设造船厂，专门从事轮船制造。历经数年之后，终于有了收获。这一艘轮船汽炉和船壳都是江南制造局造的，机器则用国外买来的旧货加以改造，全船载重六百吨，时速上水、下水分别为三十五公里和六十公里。无论规模和航速，比五年前在安庆制造的“黄鹄号”，都要高好几个层次。船到金陵下关江边停靠之后，围观者人山人海，附近好几个县的百姓都来了，他们一个个喜笑颜开，毕竟，这是中国人所造的第一艘机械轮船，而且，这艘轮船是那么庞大，停在江面上，就像一艘宫殿似的。曾国藩邀请彭玉麟一同登船试航。在人群的簇拥之下，曾国藩健步登上船弦，他很高兴，也很激动，自己这么多年的心血，终于有了一个结果。并且，不仅仅是结果，更是一个好的开始。虽然中国要赶上西方列强还有很长的路要走，但中国毕竟是个大国，如果真正地做起来，也会很快。等到中国真正强大起来，那些列强要欺负中国，就没那么容易了。
登上庞然大物之后，曾国藩感到心襟一下子为之开阔，江风习习，神清气爽；大江南北，尽收眼底。曾国藩命令船向采石矶方向开去，坐在船舱之中，曾国藩意气风发。恍惚中他感觉自己宛如天神在驾驭一辆硕大无朋的战车。近两百里水路，不到两个时辰就到了。这样的感觉真好。手下人告诉曾国藩这艘船还没有名字，想请他命名。曾国藩沉思了一番，说，就叫“恬吉”吧，喜庆而吉祥。随着岁数的增长，曾国藩像中国所有的老年人一样，开始喜欢那些吉祥的符号了。在曾国藩的潜意识里，这些吉祥的符号也是有力量的，它们本身，就可以抵御妖魔，维系吉祥。“恬吉号”在采石矶翠螺山附近江面上巡视了一番后，便打道回府。那一天，曾国藩从未感到身心如此轻松。晚上破天荒地睡了一个囫囵觉。
“恬吉号”的成功，得到了朝廷的赞许，朝廷下发的上谕指出：“中国试造轮船，事属创始，曾国藩独能不动声色，从容集本……足见能任事者举重若轻，深堪嘉尚！”对于此事，朝廷有这样的评价，让曾国藩很是欣慰。
离开金陵之前，曾国藩最后处理的一件事，就是“扬州教案”了一1868年8月，法国在扬州开办育婴堂收养弃婴。育婴堂刚办不久，堂内的婴儿一个接一个死去。这一件事激起了扬州市民的愤怒，有两万人参加了暴动。人们赶走传教士，关闭育婴堂，甚至放火烧毁了英国内地会的教堂。这一件事，让英、法大怒，叫嚷要武力干涉。由于新任两江总督马新贻未到任，朝廷降旨，命曾国藩继续查办扬州教案，何时解决，何时方赴直隶任。曾国藩没法，只好与英国驻上海领事馆的麦华陀反复交涉。曾国藩既要考虑民众的情绪，又不得不正视英法两方的无理要求。方方面面的压力极大。从教案的发生到处理完毕，曾国藩足足拖了三个月的时间，最后，在来自内外的压力下，曾国藩被迫接受了英法提出的条件：扬州知府、知县革职；所损失的财产按实际价值赔偿；在教堂门口立一石碑！申明朝廷保护传教不受干扰……这样的处理结果，实属不得已而为之。痛定思痛之后，曾国藩得出一个结论：弱国无外交。身为朝廷大臣，他再也不想跟洋人打交道了，国弱势衰，根本无法据理力争。身为国家重臣，外交无力，曾国藩觉得郁闷极了。
那时候的曾国藩，还不知道自己数年之后，还要卷入另一桩更为复杂的教案之中！以至于身败名裂！黯然神伤。
1868年12月17日，曾国藩由金陵乘舟起行，转道扬州，赴直隶总督任。启程之时，总督衙署到江边码头的沿途，挤满了人群，许多人家设置了香烛，燃放起鞭炮，有的还搭起了彩棚、戏台，自发地焚香酌酒为曾国藩饯行。到了下关码头，更是热闹非凡，当地文武官员排着长长的队伍，一一跟曾国藩道别。船离岸之后，黑压压的送行队伍一片痛哭之声，曾国藩的眼泪也差点夺眶而出。当天，曾国藩在日记中记录了自己的感受：“念本日送者之众，人情之厚，舟楫仪从之盛，如好花盛开，过于烂漫，凋谢之期恐即相随而至，不胜憷栗！”
对于金陵，曾国藩是真有感情的，甚至，曾国藩都考虑告老之后，把家就安在金陵。这一次北上，夫人欧阳氏因为哮喘病发作不能劳顿，也就没有跟随了。长子曾纪泽留在家服侍母亲，曾国藩只将次子曾纪鸿带在身边。四天以后，曾国藩到了扬州，在扬州，曾国藩见到正在扬州办事的弟弟曾国潢，曾国潢这么多年来一直在湖南老家，自曾国藩1858年复出之后，就一直没有再见过面。现在，曾国潢也老了，连腰都变得佝偻了。这一对兄弟一直谈到二更四点，仍不觉得困乏，后来，曾国藩干脆让曾国潢跟他睡在一起。第二天，曾国藩沿着运河一路向北。途中，曾国藩还分别在郯城见到了彭玉麟，在齐河见到了丁宝桢。对于这一次曾国藩赴直隶总督任，他们都表示祝贺，只是担心曾国藩的身体。曾国藩一一安慰了他们。为了陛见那拉氏和同治皇帝，曾国藩没有直接去直隶总督府的保定，而是先赶往北京。12月26日，曾国藩到了京城，在金鱼胡同的贤良寺住了下来。
重新来到京城，曾国藩感慨万千。那些金碧辉煌的宫殿、雍容尊贵的红墙、曲折窄陋的胡同、破旧低矮的民房，都是曾国藩熟悉的。1852年曾国藩离开京城时！只有四十二岁，正是风华正茂。一晃十七年就过去了，这十七年中，曾国藩改变得太多，当年那个雄健文雅的礼部右侍郎！已被常人不可想象的艰难险阻、忧伤恐惧、委屈打击、苦心积虑磨砺得两鬓如霜、两颊痩削、一脸沧桑了。不仅仅是从身体上，在心理和性格上！曾国藩都有脱胎换骨的改变。这十七年中，曾国藩得到了很多！也失掉了很多。实际上人生就是这样！有得也有失，有失也有得，福兮祸所伏，祸兮福所倚。在曾国藩眼中，只是北京没有什么改变，它仍是一如既往地喧闹，永远有一派虚假的繁荣。在腐朽中有着茁壮，在茁壮中透着腐朽。它腐而不朽，垂而不死，就像一只僵而不死的百脚虫一样。或者说，它本身就是一种幻象，貌合神离，深不可测。在这样的大屋顶下，人们总是一如既往四平八稳地活着，热衷于糜烂和奢侈，热衷于欺骗和虚假。几乎每一个人都自以为是地活着，愚蠢地做着聪明的事情，也聪明地做着愚蠢的事情。
1868年12月27日，这是曾国藩一辈子都难以忘记的日子，在这一天中，他第一次见到了慈禧，也就是叶赫那拉氏。天刚破晓，穿戴整齐的曾国藩就骑马进入紫禁城了，在此之前，曾国藩接到通知，赏他“在紫禁城骑马”。曾国藩知道，“赏紫禁城骑马”是朝廷对大臣一项极高的待遇，能获得这样的待遇，曾国藩感到很欣慰。曾国藩在箭亭下马，经景运门来到了乾清门广场。对于紫禁城，曾国藩并不陌生，毕竟，当年任职六部时，他曾经常出入此地。此时，紫禁城内巍峨的屋宇、萧疏的树木、漫长的甬道、飞翔的屋檐，让曾国藩恍如隔世。对于慈禧，曾国藩当然很了解，知道现在同治的很多旨意，包括当年咸丰圣旨中的很多想法，其实都是慈禧的意思。慈禧的父亲惠徵曾是安徽宁池太广道，道府所在地是长江边上的芜湖，管辖安庆府、徽州府、宁国府、池州府、太平府五府，咸丰二年到任。到任后不久，即逢太平天国攻克武汉，危及安徽，安徽的一些官员纷纷弃城躲避，惠徵也忙把家眷送至宁国府，自己则带了印信粮饷，同总兵陈胜元等先转至南京，又移至镇江，再转到丹徒。官员的临阵脱逃，让咸丰皇帝大为震怒，令安徽巡抚严行查办，惠徵也在被劾被查之列。至咸丰三年，还未待查办，惠徵即于六月初病故。
两宫皇太后以及同治皇帝是在养心殿的东间接见曾国藩的。同治皇帝坐东向西，皇帝身后的两宫皇太后并排端坐在黄幔之内，坐东向西，慈安太后在南，慈禧太后在北。这次谈话，基本上都是慈禧在主谈。让曾国藩感受最深的，就是慈禧对湘军的情况尤为关心，所问的问题，基本上全是关于湘军遣散的。问曾国藩遣散了多少，在遣散过程中有什么风波。看得出来，对于这一块！朝廷还是很不放心。然后，慈禧又跟曾国藩拉了一通家常，问了一通曾国藩修身养性的事情。对于曾国藩任直隶总督，并没有什么实质性的要求。这一点，更让曾国藩相信自己的判断，朝廷此次安排他就任直隶总督，纯粹是一种过渡。
第二天，两宫皇太后再次召见曾国藩，这一回，慈安和慈禧问的话题是制造轮船之事和曾国藩的健康情况。全部对话只有几句：
问：汝造了几个轮船？
答：造了一个，第二个现在方造未毕。
问：有洋匠不？
答：洋匠不过六七个，中国匠人甚多。
问：洋匠是哪国的？
答：法国的，英国的也有。
问：汝的病好了？
答：好了些。前年在周家口得病，去年七八月便好些。
问：汝吃药不？
答：也曾吃药。
第三天，两宫皇太后第三次召见曾国藩。皇太后如此接连三天三见一个汉臣，这在大清史上还是第一次。这一回，曾国藩是坐着跟慈禧说话的，曾国藩算是看清楚慈禧的模样了：她的个子不大，也谈不上倾国倾城，但皮肤白皙细嫩无比，尤其是一双眼睛，非常有灵性。看得出来，这个女子是聪明无比的。但治国岂是靠聪明就能办好的？在这当中，人格、底气以及操守，比聪明重要得多；还有气度、胸怀、视野、容量以及文化底蕴，也重要得多。想到这，曾国藩不禁有些失望，一个聪明的女子，带着一个少不更事的小孩，控制着朝中大权，究竟是祸还是福呢？但一一至少，一个聪明的女子，要比那些糊涂而顽固的遗老遗少们好得多吧？曾国藩就这样一直胡乱想着，忐忑不宁。这一次慈禧与曾国藩的谈话主题是有关那些曾经与曾国藩共事的大臣的，看得出来，慈禧很想听一听曾国藩对这些人的评价。曾国藩小心谨慎地逐一点评了那些将领们，慈禧听得很仔细，不断复述，示意手下人都记下来。到了后来，慈禧突然又问起湘军大将鲍超的事情来了，鲍超在哪里养病？手下的军士，到底遣散了没有？这一回，曾国藩算是看透了慈禧和朝廷的心思了，朝廷还是担心湘军，想让他尽可能地把湘军遣散，然后将那些忠心耿耿且能打仗的将领带到直隶来，在直隶练出一支精兵来拱卫京城。至于其他事情，如吏治盐政、百姓生活、洋务，甚至捻军平息后皖、豫、鲁等省的恢复等等，慈禧显得都不是很关心。归根结底，还是由于自己的虚弱吧。
从1868年12月26日起至1869年3月4日，曾国藩一共在北京住了两个月。他先是住在金鱼胡同的贤良寺，然后又移居到宣武门外的法源寺。这两处地方，都算是驻外大员的招待所。在此期间，曾国藩除了见到慈禧太后、同治帝之外，还见到了恭亲王奕䜣及文祥、宝鎏等高官；拜访了当年的理学老师倭仁；拜访了当年战死沙场的塔齐布的故居，并厚馈其母；也拜访了座师穆彰阿故宅，见其家境败落，曾国藩不由感叹人生的无常……跟所有在京的高官一样，曾国藩每天的行踪，几乎所有的细节都一直详详细细地为朝中掌握一一曾国藩到内阁！正式上任武英殿大学士，他先到诰敕房更衣，换上官袍顶戴、双眼花翎，到办公大案熟悉一番，然后，来到大堂！拜见众大臣：横列六张桌子！满人是东部三张！汉人是西部三张。曾国藩之办公大案桌！就是西部第一张。下属侍读中书等数十人！特地拜见曾国藩！三揖有礼。曾氏一一恭敬回礼……在这期间，曾国藩两次参加国宴！一次是正月十五，朝廷赐宴蒙古、高丽等“外藩”！曾国藩出席作陪。另一次是正月十六，这一次！是在乾清宫专门赐宴朝臣的！这是一次高规格的盛大宴会。当然，让曾国藩感到开心的不是菜肴，而是座次，在大臣们的位次排序中，曾国藩班列汉官之首！与满族大学士倭仁东西对坐于同治皇帝座前。这一点，让曾国藩感到非常荣耀。宴会的具体情况，曾国藩曾在日记中详细地加以记录！由此，也可以看出曾国藩的怡然自得：
桌高尺许，升垫叩首，旋即盘坐。每桌前有四高装碗，如五供之状。后八碗亦鸡、鸭、鱼、肉、燕菜、海参、方孛、山查糕之类。每人饭一碗，杂脍一碗，内有荷包蛋及粉条等。唱戏三出，皇上及各大臣各吃饭菜。旋将前席撤去。皇上前之菜及高装饭，太监八人轮流撤出，大臣前之菜，两人抬出，一桌抬毕，另进一桌。皇上前之碟不计其数。大臣前，每桌果碟五、菜碟十。重奏乐，倭相起，众皆起立。倭相脱外褂，拿酒送爵于皇上前，退至殿中叩首。倭相又登御座之右，跪领赐爵，退至殿中跪。太监易爵，另进杯酒，倭相小饮，叩首，众大臣毕叩首。旋各赐酒一杯。又唱戏三出。各赐奶茶一碗。每赐，皆就垫上叩首。旋将赏物抬于殿外，各起出，至殿外谢宴、谢赏，一跪三叩。
1869年3月1日，曾国藩第四次在养心殿受到慈禧太后的召见。这一回，慈禧太后主要问了曾国藩练兵和海防的打算，话语同样言简意赅。1869年3月4日，曾国藩从京城出发，去保定上任了。虽然这时南方已是春天，但在北方，还是一如既往的寒冷，尤其是北方的风，凛冽而肆虐，让曾国藩很不习惯。曾国藩一路巡视永定河水利设施的情况，对直隶的民情和农情有所了解。七天之后，曾国藩到达保定。3月28日，曾国藩在保定主持检阅了直隶六镇练军。当那些松松垮垮的禁军部队出现在曾国藩面前时，曾国藩简直是大吃一惊。他没有想到天子脚下的这些部队竟然如此没有战斗力，这哪里是一支军队啊，分明连老百姓都不如，也难怪这样的军队在洋枪洋炮面前一败涂地，咸丰皇帝在第二次鸦片战争中只能弃城逃走了。想到慈禧对于自己的嘱托，曾国藩感到责任重大，在京城周围，只有这样一支堪称“豆腐渣”的军队，太后当然不放心了。
6月30日，曾国藩细细考虑了一番后，向朝廷上了一个奏折，奏请以湘军的军制来改造直隶练军。慈禧太后在曾国藩的奏折上批阅同意。曾国藩全身心地投入到直隶新军的建设上来，他一方面奏请调湘、淮军将领前来训练直隶六镇的新兵，另一方面，核定直隶练军章程，以湘军军制全面取代绿营军制。按照曾国藩的计划，除调刘铭传一万余人做拱卫之师外，还需新添万人。曾国藩一方面在本地募勇，一方面制定《练军步队章程》、《练军马队章程》等，全力练兵。到1870年5月，曾国藩的部队建设初见成效，一万多新军经过训练之后，变得有模有样，直隶的治安得到了有效的改善。
与此同时，曾国藩亦全力投身到千头万绪的事务中去。虽然曾国藩对于直隶的生活一直不是太习惯，感觉北方的风过于干燥，风大得时常扬起沙粒，吹得人睁不开眼，厉害的时候，就好像屋瓦上跑过一群小鸡一样。但曾国藩还是经常冒着这样的大风，深人到直隶广袤而穷困的农村当中。在直隶那几年，曾国藩操心最多的一件事，就是直隶水利工程的兴修了，尤其是永定河水利工程，一直是曾国藩重点抓的一个项目。除此之外，直隶吏治一向以疲沓着称，曾国藩重点突破的一件事情就是清理积狱旧案。曾国藩精心推敲撰就了一副对联，亲题于督署大堂楹柱之上，以示与全省官员共勉：
长吏多从耕田凿井而来，视民事须如家事；
吾曹同讲补过尽忠之道，凛心箴即是官箴。
对于直隶的吏治整治，曾国藩到任后接连烧了“三把火”，亲手制定了直隶清讼事宜十条，又制定了《清讼限期功过章程》，列出一系列赏罚细则，一次就参劾了玉田知县许春田等十一人，同时表彰了大名知府李朝仪等十名贤员，以示彰贤罚劣，严格分明。直隶吏治的整饬很快见到了成效。为了阐明自己的思想，到了直隶之后，曾国藩发表了一篇著名文章《劝学篇：示直隶士子》，在文中，曾国藩开列了当时最讲中庸之道的学者们公认的四门学问，让全省上下务必学习领会：一是经过自我修养而获得的“义理”；二是考据；三是辞章；四是经世致用之学。除此之外，曾国藩颁布了很多有利于当地教育和人才培养的政策。在曾国藩看来，一个地方的教育是最重要的，如果直隶能够在教育上达到两江一带的水平，那么，无论是在经济、文化和政治上，直隶都会有相当大的提升。
由于曾国藩的直抓亲管，直隶在不长时间中，军事、吏治、民政、教育有了很大的改观。但各项工作的改进，并没有给曾国藩带来实质性的快乐，甚至还引发了他更深的消沉。他在给家人的信中说，这一段时间，因为一直忙于事务，无片刻读书时间，做官如此，真是味同嚼蜡。曾国藩这样的想法当然是由衷的，这当中一个很重要的因素是，在保定，曾国藩几乎没有什么真正谈得来的朋友，直隶总督府的那些官员们，在短时间内经历了刘长佑和官文两任总督后，对于上司的频繁调换，显然多长了一个心眼，对曾国藩，一个个都毕恭毕敬的，也谈不上跟他谈论什么肺腑之言了。在这种情况下，曾国藩难免会觉得孤单。两江总督府的那些幕僚，一开始，并没有跟他一起来，身边没有一些志同道合的人，对于曾国藩来说，无疑度日如年。除此之外，可能是由于水土不服，曾国藩感到身体越发地虚弱了，他不时头晕目眩、焦躁难耐，甚至连自己很多年养成的静坐习惯都无法坚持。多年来，曾国藩养成了一个习惯，那就是每次重大事件决策之前，曾国藩都要焚香盘坐在榻上，闭目凝神，让杂乱的心绪如尘埃一样纷纷落下，然后，努力让内心归于宁静，在冥冥中，获得一种恩赐和力量。对于这一点，曾国藩自己也有着深刻的体会，他曾经形象地自我阐明说：神明好比太阳的升起，人的身体则如同鼎一样，立地不动。这两句话应当遵循；只是心到静极时，毫无喜怒哀乐，身体寂然不动，毕竟还没体验出真正的意境，只有封闭潜藏到了极点，才曲曲折折地逗引出来一点生气，如同冬至时节的一阳初动；坚贞不移，是为了有始有终，等春雷一响再开启出土，谷类的坚实，是为了做始播的种子，不能为种子的谷，不能说是坚实的谷。此中并无满腔的生意，如果万物的循环终始都放在心中，就不可以说到了至静的境界。然而，静极生阳，似乎是生物的一点仁心吧。气息静极，天地生物之心不息，这难道不是可与天地相比的至诚吗？颜子三个月不违仁，则可以说是洗心退藏到静极的境界中真正快乐的人了。
1869年初夏，曾国藩将自己的家眷接到了保定。曾国藩调到直隶，家眷留在金陵总有些不太方便，因为欧阳夫人哮喘病严重，曾国藩唯恐她待在北方不太习惯，所以打算安排家眷们回湖南老家的。但欧阳夫人表示还是想在金陵静养一段时间之后，再北上来保定。欧阳夫人真是贤淑认真，署中养病期间，一直督促儿媳及女儿每日严格按照曾国藩所定的“功课单”作业，自己也以身作则，参与“衣、食、粗、细”四事，在署中，继续耕种曾国藩亲手开辟的一块菜地。孰料当年夏天，欧阳夫人因为吃了过多自己所种的南瓜，右眼看不清东西。在直隶的曾国藩获悉后，连忙从保定请了一个医生赶到金陵，为欧阳夫人治病。哪里知道，这医生纯粹是一个牛皮大王，欧阳夫人不仅右眼没有治好，不久，连左眼也失明了。欧阳夫人一行到了保定府之后，曾国藩稍稍有点宽心，悲喜交加的是，这一次来保定的，竟然全是病人一一欧阳夫人双目失明；曾纪泽在路途之中，因用药所误，得了胃病；孙儿孙女在路途上，也患病发烧……一家人好不容易安定下来，曾国藩独处寝室，非常郁闷。当天，曾国藩在日记中写下了“满室呻吟，殊觉愁闷”的无奈之词。
好在这一次与家眷同来的，还有曾国藩非常信任的幕僚赵烈文。也许是很长时间没有见到知音了，或者是，曾国藩正处于忧苦之中吧，曾国藩几乎是迫不及待地跟赵烈文打开了话匣子。他的言语非常坦率，听得出来，对于这个没落的政权，认识和评价：
两宫〔指慈安、慈禧两太后）才地平常，见面无一要语；皇上冲默，亦无从测之；时局尽在军机恭邸（指奕䜣）、文（指文祥）、宝（指宝轲）数人，权过人主。恭邸极聪明而晃荡不能立足；文柏川（即文祥）正派而规模狭隘，亦不知求人自辅；宝佩衡、即宝轲则不满人口。朝中有特立之操者尚推倭仁，然才薄识短。余更碌碌，甚可忧耳。
曾国藩的这一段话，完全是他的真实想法。如果说曾国藩两年以前在与赵烈文的谈话中，还吞吞吐吐不愿暴露自己真实想法的话，那么，现在的曾国藩因为对于时局已有了更为清醒的认识，已不再对这个朝代抱有希望了。在曾国藩看来，清王朝已经病人膏肓，难以救药。熟读《红楼梦》的曾国藩感到这个貌似堂皇的王朝就像书中的大观园一样，尽管表面上一派繁荣，红红火火，但骨子里，已腐朽坍塌，濒临死亡，颓势已远远超出自己原来的预料。根本不可能有什么人可以力挽狂澜，自己不行，别人也不行。曾国藩想不透彻的一个问题是，这个貌似强大的政权，为什么说颓败就颓败下来呢？问题究竟出在哪里？曾国藩唯一感知的就是，天地之间的变化太大了，这个腐朽的政权已踩不到步点，明显地被抛弃了。在这种情况下，唯一的希望，就是如何使屋檐下的苍生百姓少遭一点罪。《红楼梦》上反复强调“好了好了”，这个世界也一样，如何“好好地了”就变得迫在眉睫。实际上也不仅仅是这个朝代，作为这个朝代的一员，自己同样也面临这个问题。
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