（一）生理病理方面
后汉张仲景所著《伤寒论》和《金匮要略》较为系统地反映了脏腑功能失调的病变。《金匮要略·脏腑经络先后病脉证》篇中明确指出：“若五脏元真通畅，人即安和。”因此各种致病因素作用于人体，使脏腑功能失调，不仅可以导致疾病发生，而且还直接影响着疾病的发展和转归。
张仲景对脏腑的论述，在其著作中表述了任何疾病都与脏腑功能失调有关，而临床症状则是脏腑功能失调的反应，为藏象学说在临床医疗方面的应用明确了方向，使中医藏象学说更加丰富充实，切实可行，对后世脏腑辨证论治的继续完善产生了深远的影响。
后汉华佗著《中脏经》是我国早期脏腑辨证的医籍之一，在《素问》《灵枢》的基础上，对脏腑的病证进行了初步整合，把脏腑辨证的理论系统化，从平脉辨证的角度研究脏腑虚实寒热的病症。例如辨肝的脉证，首先明确肝的生理属厥阴，主春气，与少阳胆为表里，并以“嫩而软，虚而宽”描写肝主柔和、疏泄的特征；其次分析肝主弦脉，而有弦长、弦软、弦实、弦虚之不同，及其所主太过、不及的病变；又其次从肝的病脉缓、急、大、小、滑、涩六个方面，提出其不同主症；最后分析肝病的发展和转归，最后列出肝中寒、肝中热、肝虚冷三大症候。其他脏腑详略虽有不同，其体例大致如此。
唐代孙思邈的《备急千金要方》，较大篇幅类列了脏腑虚实病证治方，以五脏六腑为纲，寒热虚实为目，并在每一脏腑之前用极其简练的语言勾画该脏的形态、生理、病理、脉证和内外联系，如心脏，“心主神，神者，五脏专精之本也，为帝王，监领四方”“夫心者火也，肾者水也，水火相济”“凡心藏象火，与小肠合为腑，其经手少阴，与太阳为表里，其脉洪，相于春，旺于夏”。心之病证则有“心虚实”“心劳”“脉极”“脉虚实”“心腹痛”“胸痹”“头面风”等。而这些病证，又大多是以脏腑为纲，分别见于其他各脏腑。如以病为纲结合起来，则每一种病证，又可以看到五脏六腑总的病情变化。并有生克乘侮的复杂演变，缓急相宜，颇为易学易用。
宋代钱乙在其著作《小儿药症直诀》中，论治疾病以脏腑辨证为宗旨，在理论上继承《黄帝内经》《难经》《金匮要略》《中脏经》 《千金方》等前人之说的基础上，又赋予新的内容，并将这一理论与儿科的临床实践相结合，创立了五脏相胜相乘的“五脏证治”的治疗体系。在著作中先列出五脏生理特点，然后是病理特点、病证（虚实）、临床表现、治疗方药。
钱乙特别注意辨别脏腑虚实和五脏之间的生克制化关系，例如肺病又见肝脏证候者，若肝虚于肺脏（不能胜肺），其病易治；若肝强实于肺脏（反胜肺者），则其病难治。这好比“肺”“肝”统帅的大军历经杀场，损兵折将，元气本来已经大伤，还在同一战场相遇，要想通过战胜对方来补充自己的兵力。“肺”统帅的大军取胜的先决条件是什么呢？这就要看“肺”所统帅的大军整体实力是否强于“肝”统帅的大军。要强于“肝”所统帅的大军则“肺”所统帅的大军元气就容易通过一场战役恢复过来，否则“肺”所统帅的大军就很可能损失更重，元气很可能大伤，以致无法恢复。其他诸脏，可以类推。至于治疗，亦要考虑病情的新久虚实。还以肺病为例，当肺脏久病多虚之时，在对其进行治疗的同时应考虑到适当补养肺的母脏——脾脏，以增加其后援，即“虚则补其母”；当肺脏新病多实之时，在对其进行治疗的同时应考虑到适当疏泻肺的子脏——肾脏，以增加其消耗，即“实则泻其子”。
此外，五脏论证，还在各方面应用，如面诊，左腮为肝，右腮为肺，额上为心，鼻为脾，颏为肾，见赤色者为热病，随证治之。如一日分四时，早晨寅卯辰时肝旺，中午巳午未心旺，日晚申酉戌肺旺，夜间亥子丑肾旺。肝旺当补肾治肝等，亦有一定规律可寻。如一年分五脏，肝病见于秋令，肺病见于春令，心病见于夏令，肾病见于冬令，脾病见于四旁等，皆有相胜轻重之变，当分其顺逆难易而治之。
金代张元素的易水学派是以脏腑证候的病机及其治疗作为研究课题，在藏象学说方面取得了重大成就的一个学派。张元素承诸家脏腑之说，自成其从脏腑寒热虚实以言病机辨证的学说体系，内容包括脏腑的正常生理、虚实寒热脉证、疾病的演变预后和补泻温清的常用药方等四个方面。这一脏腑辨证说不简不繁，经验中富有理论，比前人之论有所提高。
李杲在其师张元素“脏腑论病”观点的启示下，别开蹊径，阐发《素问》土者为万物根本的理论，提出了“内伤脾胃，百病由生”的论点，而创立了“脾胃学说”。他认为脾胃是元气之本，为精气升降运动的枢纽，脾胃之病，多由于虚损，脾胃虚则元气不足，“脏腑、经络皆无所受气而俱病”，以致“九窍不通”“诸病所生”，故治疗当以补益脾胃为主。李杲在《脾胃论》《内外伤辨惑论》《兰室秘藏》等著作里，着重阐明了脾胃的生理功能，内伤病的病因病理、鉴别诊断、治疗方药等一系列问题。李杲认为，内伤病的形成，乃是气不足的结果；而气之所以不足，实为脾胃损伤所致。
李杲认为，自然界一切事物都是时刻运动着的。其运动形式，主要表现为升降浮沉的变化，如春夏地气升浮而生长，万物由萌芽而繁茂，秋冬则天气沉降而杀藏，万物始凋落而收藏，唯长夏土气居于中央，为浮沉变化的枢纽。而人身精气的升降运动，则赖脾胃居于其中以为枢纽。李杲认为，若脾胃气虚，升降失常，则内而五脏六腑，外而四肢九窍，都会发生种种病证，而尤以气虚“阴火”最为突出，因而在治疗上突出对脾胃升阳益气药物的运用和处方。从一升一降、一上一下两个方面，提出“肺之脾胃虚”及“肾之脾胃虚”，并加以阐发。
易水诸家之说，前后相承，各具物色，蔚然成为我国医学史上的“脏腑学派”。与李杲同时代而稍晚的朱丹溪，重视人体相火与脏腑关系的研究，提出人身相火“寄于肝肾二部”，以肝肾精血为物质基础，相火之动正常与否和五脏功能活动有关，因为“胆者肝之府，膀胱者肾之府，心包络者肾之配也，三焦以焦言，而下焦司肝肾之分，皆阴而下者也”。凡七情六欲之伤常先激起“脏腑之火”，如“醉饱则火起于胃，房劳则火起于肾，大怒则火起于肝”（《格致余论·疝气论》），然后煽动相火，即所谓“五脏各有火，五志激之，其火随起”。丹溪创造性地将相火的研究与脏腑学说融于一体，观点新颖，对后世影响颇大。
明代，藏象学说继续发展，并有许多新的突破，对命门、脾胃等内容的研究日趋深化，各种学说纷至沓来，大都对《难经》左肾、右命门之说提出异议，并进一步探索它对人身的重要作用。其中以温补学派的薛己、孙一奎、赵献可、张景岳等医家之论最为卓著。
明代温补之先驱薛己，重视脾胃与肾命在生理、病理上的联系，认识到“人体脾胃充实，营血健壮，经隧流行而邪自无所容”“人之胃气受伤，则虚证蜂起”。脾肾亏损之病，或因脾土之虚而致肾亏，或因肾亏而不能生土，二者之间存在互为因果的关系。薛氏的思想对当时医学理论研究和脏腑辨证施治方面颇有启示。
孙一奎是命门大家中最早的一位，创立“命门动气”学说。他自幼研 《易经》，承袭朱丹溪“人身必有一太极”的思想，将理学当中的“太极”理论融入到医学当中，结合《难经》原气之论来阐发命门。同时，他又进一步摆脱了《难经》“左肾右命门”的老套路，提出：“命门乃两肾中间之动气，非水非火，乃造化之枢纽，阴阳之根蒂，即先之太极。五行由此而生，脏腑以继而成。”（《医旨绪余》）可知他所描述的命门是先于脏腑的存在，用“太极之本体”来形象地比喻命门在人身的重要地位和作用，是得以生成五脏六腑的根源所在。
赵献可提出君主命门说，他认为命门位处两肾中间，彻底与肾脏脱离，而成为主宰十二官的“真君真主”，其功能位于五脏六腑之上，为“主宰先天之体”，有“流行后天之用”。赵献可运用《易经》中“坎”卦的理论来解释肾与命门二者之间的关系，认为两肾有形属水，命门无形属火，其位居两肾中间，即“一阳陷于二阴之中”，阴中有阳才能化气而产生生命，而命门之火的作用则始终居于主导地位。赵献可的命门理论受到理学、易学及道教等多方面思想的影响，承前启后，对后世影响很大。
学验俱丰、名噪医林的张介宾（号景岳）在总结前人成就的基础之上，对于命门学说进行了系统深入的论述及阐发，提出水火命门学说。张介宾大量运用太极阴阳理论阐述命门，认为命门为人身之太极，是人体生命的本源，统括阴阳、五行和精气。同时，命门兼具水火，阴阳本同一气，水火之于人身，即是阴阳精气，从而把人体阴阳、精气与水火有机地联系在一起。张介宾的水火命门学说结合易学思想把祖国医学的阴阳理论发展到了一个崭新的高度，从太极一气到两仪阴阳，化生“先天无形之阴阳”，继而再生成“后天有形之阴阳”，以元阳之火论生命活动的功能，以真阴之水论气血津液和脏腑，以水火的关系体现了阴阳互根、互用与相互制化的思想，在其著作中，阴阳互根、水火同源、精气互生的理论贯穿始终。张介宾的水火命门学说，将阴阳、水火、精气的理论与命门学说有机地联系在一起，使之达到了前所未有的高度及水平，成为明代命门理论的集大成者。
明代医学家李时珍率先提出“脑为元神之府”，在“心主神明”的基础上，扩大了对“神”的生理功能的认识。
李中梓在脏腑研究方面，集各家之说，明确提出先后天根本论。人体精血之源在乎肾，阳气之源在于脾，因此治疗亦重在脾肾。在脾肾关系方面，他主张滋养化源重在治脾以补土，运化不健当补益命火以助运。李氏这一理论，既蕴涵了前贤精华，又不乏新的创见，对后世藏象学说的发展和藏象理论的应用，均有一定的启迪作用。
李中梓认为“脑为髓之海，诸髓者通于脑”。还提出了“脏腑相通”理论。李氏之论，与心与小肠、肺与大肠相通等论述不同，提出心与胆相通——心悸、怔忡用温胆汤，惊狂用补心汤。其他如脾与小肠相通，肺与膀胱相通等，“脏腑相通”理论是内脏相互联系的重要内容。
总之，明代探讨脏腑病机侧重于虚损病证方面，尤其重视先后二天，在肾命门水火的认识上发挥尤多，形成了善用温补的特点，如薛己、孙一奎、赵献可、张介宾、李中梓诸家及其门人，皆为丰富藏象理论作出了一定的贡献。至清代以后，突出表现在对脾胃、气血有关理论的研究方面，对肝病病机的认识，亦有了较大发展。如叶天士对先后二天的关系强调“脾阳宜动，动则能运；肾阳宜静，静则能藏”，“肾阳自下涵蒸，而脾阳始能运筹”，补后天时重视养先天，而益先天时又重视后天、中下兼顾，尤其注重刚柔、动静、升降等诸方面的关系，随脏腑特性而施用补虚之法，很有实际意义。
除温补学派以外，明代还有不少医家在研究藏象学说方面提出了许多真知灼见。例如，虞抟著《苍生司命》卷四“内景图”为人体解剖图说，概述脏腑形态、位置及功能，“诸证”八卷以内科杂证为主，每证必识其脏腑，从证可断其脏腑的病因、病机。龚廷贤的《万病回春》之卷首，载“释形体，周身脏腑形状”“人身背面手足之图”等篇，各篇所述脏腑病证脉因证治亦明晰完备。另书《寿世保元》卷一则有“脏腑论”“气血论”等专篇，内容详审精密，条理清楚，参以己意而有所发明，是临床的重要参考医籍。王肯堂《证治准绳》的首八卷“杂病”部分，始终贯穿脏腑辨证精神，诸证论脏腑广集百家，旁列己说，比较完整地反映了各脏腑疾病证治之端委，突出了藏象学说宏通实用的特点。缪希雍《先醒斋医学广笔记》叙述“吐血之要法”的治疗规律，其中“宜补肝不宜伐肝”，蕴涵了肝与血的关系，至今仍为临床所习用，并提到“甘寒滋润益阴之有益于脾也”，提出了脾阴、胃阴两个不同概念。龚居中的《红炉点雪》和明末绮石的《理虚元鉴》都是肺痨专书，分别从肺痨的阐述中引出肺金的生理、病理。内容独详于肺，却又涉及肺与他脏的关系，自成体系，对临床有一定的指导作用。
清王朝的建立，虽然使中华各民族备受文化压抑和思想钳制，但在广大知识分子中习医热情仍然不减，藏象学说的研究仍然继续，并出现了一些藏象专著。黄凯钧的《上池涓滴》，书的前一部分描述五脏的解剖位置、生理功能、病理表现，后一部分以五脏为中心，重点在于阐述五脏致病之由，证候鉴别及方药选择，尤其是对五脏的描述，已经大大突破了《内经》与 《难经》的内容。如 “心为赤帝……象如倒悬莲蕊”“心者，纤微，无不贯注……附着脊之第五椎，外有赤黄裹脂，是为心包络”。这种认识较之前人有所进步。王清任十分重视人体脏腑的重要性，认为“著书不明脏腑，岂不是痴入说梦；治病不明脏腑，何异于盲子夜行”。他亲身观察人的尸体结构，著《医林改错》，绘十二幅与古书不同的解剖图谱，对某些脏腑、器官和组织的功能。做出了与古人不同的结论，如人的“灵机记性不在心而在脑”即为例证。虽然《医林改错》在解剖生理方面尚存不少讹误，但其功仍不可没。朱沛文的《华洋藏象约纂》是一部试图将祖国医学藏象学说和现代医学的解剖生理学互相汇通的著作，对每一脏腑体用的论述，均有中西比较的内容，即先引《内经》《难经》之论，继引中华历代医家之说，然后引用西洋医学的认识，最后再对华洋两说之异同进行分析，尽力使两种学说相互汇通，其汇通的特点是“通其可通，并存互异”，如脾统血是中西医的共同之处，而脾与胃相表里，为胃行津液，贯通四傍的理论西医则无，可存其异，这一思想在后来中西汇通的道路上起了引导作用。此外，清代温病学派的兴起，医家联系温热疾病的发生发展各创新说，也为脏腑理论的进一步完善作出了贡献。例如，叶天士在李杲脾胃学说的基础上，强调脾胃分论，创立胃阴学说，提出胃喜润恶燥，宜用甘平或甘凉濡润之品，以养胃阴，使津液来复，通降自成。“此种议论，实超出千古”。吴塘以脏腑三焦分部，说明温病发展过程中的三个阶段，明确指出上焦病主要是肺与心病，中焦病是脾与胃病，下焦病是肝与肾病，温病的传变乃“始上焦，终下焦”。这种蕴涵脏腑内容的三焦辨证方法，已为后世所推崇。
（三）病变规律方面
1.外感疾病
一般而论，外感病发于表，发展变化过程自表入里、由浅而深的传变。故外感病基本是表里传变，但内传入里后，亦见脏腑间的传变。不同的外感病，其病位传变的形式又有所区别，主要有卫气营血和三焦传变。
卫气营血传变：卫气营血传变，是指温热病过程中，病变部位在卫、气、营、血四个阶段的传移变化。卫分是温病的初期阶段，病位在肺卫；气分为温病的中期，病位在胃、肠、脾及肺、胆；营分是温病的严重阶段，病位在心包及心；血分属温病的晚期，病位在肝、肾及心。卫气营血传变，一般从卫分开始，发展传为气分，再入营分，而血分。反映病邪由浅入深，病势由轻而重的发展过程，称为“顺传”。若邪入卫分后，不经过气分阶段，而直接深入营分或血分，称为“逆传”，反映了传变过程渐进与爆发之不同。此外，卫气营血传变，还有初起即不见卫分阶段，而径入气分、营分者；亦有卫分证未罢，又兼见气分证而致“卫气同病”者；或气分证尚存，同时出现营分、血分证而成“气营两燔”“气血两燔”者；更有严重者为邪热充斥表里，遍及内外，出现卫气营血同时累及的局面。总之，卫气营血病位传变，由于正邪斗争的不同结果，可有多种传变次序。一般由卫分、气分传至营血，病情多由轻变重、由浅入深，病势则趋向恶化；而病变由营血传出气卫，病情由重变轻、由深出浅，病势则趋于好转或向愈。
三焦传变：此三焦是人体上（肺、心）、中（脾、胃）、下（肝、肾）部位的划分，也是诸气与水液上下运行的通路，因而也可作为病位转移的途径。温病的三焦传变，是对温热病三个不同发展阶段的病变规律和本质的阐释，由部位三焦的概念延伸而来。三焦传变，是指病变部位循上、中、下三焦而发生传移变化。三焦传变是温病的主要传变形式。温热病邪，多自口鼻而入，首先侵犯上焦肺卫。病邪深入，则从上焦传入中焦脾胃，再入下焦肝肾。疾病由浅入深，由轻而重的一般发展过程，故称之为顺传。如果病邪从肺卫直接传入心包，病情发展恶化，超越了一般传变规律，故称为逆传。即如吴瑭所说：“肺病逆传，则为心包。上焦病不治，则传中焦，胃与脾也；中焦病不治，即传下焦，肝与肾也。始上焦，终下焦。”（《温病条辨·卷二》）疾病之所以顺传和逆传，主要取决于正邪双方力量的对比和病邪的性质。若疾病好转向愈，则可由下焦向上焦传变。
2.内伤疾病
内伤病是内脏遭到某些病因损伤所导致的一类疾病。因此，内伤病的基本病位在脏腑。人体是以脏腑为核心的有机整体，脏腑之间在生理上密切相关，在病理上则可通过经络、精气血津液等的相互影响，以及位置相邻，而在脏腑之间发生传变。所以，内伤病的基本传变形式是脏腑传变。另外，脏腑与形体官窍之间，在生理上相互联系，在病理上也相互影响，故内伤病也可在脏腑与形体官窍之间传变。
脏与脏传变：即指病位传变发生于五脏之间，这是内伤病最主要的病位传变形式。五脏之间通过经络相互联系，在生理功能上密切相关而又协调平衡，在精气血津液的生化、贮藏、运行、输布等方面存在相互依存、相互为用又相互制约的关系。因而，某一脏的病变，常常影响到他脏而发生传变。例如心与肺、心与脾、心与肝、心与肾之间，其病变都可以相互影响。
心与肺同居上焦胸中，心主血脉，肺主气，而宗气“贯心脉而行呼吸”。所以，疾病在心与肺的两脏之间的传变，主要是心血与肺气病变的相互影响。临床上，心运血功能失常，可以导致肺气郁滞，宣降失司，而见咳喘不得平卧。肺病日久，吸清呼浊功能异常，气病及血，可致肺气胀满，心血淤阻，发生心悸、胸闷、口唇爪甲青紫等症。另外，心与脾之间，主要是心血、心神与脾气运化病变的相互影响；心与肝之间，主要是心血与肝血、心神与肝失疏泄情志病变的相互影响；心与肾之间，主要是心肾阴阳不交与精血亏损病变的相互影响。由此可知，由于两脏之间生理功能的联系各不相同，所以其病理传变情况也各不一样。
脏与腑传变：是指病位传变发生于脏与腑之间，或脏病及腑，或腑病及脏。其具体传变形式则是按脏腑之间表里关系而传。如《素问·咳论》说：“五脏之久咳，乃移于六腑。脾咳不已，则胃受之……肺咳不已，则大肠受之。”这是由于心与小肠、肝与胆、脾与胃、肺与大肠、肾与膀胱等表里相合脏腑之间，有经脉直接属络，从而使病气得以相互移易。如肺与大肠表里相合，脏腑气化相通，大肠得肺肃降之气而后传导排便。若肺气壅滞于上，肃降失职，则可致大肠腑气不通而发生便秘；而大肠实热，积滞不通，亦反过来影响肺气的肃降，从而发生气逆喘咳。故肺病可传至大肠，大肠病又可累及于肺。他如心火移热于小肠；小肠有热，循经上熏于心；脾运失职，影响胃的受纳与和降；食滞于胃，导致脾失健运等等，均为脏腑表里相传的疾病传变。应当指出，脏腑表里相合关系的传变，并不是脏与腑之间病位传变的唯一形式，如肝气横逆犯胃；寒凝肝脉导致小肠气滞等，虽是由脏传腑，但不属于表里相合传变。
腑与腑传变：即是指病变部位在六腑之间发生传移变化。六腑生理功能各有不同，但都参与饮食物的受纳、消化、传导和排泄，以及水液的输送与排泄，并始终维持着虚实更替的动态变化。若其中某一腑发生病变，则势必影响及另一腑，导致其功能失常。如大肠传导失常，腑气不通，下游闭塞，则可导致胃气上逆，出现嗳气、呕恶等症状；若胃中湿热蕴结，熏蒸于胆，则又可引起“胆热液泄”，而出现口苦、黄疸等症。可以看出，任何一腑的气滞或气逆，均可破坏六腑整体“实而不能满”“通而不宜滞”的生理特性，从而使病变部位在六腑中发生相应的传变。
形脏内外传变：包括病邪通过形体而内传相关之脏腑，及脏腑病变影响形体。外感病邪侵袭肌表形体，由经脉传至脏腑，是内伤病发作、加重的重要原因，有关内容已在表里传变和外感病传变中论及。某些形体组织的病变，久则可按五脏所合关系，从病变组织传入于本脏，而发展为内伤病证。反之，病变可由脏腑传至经脉，亦可反映于体表。如《素问·咳论》说：“皮毛者，肺之合也；皮毛先受邪气，邪气以从其合也。其寒饮食入胃，从肺脉上至于肺则肺寒，肺寒则外内合邪，因而客之，则为肺咳。”说明了风寒之邪侵袭肌表，客于皮毛，然后内合于肺。至于其内合于肺的机理，则是“外内合邪”。因已有过食寒凉生冷饮食，损伤脾胃阳气，手太阴肺经起于中焦（相当于胃的中脘部），胃寒阳衰，可通过经脉影响于肺，而致肺阳不足，宣发失职，若再有风寒之邪外袭，则因肺阳虚衰，卫外功能减退，因而客肺而发生咳嗽、喘促等病变。
（三）用药规律方面
五脏五味补泻理论最早源于《黄帝内经》，是正确阐释中药归经理论的源头之一，对指导临床灵活遣方用药有着深远意义。金元时期张元素，师法张仲景，探究《黄帝内经》，遣方用药的理论是其学术成就的重要一方面。而就理论概括来说又有几个主要组成部分，其独到的用药经验，对后世临证遣方用药给予莫大启示，临床价值很高。
张元素在《医学启源》中提出了脏腑法时补泻法，如“脾苦湿，急食苦以燥之，白术”。药物的归经，也是张元素创建的，认为取各药性之长，使之各归其经，则力专用宏，疗效更显著。在《医学启源》中提出了去脏腑之火，不但提出了每一脏腑的泻火药，还提出了各药相互配合如何去脏腑之火。如，黄连可以泻心经之火，同时还可以与柴胡相配合以泻肝火等。在《医学启源》中提出了各经行经药，如，手太阳小肠经走向从手小指外侧末端开始，沿手臂外后侧，进入锁骨上窝，通过心、食管、膈肌，到胃及小肠。在锁骨上窝处，它的另二支脉上行沿颈旁，向上到面颊，分别到内外眼角，及耳中。所以引经上行用羌活，下行用黄柏。其他各脏腑经脉用药使然。
张元素的脏腑经络用药规律成为临床用药法则之一。他还把钱乙的地黄丸、泻青丸、安神丸、泻心汤、导赤散、易黄散、泻黄散、阿胶散列为五脏证治的固定方剂，作为五脏证治的标准。
王海藏据《素问·脏气法时论》中之五藏苦欲补泻之论，并以《难经》“虚则补母，实则泻子”之义，为其遣用方药立说，名曰：“五脏苦欲补泻药味”，载于所著《汤液本草》之首。明代缪仲淳又从而发挥之，他在《先醒斋医学广笔记·五脏苦欲补泻论》说：“五脏之内，各有其神，神各有性，性复各殊。神也者，阴阳不测之谓也。苦欲者，犹言好恶也，违其性故苦，遂其性故欲。欲者，是本脏之神所好也，即补也。苦者，是奉脏之神之所恶也，即泻也。”他认为“肝为将军之官，言不受制者也，急则有摧折之意焉，故苦而恶之。缓之，是使遂其性也”。“言其不受制”，是从肝容易亢逆的病变而言，颇有现实意义。
在药物归经方面，自张元素提出药物归经理论，明清医家多从五脏六腑十二经脉分析病证，对于奇经八脉少有论及。叶天士总结奇经治法用药，开拓了新的门径。叶天士指出，奇经与肝肾关系最为密切《临证指南医案·诸痛》：“医当分经别络，肝肾下病，必连及奇经八脉，不知此者，宜乎无功。”叶天士填补奇经，多选择血肉有情之品，如鹿茸、鹿角胶、紫河车、龟板、淡菜等，认为“余以柔济阳药，通奇经不滞，且血肉有情，栽培身内之精血，但王道无近功，多用自有益”（《临证指南医案·疟》），对于八脉的不同病症，叶氏总结出不同的治疗方法和用药规律，如强调调畅气血治疗冲脉方面的疾病，以冲脉隶属阳明，又有通补阳明以治冲脉病证的方法，加用半夏、厚朴、茯苓、姜汁之类，认为“龟体阴，走任脉”“鹿性阳，入督脉”，至于气血失和而致阴精难济，任脉为病，或由于督脉为病，导致阴阳失其维系者，又与调冲、补督之法并用；带脉为病下焦不固所致之带下、淋浊之类，在补肝肾之外，配以五味子、湖莲肉、芡实、金樱子、山药之类等。
（四）五脏治法方面
早在《素问·脏气法时论》中就有“肝病者，两胁下痛引少腹，令人善怒”的记载，历代医家在此基础上认识更加深入。如明朝医家李梃《医学入门》提出：以小柴胡汤加川芎、当归、白芍、苍术、青皮、龙胆草或黄连丸；四物汤加柴胡治肝血虚。叶天士以辛香通络、甘缓理虚、辛泄宣淤等法治胁痛之久痛入络者。林佩琴《类证治裁》分肝郁、肝淤、痰饮、肝虚诸类，对叶氏治法亦颇多发挥。
清代王旭高根据肝病的肝气、肝风、肝火三个方面的证候，提出了治肝三十法，具有实践意义。在肝气方面，定出八个治法：疏肝理气法、疏肝通络法；柔肝法、缓肝法、培土泄木法、泄肝和胃法、泄肝法、抑肝法。在肝风方面，定出了五个治法：熄风和阳法、熄风潜阳法、培土宁风法、养肝法、暖肝法。在肝火方面，定出了十个治法：清肝法、泻肝法、清金制木法、泻子法、补母法、化肝法、温肝法、干肝法、散肝法、搜肝法。此外，还提出了不论肝气、肝风、肝火，都可适当使用的七个治法：补肝法、敛肝法、镇肝法、补肝阴法、补肝阳法、补肝血法、补肝气法。
2.心
张仲景在《金匮要略》中正式以惊悸为病名，并有“动则为惊，弱则为悸”的记载。《伤寒论》载炙甘草汤治“脉结代”“心动悸”，沿用至今。
宋代严用和认为心虚胆怯会发生心悸、健忘，宜“宁其心以壮胆气”，选用温胆汤、远志丸作为治疗方剂，用安神定志人参丸治疗心虚、血气衰少。精神昏聩。
由此，历代医家对心的论治渐有发挥多从补心血、益心气入手，如明代张介宾等。明代李中梓、清代林佩琴皆提出宜交通心肾，在《类证治裁》中主张“治健忘者，必交其心肾，使心之神明，下通于肾，肾之精华，上升于脑，精能生气，气能生神，神定气清，自解遗忘之失”。
清代王清任、唐容川认为淤血可导致心悸。《医林改错》说：“心跳心忙，用归脾安神等方无效。用此方百发百中。”唐容川《血证论》亦说：“凡思虑过度及失血家去血过多者，乃有此虚证，否则多挟痰淤，宜细辨知。”丰富了对心病的治法。
3.脾
唐宋时期的医学著作，虽对脾脏的治则理论方面未见更多的论述，但搜集方药丰富。如《千金方·脾脏方》之槟榔散、《本事方》的枳壳散、《局方》的和胃散、参苓白术散等，都是调理脾胃，消补兼施的处方。
金元之际的李杲大倡脾胃内伤之说，在治疗上着重于对脾胃升阳益气药物的运用和处方。由于其立方顺应了脾胃的生理特性，故被广泛地用于脾胃气虚或内伤发热诸病中。
明清医家对脾阴的证治颇多发挥，唐容川提出“甘淡养脾”，吴澄倡导“芳香甘干”法，制中和理阴汤、理脾阴正方，确是补脾阴的有效方剂。缪仲淳则认为宜甘寒滋阴。创立了滋脾方剂资生丸，于脾脏气阴两伤兼脾胃气滞之证，效果很好。
清叶天士根据脾胃的生理特性。提出“脾宜升则健，胃宜降则和”。对于胃阴虚患者，强调滋养胃阴，以助胃气。对于脾胃两虚者、强调脾胃两顾，既防其过燥，又防其过温，较李杲治法，更臻全面。
4.肺
汉代张仲景在《伤寒论》和《金匮要略》中对咳嗽、痰饮、哮喘、肺痨、肺痈等作了许多具体论述，所创治疗伤寒表不解，心下有水汽干呕发热而咳的小青龙汤、寒饮咳喘气逆的射干麻黄汤、治寒饮内停的苓甘五味姜辛汤、治疗肺痈的葶苈大枣泻肺汤、治疗肺痨的麦门冬汤等，至今仍为临床常用。
金元四大家对肺系疾病的治疗，亦多有创见。如张子和 《儒门事亲》对风、寒、暑、湿、燥、火六种咳嗽，分别制定了相应方剂。《丹溪心法》则结合四时变化及一日中的咳嗽时间，分析病机，进行论治。
明朝李梃《医学入门》治肺以外感、内伤分类，王肯堂、赵献可、张介宾等进一步论述了咳嗽与脾、肺、肾三脏的关系，并强调肾的重要，对火烁肺金之咳，力斥寒凉之弊。张介宾提出治疗外感咳嗽宜以辛温为主，但应根据不同岁气施治，内伤咳嗽以阴虚为主，治以滋阴，但是虚寒咳嗽不已又当补阳。
《医宗必读》提出治肺痨“补虚以补其元，杀虫以绝其根”的治疗大法，其中特别强调杀虫：“能杀其虫，虽病者不生，亦可绝其传疰耳。”王绮石《理虚元鉴》总结了治肺的经验，认为“治虚有三本，肺脾肾是也。肺为五脏之天，脾为百骸之母，肾为性命之根，治肺、治脾、治肾，治虚之道毕矣”。所载清金养荣丸、清金百部汤、固金养荣汤等，丰富了肺系疾病治疗的内容。
5.肾
汉代张仲景对于肾阳虚水泛，或大病伤肾阳，有真武汤、四逆汤等温肾回阳之剂；肾气不足、早泄、失精者，用肾气丸，成为后世补肾之祖方。如钱乙六味地黄丸，张介宾之左归丸、右归丸、都气丸、八仙长寿丸、杞菊地黄丸、明目地黄丸等，皆从此方衍化而来。
元代朱丹溪提出人身相火寄于肝肾二部，以肝肾精血为其物质基础，若相火内动，必然消耗阴精，故补阴必兼泻火，而泻火即所以补阴。在处方用药上，补阴还有补阴精与补阴血之分。凡阴精虚而相火旺者用大补阴丸；阴血虚而相火旺者用四物汤加知母、黄柏。丹溪的滋阴降火法为治疗肾阴（精）虚增添了新的内容。
明代张介宾认为精血之生皆为阳气，为性命之源，欲有生者，可不以此阳气为主。如“天癸”的来迟，正是由于阳气之生机未至；“天癸”的去早，亦正是由于阳气生机之早衰。故制右归丸，所以培右肾之元阳；右归饮，所以治命门之阳衰阴胜者。
张介宾对肾之真阴十分珍视，认为用六味或八味丸以益真阴，仍有不足之处，减去张仲景《金匮要略》中六味或八味丸里的茯苓、泽泻，以防渗利太过，自制左归丸、左归饮两方，前者以培左肾之元阴，后者以壮命门之真水。突出了肾虚证温补之法。
自宋代钱乙提出“肾无实证”，后世医家都从补肾温阳、滋阴益精立法。张锡纯《医学衷中参西录》载，因肾经实热所致嗜睡症，用黄柏、知母、茯苓、泽泻清泻肾火而愈。
藏象学说经过历代各医学家的互相发展，其理论体系、理法方药日趋丰富。
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